1PPKE

Crystallographic analysis of transition state mimics bound to penicillopepsin: phosphorous-containing peptide analogues
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PENICILLOPEPSIN
publication title Crystallographic analysis of transition-state mimics bound to penicillopepsin: phosphorus-containing peptide analogues.
pubmed doi rcsb
source organism Penicillium janthinellum
total genus 89
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1994-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ppkE02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ppkE01
5OZ8A 5P74A 4Y45A 4QJ6A 1LZQA 3UQXA 1FQXA 3OQKA 1T3RA 3EM6A 4LHHA 3MSLA 5P5UA 4FRKA 1APVE 2JYSA 1DIFA 3HAWA 2QHZA 6APRE 3SO9A 5DR3A 5P7WA 3HD8A 5P4CA 4LC7A 2V12C 4ZSPA 4I8WA 2QHYA 5IVTA 3LINA 1LF3A 5IS4A 3BRAA 3BVBA 1HVHA 4J1CA 3APRE 3WZ6A 5P3GA 3VUCA 1VIJA 3O9CA 4F76A 4GJDA 2P3CA 1MESA 3RTHA 3NDXA 3LITA 1C6YA 3DCRA 5P01A 1DAZC 3OXXA 5P1HA 5P27A 5P2EA 3VCMA 5OZNA 5OZ0A 3T11A 3PVKA 3UDMA 5DGUA 5P5JA 5P02A 5P4RA 3KA2A 2OF0A 1FQ5A 4M8XA 3R0YA 5P6SA 1AJVA 2F3EA 5P3YA 5OZQA 5P4YA 4NJVA 2AOIA 3PB5A 2BPXA 4K4RA 2ZHVA 4Y3PA 4J0YA 5P43A 5P14A 2PWCA 4ACXA 4B77A 5CLMA 2PSUA 5P2JA 1G0VA 2F81A 5I3VA 3OGPA 5UPJA 1XL2A 5P53A 2AOHA 2R3WA 2FGVA 4J17A 1F34A 2R38A 5P4UA 3UQUA 1D4KA 4Y3QA 1CPIA 2UXZA 1WBMA 2Q63A 1EC1A 2ZJMA 5SZ9A 4H3FA 2OHKA 4MC2A 5P15A 2B8LA 3QN8A 3VSXA 2FXEA 1B6KA 5P1NA 2Q15A 2VA5A 5P0JA 4OBJA 2VA6A 4R91A 2I4XA 3QS1A 3TPLA 4LXAA 5CONA 5OZFA 5P2IA 3ZKXA 2HB2A 4D8CA 3LIQA 5JFPA 5OZGA 4MC1A 4ZSQA 5P4ZA 3GGUA 1RV7A 3K5DA 1HPSA 1Q9PA 1OHRA 2AOEA 2PYNA 2WJOA 1YTGA 1FMXA 2XFIA 3PHVA 2BBBA 3IN3A 3PM4A 2ANLA 4JPEA 4DPFA 3SLZA 4HE9A 3K4VA 5P6DA 5P6OA 4HVPA 5P8MA 2AVOA 4Y3MA 1SBGA 1HHPA 4IVSA 4K9HA 4Y3LA 5B18A 1YTHA 4Y3JA 4HDPA 5P2DA 3OQDA 5P0AA 3OUDA 5P4NA 5OYWA 4GJ9A 5OZUA 2RKFA 4YCTA 5J25A 5ENMA 3C9XA 3EC0A 3NU6A 1W5VA 2NMZA 2OHTA 5C9BA 4BEKA 5KQZA 1MUIA 1QDMA 5P41A 3IXKA 4Y3RA 3U7SA 4I0IA 5DR7A 1QBSA 4NKKA 4H3JA 4PZXA 3VYDA 4ZLSA 3KF0A 5P1IA 3ZKSA 5P5NA 3FKTA 3ZKGA 2ZJKA 5P7YA 4K4QA 5OYVA 3PLLA 3OK9A 4Y4BA 3RTNA 3ER3E 5P56A 3Q5HA 1SIPA 5KOQA 4H1EA 2G94A 1ZJ7A 1K2CA 1MT9A 2BPWA 3GI5A 4Y47A 2Q54A 1MTBA 5P23A 5KR1A 5P64A 3IAWA 1W51A 5P6GA 3UDRA 3AUPA 3PJ6A 1MVPA 4DJRA 1M4HA 5P12A 1AIDA 2V00A 3OQ7A 3OU4A 4Y6MA 1HVIA 5P55A 5P7DA 3IGBA 3TH9A 5IVSA 2P3DA 5P77A 4LP9A 1FG8C 4EPJA 3INEA 1BVEA 2A1EA 3ZPUA 3A2OA 2CENA 1KZKA 3D20A 3O9IA 3EL1A 4DFGA 4OC6B 5OZMA 1META 1EAGA 1ER8E 1M0BA 4YOBA 5P62A 1SH9A 4M8YA 2FDDA 4Y38A 3EL0A 3FNSA 4Y3TA 1EPLE 2ZJJA 2FDPA 5P28A 1GVXA 3ER5E 3L5EA 3O9BA 4ZPFA 5P4KA 2QI5A 4Z4XA 5P4WA 4J1HA 4I0EA 5P04A 4ER2E 2AZ9A 3OU3A 5P4DA 5OZHA 3NU9A 5P3OA 2BPVA 1ZPKA 4I0FA 4DQEA 4GB2A 4WTUA 4CPRA 5P40A 3UCBA 5P1LA 5SXNA 3KMXA 3OU4B 5BRYA 5COPA 2R43A 1K6TA 5P38A 4B1EA 5KQYA 1LF4A 5P1DA 3RVIA 5P7IA 5P0ZA 5P48A 1PSAA 1XDHA 3WB5A 3NUJA 1XN3A 4R8YA 5P5IA 2ER0E 3I8WA 4IVTA 4FIVA 5P67A 4CP7A 1FFFC 2P8HA 5P5ZA 5P18A 5OZDA 1W5WA 2H6SA 3FIVA 3H0BA 4R93A 4YD3A 3DK1A 3R0WA 4Y3EA 2JXRA 2O4NA 4PHVA 1HVKA 3UDQA 4APRE 4H3GA 2JE4A 1PPKE 2G21A 3KMYA 5P54A 4Y5NA 5P4QA 5P49A 1ENTE 3PWRA 4KB9A 2HB3A 4XKXA 4F73A 4QJ9A 5P79A 3SAAA 5AGZA 3SKGA 3SM2A 3L38A 1CZIE 5P30A 5KR2A 1QBTA 3VEUA 5P4EA 5P4JA 3NXNA 4QJ7A 5T4SA 5P0MA 3APPA 1FQ6A 5DQ5A 1LYWA 2VIZA 5P7FA 1IDBA 2XFJA 3LZYA 2WF0A 2ZHRA 5HD0A 5P0SA 4LXMA 5P05A 3NUOA 2QD8A 4S1GA 5P1JA 1KJHA 2HPFA 1K2BA 4J0PA 3LIYA 1W5YA 4YCKA 1IZHA 1EPNE 2PH6A 5F00A 4DH6A 2CEMA 4YCYA 2BJUA 4NJUA 5P88A 1RL8A 1YTIA 2AVQA 3URIA 3HZCA 3T7QA 1T7KA 3MWSA 4GMIA 2O40A 3EBZA 2NNKA 3DV5A 1APUE 5P80A 4RYGA 5P1ZA 3BXSA 1A94A 4L7GA 5PEPA 3D3TA 3NDTA 5P0YA 5P4SA 1YG9A 5P6KA 5FIVA 3ZKMA 4EJ8A 1MERA 1ME6A 4EQ0A 2NMYA 3DM6A 5P34A 5P87A 3PWWA 3RU1A 2ZJNA 3UFLA 5P03A 3OADA 4Y50A 5P3TA 5P5BA 2OHSA 2VA7A 4U7QA 2IRZA 4D88A 2WEDA 1G35A 3B80A 1SMEA 5P0OA 4JECA 3NU3A 3TKWA 3L5DA 5P10A 4Y3FA 1PROA 4Y5LA 2OAHA 3DUYA 3TNEA 2PWRA 5I3YA 1PPLE 3EKPA 1YM2A 2P3BA 3O9GA 2WF3A 1NPVA 2QI4A 4GJBA 5P4GA 4ZEAA 1K6VA 2FMBA 2QI7A 3L5CA 5P1XA 3NWXA 5P1TA 2FDEA 3G6ZA 4JOOA 2FNSA 5HDUA 4FAFA 1XE5A 2V0ZC 1EPQE 1YT9A 5P6XA 2G27A 3NSHA 5HCTA 3BUGA 3OADB 5P0LA 3AIDA 3I25A 1HIVA 5SY2A 2B7ZA 3PBZA 5OYYA 1HRNA 3G72A 5P47A 1BAIA 4CPQA 5P51A 5P8JA 4YE3A 3UHLA 3MXEA 4YHQA 3R1GB 2BB9A 5P8NA 3LZUA 3TL9A 1GVUA 3OQAA 4L6BA 2HIZA 4QJAA 5ER2E 4Y4WA 3UDNA 4Y3XA 5P7QA 1MSNA 5P85A 1QBUA 4L1AA 2ASIA 5P4HA 1AXAA 4AA9A 1MRXA 4UPJA 5P5FA 7UPJA 4DJWA 2IQGA 2PQZA 1D4IA 2FGUA 4J5JA 5COOA 1PPME 3L59A 5P6FA 5P5KA 5P3PA 2VIJA 4L7HA 5ER1E 4QLHA 2QD6A 4I12A 3N4LA 1D4LA 5P1RA 1PSNA 2NXDA 2QI6A 1B6MA 4JP9A 1QRPE 5P11A 2UPJA 1OEWA 5HCOA 3GI0A 5P13A 3OWNA 5P5HA 1IZIA 4GZFA 3IA9A 3FNTA 3T7XA 5P08A 4I0HA 4DJXA 4L1AB 5I3XA 2B60A 1JLDA 4CPXA 4I11A 5HE4A 4RVIA 1EC3A 2QU3A 4Y48A 5OYSA 1E82E 2V11C 5P5QA 2HC0A 1EBZA 4FRSA 4RROA 5P4LA 3KM4A 3IXJA 2WECA 1EPPE 5P6YA 3HLOA 5P35A 2OHNA 5P2ZA 1ZSRA 2QAKA 1ODWA 5P7JA 1ODXA 1BDRA 3NXEA 5P26A 5HU0A 4X2LA 4YA8A 1MT7A 5P7AA 3DCKA 2ZGAA 3RTMA 5IVQA 5P3BA 3VFAA 3GI4A 5P2WA 3LPIA 3PGIA 3S7MA 5OYTA 5P8RA 5HDZA 5P2GA 8HVPA 3S45A 5P6NA 3O99A 3OUCA 2G69A 3ECGA 5EZZA 5P20A 5P2BA 5P22A 2FNTA 5P6WA 4J1IA 3VLBA 3ZL7A 3TOFA 3WZ8A 3VYFA 4DJYA 5P2UA 2R5PA 5P36A 5P2SA 1IZDA 5P5WA 4Z50A 3KT2A 3O9DA 3PSGA 3KFSA 3PCZA 3O9FA 1PFZA 5AH8A 3BUHA 4RVJA 5P46A 4TRYA 1GNNA 5P4OA 3CKRA 2IGXA 5P4IA 4Y5EA 3L5FA 4Y3HA 5COKA 4B1CA 2OHLA 4Z22A 1Z8CA 2PSVA 4L7JA 4B72A 4Y5BA 4Y53A 2HB4A 1A9MA 5P86A 4J55A 1K6PA 5P2FA 3RSXA 1EBWA 3S2OA 2PC0A 5P0FA 1BV9A 3QAAA 4CPUA 3D1XA 2FXDA 4I8ZA 1ZBGA 3BHEA 4TVHA 4OBDA 3K4VC 5P50A 4HEGA 1HXWA 2WKZA 1MPPA 5P8VA 4MC6A 3MSKA 4BELA 3Q3TA 4Y3WA 5OZJA 4ZSRA 3KFRA 1T6GA 3BVAA 2G1OA 3EKVA 4RCEA 4Y37A 1Z1HA 4AA8A 3DJKA 2QNPA 5OYZA 3QRVA 2Z4OA 5P1BA 5ENKA 4R95A 3SA5A 3INDA 4Y9WA 3S43B 3UDHA 1C6ZA 1FIVA 5P7LA 2BPZA 3VYEA 5OZ3A 5OZXA 5P1SA 3EXOA 5P24A 5P6EA 5P0UA 4OC6A 4DQCA 2AVVA 2F3FA 2BKSA 5P3XA 3NU5A 5OZKA 1HBVA 1HIIA 4Y5CA 3CMSA 1TCWA 4OBZB 1ZSFA 5P3NA 4PEPA 5OZWA 1SP5A 2I4VA 4APEA 4Y5PA 4RCFA 5OZSA 2JJIA 3FNUA 2I4DA 3HAUA 5P3HA 3QVIA 2HPEA 1HEFE 1GVWA 1BBSA 5P58A 5P2LA 3SA3A 4D89A 4DJVA 2ZHSA 4X7IA 2R9BA 2NPHA 4Y56A 1UH9A 4E43A 2QI3A 1GVVA 4DPIA 3TPPA 2ZYEA 3M9FA 4GJCA 5P59A 4FSEA 3UQWA 5P5YA 5P32A 2B8VA 1D4YA 2VS2A 5P3UA 1DMPA 2IL2A 3QVCA 4F75A 1LS5A 3QI1A 1YTJA 4I10A 2P3AA 2QMDA 1TSQA 2FS4A 1TCXA 4PPHA 5AH7A 4MC9A 2PH8A 1TZSA 1B6LA 4LAPA 1KJ7A 1G2KA 4KE0A 3PI0A 1KJFA 3UDYA 5P3ZA 3UQPA 3KN0A 2O4KA 1HPOA 4K8SA 3LPJA 5AHBA 3HVPA 1K6CA 1LV1A 5OYXA 4Y3SA 1Z1RA 4Y5KA 3VF5A 1FFIC 2VJ7A 5P5CA 5P8TA 5HE5A 4Y54A 5P3JA 1NH0A 1APWE 1EPME 4EXGA 5P7HA 5I70A 3F9QA 2VKMA 3GGXA 3TLHA 1HTEA 3GGVA 3UDPA 1HPXA 4B78A 5DPZA 1K1UA 2HM1A 2BQVA 2HAHA 3OHFA 3ZKIA 5P3EA 1VIKA 3D1YA 3TOGA 2Q3KA 2G26A 1MTRA 2WF2A 1XL5A 4GIDA 3OAGB 4QGIA 3KYRA 1FQ7A 3EL9A 3KFNA 4LL3A 5P76A 2G24A 1WBKA 1BVGA 3KT5A 5P7XA 5KOSA 4Y3YA 5P6UA 1DP5A 1W6IA 1RQ9A 5P73A 5P7NA 5P57A 5P8DA 1FQ8A 4FSLA 1BWAA 1SIVA 5P84A 5P2MA 1T7IA 3TOHA 2NNPA 1W6HA 1HVRA 2WEBA 5P6HA 1LYBB 4YD4A 5P8OA 1FG6C 2MIPA 1AAQA 5P1UA 1BV7A 3I7EA 2F80A 3ZMGA 5P8LA 1A30A 4BFBA 5KR8A 6UPJA 1EC2A 2ZJHA 5P2AA 5P7EA 4CPWA 2HS1A 5P0CA 2BPYA 4U8WA 5P60A 2PMAA 5P29A 4FM6A 1HSHA 1D4SA 2VJ6A 4YD6A 3CYXA 4RZ1A 2OHQA 4NJSA 3BXRA 2PK5A 2R5QA 3OGQA 2QHCA 4RRSA 1UH8A 3GGAA 4ACUA 4YDFA 5P0QA 4BFDA 2OHRA 3QP0A 2OHPA 4J0TA 3TPRA 3SA7A 3PRSA 5P2NA 5P6RA 2ZJLA 5P70A 2UY0A 2Q55A 3VFBA 5KAOA 3O9LA 4Y4XA 1FF0C 3HW1A 4ZSMA 5ISJA 5OZ7A 4COEA 5OZIA 5P1PA 1K1TA 1ZAPA 5P5LA 3KFPA 3ZKQA 5P4XA 3NDUA 1HVCA 1HVLA 1SDTA 5P8CA 5OZBA 4EP2A 1AM5A 3ZKNA 4K4PA 3UPJA 5P1CA 1IDAA 3S54A 4A6BA 5P3DA 2ZHUA 5P45A 3TKGA 5DQ2A 3VSWA 5P0VA 4EP3A 5P8AA 5HE7A 3MSJA 3URLA 2IENA 3EM4A 2I4WA 3D1ZA 4FCOA 5P6QA 4CPTA 4XX3A 4GYEA 4N00A 1G6LA 2AVMA 4KUPA 3D91A 5KR0A 1LYAB 2VIEA 3LZSA 3OHHA 4ZIPA 5P0IA 2G1YA 4R5NA 3O9LB 1HSGA 1KJGA 5P5PA 4DQHA 4ZPEA 4QJ8A 4D83A 1FB7A 5KQFA 5P0DA 5DR8A 5BS4A 1NSOA 1TSUA 5OZ5A 3CKPA 2OHMA 5P5SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ8 A;  5P74 A;  4Y45 A;  4QJ6 A;  1LZQ A;  3UQX A;  1FQX A;  3OQK A;  1T3R A;  3EM6 A;  4LHH A;  3MSL A;  5P5U A;  4FRK A;  1APV E;  2JYS A;  1DIF A;  3HAW A;  2QHZ A;  6APR E;  3SO9 A;  5DR3 A;  5P7W A;  3HD8 A;  5P4C A;  4LC7 A;  2V12 C;  4ZSP A;  4I8W A;  2QHY A;  5IVT A;  3LIN A;  1LF3 A;  5IS4 A;  3BRA A;  3BVB A;  1HVH A;  4J1C A;  3APR E;  3WZ6 A;  5P3G A;  3VUC A;  1VIJ A;  3O9C A;  4F76 A;  4GJD A;  2P3C A;  1MES A;  3RTH A;  3NDX A;  3LIT A;  1C6Y A;  3DCR A;  5P01 A;  1DAZ C;  3OXX A;  5P1H A;  5P27 A;  5P2E A;  3VCM A;  5OZN A;  5OZ0 A;  3T11 A;  3PVK A;  3UDM A;  5DGU A;  5P5J A;  5P02 A;  5P4R A;  3KA2 A;  2OF0 A;  1FQ5 A;  4M8X A;  3R0Y A;  5P6S A;  1AJV A;  2F3E A;  5P3Y A;  5OZQ A;  5P4Y A;  4NJV A;  2AOI A;  3PB5 A;  2BPX A;  4K4R A;  2ZHV A;  4Y3P A;  4J0Y A;  5P43 A;  5P14 A;  2PWC A;  4ACX A;  4B77 A;  5CLM A;  2PSU A;  5P2J A;  1G0V A;  2F81 A;  5I3V A;  3OGP A;  5UPJ A;  1XL2 A;  5P53 A;  2AOH A;  2R3W A;  2FGV A;  4J17 A;  1F34 A;  2R38 A;  5P4U A;  3UQU A;  1D4K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HTF A;  5IE1 A;  3OOT A;  5P5V A;  3WZ7 A;  1DPJ A;  4B1D A;  2WEA A;  2IKU A;  4B0Q A;  4RYC A;  3SA6 A;  1B11 A;  1E81 E;  3Q70 A;  3VG1 A;  4NJT A;  5P7B A;  5JOD A;  3LPK A;  3OTS A;  3FX5 A;  5TOL A;  1FKN A;  5P07 A;  5P5M A;  5P82 A;  5F01 A;  4Y3A A;  3LIZ A;  3URJ A;  4AUC A;  1LYW B;  3IN4 A;  1LYA A;  5P0T A;  2XFK A;  1ZLF A;  3H5B A;  5P75 A;  5OZT A;  2IS0 A;  5OZL A;  2O4P A;  4Q1W A;  5P7G A;  4FM8 A;  5KQX A;  3TPJ A;  2QD7 A;  1BDL A;  5P4T A;  2G1S A;  4Y4T A;  4LBT A;  3UTL A;  2J9J A;  4Y3D A;  3OOZ A;  4YD7 A;  5C9F A;  2PSG A;  3NDW A;  3VV6 A;  4Y39 A;  3ZOV A;  2QNN A;  3UQR A;  4OBK A;  4AMT A;  5E5J A;  2P4J A;  2FLE A;  3NWQ A;  3PSU A;  4I0G A;  4DQB A;  2XYE A;  2AID A;  3DOX A;  3INF A;  1HTR B;  3QBH A;  4ZE6 A;  5P0K A;  2I4U A;  4DVF A;  2QZW A;  2I1A A;  5P72 A;  5P6Z A;  2CEJ A;  5P7K A;  1T7J A;  2ZE1 A;  4Y4Z A;  3SPK A;  1ZPA A;  1XN2 A;  2B42 A;  2IGY A;  5P3W A;  4Y51 A;  5OZ9 A;  3SM1 A;  2Q5K A;  4GJ8 A;  5P6L A;  2ZHT A;  5P78 A;  2J9J B;  1AJX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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