3CKRA

Crystal structure of bace-1 in complex with inhibitor
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
392
structure length
379
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Synthesis, SAR, and X-ray structure of human BACE-1 inhibitors with cyclic urea derivatives
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 84
structure length 379
sequence length 392
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ckrA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ckrA02
5P4BA 4GJDA 2QI3A 2ZJNA 2OHQA 3FSMA 5OYUA 4DQGA 4R8YA 3ER5E 5P0GA 4FAFA 3LIYA 3T7XA 3NDWA 2HB4A 5COKA 4FM8A 3OQFA 1A8GA 2QD6A 2PSUA 4Y45A 3LIQA 5P7MA 1GNOA 1W6IA 2QCIA 2BPXA 4MC1A 4QJ6A 4LL3A 2BPVA 3QVCA 6FIVA 2A4FA 3F9QA 5P57A 3O9HA 1SIPA 5P4RA 5ISKA 5OZ2A 1AZ5A 5P5QA 4Y44A 4YA8A 5P4AA 1MESA 1T7KA 1TQFA 5P2OA 3PSYA 1IZIA 2R43A 5P29A 4YD7A 2G1OA 5HU0A 3NXEA 2J9JA 5P2NA 3D91A 4OD9B 5P2MA 1FQXA 3VLBA 5P6KA 5P4IA 4Y5KA 1UH9A 5P0NA 4FIVA 4Y4JA 3WB4A 3ST5A 1E81E 3SM2A 5P0KA 5DPZA 3INHA 2QNPA 5BS4A 3WB5A 2OHNA 3S43A 4EJLA 4DH6A 3FX5A 5P7FA 5IS4A 5P7OA 4ZSQA 5P1HA 3Q4BA 2O40A 5DR4A 2I4UA 2QI6A 5P5RA 5P3PA 3UDKA 1E80E 5P3YA 1IZDA 4AMTA 2XYEA 3IVIA 1N49A 1UPJA 4EJ8A 5P8EA 5HE5A 3QRMA 5P7QA 5P0BA 4L1AA 5P6XA 1VIKA 5KQYA 3KT5A 3LIXA 3QS1A 4J1IA 5AHCA 5P0MA 4B1DA 4QJ9A 2OHMA 5P7XA 1LYWA 5P63A 2JJJA 5P8QA 4DQCA 5P2GA 2QI1A 3PEPA 3G70A 4FE6A 1HIVA 4LP9A 3JW2A 1APVE 3MWSA 5P22A 1ZPKA 5OZTA 5P1JA 5ENMA 5P7KA 5P33A 3PHVA 3L5CA 4Y5MA 3KDBA 5P20A 1HHPA 4J55A 2QI4A 5P2IA 4J1KA 3TOFA 5P84A 3QI1A 3S8IA 5P61A 3EM4A 3CMSA 2B8LA 4H3GA 5P3HA 2NMZA 3EKQA 3QROA 5P17A 5P1DA 3HW1A 4FM7A 1LV1A 3OUDA 1XL5A 5P65A 5JFPA 2ASIA 4TRYA 4M8XA 3T3CA 1A9MA 5OYSA 3PRSA 5CONA 3S54A 2IRZA 1MT9A 4RVJA 3NR6A 5P2YA 1T7IA 1SH9A 5OZRA 5P2ZA 1MRXA 2XFJA 4I11A 3DM6A 5P04A 5P8HA 2ZHVA 4YDFA 1RQ9A 5P24A 6UPJA 2WF0A 5P1VA 3NU5A 3CKPA 4EYRA 5P1TA 5P10A 1AIDA 2G24A 2BB9A 5OYRA 3MXDA 5I3WA 5P7SA 5P4KA 4PZXA 4RRNA 2WJOA 5P36A 2FNSA 3QBFA 5P5KA 3ZKSA 2WEAA 3B7VA 5P44A 5P0JA 3PM4A 5P59A 4DJQA 5F00A 3ZMGA 3NU4A 3LIZA 4GJ8A 4KE1A 1W51A 5AGZA 5P15A 3UTLA 3QPJA 5APRE 4EQ0A 3G72A 4HDPA 1HXWA 4Y3MA 2B60A 4TVGA 4GMIA 2PWRA 2WHHA 3VF7A 4F74A 2HIZA 3SM1A 5P3BA 5SXNA 3INEA 4I8WA 3C9XA 4Y4TA 1ZBGA 1FLHA 2ZJJA 2Q5KA 3S7LA 4EHCA 4CKUA 2AVOA 5P1NA 1C70A 4LAPA 5OZKA 5P18A 2H6SA 2OHUA 5BWYA 5P8KA 3PCZA 1NPWA 1B6MA 1G35A 3O9LA 3OUBA 2V10C 5OZUA 1OEXA 3SKFA 1AAQA 3SA3A 3LPJA 1K6PA 3HAWA 5OZDA 5OYTA 4BFDA 1LYAB 5P1SA 3JVYA 4J54A 3DCKA 5P2HA 2FNTA 3GW5A 2WEDA 3OOTA 3HLOA 5P6NA 2OHLA 5P6YA 4ER4E 1BAIA 3G6ZA 1M0BA 4NJUA 3EKWA 5P6QA 5I70A 4ZSRA 1HXBA 2I4WA 5P08A 5OZYA 1FQ8A 5P5MA 1ZTZA 2HPFA 1FQ7A 4JPEA 1MERA 3LPKA 1HTGA 3VEUA 1TW7A 2QNNA 1GKTA 1GVXA 5P6EA 1SMRA 5P5ZA 2AZBA 5IVTA 4L7JA 5P5DA 4YCYA 2HAHA 2G1NA 3PWRA 1HIIA 2I4DA 1KJFA 3BVBA 5OYYA 3UFNA 4QJ2A 4D89A 4E43A 1B5FB 4PZWA 5P41A 2F81A 4DPFA 2AOCA 3D20A 3OQKA 5P6OA 5P0ZA 5P4TA 3HD8A 1KJGA 1EPQE 3TPPA 4NJTA 5P7UA 1APWE 1YTGA 3PB5A 5OZFA 2AVSA 3GGXA 1HVRA 3VSWA 5P8UA 5P4WA 4HZTA 3NYGA 4DJVA 5P0YA 5DR8A 5DQCA 3URJA 4Y53A 4Y3LA 4AA9A 2AOEA 5P0DA 2ZJIA 1XE6A 4Y5NA 1ZPAA 1HVIA 1W6HA 2QD7A 4R92A 3D1XA 1FG6C 4DJOA 5P7DA 1JLDA 4Y51A 1YM4A 4Z4XA 2BJUA 3IGBA 4LXAA 5P80A 1PSOE 1LF2A 5P7ZA 1FQ6A 4CPSA 3EMYA 2PYMA 4DFGA 1K2CA 3PWWA 5P0TA 4TRWA 4FM6A 1SMEA 5P5TA 4Y3QA 4XKXA 2WF4A 4ACXA 1XN2A 2VIZA 3L38A 3N4LA 3U71A 2FXEA 5ENKA 5P74A 2PWCA 3S85A 3H5BA 3RTNA 4L6BA 4DI2A 5P4PA 3TH9A 5P0AA 3T11A 2AOFA 2BBBA 5P2UA 5P85A 5P6JA 3BUHA 4GIDA 5P54A 5KR1A 2JE4A 4RYCA 5P2FA 2HM1A 4FRSA 2VS2A 3FNSA 4JP9A 1WKRA 2FGUA 3FIVA 2UXZA 1HVSA 1K6VA 3UDQA 3MXEA 1HRNA 2Z54A 5DR7A 3D3TA 2HC0A 4I0EA 4I0JA 5P5PA 1BVEA 5ER2E 3VYEA 2PMAA 5P2CA 3UDJA 2AOGA 4LHHA 5P2BA 5P3VA 2R5PA 4J0YA 3CIDA 4B0QA 4FRIA 1G0VA 5P35A 5P6TA 5P7LA 3OADA 4ZSMA 5JFUA 1KZKA 1ZSRA 3KN0A 1HVKA 2BKTA 3PLDA 2V0ZC 3UQPA 3MSKA 3HDKA 3APRE 1FFIC 5P07A 5P1ZA 3IN4A 5P2XA 2R9BA 3SACA 2WKZA 1FEJC 3WZ8A 4EP2A 1META 3T7QA 3UQRA 3L5FA 4Y4WA 3TPJA 3ECGA 1TSUA 4Y3XA 1ODWA 1C6YA 5P6WA 5P78A 1YTJA 5P2AA 4BEKA 3EL4A 4J0VA 3O9DA 3KFNA 5P26A 5P83A 1HPXA 2H6TA 4EJKA 1DPJA 1D4LA 3OOZA 3L58A 5P3SA 5P3DA 5C9DA 5P8FA 4KUPA 3N3IA 3NU9A 5P8SA 2CEJA 4GJ5A 5P51A 2JJIA 4HVPA 1EPOE 3SA4A 5P34A 2FS4A 1GVVA 4ER2E 3QRVA 1FQ5A 3OXVA 1B6KA 3EKYA 4FCOA 3INDA 1XDHA 5OZZA 3QP0A 1E82E 2AOJA 5P0LA 3PCWA 8HVPA 5P4UA 3WZ7A 1EPRE 4Y5AA 1HTEA 4MC6A 4OBDA 5P5WA 4ZPGA 9HVPA 2ZJHA 5P8OA 3PI5A 2VIJA 4ZE6A 1PFZA 3OWNA 1Z1HA 4OBGA 1MSNA 4RVIA 5P72A 5ISJA 2PSGA 5P0WA 1QBTA 1EBWA 3IXJA 5P5HA 2PSVA 3OGPA 4PPHA 3OUCA 3Q5HA 1SDVA 3I6OA 3SABA 3HAUA 1BDRA 3O9FA 3UF3A 1D4KA 3NWQA 5SY3A 1WBMA 1T6GA 2G27A 2VKMA 3OUAA 5UPJA 5P75A 4I0IA 5P77A 2OHKA 5KR0A 2O4SA 1LF4A 5P23A 3UDNA 5P4CA 3U7SA 4S1GA 5P7GA 5KQXA 1TCXA 4LXKA 4U7VA 4WTUA 4Y35A 2VNMA 5P0UA 5P6GA 1HTFA 4Y4UA 5P1YA 4CPQA 4Y3RA 3HZCA 5P32A 3O9AA 4DJXA 3K5FA 3VCMA 2V16C 1K2BA 3UQXA 5P73A 3OQAA 5OZ6A 1IVQA 5I3XA 5P3LA 4LXMA 5OYWA 1EC1A 2QNQA 1ENTE 5COOA 5JODA 5OZBA 2IKUA 3EKXA 5OZ0A 4OBZB 5P2SA 1DMPA 3QIHA 3NDUA 4D85A 3PJ6A 4Y37A 3K5CA 2IGYA 5P3TA 4Y4GA 3TL9A 2QU3A 5P7VA 5HVPA 2V13A 5E5JA 3ZKXA 5P4QA 1LYBA 5P2JA 1T3RA 1D4JA 2G26A 3A2OA 4YD6A 3ZL7A 1KJHA 5P6UA 4B77A 3U6AA 2QI0A 3UDHA 1RNEA 3EL1A 2FMBA 3M9FA 5P5UA 3RTHA 4PHVA 5P4VA 4KE0A 5OZ1A 4Y3YA 5P8PA 1G6LA 3UHLA 1ZLFA 5P2VA 4CPUA 4FSLA 3PBZA 3OU1A 5P12A 2EWYA 5P0HA 4CPTA 4Y5CA 3SLZA 4FS4A 2Q55A 2OHSA 2V00A 5P6ZA 2AOIA 2FLEA 5P4EA 5P88A 4Y3HA 5P3CA 3UDYA 3R2FA 2OHRA 1HWRA 3LNKA 4B72A 3BGCA 3L5EA 1HSGA 4Z2ZA 4APEA 2J9JB 4A6BA 1BDQA 1AXAA 3TKGA 5P13A 4NKKA 5P55A 4RRSA 1BVGA 3OU4B 4Y3WA 1QS8A 3L59A 5P7AA 5IE1A 2B7FA 5P7WA 3S43B 1AJXA 3FKTA 3EM6A 3LINA 2AQUA 5FIVA 1QDMA 5P02A 2RSPA 1PROA 4Y5LA 2FDDA 2VJ9A 2IGXA 2IQGA 2FDEA 3VG1A 5P8JA 2Q3KA 3LZYA 3L5DA 5P3UA 5BRYA 5P4ZA 4DVFA 3D1ZA 4GZFA 4Y3GA 1GNMA 1D4HA 2A1EA 3O9CA 4HDFA 1K6CA 3SFCA 4L1AB 4CP7A 5OZMA 5P68A 5P6VA 1B6LA 4A6CA 1LZQA 3UCBA 5P6MA 3TPLA 1ODYA 5P8GA 5P8LA 1W5XA 5KR2A 4HE9A 1MSMA 2MIPA 4Y43A 5P8CA 2ZHRA 1XE5A 2QZKA 3LIVA 3K5DA 5P0RA 1BXOA 4Y50A 1K1UA 3PLLA 1LF3A 4I0FA 3RSXA 4Y5EA 5P8VA 3KMYA 3IN3A 2QHYA 2AOHA 2R8NA 4MC2A 4RCFA 1BBSA 5P1LA 5OZHA 1VIJA 3OAGA 4EPJA 1OEWA 3OK9A 4K4QA 1QBRA 4XX3A 3CYXA 3EXOA 1CZIE 3OUDB 5P48A 1IIQA 1IVPA 4OC6A 4ZSPA 1GVTA 3TTPA 3GGVA 5P56A 2IEOA 5P47A 4Y3TA 4DJYA 4NJVA 5JG1A 5OZGA 4XXSA 3SKGA 2QZLA 1YT9A 3EM3A 1SBGA 4XX4A 4RCEA 4J5JA 2QZXA 5P7NA 4Y4XA 2I1AA 5P0QA 3QVIA 5P7BA 1QBSA 4YE3A 4F73A 5OZOA 5P5YA 4X7IA 4RZ1A 3KA2A 5P89A 4N00A 3ZKMA 1M43A 3PI0A 1EBYA 1FMXA 2ZE1A 5DR3A 1BWAA 5P1QA 3SA5A 1EC0A 5P45A 5P2EA 1ODXA 1W5WA 5P5AA 4Q1XA 3D1YA 5P0SA 4QJ8A 1DAZC 1T7JA 3OXCA 2FXDA 2Q15A 2ZJKA 2NR6A 4OBHA 4DJPA 2O4LA 5P3ZA 4Y58A 5AH6A 1IDBA 1XS7D 3BXSA 4EXHA 3KF0A 4H3JA 4FRKA 5P58A 3MSJA 2OHTA 4B1CA 1D4IA 3QN8A 1B11A 1Z1RA 4OBJA 1EAGA 4RCDA 4EJDA 5P6SA 5P1PA 5P5XA 4R95A 5EZXA 1PSAA 1EPLE 4LC7A 1MUIA 5KQZA 5P25A 1SP5A 2WECA 1K6TA 4B00A 5P7IA 2APRA 5P0PA 4D88A 3DOXA 5HE4A 2PC0A 4Y47A 1GVUA 4YD3A 5P2TA 4B05A 5P52A 3SA7A 4DJRA 4RLDA 3OHHA 4YBFA 1DP5A 5P3FA 5P3OA 5P7PA 2XYFA 1D4YA 1AM5A 4COEA 4GB2A 3TKWA 1BILA 3EL0A 3PSUA 4I0GA 2I4XA 1EBKC 4Z22A 3L5BA 5SY2A 2HPEA 5OZAA 4B78A 5P82A 3KT2A 1HPSA 3UDPA 3O9BA 3UQUA 4Q1YA 3BGBA 1HVLA 3TNEA 2RKGA 5I3VA 2I0AA 4GJ9A 4AZYA 2ZDZA 2ER9E 5OZCA 3B80A 4L7GA 3SA6A 2PYNA 3GGUA 4DV9A 4YHQA 3PSGA 4J0TA 4QJ7A 1NPAA 2QHCA 1UH7A 5P7HA 4FAEA 3GI5A 3KFPA 1EC3A 2P3BA 1HEFE 4Y3NA 4RYGA 3R0WA 3VF3A 5AH7A 5P4YA 5P4NA 2QI7A 2VJ6A 3DUYA 4J1CA 5OZQA 4HDBA 2ZHUA 3PBDA 4D83A 5P8MA 5TOLA 5P6AA 3OQ7A 5P6PA 1IZEA 3DV5A 5P27A 2BPZA 3VV7A 4Y3PA 5OZXA 5P2RA 2BPWA 3ZPTA 3OHFA 4Y5GA 5COPA 5P37A 5OZWA 2QMFA 5P1RA 5P4MA 3EKPA 5C9FA 4GJCA 5P1CA 5P70A 2R5QA 4I1CA 5OZ4A 5P11A 1HBVA 2JXRA 4JOOA 1PPME 4Y57A 1IBQA 5P1AA 4Y41A 1EBZA 5P76A 5KR8A 5IVRA 3ZPSA 5P3QA 4B70A 4EXGA 3GGAA 2AZ8A 2G69A 3MSLA 3GI0A 3PMYA 4U8WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4B A;  4GJD A;  2QI3 A;  2ZJN A;  2OHQ A;  3FSM A;  5OYU A;  4DQG A;  4R8Y A;  3ER5 E;  5P0G A;  4FAF A;  3LIY A;  3T7X A;  3NDW A;  2HB4 A;  5COK A;  4FM8 A;  3OQF A;  1A8G A;  2QD6 A;  2PSU A;  4Y45 A;  3LIQ A;  5P7M A;  1GNO A;  1W6I A;  2QCI A;  2BPX A;  4MC1 A;  4QJ6 A;  4LL3 A;  2BPV A;  3QVC A;  6FIV A;  2A4F A;  3F9Q A;  5P57 A;  3O9H A;  1SIP A;  5P4R A;  5ISK A;  5OZ2 A;  1AZ5 A;  5P5Q A;  4Y44 A;  4YA8 A;  5P4A A;  1MES A;  1T7K A;  1TQF A;  5P2O A;  3PSY A;  1IZI A;  2R43 A;  5P29 A;  4YD7 A;  2G1O A;  5HU0 A;  3NXE A;  2J9J A;  5P2N A;  3D91 A;  4OD9 B;  5P2M A;  1FQX A;  3VLB A;  5P6K A;  5P4I A;  4Y5K A;  1UH9 A;  5P0N A;  4FIV A;  4Y4J A;  3WB4 A;  3ST5 A;  1E81 E;  3SM2 A;  5P0K A;  5DPZ A;  3INH A;  2QNP A;  5BS4 A;  3WB5 A;  2OHN A;  3S43 A;  4EJL A;  4DH6 A;  3FX5 A;  5P7F A;  5IS4 A;  5P7O A;  4ZSQ A;  5P1H A;  3Q4B A;  2O40 A;  5DR4 A;  2I4U A;  2QI6 A;  5P5R A;  5P3P A;  3UDK A;  1E80 E;  5P3Y A;  1IZD A;  4AMT A;  2XYE A;  3IVI A;  1N49 A;  1UPJ A;  4EJ8 A;  5P8E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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