3PSGA

The high resolution crystal structure of porcine pepsinogen
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
370
structure length
365
Chain Sequence
LVKVPLVRKKSLRQNLIKDGKLKDFLKTHKHNPASKYFPEAAALIGDEPLENYLDTEYFGTIGIGTPAQDFTVIFDTGSSNLWVPSVYCSSLACSDHNQFNPDDSSTFEATSQELSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISASGATPVFDNLWDQGLVSQDLFSVYLSGSVVLLGGIDSSYYTGSLNWVPVSVEGYWQITLDSITMDGETIACSGGCQAIVDTGTSLLTGPTSAIANIQSDIGASENSDGEMVISCSSIDSLPDIVFTIDGVQYPLSPSAYILQDDDSCTSGFEGMDVPTSSGELWILGDVFIRQYYTVFDRANNKVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid proteinase zymogen)
molecule keywords PEPSINOGEN
publication title The high-resolution crystal structure of porcine pepsinogen.
pubmed doi rcsb
source organism Sus scrofa
total genus 79
structure length 365
sequence length 370
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 1991-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
A PF07966 A1_Propeptide A1 Propeptide
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3psgA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3psgA01
4J55A 3UDQA 2FNTA 5P3JA 1UH9A 1ODXA 5P04A 3VV6A 1BWAA 2J9KA 4WY6A 3TPLA 3O9BA 4J0YA 5HVPA 3VYFA 4OBZA 3GW5A 4LBTA 3UDHA 1SMRA 4HVPA 5P1OA 5P4VA 3L5BA 1MPPA 1LZQA 1MT7A 2VNMA 3AUPA 3UHLA 1NPWA 3I25A 4Y56A 3PCWA 2FXEA 1FQXA 3SA8A 4Y45A 1C70A 3D1YA 3VV7A 1HPOA 5P2OA 5P1NA 4K8SA 1CZIE 3Q4BA 3CMSA 2B42A 1GVXA 1WBKA 5P55A 2VIZA 1GVWA 4DJUA 4Y4TA 2UXZA 2AOHA 5P25A 5P8HA 4DJOA 1FIVA 5OYXA 3SKGA 1ENTE 4Y5BA 4NJTA 5DPZA 5P3TA 3UTLA 1HTEA 5P0AA 1PSAA 4H3JA 4RLDA 5IVSA 1FQ8A 1ZBGA 3MSLA 5OZZA 5P1SA 6APRE 5P1EA 1NPAA 5P50A 5P1BA 4Y5KA 4GJ9A 2Q54A 5OZGA 4RVIA 1E81E 4CPUA 3SQFA 1TW7A 4J1CA 5P0OA 1D4HA 1BWBA 1GNMA 4OBHA 1XS7D 2CENA 3OHFA 4ZEAA 4Y3ZA 4GJ8A 4OD9A 4NJUA 3OU1A 2I4UA 3IXJA 1ODYA 4TVHA 5P17A 5P4RA 5P4GA 5KR8A 3NR6A 3T7XA 2QI7A 5P4BA 3VLAA 4B1EA 1FG6C 5P3UA 1OEWA 4S1GA 5OZJA 1K2BA 5P7UA 5JG1A 2V12C 4GZFA 1KZKA 2QU3A 4DQHA 2A4FA 3PSGA 4J0PA 2PK6A 2V0ZC 4OC6B 3PVKA 4OBZB 4Y53A 3BVBA 5P83A 3SA6A 4EPJA 4GMIA 1UPJA 3IN4A 2QMDA 5P4WA 5P3RA 3TOGA 2BJUA 2BPVA 5P5NA 5TOLA 4Z50A 4CPSA 2CEMA 2AVMA 2RMPA 4KE1A 5P0GA 1SIPA 4LHHA 4ER1E 5HE4A 5CONA 2O40A 4JP9A 2FGUA 3SA5A 3EKPA 5I70A 5P4UA 4FE6A 5P0RA 4J1IA 5OYSA 2G22A 3CYXA 2VKMA 5KR2A 4NPUA 2WJOA 3SPKA 5C9BA 3NU3A 3SABA 1TSUA 4EQJA 5P8LA 5P4SA 4Y4UA 5OYTA 2PQZA 2VA5A 3VSWA 3OGPA 4YBIA 2PSVA 2QNNA 3D1XA 3TOHA 4GJ7A 5P7IA 5P67A 4ZE6A 5P19A 3NSHA 3S43B 1EPNE 5E5KA 4TVGA 2AZ8A 4AMTA 3LIYA 5ENKA 2QK5A 5P6MA 5P4HA 3IVHA 1D4SA 5P3PA 4GJBA 1SBGA 1HIHA 2WF3A 1K6PA 4D8CA 3OOZA 4OD9B 4TRYA 7UPJA 3OU1B 5I3XA 2EWYA 4YD7A 3QROA 5OZEA 4OBGA 5P5RA 2I4DA 4TRWA 5P3XA 3FKTA 2F3FA 2HS1A 3S56A 4U8WA 4FAFA 5P4OA 2Q64A 5P0TA 4Y4WA 4IVTA 4OBKA 4Y5GA 1DAZC 1OHRA 3I7EA 2ZJMA 3PWMA 1RNEA 3WB4A 2MIPA 4HA5A 1TZSA 1U8GA 2B7ZA 5AH8A 5P3BA 3DK1A 1F34A 5P08A 5P6CA 5P5MA 5P29A 4ZPFA 5P4MA 2R43A 4Y44A 3SA7A 1MUIA 4KB9A 3BC4A 4I0EA 1HPVA 2ER9E 1W5YA 2R38A 2QI3A 3ZKGA 1LYBA 5OYUA 5SXNA 4Q5MA 1T6EX 4R92A 5P4AA 5P5DA 4DJVA 4X2LA 2XFIA 3KFNA 5P1ZA 5P1AA 2QI1A 4HZTA 5P8SA 1FFFC 5HD0A 4Y3JA 4DVFA 2O4PA 3QP0A 4RCFA 3H5BA 2NXLA 3WZ6A 1RPIA 2VJ9A 5P1HA 5P46A 3PWWA 3K5DA 4DI2A 5OYVA 4YOAA 1YM2A 1SDUA 5F00A 3BRAA 2IRZA 1PPLE 4J1HA 3EL5A 1LV1A 5P0CA 1HVLA 4RVXA 3DM6A 3Q5HA 5P4NA 4JPCA 1MERA 1HHPA 1BV9A 1PROA 2P3AA 4FSEA 5P2IA 4ER4E 1NSOA 4AUCA 4FRJA 1QBRA 4Y58A 4Y4XA 4J0TA 5P0BA 2BKTA 1YTGA 5P6EA 5P5XA 2B60A 1HRNA 2I4QA 3C9XA 5P4TA 5P43A 4HDPA 3T3CA 2G24A 1W6HA 2PWCA 3BXSA 2UPJA 5KR0A 4L7GA 5OZ7A 4F73A 5P2UA 1E82E 5OZRA 1BDLA 2QI0A 3ZKNA 1LYAB 2G21A 3OQDA 4Y3HA 3UFNA 3DV5A 3LITA 5KOSA 1G2KA 5DQ4A 5T4SA 4DQEA 4DPFA 4Y3TA 5P5ZA 3LNKA 2G69A 3L38A 4JPEA 3TPPA 2QZKA 3TNEA 2ZJLA 5P80A 1PFZA 3INEA 4Y9WA 4FM7A 5P6QA 4HDFA 4L1AA 5P0NA 1JLDA 3QI1A 3HLOA 3UFLA 2AODA 1T7JA 2ZJIA 1HSIA 3RU1A 3UF3A 5P0YA 4Y5AA 4K4PA 1W5VA 3BVAA 1IDAA 5P05A 3T7PA 3K1WA 1EAGA 1WBMA 4XX4A 4U7QA 3BUGA 3D20A 3URIA 3Q70A 4B72A 3UDJA 5P86A 1HTGA 1LYWA 4Y4EA 2V00A 3L5EA 5OYZA 3SM1A 1AVFA 5P6XA 5P3KA 4LXKA 2VIEA 4CP7A 3ZKXA 3GGUA 5P71A 1K2CA 3SFCA 1D4KA 5KQFA 4FIVA 5I3VA 3K4VA 2I0DA 4M8XA 5P00A 4DJXA 5P8FA 5P1GA 2AZ9A 4NKKA 4Y3NA 3IXOA 1APTE 2Q63A 4U7VA 2G1SA 2HIZA 5P69A 3ZMGA 5P87A 3PJ6A 5OZNA 1HOSA 1B11A 2R9BA 1HVSA 2FDDA 4TRZA 2G1YA 2OF0A 4RCDA 5P7SA 2CEJA 2I4WA 5OZMA 5P5SA 2IS0A 5P6AA 5P0UA 3SM2A 3O9HA 2F8GA 3GGVA 2XYEA 5C9FA 5P7GA 5P70A 4J17A 4I8WA 1MRXA 2O4NA 2ER6E 3RSVA 1UH8A 4WTUA 3FNSA 2RSPA 1DIFA 5P34A 5P1VA 4EQ0A 3NU4A 5I3YA 5OZAA 2HPEA 3PI0A 5P0KA 2XFKA 3EXOA 4I0DA 1KJ7A 1HVHA 5P0MA 5P6NA 3NYGA 4PZXA 5KQXA 5P1DA 3G70A 5P4CA 4I1CA 2P8HA 5P6BA 3VLBA 5P8TA 2OHSA 5P3IA 4L1AB 1K1UA 3JW2A 3LIQA 4YD3A 5P2YA 2FIVA 4QJ6A 5P7WA 5DR0A 5P8DA 1TCXA 4N00A 3URJA 2WECA 3JVWA 2NNKA 1VIKA 1T3RA 3FSMA 4R95A 4OBFA 3KN0A 1LYWB 1ZJ7A 2ZJKA 4YHQA 1K6CA 2QHZA 3KMXA 4Y3MA 1HXBA 1IZHA 2QZWA 3L3AA 4CMSA 2ZHRA 1BXQA 1F7AA 3OXWA 5C9DA 5P22A 1B6MA 2QI6A 3A2OA 5P5BA 1IIQA 1Z1RA 2ZJJA 3OUBA 2HS2A 3OK9A 1QBSA 1Z8CA 4R5NA 5P8PA 1HXWA 3O9FA 3KF0A 2OAHA 1KJFA 2ZDZA 5P33A 3FIVA 2G27A 1BBSA 3T6IA 3MSKA 5P51A 2ZHSA 4OC6A 4DQBA 1GVUA 1FB7A 3KDCA 3MWSA 4OBJA 3DUYA 2UY0A 1QDMA 4Y51A 4AZYA 3EMYA 1SDVA 3MSJA 4F76A 1OD1A 5P4PA 3UDMA 3HBOA 5DR3A 5P6KA 2FGVA 5P73A 3VCMA 3NLSA 5OYWA 1YTJA 2ER7E 1YTHA 5P6JA 4Y48A 2QI5A 5P03A 2NPHA 3NDUA 3JVYA 2JJIA 3G72A 3DOXA 3HW1A 4HLAA 5P3NA 1TCWA 1HEGE 1E80E 1M43A 4CKUA 5P1UA 4XKXA 5JFPA 2OHMA 4ER2E 5P7KA 3DJKA 4Y5PA 4D85A 3PM4A 5P5VA 3EC0A 3K5CA 1LEEA 3VF3A 3VFAA 1OEXA 1IZDA 5P53A 2OHUA 2G94A 5P89A 4Y3PA 3S43A 1ZSRA 2HPFA 1EC3A 5P49A 5P8GA 4GJAA 2G26A 4D83A 1APVE 2OHQA 5P68A 2OHRA 2JXRA 3IVIA 5P1XA 2NXDA 4B1DA 4XXSA 2I0AA 5P6OA 2WHHA 4DJQA 4ZSMA 5HDUA 5KQYA 2QMGA 1HVIA 1APWE 1FMBA 4FRKA 4K9HA 2VA7A 1A94A 2NR6A 5P3SA 1G35A 5P0WA 4H3GA 1PPKE 3HDKA 5P5LA 4YDFA 4R91A 4Y35A 3TOFA 3GI0A 1MT9A 1MTBA 3OADA 4HE9A 2WEDA 2SAMA 1ZSFA 5OZDA 3F9QA 2IEOA 5P4YA 2HB3A 4LXAA 5P1IA 5P32A 1ME6A 5P7XA 3WSJA 5P47A 1BVEA 4RRNA 4Q1YA 1MSNA 1T6GA 2B8LA 1MEUA 5P5YA 3GGAA 5P1PA 4J54A 4Z2ZA 3OUDA 1FQ7A 3ZKMA 5AGZA 5P5HA 3TLHA 5P1RA 4B1CA 4LL3A 5ER2E 5P1MA 5ER1E 1SDTA 3QRVA 5P4KA 3SLZA 1SP5A 3UDPA 1MTRA 2ER0E 5P8NA 5P6DA 3UDNA 1ZTZA 3OTYA 5DQ5A 5P4ZA 3ZPUA 5P0HA 2BBBA 1D4JA 3NU9A 5OZCA 3VYDA 3FNTA 1B5FB 3KMYA 1YG9A 4K4RA 3PB5A 3VYEA 1E5OE 4Y3GA 3L5FA 4Y38A 4CPWA 2OHKA 5P88A 3ZOVA 2F80A 1HIVA 5P2VA 4Q1WA 4Y3FA 5HTZA 5P2QA 2V10C 3EKVA 3QN8A 5P4QA 4DPIA 5OZWA 4COEA 3O9CA 1MIQA 4QJ8A 4J5JA 5P7YA 2VIYA 2BQVA 2VIJA 3DCKA 4I10A 5EZZA 3OXXA 3SO9A 3QAAA 1LYAA 4R93A 1B6PA 3NU5A 4RROA 5P2HA 5P5KA 5KR1A 5P6ZA 4F74A 4EXHA 4EYRA 5AH9A 5P30A 5P5GA 4Y3YA 1W50A 4KE0A 4YD5A 1ZP8A 3D91A 3BHEA 1IZEA 1DMPA 3UQRA 3OADB 5P8IA 3L5CA 2ZGAA 4BFBA 4Q1NA 6UPJA 3R4BA 1BAIA 5COKA 4YA8A 3OXCA 3UCBA 5P3AA 4Y4JA 5P0XA 3ZKSA 2PYNA 3PMUA 5OZIA 5P2SA 2FDEA 5BS4A 3UDRA 5P57A 1XN3A 4L6BA 3OUDB 4J1FA 4GYEA 3KT2A 3EKXA 2P3BA 3RSXA 2QHCA 4EJLA 5IVRA 3OQFA 5P0QA 1CMSA 2Z54A 4FM8A 3O9IA 5OZXA 3BUHA 5HU0A 4Y50A 3IAWA 3EM6A 3K5GA 5P2WA 2ZJNA 3VEUA 2RENA 5P02A 1RQ9A 3OQ7A 4BEKA 1D4IA 4APRE 3I6OA 2NNPA 3OTSA 4PZWA 3FV3A 2AOIA 1EPPE 1B6LA 1Z1HA 1EPQE 5DR4A 4YDGA 4Y3EA 3DV1A 5PEPA 5IS4A 1EPLE 2IKUA 4FGXA 2IDWA 2XFJA 5HDVA 5DGUA 5P4XA 3N4LA 3URLA 5IE1A 5P60A 5HDZA 4H3IA 5OZ3A 4AA8A 2H6TA 3I2LA 2BKSA 4J0ZA 4RVJA 4Y5LA 5HU1A 5AHCA 5OZKA 1RL8A 5OYQA 5P3EA 5ISKA 2F81A 5P7MA 4QJ7A 5OZ0A 2IL2A 4EWOA 3KFRA 1HVCA 1AAQA 5OZOA 2WF1A 2V11C 3OAGB 3S54A 5P3WA 3KT5A 1WKRA 5SY3A 5P59A 5P6LA 5P8EA 2ZHTA 3ZPTA 4Y43A 4B0QA 3EKTA 4DQFA 5P09A 5P3CA 2NMYA 4UPJA 2VJ7A 5DQ2A 5P0PA 5P2ZA 2I4XA 2FDPA 4MC2A 3BUFA 5P62A 4DQCA 3PBZA 5P2TA 2R3WA 4I12A 5OZPA 5P8QA 3LIZA 5P6YA 3LZSA 3O99A 4OBDA 3S85A 4B77A 3QS1A 1AZ5A 5P2EA 2BPYA 1AJXA 5P1JA 3R0WA 5P7AA 4PPHA 2JJJA 4APEA 1AIDA 4I0HA 1EPOE 2RKFA 1KJGA 5P82A 5P56A 2P3BB 3LIVA 5KOQA 5P38A 1HTRB 5P8MA 5P24A 1A8KA 5KAOA 1BILA 4Y3RA 1ODWA 4YCTA 3NDTA 3CICA 4I0GA 2QP8A 5FIVA 3QBHA 1HTFA 3NDXA 4RYGA 2FS4A 5P5PA 4BELA 3PLDA 2FMBA 5P3DA 5P48A 5P76A 2G1RA 2ASIA 2VS2A 5P6IA 3NXEA 2AOEA 3NUOA 3KFSA 4GIDA 1FKNA 2AZBA 2PK5A 2WF4A 2AVOA 3OOTA 5OZQA 5P2DA 3EM4A 1IVQA 3S7LA 3MXEA 2AQUA 5P27A 1D4YA 1XN2A 3LZYA 5P2NA 5P7OA 1T7IA 2HAHA 5P0EA 4ACUA 1FGCC 1PPME 4FAEA 4DJWA 5P81A 1EPRE 2WEAA 3QVCA 5P5WA 4Y41A 5P7VA 4DJRA 2WEZA 1W6IA 2QCIA 4LXMA 3IA9A 4Y3WA 2P83A 1PSNA 2NTRA 4NPTA 3R2FA 2O4LA 4ZPGA 2AOJA 3R0YA 3LIXA 4YOBA 2QD8A 4ACXA 2PSGA 5P8BA 2FNSA 3PEPA 3ZLQA 5OZUA 2PH8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J55 A;  3UDQ A;  2FNT A;  5P3J A;  1UH9 A;  1ODX A;  5P04 A;  3VV6 A;  1BWA A;  2J9K A;  4WY6 A;  3TPL A;  3O9B A;  4J0Y A;  5HVP A;  3VYF A;  4OBZ A;  3GW5 A;  4LBT A;  3UDH A;  1SMR A;  4HVP A;  5P1O A;  5P4V A;  3L5B A;  1MPP A;  1LZQ A;  1MT7 A;  2VNM A;  3AUP A;  3UHL A;  1NPW A;  3I25 A;  4Y56 A;  3PCW A;  2FXE A;  1FQX A;  3SA8 A;  4Y45 A;  1C70 A;  3D1Y A;  3VV7 A;  1HPO A;  5P2O A;  5P1N A;  4K8S A;  1CZI E;  3Q4B A;  3CMS A;  2B42 A;  1GVX A;  1WBK A;  5P55 A;  2VIZ A;  1GVW A;  4DJU A;  4Y4T A;  2UXZ A;  2AOH A;  5P25 A;  5P8H A;  4DJO A;  1FIV A;  5OYX A;  3SKG A;  1ENT E;  4Y5B A;  4NJT A;  5DPZ A;  5P3T A;  3UTL A;  1HTE A;  5P0A A;  1PSA A;  4H3J A;  4RLD A;  5IVS A;  1FQ8 A;  1ZBG A;  3MSL A;  5OZZ A;  5P1S A;  6APR E;  5P1E A;  1NPA A;  5P50 A;  5P1B A;  4Y5K A;  4GJ9 A;  2Q54 A;  5OZG A;  4RVI A;  1E81 E;  4CPU A;  3SQF A;  1TW7 A;  4J1C A;  5P0O A;  1D4H A;  1BWB A;  1GNM A;  4OBH A;  1XS7 D;  2CEN A;  3OHF A;  4ZEA A;  4Y3Z A;  4GJ8 A;  4OD9 A;  4NJU A;  3OU1 A;  2I4U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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