5P8IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 351
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8iA01
3VYDA 3H0BA 4OBKA 3B7VA 1LS5A 4I8WA 1M43A 5P6EA 2FXDA 1DAZC 5P1SA 5P0AA 3KFSA 3MXDA 1XS7D 5P8AA 3SA3A 2QK5A 4XKXA 3MSKA 4CPSA 5P2UA 5T4SA 5OZRA 5P3WA 1FIVA 5P5BA 5OYSA 2PYMA 1T6GA 2ZHUA 3OAGB 3OXWA 1EPME 5C9FA 3NU6A 4PYVA 3OUDA 4FRSA 2XYEA 4Y5EA 5P3VA 4X2LA 1AJXA 1MT8A 5P4FA 4CPUA 3IN3A 3ZKNA 1G0VA 2NR6A 3CYWA 5P1XA 5OYWA 4DQBA 1LYAB 4Y3RA 5P0BA 5KQXA 4ZEAA 1FG6C 5P1WA 5P87A 2XFJA 2APRA 4RRNA 5OYRA 3SKGA 1EPOE 3K4VC 3CICA 5P6BA 5P4NA 1ME6A 5IVTA 5P2YA 3S8IA 5OYXA 2AOIA 3GW5A 5P0IA 2HS2A 3EL1A 5I70A 5BRYA 1MRXA 1VIJA 3I7EA 4Z4XA 2G26A 5P8UA 4Y3WA 1IZHA 4LXMA 4N00A 3SO9A 4FE6A 5AHBA 4J1KA 1SBGA 4NPTA 5OZ9A 1CZIE 3GI4A 5P2CA 4L6BA 2OHRA 3K5FA 3TKGA 3TPPA 1LF4A 3NU9A 4YD4A 1AM5A 3EKQA 2QD7A 5P8VA 1W5WA 1RPIA 4J0PA 1TCWA 4OBJA 2QMGA 4I1CA 4A6BA 1T7KA 2J9JA 4PEPA 5DQ4A 1WBMA 1SGZA 2G1OA 3KN0A 5P48A 3LPKA 5P41A 5P1OA 2IENA 5P62A 1TCXA 3R2FA 3URIA 4Q1YA 5P0RA 2ER9E 2FS4A 3KDCA 4LAPA 3LINA 4ZE6A 5HDUA 1XE6A 3RSVA 2PH6A 1BVGA 3VG1A 5P6GA 1QBTA 3WB4A 1QDMA 2XFKA 1ENTE 4AUCA 5P7QA 1RNEA 2I4XA 3MWSA 4FRIA 1DW6C 3TOGA 3O9BA 4Z50A 5OZQA 3NR6A 5P3JA 4YBIA 1FQ8A 2OHQA 4FM7A 1GVUA 2OHNA 5OZFA 5P70A 2R5QA 5P06A 4I0IA 5P43A 5P0JA 1B6JA 5P66A 2PYNA 4EWOA 2NXMA 3IAWA 5P4BA 5P0HA 3OXVA 5P8OA 3WB5A 3EKVA 2ZJKA 4CPXA 5P4WA 3TNEA 4EQJA 5P3CA 5OZLA 5P6ZA 5P36A 3KA2A 5DQCA 4RGHA 2G21A 4LBTA 4OD9B 1NSOA 3O9AA 4HDPA 3T7PA 1QBRA 1ODYA 2V13A 4Y5LA 2Q11A 5EZZA 2IGXA 5TOLA 1G35A 5P7TA 1EBWA 3OQFA 5P7KA 5P38A 1FKNA 5OZ2A 3KM4A 3L3AA 2OHSA 2FDEA 5P4OA 1META 3PSUA 5P6LA 4EXHA 3SA8A 3PM4A 4L1AB 4GJ9A 4Q1WA 1HIHA 3PWMA 1KZKA 1BXQA 1YM2A 3EL9A 5OZ0A 4MC6A 1HSHA 1NPVA 2OF0A 5P3FA 5P3OA 3ZKQA 4WTUA 2Q5KA 3TPLA 1ZSFA 5P33A 5IE1A 5P3MA 3VV7A 2P4JA 3PMYA 5P08A 2QD8A 4QJ2A 1ZAPA 4GZFA 4WY1A 5E5KA 2O4PA 3K4VA 1XL2A 4R92A 2AOGA 5P2FA 3IA9A 2FNTA 2V11C 4FLGA 2A1EA 4ZPGA 1Z8CA 5OZ3A 5P63A 3FKTA 5P7DA 3PB5A 1YM4A 4Y44A 1HTFA 3FSMA 3LPIA 1GNNA 1EBYA 5OZJA 2IDWA 1BAIA 3ER5E 1XL5A 9HVPA 2O4KA 2PSUA 4Y58A 4FL8A 5P51A 5JG1A 2QZWA 4NKKA 3U6AA 5P8HA 2H6SA 5HU1A 4QJ6A 5COPA 3CKPA 2HIZA 5P77A 4GJ7A 1C70A 3HVGA 4Y4XA 3GGXA 2XYFA 5P74A 8HVPA 1HVLA 2QI6A 2AOCA 2PK5A 3NWQA 1APWE 5P5AA 4J54A 5P8BA 2G1NA 5OZWA 2OHTA 4K4QA 5P5OA 4CPQA 3MSLA 5P3RA 5P0TA 3HBOA 4Z22A 3SPKA 3BUHA 4J1IA 7UPJA 1EBZA 5P28A 4YCYA 5P0KA 5P4AA 3SA4A 1FGCC 3EXOA 2R8NA 3I2LA 1ZPKA 2JE4A 3UQRA 2B8VA 5F00A 5P0ZA 3LIQA 4MC1A 3T7XA 1HXWA 4H3GA 3H5BA 1KJ4A 2B60A 2V10C 5P3QA 5P89A 3OAGA 5P19A 2IQGA 3I6OA 4LP9A 5OZ4A 5P7YA 3O9FA 4EP2A 5P54A 4OBFA 3NUOA 5P7MA 3I8WA 4Y6MA 4FSLA 5KAOA 5P6YA 4OBHA 5P72A 4HA5A 2WEDA 4Y37A 3INDA 3SA9A 4YD3A 3MXEA 5P0DA 2HB2A 2IL2A 4Y3XA 4GYEA 5HU0A 3O9IA 2QHCA 4TRWA 5P79A 1UH8A 4Y3QA 2PK6A 5ER1E 5P4UA 4TRZA 5OYZA 3NDUA 5HTZA 5P4XA 4DJXA 3HAWA 2ZJMA 5OZBA 3TKWA 3ER3E 4FAFA 3IXKA 5P1TA 4U8WA 2F3EA 5P5WA 2JJJA 5P3UA 5P2WA 5P4JA 4Y5BA 4AMTA 3OK9A 3Q70A 5P2AA 4EP3A 5P6SA 3UQWA 5P1JA 4DJPA 5P31A 5C9BA 3LHGA 4EJLA 5P0OA 5OYVA 3UDHA 3UQXA 4Y3PA 5P3ZA 2R43A 3OU3A 5P6CA 1IVQA 5KR0A 2Q54A 2HB4A 5P8JA 2R3WA 1A8GA 1EPLE 5P1DA 1APVE 1ZLFA 5P8CA 4Y3MA 4EYRA 3BGCA 1OEXA 2G24A 3UDNA 1BVEA 4K9HA 1U8GA 1TSQA 3SFCA 3SA7A 5P2EA 4Y5KA 1SGUA 4Q1NA 1JLDA 1QBSA 1OEWA 2ZJHA 1OHRA 5P03A 5P42A 4L7JA 4BFBA 1AAQA 4Y54A 2Q15A 2QI5A 5P56A 4DJWA 3QN8A 1HHPA 5P8LA 1IIQA 3DK1A 5P1RA 5P6JA 2NNKA 5P24A 5P6HA 3ZMGA 2IEOA 2WJOA 5P17A 4I0FA 5HDZA 3IN4A 3KDDA 5SY3A 2I4UA 2PWRA 4DQEA 1MT7A 2ZYEA 4R91A 5JFPA 5IVSA 3CMSA 1RV7A 4KB9A 2F3KA 4Y4WA 4LC7A 5P2HA 2R5PA 6UPJA 1FB7A 1YTIA 3TOFA 2NXLA 5OZNA 4Y4ZA 3QS1A 4YDGA 2SAMA 5OZTA 2QMPA 2F80A 2WF1A 1D4HA 1ODWA 2RKFA 5KOQA 1FQ7A 5P82A 4OD9A 4Y3DA 4XX4A 5P7FA 1AVFA 1M0BA 1PROA 4H3IA 4TVGA 1FLHA 3IVIA 3L5FA 5P64A 3NU3A 5OZ7A 3Q5HA 4F74A 5P2KA 3GGVA 3B80A 3CKRA 3NDTA 1J71A 3EM3A 2B8LA 3L58A 4ZSMA 2PWCA 3ZPTA 4Y3LA 5DR0A 2IGYA 5P10A 5CLMA 1HBVA 5P8MA 1EPNE 4B72A 3UDPA 2PSGA 2WKZA 3AUPA 3PSGA 2FXEA 3APPA 5ER2E 3QVCA 5P02A 4L1AA 1K2BA 4OC6B 4Y3HA 3D1ZA 5AHAA 5OZHA 3UQUA 5APRE 3CKTA 5P2XA 3WZ7A 1T7JA 3OHHA 5P3PA 3JVWA 5P2OA 1ZSRA 2H6TA 3UPJA 1YTHA 2ZHTA 2BKSA 5P3EA 4YD7A 4APRE 5P45A 5P5EA 2FLEA 3DUYA 4F73A 4EJDA 1FF0C 5P4LA 2VKMA 3EL5A 1K6TA 3NXEA 2G1SA 2ANLA 3OADA 4FM6A 4NJTA 1SIPA 3PBZA 5P61A 1W51A 4EXGA 5DQ1A 1FG8C 3A2OA 5OZSA 4Y4UA 4DJQA 1B11A 2WEZA 5P5GA 1UH9A 2QU3A 2BJUA 3LZUA 1HTRB 1DMPA 2AODA 4RLDA 3CIDA 4DQFA 5P0WA 1IZEA 1XN3A 5P7SA 3EKXA 3SLZA 2B7ZA 4PPHA 5P09A 1CPIA 3R4BA 3INHA 1DPJA 2G69A 1GKTA 5P8NA 1EPRE 4DFGA 4RROA 5P5CA 4Q5MA 1NH0A 3UDYA 2QNNA 5P7GA 3L5DA 2G27A 3VF5A 1B6MA 3EKPA 1E81E 3INEA 3PHVA 3KDBA 4XXSA 3ZKMA 4YCKA 5P5QA 4L7GA 4NJVA 4Y5CA 1HVKA 5P5RA 5P3YA 1QRPE 4Y3FA 3OY4A 4Y48A 4Y5MA 4IVSA 3PCWA 4I0JA 5P5MA 5P2GA 4EQ0A 5P3NA 2I4VA 3QAAA 1BBSA 1SMEA 4COEA 1YTJA 2A4FA 2OHLA 3BC4A 5P1GA 4DQGA 2I4WA 5P2IA 1BDLA 4Y50A 3OQAA 5P20A 4RCEA 3EMYA 3EKTA 3EM6A 3KT2A 5PEPA 2QI0A 5P5SA 5P37A 4YD5A 3S85A 4Y43A 5J25A 4BELA 2F3FA 5P2BA 3OU4B 3M9FA 4YCTA 4I0DA 2Q55A 4DJYA 5P7EA 2EWYA 2NMZA 5P7XA 3JW2A 1YTGA 4Y3EA 3O99A 4Y53A 3TOHA 7HVPA 2Q3KA 4I8ZA 4RYCA 1D4JA 3R1GB 5CONA 5P1FA 3PWRA 4ER2E 5P59A 4J55A 3O9HA 5P2JA 5P4RA 5P3IA 3S2OA 2O4NA 1HVHA 5SY2A 1TQFA 1SMRA 3QP0A 4LXKA 5P88A 3RVIA 5HE4A 4DV9A 3EM4A 2UXZA 5COKA 2NTRA 5HCOA 1PSOE 1HRNA 3ZLQA 1XN2A 5P0EA 5P6IA 2P8HA 4JOOA 4YE3A 1E82E 4EHCA 1GNMA 5DGUA 1UPJA 1EPPE 2NPHA 5P58A 3N3IA 5OZ5A 1A30A 3K5DA 5P5YA 1DP5A 1SDUA 4Y4EA 4GJ8A 4DJRA 4KUPA 4J0ZA 3PWWA 2UY0A 3HZCA 5P23A 2R3TA 5OYTA 1B6LA 4IVTA 5P4VA 4CPWA 5P60A 4HLAA 3UDJA 1Q9PA 4J1HA 5P6FA 1IBQA 3VFAA 1APUE 1IZDA 1HEGE 4GJDA 5P8EA 2QNQA 4DJUA 3O9LB 3LIZA 2MIPA 5P5XA 2ZDZA 3SM2A 4FGXA 5P7CA 5P8PA 5OZEA 3PLLA 3UDMA 5P11A 4B78A 5P53A 4Y3TA 2AOHA 5DR1A 4EPJA 2IKOA 5DPZA 1LZQA 2R38A 4HZTA 4B77A 3UDRA 3OUAA 4DPFA 2JYSA 3OOZA 5P6OA 2HAHA 1EC1A 1MVPA 3D3TA 3AIDA 1BDRA 4JPEA 3I25A 1BV7A 5P76A 3O9GA 1W5XA 5P6AA 5OZ8A 5OZIA 5OZYA 1AZ5A 3OADB 2FIVA 3VUCA 3EKYA 3FNUA 5P2TA 2OHUA 1MSMA 3FNSA 3KMYA 5I3XA 5ENKA 5SZ9A 5P6NA 3BRAA 5P2ZA 1M4HA 3QRVA 1HVRA 1T7IA 2IKUA 3VCMA 4AA8A 4B1CA 4K4RA 5P5UA 1MERA 5OYUA 1ZJ7A 4R95A 3VSXA 4ACXA 4GB2A 3FIVA 3LNKA 5HVPA 3BXRA 5JODA 4CP7A 1XDHA 2IS0A 3BXSA 1F34A 3S7MA 5AH6A 5P5VA 3PBDA 3O9EA 4D88A 3BUFA 4I0HA 1HPXA 5JFUA 1HWRA 4DJOA 3TLHA 2RSPA 5P57A 3GI5A 5P8IA 5P3DA 5P16A 4OC6A 5HE7A 4DH6A 1HPVA 4HEGA 3INFA 1LV1A 2PQZA 3QRMA 1YT9A 2JXRA 4ER1E 1B5FB 3LITA 2HM1A 5P1ZA 3ECGA 5ISJA 3PRSA 1EBKC 5P71A 3UCBA 5AH7A 2QD6A 2VA6A 1LYWA 1RL8A 5AHCA 5DR8A 3OQKA 3PI5A 5P6TA 4QJ8A 4ZPEA 3KFNA 1GVTA 5P1YA 3OWNA 5P2LA 4YOAA 5OZGA 2PC0A 3R0WA 3K5GA 4Y45A 1K1TA 5P00A 3GI0A 5P1HA 3D20A 3G72A 1SP5A 3UHLA 1FQ6A 1ER8E 4Q1XA 3EKWA 5P7BA 2QI4A 4PZXA 4J0VA 5P5PA 1GVWA 3VEUA 3VLBA 1ZTZA 4APEA 5P2QA 2WF3A 2J9KA 3VYFA 1ZP8A 5UPJA 2ZHVA 5OZCA 3L5EA 1PPKE 1C6ZA 4RVIA 2R9BA 4MC9A 2AZ9A 5P46A 2V0ZC 5FIVA 3S43A 2RMPA 3NUJA 1EC0A 3DM6A 4Y56A 3VF3A 2AVVA 3U71A 3OTYA 1E5OE 3OUBA 5P6PA 3SM1A 2Q63A 5P6WA 5DR3A 2V12C 5B18A 5P7VA 1FFIC 2ER6E 3URLA 3PMUA 2AIDA 3CYXA 4Y4AA 2QZKA 3PGIA 5AH9A 3R0YA 1PSAA 5P1NA 4NPUA 5P3AA 5KQZA 3DV1A 4DI2A 3UF3A 2NNPA 5P5HA 2QNPA 4F75A 2HPEA 4YOBA 5P8QA 4B70A 3K1WA 3VSWA 4MC2A 1W5VA 2QHYA 5OZVA 2UPJA 4RRSA 4E43A 1BWBA 5DQ5A 5P84A 1MTRA 2B42A 3UTLA 3EC0A 3OU4A 5P75A 5P6VA 2G1RA 5P1KA 4QLHA 4Y3YA 3S7LA 4D89A 5BWYA 4Y3NA 1WKRA 5IVRA 4FAEA 1HTGA 2F81A 2PH8A 2I0AA 2ZJLA 4TRYA 5P13A 5P2VA 6APRE 4JP9A 4RVJA 3Q6YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VYD A;  3H0B A;  4OBK A;  3B7V A;  1LS5 A;  4I8W A;  1M43 A;  5P6E A;  2FXD A;  1DAZ C;  5P1S A;  5P0A A;  3KFS A;  3MXD A;  1XS7 D;  5P8A A;  3SA3 A;  2QK5 A;  4XKX A;  3MSK A;  4CPS A;  5P2U A;  5T4S A;  5OZR A;  5P3W A;  1FIV A;  5P5B A;  5OYS A;  2PYM A;  1T6G A;  2ZHU A;  3OAG B;  3OXW A;  1EPM E;  5C9F A;  3NU6 A;  4PYV A;  3OUD A;  4FRS A;  2XYE A;  4Y5E A;  5P3V A;  4X2L A;  1AJX A;  1MT8 A;  5P4F A;  4CPU A;  3IN3 A;  3ZKN A;  1G0V A;  2NR6 A;  3CYW A;  5P1X A;  5OYW A;  4DQB A;  1LYA B;  4Y3R A;  5P0B A;  5KQX A;  4ZEA A;  1FG6 C;  5P1W A;  5P87 A;  2XFJ A;  2APR A;  4RRN A;  5OYR A;  3SKG A;  1EPO E;  3K4V C;  3CIC A;  5P6B A;  5P4N A;  1ME6 A;  5IVT A;  5P2Y A;  3S8I A;  5OYX A;  2AOI A;  3GW5 A;  5P0I A;  2HS2 A;  3EL1 A;  5I70 A;  5BRY A;  1MRX A;  1VIJ A;  3I7E A;  4Z4X A;  2G26 A;  5P8U A;  4Y3W A;  1IZH A;  4LXM A;  4N00 A;  3SO9 A;  4FE6 A;  5AHB A;  4J1K A;  1SBG A;  4NPT A;  5OZ9 A;  1CZI E;  3GI4 A;  5P2C A;  4L6B A;  2OHR A;  3K5F A;  3TKG A;  3TPP A;  1LF4 A;  3NU9 A;  4YD4 A;  1AM5 A;  3EKQ A;  2QD7 A;  5P8V A;  1W5W A;  1RPI A;  4J0P A;  1TCW A;  4OBJ A;  2QMG A;  4I1C A;  4A6B A;  1T7K A;  2J9J A;  4PEP A;  5DQ4 A;  1WBM A;  1SGZ A;  2G1O A;  3KN0 A;  5P48 A;  3LPK A;  5P41 A;  5P1O A;  2IEN A;  5P62 A;  1TCX A;  3R2F A;  3URI A;  4Q1Y A;  5P0R A;  2ER9 E;  2FS4 A;  3KDC A;  4LAP A;  3LIN A;  4ZE6 A;  5HDU A;  1XE6 A;  3RSV A;  2PH6 A;  1BVG A;  3VG1 A;  5P6G A;  1QBT A;  3WB4 A;  1QDM A;  2XFK A;  1ENT E;  4AUC A;  5P7Q A;  1RNE A;  2I4X A;  3MWS A;  4FRI A;  1DW6 C;  3TOG A;  3O9B A;  4Z50 A;  5OZQ A;  3NR6 A;  5P3J A;  4YBI A;  1FQ8 A;  2OHQ A;  4FM7 A;  1GVU A;  2OHN A;  5OZF A;  5P70 A;  2R5Q A;  5P06 A;  4I0I A;  5P43 A;  5P0J A;  1B6J A;  5P66 A;  2PYN A;  4EWO A;  2NXM A;  3IAW A;  5P4B A;  5P0H A;  3OXV A;  5P8O A;  3WB5 A;  3EKV A;  2ZJK A;  4CPX A;  5P4W A;  3TNE A;  4EQJ A;  5P3C A;  5OZL A;  5P6Z A;  5P36 A;  3KA2 A;  5DQC A;  4RGH A;  2G21 A;  4LBT A;  4OD9 B;  1NSO A;  3O9A A;  4HDP A;  3T7P A;  1QBR A;  1ODY A;  2V13 A;  4Y5L A;  2Q11 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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