4R92A

Bace-1 in complex with (r)-4-(2-cyclohexylethyl)-4-(((1s,3r)-3-(isonicotinamido)cyclohexyl)methyl)-1-methyl-5-oxoimidazolidin-2-iminium
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
391
structure length
388
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of potent iminoheterocycle BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 388
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r92A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r92A02
3MXDA 3SKGA 1G2KA 1G6LA 2VNMA 2ZE1A 4Z22A 5P5XA 3HVGA 1IDBA 5KQYA 4N00A 1T7KA 5P6YA 5P6LA 5P3DA 5IS4A 3TPRA 5P8HA 2ER6E 3OWNA 1SDVA 5P2UA 2Q11A 4YDFA 2BBBA 2O4NA 4Y45A 3R1GB 3FKTA 5P64A 1YTGA 1D4HA 3AUPA 3H0BA 5P2GA 3OU1B 4Z2ZA 2SAMA 3KT2A 3FX5A 1LYAA 2IS0A 4H3FA 3DK1A 3LZYA 5P05A 1FQXA 3TH9A 4I0FA 5P2OA 3CMSA 3UDJA 2VJ7A 4D88A 3PVKA 2PYNA 3GGXA 4EQJA 1MTBA 5IVSA 2I4WA 5COKA 5P4RA 2AIDA 3INDA 4Y3LA 2Q55A 2XYFA 1NPWA 3NR6A 5P4YA 3OQAA 3IAWA 1A8GA 4F75A 4PEPA 1RL8A 4FLGA 1M0BA 5P6AA 2O40A 4QJ9A 5P1TA 3RSXA 6APRE 4FM8A 3IXKA 5P6FA 3TPPA 4AZYA 5P41A 2IDWA 6UPJA 1YTHA 3SA7A 1PSNA 5P63A 3TOGA 4CPTA 1EPNE 2V16C 3O99A 2PQZA 3LHGA 5OZYA 3BVBA 4Y3GA 4FSEA 5P7XA 4Y3TA 4K9HA 2Q15A 3PWWA 2RSPA 3R0WA 1APTE 5P7VA 4J1EA 5P43A 4DJWA 1EBYA 1HSHA 5AHAA 2QI0A 4MC2A 2OHTA 1UPJA 2QI3A 3NU5A 3PJ6A 5DGUA 5P35A 3RTNA 5OZ0A 2OHQA 3EC0A 3BXSA 3BXRA 3CIBA 5P20A 5P0VA 1SIPA 1YG9A 5P30A 1K6VA 5DQ2A 1A9MA 2V0ZC 4ACXA 5P5DA 4TRYA 3LZVA 2R5QA 2PK6A 3DV1A 5P2JA 1FLHA 5P50A 1VIJA 5P66A 2ZGAA 2HPFA 2J9JB 4LL3A 1M43A 3T6IA 3OXCA 5P4TA 3FIVA 3O9AA 1AM5A 1ENTE 3CIDA 2BJUA 5OZOA 2QHYA 4HE9A 5P7NA 3LIVA 3PLDA 4I8ZA 5P03A 2WF4A 3OU1A 1D4KA 5P0QA 3KMYA 3CKPA 5P5BA 1IZIA 4ZSRA 2FS4A 2AOJA 3RTHA 1TSUA 1NPAA 3MWSA 1GVVA 5P27A 5JFPA 1MESA 5P1ZA 4OBKA 4I0DA 5P3IA 5P8KA 2NNPA 2R8NA 4RGHA 4DQEA 3HAWA 5P51A 3G72A 2Z4OA 2G24A 5P1JA 4OC6B 1MT7A 2A1EA 5P5ZA 4EHCA 3SLZA 1MRWA 1AAQA 3DUYA 2XFJA 4GJ9A 2AVQA 4Y50A 4J1IA 4CPQA 3OK9A 3IN3A 1MSMA 5APRE 3ZPUA 1EEDP 3EXOA 4XXSA 4D83A 4EWOA 1W5XA 1DPJA 5P15A 2O4SA 3OOZA 3CYWA 2I4QA 2Q64A 4YCTA 1BAIA 3O9BA 5P7AA 5P6IA 3DM6A 4RCEA 1AJXA 4I0ZA 4U7QA 1ZPAA 4Y3HA 5HU1A 2RMPA 2V11C 5P73A 3L59A 2IGYA 4PZWA 1DMPA 5P3MA 4CP7A 3OU4B 4YBIA 1HPVA 1HVSA 5HE4A 4NJTA 1IBQA 3T7PA 4LHHA 1HSIA 2QZWA 5P77A 1ZTZA 3D3TA 4YD5A 4Y5GA 2BKTA 3TKGA 1LF4A 1AIDA 1T6EX 4Y53A 4PYVA 3VYDA 4K4PA 5ER2E 2F3EA 5P3YA 4DI2A 3RTMA 3OTYA 5JG1A 3O9CA 5P4EA 5E5JA 1MVPA 2QMGA 2F81A 2FDEA 1FFIC 3D20A 4Y5NA 3FSMA 3D91A 5P6JA 4LAPA 1D4LA 8HVPA 5P8JA 1MRXA 1EAGA 5P6TA 4J0ZA 1FMBA 4TRZA 3ST5A 4Y5MA 2XFIA 1HPOA 5P00A 4EJKA 5AH9A 5P2HA 5ISKA 2V13A 2IKOA 5OZDA 4Y3AA 1ZLFA 3NWXA 1BDRA 2ZJHA 5P71A 5P5VA 1FMXA 5P3TA 5P1WA 2FXDA 3DOXA 3GGUA 2AZCA 5P8QA 1XN3A 1GVTA 3VYEA 3LIYA 3PB5A 4J1FA 4OC6A 5OZ2A 4Y48A 4CKUA 5OZNA 3APPA 5P4NA 5PEPA 3BGCA 3N4LA 1MERA 5OZSA 1PFZA 3SA5A 5OZLA 1WKRA 4HVPA 4Y4XA 5P10A 4IVSA 5P86A 3MSKA 5P2EA 5IVRA 4J1CA 1W5YA 3O9DA 5P3WA 5P69A 1XS7D 4R95A 4I12A 4HDFA 2NTRA 5P2RA 4DJRA 3HAUA 2F3FA 2OHPA 5P84A 1C6ZA 5P59A 1N49A 5P5UA 4EQ0A 4LXMA 1IZHA 2P83A 5P0HA 2BQVA 2AOCA 4QLHA 3PCZA 1IDAA 3NU6A 2ZHVA 5OZRA 1W51A 2MIPA 1IIQA 1HWRA 4Y5KA 1BWBA 1TQFA 3U71A 3OU4A 3UQPA 5EZXA 5CLMA 3AIDA 5BS4A 3HD8A 5HDUA 1LYWB 3UTLA 4APEA 3CICA 5P7ZA 2PMAA 4QJ2A 2CEJA 4GIDA 3UDRA 5P52A 1HVHA 5OZQA 5P6WA 2WEAA 2BB9A 5P28A 3HW1A 4Q1XA 4J0TA 4K4RA 5OZUA 5OZ5A 5I3VA 2EWYA 3ZKXA 4FE6A 5P1YA 5P5KA 2IKUA 1C70A 3EKTA 5P7TA 1NSOA 1GVWA 3KF0A 1BV7A 1APVE 4PZXA 3GW5A 3OY4A 3MSJA 5P23A 5OYSA 3OHFA 5FIVA 3QPJA 3PI5A 4B00A 5I3XA 5P1LA 5P8FA 5P32A 3IGBA 3GGAA 2BPYA 4Y3WA 1A30A 1HIHA 1FKNA 3K5CA 1VIKA 3NUOA 5P62A 2G21A 4FM7A 3S56A 3QBFA 5P13A 3TOFA 1T6GA 3O9EA 2BPZA 4Y4JA 1M4HA 1RV7A 3UF3A 5KR0A 1ME6A 5I3WA 5OYZA 4DPIA 1AJVA 4JPCA 4YBFA 5P68A 5KQZA 4I11A 5P58A 4JECA 5P04A 4A4QA 5P3FA 5P3JA 4K4QA 3Q70A 1YX9A 4GJ8A 5P2AA 2UXZA 5P8DA 1HVJA 4Y5BA 5OZ8A 5KOQA 1QBSA 5P3CA 2P3BB 5P4LA 3OQ7A 3D1ZA 5ISJA 4Y3PA 1A8KA 3S85A 5P2CA 5P8MA 4HA5A 2AOGA 3NU9A 3S8IA 5OZAA 5HU0A 3IN4A 3M9FA 4J0PA 5P7YA 1QDMA 5P4DA 3UDNA 3OGQA 1FQ8A 3UQUA 2IQGA 5P60A 3EL5A 3OOTA 2AQUA 5IVQA 5P85A 3PWRA 2B42A 3VV7A 4TVGA 1HXBA 2AOFA 3NXNA 1ZSRA 5P0OA 2IL2A 3NDTA 5P5WA 3L3AA 3PGIA 3K4VC 1LYWA 3URIA 5AH7A 4H3IA 3GI4A 7HVPA 5P8CA 4R5NA 5C9DA 4Y43A 4GJ5A 5P2YA 5P16A 5P2FA 2PSUA 5P2QA 3UDHA 2IRZA 5P6PA 2ZJKA 3QAAA 3SFCA 5C9FA 3UPJA 3WB4A 1F34A 4I10A 2NMYA 2ASIA 5P1NA 4I0IA 3L5EA 3PSYA 4FGXA 5P1OA 5P2BA 3KDBA 4KE1A 2VA6A 3ZMGA 2ZHRA 4XX4A 1HXWA 2VA5A 4EJ8A 4CPXA 1LV1A 1Z8CA 1BIMA 5HE5A 1Q9PA 2QP8A 5P6CA 5P6OA 3SACA 2WECA 2B8VA 4UPJA 4DJXA 5P3HA 3DV5A 1MPPA 4GJCA 1D4IA 2P3AA 3O9HA 4AA8A 5KAOA 5P3LA 3VCMA 1ODWA 3TL9A 3D1XA 1G35A 1SGZA 3SM1A 2G1SA 1D4JA 2PWCA 5P2TA 3NYGA 4DH6A 2BPXA 3QVCA 3HVPA 3ZKNA 1YT9A 2P3DA 5P74A 4U7VA 4X2LA 4Y4AA 1PPME 2P3BA 5IE1A 2QD6A 5KR8A 5J25A 5JFUA 2QZXA 1UH7A 5P8GA 2R38A 1EC1A 3SM2A 5P36A 5P0BA 1FQ4A 1SMEA 5OZMA 4E43A 2P8HA 5UPJA 5P26A 3OHHA 1IVQA 3VYFA 3SA8A 3UDYA 2WL0A 4DPFA 4B0QA 5P83A 1HTEA 1J71A 3VSXA 4Y3JA 5P5GA 3FNUA 5P4KA 5P3NA 5P2KA 4D8CA 4Y3RA 1B6JA 3NSHA 5OZPA 5COPA 5P3GA 5P0EA 3PSUA 2ER7E 4Y3FA 4B1EA 1KJGA 1GVXA 4Y3MA 1WBMA 2AVOA 5AGZA 5P67A 1SP5A 1W5WA 3VF3A 5P8OA 2FDDA 5HDZA 3L5BA 3HZCA 1DIFA 4DQHA 1NH0A 1KJFA 3BC4A 3GI5A 3EL0A 1FGCC 5DR7A 2AVVA 1YM2A 4FRSA 5DQ4A 3TPLA 1HSGA 3INFA 3IVHA 5P29A 5P02A 5P61A 1HIVA 4HDPA 5COOA 5P89A 5ENKA 5CONA 3SA6A 4Q1WA 2HC0A 4B1CA 3EBZA 3L5DA 5ER1E 1FB7A 4RYGA 5P18A 5P7PA 5P19A 4AA9A 3VFAA 4EJDA 2QCIA 3K5GA 5P6DA 1HTRB 1PPKE 3HLOA 5BWYA 3EKPA 4J0VA 3NDWA 5P4WA 1XN2A 1HVLA 3ER3E 2H6TA 4AUCA 3QRVA 1B6PA 5P5EA 2G22A 3T11A 4YD7A 5OYVA 5P07A 3ZKSA 5DR0A 3BRAA 4Y3YA 4A6BA 4Y5CA 2ZJLA 1BBSA 3PBZA 1MEUA 5P79A 5P5SA 4COEA 2G27A 4LP9A 5P40A 3TNEA 1RPIA 4CPWA 4B72A 1EC3A 3BGBA 2O4LA 5P8VA 2AVSA 2R43A 5P38A 4Y5LA 1LEEA 2ANLA 1T3RA 5P3UA 1HTFA 4L7JA 4CMSA 3PEPA 3UDPA 2NPHA 2QI4A 5P82A 1ER8E 4FL8A 3RVIA 1ZP8A 5DPZA 3GI6A 5P12A 2NXMA 2WJOA 4Y4ZA 4LXKA 4RRNA 4Y4UA 2R5PA 3UFNA 5P6NA 3PI0A 5P24A 1LYBB 5P09A 3K1WA 1Z1HA 1WBKA 2BKSA 2WEZA 1FIVA 3QRMA 5P1QA 5P0GA 5OZ6A 5P6QA 2F8GA 1OD1A 5P6UA 4GJDA 5P4PA 4IVTA 4JPEA 3K5DA 2G1YA 2P3CA 5P8TA 4RROA 4XX3A 5P7KA 3KDDA 4EXHA 1E5OE 5P1XA 2HPEA 5P70A 4J54A 5P7WA 1ZSFA 2HB2A 3SPKA 3CKRA 1EBWA 4Y54A 3LPJA 5P3VA 4Y3SA 2G69A 4NPTA 5P8SA 4I8WA 2J9JA 3LZUA 5P0LA 3MSLA 2PC0A 1E82E 3VSWA 3TTPA 5B18A 5P7HA 4LC7A 1SIVA 5P0FA 5P81A 5OZBA 5P1BA 1GNNA 2Z54A 3I2LA 1TZSA 3LIZA 1W50A 3OQFA 3VV6A 3L58A 5SY2A 2QMFA 4OBHA 5OZEA 5P0MA 4CPUA 5P0WA 4GJAA 1B11A 3OGPA 1UH8A 1LF3A 2FGVA 4RVIA 4F74A 2OHNA 5P34A 4DFGA 4DJOA 3SKFA 1B6KA 3U7SA 3Q3TA 3IVIA 5P65A 5P8PA 1KJ4A 4GZFA 5P1AA 5P6MA 4Y4BA 2QMPA 4GJBA 1SH9A 5P6HA 1CPIA 3OUCA 4DQCA 4OBJA 1BWAA 5P0CA 4BELA 3VF7A 3O9LB 3L5FA 3Q5HA 3EKQA 4Y3EA 5P7BA 5OZTA 3ZKIA 4BEKA 4QGIA 2IEOA 4BFBA 2V00A 4ZE6A 1JLDA 4Y5PA 2QD8A 5P33A 4YD6A 4YOBA 5P0YA 3OXWA 2V10C 3OUBA 4L7HA 4JP9A 3G70A 1ZJ7A 2QU2A 4YE3A 2QNNA 4Y38A 1B6LA 4R93A 4DVFA 1KZKA 1EC2A 2CENA 5P5RA 2OHKA 1EPLE 4NJUA 1PSOE 3O9GA 2HIZA 4J1KA 4Y35A 1F7AA 3UQWA 2IGXA 1ZPKA 4KB9A 5P22A 5P5OA 3QS1A 4YA8A 1C6XA 3KFNA 1RQ9A 3LPKA 4GJ7A 2WHHA 4I1CA 5AHCA 5P6VA 2AZ8A 2AOHA 3SABA 1BXQA 2APRA 1B6MA 5P7OA 4LXAA 2FLEA 3NU3A 4R8YA 2HS1A 1SDUA 3LNKA 1LZQA 4Y4DA 5P47A 3QROA 5P6EA 3I25A 5P7EA 3TPJA 5BRYA 2QZKA 1BDQA 4EXGA 2VNNA 4M8XA 1TCWA 4RLDA 4TVHA 2VA7A 5P0AA 5P0ZA 3QBHA 3URLA 2NNKA 3S43B 4Y4WA 2CEMA 4L6BA 1HEGE 2HB3A 3WZ8A 1EPOE 4OD9B 1MT8A 2G20A 3TLHA 5ENMA 5P0RA 1PROA 2NXDA 1D4SA 5P6XA 4Y41A 3UDMA 3MXEA 2ZJJA 3SA3A 5P78A 4GYEA 1LF2A 3PRSA 1KJHA 5P2DA 3RSVA 2QHCA 1D4YA 3VLBA 3HBOA 1HHPA 3CKTA 3KT5A 4FRJA 1YTJA 3T3CA 2H6SA 4PPHA 4Y37A 5HD0A 3O9LA 3JW2A 5P01A 2ZJIA 5F01A 2PH8A 4RCFA 3LPIA 1EC0A 4RYCA 5P0IA 1HTGA 3ZKQA 3OQKA 5OZKA 5P4QA 4EJLA 4M8YA 5P7MA 4AMTA 1DAZC 1PSAA 2QMDA 5P8BA 2J9KA 5P06A 3NXEA 4ER4E 5P48A 1FG8C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MXD A;  3SKG A;  1G2K A;  1G6L A;  2VNM A;  2ZE1 A;  4Z22 A;  5P5X A;  3HVG A;  1IDB A;  5KQY A;  4N00 A;  1T7K A;  5P6Y A;  5P6L A;  5P3D A;  5IS4 A;  3TPR A;  5P8H A;  2ER6 E;  3OWN A;  1SDV A;  5P2U A;  2Q11 A;  4YDF A;  2BBB A;  2O4N A;  4Y45 A;  3R1G B;  3FKT A;  5P64 A;  1YTG A;  1D4H A;  3AUP A;  3H0B A;  5P2G A;  3OU1 B;  4Z2Z A;  2SAM A;  3KT2 A;  3FX5 A;  1LYA A;  2IS0 A;  4H3F A;  3DK1 A;  3LZY A;  5P05 A;  1FQX A;  3TH9 A;  4I0F A;  5P2O A;  3CMS A;  3UDJ A;  2VJ7 A;  4D88 A;  3PVK A;  2PYN A;  3GGX A;  4EQJ A;  1MTB A;  5IVS A;  2I4W A;  5COK A;  5P4R A;  2AID A;  3IND A;  4Y3L A;  2Q55 A;  2XYF A;  1NPW A;  3NR6 A;  5P4Y A;  3OQA A;  3IAW A;  1A8G A;  4F75 A;  4PEP A;  1RL8 A;  4FLG A;  1M0B A;  5P6A A;  2O40 A;  4QJ9 A;  5P1T A;  3RSX A;  6APR E;  4FM8 A;  3IXK A;  5P6F A;  3TPP A;  4AZY A;  5P41 A;  2IDW A;  6UPJ A;  1YTH A;  3SA7 A;  1PSN A;  5P63 A;  3TOG A;  4CPT A;  1EPN E;  2V16 C;  3O99 A;  2PQZ A;  3LHG A;  5OZY A;  3BVB A;  4Y3G A;  4FSE A;  5P7X A;  4Y3T A;  4K9H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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