4EYRA

Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease in complex with ritonavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Insights into the mechanism of drug resistance: X-ray structure analysis of multi-drug resistant HIV-1 protease ritonavir complex.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4eyrA00
4Y47A 4Y57A 3DK1A 4QJ2A 5SY2A 1BDLA 3S43B 5OZ4A 1EC1A 4OBGA 5KR0A 4PHVA 2VS2A 4J0ZA 5P04A 4Y4DA 4WY1A 3HVPA 3UCBA 3OU1B 1PSAA 1B6MA 5P3LA 1HXWA 1ZJ7A 2WF0A 5P0ZA 3TOHA 3UQUA 5I3WA 5P3AA 4Y4ZA 5P5NA 5DR4A 4HA5A 1QBTA 5P32A 1HVLA 5P83A 3IVHA 9HVPA 4Y35A 2IEOA 7HVPA 3QPJA 2VA6A 1A9MA 1GVUA 1UH8A 4U8WA 5HDZA 3CICA 4KE0A 5KAOA 1LEEA 3OUBA 3PBZA 4FM6A 3NYGA 5P8QA 2WF1A 3IGBA 4Y51A 5P2EA 1HPSA 5OYVA 2FS4A 3K4VC 4I8WA 4LL3A 2J9KA 5P1LA 4Y3LA 5OZ6A 3RTNA 5OZTA 5P56A 1VIJA 5P2OA 3R4BA 3OTSA 1HPOA 4WY6A 2P8HA 3BRAA 4FM7A 4QGIA 3VLAA 2AOGA 2VJ6A 5OZYA 3OK9A 1HVHA 1UH9A 5P3MA 1NSOA 1W51A 3VFBA 3APPA 4OBJA 3IN4A 1EPQE 2QD6A 3CKRA 4D8CA 3Q3TA 3EL0A 2HPEA 3EKQA 1QBRA 3K1WA 1HIIA 1CZIE 5P2JA 1W5VA 5P0BA 2G22A 4I0EA 3PEPA 3FX5A 4YHQA 3S2OA 5P5DA 3SACA 1EPME 2R5QA 4FGXA 4J1EA 5P78A 5E5KA 2VKMA 3OU4A 3FKTA 4RYGA 3EC0A 5DR1A 5P4HA 1DP5A 1OEWA 3NU9A 3ZKIA 3SQFA 1TZSA 3TPLA 2AQUA 4RCEA 5P8HA 3SA7A 3TNEA 4Y3YA 4J1KA 5HU1A 3LINA 5P7QA 3VEUA 3VF7A 3OADA 5P7TA 4LP9A 2QNQA 3VYFA 5P5TA 5P8KA 3WB5A 4GZFA 2JJIA 3Q70A 1IZIA 2R5PA 3O9LA 4APEA 5P4SA 3PBDA 3SM2A 4J55A 1FG6C 4RLDA 1MERA 4Q1WA 5HTZA 5P1XA 3UDQA 4J1HA 2G26A 2QHZA 2VA7A 5SZ9A 5OZGA 3ZOVA 5P2ZA 6FIVA 5P7IA 4H3JA 1MT8A 5P0VA 3QS1A 2PH8A 4ZE6A 3VCMA 4K8SA 5P0GA 2AVSA 3NUJA 5P0AA 3L5CA 5P5JA 1BDRA 3O9BA 4Y56A 2OHMA 4MC9A 3OUDA 5P0WA 3PGIA 4QJ9A 5DGUA 5P6VA 4Y4GA 1GVWA 5HDUA 2NR6A 5P6YA 5P13A 5P3XA 1ZSFA 5P70A 2BKTA 3QIHA 5P7CA 4I0DA 2P3BA 5P28A 5DQ2A 3OGQA 4Y5CA 3NDUA 2WEZA 3PCWA 2PC0A 5P07A 3S8IA 5P59A 3GGUA 3INDA 5P4UA 1AM5A 2JE4A 5OZJA 2UXZA 3EL5A 5P2FA 3R0WA 4KUPA 5OZMA 4TVHA 1HTRB 3LZUA 2FDEA 3EKYA 1AXAA 3N3IA 5P6CA 5P7NA 3NWQA 3JVWA 4QJ6A 2VJ9A 5P4NA 3TKGA 4K4PA 3URJA 5P4JA 4YCYA 2VJ7A 1FQ7A 5P1IA 4RGHA 3LZSA 4DPIA 4FAEA 1HWRA 3L5EA 5P3NA 5P22A 5P57A 1W5XA 2FLEA 4XXSA 2FNSA 4Y3WA 5OYUA 5P35A 1EBKC 4GJ8A 5P10A 4Y3AA 2HS2A 4Y5KA 4ER2E 2BJUA 3PVKA 2AZ8A 2PWCA 3URIA 4R93A 4BEKA 5P4QA 1MESA 5P33A 2V0ZC 5P1FA 2P3CA 8HVPA 3IA9A 3O9IA 3CYXA 5I3VA 3F9QA 1KJHA 5OZRA 4U7VA 1ZSRA 4DV9A 1K6VA 2ER9E 4BFDA 1XN2A 5P64A 3OU3A 1YTJA 4RROA 1MSNA 3DCRA 3UDHA 2OAHA 4Y3QA 5AHBA 5P8NA 4Y3HA 4OBFA 5P18A 5HCOA 5P1CA 5P2TA 3RTHA 2F8GA 3IN3A 3PSGA 5P0EA 3L38A 5P1UA 3HAWA 1QBUA 3I25A 1MIQA 2AZCA 4QJ7A 2OHKA 5JODA 4Y3ZA 1SGZA 4TRYA 3GI0A 3MXDA 1MEUA 3FV3A 5P6BA 5B18A 5P4CA 5P0CA 5P52A 1GVVA 2WL0A 2UY0A 5P0JA 5P5EA 3UPJA 5P5OA 5OZWA 1HSGA 5P42A 3ZPSA 5P03A 1FB7A 5P1SA 5P6HA 4DUSA 4YOAA 5KQZA 5DGWA 5P3ZA 1IZHA 1MT7A 1ZBGA 4EP2A 3CYWA 5P5SA 2FNTA 1M43A 2IGXA 1YTIA 5COPA 3BGBA 4RCDA 2F3FA 4H3GA 3FNSA 4YD3A 2AZBA 5OZ5A 4I0ZA 4J0YA 2O4PA 4FS4A 5T4SA 1QS8A 3TKWA 5P6XA 2CEJA 4WTUA 6UPJA 3PM4A 4DJVA 3RTMA 5P8JA 4PZXA 3IXOA 5P3PA 2F3KA 3OU4B 4FSLA 3ZL7A 1EPRE 3FNUA 5ER1E 2FIVA 3D1ZA 3EKPA 3PJ6A 3NU6A 2G1SA 3LZYA 3HDKA 5P8VA 5OYQA 4NJUA 1A8GA 4RCFA 5P8TA 2R38A 1K6CA 5P6RA 3DCKA 3TH9A 3D91A 3L58A 4H3IA 3CKTA 3EKTA 5P1GA 3TLHA 4ZSRA 3OADB 5P4VA 2QMPA 5P55A 3SA4A 1FFIC 4M8XA 3O9LB 3SLZA 3T6IA 5J25A 1HVRA 2BPXA 2G94A 3FIVA 5DR3A 3LIQA 5P7VA 3NXNA 3O9CA 1IBQA 3KFPA 5OZ0A 4YOBA 4J1IA 1W6HA 2ER0E 5P7FA 2R9BA 4CKUA 1HXBA 2HB3A 5TOLA 1C70A 1FQ8A 1AJVA 1LF2A 5IVSA 5P23A 3OXCA 2QMGA 1N49A 4X2LA 5P2RA 3PB5A 3VV6A 5P65A 4D89A 4QJ8A 2I4VA 5P6UA 1DPJA 4HDPA 3N4LA 5EZZA 4MC6A 5KOQA 1OHRA 2VIEA 5OYZA 5P1MA 3OUDB 5F00A 5P48A 5IS4A 3KDDA 4L7HA 3INHA 1IIQA 5P60A 4J1CA 1KJ7A 5P29A 1D4KA 1FQ4A 5P1QA 1BVEA 4ER1E 2P3BB 1QRPE 1META 4Y37A 2WKZA 5AGZA 4Y4WA 1LYWA 2NTRA 1D4LA 5IVTA 1KJFA 4GJDA 5P0XA 5OZUA 4YD7A 5P7OA 2AODA 1HVIA 4JPCA 1MTBA 5P84A 1ENTE 3HVGA 4H1EA 3KDCA 4Y5EA 4Y5PA 2ER7E 1C6ZA 3Q6YA 2AZ9A 5P4WA 4MC2A 5HCTA 1HSHA 2XFJA 2VNNA 4MC1A 3ZKSA 1ZP8A 4OBDA 4TRZA 4YDGA 3VSWA 1ZTZA 1ODWA 3FSMA 2VIJA 1GVTA 5P80A 4FRKA 3G70A 1ODYA 5P1BA 5P8DA 2G1OA 1MUIA 4Y54A 1CPIA 2ER6E 3NXEA 4B0QA 1IDAA 2P83A 2ZJMA 5P88A 4Z2ZA 1SIVA 5I3YA 1EBWA 3MSKA 1BIMA 1M0BA 1XN3A 5P4DA 1ER8E 4J1FA 4NJTA 5KQFA 3EMYA 4CMSA 5P7DA 5P34A 2QHYA 3G6ZA 5AH9A 5P4FA 5P7RA 5P7SA 2QZWA 5P3VA 5P0FA 4B78A 3H5BA 4DJQA 5P7UA 4F74A 2ZJLA 5P7GA 2G69A 4Y3XA 1RNEA 4CPXA 5P0DA 2WF2A 5P71A 5P05A 2QK5A 2AOFA 1AZ5A 4GJ6A 4I1CA 2G1RA 2XFIA 3G72A 3O9HA 2XYFA 2A4FA 4HE9A 4I11A 5P2VA 5P8OA 1FLHA 4N00A 5IVQA 1J71A 1BILA 2HC0A 3EKXA 3U71A 5P76A 5P0NA 4YDFA 5CONA 3IVIA 5P6IA 4A6BA 4YCKA 5P2NA 2BKSA 3OOZA 2WHHA 1SH9A 4PPHA 4B05A 2B7ZA 3QP0A 5P19A 3ZKXA 2R3TA 1B6LA 5P4ZA 4Q1YA 1BAIA 1LYAB 3DV1A 4R92A 5P0PA 5P4PA 3T7PA 1XE6A 5P0MA 4BFBA 2PWRA 5P6SA 4L7GA 3T11A 1LS5A 5OZKA 5P4KA 2ZHTA 3BVBA 5P4BA 4L1AB 1EPOE 1HOSA 1HBVA 3UDNA 1A94A 3INFA 1MVPA 3PWRA 5P3EA 3T7XA 5I70A 5P6EA 1LYBA 5OZBA 5P3WA 3ST5A 4KB9A 5P8RA 1PFZA 5P5YA 5P5XA 5P26A 4ZEAA 1TCXA 5P85A 2R43A 1T3RA 3HW1A 4YD4A 1FF0C 4Y58A 4PEPA 5DQCA 3ZKNA 5P5WA 2IKOA 4R95A 5P4IA 3O9GA 2PK6A 5HE7A 3WB4A 4DQCA 5FIVA 1E80E 4Y5AA 1GNNA 2PSVA 3UDMA 1E5OE 1FQXA 5AH7A 4AZYA 5P1JA 5DR7A 5P6NA 4LAPA 3VSXA 5P44A 5P6FA 3ZPTA 1D4IA 1B11A 1W5WA 1APWE 3OGPA 3FNTA 2EWYA 1FFFC 1OEXA 3LHGA 3S7MA 2QI4A 1APTE 5OZOA 5P74A 3L5DA 2B7FA 3EM6A 4Y6MA 4ZIPA 5OZ7A 4I8ZA 3SA3A 5P87A 2BB9A 4RRSA 5P2WA 1XDHA 5OZIA 1TW7A 4XKXA 1SDTA 3SA8A 5P7YA 2BPVA 2I0DA 1BDQA 5BRYA 1A30A 2Q3KA 5P3GA 2ZJNA 3O9FA 4LXMA 5P6AA 2ZYEA 4Z4XA 4OC6A 4DI2A 1DAZC 5P1WA 3LIYA 3K5CA 2BPWA 5P4RA 5OZEA 4DJPA 1HTFA 1LYWB 2B42A 3DM6A 5P1PA 5P02A 3K4VA 4RVJA 3QI1A 4ACXA 2IL2A 2NXDA 4GIDA 5EZXA 5P38A 3GI6A 2P3DA 1B6JA 3U6AA 5P5UA 2IENA 3CIDA 1G6LA 5P0HA 4B1EA 3TL9A 5P6TA 1EPPE 3SPKA 5KOSA 2O40A 5P47A 2G21A 5P1OA 2PK5A 3BUGA 2ASIA 3KA2A 2WF3A 5F01A 1K2CA 1D4SA 3RSVA 4Y9WA 3OQ7A 5COOA 5HD0A 3BUFA 5P8IA 5P1KA 3LPKA 3SKFA 3UDJA 4RRNA 2UPJA 1DW6C 5P0TA 3LPIA 4NPTA 5P0SA 5P5MA 1HRNA 4OD9A 2V16C 5AH6A 3UDRA 2BPZA 5P79A 4CPRA 5P5AA 4Q5MA 3NU4A 2NNPA 1Z1HA 4EYRA 1BWAA 1YG9A 4DQBA 2V10C 4NJSA 2B60A 1C6XA 1HSIA 5P7ZA 5OYWA 1RL8A 4DH6A 3UHLA 3HZCA 5P6DA 3UQXA 5P8EA 2VIYA 1G2KA 4DPFA 5JFPA 4CPTA 4ACUA 4FL8A 1W50A 3DUYA 3TTPA 5OZ3A 5OZAA 5I3XA 3S54A 5P5ZA 5OZSA 5OZ9A 5P7MA 4Y3PA 4B1DA 2ZHSA 4M8YA 4Y38A 1ZPAA 5P08A 1MT9A 3D3TA 3VYDA 5SY3A 4CPSA 3UDKA 2QI1A 5P6PA 2IRZA 1SP5A 2I0AA 4LC7A 4GYEA 2G1YA 5P7WA 5COKA 4DQFA 5HE5A 4GJ5A 3OWNA 5P8CA 4DQGA 3TOFA 1Z1RA 5P5GA 3NR6A 1MSMA 2PYMA 4GJBA 4FE6A 3PI5A 2ZHVA 3EXOA 3KFSA 5P40A 2ZE1A 4CPQA 3U7SA 1WBKA 4CPWA 1YM2A 5P0RA 5P1TA 3HD8A 2I4QA 3L5FA 3LZVA 3APRE 3R2FA 3C9XA 5P6WA 2O4LA 4ZPEA 3UFNA 3M9FA 5HE4A 2FXEA 1G35A 1ZAPA 3ER3E 4XX3A 2G27A 2G1NA 2NMYA 2SAMA 3EL1A 5DQ5A 3NWXA 5P0KA 4AUCA 1PPKE 4R8YA 1SDUA 1WKRA 4F75A 1FMUA 4YD5A 3T3CA 5P0IA 5P7LA 1AVFA 5P7JA 3A2OA 1W5YA 4JP9A 1LYBB 3NUOA 4J54A 5P61A 3LIVA 3SKGA 3LITA 3PSUA 2WEAA 5P3YA 3OUCA 4J17A 5P14A 3UFLA 1MRWA 2QD7A 5OZVA 2AVQA 5P53A 4FAFA 2PH6A 3EL4A 4EWOA 4X7IA 2QI3A 4OBHA 5AH8A 5P5FA 1E82E 2F3EA 1PPME 2ZJIA 3WSJA 1RQ9A 1SMEA 5P17A 5P7HA 3JVYA 2VA5A 1Z8CA 4HDBA 2HS1A 5P31A 2PSUA 4Y3EA 2AVMA 4EJDA 4GJ9A 4NJVA 2OHQA 2V12C 4RZ1A 2R8NA 5P73A 1M4HA 4ZPGA 4D83A 3QROA 1E81E 3KMXA 3OAGA 5P1NA 3VYEA 5HU0A 5P2QA 4HEGA 1FQ6A 3LPJA 5P4AA 2QU3A 3VUCA 5KR8A 5P16A 2QI0A 4FCOA 1EPNE 5P1VA 4Y45A 5P49A 4HVPA 1B5FA 5P2YA 4DQEA 1FQ5A 1UPJA 3KMYA 2CENA 3PWWA 5P2GA 1SGUA 4LHHA 3SM1A 4GJAA 5P3QA 3L5BA 5P50A 4J0TA 3ZKGA 3JW2A 5P2IA 4I10A 3UDYA 5P1AA 3TPPA 1GKTA 4KE1A 5OZDA 1YTHA 3KN0A 3OUAA 3VF5A 2QI6A 5P3BA 5P1YA 1SBGA 3OQFA 3VV8A 4Y3RA 4EHCA 4ZLSA 4Y39A 3ZLQA 4I0FA 7UPJA 5P30A 5P4EA 3NU5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y47 A;  4Y57 A;  3DK1 A;  4QJ2 A;  5SY2 A;  1BDL A;  3S43 B;  5OZ4 A;  1EC1 A;  4OBG A;  5KR0 A;  4PHV A;  2VS2 A;  4J0Z A;  5P04 A;  4Y4D A;  4WY1 A;  3HVP A;  3UCB A;  3OU1 B;  1PSA A;  1B6M A;  5P3L A;  1HXW A;  1ZJ7 A;  2WF0 A;  5P0Z A;  3TOH A;  3UQU A;  5I3W A;  5P3A A;  4Y4Z A;  5P5N A;  5DR4 A;  4HA5 A;  1QBT A;  5P32 A;  1HVL A;  5P83 A;  3IVH A;  9HVP A;  4Y35 A;  2IEO A;  7HVP A;  3QPJ A;  2VA6 A;  1A9M A;  1GVU A;  1UH8 A;  4U8W A;  5HDZ A;  3CIC A;  4KE0 A;  5KAO A;  1LEE A;  3OUB A;  3PBZ A;  4FM6 A;  3NYG A;  5P8Q A;  2WF1 A;  3IGB A;  4Y51 A;  5P2E A;  1HPS A;  5OYV A;  2FS4 A;  3K4V C;  4I8W A;  4LL3 A;  2J9K A;  5P1L A;  4Y3L A;  5OZ6 A;  3RTN A;  5OZT A;  5P56 A;  1VIJ A;  5P2O A;  3R4B A;  3OTS A;  1HPO A;  4WY6 A;  2P8H A;  3BRA A;  4FM7 A;  4QGI A;  3VLA A;  2AOG A;  2VJ6 A;  5OZY A;  3OK9 A;  1HVH A;  1UH9 A;  5P3M A;  1NSO A;  1W51 A;  3VFB A;  3APP A;  4OBJ A;  3IN4 A;  1EPQ E;  2QD6 A;  3CKR A;  4D8C A;  3Q3T A;  3EL0 A;  2HPE A;  3EKQ A;  1QBR A;  3K1W A;  1HII A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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