1FGCC

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fgcC00
1CZIE 1K2CA 2QZKA 5OZXA 4RCDA 3O9GA 4GIDA 1HXWA 3TOHA 4Y3TA 5P0LA 3Q6YA 4YD6A 5P06A 1C6ZA 4YHQA 3NUOA 5P4LA 4DJRA 5I3VA 1HBVA 5C9FA 3Q70A 1HPVA 3GI5A 2B7FA 3OU1B 4FLGA 3S7MA 3OGQA 5P4UA 1DAZC 4OBDA 4Y3EA 3KYRA 4YBFA 3S54A 3TKWA 5P4ZA 5P82A 2QAKA 1AJXA 1IBQA 3QRSA 1FG6C 5P2LA 5AHCA 3QS1A 5P43A 3O9IA 4J1IA 5P1ZA 5P6RA 4RZ1A 3I6OA 3TPPA 3IXJA 3UFLA 3QAAA 3NDUA 2JXRA 3FV3A 1FFFC 5P38A 5OZYA 4TRZA 4EP2A 5P34A 5P1RA 1TCXA 3Q5HA 5P4JA 2FNSA 8HVPA 1HIHA 5P6CA 5OZRA 1EPNE 3QBFA 3R4BA 5P5PA 3O9DA 3WB5A 4B05A 3OQDA 2FXEA 2P4JA 4J1EA 5P0DA 1TSQA 2HS2A 2ER6E 1YTHA 2VIYA 3DJKA 1BVEA 3CYXA 2XYEA 4DQFA 4D83A 1CPIA 1GNNA 3R1GB 2QD8A 7UPJA 1IVQA 3F9QA 3KFSA 3PLDA 5P2OA 5OZQA 5P6WA 5DR8A 1F34A 1HIIA 4I12A 1FEJC 1K6TA 3FNSA 3GI4A 1D4HA 4GB2A 2P3DA 2I0DA 3VYDA 2QHCA 3MXDA 2HM1A 3EKXA 5P64A 4RVIA 5IVRA 5P05A 4K8SA 3MWSA 4ZLSA 4A4QA 4I8WA 5P68A 5TOLA 4H3IA 3EL9A 2QMGA 4ZIPA 3EBZA 4QJ9A 5P3VA 1KJ7A 4Y3NA 1GNOA 2PSGA 3JW2A 1EBYA 5OZVA 2I4UA 2UXZA 3IVHA 3O9HA 5OZMA 1ZPKA 5P3DA 4BFDA 3LIYA 4Y3JA 5P5BA 1A8KA 1B6PA 5OZ3A 4J0YA 5P61A 2QHYA 4Y3WA 3NU5A 4NJVA 4RROA 5P1VA 2V10C 4DJQA 3I7EA 5P37A 4Y5BA 2ZGAA 1SDUA 5P1CA 1GVXA 1FMBA 5P5FA 2BKSA 4CMSA 1DMPA 1OEXA 4J55A 5OZNA 1HIVA 1BDQA 1XDHA 2O4NA 4IVTA 5P7ZA 5KQFA 1ODXA 3DK1A 5P5GA 3IN4A 2ZJNA 6UPJA 4Y54A 5P86A 2F80A 1SDVA 3KDDA 5P0AA 2BPYA 4XX3A 4I0EA 5P3GA 1NSOA 4Y3RA 1K6PA 1HXBA 4I0DA 2P3AA 3IAWA 5P24A 2NXDA 4Y57A 3OADA 5P07A 5P4OA 3HDKA 3KFPA 3S56A 4Y36A 1EPME 2QD6A 4CPSA 3OQFA 5P0NA 2VJ7A 2QZWA 4B70A 4BEKA 4ZEAA 1FQXA 4GJ8A 3EL1A 4FRKA 5C9DA 1W5YA 5P3BA 3UDQA 4YDFA 1HEGE 3PMUA 4H3GA 1HPXA 3PMYA 4LXKA 4Y56A 4U7QA 4H3FA 2F3FA 4Y6MA 3LPJA 3OU4B 5P2VA 1B5FA 5P16A 2FDEA 5AH8A 5ENMA 5P7NA 5OYXA 1DPJA 3L38A 1Z1RA 3I2LA 5DR4A 2AZ8A 4Y5AA 5P1JA 1FMXA 4EJDA 1E82E 3S45A 1ZTZA 2VA6A 4A6CA 2QCIA 5AHBA 2HC0A 5P8IA 4DQGA 5P2DA 3VCMA 1FQ7A 2ZHUA 3O9LB 4I10A 1MVPA 3GGXA 4D85A 5P2KA 3MXEA 2CENA 1E5OE 2B42A 1M43A 2Q3KA 2P3BB 4Y51A 4Y3ZA 5P4PA 4DVFA 5P2UA 2G27A 1AAQA 5KQXA 1FF0C 1W50A 5P2QA 4YDGA 5COOA 3URJA 5P67A 3K5DA 4J0TA 3BUFA 5P3XA 3UDMA 5P76A 5P4VA 4YOBA 5OZIA 2CEMA 2HB2A 5P3YA 1LEEA 2VA5A 5APRE 5HDUA 1PSNA 5P7FA 1A94A 1FQ6A 1ODWA 1AVFA 1NPWA 1A8GA 2AOGA 1HPSA 4U7VA 5P18A 5P1SA 2HPFA 3PI0A 3L3AA 4OC6A 3QROA 4ZSMA 5P1IA 4CPRA 4F75A 2AVVA 1RNEA 1QRPE 5P1NA 4H3JA 3L5BA 5P74A 4KB9A 4LC7A 1XE5A 4J17A 1MUIA 4EYRA 1MTRA 5P5ZA 4ZSPA 2UPJA 1KJHA 5HDVA 5OZ9A 4KUPA 5OZ0A 4D88A 4WY1A 2QU2A 3GGVA 2F3EA 4FGXA 1LYBB 4Y3DA 3S85A 4Y3SA 2FMBA 4PEPA 4J0VA 4FM8A 4ER1E 2PYMA 5P6KA 1SGZA 5P2JA 5DQ2A 4XKXA 3ZKSA 4H1EA 2QD7A 3TPRA 1MSMA 5P5SA 3PSUA 4BFBA 2PWRA 4QLHA 3RTHA 3QVCA 2VJ6A 4AZYA 4Y47A 5UPJA 5P89A 3S43A 2FDDA 4NJTA 3PCWA 5OZDA 3FNUA 5P48A 4RYCA 4ZPFA 4Y4UA 5OYQA 3SM1A 5P0CA 5P03A 5P88A 3BC4A 1KJ4A 3K4VA 3G70A 1YM2A 3OOTA 5OZ7A 4CPWA 5P0OA 5P8LA 2ZJLA 4KE0A 3D20A 2QI7A 2Q54A 4HZTA 5CLMA 3S7LA 3URLA 1EC3A 3Q4BA 5P04A 3KN0A 5P8HA 2AZBA 4EQJA 1BXQA 5P6DA 5P2MA 4FSEA 5P3WA 5P4SA 2O4KA 3SA8A 3HAWA 5P59A 2PQZA 5P8PA 1BAIA 1TSUA 3TPLA 1MTBA 5P1BA 5KOQA 1YTJA 2P3CA 5P0SA 2QNQA 4K4QA 3KDCA 3HBOA 3JVWA 3PGIA 2I4QA 3PVKA 4QJAA 4GJ5A 5P6IA 1MERA 3ZKIA 5P8TA 4X2LA 5COPA 2G24A 3SA3A 1HSGA 5P8FA 3VV8A 4YD5A 3OWNA 2RKFA 1QS8A 4RCFA 5P22A 4ACXA 4Y5GA 4L7HA 3DCRA 1LYWB 5P3NA 5P1QA 3UQPA 1IIQA 5P1MA 3MSLA 1RV7A 1LYAB 1C70A 4YCKA 6APRE 3UQRA 2HAHA 3KMYA 1LV1A 5P2WA 4YCTA 1E80E 3WSJA 5P09A 4AA8A 5P2RA 3SA6A 5OZ2A 4JP9A 3O99A 5P7AA 3VSWA 5P80A 2IGXA 1Q9PA 5P13A 1XS7D 3OHHA 1W5XA 4HE9A 2QU3A 2HB4A 4F73A 2Z4OA 2AODA 1BDRA 3OXWA 4DJWA 1IZIA 5P6OA 2R43A 3BXRA 5P32A 5P8QA 4ZSQA 5P5CA 2IEOA 4RGHA 3EKQA 4K4RA 1DW6C 1FB7A 1Z1HA 3KT2A 3LIVA 4Y4TA 5P0XA 1FFIC 2XFJA 5P3HA 2AOCA 2P8HA 4Y4EA 1HRNA 3N4LA 4HA5A 3L59A 1FKNA 2A4FA 5P7GA 3BGBA 5AH6A 2R8NA 2V16C 3OADB 4EXHA 2ZJIA 3A2OA 5P1XA 2RKGA 4OD9A 5P6FA 2HIZA 3GW5A 4Y39A 4GJCA 5P6XA 5P58A 1ZSFA 5P4TA 5P6YA 3UCBA 3WB4A 5P6BA 1ZPAA 2FXDA 2OHRA 1HVRA 5E5JA 1B5FB 3QI1A 3PWMA 3ZL7A 1IVPA 5P6JA 2AIDA 5KQYA 5EZZA 2OHQA 2Z54A 4J0ZA 3NR6A 3SO9A 5KR2A 5P52A 2APRA 2AVMA 3O9FA 2FGVA 5P5XA 3SLZA 4LAPA 5OYTA 3BVAA 3CKTA 3CMSA 3HAUA 4TVGA 3EMYA 5P57A 3UQXA 3TLHA 3TPJA 5SY3A 5OYSA 5P2EA 5P5TA 4E43A 1FIVA 2R38A 4BELA 1Z8CA 1BWAA 5OZOA 2VNNA 3HZCA 3PSGA 2OAHA 5P0KA 5OZZA 3TOGA 4L7JA 3VSXA 1U8GA 4NPTA 4HDFA 5P4FA 4I8ZA 1LF3A 5P54A 5P8GA 3OXCA 5KR8A 5OZ4A 4GJDA 5B18A 4QJ8A 2QP8A 4Y43A 3WZ8A 1YM4A 5P1UA 1YTIA 1PPLE 1XE6A 2Q5KA 5P7HA 2QNNA 3NYGA 3UPJA 5P1AA 5P0HA 3NWQA 1QBTA 3UDYA 5P7EA 1RPIA 5P4DA 3NDTA 1K2BA 1SIVA 5P4YA 3INHA 3T11A 3DCKA 5P69A 2BBBA 4OC6B 4YE3A 3RTMA 4Q1YA 4DQCA 1B6JA 2NXLA 3SAAA 4S1GA 5P08A 1W5VA 1MT8A 5P5NA 4EP3A 3B80A 3ZKMA 2SAMA 3SM2A 4Y3LA 4LP9A 1LS5A 3PHVA 3KA2A 1YT9A 5P0JA 4EJKA 2BKTA 1PROA 5OYWA 5P71A 4DJPA 3PEPA 2I4VA 2FLEA 3OQAA 5P7IA 3OUDA 4Y3PA 2I1AA 4ER2E 3APPA 5P51A 3WZ6A 1BWBA 1F7AA 4Y5NA 4DI2A 5OYVA 2IQGA 4I0HA 1DP5A 5P2ZA 5P44A 3UQWA 4CP7A 4Y3YA 5P42A 3G72A 3D1YA 1LZQA 1T7KA 4NJUA 4Y3GA 5P0IA 4B00A 5P36A 3KF0A 4J1HA 2WF2A 5P85A 4WTUA 3OAGA 5P6EA 5OZ5A 4YOAA 3UFNA 1BILA 1TZSA 4NJSA 3SQFA 2QI6A 2RENA 5J25A 2G1OA 2QNPA 2R3TA 2ZJHA 4J54A 5COKA 3S43B 3K1WA 1AZ5A 3UDPA 3UTLA 3UDRA 5P3RA 1BIMA 3RTNA 1EPOE 1MT7A 2BJUA 5P78A 2AOFA 5P4WA 1GVWA 4PZWA 4Y5EA 4APEA 2OF0A 3KM4A 2AVOA 2VS2A 3MSJA 5P3JA 5I3XA 4RVJA 5P7SA 3CKPA 5P8JA 1FQ8A 5P0GA 4DQEA 2WECA 3K5FA 5P72A 2PYNA 2B8LA 3NUJA 4Q5MA 5P2IA 4F74A 5P7OA 5P01A 4I0JA 1EBWA 5HDZA 3VEUA 1M4HA 5P8BA 4CPUA 1RQ9A 1D4LA 3ZOVA 2B60A 4EQ0A 3VLAA 5P0EA 5P0VA 4FAEA 1GVTA 5P6AA 5OZBA 1BDLA 4OBZA 4DPIA 4ZSRA 2AOHA 5P56A 5OZAA 4FM6A 1WKRA 5P7VA 2WEBA 4LXAA 4A6BA 5BS4A 5P1WA 1BXOA 2PSVA 2O4PA 4M8XA 5P6LA 5P49A 2QI3A 4R91A 3QP0A 3C9XA 5P0TA 3RU1A 3NWXA 4B0QA 4COEA 2G21A 2NPHA 3LPIA 4GMIA 1D4KA 5IVQA 1MIQA 2IRZA 2BQVA 2NTRA 2QMPA 1PSOE 3SA4A 4R5NA 3OQ7A 2OHTA 2IL2A 4WY6A 5P1LA 1MESA 4N00A 4GZFA 5P6ZA 4QJ6A 3OU3A 2AZ9A 3TKGA 5P53A 2EWYA 5P0YA 2B7ZA 1D4IA 4L1AA 3FKTA 3NXNA 4Y4AA 4EWOA 1PPKE 5OZWA 3LPKA 4AMTA 5P0MA 3N3IA 5JG1A 2ER7E 5HE4A 3PRSA 2XYFA 3CYWA 3TL9A 2AVQA 2F8GA 2ZJKA 5IE1A 4ZE6A 5P1GA 4GYEA 1HTGA 3T7QA 3QIHA 5P8RA 4Y3HA 1LF4A 1EPQE 3PM4A 5P8OA 5BRYA 5JFUA 6FIVA 4XXSA 5P17A 2IS0A 3HVGA 1CMSA 3INFA 4DPFA 3QRMA 5HDXA 1W5WA 3M9FA 4PZXA 3PB5A 5P12A 2WL0A 4Y3XA 5DQ1A 2O4LA 2G94A 5P81A 5P7TA 5IS4A 5P2AA 2RMPA 5P0UA 5P6NA 3KDBA 3UDHA 3DOXA 5OZPA 5P8MA 5I3WA 2F81A 4RYGA 5P6MA 2ZHTA 2VKMA 1UH9A 2J9JA 5P6HA 3VV7A 5P6UA 4EPJA 2FDPA 1HEFE 2HPEA 1XN3A 4JECA 1K6CA 5P60A 5P8DA 1B11A 4FL8A 5P4BA 2Q15A 3VYFA 3FIVA 2NR6A 2VNMA 3LZYA 2WHHA 3VFBA 4EHCA 3NSHA 2PH6A 5P77A 1K6VA 5P2NA 3IXKA 1PSAA 2I4DA 4HDPA 4GJAA 3VFAA 5P29A 5P6GA 1HVKA 3SA9A 4YD7A 3SACA 4OBFA 4R92A 1PPME 3UQUA 2ZJMA 5P1TA 2VIEA 3H0BA 3O9AA 4AUCA 3INEA 2OHSA 3T7XA 4RLDA 4U8WA 1PFZA 5P35A 1G0VA 2WEAA 3KT5A 3LIZA 5P39A 1NPVA 2V13A 3K4VC 1DIFA 3SABA 5PEPA 5P3OA 5P45A 5P0PA 4Y9WA 5P30A 3ST5A 1SIPA 4D8CA 3JVYA 1UPJA 5OZEA 5DPZA 3VF7A 1BVGA 4Y4ZA 5P4MA 5P47A 3ZPTA 3ER3E 2R3WA 4B1DA 1IZEA 1MRXA 4DJVA 1HTRB 1HVIA 2QZLA 1EC1A 1HTEA 1EC0A 4FAFA 5P6VA 1D4SA 2PWCA 2QZXA 2PK5A 5P1PA 5DR3A 5P2XA 4DUSA 2NXMA 2IDWA 3OUCA 5SXNA 4Y3QA 5P1HA 4Q1XA 3R2FA 3I8WA 4Y38A 5AH9A 2ZHRA 5P3FA 1ZAPA 3BHEA 4HEGA 2MIPA 5P2SA 3OGPA 4I0FA 5P75A 3OU4A 4YD4A 2ZHSA 3OUBA 5P3CA 5OZLA 1APWE 1NH0A 5AGZA 2ZYEA 4TVHA 5AH7A 2NMZA 5P5LA 5P4XA 5P3QA 4OBHA 4HLAA 3EL4A 3NXEA 4J1KA 4CPTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CZI E;  1K2C A;  2QZK A;  5OZX A;  4RCD A;  3O9G A;  4GID A;  1HXW A;  3TOH A;  4Y3T A;  5P0L A;  3Q6Y A;  4YD6 A;  5P06 A;  1C6Z A;  4YHQ A;  3NUO A;  5P4L A;  4DJR A;  5I3V A;  1HBV A;  5C9F A;  3Q70 A;  1HPV A;  3GI5 A;  2B7F A;  3OU1 B;  4FLG A;  3S7M A;  3OGQ A;  5P4U A;  1DAZ C;  4OBD A;  4Y3E A;  3KYR A;  4YBF A;  3S54 A;  3TKW A;  5P4Z A;  5P82 A;  2QAK A;  1AJX A;  1IBQ A;  3QRS A;  1FG6 C;  5P2L A;  5AHC A;  3QS1 A;  5P43 A;  3O9I A;  4J1I A;  5P1Z A;  5P6R A;  4RZ1 A;  3I6O A;  3TPP A;  3IXJ A;  3UFL A;  3QAA A;  3NDU A;  2JXR A;  3FV3 A;  1FFF C;  5P38 A;  5OZY A;  4TRZ A;  4EP2 A;  5P34 A;  5P1R A;  1TCX A;  3Q5H A;  5P4J A;  2FNS A;  8HVP A;  1HIH A;  5P6C A;  5OZR A;  1EPN E;  3QBF A;  3R4B A;  5P5P A;  3O9D A;  3WB5 A;  4B05 A;  3OQD A;  2FXE A;  2P4J A;  4J1E A;  5P0D A;  1TSQ A;  2HS2 A;  2ER6 E;  1YTH A;  2VIY A;  3DJK A;  1BVE A;  3CYX A;  2XYE A;  4DQF A;  4D83 A;  1CPI A;  1GNN A;  3R1G B;  2QD8 A;  7UPJ A;  1IVQ A;  3F9Q A;  3KFS A;  3PLD A;  5P2O A;  5OZQ A;  5P6W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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