2NNPA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant i84v with a inhibitor saquinavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE
publication title Atomic resolution crystal structures of HIV-1 protease and mutants V82A and I84V with saquinavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nnpA00
4ZSMA 5P7AA 2R5PA 2VA5A 3ZKNA 5P3QA 2QNNA 5OZYA 5P69A 5HE4A 1HPSA 1SGUA 3PCZA 4Q1XA 5P0VA 1FGCC 2QZLA 1EEDP 5P0IA 5P5JA 5P3RA 4U8WA 3HLOA 2AZCA 3NR6A 5P1WA 5PEPA 5OZ8A 5OZCA 5ER2E 4GJ7A 2NPHA 4HLAA 2H6SA 5P7OA 1YX9A 1K1UA 3QP0A 2QMPA 1GVUA 3NDUA 5P2GA 5P8GA 1YG9A 1FMBA 4Y39A 5P5CA 3D1ZA 3WZ7A 3TL9A 4EWOA 4LC7A 5P74A 2J9JB 5JFUA 4DQCA 4DUSA 3M9FA 4Y3SA 5P37A 1AVFA 1MSMA 2FGUA 1XS7D 2OHMA 3S43B 4HDFA 1K6CA 5HU1A 1AAQA 4RGHA 4D88A 5P22A 5P85A 1HHPA 2J9JA 5HDZA 1EBKC 4Y4XA 1APWE 5E5JA 4DH6A 1IBQA 4BELA 4GJ5A 3S43A 5P43A 4Y3YA 3SKFA 3TPJA 2G26A 4XX3A 2UY0A 5P33A 5P8FA 3SACA 4EQJA 5P59A 2XFIA 1IDAA 4Y6MA 5EZZA 1SMRA 3JW2A 3O9IA 4FSEA 5I3WA 5ENMA 5F00A 3RSVA 3OQDA 4OBHA 5P8NA 2ZHVA 3OUBA 4DJOA 4Y45A 5P4WA 1EBYA 5P8VA 3QIHA 2WEDA 1IIQA 5P79A 3HVPA 3SA8A 4I10A 1MSNA 5OZQA 3K1WA 2BJUA 3RTMA 5KOQA 3S7MA 5P6BA 1FFIC 5SY3A 5P57A 2ZJHA 3L3AA 1MRXA 1AJVA 3OGPA 3NDTA 2ER0E 5P2EA 3JVWA 3ST5A 2BPVA 5P0GA 4ZPFA 1IVPA 3EL1A 2VIYA 2Q11A 4Y5KA 4Y4UA 1OEXA 1C6ZA 5P6SA 1MUIA 3F9QA 1D4YA 5KR0A 2FNTA 2IKUA 2G21A 5OZIA 4OC6B 2V00A 5COPA 2IL2A 5P5OA 1GNMA 3Q5HA 1EBZA 4Y48A 5DQCA 1BVEA 2AOEA 4B0QA 5P7DA 4AA9A 2I4DA 2AOJA 3PI0A 2IQGA 5DR1A 5P7JA 3DV1A 5P2BA 3OHHA 4OC6A 3GGAA 1RPIA 2I0AA 5KAOA 5OZXA 5P1OA 4EJDA 4L7JA 4Z50A 2QNPA 5P7RA 3LZSA 4Y47A 1B6PA 1CMSA 4FCOA 5P20A 5P4HA 5P73A 1KZKA 2PWCA 1DMPA 1TZSA 5P0KA 1Z1HA 5P47A 3L58A 1KJGA 1W6IA 4M8YA 5P5NA 1BDLA 3VF7A 5P0XA 5P4ZA 2O4NA 3N4LA 2RSPA 4RCDA 5P5AA 2QZKA 5P6RA 3GGXA 4I0HA 5P2RA 1T3RA 1SP5A 1HXBA 3NWXA 5B18A 1D4IA 4R93A 3VYEA 5P0AA 5P5EA 5P44A 5P1FA 4Z4XA 3LZYA 1EPME 3PGIA 1EPOE 1M0BA 5P4GA 5P01A 4UPJA 4U7QA 3PJ6A 1C70A 1VIKA 5P8BA 3HBOA 4GB2A 4EJLA 5HU0A 3WZ6A 5P0MA 5ISKA 4TRYA 3O9HA 5P3EA 2J9KA 1HVCA 2NR6A 4DPIA 4MC6A 1MT9A 5P3CA 1LV1A 4K8SA 2G1NA 4YD5A 4YD6A 1ZPKA 4OBGA 3EKVA 4B1EA 4HE9A 1HIIA 3TPPA 4A4QA 1EBWA 1BV9A 1FQ6A 2F3KA 2WHHA 5HDVA 3PBDA 3R2FA 1OD1A 4DJVA 4NJTA 4COEA 5P07A 1NH0A 1OHRA 5P2AA 3OK9A 1J71A 3T7XA 4MC2A 5OZWA 3VFBA 2NTRA 5P0BA 4Y3LA 1B11A 3K4VC 3BVAA 3O9DA 3SA9A 4DQEA 2P83A 3O99A 3EKTA 3OU1B 4R8YA 5P4FA 3BUHA 5P8PA 4X2LA 3ZKXA 2AZ9A 2G1RA 4OBDA 5P3KA 3KFNA 5SZ9A 2PSUA 3SA7A 3R4BA 1TSQA 4B70A 5P2NA 3OU1A 5OZ6A 1HSGA 4AUCA 2HS2A 4DQBA 4LXMA 1HSIA 2V10C 5P77A 2QI6A 3IXJA 4ER4E 1EAGA 3RU1A 5P2TA 3SA5A 3UDNA 5P1DA 5KQYA 2QZWA 5I70A 1BDQA 5P5ZA 3NSHA 3HZCA 1HTFA 5P7FA 3PSGA 2ZJKA 2QMDA 3KDBA 5AH6A 1W5XA 4OBZB 4H3FA 1SH9A 4Z22A 3OQKA 1A9MA 4H3JA 1ZPAA 3NWQA 3ZKSA 1Z8CA 2WJOA 3CICA 4MC1A 3CIDA 2A4FA 2FXEA 3QAAA 5P8TA 5P1NA 5P45A 4Y35A 5P0DA 5P54A 4DJRA 4FRSA 5P5XA 3ZPSA 4IVTA 1XN3A 5OYWA 5P80A 2WL0A 3OGQA 2F80A 3BXRA 3INFA 2FS4A 2ZDZA 1MRWA 5P3HA 3VV8A 1D4SA 2R8NA 2WF3A 3URIA 4ZLSA 2HPFA 5I3VA 2G94A 3CIBA 5P60A 3EKQA 3LZVA 4R91A 5P58A 2BKSA 4APEA 4BFBA 4ZPGA 5OZ7A 2NXMA 5P3UA 3PMYA 3QI1A 5IVRA 1QBTA 5P3SA 5OYRA 1EPNE 4Y5AA 1VIJA 3S8IA 5P4IA 4YD4A 1ZLFA 1ZTZA 1GNOA 3WSJA 4JP9A 4ZPEA 3CKTA 4DI2A 5DGUA 1LF2A 5P1ZA 3NXNA 2VIZA 4J0VA 1ODWA 3BVBA 2B8VA 3QRSA 3IVIA 3EC0A 3OUCA 4DFGA 2PK5A 5P7QA 1AJXA 3PHVA 5P0QA 4YCYA 2PMAA 5KR8A 2QMGA 1HXWA 2HB4A 2AOIA 2UXZA 3L59A 4I0JA 5P49A 2Q55A 4QGIA 5P1XA 2ZHTA 5J25A 3UDYA 2HPEA 2AVOA 3UQXA 3D91A 4PZWA 1GKTA 1IVQA 5P8DA 4J17A 4OD9B 1MESA 5P7HA 5P1KA 2QI4A 3INEA 2OHLA 3EKYA 5P8AA 5P4TA 3KMYA 4LL3A 5P0SA 4WY6A 3EM4A 4ACXA 1ZSFA 2WF0A 5P6WA 2IENA 1HVRA 1G0VA 2IGXA 5P2HA 3ZKGA 4DQHA 3TKWA 4OD9A 3EL5A 1E82E 5P5RA 1TCWA 4KE1A 4APRE 1IZIA 3UDMA 4ZIPA 5P04A 3QN8A 4AZYA 4D83A 2ZYEA 1IZHA 1LZQA 4H3IA 3T7PA 3CYXA 2I1AA 3DM6A 5P2FA 1APTE 3K5FA 4GJ6A 3ER5E 5E5KA 4DPFA 3KDDA 3UCBA 1D4JA 3GI6A 4YOAA 4J1KA 2AZ8A 5P8IA 4CPUA 3R0WA 3O9FA 5P3BA 2QD6A 5P0YA 3BGBA 5OYSA 4Y57A 4Y3HA 5OZ1A 1AZ5A 5P46A 5OZVA 3UPJA 3TPLA 4CP7A 3NDWA 2I4WA 4Y4ZA 3TOHA 2PK6A 4Y4JA 5P1GA 2I4UA 2VIEA 2NXDA 8HVPA 5I3YA 5OZJA 2QZXA 4EHCA 3EBZA 3S45A 3PI5A 1WBKA 5P48A 4KUPA 4F74A 3IN3A 1SDUA 3S54A 5ISJA 5P8MA 1FFFC 5OYQA 5P63A 5DQ4A 5P53A 1HIHA 3EL0A 3K5CA 1QRPE 5P14A 3L5DA 2F81A 5P83A 2WF2A 3OXWA 3OXVA 1HRNA 5OZ3A 2V13A 3ZL7A 1LYBB 5P2JA 3FSMA 2VJ9A 4CPTA 3CKPA 2XYEA 3BRAA 5P5WA 2PSVA 1T7JA 4Z2ZA 4J1FA 2IGYA 4ZSQA 5P2QA 5P5MA 5P4AA 1G6LA 2VA6A 4IVSA 1LYBA 4B05A 5OZRA 5P29A 5P1YA 5IVTA 3SA3A 3URLA 1YM2A 5KQFA 3ZKQA 5P56A 3FNTA 3UFLA 1DP5A 3R0YA 2OF0A 2IRZA 5P2MA 4GJ9A 2G1YA 4LAPA 5P84A 3LPKA 1NPWA 1HOSA 3LHGA 3PM4A 5OYYA 2G1OA 5P2WA 3T7QA 2P3CA 2RENA 3OUDB 5P5HA 3JVYA 3VF3A 3I25A 3T11A 4DQFA 5P6GA 2VKMA 1FB7A 5P3VA 2FGVA 2QU2A 4Y4BA 2A1EA 1UH7A 5P7BA 5P2IA 3I2LA 5P6QA 5P1IA 4Y4GA 3R1GB 3OUDA 3WB5A 2AVQA 4NJUA 5KR1A 5KOSA 1YTJA 5P5VA 4H1EA 1EPPE 1ME6A 4KE0A 5P3GA 4JPEA 3FV3A 2ZJIA 5DQ2A 5AHAA 5P3NA 5P7KA 4R92A 1BWBA 1AXAA 4GJBA 4I0IA 5P68A 4Y4DA 4D89A 5JODA 4DJYA 2VA7A 4Y3GA 1MEUA 1PROA 2OHKA 5P62A 5P1BA 1K1TA 1SGZA 1B6JA 2G22A 5DGWA 5OYUA 3RVIA 2ZJNA 1FEJC 4ZE6A 5P4QA 4I0DA 1HIVA 5P1VA 2AOHA 1HVKA 5P0FA 1SIPA 3B7VA 2P3AA 1FQ8A 4TVHA 2QHYA 3L38A 4YD3A 2OHPA 5HVPA 2Z54A 5P2YA 4RCEA 5P3WA 5P3YA 3DV5A 4GYEA 2JXRA 4DQGA 4OBFA 3EM3A 5P8OA 1LEEA 5P8QA 3NU4A 1EC2A 1G2KA 3K5DA 7UPJA 5P78A 7HVPA 4J0TA 4R95A 3QRMA 4DJXA 3NYGA 5P2DA 2BPWA 5P5PA 5AH7A 5P3JA 4FSLA 3MWSA 3Q3TA 1FQ5A 6FIVA 4B77A 5P3FA 3IA9A 4U7VA 2G69A 5AHBA 5P06A 3OOZA 2NMZA 1N49A 2AOGA 2QK5A 2IS0A 1OEWA 2OHNA 1M43A 5P7CA 3UHLA 3APRE 5P18A 5P4EA 5DR3A 5SY2A 3ZPTA 4Y4WA 3EM6A 5P7MA 4RVIA 2I4VA 1QDMA 1EPLE 3VSWA 1PSNA 4GZFA 3T3CA 2ZE1A 1B6MA 4Y9WA 4EPJA 5P0LA 1YTGA 1A8KA 5OZ0A 3OU4A 3TPRA 4D85A 3EKPA 4DVFA 5P7IA 5P4PA 5P81A 4H3GA 1DIFA 3VLAA 3I6OA 3TNEA 4QJ6A 2VJ6A 5HTZA 1W6HA 5P86A 4GIDA 5P7GA 3GGUA 5P1HA 2NNPA 5P0ZA 5I3XA 3KF0A 1BAIA 5P1MA 1FQ7A 1BILA 2QCIA 1QS8A 3PWRA 4Y5EA 3NU3A 4K4RA 4Y3DA 4Y4TA 3EL9A 3UDJA 4F76A 2G24A 1ER8E 1LF3A 4EP2A 4Q1YA 1SMEA 5P5BA 4GJDA 4Y3RA 3OQAA 4CPWA 5AH8A 5P3LA 2R3TA 1APVE 4F75A 3HVGA 2Q15A 5C9DA 2OHTA 2QHCA 2V11C 5P0RA 1HEFE 3IVHA 2B8LA 4FM8A 2BPXA 4YBIA 2NNKA 2FLEA 2CEJA 3KDCA 4RYGA 5P55A 2FDEA 1EC0A 4XKXA 5OZ9A 2PSGA 5P24A 1FIVA 2HC0A 3LINA 3BUGA 5JG1A 4Y38A 1A30A 5IS4A 3MSKA 5OZEA 1XE5A 1LYWB 2VNNA 1YT9A 3GGVA 3LIXA 1HBVA 4EJ8A 4Y36A 1E80E 1LYAA 2FXDA 5DPZA 1PSAA 1LYWA 5P5IA 5P61A 4RRSA 4YD7A 3B80A 5JFPA 2Q5KA 3FKTA 5P0EA 3NU9A 4DJPA 3NXEA 3KN0A 3LIVA 1PSOE 4LXAA 3VV7A 3VLBA 4L7GA 3PMUA 5AH9A 3OHFA 4HVPA 4FAEA 3BC4A 4N00A 4FRIA 3O9BA 5P6CA 4QJ2A 4GMIA 4Y5MA 4CPRA 2F8GA 4QJ7A 3OQFA 1TQFA 5FIVA 5P30A 5COKA 2QMFA 3A2OA 3S7LA 1GVWA 2IDWA 1HEGE 2I4QA 4A6CA 2R43A 5P4NA 2AVMA 2PH8A 5P0NA 4CPXA 2G1SA 1GNNA 3RSXA 5CLMA 4RVJA 2ZJMA 4Y3MA 5P3OA 4XX4A 1B6LA 1NPVA 5P34A 4QJ9A 1NSOA 4B00A 4S1GA 1HVLA 3UQWA 3LITA 3PEPA 3OWNA 5P08A 5P7ZA 2VIJA 5COOA 4X7IA 4I0ZA 5HDUA 4Y3AA 1AIDA 3D1YA 3G6ZA 3LPIA 3PWMA 4Y5LA 2QNQA 5P3DA 1K6PA 4HDPA 1DAZC 4NKKA 1BXOA 4B1CA 4RLDA 5P6IA 4EP3A 2WKZA 2P4JA 5P3MA 1FG6C 5C9BA 4NJSA 2Q3KA 5P2OA 5P8EA 5P71A 4LP9A 3L5CA 4Y41A 3LIQA 3KFRA 4FAFA 1ZBGA 4RCFA 2JYSA 3OXCA 2P3BB 4YA8A 5P12A 3K5GA 4R5NA 5C9FA 4Y5NA 5P5LA 5OZ2A 4D8CA 3VF5A 1CZIE 5P4RA 2I0DA 1K6TA 5P7EA 1YTIA 1B6KA 2WEAA 2OHRA 1TCXA 4NPUA 4CPQA 2P3BA 2AVSA 4I0FA 4TRWA 3URJA 3CMSA 3SKGA 4RROA 1ZJ7A 5P16A 5OZ5A 3APPA 2RKFA 1HSHA 1IZEA 5DQ5A 4Y44A 3EXOA 4PPHA 3SM2A 5P5KA 5OZDA 3Q70A 2CEMA 3LIYA 3DCKA 3GI5A 1XE6A 5P4MA 2HAHA 5OZKA 3U7SA 4Y5BA 2FIVA 2IEOA 1KJ7A 4Y3EA 2B7ZA 2G27A 3NU5A 4Y53A 4Y37A 3KT2A 4Q1NA 4PEPA 5P2CA 5P2XA 5OZPA 2R3WA 1XL2A 2QP8A 5HE7A 4FGXA 5P0JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZSM A;  5P7A A;  2R5P A;  2VA5 A;  3ZKN A;  5P3Q A;  2QNN A;  5OZY A;  5P69 A;  5HE4 A;  1HPS A;  1SGU A;  3PCZ A;  4Q1X A;  5P0V A;  1FGC C;  2QZL A;  1EED P;  5P0I A;  5P5J A;  5P3R A;  4U8W A;  3HLO A;  2AZC A;  3NR6 A;  5P1W A;  5PEP A;  5OZ8 A;  5OZC A;  5ER2 E;  4GJ7 A;  2NPH A;  4HLA A;  2H6S A;  5P7O A;  1YX9 A;  1K1U A;  3QP0 A;  2QMP A;  1GVU A;  3NDU A;  5P2G A;  5P8G A;  1YG9 A;  1FMB A;  4Y39 A;  5P5C A;  3D1Z A;  3WZ7 A;  3TL9 A;  4EWO A;  4LC7 A;  5P74 A;  2J9J B;  5JFU A;  4DQC A;  4DUS A;  3M9F A;  4Y3S A;  5P37 A;  1AVF A;  1MSM A;  2FGU A;  1XS7 D;  2OHM A;  3S43 B;  4HDF A;  1K6C A;  5HU1 A;  1AAQ A;  4RGH A;  4D88 A;  5P22 A;  5P85 A;  1HHP A;  2J9J A;  5HDZ A;  1EBK C;  4Y4X A;  1APW E;  5E5J A;  4DH6 A;  1IBQ A;  4BEL A;  4GJ5 A;  3S43 A;  5P43 A;  4Y3Y A;  3SKF A;  3TPJ A;  2G26 A;  4XX3 A;  2UY0 A;  5P33 A;  5P8F A;  3SAC A;  4EQJ A;  5P59 A;  2XFI A;  1IDA A;  4Y6M A;  5EZZ A;  1SMR A;  3JW2 A;  3O9I A;  4FSE A;  5I3W A;  5ENM A;  5F00 A;  3RSV A;  3OQD A;  4OBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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