3KDBA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k, l33i, l63i) in complex with kni-10006
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title How much binding affinity can be gained by filling a cavity?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kdbA00
3QP0A 5P2LA 2FMBA 5P83A 4RGHA 5P6ZA 2QU3A 3KYRA 5P26A 3CKRA 5P30A 3SA9A 4WTUA 4B70A 3BXRA 5P04A 5P3RA 4GJ8A 3SKGA 4MC6A 3UDHA 5P5XA 4R92A 5P0SA 2G69A 1FQXA 2AZ9A 3SPKA 5P59A 4Y48A 5P1JA 4Y5MA 1WKRA 3KN0A 1FGCC 2NXDA 1HVIA 4Y4EA 2QI1A 5P02A 3PVKA 3S7LA 3PLLA 5P1QA 4MC1A 5P1UA 2G1SA 5P28A 4Y4JA 5P63A 4BFDA 3O9GA 1T7IA 2G1RA 3T7PA 1HVCA 4OBKA 5P4PA 5P3CA 5OYTA 2V16C 4K4RA 5P4HA 1LF2A 2PK5A 4HDPA 1MT8A 4ZIPA 4Y51A 2V13A 2VJ9A 4YA8A 4Q1YA 3L58A 1DP5A 4B1CA 2QHYA 1SDTA 4PPHA 2O4LA 4GJCA 5P6NA 4YCTA 5P8BA 4L7HA 2PMAA 3VLAA 4HEGA 5P6TA 5P5VA 4K8SA 2HC0A 1C6YA 4DJVA 5P6EA 3INDA 1OEXA 4B1EA 3FNTA 2XYEA 3NLSA 2JJIA 1APTE 5I3WA 2NR6A 5P7GA 2I4VA 2UPJA 4OBZB 3UPJA 5P7XA 5P36A 2WF1A 1B6LA 4N00A 2R5QA 3UFLA 5P51A 5P5WA 5P1YA 5P8DA 5DQCA 4COEA 2VIZA 3MXEA 4ER1E 3OADA 5P5DA 5FIVA 5ENKA 3G6ZA 2A1EA 5P7EA 3DJKA 4Y47A 1A30A 5P6CA 4HZTA 2IENA 4Y4DA 5P8AA 1ENTE 1AXAA 3OADB 3PHVA 1KJGA 2I1AA 5P4JA 5BWYA 4I0IA 5P4EA 5P5HA 3UDRA 5P3MA 1T7JA 5P0GA 1ZPKA 3INHA 5I3XA 3ZKXA 1SMEA 2HIZA 1A9MA 1KJHA 2ER7E 1AJVA 4RCFA 4ZPGA 5P4WA 3QRMA 1QRPE 4LL3A 4RCDA 5C9FA 5KQFA 1SMRA 5P3JA 2ZHVA 4Y4BA 3D1ZA 5P6KA 1DIFA 5P8GA 4ZSPA 3BUHA 5IVSA 1SDVA 4BELA 3S8IA 1BXOA 1EPNE 3I8WA 2G1NA 4OD9A 4Y43A 4D8CA 5P2QA 1GNMA 1E82E 3ZOVA 3QRSA 3RVIA 4Y3DA 3OQKA 1UPJA 4PZXA 2BPWA 3NWXA 5JG1A 1GVUA 3OQDA 4QGIA 5AHBA 3VG1A 2AVMA 5OZAA 1XE5A 1HTGA 5P57A 1B11A 1YM2A 3O9LA 1SGZA 2OHRA 2QI6A 4GB2A 4MC9A 1ZLFA 5OZKA 2PSUA 4LC7A 3VF5A 2WF4A 4B05A 2ZE1A 2F3EA 2I4QA 3GGUA 4J1KA 5P7AA 3B7VA 3SM2A 1YTJA 1IZIA 3O9LB 5P7JA 4EXHA 2FS4A 3HZCA 1XN2A 3OQ7A 4L1AB 4R5NA 1QBTA 5P89A 1BBSA 3NDWA 5IE1A 3TLHA 5P4XA 2IS0A 1HSIA 2OAHA 5P6SA 5P7DA 5P7YA 1FIVA 3ECGA 1BWAA 2AQUA 3MSJA 5P71A 1W5VA 4NKKA 2V12C 5KR8A 2QMGA 3URJA 1MRXA 1HWRA 5OZGA 4H3IA 3HDKA 5P53A 2QHCA 5OYWA 1MTRA 4J0PA 3BUFA 1BXQA 3S45A 4Y3AA 1HTFA 1PPME 4YD6A 4Y56A 2WJOA 4EYRA 5KR0A 4CMSA 5P3XA 3EXOA 3QIHA 5P2NA 1GVVA 4B78A 1FQ5A 5P69A 5P11A 4Y3RA 5P07A 5P3NA 5OZ5A 4B1DA 5P39A 3PMYA 5P6IA 5P6FA 1HVLA 1SGUA 3OQAA 5DQ1A 3DCKA 2QI3A 5KQZA 2QP8A 3VYEA 2OHUA 2UY0A 2H6SA 1C6ZA 1EPOE 3SQFA 2NXLA 3SA5A 2BPXA 2ZHTA 3NDTA 4LXMA 4FRIA 4EQ0A 4Y3QA 2V0ZC 2I0DA 1PSOE 1HOSA 3H0BA 3EM6A 5P3YA 1PPKE 1BAIA 5ER2E 3ZKSA 3NU9A 3PRSA 2G24A 1SH9A 3LPJA 3NU5A 4K4PA 4JOOA 1LS5A 2O4SA 5OZ9A 4Y5BA 4HVPA 5OZEA 2P3DA 3UDNA 4HE9A 1BDLA 3O9CA 3RU1A 3NU6A 3QBHA 5HDZA 1HXBA 3GGXA 3LNKA 4J1FA 5P8EA 1AAQA 4QJ8A 4Y54A 2VIJA 3PBDA 4J0VA 5P40A 2RSPA 3EKXA 5OZWA 5KR1A 4Y44A 3GW5A 4TVGA 4RVXA 2WL0A 3LIZA 4DVFA 5P3FA 4DQFA 5P54A 3OHFA 1TCXA 4S1GA 4ZPFA 4EJKA 5P0TA 5P68A 3LZSA 5P7ZA 8HVPA 2J9JA 3OTYA 1RL8A 3S7MA 4I0JA 5P5NA 1BVGA 5P62A 1APWE 3I7EA 1ZSRA 1YTGA 3CIBA 2FGUA 1W6IA 3S43A 2R43A 5OYXA 4Y37A 4J55A 3OGPA 5P5TA 2HAHA 4UPJA 5P6GA 3PBZA 3ZPTA 1XL5A 2QU2A 5OZLA 1HEFE 3R0WA 5P75A 2HS2A 5P3TA 5OZTA 2Q15A 4J1EA 3S43B 5ISJA 3QVCA 5P0QA 3TKWA 3TL9A 4KE1A 5P1BA 4DJXA 1DAZC 1HVKA 1APUE 4BEKA 4Y58A 1BIMA 3U6AA 1NPWA 3AUPA 3DUYA 3RSXA 2IKOA 4FCOA 4GYEA 4D89A 1D4IA 1K6CA 3K4VC 1DMPA 5P1WA 4FSEA 5DR4A 5P4RA 1GVXA 4I10A 5P20A 1SDUA 5KOSA 5OZDA 3UQUA 1EPPE 1RPIA 1M43A 1D4SA 5COKA 5P3KA 5P49A 4DJRA 5P4GA 3WB5A 5P33A 3SA8A 1QS8A 5SZ9A 1W5YA 5P5EA 5OZRA 3L38A 5P8FA 1HSGA 4XKXA 3VV7A 3VFAA 1D4YA 3I6OA 1KZKA 3OU1A 5P2RA 2AOEA 4Q5MA 5P7WA 4RROA 5OZCA 2QZKA 3O99A 5P0DA 3TOGA 1DPJA 1ER8E 4Y3YA 5P3DA 5P5ZA 7HVPA 7UPJA 1K6TA 4YDGA 4Y5LA 3K5FA 3T7QA 5P5CA 3ZMGA 5P0ZA 3TNEA 3NXNA 5P5IA 1EBWA 5P2MA 3BGBA 5P03A 2BJUA 1MEUA 3ZPUA 5KOQA 5DGWA 3S53A 1M4HA 3RTNA 1BDRA 5P88A 5P7NA 4A6CA 5OZHA 5P77A 3OUDA 2OHSA 5ENMA 2NXMA 4GJ9A 3KT2A 1FEJC 2BBBA 4Y5PA 1XDHA 2P3CA 2P83A 5P8KA 5C9DA 1OEWA 5SY3A 3PI5A 5HU0A 4Y3XA 4EJ8A 2ZYEA 1ZJ7A 2R5PA 5P32A 1E80E 3OAGB 5P67A 2I4WA 2ZHRA 5P4DA 3O9EA 4Q1NA 5P47A 2NNKA 4QJAA 2QD8A 2J9KA 1NSOA 1MESA 4YBFA 5OZXA 5P2TA 3S54A 2B42A 5OYZA 2QNPA 3CYWA 4Y57A 2ZJNA 3DK1A 4YBIA 4Y3FA 5P7LA 5P87A 1HXWA 2XFIA 4K4QA 4Y6MA 5P3BA 5P1FA 1FFIC 3PM4A 1GNNA 5OZ8A 1NPVA 1LEEA 1MERA 5IVQA 5AH7A 4RYCA 4LXKA 5P4CA 5P0PA 3OY4A 2O4KA 4RRSA 1FQ8A 5B18A 2ZGAA 1KJ7A 2AIDA 5P5KA 1YX9A 5P01A 3EL4A 5UPJA 4YCKA 2AOFA 4GJBA 4DI2A 4HLAA 2PK6A 3EKQA 2AOGA 3D3TA 3HD8A 5P46A 5P8SA 4FLGA 3SO9A 4NJVA 1XL2A 4AA8A 2O4PA 3A2OA 4Y3MA 1IVQA 5P29A 1YG9A 5P8CA 5DQ4A 3D20A 4TRWA 3IA9A 1XE6A 5P5FA 3PSGA 2AVVA 4EP2A 3BXSA 5P8UA 2ZJMA 5P2YA 4OBJA 5P48A 4D83A 4MC2A 3L5CA 4TRYA 1UH7A 3NU4A 3VFBA 3EL0A 3ZLQA 4DJOA 5DR7A 5ISKA 5P18A 4X7IA 4Y36A 3IAWA 2B8LA 4AA9A 1W5XA 2HM1A 3IVHA 1B5FA 3Q6YA 3RTHA 4EP3A 3URLA 5JODA 2QAKA 4CPSA 2VS2A 2V00A 5P12A 5P7QA 4J54A 2CEMA 4J1IA 4ACXA 4B72A 4FL8A 2Q63A 5DGUA 5P8NA 1B5FB 5HVPA 1LYBA 4DUSA 1FKNA 3OU4A 5I3YA 2PWRA 5P56A 4CPQA 3MSLA 2G27A 2XYFA 5P84A 3HW1A 1EC0A 3O9IA 4YD5A 4R8YA 4M8XA 2QNQA 1PPLE 3SA7A 2BKSA 2OHNA 5OZJA 5P5PA 1KJFA 1LYBB 4B77A 1E5OE 2G94A 1QBSA 2JE4A 4KB9A 4I0FA 4EHCA 3TPJA 4H3JA 3UCBA 5OZ0A 1VIKA 3LHGA 2ZJIA 3UF3A 4I0HA 5P2XA 5P0BA 5P5QA 3FSMA 4H1EA 3K5GA 3KFRA 3UFNA 5P0FA 2ZJJA 3UDYA 2IDWA 2O40A 3Q3TA 3VF7A 5P4TA 1EPQE 1PFZA 3T7XA 3Q70A 5P4YA 3KT5A 4AMTA 5P27A 3APRE 5P3UA 5P15A 3PCZA 1SIPA 2AOCA 3CKPA 1MSMA 3TKGA 1HIIA 1TSQA 4GJ6A 3MXDA 1JLDA 5KR2A 5KQXA 3C9XA 4OD9B 1T6GA 3R0YA 5J25A 4JP9A 2PYMA 1FB7A 2BPVA 5P5RA 5P7IA 4L7JA 2JXRA 4CPTA 5JFPA 5P2WA 5P4MA 5OZ2A 2CEJA 1EAGA 4CP7A 2PYNA 5OZQA 4FM8A 2XFKA 5P4NA 5P3OA 5P2OA 4GMIA 4QLHA 5P0JA 4I8WA 4I0ZA 2IKUA 5P4ZA 3BRAA 5AH9A 4I12A 4R93A 1MTBA 2FNTA 3N4LA 5P6AA 2OHTA 2HPEA 4WY6A 3OWNA 5DPZA 3OXVA 4YCYA 5I70A 1EPME 2ZDZA 2QHZA 2FDPA 5P65A 4EXGA 3GGVA 3EC0A 5P3QA 5TOLA 1EC2A 4J0ZA 2FXEA 5OZUA 4QJ9A 3LIQA 2BKTA 1W6HA 3FKTA 1K6PA 3SA3A 2FIVA 5P42A 4NJTA 1EEDP 3PGIA 4I8ZA 3PB5A 5P2KA 5OZNA 1W50A 4Y4XA 2HS1A 1FLHA 3EM4A 4Y5GA 5P6LA 3SA4A 3SACA 5P0VA 2FXDA 4D88A 4FRKA 5DR8A 5P6PA 3HLOA 2WECA 5P44A 5P08A 1NPAA 2PWCA 5P0LA 5P79A 5P6JA 5P86A 3JW2A 5P7MA 4F74A 4NPUA 4XX3A 1EPRE 1WBMA 2R3WA 3M9FA 5P60A 2G26A 3TTPA 2JYSA 2IEOA 2QZXA 1PSNA 2OHPA 4XXSA 5AHCA 4GJAA 5P3GA 1FQ6A 4DFGA 5DR0A 4HA5A 1HTRB 4I0DA 4Y3JA 1MSNA 2A4FA 3O9DA 5E5JA 3UQRA 5P2VA 1F34A 2AOHA 3Q4BA 4EPJA 5P3PA 4RVJA 4Y3NA 2AZ8A 5P6VA 3F9QA 2I4DA 5P2ZA 5P66A 3LITA 4J0YA 4U7QA 5P24A 1IZDA 5P61A 5P1XA 4KE0A 1XS7D 5P23A 2BPYA 3EL9A 4DPIA 5HCTA 3DM6A 4QJ6A 5HDXA 4Z4XA 2RKFA 4GIDA 3T6IA 3PWRA 4Y45A 5P8OA 3NR6A 5P7SA 1MT7A 1QBUA 3LIYA 3O9FA 2B60A 1F7AA 2ZJLA 2R9BA 1SBGA 5OYRA 5P1PA 4YD7A 4FS4A 1K1TA 5T4SA 4FE6A 3R2FA 5OZPA 5OYYA 5HE7A 4Y4WA 1EBKC 2IGXA 4DJPA 1Z1HA 6APRE 4CPWA 2IL2A 4YOBA 3QVIA 3BVAA 5COPA 4YD4A 5P5AA 2OHMA 5P6RA 1HEGE 5P6QA 2F3FA 4FRSA 2Q55A 5P2FA 5P1EA 3EMYA 1FG6C 3KDCA 1FQ7A 4OBGA 5P5SA 1GVTA 3OUAA 3UDMA 2J9JB 5HU1A 3VEUA 1ZAPA 3OOTA 2VA5A 5P43A 3ZKNA 3OGQA 1GNOA 3PLDA 4APEA 3MWSA 1A94A 5P8JA 1APVE 5P4BA 4I0GA 5P2BA 3L5BA 3UDJA 3Q5HA 2OHLA 4DJYA 4Z22A 2ZJHA 5P17A 1ZSFA 5P1ZA 2R3TA 1META 3PI0A 5P1TA 3UDQA 4OC6A 4FAEA 5P1KA 5P85A 5P0EA 1HVJA 4DJQA 4Y5AA 5P1DA 4ZSRA 1CPIA 5P3VA 2I4UA 2G21A 4Y3PA 1NH0A 4APRE 4OC6B 3NDUA 2Q64A 3NWQA 4X2LA 5F01A 3OQFA 4A4QA 3LZVA 4IVSA 5P6DA 1HSHA 1E81E 5AH6A 2Z54A 5P8VA 4Y35A 3INFA 3T3CA 3HAUA 3WZ7A 5F00A 2QI5A 5P1HA 3NUJA 4YOAA 4RYGA 5C9BA 4M8YA 4FGXA 3CKTA 4DJWA 1AZ5A 1U8GA 3BGCA 3RTMA 3NU3A 2WF0A 3S85A 4FAFA 3KMXA 3QROA 3OTSA 3OU1B 5P2JA 5HCOA 5OYSA 2AVSA 4DQBA 2HPFA 3FX5A 5OYUA 3WSJA 4Y3GA 4CPUA 2FNSA 5P70A 3D1YA 2HB4A 2JJJA 1G0VA 2RKGA 3K4VA 3PSYA 5P8PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QP0 A;  5P2L A;  2FMB A;  5P83 A;  4RGH A;  5P6Z A;  2QU3 A;  3KYR A;  5P26 A;  3CKR A;  5P30 A;  3SA9 A;  4WTU A;  4B70 A;  3BXR A;  5P04 A;  5P3R A;  4GJ8 A;  3SKG A;  4MC6 A;  3UDH A;  5P5X A;  4R92 A;  5P0S A;  2G69 A;  1FQX A;  2AZ9 A;  3SPK A;  5P59 A;  4Y48 A;  5P1J A;  4Y5M A;  1WKR A;  3KN0 A;  1FGC C;  2NXD A;  1HVI A;  4Y4E A;  2QI1 A;  5P02 A;  3PVK A;  3S7L A;  3PLL A;  5P1Q A;  4MC1 A;  5P1U A;  2G1S A;  5P28 A;  4Y4J A;  5P63 A;  4BFD A;  3O9G A;  1T7I A;  2G1R A;  3T7P A;  1HVC A;  4OBK A;  5P4P A;  5P3C A;  5OYT A;  2V16 C;  4K4R A;  5P4H A;  1LF2 A;  2PK5 A;  4HDP A;  1MT8 A;  4ZIP A;  4Y51 A;  2V13 A;  2VJ9 A;  4YA8 A;  4Q1Y A;  3L58 A;  1DP5 A;  4B1C A;  2QHY A;  1SDT A;  4PPH A;  2O4L A;  4GJC A;  5P6N A;  4YCT A;  5P8B A;  4L7H A;  2PMA A;  3VLA A;  4HEG A;  5P6T A;  5P5V A;  4K8S A;  2HC0 A;  1C6Y A;  4DJV A;  5P6E A;  3IND A;  1OEX A;  4B1E A;  3FNT A;  2XYE A;  3NLS A;  2JJI A;  1APT E;  5I3W A;  2NR6 A;  5P7G A;  2I4V A;  2UPJ A;  4OBZ B;  3UPJ A;  5P7X A;  5P36 A;  2WF1 A;  1B6L A;  4N00 A;  2R5Q A;  3UFL A;  5P51 A;  5P5W A;  5P1Y A;  5P8D A;  5DQC A;  4COE A;  2VIZ A;  3MXE A;  4ER1 E;  3OAD A;  5P5D A;  5FIV A;  5ENK A;  3G6Z A;  2A1E A;  5P7E A;  3DJK A;  4Y47 A;  1A30 A;  5P6C A;  4HZT A;  2IEN A;  4Y4D A;  5P8A A;  1ENT E;  1AXA A;  3OAD B;  3PHV A;  1KJG A;  2I1A A;  5P4J A;  5BWY A;  4I0I A;  5P4E A;  5P5H A;  3UDR A;  5P3M A;  1T7J A;  5P0G A;  1ZPK A;  3INH A;  5I3X A;  3ZKX A;  1SME A;  2HIZ A;  1A9M A;  1KJH A;  2ER7 E;  1AJV A;  4RCF A;  4ZPG A;  5P4W A;  3QRM A;  1QRP E;  4LL3 A;  4RCD A;  5C9F A;  5KQF A;  1SMR A;  5P3J A;  2ZHV A;  4Y4B A;  3D1Z A;  5P6K A;  1DIF A;  5P8G A;  4ZSP A;  3BUH A;  5IVS A;  1SDV A;  4BEL A;  3S8I A;  1BXO A;  1EPN E;  3I8W A;  2G1N A;  4OD9 A;  4Y43 A;  4D8C A;  5P2Q A;  1GNM A;  1E82 E;  3ZOV A;  3QRS A;  3RVI A;  4Y3D A;  3OQK A;  1UPJ A;  4PZX A;  2BPW A;  3NWX A;  5JG1 A;  1GVU A;  3OQD A;  4QGI A;  5AHB A;  3VG1 A;  2AVM A;  5OZA A;  1XE5 A;  1HTG A;  5P57 A;  1B11 A;  1YM2 A;  3O9L A;  1SGZ A;  2OHR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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