4D83A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bur436, derived from a co-crystallization experiment
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d83A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d83A02
3LIXA 5P7VA 2IL2A 1T7IA 4GIDA 4DQCA 3LPJA 3WZ6A 3I8WA 5OZXA 5P4EA 5P56A 4Y3FA 2BKTA 5P0CA 2HS2A 2SAMA 5P05A 3OXVA 2ZHTA 4HLAA 5P4TA 1SMEA 4I10A 2G1YA 3OUDA 4Y5MA 5P2SA 3T11A 1SDTA 1A9MA 5P7KA 4GJAA 1IDAA 5DGUA 3VF3A 3APPA 3L5CA 2XYEA 3MWSA 2NR6A 3UFNA 1J71A 1ZP8A 3UQPA 3SA9A 5OZWA 2I4UA 4EYRA 4Y3WA 1ER8E 3BVBA 3KFSA 1BDQA 2VS2A 3NDUA 2HC0A 3IXJA 4ZSPA 1XE5A 3QBFA 3EKPA 5P6GA 3TOFA 2WEZA 3URJA 3JVWA 3RTMA 2ASIA 2O4LA 3EKWA 5P6SA 5P3IA 3CYWA 5SY2A 5P53A 4I11A 4FAFA 1D4SA 3GGVA 4Y3AA 2AIDA 5P6ZA 3LZVA 5P4DA 5HDUA 3I7EA 5OZNA 1G35A 5P2LA 1MIQA 2OHNA 3T3CA 3K1WA 3PCWA 5P1OA 1HEGE 3GI5A 3RTHA 3LNKA 5P7RA 1B11A 5OZ7A 1DMPA 3ST5A 4L7JA 5P00A 5KR8A 1HPXA 2AOCA 4EP2A 1HTEA 2PK6A 2QMPA 4Y4AA 2QMDA 5OYVA 4J0PA 1ME6A 3UDYA 3DCRA 1FG8C 5F01A 5P2XA 4FM7A 5P5AA 3OOTA 4L6BA 3O9LB 4Y5LA 3HDKA 1MT8A 5P2GA 2FDDA 3DCKA 2IGXA 3SA6A 4Y3ZA 5CONA 4K9HA 5DQ4A 5P3PA 2FXDA 5P1JA 4QJ8A 4EJKA 5P0XA 3SA5A 1PSOE 1TSQA 5DR1A 4Q1XA 1W50A 2BPXA 3C9XA 1FG6C 5P59A 2AQUA 3IGBA 4QJ2A 5P3ZA 3O9AA 5P55A 3TPPA 1OHRA 1APVE 2PSVA 1IIQA 1T3RA 5P46A 5OZSA 3DK1A 3M9FA 3K5DA 4Y45A 5DQCA 4GMIA 3QVCA 1SDUA 5E5KA 4LP9A 4B0QA 1ZPAA 4FLGA 2FDEA 4HDPA 1FFFC 3QRSA 2WJOA 4NKKA 1ZAPA 4KB9A 2Q63A 3O99A 5P2NA 5P78A 2G21A 4EJDA 4HDFA 1HRNA 5P2FA 5P36A 2B60A 5P37A 3Q6YA 2VIZA 1MPPA 5P09A 1RNEA 2OAHA 4AA9A 4Y3RA 1A30A 2VKMA 5P3HA 4RYGA 3NXNA 5P71A 3JVYA 4I0GA 3UDPA 5P0IA 2WECA 4DJWA 4IVSA 3AUPA 2PK5A 5P8AA 2NMZA 1YM2A 3QP0A 5P54A 5P5JA 3SO9A 3L5BA 5P5CA 3INDA 5IE1A 1SP5A 4RCEA 3LZUA 3PWMA 3HZCA 3RU1A 4BFBA 3R0WA 4ZE6A 3N4LA 5HE5A 2VNNA 1E82E 4Y3MA 3I25A 4DJYA 2ER9E 3KF0A 2V11C 5P51A 3EL4A 4RVJA 5OZVA 1BAIA 2F3KA 4OC6A 4WY1A 4RROA 1W5XA 3RVIA 4Q1NA 3TKGA 2ZJKA 5P7FA 5P57A 3OQDA 1AJVA 3PLLA 1D4LA 2FNSA 2J9JB 1GKTA 5KQXA 4QJ9A 3VF5A 4YDGA 4I0HA 2JJJA 4ZSQA 1LF2A 4L7GA 1DPJA 3UDHA 4BEKA 4EXHA 1GVVA 3QAAA 3T7PA 3VFBA 3SPKA 5P68A 5P20A 5P1NA 1SDVA 5P5QA 3U7SA 5OZ8A 4I0ZA 5P3JA 4DJUA 1XL2A 5OZ9A 6UPJA 4FSEA 5AH6A 3S43A 3LIYA 3PRSA 1FIVA 5P4CA 4AZYA 4GJ6A 5OYUA 2G27A 4WY6A 4EXGA 5P2YA 5P5WA 4CPXA 3WB4A 5OZUA 4Y47A 5P1AA 2PWRA 4Y5PA 2IRZA 5OZOA 5J25A 1HVLA 3NWQA 4OBGA 1AVFA 3VFAA 3U6AA 1YT9A 3NXEA 1NPAA 5P74A 5P17A 1IBQA 1LS5A 5T4SA 5P1ZA 1ODWA 1T7KA 4J1HA 5OZ0A 4D85A 5P7AA 2O4SA 1E80E 1EAGA 3HAUA 5P7IA 4J1FA 2R9BA 1GVTA 4H3FA 5P8RA 1K2BA 1JLDA 4PYVA 5HCOA 4BELA 3TKWA 5P22A 2OHRA 3OTSA 4PHVA 3ZKNA 1KJGA 2QMGA 3OTYA 3T7XA 3EL0A 1FQ4A 1HIIA 4Z50A 1D4HA 5C9FA 1BVEA 5P0FA 5P3QA 5P3LA 2FMBA 1PROA 1ZJ7A 5P80A 2ZDZA 5P7EA 1Z1RA 5P28A 4FCOA 5SXNA 1HOSA 2ZJNA 1HVKA 4H3GA 4ER1E 3PEPA 1RV7A 1N49A 3VYDA 2PC0A 1U8GA 3GI4A 5P1WA 1EPRE 6APRE 1ZPKA 2QNPA 4DQGA 2G1SA 3K5CA 1APUE 5P1XA 3GI0A 4Y4TA 3OQ7A 7UPJA 3EKXA 4JECA 4R95A 2Z54A 2V12C 5P1YA 2PH8A 3NYGA 5P3GA 1AXAA 1MEUA 3ZOVA 3ZPSA 5P7XA 5P0QA 5OZYA 1F7AA 5P7OA 4J0VA 4Y51A 2P4JA 4H3IA 1LV1A 5P47A 4HEGA 4CPTA 1EBZA 4GJDA 5P6LA 2OHMA 5P6OA 4YOBA 3UQXA 2VIYA 3PM4A 1QBSA 1B6LA 1B6PA 1RL8A 3VV8A 3OUCA 3APRE 4PZWA 3PMYA 3Q3TA 5P27A 5P4BA 3BXSA 1K6PA 5P4ZA 4RYCA 5P0UA 1EBKC 2Q55A 1VIKA 5P0WA 2I4XA 3OHHA 5P39A 2CENA 5P66A 3PSYA 5P3XA 5P8TA 2B8VA 5OZ1A 4YD7A 3QROA 5OZ6A 1YTIA 5I70A 3S54A 1B6KA 4Y3XA 1Z1HA 2J9KA 3VCMA 5OZFA 4J0TA 5P6YA 5OYTA 5P4XA 3OWNA 5P1VA 1Q9PA 2ER7E 2AOIA 1XS7D 2VJ6A 4RLDA 4Y58A 4Z4XA 2AVSA 5P8KA 3ZPTA 5OYYA 4DJVA 5DQ1A 2IGYA 1EPPE 1HBVA 1FEJC 5P5HA 4CP7A 5IVTA 1B5FB 3UDQA 3VG1A 3TTPA 4NJUA 4DV9A 5P3EA 2AZ8A 1ODYA 3SA4A 1Z8CA 2QK5A 5P0OA 4Z2ZA 3VF7A 1NH0A 2Q11A 3VSWA 3TPLA 1C6YA 5P12A 1LYBB 5P6VA 3VYEA 4XX3A 5P0VA 2AOEA 2PH6A 5OYWA 5P4GA 3OAGB 4Q1YA 5BS4A 5IVQA 5P3UA 2AZBA 2O4PA 5P0PA 3BHEA 3O9IA 3LIQA 5P3BA 2ZE1A 3QPJA 5P5VA 3IA9A 4Y5GA 3OXXA 2QI4A 5P6IA 2OF0A 1FMXA 5P7DA 2OHLA 1ZLFA 3NUOA 4Y4GA 4Y35A 3EBZA 4A6BA 5P4JA 5P31A 1OD1A 4OBJA 4YD6A 3PBDA 1GNOA 1EPNE 1K2CA 1HTRB 3NU4A 4S1GA 2QP8A 3K5FA 3D20A 1EPLE 2VIJA 5JG1A 2BQVA 5P0DA 3TLHA 4DJOA 3SAAA 3OU4A 2FXEA 4GJ8A 5P5IA 5P0MA 5P3FA 2FGVA 1QRPE 5P6MA 5P8DA 3S85A 4Y43A 1IDBA 5P0KA 3S45A 3WZ8A 1W5YA 3OUDB 3MXEA 1HPOA 3OOZA 5P64A 1D4YA 3DOXA 1ODXA 5I3WA 3OY4A 3LIZA 5P2IA 3SQFA 3D1YA 5P62A 4WTUA 4LXMA 2NTRA 1HWRA 4ZPGA 5P65A 2FNTA 5OZLA 3HW1A 1YTJA 1IVPA 1WBMA 3OUBA 5AH9A 5P8FA 4B1DA 5P5FA 2V16C 4OBZB 2IENA 2JE4A 2QI3A 3OQFA 3DJKA 2HPEA 5HVPA 5P30A 2A1EA 2ZJMA 4J17A 4Y3LA 1AIDA 3D1XA 1MESA 1SIVA 1MSNA 5P24A 3PVKA 4EWOA 2WKZA 5P8EA 5PEPA 4N00A 5DR4A 3CYXA 3S2OA 5P1TA 5P6JA 5P1QA 4Y5CA 2RMPA 4Y3QA 1SIPA 3EL5A 4NPUA 4MC1A 1D4KA 2ZHRA 4OD9A 3FSMA 3KM4A 5AHCA 3NU6A 1AM5A 3PMUA 3HAWA 5P6XA 4K8SA 5P3VA 2Q3KA 5P7MA 1DAZC 5P58A 5DQ5A 5AH7A 3OQKA 5OZBA 2OHQA 5SY3A 1DIFA 4GJBA 3HVPA 4RVIA 5P4RA 1LYAA 5P8HA 2ZHUA 1HTFA 4QJ7A 2QHCA 3QN8A 2NPHA 3PJ6A 2VIEA 3O9HA 4HA5A 4D89A 5P1LA 3OQAA 2BJUA 3SKGA 1K6CA 4LXAA 5OYQA 2P3BB 5COPA 1BV9A 2G1RA 2UPJA 5OYXA 2Q5KA 1HSIA 5P8PA 3T6IA 5P4UA 4ACUA 4I0FA 3ZPUA 4Y44A 3NLSA 4DQHA 1MRWA 4UPJA 3EKTA 3OADA 5P1IA 4J0YA 4DQBA 1GVUA 3NDTA 4Y4EA 1EBYA 1META 1ENTE 4M8YA 4YD4A 5KQFA 3BUFA 4J5JA 5OZKA 4E43A 5P7ZA 4B78A 5P2WA 4CKUA 5P4YA 2QI6A 3GW5A 3O9FA 2WEDA 3QRVA 3MSKA 3O9LA 6FIVA 2HB4A 3SABA 3KDCA 4D88A 5ISJA 4TRZA 4TVGA 3CIBA 5P76A 4DPFA 1HEFE 1HVSA 2B8LA 4YD3A 3KMXA 3PLDA 4X2LA 2HB2A 1TQFA 3UF3A 5P5SA 3INFA 2BPWA 5P5XA 1KJ7A 1ZBGA 1EC1A 4GYEA 3HLOA 4B70A 3VLAA 3K5GA 4GB2A 1MSMA 2QZWA 4CMSA 3OUAA 3B7VA 4EQJA 2WL0A 4XXSA 4FE6A 3L58A 4B1CA 3SA7A 3LINA 4APRE 3CKTA 4FM8A 4RRSA 4LXKA 1FKNA 5ISKA 4FL8A 4ZLSA 3JW2A 2BB9A 5P6TA 4YE3A 5P63A 2EWYA 3KYRA 4B00A 3PGIA 2AVQA 5P04A 5UPJA 2AVOA 4B1EA 4OC6B 3PHVA 2PSUA 4I0EA 5E5JA 3DV1A 4YDFA 1APTE 4R93A 5OYZA 2JYSA 1TCWA 3KFNA 4JPCA 5P0AA 2AOHA 4A4QA 3O9CA 3NU5A 5P60A 5P5UA 3NU9A 1BIMA 4EQ0A 2NNPA 4LAPA 5P6KA 2BPZA 3R1GB 3RTNA 3BGBA 5OZDA 4Y38A 5P0NA 4Y57A 2I4DA 4XX4A 3S43B 3CICA 2NXDA 3IAWA 3NDWA 5OZ5A 5HU1A 2I4WA 1A94A 2G94A 2VJ7A 2F8GA 5ENMA 1G0VA 3BC4A 5P5BA 2I0AA 3HVGA 5TOLA 2I1AA 3NDXA 3O9DA 4FSLA 7HVPA 1HVJA 5P87A 5P44A 1OEWA 1W51A 1BVGA 2ZJJA 3OU3A 1FMUA 3CMSA 4DQEA 5P43A 1BBSA 1D4JA 4GJ9A 2PWCA 1HXBA 3OGQA 5P6NA 5P01A 3GGAA 4J1CA 5OZIA 2V00A 2APRA 5P5LA 3NWXA 4GZFA 5P0TA 5P3DA 5P1SA 2R5QA 3VSXA 4H3JA 2IS0A 4RCDA 1GVWA 1KZKA 2FDPA 5DGWA 5P5KA 2ZHVA 4QGIA 2WEAA 3SA8A 5P06A 3RSVA 4Y3HA 2ANLA 3EL9A 3VLBA 5P0HA 5P1RA 5P6WA 2QHYA 5P42A 5P5DA 3EMYA 3FNUA 4Y5EA 3SM2A 2RKGA 3ZKXA 1LF3A 2QI5A 3UQUA 4QJ6A 1XE6A 5P33A 4CPWA 2P3AA 3UQRA 5CLMA 1HPVA 3ER5E 4HZTA 1FGCC 4COEA 4ZPFA 4Y4ZA 1PFZA 5P3RA 5P7LA 1FQ6A 4HDBA 4APEA 1YTGA 1IZHA 4NPTA 2MIPA 5BRYA 5ER2E 3H0BA 5P1DA 2VJ9A 3KDDA 1TW7A 3TOGA 5P84A 5P4LA 4FM6A 4RRNA 4EJ8A 1SGUA 3OHFA 2PMAA 4ZSRA 5P4KA 5OZJA 3KFRA 5IVSA 5P03A 2O4KA 4FRKA 5OZAA 3PSGA 4R91A 5P1PA 4PZXA 1MUIA 5P4OA 2QAKA 4DFGA 1NPVA 1FMBA 2G1NA 3NR6A 5P45A 5KOSA 1BWAA 1W6IA 2QHZA 4PEPA 2P8HA 5HD0A 5P4VA 1M4HA 3L3AA 3VV6A 3ZKMA 3SACA 3LPIA 5P4FA 1RQ9A 1NPWA 3EM4A 1E5OE 5P67A 2JXRA 5P7NA 1UH9A 3IXKA 1CPIA 4DJXA 4DJRA 5P7BA 2QI1A 3D91A 3KA2A 5KQZA 5P5TA 2WF2A 4FIVA 2G1OA 4YD5A 3S56A 5P3TA 1HPSA 1LYWA 3FV3A 3ZKIA 4TRYA 5P3AA 3PCZA 1HHPA 2FIVA 1MERA 4FAEA 4R5NA 1LF4A 2AOGA 2XFKA 3I6OA 5P8LA 3UTLA 5P10A 1E81E 1W5VA 5DQ2A 4CPUA 1FQXA 3OXCA 3S7MA 5P15A 4HE9A 2Q54A 3D1ZA 5P2KA 5IS4A 1BXQA 1IZDA 2B42A 2WF1A 3TPJA 1BDLA 1YTHA 3VEUA 4OBHA 5P8VA 1QBTA 5P2AA 3SM1A 1NSOA 3EM6A 4TRWA 4Y5AA 3B80A 1HSGA 4QLHA 3RSXA 3ZKSA 4NJVA 1CMSA 4YBIA 3QS1A 4MC9A 1TCXA 2WHHA 4PPHA 3OU1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LIX A;  5P7V A;  2IL2 A;  1T7I A;  4GID A;  4DQC A;  3LPJ A;  3WZ6 A;  3I8W A;  5OZX A;  5P4E A;  5P56 A;  4Y3F A;  2BKT A;  5P0C A;  2HS2 A;  2SAM A;  5P05 A;  3OXV A;  2ZHT A;  4HLA A;  5P4T A;  1SME A;  4I10 A;  2G1Y A;  3OUD A;  4Y5M A;  5P2S A;  3T11 A;  1SDT A;  1A9M A;  5P7K A;  4GJA A;  1IDA A;  5DGU A;  3VF3 A;  3APP A;  3L5C A;  2XYE A;  3MWS A;  2NR6 A;  3UFN A;  1J71 A;  1ZP8 A;  3UQP A;  3SA9 A;  5OZW A;  2I4U A;  4EYR A;  4Y3W A;  1ER8 E;  3BVB A;  3KFS A;  1BDQ A;  2VS2 A;  3NDU A;  2HC0 A;  3IXJ A;  4ZSP A;  1XE5 A;  3QBF A;  3EKP A;  5P6G A;  3TOF A;  2WEZ A;  3URJ A;  3JVW A;  3RTM A;  2ASI A;  2O4L A;  3EKW A;  5P6S A;  5P3I A;  3CYW A;  5SY2 A;  5P53 A;  4I11 A;  4FAF A;  1D4S A;  3GGV A;  4Y3A A;  2AID A;  5P6Z A;  3LZV A;  5P4D A;  5HDU A;  3I7E A;  5OZN A;  1G35 A;  5P2L A;  1MIQ A;  2OHN A;  3T3C A;  3K1W A;  3PCW A;  5P1O A;  1HEG E;  3GI5 A;  3RTH A;  3LNK A;  5P7R A;  1B11 A;  5OZ7 A;  1DMP A;  3ST5 A;  4L7J A;  5P00 A;  5KR8 A;  1HPX A;  2AOC A;  4EP2 A;  1HTE A;  2PK6 A;  2QMP A;  4Y4A A;  2QMD A;  5OYV A;  4J0P A;  1ME6 A;  3UDY A;  3DCR A;  1FG8 C;  5F01 A;  5P2X A;  4FM7 A;  5P5A A;  3OOT A;  4L6B A;  3O9L B;  4Y5L A;  3HDK A;  1MT8 A;  5P2G A;  2FDD A;  3DCK A;  2IGX A;  3SA6 A;  4Y3Z A;  5CON A;  4K9H A;  5DQ4 A;  5P3P A;  2FXD A;  5P1J A;  4QJ8 A;  4EJK A;  5P0X A;  3SA5 A;  1PSO E;  1TSQ A;  5DR1 A;  4Q1X A;  1W50 A;  2BPX A;  3C9X A;  1FG6 C;  5P59 A;  2AQU A;  3IGB A;  4QJ2 A;  5P3Z A;  3O9A A;  5P55 A;  3TPP A;  1OHR A;  1APV E;  2PSV A;  1IIQ A;  1T3R A;  5P46 A;  5OZS A;  3DK1 A;  3M9F A;  3K5D A;  4Y45 A;  5DQC A;  4GMI A;  3QVC A;  1SDU A;  5E5K A;  4LP9 A;  4B0Q A;  1ZPA A;  4FLG A;  2FDE A;  4HDP A;  1FFF C;  3QRS A;  2WJO A;  4NKK A;  1ZAP A;  4KB9 A;  2Q63 A;  3O99 A;  5P2N A;  5P78 A;  2G21 A;  4EJD A;  4HDF A;  1HRN A;  5P2F A;  5P36 A;  2B60 A;  5P37 A;  3Q6Y A;  2VIZ A;  1MPP A;  5P09 A;  1RNE A;  2OAH A;  4AA9 A;  4Y3R A;  1A30 A;  2VKM A;  5P3H A;  4RYG A;  3NXN A;  5P71 A;  3JVY A;  4I0G A;  3UDP A;  5P0I A;  2WEC A;  4DJW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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