3R0WA

Crystal structures of multidrug-resistant hiv-1 protease in complex with mechanism-based aspartyl protease inhibitors.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Multidrug-resistant clinical isolate 769 HIV-1 Protease
publication title Crystal structures of multidrug-resistant HIV-1 protease in complex with two potent anti-malarial compounds.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3r0wA00
1FGCC 4LAPA 3APPA 4X2LA 1MIQA 5P0LA 5P6BA 5JFPA 4D8CA 4I11A 1KJGA 5P0HA 4YD7A 2V13A 2OHLA 3OK9A 3ZKQA 3QRVA 3FV3A 2JXRA 5P04A 1MPPA 1ODXA 5P3HA 2QMPA 3OXXA 3OADB 5P0QA 1B6KA 5OZZA 1D4SA 1KJ7A 5KQXA 5P4EA 4DUSA 4Y54A 1LEEA 4ZSQA 1FMXA 4MC6A 3QPJA 5DQ5A 2NNKA 5P76A 1D4JA 1ZBGA 5OZCA 4RRNA 3UQRA 5P4PA 1FFFC 5P11A 1BWAA 1HWRA 2WL0A 2PQZA 3PM4A 4RVXA 4WY1A 3UFNA 2R5QA 3OHFA 3FNTA 3OXWA 5C9FA 4AA8A 3EMYA 4YE3A 1K2CA 4Y38A 5P7LA 5P8EA 2PYNA 1VIKA 5P5VA 5P88A 1A94A 3PI5A 5IVSA 2QZWA 4EYRA 4YDGA 5P6PA 5P2OA 3CKTA 5P7BA 1C70A 5P77A 3JW2A 4RCEA 1ZTZA 5P1SA 5P1VA 3D3TA 1IDAA 3IN4A 3UTLA 5DGWA 5IVRA 4Y3FA 3QBHA 2V10C 3CMSA 5P1UA 3EM3A 2P3BA 1TQFA 3I7EA 5P80A 4HE9A 3QN8A 4Y44A 5P3IA 1VIJA 5P26A 5OZOA 1J71A 4Y5KA 1HEFE 5P32A 5OZUA 3EKPA 2RKGA 2G94A 1D4YA 5PEPA 5KOQA 4I12A 2ZHTA 2OHTA 2I4WA 2O4LA 4Y4DA 4ER4E 4Q1WA 2AZ9A 1LF4A 1C6YA 2XFKA 3L5DA 5P47A 5P3FA 3ZKIA 3K5FA 1HTFA 3QROA 1T6EX 3Q5HA 4FIVA 1PPLE 1RNEA 2JYSA 5OYQA 5P4QA 5P42A 1BDQA 3KDBA 3OADA 1A8KA 6UPJA 4MC1A 4K4RA 5ENMA 5P81A 5P6DA 5AGZA 1MVPA 5P8KA 3FNSA 3LZVA 4B05A 4NJTA 3TOHA 1M4HA 2Q64A 4YD6A 2WEDA 2A1EA 1K2BA 2F80A 2WECA 2I4UA 2IKOA 3BVAA 4J1KA 1SP5A 3KMYA 4FRJA 3VEUA 5P8SA 1W5VA 5P6FA 5OZ5A 5P0OA 1K1UA 3KMXA 4QGIA 5P20A 1SH9A 5P8GA 1F34A 3NU9A 3S7MA 2ZYEA 5P0VA 1YG9A 4GIDA 4PPHA 5P0BA 2ZHVA 2ZJJA 4TRWA 5P1BA 5OYSA 5OZAA 3TPPA 4RLDA 1FF0C 4Y43A 1IBQA 3GGUA 4R92A 4PEPA 2P83A 5F00A 4DJXA 2NR6A 4FM7A 4Y53A 5P3AA 3HZCA 3KFRA 3L59A 4TRYA 5P1MA 3ZPTA 2ASIA 4EJKA 3ECGA 3LZUA 5E5KA 1KZKA 3SA5A 2BPWA 5P5MA 4QJAA 1PFZA 2QD6A 3UFLA 3I2LA 1GNNA 5I3VA 2XFIA 5P60A 5P19A 6APRE 3PWRA 2AOEA 4FM6A 3K4VA 5HCOA 5JG1A 3SPKA 5P5EA 2FDPA 3U71A 1SIVA 3B7VA 4J0TA 2FMBA 4IVTA 1FMUA 3VF5A 4Y45A 5P3VA 5P48A 2ZJNA 3O9CA 2QU3A 5HCTA 4KE1A 5P5QA 2V00A 1LF3A 3TOGA 1PPME 3UQUA 3OXCA 2G69A 4LXAA 5P44A 2OHSA 1IZEA 3TNEA 5HE7A 5P4ZA 4ZE6A 4YHQA 1Z8CA 1UH7A 2AOJA 3DV1A 5OYWA 4Y56A 5P1PA 3HAWA 1W5WA 3LIVA 3N4LA 5P7XA 4Y4XA 1FLHA 2WF2A 4Y47A 1QBTA 3S2OA 5I3XA 3ZKXA 2B8VA 3PLDA 5P2ZA 5C9DA 1CZIE 2VIJA 3JVYA 4DJUA 3PSYA 3PMYA 5P8OA 1DAZC 3ZKNA 1EEDP 3LIZA 4ER2E 5P5IA 4D89A 5P0MA 3INHA 3PCZA 5P4HA 3O9EA 1FQ5A 3OHHA 4RYCA 4I0DA 3ZKSA 4I0JA 4Y3PA 5OZQA 1YTJA 4OBDA 3S45A 2O4SA 3OQKA 5DGUA 2EWYA 1MT7A 5P37A 1AVFA 3O9GA 1GNMA 3RVIA 4B1CA 1BDRA 5P4TA 4I8ZA 2A4FA 2QI4A 1YM2A 5P2TA 5P56A 3NLSA 2IRZA 3NU3A 1T7JA 1FB7A 3UDMA 1B11A 1UH9A 2AOFA 5P4FA 4J0VA 5P59A 1DP5A 5P7AA 5SY3A 3OU3A 1SDUA 1T7KA 3S8IA 5ER2E 3I25A 3U7SA 3OWNA 4B77A 3FX5A 5P5GA 2NNPA 4R93A 1APUE 1GKTA 5BS4A 4RROA 1DIFA 2NXMA 4FSLA 5P0YA 5P4CA 5ISKA 4ZLSA 1AXAA 1MRWA 3O9HA 4QJ9A 3OOTA 4WTUA 1HIIA 3RSXA 4L7HA 1BXOA 3G6ZA 4HA5A 1G6LA 5P1YA 4B00A 1GVXA 2QI1A 5OZMA 5BWYA 4Z22A 4APEA 4R5NA 3HLOA 4F73A 4Q1XA 1MT8A 5KR2A 5P6OA 3T7PA 4ZEAA 3NWQA 4NJSA 2RKFA 4YD4A 2VJ7A 4XXSA 3IXOA 5E5JA 5OZEA 3INFA 5P06A 4Y3GA 2QMDA 3UPJA 3BC4A 2IGYA 2IS0A 4FE6A 4EQJA 4LXKA 3OQDA 1BDLA 2NTRA 3D1ZA 1MESA 3DOXA 5P2FA 3OGPA 4ZPFA 3LIXA 5P4DA 3KT2A 5P14A 4Y3SA 4CP7A 1G35A 3LZYA 3K5GA 4U8WA 3BUFA 1HHPA 4DJPA 1PSOE 4F74A 1MTBA 4EWOA 3QRSA 3RTMA 4DJYA 3EBZA 3QP0A 4YOBA 4LL3A 1BIMA 3CICA 3HVPA 4D88A 1MSNA 5P83A 1ME6A 1MSMA 1HPOA 3KF0A 1KJFA 1HIVA 3EL5A 3UQXA 5P6ZA 2OHMA 2P3AA 3KA2A 4EPJA 5P6EA 3OU4B 5P7DA 5P3UA 1ZSRA 5P2HA 5P2JA 1W5YA 3NU6A 5P6MA 1PSNA 3VF7A 5P7VA 4DV9A 3D1XA 5P2KA 5P8VA 1YX9A 2F3KA 5P2YA 5P4IA 3DCRA 1IZDA 3T7QA 4LHHA 1HSIA 1RV7A 5P40A 5P7HA 5P0NA 3UDNA 3BHEA 3IXJA 5APRE 2ER6E 5P4XA 3NWXA 5P16A 4U7QA 5OYYA 5P0CA 5SXNA 2BB9A 5P22A 1GVVA 2NMYA 1EBKC 4CMSA 1D4IA 1SMEA 3L3AA 3HDKA 2NXLA 3VYFA 3ZL7A 4DQCA 3M9FA 2NMZA 1HTEA 4S1GA 3SKGA 5IE1A 5HDXA 1YM4A 5OZ1A 3SLZA 1PSAA 4EP3A 1K6TA 3TPLA 3FIVA 1W50A 1AJVA 2AIDA 5DPZA 5DR0A 1B6MA 3VV8A 3DUYA 2OHRA 5P8IA 2JJIA 1FQ6A 2I4QA 5P12A 2I4XA 1YTIA 3QAAA 1XE6A 2PWRA 5P0IA 3Q6YA 4A6BA 1EPQE 1HOSA 3BUHA 5P8TA 3S53A 5P8NA 2WHHA 1B6LA 4KE0A 3MXDA 3SM2A 3T7XA 5P3NA 4Y4BA 4Y5AA 5P4UA 5P7IA 1HSGA 5DQ4A 1C6ZA 3AIDA 5P5WA 1FMBA 2QP8A 1K1TA 4YDFA 2BPVA 3Q4BA 2BQVA 5P6GA 5DR3A 3UDHA 5P1NA 1QRPE 3CKRA 5AH9A 5P4OA 3FSMA 5P1DA 4FS4A 4DJOA 2OAHA 1XDHA 5P2SA 2Z54A 3OU4A 5P1IA 3DJKA 2WEAA 1IDBA 3CYXA 5OZDA 2P3DA 3TOFA 1LYWB 2QD8A 1TZSA 2H6SA 4R91A 4TRZA 4TVGA 1BAIA 3LZSA 5P6CA 2BKTA 2J9JB 5JODA 4Z50A 5KOSA 4ZSMA 4Y3AA 2O4PA 2ZJLA 3BXSA 4I0ZA 1CMSA 5P2EA 1RL8A 3PWMA 1ZPKA 5P5LA 4AUCA 5P2CA 5P3WA 1SMRA 5P87A 2RMPA 3T6IA 5P27A 3WZ6A 1MTRA 9HVPA 1TW7A 5P0XA 2R38A 1META 5P5HA 3S7LA 5BRYA 5P6IA 1BVEA 4B70A 4EHCA 1FQXA 5P10A 3HVGA 4GZFA 4FSEA 1IIQA 2ZE1A 3KYRA 2AVOA 3NSHA 5OYTA 4BELA 4J1CA 5P0EA 3R2FA 5P6WA 4DQEA 3PMUA 2R9BA 2Q55A 5P39A 4DVFA 4QLHA 3OOZA 3WZ8A 5P8FA 1M43A 1K6VA 2PSUA 3N3IA 5P5ZA 5P8CA 4Y39A 1BV7A 2PWCA 5P4WA 3SABA 4J55A 5P7ZA 4I0HA 4RCDA 3HW1A 2AOHA 2JJJA 5J25A 1C6XA 5P8HA 2HC0A 3TTPA 3SA4A 4GB2A 3O9DA 5P3XA 5P17A 1F7AA 5P2GA 3R0WA 3DCKA 4RYGA 5P6SA 3D20A 3L5EA 5P5NA 3IN3A 1ZLFA 5ENKA 4B0QA 3EM4A 3EKVA 3H0BA 2O4KA 1HEGE 5P2AA 4EJ8A 1LYWA 5P28A 3GI6A 4ZPEA 2O4NA 2FXEA 3L5FA 1B6JA 5P3BA 5P66A 4JECA 3GI5A 3PVKA 2FGVA 5HU1A 2ZJHA 5OZKA 3L5CA 5P0ZA 1FQ7A 4TVHA 5P7FA 4I10A 4U7VA 2QI0A 5P3YA 4MC2A 1EC0A 4K4PA 3APRE 3GI0A 1QBUA 5F01A 2Q11A 1LZQA 2ZGAA 4CPTA 5P5UA 2AVQA 1D4HA 4Y37A 1N49A 4EXGA 4DJWA 5P5RA 3INEA 2WKZA 5P5AA 2CEMA 5P09A 3URJA 2B7ZA 2QHZA 3PSGA 3NR6A 2ZDZA 3NDWA 2QI7A 4HDBA 4COEA 5P4LA 5P5OA 3ZKMA 5P1JA 5P7GA 2F81A 5P1LA 4GJ5A 1HPSA 5P53A 4LP9A 3K1WA 2P4JA 4HDFA 3VSWA 5P57A 5P8RA 2ER9E 1OEWA 3G72A 3NU4A 5SY2A 1EPLE 1HTRB 1K6PA 2J9KA 5P4KA 3IVIA 3L38A 3CIDA 3BGBA 7UPJA 2BPXA 3LNKA 4Q1NA 2V16C 4YCTA 4CKUA 1Z1HA 2UY0A 4QJ2A 4J17A 5P6UA 1HXBA 3IA9A 5P7CA 1OEXA 2AVVA 2VA5A 5COOA 5P3KA 5UPJA 1D4LA 4H3JA 5P6VA 3QS1A 5P8AA 3ZOVA 1TSQA 4K4QA 2HB3A 4FCOA 1FQ8A 4DI2A 5P3JA 4GJDA 1G0VA 4D85A 3PCWA 4FM8A 4J1IA 4CPQA 4EXHA 3O9AA 3T3CA 1SIPA 4LXMA 1E80E 5KR8A 2AZ8A 5DR7A 3FKTA 5P2UA 2AOIA 4GJ6A 3EL4A 4XKXA 4Y5EA 4GJCA 5OZ9A 2WF4A 5P1EA 3GGAA 1OHRA 1FQ4A 5AHCA 4EP2A 2I4DA 3VV6A 2B7FA 2G22A 4B1DA 3DK1A 3O99A 4XX3A 1QBRA 5P6JA 3RTHA 4NKKA 3EC0A 5P7UA 3UHLA 2FNTA 1AAQA 2PK6A 3F9QA 1EBWA 4NPTA 5P7MA 5P79A 3OUDB 3L58A 4QJ6A 2MIPA 3LIYA 4H1EA 4AA9A 3QVIA 2R3TA 2PC0A 4M8YA 2QZLA 2HB2A 1SGUA 4E43A 3PBDA 2PH6A 3OUBA 1XN2A 5P2DA 3IVHA 1HVSA 1XE5A 5I3WA 5P6TA 5P0WA 2R8NA 1EC3A 2Q5KA 1QS8A 3MXEA 1TCXA 2I0DA 3VUCA 5P62A 3LIQA 4FAFA 1EBZA 5KR0A 1NPWA 3ZKGA 1GVTA 4UPJA 2FNSA 2Q54A 2WF1A 5P51A 4BFDA 5CLMA 4Y4UA 1FG8C 5P65A 2VIYA 4Y51A 2CENA 1MUIA 3UDJA 1PPKE 3K5DA 3SKFA 5P0FA 5OZXA 3WB5A 2G1OA 2G1RA 5P2LA 4DJQA 4EJLA 5DQCA 3QVCA 4MC9A 3R4BA 5HE4A 3B80A 5P2XA 3H5BA 3PJ6A 4K8SA 5OZWA 5TOLA 3EL0A 3UDKA 4Y5CA 3UF3A 3NU5A 1KJHA 1ER8E 2F3FA 4ACUA 2QNQA 3VLAA 3PB5A 5P1HA 3MSJA 5HD0A 3OUAA 1ZJ7A 2VA6A 2VIEA 2UPJA 2SAMA 4RVJA 5P73A 4ACXA 4Y3QA 5P2MA 5P3SA 3ZMGA 5P70A 2OF0A 5P7TA 1IZIA 5KQYA 5P4VA 5P4SA 3VYDA 3JVWA 3EL9A 4H3GA 4PYVA 1EC1A 3IAWA 5P0GA 3TLHA 1HVKA 2ZHUA 4JPEA 4R8YA 3O9BA 3SA3A 1LS5A 5P8LA 4J0PA 3OUDA 4Y4JA 2FS4A 1E81E 1EC2A 2ZJIA 5ER1E 5P0PA 3U6AA 4Y3ZA 3VV7A 5P84A 2B42A 3RU1A 1W6HA 4Y5NA 4JOOA 3SACA 1UH8A 2OHPA 3EXOA 1BILA 1A9MA 1HVJA 1M0BA 2VA7A 5P0UA 1HVHA 4Y3TA 3LPKA 3Q3TA 1T7IA 3OU1B 4Y3JA 2HM1A 5KAOA 1YT9A 5P30A 5SZ9A 7HVPA 5P7QA 2QCIA 5OZIA 3BVBA 1NH0A 2VJ6A 2G26A 4Y36A 1LF2A 4FLGA 5OZLA 1LYBB 2B60A 2NXDA 2QMGA 5OZ8A 4OC6B 4YA8A 4GJ7A 1BXQA 2APRA 2R3WA 4RGHA 5OYXA 5P89A 5CONA 4RVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FGC C;  4LAP A;  3APP A;  4X2L A;  1MIQ A;  5P0L A;  5P6B A;  5JFP A;  4D8C A;  4I11 A;  1KJG A;  5P0H A;  4YD7 A;  2V13 A;  2OHL A;  3OK9 A;  3ZKQ A;  3QRV A;  3FV3 A;  2JXR A;  5P04 A;  1MPP A;  1ODX A;  5P3H A;  2QMP A;  3OXX A;  3OAD B;  5P0Q A;  1B6K A;  5OZZ A;  1D4S A;  1KJ7 A;  5KQX A;  5P4E A;  4DUS A;  4Y54 A;  1LEE A;  4ZSQ A;  1FMX A;  4MC6 A;  3QPJ A;  5DQ5 A;  2NNK A;  5P76 A;  1D4J A;  1ZBG A;  5OZC A;  4RRN A;  3UQR A;  5P4P A;  1FFF C;  5P11 A;  1BWA A;  1HWR A;  2WL0 A;  2PQZ A;  3PM4 A;  4RVX A;  4WY1 A;  3UFN A;  2R5Q A;  3OHF A;  3FNT A;  3OXW A;  5C9F A;  4AA8 A;  3EMY A;  4YE3 A;  1K2C A;  4Y38 A;  5P7L A;  5P8E A;  2PYN A;  1VIK A;  5P5V A;  5P88 A;  1A94 A;  3PI5 A;  5IVS A;  2QZW A;  4EYR A;  4YDG A;  5P6P A;  5P2O A;  3CKT A;  5P7B A;  1C70 A;  5P77 A;  3JW2 A;  4RCE A;  1ZTZ A;  5P1S A;  5P1V A;  3D3T A;  1IDA A;  3IN4 A;  3UTL A;  5DGW A;  5IVR A;  4Y3F A;  3QBH A;  2V10 C;  3CMS A;  5P1U A;  3EM3 A;  2P3B A;  1TQF A;  3I7E A;  5P80 A;  4HE9 A;  3QN8 A;  4Y44 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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