5P43A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 192
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p43A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p43A01
5DR8A 3NUJA 5P1VA 3QS1A 5P8GA 3EM6A 5SY3A 3APRE 3DCRA 2QI7A 5KQFA 5C9DA 3URIA 2ANLA 1EC3A 4R92A 2G1YA 5P4ZA 3VLAA 5P4JA 3AIDA 3D20A 2QMPA 4DQFA 5KQYA 5P34A 2ER9E 4YOBA 1HVIA 5P85A 3PCWA 3UDPA 4Y56A 3MSJA 4Y5BA 3TPLA 4Y53A 3SA6A 3NXNA 3OAGA 4FAFA 2G1OA 5I70A 3IGBA 3QBFA 5P7EA 1KJGA 2I4VA 5P1SA 1BDLA 5P8SA 5P3AA 5P6LA 3KFRA 4DQCA 5P0XA 4I8WA 5SZ9A 5P6GA 5P08A 1TW7A 2AZCA 4R5NA 3N4LA 3PBZA 3HLOA 2ZE1A 5P4QA 5P5BA 3PMUA 3ZMGA 3SQFA 5AH7A 4CMSA 1BV7A 3ST5A 2B7ZA 2IENA 2G69A 4NJTA 1Q9PA 5P3IA 2I4WA 4F74A 3R0WA 4LBTA 2UXZA 5P0QA 5CONA 5P0DA 1DMPA 3BC4A 4Y5EA 4QGIA 5P3JA 1BILA 4Y5CA 4DQGA 1LYWA 4B1DA 5P8DA 3UCBA 2JJIA 4AA9A 4Y4BA 1LV1A 3ZLQA 2IGXA 4FM8A 8HVPA 3JW2A 5P0PA 5P7VA 4ZIPA 2FGUA 1YTJA 1T6GA 3WB5A 4X7IA 1ZJ7A 5P6ZA 3HAWA 5P6OA 3K5CA 3EKVA 5P7NA 5P1RA 1YTIA 3L59A 5P1EA 5OZ5A 2HB4A 1FQ8A 3C9XA 4KE1A 4I0FA 3NU9A 4DQBA 2B8VA 4U7VA 5P8PA 5P2FA 3KN0A 5KR2A 3KDCA 4CPWA 3UQUA 1BWBA 4I0EA 4Y4UA 5OYUA 1K6CA 4RCEA 2HPEA 5P3VA 2V12C 2WF3A 1GKTA 3SA8A 3WZ7A 3OQAA 3PSYA 1MSNA 1W6HA 4H3GA 3UDMA 5P2AA 1NSOA 3K4VC 2F3KA 2I4DA 5P1ZA 2FNSA 5P28A 3PWRA 1E80E 5P5PA 1GVWA 4FM7A 4Y6MA 2XYFA 4WY6A 5BWYA 3UPJA 5P6PA 4U7QA 5P0VA 5P86A 4DH6A 5DR3A 5P3BA 4Y3JA 2VS2A 4ER4E 3O9AA 1K1TA 5P3NA 3WB4A 1SGUA 1LYBB 4J5JA 3URJA 4ZPGA 2AOJA 5HDVA 5OZHA 1AAQA 5HE4A 4J55A 5OZZA 1A9MA 2QZXA 4Y4WA 5OZKA 3HD8A 4RROA 5P17A 5P1QA 4Y3FA 1B6LA 3ZKSA 3EL4A 1TSQA 4Y41A 4LP9A 5OZPA 3OUDA 2QP8A 2PH8A 3QPJA 2A4FA 3ECGA 4Y36A 3B7VA 4DV9A 5P6CA 2IKUA 1TQFA 5P2UA 4NJSA 4YCYA 1HVHA 2QI4A 3A2OA 4I0ZA 5P0LA 3PLDA 1A94A 4YD6A 1HIIA 1MPPA 3FSMA 4K4PA 5EZXA 2AOCA 5P1DA 5P1UA 3PI5A 1SMEA 5P6HA 1YT9A 3VFBA 1OEXA 4PZWA 5P0IA 1TZSA 1PSAA 4RYCA 3VFAA 1IZDA 4L1AB 3FX5A 3RTNA 1CPIA 4EJKA 5ISKA 2I4QA 2PK5A 4XX3A 5P8QA 2PYNA 5P2IA 5P5UA 3S43A 2P3CA 2FNTA 4Y5PA 3OUBA 5PEPA 3TOFA 3LZVA 5P2KA 5JFUA 3IN3A 5P1HA 4J0TA 3NWQA 1EPQE 5P7HA 1FEJC 5P32A 1HSGA 5P0OA 5COPA 3SAAA 2H6SA 1M43A 3NU5A 3MSLA 5P6VA 2ZHRA 5P65A 3U6AA 3S45A 2QHCA 3FIVA 5COOA 5OZAA 4TRZA 3T7XA 1D4JA 3TNEA 1APWE 3VF7A 4LC7A 4I10A 5P4DA 4HDBA 4QJ9A 2HS2A 1GVXA 2WEBA 3AUPA 4YDFA 4Z2ZA 4Y44A 5P4FA 3PCZA 1IDBA 4F75A 1RL8A 5P5AA 1MUIA 4EYRA 2I1AA 4TVHA 1AJXA 1HOSA 5P2NA 1T7JA 5KR8A 3T7QA 1GNNA 3NDTA 5P1NA 1MVPA 4ZEAA 3PHVA 3VUCA 2ER6E 4H3JA 3SABA 5P8VA 3K5FA 4DJWA 1KJFA 3VCMA 5P2MA 3NLSA 3LHGA 3O99A 2R8NA 1DIFA 5P3PA 1AIDA 4LL3A 5F00A 2R3TA 5P3UA 5P7CA 1HPOA 4GJ7A 5P42A 1SDUA 5P60A 1IZHA 4FSLA 3ZKNA 4QLHA 3DV5A 1U8GA 5P7KA 3GW5A 5KR1A 5JG1A 4UPJA 4YHQA 1K6PA 4I0DA 5P3WA 5P0SA 5AGZA 5P8KA 5P5FA 5P8JA 1DAZC 3OXCA 4Y3PA 5OZ6A 3RTHA 1ODXA 1A8GA 4J1FA 5DR7A 1ENTE 4U8WA 1ZLFA 3LPKA 3I7EA 1APVE 4RGHA 3KM4A 5IVRA 1HXBA 2WF2A 3SM2A 2APRA 1T7IA 1EC1A 2HS1A 3D1XA 2NNKA 3O9LB 5P8EA 4YOAA 2QU3A 5P3FA 3UFNA 4DJRA 3SA5A 2WEDA 3S7LA 2J9JA 4AMTA 5P2JA 4Y3XA 2AOIA 4CPQA 3NXEA 4Y3NA 1OEWA 5P8MA 4APRE 5P14A 4Y4DA 5P19A 3GGUA 5P23A 4PYVA 5P8HA 3SO9A 5P7RA 5P12A 2G22A 3FKTA 4L7HA 3UDNA 2PSVA 3RSVA 5P43A 3NDXA 1NPVA 3GI4A 2HC0A 5P8IA 4CPSA 4AA8A 3QN8A 5P76A 1W5WA 3NWXA 5P1WA 3Q5HA 3DV1A 3S8IA 1ZPKA 3LITA 5KOQA 5P4BA 1SH9A 1IZEA 1BVGA 3PSUA 4GB2A 4A4QA 5P53A 5P1MA 2PSUA 3Q4BA 5P5HA 2WL0A 5DGUA 5P4SA 4RVXA 4B0QA 2HM1A 5OZCA 1NPWA 4GJ5A 5P49A 3UTLA 1SP5A 1EEDP 3QP0A 1BWAA 1SIVA 4FM6A 5P2YA 5EZZA 1EC2A 2IDWA 5P75A 1PSNA 5P3RA 1FMBA 3TOHA 3ZPSA 5P0YA 5P5KA 4Y5LA 3TPPA 5DR4A 2WHHA 2WECA 3MWSA 1LF3A 4PEPA 4YA8A 3HAUA 2B42A 4J1HA 4Q1YA 5P7YA 2O4KA 4A6BA 4Y57A 3UDRA 1W5YA 4DJOA 4NKKA 5P4TA 1QBTA 3CKPA 5P89A 2FIVA 3G72A 5HD0A 1BXOA 4LAPA 5P1FA 2G26A 2P83A 4ZSMA 1K6TA 1TSUA 4OBZB 2V16C 4Y50A 4WTUA 1TCWA 5P67A 4Y3HA 5P05A 4TVGA 5SY2A 3ZKIA 2F8GA 5P4NA 3HVPA 4B72A 1YG9A 5P26A 1XS7D 1WBKA 3H0BA 1YX9A 3SACA 3T11A 3U71A 4FSEA 2F3FA 5P1AA 1HVSA 5OZ9A 1FGCC 4GJDA 4YD3A 1D4LA 3OY4A 3INDA 5P8AA 3MXDA 5ISJA 5OZTA 5P78A 4J1IA 1WBMA 1GNMA 4HDPA 2IQGA 2QD7A 3K4VA 5P0KA 5P3TA 2CEMA 4Y4AA 3D1YA 5P7GA 3VV8A 6FIVA 1META 4KB9A 5OYRA 4L7JA 5P4CA 2BPZA 3S56A 2ZJMA 3KFNA 1UH7A 4TRYA 1HVLA 5AHBA 5P5LA 4EHCA 5KR0A 4FL8A 1SBGA 3TPJA 1AJVA 1HRNA 1G0VA 1BIMA 1BXQA 4FGXA 1DPJA 5P7ZA 2UY0A 2OHRA 5P4IA 2OHNA 1MSMA 2NMZA 1DW6C 4TRWA 1BBSA 5P3QA 4GJ8A 4EXGA 2NXLA 2VIJA 4JECA 4ZSQA 3URLA 2I0AA 4FE6A 1G2KA 5DR0A 3OXVA 5P81A 2XFJA 1BAIA 1HTFA 2V00A 4EP3A 5P6SA 4HE9A 2AVOA 3DUYA 4JPEA 3IN4A 3PWWA 5ENKA 2V13A 3OU3A 3OGQA 4Y51A 5DQCA 4EPJA 2G1SA 3QRVA 4DJVA 5HTZA 5P6YA 5P6QA 5ER2E 2NR6A 4Q1NA 5P01A 5P4RA 3OADB 2ZYEA 3KFSA 3CIBA 2EWYA 2VIZA 4MC1A 3O9EA 4Y54A 1QRPE 3UDJA 1FKNA 2G24A 3ER5E 5P51A 4F76A 2NTRA 2R3WA 1ZSFA 5P5EA 4ER1E 3K1WA 5OYTA 5E5JA 5P0HA 4GJAA 1K2BA 1FG8C 4J17A 1PROA 2AOGA 3UDQA 1K6VA 4FRIA 4HDFA 3BVAA 1FMXA 3OHHA 5P6NA 5P0AA 5P0CA 2P4JA 1HBVA 3LPIA 4Y38A 1HVRA 2FXEA 4Y3ZA 4QJAA 1FFIC 2B60A 2P3BA 2VA7A 5P39A 4K9HA 1EPNE 4OD9B 2FDEA 3TTPA 3CYWA 3I2LA 2Q3KA 3UHLA 1B5FB 3F9QA 2VKMA 5DQ2A 5P0FA 4HZTA 3OK9A 3WZ6A 1EBYA 4Y3WA 4Y3QA 5P6RA 1EBWA 5P0MA 5AHCA 4EP2A 1D4YA 1E5OE 2FLEA 1DP5A 3PBDA 3VG1A 3BGCA 5OZJA 3KT2A 2PSGA 2AOFA 1HTGA 1HIVA 5P2ZA 5P1LA 3D1ZA 1D4IA 2QD8A 3LIQA 3IAWA 4NPUA 5P29A 2IKOA 5JODA 4XX4A 5P4PA 3T3CA 5P82A 5P00A 3LNKA 5HCTA 3DOXA 5AH9A 5DQ5A 5P1JA 5SXNA 1LYAB 4Y37A 7HVPA 2PK6A 5IVTA 2HB3A 4L7GA 5P02A 4Y35A 1EPPE 5ER1E 5P7JA 2H6TA 4Y3EA 4Y5MA 3S85A 2ASIA 5P1GA 1Z1HA 1PPLE 3U7SA 5P7BA 5P5OA 3KDDA 3Q70A 5DQ4A 3VYEA 4D85A 2I4XA 1ZSRA 2SAMA 1G35A 3DK1A 1ZBGA 4YD5A 3EKWA 5P06A 5P2SA 4D83A 1FQ7A 1ME6A 5P09A 5ENMA 4IVTA 1SDVA 3BUFA 3OADA 3OTYA 3OU1B 2VIEA 1KZKA 4MC6A 1ZTZA 3KYRA 2WEAA 5P35A 2F81A 1D4HA 2RSPA 1MTRA 1PSOE 4EQ0A 5P0ZA 4DUSA 2ZHVA 4CP7A 2QMGA 2HB2A 1JLDA 4M8XA 1K1UA 5OYXA 4J1CA 4GJCA 3UQWA 5BRYA 4NJUA 5P24A 5P5GA 3L38A 1IIQA 1HSIA 4HVPA 5C9BA 1C6YA 3EBZA 1FFFC 4GJ9A 2NXDA 3NYGA 3NU3A 3EC0A 1F34A 3RSXA 3R4BA 3BUHA 5P79A 5P5TA 1C6XA 4BFDA 4FRKA 5P2LA 4Q5MA 5P70A 3VSXA 4Z22A 3SFCA 5P45A 3PWMA 3FV3A 2BPXA 5P31A 5OYQA 1C70A 3N3IA 5OZVA 1B6KA 2B8LA 1MT8A 4GYEA 5OZ1A 2F80A 4CPRA 4KUPA 4S1GA 5P4VA 4APEA 4I1CA 3RU1A 2VJ7A 1LS5A 5OZYA 2VA6A 2RMPA 5P0TA 4K4QA 4DPFA 5P2TA 2QU2A 4Y39A 1HVJA 5P7IA 4B1EA 2VJ6A 4CPTA 2OHQA 4J0PA 1HPVA 1SMRA 2FMBA 2UPJA 1W6IA 3CMSA 5P1IA 5HDZA 5IS4A 2QI3A 5P87A 2JXRA 3NU4A 3SPKA 7UPJA 2Q11A 4DQHA 4Y5NA 2WF0A 4H3IA 5P04A 3IVIA 1VIJA 2VA5A 5P1PA 3OTSA 4IVSA 5P11A 3UFLA 2AQUA 3UQRA 1LYBA 2BBBA 5I3YA 2BPVA 3K5GA 3OU4B 1CMSA 1E82E 3ZKGA 5OYVA 2QNPA 2Q5KA 5TOLA 1LZQA 3ZPUA 5P4XA 2QI5A 5COKA 5P27A 3BXRA 3PJ6A 5OZWA 5P5DA 2WKZA 5P50A 5JFPA 1A8KA 3SA7A 3QVIA 2O4PA 3DJKA 3QROA 4J1KA 3UQXA 3R2FA 2XFKA 1VIKA 5P6BA 5P33A 4DJPA 3PB5A 5I3WA 3JVWA 4WY1A 4MC9A 4OC6B 5AH6A 4ACXA 4Y47A 3TKWA 5P2CA 1FIVA 2BPYA 4I8ZA 2Q55A 2IS0A 5P4UA 5P3GA 4Y5AA 5P4MA 2CENA 2PYMA 2Q54A 1Z1RA 5P1YA 5P3CA 4Y3GA 3NR6A 3SKGA 4Y3TA 3HZCA 4RZ1A 3LIVA 3BHEA 3R1GB 5P4HA 4OBHA 2QCIA 5P55A 5P7DA 4J54A 3EKYA 5P7QA 1QS8A 3VV7A 3GGXA 2Q63A 2V10C 1AZ5A 2RENA 1K2CA 4D89A 4RCFA 4L1AA 1ODYA 3ZOVA 1MERA 2Z54A 4FLGA 5P74A 3S53A 1HWRA 2CEJA 1F7AA 5P44A 4ZPEA 5IVQA 3ER3E 3TH9A 1IVPA 4K4RA 5P25A 1FQ5A 2IRZA 5P84A 5P5ZA 3WSJA 2OHKA 3PMYA 5P83A 4RVIA 5P72A 4L6BA 3OAGB 3HW1A 1NH0A 3L5CA 3OQ7A 5P4GA 5P1BA 5P7LA 5DQ1A 6UPJA 2Z4OA 5P2WA 3UDKA 2G27A 3VYFA 5P07A 5P1CA 4DJYA 1T3RA 5OZ4A 3O9CA 4EJDA 1XL5A 4DI2A 2ZHTA 3NDWA 4PZXA 3NSHA 4DPIA 5P73A 3RVIA 3KT5A 4RRSA 2ZJKA 3R0YA 2G94A 1XL2A 1SDTA 5P52A 4B70A 1RV7A 2NXMA 5IE1A 3LPJA 4HA5A 2PQZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DR8 A;  3NUJ A;  5P1V A;  3QS1 A;  5P8G A;  3EM6 A;  5SY3 A;  3APR E;  3DCR A;  2QI7 A;  5KQF A;  5C9D A;  3URI A;  2ANL A;  1EC3 A;  4R92 A;  2G1Y A;  5P4Z A;  3VLA A;  5P4J A;  3AID A;  3D20 A;  2QMP A;  4DQF A;  5KQY A;  5P34 A;  2ER9 E;  4YOB A;  1HVI A;  5P85 A;  3PCW A;  3UDP A;  4Y56 A;  3MSJ A;  4Y5B A;  3TPL A;  4Y53 A;  3SA6 A;  3NXN A;  3OAG A;  4FAF A;  2G1O A;  5I70 A;  3IGB A;  3QBF A;  5P7E A;  1KJG A;  2I4V A;  5P1S A;  1BDL A;  5P8S A;  5P3A A;  5P6L A;  3KFR A;  4DQC A;  5P0X A;  4I8W A;  5SZ9 A;  5P6G A;  5P08 A;  1TW7 A;  2AZC A;  4R5N A;  3N4L A;  3PBZ A;  3HLO A;  2ZE1 A;  5P4Q A;  5P5B A;  3PMU A;  3ZMG A;  3SQF A;  5AH7 A;  4CMS A;  1BV7 A;  3ST5 A;  2B7Z A;  2IEN A;  2G69 A;  4NJT A;  1Q9P A;  5P3I A;  2I4W A;  4F74 A;  3R0W A;  4LBT A;  2UXZ A;  5P0Q A;  5CON A;  5P0D A;  1DMP A;  3BC4 A;  4Y5E A;  4QGI A;  5P3J A;  1BIL A;  4Y5C A;  4DQG A;  1LYW A;  4B1D A;  5P8D A;  3UCB A;  2JJI A;  4AA9 A;  4Y4B A;  1LV1 A;  3ZLQ A;  2IGX A;  4FM8 A;  8HVP A;  3JW2 A;  5P0P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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