3OTSA

Mdr769 hiv-1 protease complexed with ma/ca hepta-peptide
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPANVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords Multi-drug resistant HIV-1 protease
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3otsA00
5P7CA 1HIHA 1W5VA 1HPVA 1IDBA 2CENA 3PMYA 1AJVA 2WKZA 5P7IA 2ZJJA 2QZKA 4EP2A 3KT2A 5P6HA 3HDKA 3PSGA 1FGCC 5P4BA 3LIQA 5AH8A 1RNEA 3MXDA 1FQ5A 3QBFA 5P79A 3OQDA 3KDBA 5P20A 2VIZA 4Y58A 3ER3E 2QU3A 1EBYA 3WZ6A 1IBQA 3S43B 2VKMA 3F9QA 4RYCA 3NU9A 1DAZC 2R43A 3NDWA 1D4YA 3BGBA 4NPTA 3KMXA 4Q1WA 3S53A 5P62A 2ZJKA 3OAGB 3BUHA 5P3WA 3LINA 5P2XA 2P3AA 1BV9A 1EBZA 2QI4A 5OZ9A 3HAUA 2P3BA 2JJJA 1GVTA 1EPNE 1A8GA 4QJ7A 3EL4A 1LZQA 5OZGA 2RKFA 3OXWA 3VF5A 1B5FB 5OZJA 4I12A 1T7IA 3I2LA 2NPHA 4S1GA 5P28A 4I0ZA 5P3TA 2I4QA 4LBTA 5OZRA 4ACUA 5P1OA 3L38A 4XXSA 1HSHA 1FB7A 5P3FA 2QI0A 3OXCA 3QPJA 4JPCA 1A30A 5OZMA 1SIVA 4U7VA 3INDA 5P1MA 1BWAA 5P6SA 5P5EA 3MSJA 3PSYA 3LZVA 3VEUA 2APRA 3BVBA 3R4BA 5P6OA 3PI0A 5P2SA 4NJTA 3DOXA 3LIYA 1YM4A 4ER4E 1GVUA 1K2CA 1E80E 5P0CA 3RSVA 1EPLE 4K4QA 5P1IA 4J0PA 4Y3JA 5P1VA 3KMYA 1AM5A 4LAPA 2AOIA 2RMPA 3LZYA 3D20A 1HVLA 4Y3WA 5OYZA 5P13A 5P2MA 5KR8A 2VNNA 3RTMA 1Q9PA 2O4SA 5P63A 4EJ8A 4BFBA 1MESA 3TPPA 4EJLA 5T4SA 2PQZA 1ZTZA 2WEZA 5OZLA 1HPOA 4LXKA 4L7GA 2QCIA 1BDQA 5P2TA 5P5CA 3APRE 5P76A 3CMSA 3PCZA 3VSWA 5P78A 4CPQA 5P6MA 3D1YA 6FIVA 4LXAA 2RSPA 2AIDA 4Y38A 5I3XA 2IKOA 2ZHUA 1BXOA 2QMPA 4GJ9A 5HCOA 5P7DA 3URIA 5DR8A 4Y3YA 3ECGA 3U7SA 5P6FA 5P3GA 2AOFA 4J0ZA 4B70A 1IVQA 1MTRA 5P33A 5SY3A 5OZFA 5P48A 4DJRA 1CMSA 4DJPA 2ASIA 1XL2A 3ZKQA 1ODXA 1ZPAA 3VYDA 3TOHA 5P8HA 3R0YA 5P61A 4DJUA 5COPA 4R93A 4R91A 4B1CA 1PPME 1Z8CA 3EM4A 2P3DA 5P89A 4Y4AA 2ZJIA 1MTBA 1N49A 5PEPA 5P3AA 2VS2A 3PBDA 1YG9A 5P8EA 2QZWA 5OYRA 5P6JA 4ER2E 5OZ1A 3T7QA 2PWCA 5P1FA 5OZHA 3VCMA 3RTNA 1EC3A 2ER6E 3CYWA 2J9KA 5DQCA 2R3TA 4L7HA 3WSJA 3PMUA 3UQUA 1TCXA 4Q1XA 5P7VA 3UDHA 2ZJNA 1G2KA 3KT5A 2AODA 2QI3A 5P0TA 4K4RA 3OOZA 5P07A 1LYBA 5OZEA 1HBVA 2NNPA 2FGUA 5P3BA 5P15A 6UPJA 1FQ6A 3SKGA 2IKUA 3NLSA 4Y4WA 5P5MA 4Z2ZA 5SZ9A 4I8WA 2HB4A 4PPHA 2AVMA 1KJHA 1KZKA 3PWRA 4L1AB 3DUYA 5P18A 4Z22A 4MC1A 5DR7A 3NU3A 3EKQA 2OHUA 3TPLA 3LPKA 3O9CA 2HAHA 1A8KA 3VYFA 2PYMA 3VV8A 1EBWA 1RL8A 2WEBA 3OGQA 5P6XA 2Q55A 3U6AA 5IVQA 2G27A 4NKKA 5P2KA 4OBZB 2AOCA 3H5BA 2XFKA 4OBFA 5HE7A 4X7IA 5JG1A 5P8UA 4DH6A 5P0MA 1YT9A 5OZAA 1CPIA 4DJXA 1C6YA 1ODYA 3SLZA 5P2HA 4GJ8A 2WL0A 4A6BA 1F7AA 2I0DA 5P67A 3I7EA 5P7MA 3QAAA 5P27A 4WY6A 2XYEA 4R92A 5P2LA 1LS5A 5P42A 5ISKA 5DQ4A 5EZXA 3OQFA 4DJOA 2J9JA 5OYWA 1W51A 1HVKA 1IDAA 2NXLA 1K6VA 2PMAA 1BXQA 5P4FA 4Y4GA 1FQ8A 3VSXA 3T7PA 3NU6A 3Q70A 2PH8A 4JECA 4FAFA 2JXRA 5P2VA 3KYRA 4Y44A 5P8MA 5P66A 3M9FA 3OUDB 1VIJA 4DFGA 5P5BA 4Y4JA 4DQCA 1B6KA 5P4OA 4DQEA 5P55A 3R1GB 5P86A 3BRAA 2Q54A 4Y4XA 4DQHA 3ZLQA 5P00A 2NXDA 5P5DA 5P57A 2WEDA 2FLEA 5P7NA 4TRYA 5OZUA 4CPXA 3QP0A 3SA3A 3K4VA 3D3TA 4LL3A 2BPXA 3VYEA 2B7ZA 2UPJA 4AA8A 2QAKA 3VF3A 4CPTA 1HVJA 5P3NA 2VIEA 2HPEA 1HVCA 1ZPKA 5OZDA 1HPXA 3CIBA 1LYWB 4YOBA 2QU2A 3SACA 3GGVA 5P80A 2WECA 2QI1A 4LP9A 2PSGA 4OBHA 1YM2A 5P87A 1ZP8A 5P17A 5P52A 1QBTA 2EWYA 5KQXA 1A9MA 1GVVA 5C9BA 2BPYA 5DQ1A 2BPZA 1G35A 2FDDA 4PHVA 5P4PA 5P73A 1VIKA 4NJVA 1FQ4A 1MPPA 1KJ7A 5P2JA 2QD7A 1QS8A 1YX9A 2PSVA 2R9BA 2ZGAA 2V00A 5KQFA 4Y5EA 3Q6YA 2O40A 5P0FA 1ZAPA 5OZYA 1E82E 1FQXA 5P7TA 1A94A 1IVPA 2WJOA 5P1SA 3QN8A 3OAGA 7UPJA 1DMPA 5P8IA 4B72A 2FGVA 3I6OA 1FIVA 5P14A 1HSIA 3ZMGA 3B7VA 4K8SA 1OEXA 5FIVA 5P0JA 4YD5A 5P6EA 2AVSA 2OHRA 3MWSA 5AHCA 5C9FA 1B5FA 3NDUA 2ANLA 2QNNA 4DQBA 5F00A 2Q63A 1GKTA 1AJXA 4ZLSA 1GNMA 2WF0A 2BKTA 1FEJC 3QROA 5COOA 3T11A 4D8CA 1W5XA 1HVSA 3NU4A 5P1NA 2FDEA 4DUSA 4A6CA 2AOJA 2HIZA 1PSOE 5P0PA 4I8ZA 2B42A 5P32A 3O9DA 3KFNA 3RVIA 1SGUA 1B6JA 4FSEA 3BUFA 1FKNA 2F81A 3HVPA 1ODWA 1EPQE 1EAGA 3KA2A 3PEPA 5P8JA 1KJFA 4YE3A 5HVPA 3FNUA 3L3AA 5P2UA 3OHHA 5P25A 4DQGA 5E5JA 3KFSA 1SDTA 1AZ5A 3G72A 5P3IA 3FX5A 2PSUA 3LIZA 3L5BA 5P1QA 1HHPA 2JYSA 3WB5A 2F3EA 5DR3A 5AGZA 1TSUA 2IS0A 1BVEA 3ZPSA 1RPIA 2FNSA 3UDMA 4PZXA 5P3CA 2XFIA 3D1XA 5P7LA 1GNOA 3VUCA 5P12A 5OZ5A 2QI5A 3PM4A 3EM3A 5P6UA 4NJUA 4FAEA 2G24A 4FRJA 5HE4A 4J1EA 1M43A 3LITA 3PWWA 3TLHA 3O9LB 2WF4A 3EKXA 2QNQA 5APRE 1MERA 2BJUA 5P8OA 4Y5AA 3VF7A 3ZKXA 4H3IA 1EEDP 3BC4A 4Y3LA 3CIDA 2V0ZC 4CMSA 2FMBA 3CKTA 4GJ6A 4YD7A 1MIQA 5P2BA 2WHHA 4Y48A 3KFPA 3GGUA 3TPRA 1GNNA 4H3JA 3JVYA 2G1NA 4ZEAA 5P1DA 5P16A 1JLDA 4Q1NA 5SXNA 4TVHA 5P5VA 5P03A 5P2YA 3ZPTA 2V11C 4H1EA 3SA5A 3DV5A 5OZBA 4EYRA 4Y53A 5P37A 5P50A 1WBKA 5BRYA 2AQUA 5P1ZA 2HB2A 4L7JA 1LEEA 5P3QA 2IDWA 3B80A 4EP3A 4OC6A 3LPJA 3Q5HA 2IEOA 3UQXA 1D4HA 3BXSA 2NMZA 3IVIA 4GYEA 4KUPA 2OHLA 2F3FA 5P2AA 1PPLE 2ZYEA 3DCKA 1PPKE 4RRSA 5P6DA 1QBSA 3OY4A 3EKTA 5P8AA 3O99A 5JFUA 5P05A 1HTGA 5OYXA 5OZWA 5HDVA 5P82A 4F76A 5P1EA 3SPKA 5P2OA 5OZ0A 3EKVA 3LNKA 3TL9A 3ZKSA 4BEKA 2P4JA 4WY1A 4Y3AA 1FMBA 4L1AA 3UF3A 3ST5A 4QJ8A 2I4WA 1LV1A 1BIMA 3IN3A 3QVIA 4B1DA 3UDJA 4GJ7A 5C9DA 1WKRA 1IZHA 3NXNA 4RRNA 3OQAA 4OBZA 5P4AA 5ENMA 5BWYA 5P6KA 4Y3EA 2G20A 3UCBA 1B6LA 1UPJA 4I0DA 2V10C 4Y3NA 5UPJA 2QHZA 1CZIE 5OYSA 3NU5A 3LZUA 5P2WA 1OEWA 2HS1A 3PGIA 4EJKA 5P0EA 4B77A 4Y3DA 3IVHA 4HEGA 4XX4A 5P10A 5P35A 3CICA 3UTLA 3NWQA 5DR1A 5HU0A 4Y5BA 4ZPGA 3SAAA 5P7QA 2QK5A 4XX3A 3KDCA 3VFBA 5P1YA 5OYTA 2JJIA 2NNKA 4BFDA 2BPVA 4ZSRA 1LYAA 3IGBA 5P0QA 4Z4XA 2B7FA 1QRPE 3O9GA 5P1GA 4DJYA 3NDTA 3OUDA 2WF1A 5ER2E 4F75A 5P5UA 1XN2A 5P2EA 4Y3MA 3VFAA 2A1EA 1HXWA 4EQ0A 3SFCA 5P46A 3S56A 5P45A 3QS1A 4HVPA 5P5YA 1APWE 5P8PA 3ZL7A 4Y57A 3OK9A 4U7QA 4GJAA 2AVQA 5P30A 1QDMA 6APRE 5DGWA 5P75A 3APPA 5COKA 4FL8A 1KJGA 5P6PA 5KR2A 2AZBA 5P1BA 4Y3TA 3UQWA 1PFZA 5P24A 5P2GA 2G22A 2AOEA 4Z50A 1KJ4A 3PVKA 3CKRA 3LPIA 3ZKNA 3K5DA 5P1CA 5P2FA 3GI6A 2QMFA 1W5WA 1LYWA 1D4JA 4ACXA 4RLDA 5P0KA 5P4JA 4AZYA 5P0SA 5P7EA 1Z1RA 5P22A 5P65A 2CEMA 5P2CA 1BVGA 1BAIA 5IE1A 1W6IA 4YDGA 5P7AA 5OZ7A 4Y56A 4WTUA 4Y41A 3S85A 4DVFA 5P77A 4M8XA 1G0VA 1XE5A 2F80A 5I3VA 4TRZA 3G6ZA 2F3KA 2QZLA 4Y3PA 3OXXA 1EPRE 2HB3A 5OZPA 3OTSA 1ZLFA 5ER1E 2BQVA 1QBUA 4M8YA 1DPJA 4FLGA 3INHA 5P29A 4RVJA 4Y5PA 1K2BA 2O4KA 4GJBA 1FMUA 2AOGA 5P8KA 3HLOA 2I4DA 4AMTA 2P3CA 5P3EA 3S2OA 3K5CA 3IA9A 2O4PA 3OWNA 5P84A 3VLBA 1MRXA 4PZWA 3O9FA 2QI7A 1B11A 4MC6A 2IGYA 3T7XA 3EKPA 1SIPA 4FM6A 3PJ6A 3MSKA 5KOSA 3HZCA 2OHPA 5P70A 4QLHA 1TQFA 2OHTA 4GIDA 4YD3A 5HDZA 1PSAA 3OU4B 3PLDA 5OZ6A 3ZPUA 2B8LA 5P04A 1AAQA 5OZOA 1HSGA 3EMYA 4Y51A 1IZEA 2FS4A 5P4YA 5P53A 5P1TA 4U8WA 4Y3RA 5P72A 4EWOA 1SDVA 3EL5A 5P6ZA 5P4GA 5OZ3A 2QMGA 1SP5A 3EBZA 3A2OA 2Z4OA 3UDQA 5P7HA 3VLAA 1T6GA 4Y4EA 4Y5KA 5P1HA 3RU1A 1ME6A 3URLA 5P4DA 5P7OA 5P8VA 4IVSA 4Y4ZA 5P8CA 5P5AA 2ZDZA 2ZHVA 4QJ2A 3FNTA 2QZXA 4RYGA 5P59A 3KN0A 2IENA 5BS4A 1FF0C 4TRWA 2R38A 5P6QA 3IN4A 3Q4BA 3T3CA 3U71A 4HDBA 5P8NA 1SBGA 2B60A 3FKTA 1META 5P0HA 2MIPA 5P74A 2VJ7A 4IVTA 3O9LA 1F34A 5P6VA 1BDRA 2QNPA 5P6LA 2F8GA 3SM2A 4COEA 5P4TA 4J0VA 4Y3QA 3NUOA 4J1IA 5OYYA 5P1UA 4Q1YA 2VA7A 3WZ7A 5P01A 2NXMA 2QD8A 3WZ8A 5P5LA 3OADB 4I0GA 2FXEA 3K4VC 5KQYA 2AOHA 5AHAA 2OHQA 3S43A 4Y3GA 5P36A 3T6IA 2BB9A 5JFPA 1SGZA 4NJSA 4OD9B 4FIVA 5OYVA 1FG6C 1MSMA 2NMYA 2RENA 1D4IA 1C6ZA 3GI4A 2H6SA 3QRMA 4KE1A 1T7JA 3OU1B 1FMXA 5P5OA 5I70A 4RVXA 3GGXA 1MT8A 5P1RA 3EXOA 5P0IA 3AIDA 5P3JA 1FG8C 4RGHA 5P0BA 3N4LA 1XDHA 5P3OA 4Y4DA 3TKWA 4D83A 3K5GA 5P0DA 1U8GA 7HVPA 5P7GA 2G1RA 4DJWA 4J1HA 4JPEA 5AH9A 3K5FA 4TVGA 5J25A 4Y6MA 2I4UA 4FRIA 3KF0A 2OHKA 5P4QA 5B18A 4RCFA 4K9HA 5P2RA 4HA5A 5P7ZA 2OHNA 4ZPFA 5OZIA 1MRWA 4Y4TA 2ZHTA 4ZIPA 4B00A 3DV1A 5P1WA 5IVSA 4YBFA 3QVCA 5I3WA 1FFIC 1NPVA 3LIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7C A;  1HIH A;  1W5V A;  1HPV A;  1IDB A;  2CEN A;  3PMY A;  1AJV A;  2WKZ A;  5P7I A;  2ZJJ A;  2QZK A;  4EP2 A;  3KT2 A;  5P6H A;  3HDK A;  3PSG A;  1FGC C;  5P4B A;  3LIQ A;  5AH8 A;  1RNE A;  3MXD A;  1FQ5 A;  3QBF A;  5P79 A;  3OQD A;  3KDB A;  5P20 A;  2VIZ A;  4Y58 A;  3ER3 E;  2QU3 A;  1EBY A;  3WZ6 A;  1IBQ A;  3S43 B;  2VKM A;  3F9Q A;  4RYC A;  3NU9 A;  1DAZ C;  2R43 A;  3NDW A;  1D4Y A;  3BGB A;  4NPT A;  3KMX A;  4Q1W A;  3S53 A;  5P62 A;  2ZJK A;  3OAG B;  3BUH A;  5P3W A;  3LIN A;  5P2X A;  2P3A A;  1BV9 A;  1EBZ A;  2QI4 A;  5OZ9 A;  3HAU A;  2P3B A;  2JJJ A;  1GVT A;  1EPN E;  1A8G A;  4QJ7 A;  3EL4 A;  1LZQ A;  5OZG A;  2RKF A;  3OXW A;  3VF5 A;  1B5F B;  5OZJ A;  4I12 A;  1T7I A;  3I2L A;  2NPH A;  4S1G A;  5P28 A;  4I0Z A;  5P3T A;  2I4Q A;  4LBT A;  5OZR A;  4ACU A;  5P1O A;  3L38 A;  4XXS A;  1HSH A;  1FB7 A;  5P3F A;  2QI0 A;  3OXC A;  3QPJ A;  4JPC A;  1A30 A;  5OZM A;  1SIV A;  4U7V A;  3IND A;  5P1M A;  1BWA A;  5P6S A;  5P5E A;  3MSJ A;  3PSY A;  3LZV A;  3VEU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SM1 A;  2VJ6 A;  3KFR A;  4H3F A;  1G6L A;  3RSX A;  3SQF A;  3OHF A;  3DJK A;  3UDN A;  2Q5K A;  5P0W A;  1K1U A;  5OZN A;  3UQR A;  4J0Y A;  2PK6 A;  5OZT A;  5P11 A;  2Q11 A;  4YDF A;  1EC2 A;  4FSL A;  2V16 C;  3GI0 A;  3INE A;  1BIL A;  3O9B A;  3OU3 A;  5P69 A;  2P83 A;  5P5Z A;  1LYB B;  1E81 E;  4GJD A;  3JW2 A;  3QBH A;  4CPR A;  3PWM A;  4R8Y A;  2G21 A;  2WEA A;  5P7X A;  5P5P A;  1DW6 C;  3FSM A;  4Y3H A;  5HE5 A;  4AA9 A;  3L5E A;  5P3U A;  5P8B A;  1B6M A;  2BBB A;  5P4Z A;  3QRS A;  3L58 A;  3VG1 A;  3OGP A;  3NUJ A;  2O4L A;  3OUC A;  5P5K A;  3D1Z A;  2AZ8 A;  3GI5 A;  2PK5 A;  5P39 A;  2SAM A;  4I0F A;  3GW5 A;  1HVH A;  2ZHR A;  5TOL A;  4I0H A;  3UDR A;  5OZV A;  4BEL A;  3EL9 A;  4J5J A;  1LF4 A;  3AUP A;  3R0W A;  1NPW A;  5P68 A;  4LC7 A;  3TNE A;  3IXJ A;  3CYX A;  5P4W A;  5SY2 A;  2OHM A;  5P4E A;  3INF A;  1MEU A;  5P3D A;  5P40 A;  4D85 A;  4FE6 A;  2IQG A;  5P4M A;  1HTE A;  3ER5 E;  4FCO A;  5P3H A;  4D88 A;  3PSU A;  3IXO A;  3ZOV A;  5E5K A;  5P1K A;  1HRN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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