4H3IA

Structure of bace bound to 3-(5-((7ar)-2-imino-6-(3-methoxypyridin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-1h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl)thiophen-3-yl)benzonitrile
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and Validation of Bicyclic Iminopyrimidinones As Beta Amyloid Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors: Conformational Constraint to Favor a Bioactive Conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3iA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3iA02
5P6VA 2Q15A 5E5KA 4Y41A 4A6BA 3PJ6A 5P0IA 2ZJIA 1APWE 5OZRA 3OOZA 1GVVA 4LL3A 2PWCA 3FNSA 5P3UA 3MXEA 2ZJNA 3K4VA 3HLOA 5P0OA 6FIVA 3O99A 5P6QA 2RKFA 3TNEA 4FRIA 5P5FA 4MC2A 5P59A 1W51A 3LZVA 3R2FA 5P7GA 2G26A 3SM1A 2JE4A 3UFNA 5AH9A 5P0ZA 3JVWA 1FB7A 4Q1XA 4CPSA 5I3VA 3O9HA 5P7SA 4ZLSA 3NWQA 2ZDZA 5P18A 2IL2A 3OOTA 5P0BA 3GI0A 5P8JA 3FX5A 2OHPA 2FXDA 5P5SA 4XX3A 1IZEA 4DQCA 4Y5PA 3O9DA 2XFKA 3D20A 4LC7A 1IDAA 5P6XA 5P85A 4J0TA 2AOCA 1N49A 3D3TA 1M43A 5P17A 5P3CA 3T7PA 4JP9A 3VYEA 4EP3A 3DV5A 3U6AA 5COOA 1W5XA 2NXMA 2VIEA 5P1NA 3ZPTA 1D4YA 1EEDP 3EMYA 3NXNA 1YTJA 1QBRA 3RU1A 5P1DA 3QROA 5P7VA 3L5FA 1KJGA 4ZE6A 4Y3HA 3IGBA 5P4PA 3G6ZA 1HWRA 5P6GA 3K5CA 1PPLE 4HVPA 1HVHA 1AJVA 2QI4A 2R38A 4Y4DA 5P3VA 5P1XA 5P4FA 4U7VA 5P40A 3PRSA 5P55A 1MSNA 2G1SA 3PSUA 1XL2A 1B5FA 5P0YA 5P27A 2NNKA 5P8TA 5P07A 4I10A 3T7XA 3ZKIA 4J0PA 3GGXA 3GGUA 4K8SA 5P35A 5P1ZA 5OZVA 5KR2A 5OZ2A 5OZ6A 1T3RA 4I12A 4CMSA 2O4PA 5I70A 4Y3RA 5HDZA 1UH7A 4B72A 4E43A 3M9FA 1EC2A 5P11A 2AOIA 1EPQE 5P6NA 5P53A 4I0FA 3OAGA 5P3BA 4YOAA 5P0GA 1EAGA 4RYCA 1SBGA 4K4QA 4RRNA 3DOXA 4AZYA 2WJOA 1WBKA 2PQZA 1E82E 3S45A 4ACUA 5P3JA 5UPJA 1FFFC 2OHUA 4OD9A 5P6CA 3KFPA 3BHEA 3U71A 1HSIA 2XFIA 2IS0A 5KQYA 3VF7A 1T6GA 2V12C 7UPJA 1HTFA 3EM6A 2BPVA 4Y3MA 2AVSA 4EJKA 5HE5A 3N3IA 4DQGA 2P83A 5P7MA 2G24A 4RCFA 3MSKA 5P4LA 5P2BA 3OGPA 4TVHA 5P10A 4HA5A 1HIHA 2ZJJA 3DCKA 2HB2A 2VIZA 4FGXA 3PI5A 1YM4A 2AOJA 1C6YA 5P84A 4APRE 5P0CA 4FE6A 5P8AA 2FDDA 4ZPGA 2AOGA 3OADA 3INHA 1YT9A 5P1MA 1A8GA 2G22A 2QNNA 4R5NA 2RSPA 3R4BA 4LAPA 4I0GA 2FXEA 5P7TA 5BWYA 4ZEAA 1YTIA 8HVPA 4J0YA 5P5GA 5OZ3A 4Q1NA 1Z8CA 5CONA 3T6IA 5P3PA 5P1RA 1MT7A 4DJYA 4HDBA 2G1OA 2VJ7A 2VKMA 5P1FA 4FSLA 5P8OA 2VA5A 1ZAPA 1UH8A 5P56A 3G72A 5P09A 4Y3SA 4DVFA 5P5AA 4BFDA 1PFZA 1OEWA 5AH6A 3SA4A 3NU4A 3UDPA 2VJ9A 3BUHA 3VUCA 3Q5HA 1XE6A 5I3WA 5P4HA 5P6IA 5P6HA 5FIVA 3ER5E 5P6FA 1WBMA 4D83A 5P36A 1ZLFA 2Q54A 4Y54A 1B5FB 2ER6E 5P6MA 4DJPA 1QBTA 3BUGA 1D4SA 5P77A 3VG1A 3RSVA 4DI2A 4GJ7A 1JLDA 2R43A 5P7XA 5KQZA 2H6TA 2OHQA 1BWAA 5P6WA 2FS4A 3PCZA 1K1TA 2ZGAA 4D88A 1EPOE 3EL9A 2FGUA 4N00A 5P3IA 1LS5A 4HDPA 5P4BA 4R91A 5P3AA 3OAGB 3LIVA 5P3WA 3IAWA 2VJ6A 5P39A 4MC6A 3LINA 1MVPA 4ZPFA 1AJXA 4B0QA 1SP5A 4OD9B 4FRJA 4JOOA 4MC9A 5P0TA 4AMTA 5P83A 5P6LA 1KJHA 4Y50A 2WEZA 2R8NA 4YA8A 4FL8A 3TTPA 2F80A 2QZWA 2ER0E 2Q5KA 4I0DA 2PH6A 4FM8A 4CPUA 1PSNA 4FSEA 2NPHA 4DV9A 5C9DA 5P7OA 2QMDA 1XS7D 4DJQA 4DQEA 5TOLA 1Z1HA 3TOGA 5P3XA 2Q11A 5P5BA 3BUFA 5P7NA 2G1RA 5P7JA 5P2LA 2HPFA 5P29A 3DCRA 3QP0A 5P0UA 3PLDA 1HVLA 1SGUA 4Y3FA 5P1LA 5OZYA 3VYFA 3OADB 5P0RA 4J55A 1IZIA 1HSHA 4J1EA 3KT5A 1FMBA 4Y3TA 5SZ9A 3EL4A 2PC0A 1B6MA 2I4QA 2PYMA 4R8YA 3VLBA 3FNUA 5P5YA 4HE9A 5P7AA 2WF1A 2G94A 2G1NA 2Z54A 4KE0A 4DQFA 2BJUA 2V11C 2MIPA 3S53A 4L1AB 1CPIA 2NR6A 1IVPA 3K5DA 3DJKA 1G35A 5P8QA 1TCWA 2V10C 4EQ0A 2XYFA 4NKKA 4CPXA 3ZKQA 1NSOA 3RTMA 2QD6A 3LIQA 1XE5A 3ER3E 3JVYA 1MESA 5P4WA 1IDBA 3SA5A 4OBDA 5P80A 4Y5GA 1B6JA 4B1CA 5P08A 5P33A 3EXOA 4HZTA 2AZ9A 5P82A 4NJSA 3OHFA 2NXDA 3UDQA 5OZHA 5P1IA 2QU2A 3SQFA 2HIZA 3PMUA 3GI5A 4Y4BA 3OU1B 2ZJHA 3EKTA 3G70A 2OF0A 2O4SA 1MIQA 4FAEA 3OUBA 4MC1A 2B7FA 3VFAA 5OYXA 4ZIPA 1QBUA 1FF0C 4OBFA 1HSGA 3OXCA 4FM6A 4U7QA 2IDWA 4A6CA 3OK9A 4Z50A 3OU3A 2R5PA 5OYQA 3EC0A 3LPKA 3UQUA 2QI5A 5P4UA 3KT2A 5COPA 4AA8A 4Y3LA 2ZJKA 3HDKA 5OZAA 4I0JA 1EBWA 1EPLE 2HS1A 3IA9A 3O9BA 4UPJA 4Y4EA 5OYYA 2QMFA 5SY3A 5P4IA 5SY2A 2R5QA 3UDNA 1HEFE 2PH8A 4YBIA 3BGBA 2BPZA 2HC0A 3CYXA 5DR8A 1CMSA 5OZ0A 2I4UA 1AIDA 5P2GA 1VIKA 5DQ2A 2NXLA 3EKXA 1W5VA 3QAAA 3UFLA 1XN3A 2FMBA 4TRZA 5P0QA 5AGZA 4BELA 3NU9A 4B78A 2R9BA 5P23A 3UQWA 2BKSA 4I11A 4J0VA 3HAUA 4EJDA 4J1CA 3RSXA 4J17A 5P2IA 3DM6A 5P5QA 5CLMA 5P45A 3EKPA 5P2AA 3FSMA 5P2WA 5KAOA 1RL8A 3DK1A 3SM2A 4DJWA 3SACA 5DQ5A 4XXSA 1HVKA 3PWMA 1HVCA 1MPPA 4OC6B 3L58A 4GZFA 5P73A 5P2RA 4NJTA 5P20A 2Q3KA 3APRE 5APRE 5P7PA 5DR3A 5P2XA 4X7IA 4I0EA 2PK5A 5C9FA 4GJBA 5OYUA 2FDEA 4EQJA 3VF5A 3SAAA 4QGIA 5P0FA 3UCBA 3IVIA 4H3JA 4Y56A 1D4KA 1C70A 4EXHA 3SLZA 4Z22A 5P0AA 2J9KA 1IIQA 3URJA 5IE1A 5P2QA 1U8GA 3OQ7A 1UPJA 3D1XA 2JXRA 4R93A 4RROA 2VNMA 5AH7A 5P47A 2PWRA 2OHRA 4R92A 1APUE 1RV7A 3FV3A 3N4LA 5P2UA 3VEUA 3ZOVA 4WY6A 2HPEA 3BC4A 5P8LA 4CPTA 4GJ6A 2BKTA 5P3RA 2XFJA 3QVIA 4RRSA 1GVXA 3NR6A 4B77A 3EM3A 3VSXA 1DIFA 3L5EA 3IXJA 5P70A 5SXNA 1LEEA 3DUYA 3SA8A 4PZXA 5P03A 5P3GA 3S85A 1LZQA 2VIJA 4Y4ZA 4LP9A 3TPRA 5P7IA 2ZHVA 4X2LA 5P4SA 3JW2A 1BWBA 2V13A 5P2MA 2VS2A 1W5YA 2BBBA 3QBFA 3SA7A 1E81E 3ZLQA 2WEBA 4FS4A 5P0LA 5OZJA 2QNPA 5P3KA 1BIMA 5P5VA 1HIVA 1YG9A 1FQ5A 5P4AA 1NPAA 5IVQA 5P8UA 4EP2A 4DFGA 4JPCA 1GNMA 3KMYA 4Y53A 2QI3A 4FCOA 4Y3WA 1MTRA 1SIPA 2I4DA 2Q55A 2WF2A 3FIVA 2WECA 5DGUA 1LYBA 4GIDA 3QBHA 5P38A 5P1SA 2AOEA 4Y4AA 3NDWA 4CPWA 5P4EA 5C9BA 2OHKA 1HPSA 3UDYA 3WB4A 1DAZC 5P57A 5P5TA 5OZ9A 3PWWA 3UDKA 6UPJA 5P1QA 4RVIA 5P1WA 5P7ZA 5P1EA 3ZMGA 2P3BA 3KN0A 5AHCA 4Y9WA 4DH6A 1HXBA 1GVUA 1HVRA 5ENKA 1Q9PA 5P04A 4Y35A 3QPJA 4GB2A 3TOHA 5P5OA 1KZKA 3CIDA 5P8NA 3PM4A 4L7HA 1APTE 3NSHA 1XN2A 3OUAA 5B18A 1IZDA 3QRVA 5DQ4A 3NUJA 5P6KA 3LPJA 5P5UA 2FNSA 2IEOA 4OBZA 5P26A 2ZE1A 3UDRA 5OZCA 1T7KA 3OUDB 4LHHA 5P42A 2QU3A 4R95A 2SAMA 2QD8A 5P0EA 5P6EA 4Y57A 5P06A 2QMGA 4DUSA 2G1YA 5P28A 3KYRA 3ZKNA 3AIDA 5OZIA 1HTEA 3SA9A 2JYSA 4D89A 4GJ9A 5P7FA 2ANLA 3QN8A 3PSYA 2XYEA 5P81A 5P8FA 3EKYA 2HS2A 3KM4A 4JPEA 2IRZA 3Q70A 3PCWA 5OZBA 3O9IA 3TKWA 5P7RA 2AOHA 4YD5A 5P72A 2NMZA 3LHGA 4F74A 3TKGA 4K4RA 1BDLA 1PROA 3CMSA 5P74A 3MXDA 4LXMA 4GJCA 3T7QA 4FRKA 2WF0A 1K6CA 1BAIA 3GGVA 1LF2A 4TRYA 5P43A 4L1AA 3BGCA 1D4LA 1E5OE 3KMXA 4OBJA 3WZ6A 1T7JA 4YBFA 5P4TA 4Y3DA 4GJ5A 2Q64A 5P0KA 4GJDA 3UQXA 3VFBA 1ZSRA 5ENMA 1EPRE 5P4NA 5P8IA 1HBVA 1LYBB 4H3FA 4K9HA 1WKRA 2QP8A 4EXGA 4ZSMA 1YM2A 1D4IA 1W50A 5DPZA 5BS4A 2QNQA 3R1GB 4RZ1A 3VV8A 2I4VA 3UDMA 3KDCA 3NUOA 3WZ8A 1HPXA 2HAHA 3OU1A 1LF3A 4FLGA 1AZ5A 1ODYA 3I6OA 5P1OA 5P52A 2P3BB 3QVCA 2BQVA 2OHSA 5P12A 5AHBA 2V00A 1GVWA 3TPPA 3LPIA 5P6SA 4Q1YA 5P3MA 5P8PA 4Z2ZA 1B6KA 1MT9A 1BV7A 5OZLA 3PBZA 5P8DA 2VNNA 1RPIA 2IQGA 2AZCA 2H6SA 1W5WA 2QHCA 4ZSPA 1FMUA 2O4LA 5P61A 3INEA 1LYWA 2RKGA 5OZOA 4J1FA 1HIIA 2NTRA 1FLHA 5P1CA 4I8WA 4Q5MA 5P71A 3Q6YA 2P3CA 5KOQA 3F9QA 3I8WA 3U7SA 4OBZB 3SA6A 2AIDA 4RGHA 3O9FA 3MSJA 2NNPA 1ZBGA 5P54A 4ACXA 5P1PA 1ZPKA 2QI1A 3D1ZA 1HEGE 5P58A 5P8SA 4OBHA 5P7DA 1FQXA 4U8WA 3PLLA 2QZKA 5AHAA 1IBQA 3KFSA 4OBKA 1K6VA 4YCTA 5P41A 3BXSA 5P1JA 3UDJA 4Y5LA 3HVPA 4J54A 4LXKA 4Y4XA 5OZ5A 4DJRA 1EPNE 3K5FA 1HTGA 5P2EA 3URLA 1FMXA 5IS4A 1EC1A 2FGVA 3OQAA 1LYAB 5OZKA 3BVAA 3D1YA 3MSLA 4OC6A 3LIZA 3SPKA 3OU4A 4J0ZA 4J5JA 2FLEA 1GNNA 4DQHA 4QJ9A 1EBYA 5P2HA 5ER1E 1BDRA 3KF0A 5P2ZA 2IENA 5P5IA 4L7JA 3S43A 5P87A 5OZMA 2AVOA 3S56A 1DPJA 1A30A 3OQDA 1K2BA 1T7IA 3PEPA 5I3XA 1F34A 2HB4A 5P5HA 5P1KA 2QHYA 3CKTA 3VCMA 4DPFA 2BPWA 1KJFA 1MRWA 3CKPA 2J9JA 2G27A 5P46A 5P8CA 5JFPA 4K4PA 1YTHA 5P6JA 5P60A 3URIA 3EL1A 5P7UA 3IN3A 1IZHA 5P2KA 4L6BA 2B42A 4Y58A 4HDFA 5P5CA 2FNTA 5P3NA 4B00A 4QJ8A 5OYSA 1AM5A 4Y48A 2G20A 1DMPA 2IKOA 1D4HA 2I1AA 4RYGA 3RVIA 3PMYA 3EBZA 4ER4E 5P78A 3OY4A 1UH9A 5DGWA 5P13A 2BPYA 5P01A 5DR0A 5P6DA 2P3AA 2A4FA 2WF4A 2RMPA 3EKWA 5P3LA 4DQBA 5P05A 1MERA 5I3YA 5OZTA 5P1HA 5P7YA 3VV6A 5P5ZA 2VA7A 5OYRA 1LYWB 1VIJA 2OAHA 5P64A 4NJVA 1J71A 4ZSRA 4EYRA 3NDUA 2QAKA 5F00A 1HRNA 1GNOA 1LF4A 1EPPE 1RQ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6V A;  2Q15 A;  5E5K A;  4Y41 A;  4A6B A;  3PJ6 A;  5P0I A;  2ZJI A;  1APW E;  5OZR A;  3OOZ A;  1GVV A;  4LL3 A;  2PWC A;  3FNS A;  5P3U A;  3MXE A;  2ZJN A;  3K4V A;  3HLO A;  5P0O A;  6FIV A;  3O99 A;  5P6Q A;  2RKF A;  3TNE A;  4FRI A;  5P5F A;  4MC2 A;  5P59 A;  1W51 A;  3LZV A;  3R2F A;  5P7G A;  2G26 A;  3SM1 A;  2JE4 A;  3UFN A;  5AH9 A;  5P0Z A;  3JVW A;  1FB7 A;  4Q1X A;  4CPS A;  5I3V A;  3O9H A;  5P7S A;  4ZLS A;  3NWQ A;  2ZDZ A;  5P18 A;  2IL2 A;  3OOT A;  5P0B A;  3GI0 A;  5P8J A;  3FX5 A;  2OHP A;  2FXD A;  5P5S A;  4XX3 A;  1IZE A;  4DQC A;  4Y5P A;  3O9D A;  2XFK A;  3D20 A;  4LC7 A;  1IDA A;  5P6X A;  5P85 A;  4J0T A;  2AOC A;  1N49 A;  3D3T A;  1M43 A;  5P17 A;  5P3C A;  3T7P A;  4JP9 A;  3VYE A;  4EP3 A;  3DV5 A;  3U6A A;  5COO A;  1W5X A;  2NXM A;  2VIE A;  5P1N A;  3ZPT A;  1D4Y A;  1EED P;  3EMY A;  3NXN A;  1YTJ A;  1QBR A;  3RU1 A;  5P1D A;  3QRO A;  5P7V A;  3L5F A;  1KJG A;  4ZE6 A;  4Y3H A;  3IGB A;  5P4P A;  3G6Z A;  1HWR A;  5P6G A;  3K5C A;  1PPL E;  4HVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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