1MT8A

Viability of a drug-resistant hiv-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Viability of drug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease variant: structural insights for better antiviral therapy
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mt8A00
2P3DA 3SA6A 3NUOA 3VFBA 1EAGA 5P52A 2QK5A 2QHYA 1GVVA 5OZJA 4OC6A 4YCKA 5P54A 1FIVA 5P5QA 3R0WA 4YD6A 4Y5BA 3ZKGA 3MSJA 1LV1A 3VF5A 4YCYA 3TPJA 5P3BA 5P6QA 3CYWA 5P3EA 1HPVA 3N3IA 3UQPA 2WEBA 5P84A 1TSQA 5P0ZA 3LIZA 5OZ3A 2WEZA 1W50A 2OHMA 5P5LA 1Q9PA 3BVAA 5P5UA 1MT7A 5P2IA 3INHA 4J0YA 4RRSA 1BIMA 1T3RA 1ZLFA 4R93A 2AVQA 3OQDA 1AVFA 5J25A 5P6LA 1OEWA 1GVUA 4YDFA 4D83A 5P81A 3UDPA 5OZMA 4QJ6A 5EZXA 3OHFA 4K8SA 3QBHA 1MT8A 2FS4A 4D8CA 1W5VA 1AM5A 1IZDA 5P59A 1AZ5A 3KMYA 3UFNA 5P7SA 3QRVA 5P8NA 3SA9A 1D4JA 3LITA 1SH9A 1ZP8A 1EPME 1BAIA 4FSLA 1IDBA 2WHHA 1MPPA 5P4XA 5P6ZA 5P2KA 3MSKA 3ZKSA 5P7IA 2ER7E 4EXGA 4DQEA 1QBUA 3URIA 3KFPA 5P33A 4EJKA 4AZYA 1OD1A 4Z2ZA 3NU3A 3INDA 3NU5A 5OZLA 3EC0A 5IVTA 4HLAA 4Y3FA 1E5OE 5P44A 5P4HA 5P78A 3VYDA 3O9DA 5P1UA 2V16C 3KFSA 5P3UA 5P0OA 3ZOVA 4HE9A 1YM2A 5OZCA 1BXQA 3NDUA 4UPJA 5P1DA 2IGXA 3OU4A 4OD9A 3OUDA 4Y44A 3OU4B 4OD9B 1FQ4A 2QMDA 3EKQA 3OXXA 1MSNA 1BDLA 5JG1A 4YBIA 4Y3JA 4S1GA 3R4BA 5P4PA 3OQAA 2G69A 2WF4A 5P2BA 5P2WA 4FM8A 2G1OA 5P3QA 5P70A 3PI5A 4RCEA 5P8AA 2HS2A 4U7VA 3IA9A 5DQ4A 3B7VA 2IQGA 2RENA 7HVPA 5P4LA 1DAZC 1DW6C 3K4VC 4Y4WA 2Q63A 1LEEA 3O9CA 2QAKA 3F9QA 4J5JA 2OF0A 1TSUA 1ENTE 5P6KA 3WB5A 1HPSA 1ER8E 4FRIA 4Y3YA 3QVIA 5OZ9A 1D4KA 4Y5CA 2QMGA 1XE6A 5P5CA 1TCXA 4Y3PA 5P8RA 5P16A 4FE6A 2AOJA 5OZSA 1EPRE 4EP2A 1HRNA 4Y5PA 2AZBA 1LYBB 3HVPA 5P7RA 1NPAA 1FB7A 3INEA 2QZLA 5P29A 5P7UA 5DGWA 3EKXA 5P8VA 1NH0A 3OHHA 5P14A 2QI3A 3UQUA 1FG6C 2FDPA 4EJ8A 2BPVA 5P7ZA 3L5DA 4OBHA 4Y45A 2O40A 4K9HA 5P2ZA 3T11A 3NXNA 3G72A 3LNKA 4IVTA 5P8CA 5P56A 2B8VA 3ER3E 2QNPA 4X2LA 3PSUA 5P8SA 4DFGA 5P3TA 2AOFA 4OBGA 5JFUA 3VF3A 4TVGA 1IDAA 2F3KA 3GI4A 5P5YA 5P3XA 1HTRB 4HDBA 5P41A 3BUFA 5P38A 3TPRA 5P17A 2ZDZA 4FGXA 4ZLSA 3H5BA 2JE4A 4R95A 3OY4A 5P03A 2G1RA 5P27A 2ZHVA 4RYGA 4EYRA 3SPKA 5OZ1A 1META 5P7DA 3WZ8A 5P1YA 4EJLA 3UQWA 5P51A 2H6TA 3SA3A 5P2FA 1FQ7A 5P8MA 2QU2A 1T7JA 4Y3DA 1HVLA 4D85A 5P6YA 4PHVA 1W6IA 3SAAA 1YX9A 3LIVA 4I8WA 1HTFA 1CZIE 4J54A 1ZJ7A 4AA9A 5P1WA 1XN3A 4RVXA 2A1EA 5P4EA 5OYSA 3LPKA 4Y5LA 5HDVA 6UPJA 2Q5KA 2QI0A 5P1JA 2FXEA 4LBTA 5P6TA 5P0KA 3GGAA 4ZEAA 3VV6A 5P3VA 5P34A 4J1HA 5P22A 5P2VA 2QMFA 5DR4A 2V13A 4FRJA 5P5XA 2VA5A 4I0GA 4H3JA 1PSAA 3ZKIA 4ZE6A 2RSPA 3VYEA 3PHVA 5UPJA 3KN0A 4L7HA 4NJSA 5P2RA 4DQFA 3R1GB 2AOEA 5OZRA 5COOA 3GW5A 5CLMA 5IE1A 2Z4OA 3UCBA 4JPEA 7UPJA 1SIPA 4FAFA 3FSMA 5KOQA 1BV9A 2SAMA 1FFIC 4Y5EA 5P69A 3UPJA 5P4BA 4NJTA 1KJ7A 5P36A 3NDTA 3Q4BA 5P1AA 1G2KA 5P7JA 1B6KA 4DJPA 3S54A 5P2XA 5P37A 1LS5A 4K4RA 5P3JA 4HVPA 5AHBA 4Y39A 5P5AA 4RCDA 4ZIPA 2QI4A 3CIDA 3NDXA 2V12C 1YTJA 3QP0A 5P3IA 3LINA 1HBVA 4LP9A 2BB9A 3MXDA 1QS8A 3NYGA 5P6RA 4I0EA 5P5JA 4H3GA 2ZYEA 5P0CA 3KMXA 4Y54A 3TOFA 1BDRA 3UDQA 3BXSA 1C6YA 1DMPA 5P4OA 3DM6A 2JJJA 5P48A 2HM1A 5P79A 2BKSA 4DQGA 2QMPA 5P2JA 4J1FA 5P15A 3EKVA 5P3FA 2ASIA 3EM4A 3UQRA 1OHRA 2I4XA 3PB5A 4KUPA 4A4QA 2VIEA 3UQXA 5P0IA 4DJUA 5HDXA 5E5KA 3EMYA 4Y56A 5OZIA 3OADB 3SFCA 5KQZA 5P07A 5OZZA 4EQJA 4Z22A 5HE5A 4CKUA 5P3SA 3NSHA 4CP7A 1B11A 5HE7A 5P1BA 4PZWA 4CPQA 1HVJA 4J1CA 3JVWA 2F3EA 2V11C 5P0MA 4GB2A 4COEA 2OHKA 3G6ZA 4XX4A 2NTRA 4KB9A 4ZSMA 5P3LA 3MXEA 5P1GA 1GVTA 5P31A 3L5BA 5I3VA 5DR3A 4U8WA 5OZPA 5P1LA 3OXWA 2AVVA 5P8HA 3ER5E 5P3GA 4Y3RA 5P5VA 5EZZA 2AZCA 2QD8A 5P02A 4OBJA 5P7QA 5OYZA 5P89A 2PWRA 5P87A 5P1KA 1NPWA 2QD6A 5P7XA 1IVPA 2AOHA 2PYNA 2B7ZA 5E5JA 3PJ6A 5P28A 5DR0A 5ISKA 4Y3XA 4DJQA 2PWCA 5P5BA 5P7CA 3NU6A 5P0JA 5OZFA 1HPOA 2WEAA 2QHZA 1ZTZA 1EPPE 5AGZA 5P7PA 5P4JA 3LPJA 1A30A 3VV8A 4YA8A 5P2GA 1C6ZA 1HVKA 5P3HA 3OXCA 2V00A 1D4HA 1AIDA 2AVSA 3RU1A 5P5WA 3OQ7A 4AA8A 2AQUA 5HU1A 4I0IA 2V0ZC 3MWSA 4D88A 5P0WA 2QP8A 3OQFA 3ST5A 2RKFA 3OTSA 3KFRA 3CICA 3KDDA 5P0DA 4WTUA 2Q64A 3KT2A 3O9GA 1A8KA 3DOXA 3M9FA 3VG1A 3L58A 2ZHSA 3BUGA 2OHSA 2VIZA 3HAWA 2FMBA 5DQ1A 1MERA 3PRSA 4GJCA 5AH7A 1BDQA 1APTE 2VNMA 2NXMA 4FLGA 5P40A 5P4MA 1SDTA 2IDWA 2FXDA 5P2YA 1MTRA 1GNNA 4OC6B 1RL8A 1KJGA 5P46A 2QZXA 3CYXA 2PK5A 3VLBA 3LZYA 3HLOA 4Y53A 2J9KA 3KF0A 4CPUA 1M43A 2VIJA 3VCMA 2NXLA 5P2OA 2QHCA 2VKMA 2WF3A 1KJ4A 5DGUA 5P5TA 3PCWA 4FRSA 5OZ6A 2OHLA 4RLDA 5P4WA 2OHNA 2FDDA 3PEPA 2J9JA 3R2FA 2J9JB 4LAPA 1MRWA 4E43A 5P8IA 2QD7A 4HEGA 4J1EA 3AUPA 1W5WA 4HDFA 3KYRA 2WF1A 5P8JA 3PWWA 4TRZA 4L7GA 5P4ZA 4Y38A 5P5DA 1EPLE 5P0QA 1M4HA 2EWYA 5P4KA 2APRA 3ZLQA 5P05A 1DP5A 3JVYA 2AZ9A 5P8PA 4I8ZA 4RRNA 2ANLA 5P82A 5ENMA 3MSLA 4Y58A 4DI2A 3QN8A 4RGHA 5P2QA 1WBKA 3CKPA 4Q1WA 2ZHTA 2AVOA 2HIZA 5P67A 3UHLA 5KR1A 1IBQA 3BGBA 2PQZA 4Y4TA 5P4FA 4H1EA 5P4VA 3PM4A 3QRSA 3APPA 5C9DA 1KJHA 1YM4A 5IVSA 1NSOA 4Y41A 3DCRA 3QVCA 1FF0C 3K5GA 4A6CA 3SO9A 5P2UA 5P6PA 1PSNA 3OUDB 2NMZA 2ZJLA 3NWXA 3LZVA 3NUJA 3TL9A 1B5FA 4PYVA 1B5FB 3UDJA 3HBOA 1FMUA 1K2BA 5P12A 1W5YA 2PSUA 4I0FA 3EBZA 5P2DA 5P1VA 1EEDP 4AUCA 2VA6A 2R8NA 1BILA 3LIYA 5OYWA 3ZMGA 1SDUA 3FIVA 4A6BA 3SA5A 5P63A 1T6EX 4Y3EA 1SMRA 4APRE 1IVQA 3BVBA 1APVE 2G1SA 5OZGA 1BBSA 4GJBA 5SY2A 5P1OA 5P7BA 4X7IA 2AOGA 4Y4JA 2PSVA 1NPVA 2HS1A 2R3WA 2QZKA 4YD7A 5OYVA 2VA7A 4ACXA 5P7LA 4Y36A 3HZCA 3EL0A 3TOGA 3Q70A 2CEMA 5P6NA 2F80A 2AODA 2XFKA 1MRXA 3OU1A 2WKZA 1SDVA 3EL1A 5P0GA 3L38A 2OHRA 5OYQA 4B77A 5P0AA 1K2CA 5P0XA 4I11A 5P66A 3APRE 3T7PA 3SM1A 5P5MA 3SKFA 5P0YA 2G1YA 5P7YA 3KM4A 4GZFA 1SMEA 4Y3WA 5P42A 3ZKQA 8HVPA 4CPXA 2UXZA 4NJUA 1IZHA 2B60A 5P1FA 5P2SA 3HDKA 5HDZA 2IENA 3B80A 1HIIA 4DJRA 4Y3HA 2ZGAA 3IGBA 4J0VA 4DVFA 5P4CA 2QNNA 5P01A 5OYTA 3Q3TA 5P8LA 1EPOE 5P6CA 2P83A 1FMXA 3BC4A 1RQ9A 5P6DA 2PSGA 5OZWA 3IVIA 5SY3A 1UPJA 1ZAPA 2RMPA 5P55A 1BVGA 1VIKA 5P58A 4Y5AA 5P73A 5P0RA 5P7GA 4FL8A 5P7NA 4Y3LA 5P0FA 4ER1E 2BQVA 1B6JA 4J1KA 4Y3TA 3T7QA 5P86A 4OBDA 5I3WA 5P1IA 5P32A 4ACUA 5P80A 4I0DA 4APEA 3DUYA 5P6VA 1E80E 4Y37A 3KDCA 1HVSA 4FIVA 5P2TA 3ZL7A 4IVSA 3WSJA 2G21A 3RSXA 3SA8A 4GJ9A 2JXRA 5P1PA 1HSGA 4GMIA 5P5SA 1PFZA 2ER6E 3JW2A 4B78A 4PPHA 5OZ4A 3UF3A 3EXOA 2BPZA 1HIVA 3IVHA 2VJ7A 5P3AA 5DQ2A 4TRYA 5P8FA 4LXMA 3EL4A 2Z54A 4M8YA 4FSEA 5P4GA 3FV3A 4DPFA 2HPFA 5HCOA 2P3BA 3K5CA 4DJVA 1HOSA 3QAAA 3NU4A 3S8IA 4HZTA 5P5OA 5I3YA 4Y4AA 1QBSA 5P7WA 4DJWA 1XN2A 5P6AA 4B72A 1SIVA 1ZPAA 5P8OA 5P8UA 5COPA 1FQ5A 5P61A 1D4IA 3KDBA 2ZJNA 5P06A 1TW7A 5OZQA 3KT5A 4K4QA 2R5PA 1TQFA 3R0YA 2Q15A 4QJ2A 1HEGE 3ZKNA 2O4NA 3S56A 2H6SA 1BVEA 5P1RA 2B7FA 2O4KA 2FLEA 5P6JA 3OGPA 3ZPSA 2F81A 3UDNA 5P25A 4Y4UA 5P64A 1HVHA 1TZSA 4EHCA 4KE0A 1MTBA 4RYCA 1MSMA 5P04A 5P3PA 2FNSA 2O4SA 3EL9A 5P8BA 4J55A 3TOHA 3SM2A 4J1IA 4R8YA 4Y35A 3VEUA 2AZ8A 5P5IA 5OZAA 3FNSA 3I25A 3L3AA 3PBDA 5P0VA 2AOIA 2FIVA 5OZ5A 5OYXA 5P7MA 4F73A 5OZ7A 5P6UA 3FNUA 1K6PA 3H0BA 1QBRA 5I3XA 5T4SA 5P4DA 5P4SA 3VYFA 1DPJA 4OBZA 1QRPE 5P50A 5DR7A 5ER1E 3O9AA 4F74A 5F01A 5OZ8A 5AHAA 1F34A 5P4AA 1ZBGA 4ZPGA 2VJ9A 2OHQA 4YOAA 5P6HA 4AMTA 5DPZA 3OWNA 3QROA 5CONA 3T7XA 4FRKA 3OK9A 5P09A 2NMYA 1FQ6A 3O99A 4ZSPA 4R91A 4MC2A 3N4LA 4QJAA 2P3CA 3K1WA 5P2EA 2VJ6A 2P3AA 5P47A 4GIDA 5AH6A 4JECA 2IKOA 3NLSA 2I4VA 5P45A 4RCFA 3SLZA 2G20A 3UFLA 1EC3A 5F00A 3SKGA 2XFIA 1WKRA 3NDWA 1AJVA 2AOCA 5P5RA 1LF2A 2V10C 4HA5A 2ZJMA 1QBTA 1J71A 1PPLE 2QI1A 2R43A 5P8TA 2IEOA 5P7AA 1FEJC 5P3WA 3IAWA 3I6OA 5P4TA 5P1EA 4RVIA 3VSXA 1MVPA 3LPIA 3EKYA 5P8DA 5P3ZA 5P2CA 1K1TA 5P3OA 2AIDA 1T7IA 4RZ1A 2G22A 2ER0E 3HAUA 5P30A 2UPJA 5SZ9A 3RTMA 4OBFA 2ZJKA 5PEPA 4Y4GA 3TH9A 2IGYA 3PMUA 3WZ6A 4QJ9A 5FIVA 2WJOA 3TKWA 1W6HA 2FDEA 5P5KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3D A;  3SA6 A;  3NUO A;  3VFB A;  1EAG A;  5P52 A;  2QK5 A;  2QHY A;  1GVV A;  5OZJ A;  4OC6 A;  4YCK A;  5P54 A;  1FIV A;  5P5Q A;  3R0W A;  4YD6 A;  4Y5B A;  3ZKG A;  3MSJ A;  1LV1 A;  3VF5 A;  4YCY A;  3TPJ A;  5P3B A;  5P6Q A;  3CYW A;  5P3E A;  1HPV A;  3N3I A;  3UQP A;  2WEB A;  5P84 A;  1TSQ A;  5P0Z A;  3LIZ A;  5OZ3 A;  2WEZ A;  1W50 A;  2OHM A;  5P5L A;  1Q9P A;  3BVA A;  5P5U A;  1MT7 A;  5P2I A;  3INH A;  4J0Y A;  4RRS A;  1BIM A;  1T3R A;  1ZLF A;  4R93 A;  2AVQ A;  3OQD A;  1AVF A;  5J25 A;  5P6L A;  1OEW A;  1GVU A;  4YDF A;  4D83 A;  5P81 A;  3UDP A;  5OZM A;  4QJ6 A;  5EZX A;  3OHF A;  4K8S A;  3QBH A;  1MT8 A;  2FS4 A;  4D8C A;  1W5V A;  1AM5 A;  1IZD A;  5P59 A;  1AZ5 A;  3KMY A;  3UFN A;  5P7S A;  3QRV A;  5P8N A;  3SA9 A;  1D4J A;  3LIT A;  1SH9 A;  1ZP8 A;  1EPM E;  1BAI A;  4FSL A;  1IDB A;  2WHH A;  1MPP A;  5P4X A;  5P6Z A;  5P2K A;  3MSK A;  3ZKS A;  5P7I A;  2ER7 E;  4EXG A;  4DQE A;  1QBU A;  3URI A;  3KFP A;  5P33 A;  4EJK A;  4AZY A;  1OD1 A;  4Z2Z A;  3NU3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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