3CYXA

Crystal structure of hiv-1 mutant i50v and inhibitor saquinavira
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Effect of flap mutations on structure of HIV-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cyxA00
5DPZA 2G1NA 1HEGE 2OAHA 5P1EA 3DK1A 1HRNA 5P30A 3O9CA 1ZAPA 5P71A 5OZRA 2NR6A 5P41A 1GNNA 3HZCA 1LYBB 4FAEA 1KJHA 5P7MA 3HLOA 5P19A 1EBWA 5HE7A 5OYYA 4ZIPA 3D3TA 5B18A 3O9AA 4Y5GA 1K6PA 5DQ4A 5P0JA 4I8WA 5OZUA 5P58A 4D8CA 5OZSA 1LYAB 1DW6C 1HVJA 1EPPE 5P4OA 5P13A 2R5PA 2Q5KA 3VV6A 2G26A 4ER2E 5P4BA 3L38A 2ER6E 1IZEA 5P6RA 1HTRB 5P2AA 5P8PA 3CIBA 1BVEA 5P3PA 2ZHVA 2G27A 5AHCA 2UXZA 3VYDA 4RYGA 4DJRA 2CEMA 1IZIA 1W5VA 3H0BA 4TRWA 3B7VA 2RENA 2R3WA 3I25A 4LBTA 5P0NA 2QZWA 3PI5A 1JLDA 4OBKA 5OYRA 3HBOA 5P45A 4Y5LA 1HIVA 4R95A 3AUPA 2QNNA 2IDWA 4YCTA 3NU5A 4QJ8A 4FM6A 1FG8C 3DCKA 4GJ6A 5P6IA 5OYSA 2Q11A 1E5OE 5P1ZA 5DGWA 3S56A 4Y51A 3T11A 1OHRA 4J0ZA 5P6YA 4QLHA 3OK9A 2P3BA 5OZTA 2VA7A 5P7TA 4QJ9A 5P7SA 4Y3LA 5P0OA 4Y3YA 2G69A 4Y3SA 5P7GA 1ZSFA 3ZLQA 2FXDA 3S43B 1MTBA 1CMSA 1VIKA 3CMSA 3EKTA 5P59A 5ISKA 1HHPA 3U6AA 5OZMA 2QMGA 5HU0A 5P0ZA 5P7NA 2V16C 5P8OA 2BPZA 3OUAA 3ZOVA 1FFIC 2HB2A 3PWMA 5P1GA 5COKA 5OZPA 5P2ZA 3EM6A 5EZZA 5P7EA 1Z1RA 5P83A 4B1EA 3BRAA 2Z4OA 4GZFA 4Q5MA 5P3HA 5P76A 3ZKMA 1ZTZA 3GW5A 5OZYA 3O9EA 1LEEA 1YT9A 5P2GA 5P46A 1D4LA 4GJ9A 3OTSA 2WF3A 3O9IA 5OZVA 1HIIA 4YE3A 3QP0A 2QD7A 1K6CA 5P0XA 5COPA 3SAAA 4EHCA 1IZHA 4Y3TA 4BEKA 3SKFA 5P7LA 2QMDA 3TLHA 3GGUA 5P4HA 1MEUA 5P5ZA 1EBKC 4I0JA 2VKMA 4NPTA 2FDEA 4PZXA 3NYGA 4LXAA 4Y4BA 5P1XA 1BDRA 3ZL7A 2WKZA 1M43A 1DAZC 2V10C 4A6CA 5P4FA 2BPWA 1GVXA 3OU4A 2RSPA 4YDGA 1HVRA 4U8WA 1PSAA 4GJCA 4TVHA 2AVQA 3I6OA 3OXVA 5DGUA 5F01A 1FQ7A 3N3IA 1EC2A 5OZ7A 2XYFA 3QRMA 3VV8A 3IAWA 4DJXA 3QN8A 4FSEA 5P1DA 3CIDA 2VJ6A 1KJ4A 1GVWA 4CPTA 3UCBA 6UPJA 5P18A 5P54A 1YG9A 5OZFA 1IBQA 2PYMA 1PSOE 1RV7A 4CP7A 5P8TA 2O4NA 5P6HA 4B05A 4I10A 1KJFA 2QZLA 2F3EA 3NR6A 1LF4A 3SQFA 4YBFA 2R3TA 4RCFA 3D20A 5DQ2A 5KOQA 3PMYA 4TVGA 5P25A 5P7AA 5P02A 2AOHA 2O4SA 2Q55A 9HVPA 4WTUA 5P3RA 2AOEA 2HS2A 4OD9B 4J0VA 3ZPTA 2ZHRA 5P23A 5P62A 1FQ4A 2AQUA 3I7EA 3JW2A 3NDTA 1BILA 1XE6A 5P4DA 3PB5A 4YOAA 1T7IA 5KQFA 5IVQA 2G1YA 5P4TA 1EEDP 3RTHA 3NU3A 5P3LA 5P4SA 5P8AA 3RVIA 1ZSRA 3ER3E 1E82E 3PVKA 4DH6A 3OUDB 1AJVA 1QBSA 1BXQA 1T7KA 3L5FA 4FCOA 4NJSA 2V11C 5HD0A 5P6LA 1LYBA 3PCWA 5P3IA 3FNTA 3VCMA 4RVXA 3CYWA 4DI2A 1ODWA 3PWRA 3QVIA 4RGHA 5P5EA 3BGCA 5P2NA 3TH9A 3SACA 5P66A 5OYUA 5P4GA 2PYNA 2B7ZA 5P3KA 3URLA 1B11A 1LYAA 3VEUA 5P17A 3GGAA 1HOSA 2NXLA 4PHVA 1IIQA 2Q63A 2G1SA 4XX3A 4BFBA 5P7RA 2FDDA 3LZUA 5DR4A 4FRJA 4LXMA 2PC0A 5BS4A 1OEXA 3UTLA 1HTFA 4EJKA 1APUE 5P3BA 5P5WA 3UDKA 5P6FA 4RYCA 3NU9A 5P1JA 5P4LA 5OZWA 1A8GA 4K9HA 5AGZA 5AH7A 8HVPA 1BIMA 2ZHSA 5HDXA 5P8IA 4DJPA 4OBFA 2BKSA 2HPEA 5P5RA 3SM1A 5P8HA 1Z8CA 5P12A 1PPLE 4YD6A 3R2FA 4J1HA 3IVIA 3OQFA 2AZCA 2P3DA 3DM6A 2OHNA 3FX5A 4ZSQA 5P4QA 2AZ8A 1D4YA 2IGXA 3PSYA 3BXSA 5OZLA 3T7XA 1FQ5A 5P48A 2NMZA 3S7MA 5P29A 4Y4XA 1ODXA 1PFZA 3RU1A 2OHQA 3KDCA 1HSHA 2ZJKA 1QS8A 5ER1E 3S8IA 2ZJJA 3SA4A 1W51A 5P70A 2B60A 4QJAA 1HSIA 3C9XA 3VF5A 4OBDA 3L58A 3OY4A 3WSJA 4I0IA 1BWBA 5HVPA 4CPUA 3VG1A 2HB4A 5P8DA 4XXSA 1QDMA 5I3WA 4J54A 3SFCA 4CPQA 1SIVA 1APTE 5P8LA 5P4YA 1HEFE 3QBHA 5P0VA 4J0TA 3NSHA 3S43A 3WB4A 1C6ZA 1W5WA 1G2KA 5OYXA 4DVFA 4GJBA 5P0KA 3VYEA 4Y37A 5P3SA 3L5EA 2BJUA 2WEAA 3LPJA 5P2DA 5P50A 4Y3FA 1XE5A 1OD1A 5P8KA 2QU2A 5AH6A 3BUGA 1F7AA 4Z50A 4JP9A 2P4JA 1MT8A 5P4IA 2Q54A 3JVWA 2AVVA 1K6VA 3INEA 4DQBA 4ZSMA 2FNSA 1MT9A 3EKXA 4JPCA 1TZSA 1RL8A 1QBRA 5OZZA 3TKGA 2G22A 3R0YA 3KMYA 5P2WA 4YCKA 5P8SA 3D1ZA 5P75A 3MWSA 4Y39A 1XN2A 2AVSA 5UPJA 4J1FA 3T3CA 5P3CA 2QD6A 5P16A 3SA6A 2R5QA 5P65A 1CPIA 3PWWA 1B6KA 4Y45A 3K5FA 5P7YA 1K2CA 4EJ8A 3FSMA 3UQWA 5OZCA 3LIXA 3INFA 5P3AA 3KDBA 3UDHA 3WB5A 4L1AB 1KJGA 3OXXA 2AOJA 4YA8A 3O9LB 4DJWA 1BDLA 1B6LA 4LP9A 5P8CA 4YCYA 3KT2A 1B6JA 1T7JA 1YX9A 1MERA 5IS4A 5COOA 5FIVA 1LF2A 5ENKA 3UQRA 1FQ6A 3PBDA 5P7DA 5P11A 2BQVA 1LYWB 5P1WA 5SY2A 5P2IA 3SO9A 3VF7A 1GKTA 2ZJNA 2IL2A 2UPJA 2WEBA 4EYRA 4YD4A 5P03A 2ZJLA 3WZ6A 1YTIA 3PRSA 4HLAA 3INHA 1CZIE 4GMIA 3DJKA 5C9BA 2AOIA 1UH9A 5P6QA 4YHQA 4BFDA 5P0AA 3OQ7A 3OTYA 2FMBA 5P28A 3PCZA 2QCIA 5C9FA 4X7IA 2QHCA 3K4VC 1A8KA 5P2FA 2BPYA 3CYXA 5P34A 1WKRA 4OD9A 3TPJA 4Y3RA 4Y43A 3BVBA 1TQFA 4F73A 2WF4A 5JFPA 1PSNA 4D85A 3OHHA 4BELA 3VFBA 3EL5A 3LNKA 4FS4A 2ZJIA 3ZKGA 4FRKA 5P1YA 1YM2A 5CLMA 2P83A 3KFSA 4YD7A 2VJ7A 3K5CA 3KN0A 3DOXA 1SMEA 4ZE6A 3FNUA 1KJ7A 3R1GB 5OZOA 5P1MA 2F8GA 5P0MA 1N49A 2Z54A 4DJVA 3QPJA 4E43A 3OUDA 5P3JA 1FFFC 4FL8A 5OZIA 4NJTA 5P53A 1EC3A 3BXRA 1SDTA 1MRWA 4Y5MA 4I0GA 1IDBA 3KT5A 3EL0A 3ZKIA 4J0YA 3K4VA 4Y3AA 2ZJHA 3PGIA 5P56A 2G24A 2OHKA 3BVAA 3SKGA 3NDUA 4JPEA 3L3AA 2ER9E 3QRVA 3TPLA 3FIVA 2FDPA 4XX4A 2F81A 4Y44A 5P7HA 1MT7A 1HVIA 5OYZA 5P6TA 2I4UA 1MVPA 5P69A 4OBZB 2O40A 5P0SA 3AIDA 5P1QA 1META 3OQAA 4RRSA 1MTRA 2WL0A 3SA3A 2UY0A 1C6YA 5P5CA 2FGUA 2EWYA 3OXWA 1SMRA 4GJ5A 3HD8A 3VLBA 5P3YA 5P3EA 2OHLA 2V12C 3APRE 5P1UA 1IVPA 5P85A 4HDBA 2QNQA 5P2JA 4DJOA 2JJIA 3ZKSA 4EPJA 5P6UA 3VLAA 5HU1A 1TCWA 3KM4A 4ZPEA 3VFAA 2PSVA 4Y3NA 5OZ6A 4D88A 4Y47A 1B6PA 5P6BA 4N00A 2QAKA 2BBBA 3LZYA 4B1DA 5P09A 3GI4A 4XKXA 1IZDA 5P55A 1HPVA 3KFRA 2NXMA 4Q1NA 5E5JA 5P26A 1QBUA 5P2UA 5P6PA 3EL4A 4DPFA 3QROA 5P8NA 5P44A 4Y4GA 5P1BA 5P2VA 2ANLA 4QJ7A 2I0DA 5P7UA 2QHZA 5P80A 5P47A 4J17A 5IE1A 4FM7A 5P8JA 4H3IA 5P8UA 5P5PA 2MIPA 2A1EA 3EM3A 5P5KA 4CPSA 2R38A 4Y5PA 3UQXA 3LIZA 3KFNA 5P82A 5P10A 4DV9A 2AZBA 4EQJA 4AA8A 5P2RA 2A4FA 2IS0A 5P7ZA 2J9KA 1AVFA 5P2MA 5OYWA 1FB7A 4HVPA 2FGVA 3I2LA 5I3XA 3RTNA 3UDPA 3BGBA 3PJ6A 4Y4TA 1W50A 5P5GA 2I0AA 4RZ1A 5OZ5A 3ER5E 1BV7A 1IDAA 1AIDA 2PH8A 4J1IA 4Y3QA 2ER0E 1SIPA 3LHGA 5P2KA 4D83A 3KMXA 4KB9A 4FAFA 3LPKA 3KF0A 5P67A 5ER2E 3TPPA 2PH6A 3TOGA 1MUIA 5P0YA 1TW7A 2Q15A 2OHPA 4KE1A 5HE4A 5P1VA 1SDUA 3S7LA 2XFIA 3TL9A 3NWXA 2AOCA 3O9GA 3G6ZA 2BPXA 5DQ1A 4AMTA 5P4ZA 3O9DA 3M9FA 4UPJA 4L1AA 3K1WA 3INDA 3S53A 3ST5A 3O9LA 3IA9A 5HCOA 5P1HA 3LINA 4F75A 4R5NA 4NJUA 2F3FA 3GI0A 1DPJA 5SXNA 4B78A 5PEPA 2AVMA 5P0TA 5P5JA 2NNKA 4ZEAA 4DFGA 2IEOA 2XYEA 2O4KA 5E5KA 5P7BA 5P5LA 1LV1A 6FIVA 2ZHTA 1LYWA 3NU6A 4EQ0A 4M8YA 5P4JA 5P4WA 4FM8A 3URJA 5P89A 3QS1A 2HB3A 3LZSA 4EJLA 1HXWA 5P84A 5P3FA 3IGBA 5P2YA 1D4IA 2IKOA 5DR8A 2QHYA 1G0VA 4A4QA 4Y3DA 4AA9A 4DJYA 3CKTA 4F74A 4RCDA 2PK5A 2P3CA 5P57A 5KOSA 2QI6A 5HDUA 5P6CA 3PEPA 5P6DA 2WF1A 2O4LA 3L5BA 4IVTA 5AH9A 1NPVA 2FS4A 3RSVA 4FGXA 3O99A 2QP8A 5P0BA 3Q4BA 3BC4A 1RQ9A 5P7CA 4J1EA 5P5HA 4Y56A 1APWE 3FV3A 5P3WA 2OHSA 3QI1A 5P0WA 3GGXA 4YDFA 5P1CA 4I0DA 3IN4A 3EKVA 5P6GA 1LF3A 4L7JA 1HPXA 3SA7A 1FLHA 1HSGA 5P1OA 3S2OA 5OZ4A 4FLGA 3SLZA 3ZPSA 5DR7A 5P7OA 3A2OA 3TTPA 3OUBA 1M4HA 2R43A 3PBZA 2VA6A 2G94A 1LZQA 1UPJA 5P2EA 5P2OA 4RCEA 1F34A 4Y5AA 5P1LA 1ZLFA 1GVTA 1FQXA 1YTGA 2VA5A 4I0HA 4GIDA 2QMFA 2H6TA 1RNEA 4Y54A 4DPIA 1MSNA 5P0HA 4FE6A 4YD5A 5P1KA 2IGYA 4J55A 5P60A 4ER4E 3TOHA 4OBZA 3D1YA 3TNEA 1FIVA 4Y4WA 4Z2ZA 1BAIA 5ENMA 5P5VA 4IVSA 4YBIA 2NNPA 1ER8E 3WZ7A 1EC1A 1EPQE 2FLEA 5JODA 3Q3TA 4DQHA 2AIDA 5P0EA 5P33A 3HVGA 5OZJA 5OZNA 2QI3A 2B7FA 2IRZA 5OZQA 5OZ0A 5P38A 1B5FB 3PSUA 5SZ9A 1K6TA 5AH8A 4MC2A 5P6AA 3QIHA 5OZXA 1ZPKA 3BUHA 4H1EA 5P68A 5P15A 2PMAA 2BPVA 3U7SA 2J9JB 3UDNA 6APRE 5P5DA 3NLSA 3KA2A 5DQCA 4ZLSA 5DQ5A 5KR1A 5P5SA 4I1CA 2WHHA 5P5UA 3O9HA 2QI1A 2P8HA 3UFNA 3OADB 4X2LA 1VIJA 5P49A 3Q5HA 1FMUA 5P36A 3UFLA 3EKWA 5P1NA 5P4UA 3NU4A 4Z22A 3BUFA 5AHAA 1IVQA 3LPIA 1PPME 5P1TA 4Y4EA 4ZSPA 4Y3ZA 5P4NA 5P87A 2ZYEA 1ZBGA 3OGPA 2V0ZC 5P2BA 3NUJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DPZ A;  2G1N A;  1HEG E;  2OAH A;  5P1E A;  3DK1 A;  1HRN A;  5P30 A;  3O9C A;  1ZAP A;  5P71 A;  5OZR A;  2NR6 A;  5P41 A;  1GNN A;  3HZC A;  1LYB B;  4FAE A;  1KJH A;  5P7M A;  3HLO A;  5P19 A;  1EBW A;  5HE7 A;  5OYY A;  4ZIP A;  3D3T A;  5B18 A;  3O9A A;  4Y5G A;  1K6P A;  5DQ4 A;  5P0J A;  4I8W A;  5OZU A;  5P58 A;  4D8C A;  5OZS A;  1LYA B;  1DW6 C;  1HVJ A;  1EPP E;  5P4O A;  5P13 A;  2R5P A;  2Q5K A;  3VV6 A;  2G26 A;  4ER2 E;  5P4B A;  3L38 A;  2ER6 E;  1IZE A;  5P6R A;  1HTR B;  5P2A A;  5P8P A;  3CIB A;  1BVE A;  5P3P A;  2ZHV A;  2G27 A;  5AHC A;  2UXZ A;  3VYD A;  4RYG A;  4DJR A;  2CEM A;  1IZI A;  1W5V A;  3H0B A;  4TRW A;  3B7V A;  2REN A;  2R3W A;  3I25 A;  4LBT A;  5P0N A;  2QZW A;  3PI5 A;  1JLD A;  4OBK A;  5OYR A;  3HBO A;  5P45 A;  4Y5L A;  1HIV A;  4R95 A;  3AUP A;  2QNN A;  2IDW A;  4YCT A;  3NU5 A;  4QJ8 A;  4FM6 A;  1FG8 C;  3DCK A;  4GJ6 A;  5P6I A;  5OYS A;  2Q11 A;  1E5O E;  5P1Z A;  5DGW A;  3S56 A;  4Y51 A;  3T11 A;  1OHR A;  4J0Z A;  5P6Y A;  4QLH A;  3OK9 A;  2P3B A;  5OZT A;  2VA7 A;  5P7T A;  4QJ9 A;  5P7S A;  4Y3L A;  5P0O A;  4Y3Y A;  2G69 A;  4Y3S A;  5P7G A;  1ZSF A;  3ZLQ A;  2FXD A;  3S43 B;  1MTB A;  1CMS A;  1VIK A;  3CMS A;  3EKT A;  5P59 A;  5ISK A;  1HHP A;  3U6A A;  5OZM A;  2QMG A;  5HU0 A;  5P0Z A;  5P7N A;  2V16 C;  5P8O A;  2BPZ A;  3OUA A;  3ZOV A;  1FFI C;  2HB2 A;  3PWM A;  5P1G A;  5COK A;  5OZP A;  5P2Z A;  3EM6 A;  5EZZ A;  5P7E A;  1Z1R A;  5P83 A;  4B1E A;  3BRA A;  2Z4O A;  4GZF A;  4Q5M A;  5P3H A;  5P76 A;  3ZKM A;  1ZTZ A;  3GW5 A;  5OZY A;  3O9E A;  1LEE A;  1YT9 A;  5P2G A;  5P46 A;  1D4L A;  4GJ9 A;  3OTS A;  2WF3 A;  3O9I A;  5OZV A;  1HII A;  4YE3 A;  3QP0 A;  2QD7 A;  1K6C A;  5P0X A;  5COP A;  3SAA A;  4EHC A;  1IZH A;  4Y3T A;  4BEK A;  3SKF A;  5P7L A;  2QMD A;  3TLH A;  3GGU A;  5P4H A;  1MEU A;  5P5Z A;  1EBK C;  4I0J A;  2VKM A;  4NPT A;  2FDE A;  4PZX A;  3NYG A;  4LXA A;  4Y4B A;  5P1X A;  1BDR A;  3ZL7 A;  2WKZ A;  1M43 A;  1DAZ C;  2V10 C;  4A6C A;  5P4F A;  2BPW A;  1GVX A;  3OU4 A;  2RSP A;  4YDG A; 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 3DOX A;  1SME A;  4ZE6 A;  3FNU A;  1KJ7 A;  3R1G B;  5OZO A;  5P1M A;  2F8G A;  5P0M A;  1N49 A;  2Z54 A;  4DJV A;  3QPJ A;  4E43 A;  3OUD A;  5P3J A;  1FFF C;  4FL8 A;  5OZI A;  4NJT A;  5P53 A;  1EC3 A;  3BXR A;  1SDT A;  1MRW A;  4Y5M A;  4I0G A;  1IDB A;  3KT5 A;  3EL0 A;  3ZKI A;  4J0Y A;  3K4V A;  4Y3A A;  2ZJH A;  3PGI A;  5P56 A;  2G24 A;  2OHK A;  3BVA A;  3SKG A;  3NDU A;  4JPE A;  3L3A A;  2ER9 E;  3QRV A;  3TPL A;  3FIV A;  2FDP A;  4XX4 A;  2F81 A;  4Y44 A;  5P7H A;  1MT7 A;  1HVI A;  5OYZ A;  5P6T A;  2I4U A;  1MVP A;  5P69 A;  4OBZ B;  2O40 A;  5P0S A;  3AID A;  5P1Q A;  1MET A;  3OQA A;  4RRS A;  1MTR A;  2WL0 A;  3SA3 A;  2UY0 A;  1C6Y A;  5P5C A;  2FGU A;  2EWY A;  3OXW A;  1SMR A;  4GJ5 A;  3HD8 A;  3VLB A;  5P3Y A;  5P3E A;  2OHL A;  2V12 C;  3APR E;  5P1U A;  1IVP A;  5P85 A;  4HDB A;  2QNQ A;  5P2J A;  4DJO A;  2JJI A;  3ZKS A;  4EPJ A;  5P6U A;  3VLA A;  5HU1 A;  1TCW A;  3KM4 A;  4ZPE A;  3VFA A;  2PSV A;  4Y3N A;  5OZ6 A;  4D88 A;  4Y47 A;  1B6P A;  5P6B A;  4N00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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