5P23A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 121
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p23A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p23A01
4HEGA 4YCKA 5P68A 2QU3A 5P84A 5P6XA 2AVMA 2I1AA 2HAHA 5COKA 3QP0A 2QZKA 1E81E 3KF0A 5OZJA 5F00A 4JECA 4RVIA 5KR2A 5P58A 2FDEA 4YE3A 4DJOA 3LIZA 2QI4A 3OHFA 1IVQA 3PWRA 5P76A 4Y3AA 1EPRE 5KR8A 5P3LA 5P8KA 4U8WA 5P3GA 3EKXA 5P72A 3SA9A 2VIZA 5P4MA 5P5JA 3GGUA 3AUPA 3NYGA 3PSYA 4M8XA 4CPTA 5P8PA 5OZ2A 3HW1A 2XFIA 4YDGA 2VA7A 5P44A 3VV7A 5OYYA 5OZBA 5P02A 5P12A 5DQCA 1BILA 4LXKA 4CKUA 5P7VA 3TPRA 2V12C 2CEJA 3QRSA 4ZE6A 3I25A 2FNSA 2R3TA 5P5OA 5P1LA 1PPME 5P0ZA 5P11A 4ZPEA 1ZSFA 4YD5A 1IDAA 5P56A 3WSJA 2VIJA 3N3IA 4YD6A 5OZ7A 4B70A 5OZXA 5P5LA 4Y3QA 3LZSA 2WF4A 5P7PA 4DPIA 3IN3A 2IKOA 5P63A 5P6TA 4OBZA 4R91A 3NU3A 3VCMA 1MTRA 4K8SA 4OBFA 2BPYA 5P30A 1HTGA 4J1FA 2ZDZA 4MC2A 3O9BA 1ZPKA 4FAEA 1B5FA 5P48A 5P3PA 4L7GA 3OADA 4J17A 5P4YA 4FRJA 5P2DA 1WBKA 3MWSA 3OU4A 4I0ZA 3PBZA 5OZIA 5P8JA 3EL9A 1SMRA 4FLGA 3DJKA 1KJ7A 4Y3XA 5P4LA 2AZBA 4QJ9A 5P2RA 1W5XA 1K2CA 4LAPA 2APRA 4Y41A 1HXWA 3IVIA 3O9LA 5P4XA 1LYWB 1HVLA 2AVVA 2QI1A 5AH9A 5P6LA 5P3AA 4FAFA 4Y5MA 2AODA 2FS4A 3OOZA 2B8LA 5P0YA 5KOQA 4OBDA 1T7JA 3GGXA 5P0SA 5OZOA 4GJ8A 5TOLA 2ER0E 3L5DA 5P1XA 5SZ9A 2F3FA 2OHRA 4K4PA 1MRWA 3U7SA 2AZ9A 4FSLA 4RYCA 3UHLA 4BFBA 5P6UA 5AGZA 3DCKA 4TVHA 3BUGA 2VA6A 1NPAA 3NUJA 4J1CA 2G1YA 1HSHA 2SAMA 5P52A 5OYVA 3PJ6A 4YCYA 4ER2E 3S43A 3HVGA 4Y3SA 2WF2A 4Y9WA 2AVSA 2OHLA 3TOHA 2ZHRA 4Y5EA 3OK9A 4DVFA 1EPQE 4RRSA 1T6EX 5P33A 3VYFA 4NJSA 5P7GA 3QPJA 5OZEA 5OZ5A 3GI0A 5P3YA 4I0EA 5P1UA 3SQFA 2AZ8A 3OGPA 4JP9A 1AVFA 1HHPA 5BWYA 5P2HA 4YA8A 3EL1A 2FDPA 5P7KA 3DUYA 3VYDA 4EHCA 5P0QA 4D88A 1AZ5A 4FRSA 3ECGA 2Z4OA 1ZBGA 5IVTA 3R1GB 3KYRA 3T11A 4QJ6A 3EKPA 4NJVA 3NU9A 3LIXA 4R93A 4J55A 1MEUA 5P57A 4DQHA 1M0BA 5P0GA 4Y35A 2FDDA 2QP8A 3QVCA 1MT8A 2B7ZA 1GVTA 3CICA 4Y4BA 5P5GA 4EP3A 5OZ4A 2VIYA 3TKGA 2ZHTA 5P1VA 2JYSA 1APUE 5P62A 5IVQA 5P36A 4GMIA 1A8KA 3EL5A 3O9EA 5P2EA 4RYGA 5P6QA 5C9BA 1ZLFA 2AOGA 2A4FA 1M43A 1AAQA 1BVGA 2I4VA 4B00A 2ZJKA 2RENA 4AUCA 1Q9PA 1A8GA 5HU0A 3IXOA 4LBTA 3C9XA 1FMUA 3QROA 1BWBA 4GZFA 4QJ8A 3PWWA 4L7JA 3I2LA 5P54A 5P7XA 3IVHA 4F75A 4DUSA 4OBZB 3KFPA 1KJGA 3QI1A 2AIDA 2CEMA 1FIVA 2B8VA 2O4PA 3GI6A 5T4SA 2NR6A 5P1HA 5P5CA 3RTMA 3S85A 1MUIA 4DQBA 5P1GA 4Y3HA 3O9AA 1B5FB 3OAGA 3OUAA 3VFBA 3OADB 4Y4JA 5P41A 2BPVA 4HDFA 1D4SA 5OYTA 2OAHA 3PRSA 3SACA 2PSVA 4Y53A 3Q5HA 3CYWA 3UDNA 3RTHA 4H3IA 1LYAA 4ACXA 2HPFA 3EKYA 5P2BA 1A30A 4F76A 2BJUA 1QRPE 2BKSA 3TOFA 2P3AA 4Y57A 5P0UA 1FMBA 5OZSA 3CMSA 1HTEA 3ER3E 5P6ZA 2R9BA 2BB9A 5J25A 3PLDA 4FSEA 3UFLA 3O9LB 1D4LA 5P0TA 2J9JA 4U7VA 5F01A 5OZLA 5P87A 1FB7A 3PVKA 4YBIA 3IGBA 5IS4A 4EWOA 4HA5A 1LV1A 2B42A 3LIVA 4YHQA 3SM2A 3A2OA 3SFCA 3NWXA 5P80A 5I3XA 3EBZA 1IZHA 3UDRA 4I0JA 4Y37A 5DR7A 2B7FA 1NPWA 1CPIA 3H5BA 5P4KA 4LP9A 3KA2A 1BVEA 3B7VA 2RSPA 3CKTA 1FFFC 4DV9A 1HPSA 5DR3A 1HIHA 2R8NA 1BDRA 3S43B 1K1UA 1ZJ7A 3DV5A 2P8HA 4EJLA 1EEDP 4H3GA 5P3WA 3ZKGA 2AOCA 5P6AA 5P0LA 2ZJHA 4RROA 3QBHA 2A1EA 5P8QA 1CZIE 1IZEA 1LF4A 1TSUA 2UPJA 3BXRA 4Y54A 4ZSQA 5DGUA 3PM4A 2J9KA 3VEUA 1T7IA 1FQ6A 5P5TA 4R95A 1YM4A 5P0WA 4Y5PA 3OQAA 1SBGA 5P8RA 3ZKXA 5P7JA 4LL3A 3KT2A 1YTJA 5P7DA 5P86A 3OUCA 4Y47A 4GJ5A 3CYXA 4AMTA 3VV6A 1HVRA 5P5YA 4I0DA 5P45A 1B11A 5P69A 5OZCA 5P2JA 4Y5AA 2WJOA 3EXOA 1PFZA 4J0TA 4B05A 4XXSA 4J0PA 5P60A 2PWCA 5P82A 2XFJA 4Y3FA 2PQZA 1OD1A 2QHZA 1D4YA 2CENA 4A6BA 3OXCA 1CMSA 3T6IA 3NDUA 3HDKA 2PK5A 4GJ6A 4F73A 4YDFA 5ER2E 5KQZA 3IA9A 5I3WA 5APRE 2AOJA 4RCFA 1QS8A 3SA8A 3KDCA 3PCZA 3G6ZA 5P6RA 3PSUA 5P8GA 1ZSRA 5P3IA 4J0ZA 3JVWA 5SXNA 2F81A 1HVHA 1HXBA 4CPQA 4I1CA 5P3XA 5P59A 3BUHA 3ZPTA 4L6BA 2QZXA 1PPKE 3ZMGA 4CPXA 5P8VA 3NR6A 1MSMA 3UDKA 2B60A 5OZFA 5HDVA 1EBWA 3NU6A 3PCWA 5P4PA 5OZPA 5P2SA 1BDLA 4NPTA 2QNNA 3TPPA 2HB3A 4BELA 4S1GA 1BAIA 4RCEA 1XS7D 3I6OA 5P5NA 4PEPA 5I70A 3BVBA 2OHMA 2P3DA 3KFRA 4EQJA 1LYAB 1EC2A 2I0DA 3ER5E 4Y4EA 1AJXA 1LZQA 4DPFA 1MPPA 2G21A 5P18A 3KMYA 2G27A 1D4HA 5P4FA 2FIVA 2I4XA 3RVIA 3PMYA 5P00A 2F8GA 4AA9A 5P5XA 2O40A 3UDQA 1EPNE 4RGHA 1SIVA 2PYMA 4ER4E 4PYVA 3OUDA 1B6KA 5P1MA 3L5FA 5DPZA 1SMEA 4R8YA 4OD9A 1APVE 1ZPAA 3OXWA 5P0KA 4D85A 1FLHA 5P4SA 2OHPA 2WKZA 4L1AA 5P7OA 3NXEA 1OEXA 3D1ZA 3L5CA 2QMPA 3NDWA 1ENTE 8HVPA 5P5ZA 1E5OE 3UQWA 1QBRA 3PI5A 3S56A 5SY2A 4B72A 2VNNA 3QRVA 2AVOA 2Q64A 4WTUA 1J71A 1E80E 5P1ZA 1IIQA 3O9FA 3OY4A 4LXAA 3GGVA 5BRYA 1U8GA 2PK6A 2JE4A 5P1WA 2HS2A 5P04A 5P85A 1HEFE 2Q63A 3RU1A 5P1RA 5P89A 2WECA 4DJPA 2WF3A 2FGVA 1A9MA 1BV7A 5P2TA 5P20A 4YD7A 4FGXA 1AJVA 1GNNA 5CONA 4Y58A 1TQFA 1C6ZA 3JW2A 1B6MA 4APEA 5P3MA 2QU2A 5P5BA 3N4LA 4I8WA 5P0VA 1XDHA 1ODXA 3VLBA 3KDDA 5P4QA 5P5SA 5JG1A 4ZPGA 2HM1A 5P2NA 2Q54A 5P5EA 1MIQA 4M8YA 4YOAA 1YTGA 5P3HA 3S53A 5P3VA 2Z54A 5P7SA 1GNOA 3INEA 2I4UA 4D8CA 4NPUA 2OHTA 3I8WA 4Z22A 1HSIA 5P6FA 2R43A 4Y3ZA 2G22A 5P4OA 1HVIA 1RNEA 1RV7A 1AIDA 5OZNA 5P4JA 3D3TA 2QMGA 5OYUA 5DQ5A 3L59A 5HDXA 3UQPA 5AH8A 4J1KA 5P3RA 4KB9A 5OZGA 5P31A 1UPJA 5ER1E 4Y4DA 4I0GA 4EJ8A 5P71A 1W6HA 2ER7E 5P7HA 3EM6A 3L5BA 2HS1A 5P67A 2ZJIA 4L7HA 5DR1A 2WEAA 1FQ5A 5P0XA 2ZJMA 4Y44A 3LNKA 5KQXA 2O4NA 5P7AA 1AXAA 5P7QA 5P46A 1YM2A 4PPHA 1IVPA 2HB2A 2P83A 3K5CA 3OGQA 1AM5A 4A4QA 1T7KA 3PMUA 5P14A 5P5PA 1HTFA 1FG6C 1W6IA 1HOSA 2ANLA 4NJTA 4H3FA 3KMXA 5P6GA 3WZ6A 2QZWA 3UQXA 4OBGA 4ZEAA 5P1KA 1BIMA 5P5UA 2R5PA 3LPIA 2OHUA 4XX3A 4YD4A 3EKTA 2G1OA 3OTYA 3MXEA 4B78A 3OHHA 3ZPSA 4Y5CA 3URIA 3OUDB 1HBVA 4OD9B 3SM1A 1FMXA 4Y4GA 3EC0A 4ACUA 2PH6A 4OBJA 3UF3A 3Q4BA 3APPA 1QBSA 4L1AB 2PC0A 5DQ4A 3UCBA 5P5VA 4TRWA 2NPHA 1RQ9A 2QD6A 3EL4A 5P1YA 4TRYA 4YCTA 1SIPA 4GB2A 5P8MA 5P8SA 5P0EA 4X7IA 5P4WA 5HD0A 1JLDA 5P7IA 2RMPA 5OZKA 5P32A 1HVJA 3CIBA 1SP5A 3TL9A 3ZKIA 5JFUA 5OZDA 3NDTA 3R0WA 5KQYA 3T3CA 5OYRA 5IE1A 5OZ9A 4R5NA 1MTBA 2NNKA 1IZIA 2PH8A 4D83A 3BUFA 3EL0A 5P70A 3BXSA 1W5VA 2Q11A 2BBBA 3AIDA 5P29A 5DQ2A 5P8AA 3R4BA 2NXLA 3LIQA 4Z2ZA 1HWRA 1QBUA 5P1PA 3NSHA 5P5AA 4FE6A 5P6DA 5OZHA 3LZUA 3RSVA 3ZL7A 4IVSA 3G70A 1T6GA 5P5RA 5FIVA 3KM4A 5P39A 3EKVA 1HPVA 1PSNA 1EBZA 5DR4A 1IDBA 5P27A 5OYXA 3DK1A 1LF2A 2NMZA 5P7WA 2BQVA 1E82E 1NH0A 5P4GA 5P0CA 4Y3RA 2F80A 5P13A 5P6MA 2PSGA 4J1EA 3ZKSA 1ZAPA 5P05A 5P1EA 3OU4B 4MC1A 5OZ3A 2AOHA 5P5DA 5P7LA 4DJQA 3NU5A 3O9DA 1MT9A 3S7MA 3R0YA 2JJIA 4DH6A 1HRNA 4GJCA 5P2KA 3IXKA 3MXDA 4FM7A 5P4CA 4K4RA 5P01A 2ZJLA 3GGAA 2XYFA 2G24A 5P3QA 3ZLQA 4FM8A 5OZQA 5P4RA 5P7EA 4H3JA 3K5DA 1F34A 5P03A 1SGZA 2QZLA 3SPKA 5P3DA 1Z8CA 5P2FA 4Y3TA 4CPWA 1TZSA 1K1TA 5OZMA 3PEPA 5P2WA 4HDPA 1OEWA 2PWRA 4J1IA 2QI7A 4ZLSA 5P8UA 2WEBA 5P0AA 2F3KA 5P28A 3UTLA 2QHCA 5P7MA 2WF0A 1HVCA 3B80A 5EZXA 5P4VA 4Y3GA 5ISJA 4FRIA 3NDXA 1T3RA 2Q3KA 1APWE 5P81A 3PBDA 3ZPUA 1BV9A 1EAGA 1W51A 1HIVA 1ME6A 1FQ4A 5P4DA 3MSKA 2I4QA 1BXOA 4QGIA 4PZXA 3M9FA 1XL5A 3URJA 5P3FA 2QD8A 1C70A 2IGYA 5JODA 5P4NA 3O9HA 3UDYA 5P7UA 3PSGA 1GVWA 3HBOA 4Y51A 5EZZA 1K2BA 4I8ZA 4NKKA 3PWMA 4B77A 3BC4A 5P09A 1K6PA 5P42A 4LC7A 5P2GA 3T7PA 3GI4A 3T7XA 1LYBA 4J0YA 3TKWA 6FIVA 4I10A 3G72A 5P8BA 4Y4AA 5COOA 5P2IA 2R5QA 2IGXA 2WF1A 5P0RA 5P07A 3VF3A 5P2CA 5HVPA 5HCOA 2FNTA 5P6PA 3RTNA 1EBYA 5P0OA 2NXMA 1W5WA 3EM3A 5P3SA 5OYZA 4RZ1A 2IENA 3OQ7A 2VS2A 4K9HA 4EJKA 4X2LA 4Y6MA 1SDVA 5P35A 1DW6C 2UXZA 5P4ZA 5P3OA 1KJFA 2VJ9A 5P65A 4Y3LA 1C6XA 3VUCA 1XN2A 4EXGA 7UPJA 2G26A 3CKPA 3OWNA 4DJYA 3FNSA 3Q6YA 3KFSA 5P2VA 1TCXA 4Y5KA 2G94A 4HZTA 5P08A 4N00A 3BGBA 1YX9A 3OQDA 1B6JA 5P61A 3PGIA 5P8TA 1OHRA 5P6KA 5P53A 1K6TA 4CP7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HEG A;  4YCK A;  5P68 A;  2QU3 A;  5P84 A;  5P6X A;  2AVM A;  2I1A A;  2HAH A;  5COK A;  3QP0 A;  2QZK A;  1E81 E;  3KF0 A;  5OZJ A;  5F00 A;  4JEC A;  4RVI A;  5KR2 A;  5P58 A;  2FDE A;  4YE3 A;  4DJO A;  3LIZ A;  2QI4 A;  3OHF A;  1IVQ A;  3PWR A;  5P76 A;  4Y3A A;  1EPR E;  5KR8 A;  5P3L A;  5P8K A;  4U8W A;  5P3G A;  3EKX A;  5P72 A;  3SA9 A;  2VIZ A;  5P4M A;  5P5J A;  3GGU A;  3AUP A;  3NYG A;  3PSY A;  4M8X A;  4CPT A;  5P8P A;  5OZ2 A;  3HW1 A;  2XFI A;  4YDG A;  2VA7 A;  5P44 A;  3VV7 A;  5OYY A;  5OZB A;  5P02 A;  5P12 A;  5DQC A;  1BIL A;  4LXK A;  4CKU A;  5P7V A;  3TPR A;  2V12 C;  2CEJ A;  3QRS A;  4ZE6 A;  3I25 A;  2FNS A;  2R3T A;  5P5O A;  5P1L A;  1PPM E;  5P0Z A;  5P11 A;  4ZPE A;  1ZSF A;  4YD5 A;  1IDA A;  5P56 A;  3WSJ A;  2VIJ A;  3N3I A;  4YD6 A;  5OZ7 A;  4B70 A;  5OZX A;  5P5L A;  4Y3Q A;  3LZS A;  2WF4 A;  5P7P A;  4DPI A;  3IN3 A;  2IKO A;  5P63 A;  5P6T A;  4OBZ A;  4R91 A;  3NU3 A;  3VCM A;  1MTR A;  4K8S A;  4OBF A;  2BPY A;  5P30 A;  1HTG A;  4J1F A;  2ZDZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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