4FS4A

Structure of bace bound to (s)-4-(3'-methoxy-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-1,4-dimethyl-6-oxotetrahydropyrimidin-2(1h)-iminium
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title A Potent and Orally Efficacious, Hydroxyethylamine-Based Inhibitor of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fs4A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fs4A02
3OHHA 3EKPA 3BXSA 4TVGA 5I3YA 4YD7A 3QRMA 4L6BA 4NKKA 2ER6E 1FEJC 1A30A 5OZHA 4H3FA 3UDQA 3IXJA 4ZPEA 4J1CA 2P3CA 4RVXA 3ZOVA 3K4VA 2ASIA 2OHRA 4GJAA 5P39A 1HSHA 3BXRA 2VA6A 1FB7A 3L59A 4Y3DA 3LHGA 2P3BA 5P85A 4RRSA 5P3AA 8HVPA 1AJVA 2QMDA 4Y3SA 3ZPTA 3PBDA 1K6PA 5OZDA 3L5BA 3ZPSA 4ZLSA 1YTHA 5P5ZA 5OZPA 5P3VA 5P75A 5IVSA 3MSKA 4ZSPA 5P0LA 5P51A 1AM5A 1HIIA 2MIPA 3OAGB 3UDJA 4JPCA 3S8IA 2P3DA 3TL9A 2P3AA 3OOTA 2WEZA 5P5DA 1MEUA 3LITA 5OZ6A 5P13A 4LL3A 3IAWA 1MSNA 1PPME 4CPTA 4BFBA 1IZDA 2V12C 2BPXA 3FSMA 6UPJA 4AMTA 5C9DA 4EJKA 3L3AA 5P0HA 5P37A 2B7ZA 2VIJA 5P28A 1D4KA 4HEGA 3TOHA 3OUCA 1HVIA 3EKVA 5P2HA 3L5FA 4Y3EA 3TPLA 3OWNA 4FRIA 2BPZA 3OUAA 1HVKA 3QS1A 4EJ8A 2AOEA 1ENTE 5COPA 3GI5A 2QAKA 1SMRA 2AOGA 2HM1A 4I8ZA 4DH6A 4DJPA 1RL8A 5SXNA 5P8DA 2R3TA 3DV1A 3ZKGA 1TQFA 4Y36A 2G22A 4N00A 3OTYA 3R0YA 4A6BA 1MRXA 1HXBA 4LXKA 5P27A 4Q1XA 1RPIA 3OAGA 5P60A 5P10A 2IKUA 4YBIA 3SAAA 5P56A 4Y3QA 3B80A 5HE4A 5OYSA 2OHMA 1BV9A 1YG9A 5KR1A 5ENKA 4Y47A 5B18A 4F74A 1FMBA 2EWYA 2QI5A 2QMGA 2XFJA 5OZ4A 5HU0A 4DV9A 2PSVA 4PZWA 5P2RA 4EP2A 5P1UA 1B5FB 3SKGA 5P8QA 1MESA 1E5OE 6FIVA 5FIVA 5P16A 1E82E 3KT5A 2Q11A 3KMXA 5P73A 5OZZA 5P2OA 1CZIE 2OF0A 1MIQA 5P4OA 3FX5A 5P8NA 1HPOA 3S7MA 5I3XA 2G27A 2G21A 4ER4E 1MT7A 2AQUA 5P4CA 4ZEAA 1IIQA 4EQ0A 2R5PA 4OBZA 5OZEA 2XFIA 1IZIA 2IQGA 5P61A 4R91A 2OHTA 1MPPA 5P06A 1IZHA 2QU2A 3OK9A 3PI5A 2H6TA 3PWMA 5P6WA 4BEKA 3O9HA 4ZSQA 1FG6C 5P6JA 2G26A 4B00A 2WL0A 5P5XA 4FSEA 1K6CA 5P1KA 2QHCA 1M0BA 5ER2E 1NPWA 1IDAA 4Y3YA 5P0QA 5P8IA 4Y4WA 1B5FA 3VYFA 2V10C 5P46A 5P6LA 3DOXA 5EZXA 3D91A 4AUCA 5P8JA 3K4VC 4WY1A 1AJXA 5P4NA 5P4TA 3WZ7A 1YTIA 3LPKA 5P8MA 3S43A 4Y3ZA 3VFBA 5P08A 1A8GA 1HVLA 3GI4A 5P7XA 1BVEA 1KJHA 1TSQA 3WB5A 4YCKA 3EKWA 3NUOA 3BRAA 5P8PA 2UY0A 4LAPA 5P3UA 2Q55A 1OEXA 3IGBA 3QROA 4FLGA 4Y5CA 1QBTA 1SP5A 2IL2A 2QMPA 5P2GA 4B1EA 1NSOA 1K1UA 5P00A 1YTGA 5P2SA 5P1EA 4GMIA 1D4HA 2RSPA 3R4BA 4PPHA 4CP7A 5P5LA 3PCWA 2QCIA 3EC0A 3OUBA 1G2KA 5P7AA 1EEDP 5P5GA 3TKGA 3I25A 3WZ6A 5P7FA 3GGAA 3NU5A 3LIVA 3IXOA 3FNSA 5P5RA 5P0FA 4Y3HA 3S56A 1Z8CA 5P2NA 4J0VA 3ZKNA 1FQ6A 3PWRA 2G1SA 3PWWA 5P26A 2WF4A 5P22A 4F73A 4GJ7A 3CKTA 5P6VA 3SA6A 2OHUA 5P6ZA 5HVPA 3EKTA 1J71A 3OQDA 4EYRA 3EMYA 2VJ9A 5I3WA 3O9BA 4Y4GA 4Y44A 3SA9A 1ZSFA 1FQXA 4ER2E 1OHRA 5P62A 5EZZA 4H3GA 5P47A 3KN0A 5P3GA 5P6IA 4MC2A 1PSAA 5P4VA 1MT9A 4NJSA 3EKQA 4FS4A 2J9JB 4JECA 5P0DA 4Y3FA 5AH6A 5P64A 5P2VA 2RENA 3CICA 1UPJA 5P5BA 5P07A 5P18A 3KDCA 3OGPA 5OZ5A 3TPPA 4HVPA 2Q54A 3KFNA 3CIBA 3PM4A 3VF7A 2ER7E 4Y5NA 4GZFA 4Y5KA 4RVIA 2QU3A 4DJWA 2WF3A 3ZMGA 5P7TA 1FG8C 3BVAA 3BGCA 3T6IA 4IVSA 1MT8A 2P4JA 2ZE1A 5P7DA 5SZ9A 1NPVA 4FM8A 2NPHA 2FNSA 4R92A 2J9JA 2G20A 1LV1A 5P6CA 3R1GB 3UCBA 1LF2A 1TCXA 5OYVA 1HVHA 3OXVA 1DIFA 3IVIA 3I8WA 2OHNA 4DQCA 3O9IA 3OQFA 1BXQA 3UHLA 5P5CA 4Y5EA 5P6HA 5P3XA 3VYDA 1KJ7A 4NJTA 3UDYA 4H3IA 2O4KA 1YM2A 3OXXA 4YA8A 3O9FA 5OZFA 5P6TA 2G94A 5OZRA 1UH9A 2I4XA 4Y37A 4D83A 1ZLFA 5P3FA 5IVRA 5P03A 4YE3A 5P2TA 5P3DA 1YT9A 5P5VA 5P7MA 3FNTA 2WF0A 1EPPE 5DR0A 5P0ZA 1ZSRA 1DW6C 1T6GA 2OHKA 1SDUA 3S45A 5OZOA 5P2JA 1SH9A 1FKNA 1EBKC 3NYGA 5P4RA 3IN4A 2PH6A 4K8SA 4ZSMA 5P7UA 1MTBA 3NDWA 5P0RA 1T7KA 5P3LA 1N49A 2FS4A 2ZDZA 5OZMA 3KMYA 3EM3A 4Y4DA 1UH7A 4R95A 5KR0A 5OZJA 5P3RA 3KDDA 5P1HA 4ZPGA 4FM6A 5P0SA 5P79A 5P8UA 4I0ZA 3PJ6A 5HDVA 3CKPA 2IRZA 4PEPA 5P2IA 2I0DA 4YD5A 4I0HA 5OYYA 4DJVA 1VIKA 5P04A 5BS4A 5JG1A 5P2KA 3OXCA 4Q1YA 5KR8A 2QNQA 2J9KA 2IEOA 5P3IA 5P0TA 2HIZA 3NLSA 2R43A 5P1OA 1MUIA 1E80E 4CMSA 4YOBA 2NXLA 5P1PA 4MC1A 2B42A 2R3WA 5P82A 4EXHA 5OZNA 3ZL7A 1LYBB 5P29A 2PK6A 2V11C 4H1EA 4J17A 5HCOA 1SGUA 2QI7A 1NPAA 1D4IA 4PYVA 2OHSA 4NJVA 5P6NA 4LXMA 1EPOE 3HBOA 3TTPA 4OBGA 4FAEA 3LZYA 2B60A 4FRKA 5P34A 5IVQA 3QRSA 5P1MA 3NDXA 5DR1A 2AOJA 1NH0A 4DJQA 1ME6A 3S85A 3IXKA 2FMBA 4Y3NA 2WKZA 5P63A 4JPEA 1C6YA 3L5EA 2CEMA 3WB4A 3DCRA 5P2YA 3Q4BA 4Y3GA 3GGUA 1A8KA 1HOSA 1C6XA 2F8GA 2QMFA 4KE0A 4A6CA 2IS0A 2V13A 5P0KA 5P3NA 2HS2A 4B70A 2PK5A 3NU6A 1DMPA 1LS5A 4XX3A 3EL9A 3K1WA 5P01A 5JFUA 5P1WA 2FDDA 3EBZA 1GNNA 3NDUA 3Q5HA 5P0AA 3LINA 5P69A 5P4IA 4X2LA 9HVPA 5P58A 5P7SA 4QJAA 3VCMA 5P67A 4DQEA 5DR3A 3RSXA 1C6ZA 4F75A 3PI0A 5P2FA 5P4FA 3PSGA 4Y57A 5UPJA 5P4SA 5P8FA 3BUHA 3PB5A 1HEGE 3GGXA 4I0FA 7HVPA 4Y48A 2IGYA 2RMPA 3TPJA 5P4AA 1QS8A 5OZ0A 1HSGA 3G70A 1SIVA 2Z54A 5P4HA 5P33A 5P4KA 4DUSA 3ZKIA 1EPRE 3NU3A 3HAUA 5P7OA 3MWSA 4I0JA 3JW2A 3VYEA 4FSLA 1FMUA 4Y5AA 1DPJA 4Y3AA 1VIJA 5P3EA 2QZWA 4Y4TA 5APRE 3SFCA 4I0GA 5OZLA 3EL0A 2G1NA 3ZKSA 3OADB 1ZAPA 5P5WA 3RTHA 5DQCA 1BWAA 4NPTA 4NJUA 4Y3RA 5P0JA 5P8RA 5OZ3A 1BXOA 5HTZA 1PSNA 2BPWA 5OZTA 3S7LA 2R9BA 5OYWA 2ZJKA 5P2QA 4Y3WA 4LXAA 3D1YA 1GVVA 2O4SA 3EL5A 1W50A 5P5JA 1HBVA 1QBSA 3VV8A 5P43A 4D85A 2ZJMA 5P1XA 1SDVA 2F3KA 5DQ2A 5ISKA 4D89A 3UDKA 1CPIA 2OHPA 3FIVA 4CKUA 3NWXA 4EXGA 1EPNE 4DJYA 3VLBA 3D3TA 5P5MA 3SA3A 5P36A 4KE1A 5P15A 2PMAA 3GI0A 1IVPA 2FGVA 2OHQA 3PRSA 3OADA 5P2LA 3MXEA 3SABA 4LBTA 5JFPA 3VF5A 5P3JA 1EBZA 4DI2A 4J0ZA 1IDBA 3CMSA 4GYEA 2VJ6A 1AXAA 1W5VA 1T6EX 4FL8A 3DJKA 4E43A 2Z4OA 1GNOA 2P83A 1B6PA 3TNEA 4EJLA 1RNEA 5P38A 1G6LA 3NXEA 4RROA 4LC7A 4EHCA 1B6JA 2G24A 2O40A 5OZ1A 3ZLQA 5P7QA 5T4SA 3HW1A 3ER3E 4J55A 4JOOA 4QJ6A 4B1DA 1HIVA 3BVBA 5P4MA 1EBWA 3MXDA 5P7HA 2B7FA 2G1RA 2AOCA 1BDQA 1LF4A 2HC0A 3R0WA 3LIZA 3RTMA 3ECGA 4I12A 2QD8A 4CPQA 3HLOA 3NU9A 3LNKA 1D4YA 4U7QA 1K1TA 2PYNA 2VNMA 5P7CA 5P7LA 3F9QA 5P8OA 4DQGA 1B6KA 1LYWB 5P12A 1CMSA 1D4SA 3C9XA 2HS1A 1XS7D 3OU1B 3OOZA 4Y4AA 2WECA 3OGQA 2NNPA 5P86A 3L5DA 4UPJA 3D20A 3UFNA 5P54A 4YCYA 5P5PA 3U7SA 1UH8A 4HZTA 1EAGA 3FV3A 5P25A 2IKOA 3OU4B 4YCTA 1EPQE 2QZXA 2BKTA 5P6RA 5P8HA 2OAHA 3O9EA 4Y38A 1TCWA 1LYAB 4OBFA 3URIA 5AHCA 5OZBA 3T7PA 1FQ5A 2I0AA 3D1XA 4J1IA 1PSOE 5P1SA 3HVGA 2WEDA 5P24A 3DCKA 2AZCA 4D88A 5OZIA 1Q9PA 5PEPA 1HIHA 5P4UA 1KJFA 2FGUA 3O9CA 3D1ZA 1LYWA 3VEUA 1HTEA 2PWRA 3OU1A 3UDNA 4RZ1A 1B6MA 2F81A 3SQFA 3PMYA 4I0EA 2HAHA 2V0ZC 4OD9B 4OBHA 3KFPA 5P6SA 4Y3JA 1XE6A 2NTRA 5P80A 3A2OA 1HPVA 3TH9A 4BELA 3UQXA 1FMXA 5OZ8A 2ZHSA 5OZUA 5KOSA 4Q1NA 2AVMA 3OU4A 3RU1A 5SY3A 3ZPUA 1BAIA 3TLHA 4ZSRA 4K4QA 4Y3MA 3VFAA 4CPRA 3NXNA 5P0VA 5DQ4A 3TPRA 3EL1A 5P5SA 3CIDA 1K6TA 5P0GA 2HB4A 5DQ1A 5P83A 5C9BA 4M8XA 1C70A 1YTJA 5P76A 1HXWA 3VSXA 3H0BA 2BKSA 1W5XA 2AZBA 3N3IA 5P5AA 3MSJA 1BDRA 1IVQA 2ER0E 1AVFA 4K4PA 5OZVA 5AH9A 3TKWA 4Y4XA 1W5WA 2G1YA 1F34A 1T7JA 2IENA 3TOFA 3AUPA 2BBBA 4JP9A 4Y3PA 5P1LA 5P77A 2JE4A 5AHAA 4GIDA 2ANLA 4GJ6A 4GJ8A 5P72A 5P6EA 2JJJA 3O9GA 2RKFA 4DVFA 1FQ8A 5OYXA 3BUFA 5BRYA 5P05A 3NU4A 3OQAA 5P3CA 3NR6A 5P6KA 4ZPFA 5P1CA 4YHQA 4Y43A 1FFFC 3MSLA 1SMEA 2Q3KA 4K4RA 3L38A 3T11A 5DR8A 3QP0A 5OZAA 3T3CA 5IS4A 2FXEA 3VV6A 5P17A 3INEA 2JJIA 5P4EA 3UTLA 5P7BA 1EC2A 3Q6YA 1EPME 2Q64A 2VKMA 4Y4BA 2QI1A 2HB3A 1QBUA 1MVPA 2WEAA 5P8GA 5P6FA 2O4PA 5HDZA 2O4NA 3DK1A 3PSUA 4HDFA 5P3OA 3SA8A 1GNMA 5AH8A 3DUYA 5P2CA 5P57A 3PLLA 4FAFA 4Y4ZA 5HU1A 4YBFA 4B77A 1B6LA 2RKGA 3HAWA 1GKTA 2JYSA 4CPWA 5P1GA 1T7IA 4EQJA 5P4LA 2A4FA 3LPJA 5P7JA 5P88A 4A4QA 4L7JA 4EP3A 5C9FA 4I11A 3BGBA 5P0UA 5P3SA 3SA7A 1U8GA 1HVCA 3HZCA 2AODA 5P40A 5COOA 5P59A 3HD8A 4RLDA 5P1BA 1HVRA 2NMZA 3ST5A 3QIHA 3M9FA 2BB9A 4Y6MA 5DQ5A 4RVJA 3BHEA 1FFIC 2FIVA 3UFLA 4FRJA 1PPLE 5P49A 3G72A 4PZXA 5P5OA 5E5JA 4DJXA 2P8HA 5TOLA 2QD7A 2R5QA 2ER9E 3WZ8A 4J54A 2B8LA 1W5YA 3KT2A 1MTRA 5P6BA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OHH A;  3EKP A;  3BXS A;  4TVG A;  5I3Y A;  4YD7 A;  3QRM A;  4L6B A;  4NKK A;  2ER6 E;  1FEJ C;  1A30 A;  5OZH A;  4H3F A;  3UDQ A;  3IXJ A;  4ZPE A;  4J1C A;  2P3C A;  4RVX A;  3ZOV A;  3K4V A;  2ASI A;  2OHR A;  4GJA A;  5P39 A;  1HSH A;  3BXR A;  2VA6 A;  1FB7 A;  3L59 A;  4Y3D A;  3LHG A;  2P3B A;  5P85 A;  4RRS A;  5P3A A;  8HVP A;  1AJV A;  2QMD A;  4Y3S A;  3ZPT A;  3PBD A;  1K6P A;  5OZD A;  3L5B A;  3ZPS A;  4ZLS A;  1YTH A;  5P5Z A;  5OZP A;  5P3V A;  5P75 A;  5IVS A;  3MSK A;  4ZSP A;  5P0L A;  5P51 A;  1AM5 A;  1HII A;  2MIP A;  3OAG B;  3UDJ A;  4JPC A;  3S8I A;  2P3D A;  3TL9 A;  2P3A A;  3OOT A;  2WEZ A;  5P5D A;  1MEU A;  3LIT A;  5OZ6 A;  5P13 A;  4LL3 A;  3IAW A;  1MSN A;  1PPM E;  4CPT A;  4BFB A;  1IZD A;  2V12 C;  2BPX A;  3FSM A;  6UPJ A;  4AMT A;  5C9D A;  4EJK A;  3L3A A;  5P0H A;  5P37 A;  2B7Z A;  2VIJ A;  5P28 A;  1D4K A;  4HEG A;  3TOH A;  3OUC A;  1HVI A;  3EKV A;  5P2H A;  3L5F A;  4Y3E A;  3TPL A;  3OWN A;  4FRI A;  2BPZ A;  3OUA A;  1HVK A;  3QS1 A;  4EJ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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