1B6MA

Hiv-1 protease complexed with macrocyclic peptidomimetic inhibitor 6
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords RETROPEPSIN
publication title Molecular recognition of macrocyclic peptidomimetic inhibitors by HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
total genus 15
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1b6mA00
3S7LA 2I4XA 3SQFA 4QGIA 1LF4A 1PSOE 3K5GA 5TOLA 4FRJA 2O4NA 5P1LA 3BGCA 5P6JA 3NR6A 5P65A 1W50A 3IN3A 4RCEA 5P24A 2RSPA 3OQDA 3UDPA 4Y47A 1XE6A 5P7JA 1J71A 1XL2A 1XN3A 5P4VA 5P71A 5OZXA 4RRSA 2OHRA 4Y45A 4ZIPA 3EKYA 3QN8A 5P5JA 5P18A 2AOIA 4PPHA 2V16C 5P3RA 2R8NA 1KJ4A 5CONA 1E80E 5P4FA 5P5RA 5P2XA 4TRYA 4J5JA 2V11C 3I8WA 4FRSA 1YG9A 1DW6C 3NWXA 4GB2A 4Y5NA 2ER7E 2AODA 4KB9A 5AHCA 3PCZA 4F73A 4I0HA 1QBSA 3TPPA 1B6LA 4M8YA 4PHVA 5SY2A 5P5QA 3VYEA 1FFFC 5CLMA 4HA5A 5P40A 4RLDA 1FFIC 1D4HA 3QP0A 4DQCA 5P6GA 2VJ9A 2R9BA 5P6IA 2BKTA 4Y57A 3TPRA 3D1XA 1BDRA 2VJ6A 3DJKA 3PWWA 2WEZA 3OADA 5P6NA 1SDUA 1XS7D 1MVPA 2BPVA 5P3MA 4D83A 1W5YA 1B5FA 4DH6A 2BBBA 5P6DA 2QI1A 2G1YA 2WEDA 4I10A 4EXGA 5DQ1A 5P06A 3OY4A 1HSGA 4DJQA 5ISJA 2OHLA 4Y4TA 5P2GA 4RCFA 2QNNA 5P72A 5P6MA 4ER2E 4EHCA 2I0AA 2CEMA 1UH8A 5OZBA 1UH9A 4MC6A 5I70A 4Y4DA 5P6AA 4TRZA 3QRVA 5P84A 3B80A 4Y3RA 2OHTA 5P3NA 1M4HA 1IDAA 5P3EA 5P3GA 3PWMA 1FIVA 5P7NA 5DR7A 5P7KA 3R0WA 1BV7A 2AOGA 4YE3A 2ER6E 4F76A 2HB4A 5OZ4A 2IS0A 2P3DA 2F3FA 3NDXA 2WJOA 4AZYA 1A8KA 4OC6A 2AOCA 1B11A 4OBGA 5P3PA 5P7FA 3DOXA 1RQ9A 5P0TA 5P57A 3LINA 5HDZA 3SO9A 5P7BA 3SA6A 3KFNA 5P45A 3OOZA 4Y5MA 1W5XA 3ZKMA 4DPFA 3L5DA 3DM6A 1HVSA 5OZAA 5P34A 3BVBA 3EKPA 3OU4A 3PWRA 5P43A 3NUOA 3TLHA 5P5HA 5P01A 1MUIA 5P7GA 4DV9A 5P6BA 5E5JA 3O9BA 2G20A 3BVAA 5P1JA 3URIA 4J54A 5DGWA 1EPME 3BUHA 4UPJA 2Z54A 2QMDA 4OBZA 5HE7A 5P8MA 3BRAA 5P3AA 5P6VA 3LIYA 4R92A 1KJFA 5DR1A 5OYTA 2RMPA 5P3CA 5P64A 1HTGA 5HE5A 4Y3TA 1A94A 2ZHVA 1ODYA 4J55A 4AA8A 5P55A 2V10C 5AH7A 2I4WA 1PPME 5P33A 1APVE 1MTRA 3DUYA 2V0ZC 2HIZA 5P35A 1IZHA 5P7RA 5P8UA 3L59A 2AZ9A 2H6SA 5HU0A 1K2BA 5OYRA 1HSIA 5OZNA 4R91A 3OGPA 4J1KA 3ZOVA 5P3DA 2G1OA 3PHVA 1F34A 3K5FA 5P8IA 4EPJA 1BILA 3HVGA 3ZPUA 4ZSQA 1FG8C 1TSUA 1M0BA 2VIJA 5P1KA 1ENTE 1OEXA 5HCOA 5P59A 4ZSRA 3GI0A 3L3AA 3KT2A 5P89A 5P44A 4GJBA 1ZPAA 3TKWA 5P4LA 3T7PA 2PQZA 3VV7A 5P39A 1EC0A 1ZLFA 1FQXA 4GJ6A 2PSGA 3PMUA 5P0JA 3GGUA 4APEA 2QZLA 1MERA 1GNOA 5P3BA 4LXAA 3HAUA 5P49A 3TH9A 1VIKA 1ZBGA 3GGVA 2FMBA 3HAWA 5P5UA 2V13A 4XX4A 2VA6A 1HTRB 5ENMA 1HVLA 4LP9A 1BVEA 1FGCC 5P8JA 4J1FA 4DQFA 3OADB 1BXOA 3OXVA 5P53A 5P4DA 4PYVA 2NR6A 5P28A 1APWE 4D8CA 2BPWA 5SZ9A 1SBGA 5OZJA 3KA2A 4B1CA 5P2EA 2F3EA 3TOHA 3UDYA 2QP8A 1CMSA 1SP5A 4GYEA 2VNMA 4Y51A 5P1MA 4Q1NA 1HTFA 1HVIA 3NU3A 2IRZA 5P31A 4MC1A 4EQ0A 1TCXA 1LYAB 4YD4A 3INEA 4CP7A 4Y5CA 2QI6A 5P58A 3QI1A 1WBMA 5P0PA 4QJAA 3TNEA 3NU6A 5OZGA 5P61A 5P13A 5JFPA 5P76A 1EBYA 4H3FA 1PPLE 3ZKSA 1T6EX 7UPJA 1AIDA 3LITA 4B00A 5P20A 1FQ6A 4Y50A 5P0MA 5DQCA 5P4IA 4OBKA 5P4JA 5P2ZA 1WKRA 3UQUA 4OC6B 2AQUA 3ZKNA 3TKGA 4GJAA 1E81E 1QBUA 2I4DA 3EMYA 1HVCA 4ZPFA 5OZZA 2VIYA 5P67A 4XX3A 5P6SA 3QRSA 3VYDA 3QAAA 5P26A 5OZOA 5P41A 5IVQA 2CENA 4YOBA 5P5PA 3R4BA 3VEUA 2F8GA 2ZDZA 4I11A 4B1EA 3UQPA 5P7ZA 5P25A 5P3UA 2SAMA 5P11A 3CKRA 3UDKA 3MSJA 1IDBA 1DPJA 1MSMA 4FAEA 4DUSA 4OBZB 3WZ6A 5P36A 2VJ7A 4HDFA 4Z22A 3Q4BA 5P4AA 1K2CA 4RROA 1GKTA 5P8SA 4D88A 1HIIA 5DR4A 5P2UA 3FSMA 3IN4A 4CPSA 1BVGA 5P2SA 1GVVA 1G35A 2Q54A 4Y41A 1JLDA 3CICA 2HAHA 1YTHA 3LPKA 4A4QA 4Z50A 4Y4GA 4Y3JA 1G2KA 5OYZA 4MC2A 5P1VA 5P1BA 4HEGA 5AHAA 2FS4A 4Y3ZA 2R5QA 4K4RA 5P8NA 5P3HA 4Y56A 4Y3PA 2BPZA 4NPTA 4X2LA 4EXHA 1UH7A 1K6VA 1PPKE 3DV5A 2QHZA 5KQFA 3BHEA 1RNEA 1G6LA 5OZSA 3D1YA 3VG1A 1YT9A 3PSUA 2AZBA 3SM1A 5P3VA 3N4LA 3EBZA 1W5VA 3EL1A 4FIVA 2MIPA 3UQXA 3PSYA 4RVIA 4ER4E 2I1AA 2VA5A 2IGXA 4NJVA 1T6GA 1NSOA 2FIVA 2ER9E 4CPXA 5KR8A 4H3JA 1FKNA 5OZ8A 2WF1A 2NXLA 5DR0A 5P48A 5P6XA 3IVHA 1HBVA 4YBFA 2IQGA 4NPUA 5P2VA 2FLEA 3SKGA 3RVIA 5P6YA 1YM2A 2IKOA 1GNMA 1QS8A 1CPIA 4I12A 2O4KA 3IA9A 2I0DA 5P3XA 2VS2A 4EP2A 3SAAA 5P47A 2FNTA 1TCWA 3Q6YA 2AOFA 5P3YA 3OUBA 5P4XA 1BIMA 1KJ7A 2JJIA 5P5WA 2JJJA 3OQFA 2IL2A 2FDPA 1QBTA 2QI5A 3EL5A 3WB4A 1MIQA 3L58A 3O9DA 1NPVA 3S54A 1HWRA 5P0RA 1KZKA 3UTLA 5P2AA 4ZSPA 1EBKC 1C70A 1YM4A 4FE6A 2B42A 2G21A 3IXKA 5P4BA 4YD7A 3IVIA 2ZE1A 5P27A 1C6YA 4J0PA 5ER1E 3RTNA 4A6CA 2NXMA 5IVTA 3QROA 4YDGA 4DJPA 1LEEA 2FDEA 4HDPA 5P8QA 3UHLA 4GJ5A 2JXRA 3FX5A 3UDMA 4K9HA 4J1IA 1YX9A 1AJVA 2J9JA 2NPHA 2WKZA 3T6IA 4YCTA 3ZMGA 4FCOA 5P12A 3APRE 1EPRE 3UPJA 2BJUA 2R38A 5DGUA 1EPLE 5P1YA 3D91A 1AM5A 2NMYA 2G1RA 4GMIA 5P6WA 5P38A 3NWQA 4B05A 5P22A 1Z1RA 5OYVA 3CMSA 5P4YA 5P2RA 5P2FA 3RSVA 2Q15A 3L5FA 5P2DA 1BWBA 3GI6A 2ZHUA 3UF3A 3UQRA 4KE1A 4CPQA 1EC3A 1FQ8A 1T7KA 5P80A 2I4QA 2V12C 3PRSA 3IXOA 5P23A 4LXMA 3KM4A 5P7QA 1FMBA 3TPLA 3LIQA 2BPYA 3KN0A 5JODA 4EJLA 2R3WA 3CYXA 2OHSA 5P1QA 5P2CA 4Y35A 5E5KA 3OGQA 5P5GA 1ME6A 5P4HA 3G70A 4GJCA 2Q5KA 5P1DA 4OBFA 5P0CA 2AVVA 3GGAA 4J1HA 4Y3YA 5P63A 5P87A 4IVTA 3PVKA 2Q63A 2ZJNA 2FXDA 5P46A 4HE9A 1SGZA 4DJXA 5EZZA 1ZAPA 1PFZA 5P8LA 5T4SA 1HIHA 3SA5A 2VIZA 2G69A 1MTBA 3RU1A 3MXEA 4DI2A 3PGIA 3D3TA 5P8OA 3PLLA 3OHHA 5P4MA 4Y4AA 4ZE6A 1GVUA 2BKSA 1FB7A 5P4GA 5AH6A 1LYAA 4Y5EA 5P8BA 2G22A 2QU3A 5I3VA 5OYSA 3NUJA 2HS1A 3EKWA 5P0NA 4K4PA 5P3TA 4J1EA 1Z8CA 4U7QA 4Y3GA 3OQ7A 4Y3DA 4J0YA 1YTIA 2FGVA 2RENA 2ZJMA 5HU1A 3EM6A 4DJUA 1WBKA 5P1CA 5OZTA 1FF0C 5P5IA 5P66A 1ZP8A 3GW5A 5P6PA 2XFJA 2WHHA 5P6KA 5OYWA 2AZCA 2VKMA 5P3SA 3INFA 5OYQA 5P5DA 1NPWA 1HRNA 3N3IA 4DJOA 5AH9A 5IVSA 4HVPA 3KYRA 3AIDA 3S53A 3O9HA 3SKFA 2QZKA 1HXWA 2ASIA 5P3ZA 2FXEA 4R5NA 1K1TA 3ECGA 5HE4A 3LIVA 2OHNA 5P5KA 3OWNA 1D4JA 4DQHA 5P56A 5P8RA 5P50A 1GVTA 5P4UA 4D85A 3I7EA 3ZKQA 2AZ8A 3NLSA 4MC9A 3LNKA 5IS4A 4DJWA 5P5FA 4Q1WA 2QI3A 3BXRA 4CPTA 3S56A 5P4CA 4YCKA 2NNKA 4HZTA 1HSHA 2G26A 3O9GA 5P0HA 4B70A 5P3OA 3EL9A 3S7MA 2I4VA 5P2YA 4A6BA 5F00A 1FMXA 2J9JB 3SFCA 1EPQE 5OZKA 1GVWA 5OZ3A 3UDHA 5P1WA 5P60A 3PM4A 3QVIA 1M43A 3OTYA 3NXEA 5P2BA 4YHQA 3QPJA 2QI7A 1IZIA 5P77A 1MT9A 4OBJA 2V00A 1LYBB 3EM3A 5BWYA 3UFLA 5P4SA 4YBIA 2WECA 5P6ZA 4EYRA 5C9DA 1EEDP 2BPXA 1BV9A 1HPXA 3VF3A 4RYCA 2UY0A 3GI5A 4I0ZA 4Y3QA 5P4KA 3OU3A 4FM7A 3KDCA 5P2MA 5P82A 5P52A 5P6UA 2ZJIA 5C9BA 2OAHA 3SA3A 1MEUA 5P0EA 4DJVA 2O4PA 3VSWA 1E82E 5P79A 3OQAA 1TSQA 3CYWA 3O9CA 5OZVA 3BUFA 3ZL7A 4YDFA 2Q55A 4QJ9A 4LL3A 1D4SA 4B77A 2APRA 5P2JA 3VUCA 2IDWA 3QBFA 5P7OA 5P7XA 4Y5PA 4FRIA 3LZYA 1BDLA 3PBDA 4BFDA 4Q1YA 3KF0A 5P1EA 3GGXA 1LF2A 5HDUA 1IVQA 5P1FA 1TW7A 1XE5A 4XKXA 3FV3A 1DIFA 6UPJA 4ACUA 5OZQA 5COPA 4AMTA 2HC0A 1Z1HA 4HLAA 5OYYA 2AVOA 4L6BA 3KFRA 3TL9A 2UPJA 3JVYA 1EPNE 5P8CA 5P7AA 5P5LA 4BEKA 4I0JA 3OTSA 1QDMA 2PK5A 3OU1A 5P0YA 2OHUA 5AGZA 5HCTA 2QK5A 4J0VA 3O9FA 4ZEAA 1K6CA 4RVJA 5P73A 1LF3A 4WY1A 4DVFA 1TQFA 5P4ZA 5P8FA 5P83A 2WF4A 5UPJA 2P4JA 2ZHRA 4Y4WA 1MT8A 2OHQA 4I0IA 2NMZA 5P4PA 4JP9A 4Y3EA 3QS1A 4CMSA 3FNUA 3CKPA 5P19A 3K5CA 1EC2A 5OZMA 1HPOA 3HBOA 5P8PA 1W51A 5KOSA 1BDQA 5P6TA 4Q5MA 5B18A 3LHGA 4TVGA 3EC0A 5P4NA 5P74A 1D4LA 2Z4OA 1META 5P6RA 3MSKA 5P1PA 5OZHA 5P7DA 5P2HA 2QHCA 1ER8E 5P07A 1HVHA 3EKTA 3OUDA 3Q5HA 2PK6A 5OZ5A 2NTRA 1HVKA 3IAWA 4Y53A 4Y5BA 3NU4A 2QNPA 5JFUA 3DV1A 5P05A 2B8LA 4CPRA 3O9EA 4Y48A 3UFNA 1B6KA 3VFAA 3ST5A 5P1XA 3U6AA 5P7YA 5P5CA 1T3RA 4FL8A 2XFKA 2OHPA 4L7HA 2VIEA 2OF0A 4B1DA 3OAGB 3S2OA 3TTPA 2B8VA 3OXCA 5P4OA 2QU2A 1YTJA 1PSNA 2ZJJA 3EL0A 5KOQA 5P09A 1D4KA 3H0BA 2HM1A 4Y3LA 3TPJA 5FIVA 5SXNA 2AOJA 5AH8A 3SLZA 5P2IA 1NH0A 3ZPTA 4Q1XA 3KMXA 5ISKA 5OZ7A 5P0ZA 1DMPA 4Y4ZA 5P37A 3LPIA 4TRWA 5P1GA 3T7XA 5OZRA 2BQVA 3EXOA 4Y43A 5OZYA 3GI4A 5P3WA 1IZDA 4H3IA 4H3GA 4Y5AA 4R95A 4JPEA 4RRNA 2QAKA 6FIVA 1BAIA 3TOFA 4R93A 2IKUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S7L A;  2I4X A;  3SQF A;  4QGI A;  1LF4 A;  1PSO E;  3K5G A;  5TOL A;  4FRJ A;  2O4N A;  5P1L A;  3BGC A;  5P6J A;  3NR6 A;  5P65 A;  1W50 A;  3IN3 A;  4RCE A;  5P24 A;  2RSP A;  3OQD A;  3UDP A;  4Y47 A;  1XE6 A;  5P7J A;  1J71 A;  1XL2 A;  1XN3 A;  5P4V A;  5P71 A;  5OZX A;  4RRS A;  2OHR A;  4Y45 A;  4ZIP A;  3EKY A;  3QN8 A;  5P5J A;  5P18 A;  2AOI A;  4PPH A;  2V16 C;  5P3R A;  2R8N A;  1KJ4 A;  5CON A;  1E80 E;  5P4F A;  5P5R A;  5P2X A;  4TRY A;  4J5J A;  2V11 C;  3I8W A;  4FRS A;  1YG9 A;  1DW6 C;  3NWX A;  4GB2 A;  4Y5N A;  2ER7 E;  2AOD A;  4KB9 A;  5AHC A;  3PCZ A;  4F73 A;  4I0H A;  1QBS A;  3TPP A;  1B6L A;  4M8Y A;  4PHV A;  5SY2 A;  5P5Q A;  3VYE A;  1FFF C;  5CLM A;  4HA5 A;  5P40 A;  4RLD A;  1FFI C;  1D4H A;  3QP0 A;  4DQC A;  5P6G A;  2VJ9 A;  2R9B A;  5P6I A;  2BKT A;  4Y57 A;  3TPR A;  3D1X A;  1BDR A;  2VJ6 A;  3DJK A;  3PWW A;  2WEZ A;  3OAD A;  5P6N A;  1SDU A;  1XS7 D;  1MVP A;  2BPV A;  5P3M A;  4D83 A;  1W5Y A;  1B5F A;  4DH6 A;  2BBB A;  5P6D A;  2QI1 A;  2G1Y A;  2WED A;  4I10 A;  4EXG A;  5DQ1 A;  5P06 A;  3OY4 A;  1HSG A;  4DJQ A;  5ISJ A;  2OHL A;  4Y4T A;  5P2G A;  4RCF A;  2QNN A;  5P72 A;  5P6M A;  4ER2 E;  4EHC A;  2I0A A;  2CEM A;  1UH8 A;  5OZB A;  1UH9 A;  4MC6 A;  5I70 A;  4Y4D A;  5P6A A;  4TRZ A;  3QRV A;  5P84 A;  3B80 A;  4Y3R A;  2OHT A;  5P3N A;  1M4H A;  1IDA A;  5P3E A;  5P3G A;  3PWM A;  1FIV A;  5P7N A;  5DR7 A;  5P7K A;  3R0W A;  1BV7 A;  2AOG A;  4YE3 A;  2ER6 E;  4F76 A;  2HB4 A;  5OZ4 A;  2IS0 A;  2P3D A;  2F3F A;  3NDX A;  2WJO A;  4AZY A;  1A8K A;  4OC6 A;  2AOC A;  1B11 A;  4OBG A;  5P3P A;  5P7F A;  3DOX A;  1RQ9 A;  5P0T A;  5P57 A;  3LIN A;  5HDZ A;  3SO9 A;  5P7B A;  3SA6 A;  3KFN A;  5P45 A;  3OOZ A;  4Y5M A;  1W5X A;  3ZKM A;  4DPF A;  3L5D A;  3DM6 A;  1HVS A;  5OZA A;  5P34 A;  3BVB A;  3EKP A;  3OU4 A;  3PWR A;  5P43 A;  3NUO A;  3TLH A;  5P5H A;  5P01 A;  1MUI A;  5P7G A;  4DV9 A;  5P6B A;  5E5J A;  3O9B A;  2G20 A;  3BVA A;  5P1J A;  3URI A;  4J54 A;  5DGW A;  1EPM E;  3BUH A;  4UPJ A;  2Z54 A;  2QMD A;  4OBZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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