4F73A

Crystal structure of active hiv-1 protease in complex with the n terminal product of ca-p2 cleavage site
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase product
molecule keywords Protease
publication title Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of CA-p2 cleavage site
rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4f73A00
2BJUA 3SPKA 1HRNA 3EC0A 1W5WA 1OEXA 3Q5HA 5P5MA 4J0VA 4PZWA 5OZZA 2P3BB 3NDUA 2G20A 3HD8A 4AA8A 5P0EA 4EJDA 2WEBA 5OZ7A 4EPJA 3SLZA 3IN4A 5OZMA 3L5DA 3TH9A 1XE5A 4GB2A 1SP5A 5P48A 2G1OA 4I0EA 5P47A 3EKTA 5HTZA 3TOFA 4I10A 3APPA 4Y4WA 5P3UA 5P49A 4MC1A 3RTHA 2ZHVA 5P81A 1F7AA 3O9HA 3OTYA 4HDPA 5P2WA 5P33A 4CPUA 3ZKNA 1HTGA 4FAEA 4YCYA 5P11A 1HHPA 2HIZA 1NPVA 2I0AA 5AH8A 2P3AA 3TOGA 2WHHA 4FL8A 4HZTA 4Q1XA 5P7QA 5P38A 2ASIA 5P44A 3CMSA 5P7CA 4Y3RA 4Y4DA 2PC0A 5COPA 2WKZA 3QIHA 5F00A 2CENA 4XX4A 5PEPA 2ER0E 1HEFE 1FQXA 4BELA 1AAQA 3VLAA 4GJDA 3LNKA 1K2CA 2G27A 3QN8A 3SFCA 3NU5A 4IVTA 3SA7A 1MUIA 4FS4A 3IXJA 5P8IA 5B18A 2FIVA 4Y35A 1G6LA 2PK6A 3DM6A 3CICA 5P00A 1HVJA 3L58A 5P6ZA 1FFFC 1EBZA 1EPPE 1WBMA 4Y3EA 1CMSA 5P8JA 3ZKMA 4RZ1A 3RTNA 1BDRA 4LXMA 5OZDA 2AOIA 4Y3FA 5HU1A 3HLOA 5P6BA 5P4SA 4WY1A 2FLEA 5F01A 5P64A 1HIHA 4APEA 1M0BA 1HIVA 5P53A 3S43A 1UH9A 2VJ7A 4H3IA 1SDVA 3UDJA 5HVPA 4RVIA 3OU1B 4B00A 1FEJC 1JLDA 4A6CA 5P82A 1PFZA 2FMBA 4EJLA 5P63A 3NLSA 4B05A 3NU6A 2ZJMA 3F9QA 1AIDA 1RQ9A 4AZYA 5P2GA 1BIMA 4YCKA 4FM8A 5P52A 3UCBA 4DPFA 5P13A 5P55A 5P3WA 2ER6E 5P5UA 2QI5A 5P06A 5FIVA 5P7DA 3WSJA 5P2BA 4JP9A 2P83A 5P22A 4OD9B 4H3JA 3IXKA 4I0JA 5P0NA 2RMPA 3UDPA 2NXMA 3EKVA 5P2RA 4RCFA 4YDFA 3L5BA 5P7BA 3UDYA 3K4VA 3GGUA 1W6IA 3JW2A 3PMUA 3D20A 3GGVA 5P69A 2J9JA 5OZXA 1T6EX 5P43A 1EPNE 5BRYA 3QAAA 4RCDA 3BGCA 1IZDA 4E43A 5P1BA 1EC2A 1Z1HA 4CPQA 5P8CA 3Q6YA 4Y3JA 4FSLA 4F74A 3LPKA 5P6TA 1EC3A 5P5YA 4HE9A 2BPXA 1NPWA 5P7KA 5P6IA 2BPWA 3ZKGA 2BKTA 3EKXA 4J1CA 1YTHA 4R95A 3T11A 5HE4A 4Y39A 5DQ4A 5P7FA 5IE1A 2HPEA 3FNSA 2NNPA 5P0BA 5P3EA 5P7ZA 4XKXA 5P1AA 4I1CA 1A8GA 5P4OA 2I0DA 5DR8A 5P5HA 3LIVA 4YD3A 5P8NA 1PROA 1XDHA 1BV9A 5P3XA 4KUPA 5OZHA 5P1ZA 3OUCA 3N4LA 4GJAA 5P80A 1HVLA 4A6BA 2PSGA 3TPPA 4B1DA 2CEMA 5J25A 4Y3NA 1QDMA 5P0YA 4DQBA 5P6MA 3NDWA 4CP7A 5P0SA 5P1HA 4Y4BA 1FMXA 1EBKC 3CKRA 4NJUA 2OHPA 2I4UA 3NXEA 5P68A 2R38A 3EL1A 3TOHA 1EPQE 4K4PA 3ZPTA 5OZSA 3DK1A 3S45A 4JOOA 4LP9A 1IVQA 1MRXA 5OZFA 3BC4A 2G1YA 3SQFA 3NDTA 3JVWA 4NJTA 4L6BA 3O9IA 4ER2E 1Z1RA 4NKKA 3EL9A 2VIYA 4DUSA 5P59A 5JFPA 5P16A 1B11A 5P78A 3PEPA 2BQVA 2UXZA 1FQ4A 4K4QA 3PBZA 5P3ZA 4Y57A 1PPME 9HVPA 2AODA 3PHVA 5P40A 3VCMA 4QJAA 1HOSA 1LF4A 3KMXA 5HE7A 1MSNA 4F76A 1IIQA 2Z4OA 1FMBA 4JPCA 5P1GA 5OZ4A 5P4BA 4Y5MA 3S43B 4DJRA 2IENA 5P1IA 4NPUA 2QMFA 1EBYA 5P7IA 2QI7A 1EEDP 4HDBA 5P2FA 1YM4A 5IS4A 2BPVA 4Y4GA 2HM1A 3BRAA 2AVSA 2QMGA 1MSMA 4QJ7A 2ZYEA 1IDBA 5P67A 3VFAA 4AMTA 3NYGA 3RSVA 3TPJA 4OBDA 3LIYA 4Y4XA 5P7PA 2FS4A 4DQFA 2AZCA 3PRSA 4PHVA 4YD4A 3T7QA 2BPYA 3OGPA 1META 2VA5A 1FGCC 4J1KA 3O9GA 2NXDA 2PYNA 1D4YA 1APUE 2QI3A 1J71A 3BVAA 2F3FA 3EKWA 3GI4A 5P8EA 3IVIA 5P0OA 1UH7A 1DMPA 3ECGA 3I8WA 5AH7A 4TVGA 3UDMA 2BB9A 5OZ1A 2Z54A 4QJ6A 1MEUA 2CEJA 2F8GA 2J9JB 2F81A 2WEDA 2WL0A 3DV5A 2QZLA 2WF3A 4LXAA 5P5LA 1KJ4A 5P88A 3VLBA 3JVYA 2QD8A 3UTLA 3OQDA 5P8AA 1SDUA 5P4FA 1W51A 3PLDA 3T6IA 3EM6A 3IAWA 3WB4A 5P1VA 5HCTA 3GGXA 1MTRA 5P4QA 5P1SA 3OQKA 2QAKA 3S85A 4ZE6A 5P75A 4EP2A 2IGYA 5P3HA 4Y5NA 5P2UA 4GJ8A 2O40A 5P32A 1BDQA 4Y38A 3LZVA 4ZPEA 2XYEA 4FIVA 5P0VA 4K9HA 5P7UA 5P1YA 3IXOA 5AH9A 2G1SA 2UY0A 4PPHA 3PSUA 3KDCA 5P4AA 1MT8A 4YHQA 2HS2A 4J5JA 2QZXA 2VNNA 5P8BA 4Y3AA 5P39A 4DJQA 2VNMA 5P8OA 2P3DA 1ZJ7A 3AIDA 5P2TA 5P23A 3L38A 4EQ0A 1FIVA 5P34A 3G70A 4Z50A 5HDXA 2Q3KA 4B78A 5P71A 4M8YA 1GVTA 5OYXA 5P04A 3KYRA 5P8UA 1W5XA 5P7TA 1B5FA 2WF4A 4J1IA 5EZXA 5P0IA 3L5CA 1RV7A 4I0FA 2VKMA 3PCZA 2B60A 1C6XA 3GI0A 5P7MA 1B6KA 1AJXA 5P3AA 4GZFA 1HWRA 4LXKA 2B8VA 4EJ8A 5P4NA 4ZSPA 3L59A 4EP3A 3NR6A 3EKQA 5P0GA 3AUPA 3UQXA 1HXWA 2O4KA 4Y45A 4CPXA 2IS0A 2G22A 5P26A 2V11C 3Q4BA 4AUCA 1ODYA 2H6TA 1LEEA 2V00A 4EHCA 5P4JA 4ER1E 4Y6MA 3OU4B 1IVPA 3URJA 5I3YA 3D1XA 5P54A 5P70A 3EL4A 5HE5A 4EWOA 4B1CA 3NU4A 3QRVA 3NUOA 5P2SA 2AQUA 2OHUA 3Q70A 1QBSA 2P8HA 1BBSA 3NWQA 4CMSA 1OHRA 3UQRA 5P7VA 4Y3QA 4Y5PA 3DUYA 3NDXA 1EC1A 2IRZA 1XN3A 1QBTA 1SGZA 3MSLA 5P4HA 4Q1NA 2O4SA 2QI4A 4I12A 5P2OA 4I0ZA 1D4KA 1CPIA 1GKTA 5E5JA 3VV7A 5OYVA 5P50A 3S56A 5KR1A 3BXSA 4Y5BA 1IZHA 3UQUA 2VA7A 5P83A 4D89A 5P2VA 5P5RA 5P72A 3KT5A 5P8SA 3O9FA 4OBZA 3HVPA 3IVHA 3SA6A 5P18A 5P7LA 1EPME 1NSOA 3PI0A 1MRWA 5P1WA 1QRPE 3PLLA 4MC9A 3HAWA 1DIFA 2RSPA 3LZYA 5P4EA 1FB7A 5P05A 2A1EA 5I3WA 5OZCA 5P5EA 2Q54A 5P4YA 3UF3A 2F80A 4EYRA 2BPZA 1DP5A 2XFIA 2VA6A 1KJ7A 4J1HA 2IKOA 3OGQA 3KDDA 5P0DA 7HVPA 4RRSA 5OZRA 5BS4A 2ER9E 4J0ZA 4I8WA 5P3QA 5P0MA 3PSYA 3K5FA 3OTSA 5HD0A 1N49A 3ZKSA 5ISKA 5SZ9A 3TKWA 2Q15A 2VIJA 5P6VA 2RKGA 4UPJA 4Y4ZA 1SIPA 5P2CA 3VYDA 5P65A 3SM2A 4HDFA 4Y4JA 5HCOA 5OZ3A 5P42A 2PSVA 1M4HA 3SA9A 3S7MA 5P6FA 3ZOVA 1BVEA 3D1ZA 1QBUA 4MC6A 5P2QA 1B5FB 5P3YA 5P87A 5P0TA 3K1WA 3KM4A 5OZWA 3PBDA 3URIA 5P51A 1TSQA 2PH6A 4H3GA 2Q55A 5OZNA 4RCEA 5P5IA 2R5PA 4GJ9A 1LZQA 1D4HA 4DJOA 4YA8A 2I4VA 3M9FA 3OUBA 5P5JA 5P8KA 5T4SA 5P3GA 4FM6A 5P5BA 3O99A 5P2DA 4YD7A 1E80E 3VV8A 2HPFA 2NNKA 3EXOA 2Q64A 5P7GA 5P8RA 1FQ7A 1EC0A 1BWAA 4Z2ZA 5P4TA 2AIDA 1XL2A 1LV1A 4I0GA 4RYCA 5P01A 5P24A 2R5QA 1A8KA 4Y9WA 5P1OA 5P4KA 4DPIA 2QNNA 4Y3PA 3DOXA 5P45A 4F75A 5AHCA 4I0HA 3LZSA 4Y4EA 1C6YA 3UDKA 5ENMA 1D4IA 6APRE 3WZ8A 5ISJA 4KE0A 1T6GA 2JE4A 5SY2A 5C9BA 4ZLSA 1PSNA 4Y3LA 3CIBA 3CKPA 2ZJIA 5P5ZA 5P2NA 3FSMA 5P76A 5P0QA 2AVVA 5P03A 3HVGA 3ZPUA 5OZAA 5P8PA 3PWMA 2NPHA 5P02A 3PM4A 2QK5A 4ZSRA 2P4JA 4Y44A 2AOGA 5P0KA 5P6JA 5P17A 4OBFA 3ZL7A 3TNEA 4DQEA 3HZCA 4WTUA 5P7XA 3QVIA 3OK9A 3EM3A 3DV1A 5P7YA 3S54A 4OBZB 4RVXA 4Y37A 5P61A 4Y3DA 4D88A 4J1EA 1TCXA 1LYWA 1GVWA 1ZLFA 2AOFA 5P1UA 1W5YA 4QJ8A 3PI5A 5EZZA 2QCIA 4Y5EA 3SKFA 2FNSA 2G69A 4FE6A 2WJOA 4APRE 1IZEA 2VIEA 2PSUA 3PB5A 1FQ5A 4H3FA 1APTE 5P07A 3INFA 3FNUA 4FRJA 4RLDA 5COOA 1NPAA 4BFDA 4NJSA 2HAHA 5P4PA 4IVSA 4TRZA 5OZBA 3K5GA 2FDEA 3SO9A 5P89A 3KFSA 5OYUA 2Q63A 1K6CA 4J0YA 2QMPA 5P8HA 5P3MA 3TTPA 3OADA 3RVIA 3L5FA 4D85A 4YD5A 3O9LA 3QBHA 4FRIA 4XX3A 5P5FA 1BDLA 5OZUA 5P3JA 4DFGA 1PSOE 4JPEA 4LL3A 2FGUA 1FKNA 2ANLA 5P6KA 5P74A 2VJ6A 4QGIA 3FV3A 2PWRA 1LS5A 1BV7A 1LYBA 5P56A 1KZKA 4OBJA 5P3VA 5P2KA 3LITA 5P6DA 4GJ7A 3D1YA 3FKTA 5P46A 1K2BA 5P85A 5P2LA 5P2EA 1DAZC 4PYVA 4OBGA 4BFBA 3QBFA 5P28A 5P5OA 5BWYA 1HSHA 3OUAA 5P6WA 1AXAA 5P36A 5P4IA 3RTMA 3LZUA 5P6XA 3URLA 4DJYA 4X7IA 4Y3TA 1FMUA 3O9CA 1XL5A 2WEZA 4B0QA 4Z22A 5P2XA 8HVPA 4RRNA 1E81E 5P5SA 5P4XA 5DGUA 1BVGA 1DPJA 3DJKA 4R91A 3Q3TA 4PEPA 5P8VA 1RPIA 3ER5E 3CYXA 5I70A 3BGBA 3D3TA 1AM5A 5P3LA 5P5PA 4QJ2A 3LPJA 3I2LA 1HVKA 2I4DA 2QI6A 1YM2A 2R43A 5IVSA 1XN2A 5JG1A 1UPJA 3UFNA 3UDQA 5P09A 1ZP8A 1B6JA 1FLHA 3MSKA 5P5GA 2QNQA 5P1LA 1ZSRA 2AZ9A 4I0DA 3QVCA 4J0PA 4Y3ZA 3OUDA 5P5XA 2BKSA 4YCTA 2QD6A 3VV6A 1TW7A 1HTRB 4Y5KA 4YDGA 5ENKA 2G21A 3D91A 5P6SA 4L7JA 3GGAA 4DVFA 3RU1A 5P0CA 3GI5A 5JODA 3QROA 2I4QA 1C70A 5DQ2A 5ER2E 2QD7A 3PWRA 4L1AA 2QU3A 1A30A 3FX5A 1VIJA 3OXCA 4Y4TA 3G72A 2AOEA 2G1RA 2FXDA 5P7OA 3SACA 3HDKA 4CPWA 1B6MA 4L7HA 3K5DA 2OAHA 2OHSA 3ZKQA 4AA9A 3SA5A 5P6UA 5IVQA 5P5AA 2VJ9A 5OYYA 3PVKA 5P7NA 3RSXA 2I1AA 4YD6A 1E5OE 3HBOA 4DQGA 1MESA 2PYMA 1SDTA 5P73A 1ER8E 3R2FA 3BUFA 4B70A 5P58A 3S8IA 3K5CA 5P3OA 3TLHA 5P6PA 5P4VA 4Y4AA 3LIQA 3H0BA 5KQXA 1GVVA 2I4WA 4Z4XA 2PQZA 1VIKA 2B7FA 1U8GA 2ZHRA 5OZTA 4FRKA 5DQ1A 1K1UA 6UPJA 3OU3A 5IVRA 5HU0A 3UDNA 2FDDA 5P0LA 3ZKIA 5P5VA 3VEUA 3N3IA 1SMRA 3MXDA 4HEGA 1WBKA 1YX9A 3OADB 3OAGA 5I3XA 3UDRA 2AVMA 4NPTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BJU A;  3SPK A;  1HRN A;  3EC0 A;  1W5W A;  1OEX A;  3Q5H A;  5P5M A;  4J0V A;  4PZW A;  5OZZ A;  2P3B B;  3NDU A;  2G20 A;  3HD8 A;  4AA8 A;  5P0E A;  4EJD A;  2WEB A;  5OZ7 A;  4EPJ A;  3SLZ A;  3IN4 A;  5OZM A;  3L5D A;  3TH9 A;  1XE5 A;  4GB2 A;  1SP5 A;  5P48 A;  2G1O A;  4I0E A;  5P47 A;  3EKT A;  5HTZ A;  3TOF A;  4I10 A;  3APP A;  4Y4W A;  5P3U A;  5P49 A;  4MC1 A;  3RTH A;  2ZHV A;  5P81 A;  1F7A A;  3O9H A;  3OTY A;  4HDP A;  5P2W A;  5P33 A;  4CPU A;  3ZKN A;  1HTG A;  4FAE A;  4YCY A;  5P11 A;  1HHP A;  2HIZ A;  1NPV A;  2I0A A;  5AH8 A;  2P3A A;  3TOG A;  2WHH A;  4FL8 A;  4HZT A;  4Q1X A;  5P7Q A;  5P38 A;  2ASI A;  5P44 A;  3CMS A;  5P7C A;  4Y3R A;  4Y4D A;  2PC0 A;  5COP A;  2WKZ A;  3QIH A;  5F00 A;  2CEN A;  4XX4 A;  5PEP A;  2ER0 E;  1HEF E;  1FQX A;  4BEL A;  1AAQ A;  3VLA A;  4GJD A;  3LNK A;  1K2C A;  2G27 A;  3QN8 A;  3SFC A;  3NU5 A;  4IVT A;  3SA7 A;  1MUI A;  4FS4 A;  3IXJ A;  5P8I A;  5B18 A;  2FIV A;  4Y35 A;  1G6L A;  2PK6 A;  3DM6 A;  3CIC A;  5P00 A;  1HVJ A; 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 5JFP A;  5P16 A;  1B11 A;  5P78 A;  3PEP A;  2BQV A;  2UXZ A;  1FQ4 A;  4K4Q A;  3PBZ A;  5P3Z A;  4Y57 A;  1PPM E;  9HVP A;  2AOD A;  3PHV A;  5P40 A;  3VCM A;  4QJA A;  1HOS A;  1LF4 A;  3KMX A;  5HE7 A;  1MSN A;  4F76 A;  1IIQ A;  2Z4O A;  1FMB A;  4JPC A;  5P1G A;  5OZ4 A;  5P4B A;  4Y5M A;  3S43 B;  4DJR A;  2IEN A;  5P1I A;  4NPU A;  2QMF A;  1EBY A;  5P7I A;  2QI7 A;  1EED P;  4HDB A;  5P2F A;  1YM4 A;  5IS4 A;  2BPV A;  4Y4G A;  2HM1 A;  3BRA A;  2AVS A;  2QMG A;  1MSM A;  4QJ7 A;  2ZYE A;  1IDB A;  5P67 A;  3VFA A;  4AMT A;  3NYG A;  3RSV A;  3TPJ A;  4OBD A;  3LIY A;  4Y4X A;  5P7P A;  2FS4 A;  4DQF A;  2AZC A;  3PRS A;  4PHV A;  4YD4 A;  3T7Q A;  2BPY A;  3OGP A;  1MET A;  2VA5 A;  1FGC C;  4J1K A;  3O9G A;  2NXD A;  2PYN A;  1D4Y A;  1APU E;  2QI3 A;  1J71 A;  3BVA A;  2F3F A;  3EKW A;  3GI4 A;  5P8E A;  3IVI A;  5P0O A;  1UH7 A;  1DMP A;  3ECG A;  3I8W A;  5AH7 A;  4TVG A;  3UDM A;  2BB9 A;  5OZ1 A;  2Z54 A;  4QJ6 A;  1MEU A;  2CEJ A;  2F8G A;  2J9J B;  2F81 A;  2WED A;  2WL0 A; 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 3LZY A;  5P4E A;  1FB7 A;  5P05 A;  2A1E A;  5I3W A;  5OZC A;  5P5E A;  2Q54 A;  5P4Y A;  3UF3 A;  2F80 A;  4EYR A;  2BPZ A;  1DP5 A;  2XFI A;  2VA6 A;  1KJ7 A;  4J1H A;  2IKO A;  3OGQ A;  3KDD A;  5P0D A;  7HVP A;  4RRS A;  5OZR A;  5BS4 A;  2ER9 E;  4J0Z A;  4I8W A;  5P3Q A;  5P0M A;  3PSY A;  3K5F A;  3OTS A;  5HD0 A;  1N49 A;  3ZKS A;  5ISK A;  5SZ9 A;  3TKW A;  2Q15 A;  2VIJ A;  5P6V A;  2RKG A;  4UPJ A;  4Y4Z A;  1SIP A;  5P2C A;  3VYD A;  5P65 A;  3SM2 A;  4HDF A;  4Y4J A;  5HCO A;  5OZ3 A;  5P42 A;  2PSV A;  1M4H A;  3SA9 A;  3S7M A;  5P6F A;  3ZOV A;  1BVE A;  3D1Z A;  1QBU A;  4MC6 A;  5P2Q A;  1B5F B;  5P3Y A;  5P87 A;  5P0T A;  3K1W A;  3KM4 A;  5OZW A;  3PBD A;  3URI A;  5P51 A;  1TSQ A;  2PH6 A;  4H3G A;  2Q55 A;  5OZN A;  4RCE A;  5P5I A;  2R5P A;  4GJ9 A;  1LZQ A;  1D4H A;  4DJO A;  4YA8 A;  2I4V A;  3M9F A;  3OUB A;  5P5J A;  5P8K A;  5T4S A;  5P3G A;  4FM6 A;  5P5B A;  3O99 A;  5P2D A;  4YD7 A;  1E80 E;  3VV8 A;  2HPF A;  2NNK A;  3EXO A;  2Q64 A;  5P7G A;  5P8R A;  1FQ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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