5E5KA

Joint x-ray/neutron structure of hiv-1 protease triple mutant (v32i,i47v,v82i) with darunavir at ph 4.3
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Long-Range Electrostatics-Induced Two-Proton Transfer Captured by Neutron Crystallography in an Enzyme Catalytic Site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5e5kA00
5P46A 3TLHA 3G6ZA 3LIVA 5P48A 2AOEA 5P0IA 4KE1A 5I3XA 1ME6A 1AXAA 3NU5A 5OZKA 5P5VA 5P8AA 3FNUA 3O9BA 5P6KA 1N49A 1B6LA 3PSGA 5OYXA 3UF3A 2PH6A 5OZEA 5P85A 5P4YA 4FSLA 1TZSA 4D83A 1HHPA 1LV1A 3S2OA 3S43A 2VJ9A 2WEDA 5P04A 5HDUA 1W5WA 5OZTA 5HD0A 5P3FA 5P68A 5P31A 1E82E 3OGPA 5P32A 3OTYA 5P2IA 3WB5A 1PROA 4Y37A 2QK5A 3PLLA 5P70A 1DP5A 3K1WA 3SA7A 4GMIA 3BVAA 4EWOA 1DPJA 1SIPA 5OYTA 4DUSA 1LF4A 2WF2A 3T7QA 2UPJA 2R9BA 5P2BA 1GVWA 1MVPA 5OZDA 2Q63A 5P1XA 4I0DA 7UPJA 3NUJA 3I7EA 2NNKA 3VF5A 3OADB 2AODA 9HVPA 3UQRA 5P7TA 4QJ9A 2APRA 5OZGA 2VIYA 5OZRA 5P3PA 5P4GA 1PPKE 4AMTA 3U7SA 1HEFE 1T6GA 1SGZA 5P11A 5KQZA 4R91A 3F9QA 5P1TA 5P6VA 4RLDA 2QI4A 5P5WA 1DW6C 1KJGA 5IVTA 1HSGA 5OZ5A 5HDZA 5KAOA 1A9MA 5P2NA 3EM6A 2ER6E 2WEAA 2FXEA 5P8OA 3SFCA 2NPHA 3T6IA 3NU6A 3AIDA 4DJUA 5P0CA 2ZHRA 1B6MA 2JYSA 4Y3XA 4B72A 3NDUA 5P7VA 3MSJA 4NJSA 3KMXA 3VYFA 1TSQA 4ZSQA 5P5TA 5P8CA 5P3VA 3OOZA 5P3JA 5OZYA 5P33A 5P0GA 4GYEA 5P8QA 3L5EA 4OBZA 1Q9PA 5ISJA 3JVYA 3QVIA 1MEUA 3EKTA 5P2FA 2VNMA 5P7QA 4Y53A 4OBKA 3L3AA 5P08A 3VF3A 4OC6B 4XX3A 4M8YA 4F74A 4U8WA 1AJVA 2AOCA 1MT7A 3EKWA 3OU4A 3BRAA 5P7CA 3RSXA 1OHRA 3FSMA 4DQEA 3VSWA 2O4SA 5KOQA 2G69A 4DJOA 5P39A 3O9LA 5P00A 3TKWA 5P42A 1MRXA 3QP0A 1DAZC 3LIQA 5P0TA 2B60A 5P10A 5P5XA 1ZSFA 4GZFA 1AJXA 3L58A 4ZIPA 1HXWA 2WJOA 5P1WA 4ZSPA 5P74A 4Y5GA 1C6YA 2FNSA 5P25A 4L7JA 3CMSA 1XN3A 4Z22A 5P7MA 3WSJA 3FNSA 4Y56A 3PCWA 1ZPKA 2IENA 3S8IA 2RENA 5P4BA 1HVHA 5P37A 4DH6A 5P7YA 1APVE 5P2AA 3ZKSA 3EBZA 4FM8A 5P1LA 3SQFA 4R93A 5P28A 2HC0A 1CMSA 3ZPTA 3Q5HA 2OHSA 3IVIA 5P56A 4Y41A 5OZNA 5ISKA 5P0AA 5P1YA 4AUCA 4FAFA 5P79A 1W5XA 4YD7A 3EC0A 4JECA 4H3IA 1K1UA 4YCKA 3TPJA 2FLEA 4J0TA 1QBSA 5P7EA 4D8CA 4GIDA 2QP8A 5E5JA 5P0JA 1FQ6A 2QD6A 3DK1A 3T3CA 1DIFA 3Q3TA 2ZJJA 3ST5A 4L7HA 1META 3KYRA 4FS4A 5CLMA 1B6JA 2Q3KA 1RL8A 2AZBA 3R2FA 3URIA 2ZJMA 1D4LA 4FLGA 5P38A 4CP7A 3U71A 3PBZA 3IAWA 5P55A 2NXDA 2XFIA 1BXQA 2ZJLA 4LC7A 3I25A 3VV6A 4Q5MA 3NSHA 4J55A 5P8PA 4DPIA 1MRWA 4ZEAA 3OXXA 1HVCA 5P3EA 3EMYA 3VV7A 3SO9A 5SXNA 5JODA 2OF0A 5I3VA 3O9EA 5P0NA 5P3XA 5OZ4A 3O99A 4YD4A 1G2KA 2Q64A 3KFSA 5P4QA 4YA8A 4J17A 1KJ7A 5P1BA 5P1HA 4BEKA 2F3KA 1XE5A 5P24A 2OHUA 2QCIA 5P8LA 5OZAA 2VJ7A 3MSLA 5HDXA 1G6LA 4DJYA 2B7ZA 5P0EA 3HD8A 4ER4E 3OTSA 5P5FA 2PK6A 3K5FA 1BBSA 3PEPA 2CEMA 3UFNA 3S7MA 3IA9A 5P1PA 3TOGA 4RRNA 4QGIA 4FCOA 3SAAA 5IVSA 5P43A 5P64A 3LHGA 2AZ8A 5P59A 5P5GA 3L5BA 5P4OA 5P12A 5DGUA 1UH7A 1B6PA 3EKXA 3KA2A 1HRNA 2Z54A 2H6TA 5P0HA 1GKTA 2QZWA 5P5PA 2WEZA 1PSNA 5OZHA 3CICA 1IZIA 5P67A 1ODXA 5P20A 2ZHUA 4Y51A 3NXEA 5P8TA 5DR0A 8HVPA 5AHBA 2ANLA 3KT2A 5I3WA 5P4PA 2O4KA 3ZKIA 5P3HA 3FX5A 5DR1A 5P54A 1EPPE 2P4JA 3BGCA 5P6RA 4EXGA 2QNQA 5P61A 2QNPA 4NJUA 2QI5A 5P36A 4I0EA 1YTGA 5P2QA 2QI1A 3VLAA 3L38A 4B1CA 1W6HA 3OADA 1HIHA 5P1JA 5FIVA 3SABA 3NLSA 1BILA 2RSPA 1T7IA 2UXZA 4RYGA 4A6BA 5P6ZA 5P50A 5OZUA 3SA5A 5DR8A 3VLBA 4B0QA 5P35A 5OZLA 3WZ6A 3O9IA 3RTMA 2O4NA 5P5ZA 1AIDA 3MXDA 4H3GA 3PWRA 4J5JA 1T7KA 3TOHA 5P3YA 4WTUA 4GJ9A 5P13A 4R5NA 1OD1A 3LZUA 5P5EA 5P57A 1HPSA 4RCDA 4DJQA 4TRWA 2BKTA 1MESA 3EKQA 1K6TA 1LF2A 3TOFA 3LIYA 5P7GA 1NPVA 5P15A 2I4XA 4Y3QA 5P6IA 2FGVA 5C9FA 1LF3A 5P4ZA 4DJXA 2J9JB 3OXCA 4EQJA 3GGUA 2QZXA 1HVSA 3UFLA 1NH0A 5DQCA 5JFPA 2VIEA 5P45A 5P6QA 4Y54A 2AOJA 1GNOA 5P4AA 4Y35A 4LHHA 4B00A 7HVPA 5P8MA 3QRVA 3CYXA 5P0ZA 5P7RA 3G72A 1W50A 2ZDZA 5P14A 1NPAA 5P34A 4YD5A 3PI0A 4B70A 3N3IA 1BAIA 3LPIA 2IS0A 2OHPA 3OWNA 1FFFC 1HWRA 5ER1E 5P0MA 4FRIA 2BB9A 5UPJA 5P4SA 1T7JA 1IZEA 2WKZA 3RSVA 2P83A 3R1GB 2ZJNA 4TRZA 3DM6A 3PRSA 4YOAA 4OBFA 4J0ZA 3INHA 5P8IA 5DGWA 1YM4A 4GJ7A 2Q15A 1FKNA 2OHTA 4Y5NA 5P2WA 1LYWB 2G27A 4FRKA 4LL3A 2ER9E 5P07A 5OZXA 4Y4JA 4Y3JA 1SMRA 5P75A 3OOTA 2IDWA 2VA7A 4Y3HA 4HVPA 3NWXA 5OZ3A 3O9AA 5EZZA 2O4LA 3EKPA 3OQKA 2BKSA 1QBUA 4DVFA 1K6CA 1W51A 1FMUA 1MIQA 4Y4ZA 1XL5A 3DV5A 5P5HA 2OAHA 4Q1WA 3UQUA 5J25A 2V10C 2AOHA 1YTJA 5P8UA 4I0HA 3JW2A 3LINA 2G21A 4Y4UA 1FQ4A 1W5YA 1FQ5A 5P6SA 2R3WA 3N4LA 5OZQA 3UDPA 1BDQA 1HSHA 5P7HA 3QROA 5P7OA 3OGQA 3SKGA 4Y9WA 1BV7A 2QMFA 2PWCA 2I4WA 5P8KA 2P3AA 3KFNA 1EC2A 3TPLA 5P4TA 5P0KA 1BWBA 5P4WA 5P2KA 3PCZA 2QD7A 2G1RA 1D4YA 2RKFA 3TKGA 1EBKC 1FQXA 1HVRA 5HCOA 2VKMA 1EPRE 4OBGA 4EJDA 3QVCA 3DV1A 5P2RA 1D4SA 5P5IA 5P7LA 5COKA 5P7UA 1IZDA 2OHRA 2FIVA 3R0WA 5DR7A 5SY3A 2PK5A 3ECGA 3S7LA 5AH8A 2EWYA 4CMSA 5P0PA 3OUDB 3QS1A 1T3RA 3APPA 5DQ1A 5P5UA 5P6TA 3OQAA 2PSUA 4Y5KA 1U8GA 1FQ7A 3EL4A 5OZ2A 5P17A 2PSVA 5P4JA 4Y38A 3OUCA 4RVJA 5P2TA 4LXMA 4I0ZA 3ZKXA 3OHFA 4K8SA 5OZOA 1APWE 4Y57A 1FG6C 4Z4XA 4LAPA 3APRE 1IDAA 5DR3A 5P6DA 3D1YA 2PC0A 3EL9A 2JE4A 4OBJA 2IGXA 5P6LA 2PH8A 5P5AA 5P8RA 1BXOA 5P3WA 3PM4A 4DQFA 4RCFA 4HLAA 3ZPUA 4GJBA 5P3LA 2F3FA 2H6SA 2PMAA 4Y48A 5P84A 5P8GA 2QHYA 4Y50A 1EPLE 2QMPA 3IXJA 4RVIA 4Y6MA 5P05A 4ZSMA 5P2XA 4Y45A 3BUHA 3VG1A 1B5FB 5OYVA 1SP5A 5B18A 3U6AA 5P0VA 3QRSA 3UDKA 1GNMA 2QZKA 2I4QA 4YE3A 5OZ8A 3LPJA 5P4NA 1F34A 1HVJA 5EZXA 1MTRA 5OYZA 4CPUA 4CKUA 5P3KA 4H1EA 5PEPA 4FGXA 3O9GA 3HBOA 4F76A 1XDHA 3UQWA 5P5QA 3H5BA 1TCXA 1YG9A 1D4JA 3ZOVA 5P7SA 1D4IA 4PPHA 4R95A 4EP3A 3OAGB 3KFPA 1SGUA 1IIQA 5P3NA 5P2UA 4I8WA 5P19A 4I11A 3CKTA 3ZKMA 5OYQA 3O9FA 1K2CA 5P5RA 1XE6A 2J9JA 1KZKA 3INEA 5P5MA 3B7VA 2I4DA 4A4QA 4FAEA 1EC3A 5P6PA 1IDBA 3WB4A 3CYWA 4J1IA 5P1KA 3K4VC 4DI2A 3LNKA 4FRSA 1B11A 2NNPA 3SKFA 4I0IA 2PYMA 1G0VA 4F73A 3EM4A 5P8FA 1K1TA 1EAGA 1HTFA 3TH9A 1VIJA 5P5JA 5P6GA 3HAUA 3HVGA 4J1HA 4ACXA 4L6BA 2HPEA 3S54A 5P2CA 4YD6A 4Y3EA 3SM1A 5OZJA 5P18A 2XFKA 4Y3YA 3PSYA 5P49A 2QI0A 3LZSA 5P3SA 1HIIA 1UPJA 2QMDA 3SACA 1E81E 4NPUA 3FNTA 5P7ZA 1EBWA 2BPXA 4BFBA 1LYWA 3D20A 4Q1NA 1CZIE 5P4EA 3HAWA 2VIZA 3C9XA 2I1AA 5P02A 3VYEA 4CPXA 2HB2A 3BVBA 5T4SA 3SA6A 3UCBA 5P6HA 2QI6A 1ZP8A 2B8VA 5OZ7A 4YBFA 1HOSA 3R4BA 5P2LA 5KR1A 2BPYA 4DFGA 2UY0A 5P0SA 3NUOA 1HTGA 4I0JA 5OZ6A 5P26A 2BBBA 5P7PA 3I8WA 1EBZA 2OHLA 4HDBA 5KQXA 2XYFA 3EL0A 3QAAA 2V16C 1GNNA 3LIXA 4GB2A 4H3FA 3A2OA 2F3EA 5C9BA 1SDUA 5COPA 1BVEA 3BUGA 4Y4DA 3LPKA 3ZLQA 2JJIA 3UQPA 3HVPA 5HE5A 5P06A 2V00A 2V0ZC 3CKPA 4Y43A 3KN0A 5P1QA 1AM5A 5P5KA 1PPME 4QJAA 1TCWA 2QU3A 3HZCA 4DJVA 5P78A 2I0AA 1RQ9A 4B05A 4Y3GA 1FFIC 2PQZA 5P6NA 5P2ZA 3CKRA 6APRE 3KDBA 2NXLA 2ZHSA 3RTHA 4YOBA 3NU4A 3VFAA 3TPRA 5DQ4A 3KF0A 5P7KA 1HTRB 3OUDA 5CONA 5F00A 1UH9A 3L59A 4Y3RA 5P0OA 1BIMA 2VA6A 3NXNA 3D91A 1QBRA 5APRE 3EKVA 3MSKA 4ZLSA 5P1GA 2AOFA 3PWWA 4N00A 4B78A 1A8KA 2QD8A 4HDFA 1QRPE 4R8YA 5P5CA 3VV8A 5HU1A 5P01A 2QNNA 2XYEA 4HE9A 5OYRA 4S1GA 2O40A 5P3GA 2VNNA 5P62A 2VS2A 1JLDA 5P4HA 2P8HA 2HIZA 4EP2A 4J1CA 1KJ4A 3B80A 5DQ5A 5OZMA 5P4KA 3UHLA 4GJCA 5P29A 3RU1A 5P53A 5P7JA 4HDPA 1NPWA 1EBYA 2G1SA 5P5YA 4XKXA 1SIVA 5P0FA 5P80A 3UTLA 5HVPA 1AAQA 4HEGA 4AZYA 3ER3E 4CPTA 3L5DA 4FSEA 2I0DA 1FGCC 1HVKA 1B5FA 2PSGA 2NR6A 2I4UA 4EJKA 3NR6A 4MC2A 5P2HA 5I70A 1BDRA 1T6EX 5P63A 5P4LA 3OUBA 5P3UA 3MXEA 1FG8C 4NJVA 3DCKA 4QJ2A 5P3IA 4PZXA 3LZVA 1MT9A 5P3AA 2B8LA 5P87A 4GJAA 2HS1A 3OXWA 1IZHA 5P3MA 2WECA 2ZYEA 5OYUA 3K5DA 5HE4A 5P4VA 2NMZA 4L7GA 4DQBA 1AZ5A 5P2DA 1A30A 1EPOE 4I10A 5I3YA 4ZPGA 2WHHA 1B6KA 2HM1A 3INDA 4RZ1A 3PBDA 5P8HA 1MT8A 1XS7D 3NU9A 4NKKA 3OAGA 1LZQA 4Y4AA 1K6PA 1SBGA 3NWQA 5AH6A 3SPKA 1LYAB 2BQVA 3OK9A 1Z8CA 3EL1A 5P23A 2QU2A 4K4QA 2VIJA 5P58A 3K5CA 5OZWA 1C6ZA 5P8EA 5P5SA 1CPIA 5P86A 3VF7A 1HBVA 3PLDA 2B42A 4FM7A 5F01A 1SDVA 4D85A 4ER1E 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P46 A;  3TLH A;  3G6Z A;  3LIV A;  5P48 A;  2AOE A;  5P0I A;  4KE1 A;  5I3X A;  1ME6 A;  1AXA A;  3NU5 A;  5OZK A;  5P5V A;  5P8A A;  3FNU A;  3O9B A;  5P6K A;  1N49 A;  1B6L A;  3PSG A;  5OYX A;  3UF3 A;  2PH6 A;  5OZE A;  5P85 A;  5P4Y A;  4FSL A;  1TZS A;  4D83 A;  1HHP A;  1LV1 A;  3S2O A;  3S43 A;  2VJ9 A;  2WED A;  5P04 A;  5HDU A;  1W5W A;  5OZT A;  5HD0 A;  5P3F A;  5P68 A;  5P31 A;  1E82 E;  3OGP A;  5P32 A;  3OTY A;  5P2I A;  3WB5 A;  1PRO A;  4Y37 A;  2QK5 A;  3PLL A;  5P70 A;  1DP5 A;  3K1W A;  3SA7 A;  4GMI A;  3BVA A;  4EWO A;  1DPJ A;  1SIP A;  5OYT A;  4DUS A;  1LF4 A;  2WF2 A;  3T7Q A;  2UPJ A;  2R9B A;  5P2B A;  1GVW A;  1MVP A;  5OZD A;  2Q63 A;  5P1X A;  4I0D A;  7UPJ A;  3NUJ A;  3I7E A;  2NNK A;  3VF5 A;  3OAD B;  2AOD A;  9HVP A;  3UQR A;  5P7T A;  4QJ9 A;  2APR A;  5OZG A;  2VIY A;  5OZR A;  5P3P A;  5P4G A;  1PPK E;  4AMT A;  3U7S A;  1HEF E;  1T6G A;  1SGZ A;  5P11 A;  5KQZ A;  4R91 A;  3F9Q A;  5P1T A;  5P6V A;  4RLD A;  2QI4 A;  5P5W A;  1DW6 C;  1KJG A;  5IVT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HVL A;  1SME A;  3TPP A;  1J71 A;  4DQH A;  4EXH A;  3LIZ A;  3VFB A;  4J1K A;  1HPV A;  5P0Q A;  5P7F A;  5P5D A;  3PSU A;  1MSN A;  2CEN A;  1ZLF A;  5P1R A;  1FF0 C;  4EQ0 A;  1VIK A;  2Z4O A;  4DQC A;  3UDM A;  5P1E A;  1K2B A;  3ZKQ A;  4YCY A;  4AA9 A;  4J0V A;  5P8J A;  4A6C A;  4GJD A;  4HA5 A;  4PYV A;  4PHV A;  3I6O A;  3VUC A;  4D88 A;  5OZB A;  2AVM A;  2MIP A;  5P1S A;  5P2J A;  1FEJ C;  2WF4 A;  3ZL7 A;  1GVT A;  5HCT A;  4R92 A;  4COE A;  3KMY A;  4OD9 B;  3QRM A;  3D1X A;  5P2S A;  5OZ9 A;  3GI0 A;  4CPS A;  4TRY A;  5P8V A;  1W6I A;  2G24 A;  1D4H A;  4MC1 A;  5KQF A;  4Y3L A;  4TVH A;  2Q55 A;  3OQF A;  2FNT A;  5OZP A;  3PHV A;  4OBZ B;  4FE6 A;  5P7N A;  6FIV A;  4HZT A;  4LP9 A;  1E80 E;  3LZY A;  2WF3 A;  5COO A;  5P3Z A;  1LYB A;  4M8X A;  3PJ6 A;  2XFJ A;  1W5V A;  2O4P A;  4B77 A;  1HPX A;  4NPT A;  5P65 A;  4J1F A;  3OU4 B;  3PWM A;  3FV3 A;  5SZ9 A;  5ER2 E;  3UDJ A;  1LEE A;  4FM6 A;  2R43 A;  1PFZ A;  2F80 A;  3PMY A;  5P3C A;  1OEW A;  5AGZ A;  1XN2 A;  2IQG A;  1Z1H A;  5P66 A;  3O9L B;  1APT E;  2IEO A;  2NXM A;  3JVW A;  3SA8 A;  3ZKG A;  2PWR A;  3UDH A;  3OQ7 A;  5P52 A;  1HSI A;  1HEG E;  1HPO A;  4Y4G A;  3O9C A;  4Y36 A;  2IRZ A;  1QDM A;  4APE A;  2QHC A;  2QZL A;  3BXS A;  5P82 A;  4QJ8 A;  4NJT A;  4JOO A;  4YDF A;  2HB3 A;  5P7W A;  3S53 A;  3OQD A;  3OU3 A;  5P6M A;  5P27 A;  3PI5 A;  2NTR A;  3DCR A;  1KJF A;  4IVT A;  5P1U A;  2AVV A;  4RVX A;  2R5P A;  2FGU A;  1SH9 A;  4Y5E A;  4Y4X A;  4Y5M A;  4XX4 A;  2ASI A;  2ZJH A;  2ZGA A;  4D89 A;  2ZHT A;  4OC6 A;  3QIH A;  1HVI A;  2G1N A;  2ZE1 A;  2ZHV A;  4Y3M A;  1YTI A;  5P2G A;  3D3T A;  2ZJK A;  5OYS A;  4Y3S A;  4I8Z A;  1YX9 A;  3GI6 A;  5P72 A;  1PSA A;  4EHC A;  1FMX A;  1ZSR A;  1BVG A;  4Q1Y A;  4DJR A;  5P7I A;  3EL5 A;  5IVQ A;  4GJ8 A;  3GGX A;  1PSO E;  1SDT A;  4BFD A;  4J0Y A;  3OU1 A;  2FS4 A;  4U7Q A;  2FXD A;  5P3O A;  5P30 A;  2Q11 A;  5P71 A;  3CIB A;  5P6O A;  5P4M A;  1FQ8 A;  4EJ8 A;  5P0D A;  4Y5P A;  4Y3W A;  2AOG A;  4MC6 A;  3O9D A;  3S56 A;  4QLH A;  3ZKN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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