4Y57A

Endothiapepsin in complex with fragment 63
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y57A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y57A01
3S45A 3D1YA 5P74A 3DOXA 4YD3A 1D4IA 2HIZA 3EL1A 5PEPA 2NR6A 1LEEA 4Y4BA 2O4LA 5P22A 3K4VA 2ZHRA 4Y5LA 1XDHA 5P2CA 2Q55A 3NDUA 2RSPA 4JPEA 3PLDA 3ZKIA 1AXAA 1Z1RA 3KFNA 3BC4A 4I0GA 5P1JA 4Y4UA 3DM6A 3OQDA 1BV9A 1MERA 4OBZA 2AOGA 2JE4A 4CMSA 4OD9A 5ENKA 5ISJA 1W6IA 2R3WA 3KA2A 2R3TA 4MC6A 3SA4A 3QROA 3U71A 5P6KA 3QI1A 5OYXA 3NR6A 2XFKA 4I0DA 3TOHA 4R91A 4Y3GA 5P8TA 1SMRA 2QZKA 3UFLA 2PMAA 4ZLSA 5P29A 2AVVA 5P8OA 5DGWA 2QHYA 3APRE 2WECA 1B5FB 4ACUA 4LAPA 5P17A 5P3XA 1ODWA 3LZVA 5P0BA 4EP2A 5F00A 2AVQA 3S43A 4RVIA 5P2HA 3PHVA 5P1NA 1BXQA 2VKMA 1E5OE 3L5DA 5P0EA 4R93A 4Y38A 5P8KA 3VSWA 1LYWA 4GIDA 5P3VA 1DP5A 5P54A 5HD0A 2QU3A 4K9HA 4QJ2A 3O9CA 1FQXA 2JJIA 3D1XA 3IAWA 2XYEA 5P7AA 5P6UA 5P6BA 4GJ5A 3NWQA 1SMEA 5P7XA 4J0PA 5P8FA 5P0TA 1YM4A 2NXDA 1FMXA 3OY4A 4EQJA 2QHCA 3IN3A 5KR2A 1MSNA 4U7VA 3PM4A 2HPFA 2OHNA 3N3IA 4B05A 2ZJJA 5OZHA 3O9LB 3DCKA 5P4LA 3I25A 5P61A 5P3MA 2RMPA 4LL3A 3K5CA 4HEGA 1MTRA 3GGXA 5P1CA 2OHSA 2P3AA 5I3WA 5P1SA 2OHRA 2ZGAA 4Y51A 3C9XA 2WF2A 2O40A 4HDFA 3HBOA 5P3KA 5C9BA 1APVE 5P8CA 4RZ1A 4FRKA 5T4SA 3ZKMA 5P28A 2G24A 5OZAA 3SM1A 4UPJA 3VUCA 3Q70A 2I4QA 1Z8CA 5P4SA 5KQZA 4J1EA 2AOFA 1EC3A 4Y4GA 5P72A 2BPVA 3LITA 2IGYA 3G70A 1EPLE 2G20A 3H5BA 1T7IA 3UQPA 2FS4A 5P1RA 3LPKA 1IZHA 4FL8A 5P79A 3LPJA 2F80A 3OUAA 3H0BA 2P3BA 5ISKA 3ZKQA 1E81E 2AOIA 3KFSA 4APRE 4J17A 1F34A 2QI3A 1MRXA 2WEZA 3I6OA 2BKSA 2QI7A 5P7JA 3SA9A 5P3AA 5P3GA 2B60A 5P0VA 4EHCA 4DI2A 4NJVA 5E5KA 3VYFA 1KJFA 4DQGA 1VIKA 2AODA 2Q11A 4ZSQA 1PSAA 2JXRA 1DPJA 1HVJA 5OZ8A 5P68A 4DJRA 4ZSRA 1EC1A 3L3AA 5P6GA 2QNPA 2H6SA 4EQ0A 4DJXA 4FS4A 5AH8A 2O4PA 3EKXA 4RROA 2V0ZC 5P32A 2NXLA 1B6JA 3TTPA 5P8QA 2FGVA 1M4HA 3IGBA 3L38A 5J25A 3PSYA 2OHPA 5P1KA 5P70A 4L1AB 5P7MA 3I2LA 2MIPA 1LS5A 5P6HA 5P1WA 5IVQA 5P81A 5P84A 2O4KA 2NMZA 3HLOA 2G27A 3Q5HA 5P2ZA 4TRWA 4MC9A 4BELA 1E82E 4CPUA 2ER0E 2BQVA 5P5GA 5P3RA 3HDKA 1W51A 1HVKA 5P5HA 2ZJLA 1F7AA 4QGIA 5JFPA 1ZSFA 5P4OA 2G26A 2R43A 4Y44A 1B6PA 4XX4A 5P42A 5P7GA 3PCZA 2B8VA 5SY3A 5P13A 2UPJA 3SKFA 1MT9A 3URIA 3PGIA 4YD5A 1B6LA 2FLEA 4YDFA 4EXHA 5P57A 5P7BA 1K2BA 2WEBA 5P06A 2FNTA 1OHRA 5P1GA 5OZ5A 5OZGA 4FRSA 5P4BA 4Y57A 4Z50A 5P63A 3VYDA 4BFDA 2AVMA 1AJXA 1LV1A 5P2JA 4F76A 2ZHTA 1FB7A 2ZHVA 5P2NA 2BKTA 1ZPAA 4JECA 1RNEA 1SGZA 4XXSA 3O99A 3IVIA 5I3VA 5P6ZA 1KJ7A 3TOGA 5P5XA 1EPPE 1RQ9A 4BFBA 3GGVA 4I0FA 5P7EA 1HRNA 2OHLA 2HB3A 1XN3A 4FM7A 3FNSA 1AJVA 1QBRA 5P59A 4ACXA 5AHAA 2P8HA 5F01A 1B11A 3T7PA 5P8LA 2V13A 2V10C 4NKKA 4AZYA 2BPWA 1MT8A 3QRVA 4YHQA 2WF4A 1HXWA 1HSHA 3VLAA 3K1WA 4YD4A 5P1BA 5P1YA 4FRJA 2QHZA 4YE3A 3DK1A 2B8LA 5P6MA 5P0MA 4D89A 3OTYA 3IXKA 5OZ6A 4J0ZA 3NSHA 1HEFE 5P3PA 5JG1A 2BJUA 5P4ZA 3BXSA 1GNOA 3EKTA 5P0IA 4HVPA 1HIVA 3NU9A 2VA5A 2EWYA 4CPTA 5DR1A 6FIVA 3SABA 3PBDA 5P7VA 4NJTA 5B18A 3BRAA 5P36A 5P8MA 5P20A 5P4QA 3PI0A 5BWYA 1ME6A 1LYAB 2OHMA 5P1XA 5ENMA 4R8YA 3I8WA 3VV7A 1FQ4A 5P3DA 5BS4A 4Q1XA 3EL0A 4J1FA 5OZSA 2PQZA 4EPJA 3F9QA 4QJ9A 5P26A 2OHTA 2IGXA 3UPJA 1UPJA 5AH9A 3GGUA 5P3JA 1G2KA 5P83A 4WY6A 3MXEA 1Q9PA 3URLA 5P5PA 2VIJA 3LPIA 2G21A 3TKWA 3O9AA 5P12A 2FXEA 2I0AA 3R0YA 5P3HA 1HTRB 4RRSA 2WJOA 4Y4JA 1FQ6A 4DV9A 3G6ZA 4OBKA 4Y5NA 3UDPA 3INEA 3PVKA 1CPIA 1HVLA 3LZYA 3T7XA 5P02A 3KT5A 3TKGA 5P27A 1W5VA 5P0XA 5I70A 5P19A 4Y50A 4EJKA 2P4JA 2VJ6A 3D91A 3GW5A 2QZXA 4DFGA 1XL2A 5ER2E 4JP9A 5P78A 2HB2A 4GJCA 5OYQA 3TNEA 5P7YA 1EBWA 5P80A 1YM2A 1BBSA 5P5RA 3NU5A 5P11A 1BILA 5P89A 5P46A 4Z2ZA 4YDGA 5E5JA 3L58A 4HDPA 4LP9A 4Y37A 4RCDA 4JPCA 5P0CA 9HVPA 2PH8A 5P7RA 3U6AA 5COPA 1EBKC 3I7EA 3NU3A 4CPXA 1BIMA 4DVFA 5UPJA 3FX5A 3NDXA 4K4QA 4Y4TA 1HHPA 4NPUA 3PSGA 4DUSA 3LZSA 4RYCA 4ER4E 3LZUA 1SIPA 5P7QA 5HE5A 2UY0A 2FXDA 4FSEA 5P60A 5P6FA 4X2LA 5P7FA 3INHA 4OBJA 3UDMA 4GJ7A 5SZ9A 2ZJNA 5P2QA 5P30A 4CPRA 2PWRA 1RL8A 4I0EA 5P6SA 5ER1E 3QRMA 2PYNA 3OAGB 3L5FA 3TPJA 3KT2A 5HDZA 5DQ5A 1BDLA 4K4PA 4RGHA 3LINA 4RLDA 3PMYA 3JW2A 4EYRA 5COOA 1A8KA 1FEJC 4YD6A 5P7LA 3D1ZA 5C9DA 2Q5KA 2P83A 1ZJ7A 3O9DA 5P2MA 4Y3FA 5P5DA 4FGXA 4B1DA 3CIDA 3R1GB 3IXOA 5P65A 4LXAA 4B1CA 4PZXA 1E80E 2FGUA 4J1IA 4ZE6A 1WBKA 4RCEA 5P1FA 4GJAA 1G35A 1FQ5A 2R38A 2G69A 3ZKNA 4CKUA 1Z1HA 2J9JB 3ST5A 1T7JA 2G1SA 4DQHA 5KOQA 3A2OA 3QS1A 5KAOA 1APTE 4I0ZA 5P0RA 3RU1A 3T3CA 4QLHA 5P0LA 5P5UA 1BWAA 5P5ZA 5P6WA 4LHHA 1D4LA 2I4WA 5OZKA 4KB9A 5P1MA 2F3FA 2B7ZA 1W5YA 5P7OA 3EM3A 5DQ4A 4FLGA 3TPPA 3EM4A 1K6PA 3UQRA 4AUCA 3UF3A 5P2IA 5AH7A 3MSLA 4Y5CA 3ER5E 3BVBA 2XFIA 5P8UA 5P3ZA 5P82A 2BPYA 3RVIA 4Y56A 2IKUA 5P3IA 2A4FA 4OBZB 1D4HA 4Y6MA 5P6IA 4Y4DA 3EKWA 4OD9B 5P8IA 3SLZA 4YOBA 5P5AA 1WKRA 4HE9A 5P8GA 3PI5A 3KN0A 5P8JA 1TW7A 2Q63A 4J0VA 5P77A 2P3DA 2O4NA 1GVVA 3PEPA 1K6CA 5OZBA 4Y3AA 3OQFA 4H1EA 5P47A 5P31A 3SA8A 3FV3A 1TSUA 1FFFC 5OZEA 5P34A 1LF3A 3PWRA 5P6QA 3OGQA 5OYYA 5P6PA 3B80A 3KF0A 3S43B 4I1CA 1HSGA 1D4SA 5P43A 2NPHA 5P6XA 3DCRA 2V12C 4EWOA 3KDBA 4Y39A 5P71A 1LYWB 1A8GA 1HVHA 3VF3A 3VV6A 1W5WA 3EL9A 5P3TA 3OGPA 3GI0A 5OYVA 3URJA 2ZHSA 2VIYA 5P51A 6UPJA 3UTLA 4KUPA 5OZUA 1ZPKA 2WF3A 3PWWA 4Y3EA 1FMUA 1HTFA 5P3FA 3NU6A 5P8EA 4IVSA 5P53A 2AZCA 3R0WA 3G72A 4HLAA 5P25A 4A6BA 1W50A 5P3WA 4FM8A 4YA8A 3OUDB 3SFCA 4ER1E 5P5KA 4Y4AA 3UDRA 4GJ9A 5SY2A 1GVTA 2WF0A 3EM6A 5APRE 4Y5AA 3BHEA 1KJHA 5P52A 1HPSA 4Y5GA 4Y41A 2B42A 1HVCA 3NDWA 3UDJA 1HPVA 5JFUA 1HOSA 3EL4A 3O9IA 5JODA 3CYWA 3EBZA 5P7TA 5OZNA 2AOJA 4NPTA 4D85A 2AVSA 2WKZA 4Y3RA 4QJ6A 5KQYA 2PSUA 5HCTA 1HEGE 7UPJA 1LYBA 3LIZA 2FNSA 1HVIA 1IZEA 3AUPA 5P56A 1C6ZA 1LF4A 3PRSA 3UHLA 5P6NA 1WBMA 5P5WA 2PK5A 3L5CA 4WTUA 3PSUA 1CMSA 5P39A 2IKOA 3HAUA 5P66A 4YD7A 5DR3A 3OWNA 5P5TA 3SO9A 4FE6A 3EKPA 7HVPA 3EL5A 2NNKA 1ER8E 1DW6C 1HIHA 3OUCA 5P01A 5P6VA 4J54A 5P1AA 5P5NA 2AZ9A 4FAEA 4PEPA 4Y4ZA 4OBFA 3SACA 2AZ8A 2J9KA 4I0HA 4K8SA 3IA9A 1AAQA 1YTHA 3QVCA 2ZJHA 2JJJA 2OHQA 4CP7A 3KDDA 4B78A 5OZ2A 3KMYA 3KYRA 1W6HA 4ZPGA 4J1KA 5DR7A 5IVSA 1MESA 4J55A 5P7WA 1ZBGA 4LBTA 4CPQA 1DAZC 1EBYA 5P5SA 5P2EA 3TLHA 5OZ3A 5P86A 4QJ7A 3RSVA 4MC1A 5P8AA 3KFRA 5P4DA 1MRWA 4RVJA 3VFBA 1UH7A 5P6LA 4U8WA 5P1QA 1IVPA 2RKGA 5P4UA 1EEDP 2Q15A 5I3XA 5DQ2A 5P69A 2HS1A 4Y3QA 3SPKA 5OYZA 5P4RA 5EZZA 5HVPA 2QD6A 3OHHA 2OHUA 4GMIA 5P2XA 4Q1YA 4EJ8A 1TZSA 2RENA 1XS7D 5P6AA 4EJDA 5P7CA 1C6XA 3UQXA 3HAWA 3OADA 5AHCA 4Y3YA 4OC6A 5P10A 4DPFA 5P0AA 2FMBA 3K5DA 4Y3TA 3B7VA 5OZYA 2NNPA 2CEJA 5OZ0A 5P03A 1SDUA 4E43A 4I0IA 4Y54A 1YX9A 2F3EA 3OU1A 1NH0A 3GI6A 3D20A 3O9FA 5KR8A 2PWCA 4OBHA 1TCWA 5HE4A 3GI5A 3WZ8A 3GGAA 2HC0A 2WHHA 4DQBA 4RCFA 5P0JA 1HXBA 5P2TA 4J1HA 2V00A 2VJ9A 4FIVA 3QVIA 4AA9A 3OU4A 4EXGA 1ENTE 2QI6A 5AHBA 1ODYA 4GJ6A 4A6CA 3QAAA 3JVWA 1VIJA 5P1HA 5P0FA 5P1UA 5P3EA 3R4BA 3WB5A 1T7KA 4YOAA 2ZJMA 1NPAA 3OQ7A 1C6YA 5KQXA 4Y9WA 1K2CA 1D4YA 3PB5A 5P00A 1MSMA 3UFNA 4Y58A 3ZPTA 2FDDA 1GVXA 2V16C 3OUBA 2QZLA 5P8NA 1BWBA 5P58A 3DUYA 3ZMGA 5P0YA 2OHKA 5DR4A 4ZSMA 2SAMA 3DJKA 1SP5A 1CZIE 3NXNA 1OEXA 2AOEA 4FSLA 4U7QA 1EPRE 3IVHA 3EMYA 5P40A 5P2OA 3SA6A 2PK6A 5OZLA 3EKQA 5P5QA 5P24A 2QMFA 2Q64A 2WEDA 1BV7A 1AVFA 4FM6A 1YTJA 2OAHA 5P23A 4DQFA 1AZ5A 4FRIA 5P4KA 5OZQA 3CKPA 1SDVA 5P35A 4LXKA 2WEAA 5P1EA 2G94A 5P14A 3LIYA 2QMDA 2IENA 5P8PA 5KR1A 1C70A 2IL2A 4YBIA 2F81A 1SGUA 2FDPA 5P0SA 4J5JA 5OYTA 1EPME 4I12A 2G1RA 3TOFA 2ER6E 3D3TA 3LIQA 5HE7A 5P0NA 2PC0A 5P73A 5P3CA 2ASIA 2Z4OA 3ZKXA 5P7SA 3NUJA 1KZKA 5OZ7A 1SIVA 4Y3NA 2H6TA 1BDQA 3N4LA 5P4HA 1MVPA 5P0KA 2WF1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S45 A;  3D1Y A;  5P74 A;  3DOX A;  4YD3 A;  1D4I A;  2HIZ A;  3EL1 A;  5PEP A;  2NR6 A;  1LEE A;  4Y4B A;  2O4L A;  5P22 A;  3K4V A;  2ZHR A;  4Y5L A;  1XDH A;  5P2C A;  2Q55 A;  3NDU A;  2RSP A;  4JPE A;  3PLD A;  3ZKI A;  1AXA A;  1Z1R A;  3KFN A;  3BC4 A;  4I0G A;  5P1J A;  4Y4U A;  3DM6 A;  3OQD A;  1BV9 A;  1MER A;  4OBZ A;  2AOG A;  2JE4 A;  4CMS A;  4OD9 A;  5ENK A;  5ISJ A;  1W6I A;  2R3W A;  3KA2 A;  2R3T A;  4MC6 A;  3SA4 A;  3QRO A;  3U71 A;  5P6K A;  3QI1 A;  5OYX A;  3NR6 A;  2XFK A;  4I0D A;  3TOH A;  4R91 A;  4Y3G A;  5P8T A;  1SMR A;  2QZK A;  3UFL A;  2PMA A;  4ZLS A;  5P29 A;  2AVV A;  5P8O A;  5DGW A;  2QHY A;  3APR E;  2WEC A;  1B5F B;  4ACU A;  4LAP A;  5P17 A;  5P3X A;  1ODW A;  3LZV A;  5P0B A;  4EP2 A;  5F00 A;  2AVQ A;  3S43 A;  4RVI A;  5P2H A;  3PHV A;  5P1N A;  1BXQ A;  2VKM A;  1E5O E;  3L5D A;  5P0E A;  4R93 A;  4Y38 A;  5P8K A;  3VSW A;  1LYW A;  4GID A;  5P3V A;  1DP5 A;  5P54 A;  5HD0 A;  2QU3 A;  4K9H A;  4QJ2 A;  3O9C A;  1FQX A;  2JJI A;  3D1X A;  3IAW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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