4FAFA

Substrate ca/p2 in complex with a human immunodeficiency virus type 1 protease variant
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Higher desolvation energy reduces molecular recognition in multi-drug resistant HIV-1 protease
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fafA00
5OZDA 5P4OA 2VA5A 5P42A 5P8CA 4HZTA 4FSLA 5P6BA 3HBOA 1B11A 4EYRA 5KR2A 4L7GA 2AQUA 5P8TA 3KM4A 4EQ0A 5P39A 1YM2A 3HW1A 1K2BA 5OZBA 5P65A 5P8EA 3TPRA 3KFSA 4E43A 2NXLA 5P5OA 2VIJA 3LZUA 5P5PA 3MXEA 4L6BA 2G69A 3OWNA 2P3BB 3T7XA 4TVGA 1HVIA 5P60A 3L5CA 3EM6A 3OQDA 5KOSA 3HVPA 3HAUA 5P5LA 1DAZC 1RL8A 3VF3A 3WZ8A 4AA8A 5P0UA 1WBKA 4R91A 5P0GA 5P2MA 4YHQA 1XDHA 3OHFA 4Y5LA 4Y3TA 3OUDB 1BWAA 1Z1RA 2ER6E 5P2UA 5P2IA 3SA5A 1HTEA 2VA6A 5P8NA 3LIVA 5KAOA 2JE4A 3CYWA 5C9BA 4ZSQA 2P3CA 1VIKA 5PEPA 4QJAA 5P0FA 3QBHA 5P3BA 4L1AB 4Y3EA 2G1SA 4I0EA 3H0BA 5OZ7A 4F74A 4Y5KA 4AZYA 1NPWA 5P75A 4Y3JA 3INDA 5P5VA 3G72A 2PQZA 5P4VA 2SAMA 5OZXA 1SMEA 2AOJA 1FFIC 4Y41A 4Y53A 1MVPA 3S7MA 1YTJA 3OQAA 2AIDA 4L7JA 2CEJA 3OXWA 6FIVA 1FQ5A 5P62A 2XYEA 3SA6A 4ER2E 2ZHTA 3O9IA 1MSMA 3I8WA 5HTZA 3VLBA 5P0YA 3QN8A 5P3LA 1FMUA 4F76A 4FAFA 3EM4A 4U8WA 5ENKA 2RENA 1FB7A 5P3TA 3SA8A 3TH9A 5JODA 2WEZA 5P5CA 2G22A 3PBZA 5KR0A 3ZPSA 1FG6C 5P2EA 5DQ1A 1HIIA 5OZ2A 1EAGA 5COPA 1FQXA 1ENTE 4EP3A 5P1TA 2HPFA 1FFFC 1FQ4A 5DR1A 3OQFA 5P4QA 5P2WA 1BILA 1YTGA 3KT2A 1HSIA 2FGUA 1EC1A 2ER0E 3QVIA 1RPIA 4Q5MA 5P69A 3PCWA 5P70A 5P17A 5IVSA 2UY0A 3DV5A 1QBSA 5P0XA 1HTGA 2PSUA 4Y44A 5P33A 2FXDA 3EL1A 5P13A 1K6CA 1LYBA 3NWQA 5P3CA 3PSUA 3PSGA 5P7TA 4LBTA 3DUYA 4Y4ZA 4UPJA 3L3AA 3UF3A 2NR6A 5P1JA 6UPJA 5P86A 3VCMA 3L5DA 4YCTA 1ZP8A 1LV1A 3JVYA 5P74A 1LEEA 1KJ4A 2Q15A 4Z4XA 2F3FA 3QBFA 1PSNA 3KYRA 3MSLA 4B1EA 4K4PA 5P5IA 4F75A 3CKRA 4BEKA 2AZBA 4RZ1A 3ZKGA 1TQFA 3BXRA 3ECGA 4B00A 5P8KA 2OHRA 3T7QA 4B0QA 1FEJC 1FQ8A 2QZLA 1N49A 2PK5A 5P41A 3ZKQA 1BAIA 5OZEA 5P76A 4Y3MA 2IENA 3OU1B 4GJ9A 1G35A 3EKQA 4Y48A 2Q3KA 2ASIA 3QS1A 5P0BA 1META 4DFGA 4OD9A 1HXWA 4Y4EA 5OZUA 5ENMA 3B80A 2V0ZC 4OC6B 4EJKA 1IZDA 3PWMA 4Y3AA 2FNSA 4ZPGA 4NKKA 2VS2A 3KT5A 4Y3QA 3D91A 3PSYA 5P4UA 1APUE 4ZIPA 5P8BA 2J9JB 4FS4A 1D4LA 2QK5A 2R3WA 1APTE 2FGVA 3UDHA 2ZJLA 5DR0A 2P3AA 5P7JA 1QRPE 4DQCA 1YTIA 4D85A 5P2ZA 5DQ5A 5OZTA 5P7FA 2BB9A 4R8YA 5JFUA 4B77A 2ZJKA 3EL9A 2BBBA 5P0LA 3CYXA 1YG9A 4FRSA 5P54A 1TCXA 5OZNA 3S43A 5P2NA 5P8GA 3D1ZA 4DJUA 2ER9E 2QMPA 5P0EA 5P2AA 2RSPA 4OBKA 5P7KA 3LIZA 5I70A 3OTYA 4Y3RA 5P1LA 3TOHA 3CKTA 3SA4A 5P7ZA 5P3HA 3LZSA 3H5BA 2QMDA 3NU9A 5P8RA 3N4LA 5HDXA 5P6EA 4GJBA 5P6NA 4RYGA 1ZLFA 5P7AA 3K5GA 5I3XA 3BXSA 4FM7A 3VYDA 5P15A 5P40A 4D89A 1BWBA 4NJSA 3OU1A 4QJ7A 3OU3A 5KQYA 5P83A 3EL5A 4Y4WA 4D8CA 1XL5A 3UQWA 2V10C 5P4DA 4FRJA 2AVVA 5P1PA 4OBHA 3NU5A 2I4XA 3VV7A 1T7KA 3IN3A 5HCOA 3I2LA 5TOLA 4Y54A 4QLHA 2NXMA 3D1XA 5P10A 5OZ6A 1M4HA 5P1BA 5OZMA 4QGIA 5OYVA 5P5BA 3TNEA 5P0IA 4FL8A 1TCWA 2ZJMA 5ER1E 3LNKA 5OYXA 5P7SA 5P6FA 2F3KA 3GI0A 5P0AA 3IA9A 4FM8A 3LIYA 5P8PA 4MC9A 4YE3A 2QI6A 5IVQA 3INHA 2QI4A 3NU3A 3HDKA 5P67A 5P5UA 3OQ7A 4Y3SA 4YDFA 3UDKA 4I0JA 2PK6A 4TRYA 3TKGA 3NUJA 1GNOA 2IRZA 4ZSPA 1M0BA 1GNMA 3EKXA 5P6MA 3U6AA 5P6WA 1CZIE 5OYYA 4J0VA 5AGZA 1EC2A 5P8LA 2QHCA 5HDUA 5P8SA 1AAQA 4Y5AA 5DQCA 1EPQE 3RSXA 3WZ6A 5P59A 1W50A 3IXJA 5IS4A 5HD0A 3SA3A 1LYAA 1MUIA 2NMZA 5P0JA 4Y4BA 3KDDA 3T11A 1E81E 1HSHA 1DPJA 3KN0A 2JXRA 5P58A 2Z4OA 5UPJA 3OGPA 4GJ7A 3MSKA 5OZ1A 2WF0A 2BPZA 1MSNA 5OZ0A 1MPPA 5P5NA 5P7XA 1QBTA 2ZYEA 5P0ZA 3INEA 1GVUA 4LP9A 2PMAA 1E80E 3K1WA 3PLLA 5DQ4A 5OYSA 1D4HA 1NSOA 3NXEA 3R0YA 3DJKA 5P5HA 2FS4A 4Y3XA 5P7LA 3R1GB 5P09A 1LS5A 3BUFA 1PSAA 3BVAA 2BKSA 4S1GA 5P79A 1HEGE 5OYTA 4Y5NA 1OEWA 3TL9A 1HVLA 3TLHA 4Y3HA 4K8SA 4GZFA 5OZIA 2ZGAA 3EXOA 5P7VA 5P06A 3SABA 1SDTA 3UHLA 3EC0A 2F81A 4RLDA 1SGUA 1SGZA 1HTRB 5P57A 4FE6A 4YOAA 5P02A 4ACXA 4F73A 1BIMA 1HPVA 4HLAA 4R5NA 4JP9A 2VNMA 4A6CA 4EXGA 4Z22A 2ER7E 4DJRA 4OBJA 1UH7A 3FNUA 3IVIA 1A9MA 2O4PA 3KFPA 5OZ4A 4I8ZA 1SP5A 2B8VA 4DJPA 5KR1A 2IS0A 2BPVA 2QD7A 1OD1A 2BPWA 1GVTA 5P61A 5I3YA 3ZKSA 1EBKC 1AZ5A 3U71A 1SDVA 5P44A 1AJXA 4DJOA 2G27A 4LC7A 3JVWA 2V16C 3SFCA 2JJIA 5F00A 5T4SA 5EZZA 3BVBA 4DPFA 3NDUA 3QVCA 2OHMA 3BGBA 3EKPA 1MTRA 1EPME 3PLDA 4NJTA 5P4KA 1EPOE 3I6OA 1AJVA 4DI2A 1BXQA 3D3TA 3O9AA 5P4YA 2G1RA 5P18A 2QP8A 3UDRA 2R5PA 5P1OA 4RRNA 2VJ9A 3URLA 2WF3A 1D4YA 5P07A 2ZJHA 3CIBA 2AOHA 2AZ9A 3SA7A 1Z8CA 4WY6A 2FMBA 5P00A 5AHCA 1AM5A 3EKWA 3FV3A 4DQGA 1NPVA 3MXDA 1MRXA 3LPJA 5CLMA 5HU1A 2CEMA 2WEDA 2AOEA 4CMSA 5B18A 1FKNA 1LZQA 1MIQA 3IN4A 4H3FA 3OK9A 2G1NA 3L5EA 4FLGA 4D88A 2Q11A 1OEXA 5P1XA 3VF7A 1FIVA 3TPPA 4PZWA 3LZYA 1FF0C 3NWXA 2F3EA 1PSOE 2QNQA 4CPQA 4YCYA 5OZWA 1ZTZA 3IXKA 4EJLA 4K4RA 1D4KA 5OZZA 2CENA 4CKUA 4I11A 4I0ZA 1LYBB 5HDVA 4QJ6A 3URIA 1KJHA 3EBZA 5P14A 3G70A 5P5AA 2IEOA 5P2LA 4Y4GA 4DQFA 4EXHA 2R5QA 1IIQA 2V13A 2P3DA 3NU4A 5P5MA 4DVFA 5KQXA 1ZJ7A 3BRAA 3QI1A 4Q1NA 5P5RA 3OOZA 4Y58A 1RNEA 5P8QA 4J1IA 3OU4A 1LF2A 5P0VA 3PI5A 5P4PA 5P6RA 5OZCA 4FAEA 1Z1HA 2B60A 1GNNA 1HRNA 4I1CA 5AHAA 3SM2A 1W5XA 5P28A 4BELA 4Y45A 1SIVA 5HCTA 3AIDA 3NU6A 1C6ZA 5I3VA 4DJQA 5P1RA 3KMXA 5KOQA 1UPJA 4Q1YA 5P2YA 2R8NA 5ISKA 5P8DA 1BV9A 1J71A 1PFZA 3Q6YA 5OZAA 2NPHA 3ZL7A 1IVQA 4H3JA 4OD9B 1NPAA 5P5EA 4KB9A 4HDPA 1QS8A 5P82A 3SPKA 3VYEA 2IGYA 1LYWB 1A94A 2G20A 3R4BA 5P6OA 1B5FB 1B6LA 3QRMA 5P2CA 3SKFA 5P08A 2G21A 5P5YA 5P20A 3ZKMA 5P0NA 5P3NA 4RVJA 4B70A 5P5XA 3N3IA 5P19A 4J1FA 4IVTA 4H3IA 1PPME 3PMUA 7HVPA 5HVPA 3PGIA 4RROA 5P1AA 3K4VC 3O9CA 3LPIA 1JLDA 1DW6C 1IBQA 5P3JA 3SLZA 2P83A 2P8HA 3S43B 3SA9A 5P1GA 3Q70A 2BPYA 2EWYA 3RU1A 3KMYA 5P7IA 5P2DA 3PWRA 3LIQA 5P24A 4I0FA 3BUHA 1HIVA 3O9LA 2QMGA 5P0HA 3UDYA 5P52A 5P7BA 3EMYA 5P71A 1F34A 3TPLA 1BV7A 3HAWA 3BHEA 4HA5A 4CPTA 3PMYA 1IZEA 4B1CA 1Q9PA 2IGXA 4L7HA 3VF5A 1IDBA 5P30A 4EJ8A 1K6VA 3L58A 3S85A 5P3DA 3QAAA 5P2KA 1LYWA 1MRWA 5P48A 3LINA 3IGBA 1B5FA 4Y4UA 4WTUA 5DPZA 2XFKA 1XN2A 4CPWA 2ZJNA 1FQ7A 4XKXA 5SY3A 1FGCC 5P5TA 3DM6A 1ZPKA 3PEPA 4B72A 3UQPA 2O4SA 3JW2A 5P89A 5P84A 3FNSA 4ZSRA 1HHPA 1K6PA 5P31A 3C9XA 3PBDA 5P2HA 2QI3A 4GJ6A 3EL0A 1YT9A 5P0WA 3VUCA 5P2OA 2OHUA 5P87A 3GW5A 2QD6A 3U7SA 5AH6A 4Y3YA 3D1YA 1EBWA 3I7EA 5P0OA 3LZVA 4QJ8A 4KE1A 5P4WA 3BC4A 2QMFA 1ZAPA 3VFAA 4DQEA 3LPKA 1XE6A 5SZ9A 2VJ6A 3APRE 2G94A 5P11A 5APRE 4YBFA 4OBZB 5P51A 1YM4A 5P6XA 1ODXA 3RTMA 5P16A 3L59A 1GKTA 3LHGA 5ER2E 1IZHA 2ZHSA 2Q5KA 3KDBA 4Z2ZA 2AVOA 3RSVA 3KF0A 4J0TA 3F9QA 3DCKA 2WJOA 5P6LA 1LYAB 2OHQA 5P3RA 4J55A 4AA9A 2IL2A 3SKGA 5P3OA 5C9FA 5P6TA 1A30A 5P0QA 3S2OA 1EBZA 5OZYA 3RVIA 2I1AA 3O9DA 2HPEA 5P37A 5P0CA 4KUPA 4LHHA 3NDXA 1GVXA 3KFRA 4RCFA 4FRIA 5AH7A 2I4VA 3NSHA 4RCDA 3FX5A 1W6HA 5P1CA 1BVGA 2OHNA 4LXAA 1HVKA 4R93A 4FCOA 4GJ5A 2HB4A 4ZSMA 4Y5CA 3R2FA 5OZLA 4Y4XA 2O4LA 5OZ3A 5P77A 1ZSFA 2R43A 4WY1A 2Q55A 5P4CA 2G24A 3K4VA 5P7DA 4ZLSA 5P4RA 3I25A 5IVTA 4JPCA 1KJGA 2QHYA 1UH9A 5IE1A 3TTPA 4Y6MA 3BUGA 4OBZA 1EC0A 2G26A 4Y3PA 1MT8A 5DR3A 4Y3DA 3GI6A 5P3YA 3UDPA 3O99A 3CIDA 2V11C 2FXEA 4Z50A 1HVJA 4EP2A 9HVPA 5OZVA 3RTHA 3NR6A 1HVRA 5P6HA 5P38A 2UXZA 5P03A 5P0PA 2WEAA 1C6YA 5P5DA 3UQUA 5P45A 4Y37A 5DQ2A 5P4AA 3OUBA 3K5FA 1KJFA 1EPPE 5COOA 1BBSA 3OGQA 4LAPA 5P7WA 1B6JA 1HPOA 3EKVA 5DR4A 3L38A 1K2CA 4QJ2A 5P5QA 2BKTA 5P22A 3NDWA 2WF4A 5P1VA 4Y50A 5P01A 1EBYA 5P1DA 1GVWA 5P27A 3INFA 5P8FA 2I0AA 1HWRA 1T7JA 2QHZA 3FNTA 5IVRA 2IKUA 5P73A 5P2GA 5HE4A 5P2VA 2QCIA 1XS7D 1KJ7A 5P3MA 2B8LA 5J25A 2VIYA 2ZJIA 4Y57A 2P4JA 5P3UA 1NH0A 5P1SA 2HAHA 5P81A 5P6VA 4Y4TA 5P7RA 5P4NA 4ZPFA 5P8JA 4XX4A 5JFPA 5P1QA 1IVPA 1T6EX 5KR8A 5P56A 1MTBA 2V12C 5P3SA 2FDPA 2WF2A 2WHHA 5C9DA 2FNTA 4Y5MA 5OZGA 2PH8A 1VIJA 2FDEA 2PC0A 2PYMA 2PSGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZD A;  5P4O A;  2VA5 A;  5P42 A;  5P8C A;  4HZT A;  4FSL A;  5P6B A;  3HBO A;  1B11 A;  4EYR A;  5KR2 A;  4L7G A;  2AQU A;  5P8T A;  3KM4 A;  4EQ0 A;  5P39 A;  1YM2 A;  3HW1 A;  1K2B A;  5OZB A;  5P65 A;  5P8E A;  3TPR A;  3KFS A;  4E43 A;  2NXL A;  5P5O A;  2VIJ A;  3LZU A;  5P5P A;  3MXE A;  4L6B A;  2G69 A;  3OWN A;  2P3B B;  3T7X A;  4TVG A;  1HVI A;  5P60 A;  3L5C A;  3EM6 A;  3OQD A;  5KOS A;  3HVP A;  3HAU A;  5P5L A;  1DAZ C;  1RL8 A;  3VF3 A;  3WZ8 A;  4AA8 A;  5P0U A;  1WBK A;  4R91 A;  5P0G A;  5P2M A;  4YHQ A;  1XDH A;  3OHF A;  4Y5L A;  4Y3T A;  3OUD B;  1BWA A;  1Z1R A;  2ER6 E;  5P2U A;  5P2I A;  3SA5 A;  1HTE A;  2VA6 A;  5P8N A;  3LIV A;  5KAO A;  2JE4 A;  3CYW A;  5C9B A;  4ZSQ A;  2P3C A;  1VIK A;  5PEP A;  4QJA A;  5P0F A;  3QBH A;  5P3B A;  4L1A B;  4Y3E A;  2G1S A;  4I0E A;  3H0B A;  5OZ7 A;  4F74 A;  4Y5K A;  4AZY A;  1NPW A;  5P75 A;  4Y3J A;  3IND A;  5P5V A;  3G72 A;  2PQZ A;  5P4V A;  2SAM A;  5OZX A;  1SME A;  2AOJ A;  1FFI C;  4Y41 A;  4Y53 A;  1MVP A;  3S7M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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