4Y5MA

Endothiapepsin in complex with fragment 328
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5mA01
1FLHA 5P04A 5P6DA 2A1EA 5P69A 4H3GA 5P6KA 4M8YA 5P71A 3UQWA 4A6BA 2AIDA 4YBFA 2WJOA 3IN3A 4CPSA 1QRPE 5P2VA 2IKOA 5OZLA 4QJ9A 2VA7A 5P3IA 5KR8A 2F3KA 2XYFA 5OZ1A 5P4SA 1HSGA 2AOJA 2IEOA 4DQBA 5OZ4A 2VIEA 3SM2A 2B60A 3UHLA 1QDMA 1SDVA 1FKNA 5P4BA 1T3RA 3OUAA 2V16C 4EJLA 5P57A 2NTRA 4Q1WA 1C6XA 1G35A 3D3TA 4EWOA 2O4PA 4ER1E 1F34A 1IDAA 4GMIA 1A8KA 3OTSA 5P1CA 4J1KA 4X2LA 3KFNA 2WF4A 5IVRA 3DCRA 5P1RA 2PYNA 3VF5A 3UFNA 3PB5A 3KT2A 4PZWA 1YTJA 2ER7E 1SP5A 1K6CA 1MTBA 5P6WA 5P3EA 3URIA 4Y3ZA 2F81A 2VKMA 3M9FA 2CENA 5P2FA 5P24A 1QBUA 4E43A 1ENTE 3TPPA 1KJ4A 1QS8A 3S53A 5P4WA 1MT8A 1Z1HA 3CYWA 3KT5A 2IDWA 3EKTA 5HDVA 4KE1A 5P6FA 5P77A 3WZ8A 5OZAA 4EP3A 1BXQA 4J0YA 4KB9A 2ER6E 2G1SA 5P7PA 3L3AA 2AOCA 5HE4A 5P25A 1E81E 4Z4XA 5KAOA 4Y3SA 3D20A 4JP9A 7HVPA 4GJ6A 2A4FA 5P2KA 3BRAA 3AIDA 4MC9A 4QJ6A 4GZFA 5P0YA 2QNQA 3R4BA 5P8PA 4Y3EA 3EL5A 1MT9A 1TQFA 5OZUA 5P1LA 4DQGA 1T7JA 5P2IA 1A8GA 2OHSA 4MC1A 5IS4A 5P2DA 1LS5A 2R8NA 5OZXA 1IZDA 5P3RA 5P0VA 3OU3A 4Y6MA 5P1KA 4Y4BA 5P0LA 5P50A 4YDGA 5P7FA 4FSEA 1EPME 5P70A 1KZKA 4ZPGA 2WECA 3TPJA 1PPKE 1FFFC 1BDQA 3Q4BA 1LYWA 3L5CA 5P8HA 3VUCA 4DPIA 5P5YA 4UPJA 5P2XA 2V12C 4Y3TA 3FV3A 3R0WA 2QI5A 5OYTA 5OYZA 2QZWA 1C6YA 1HPOA 4B77A 5P0PA 1ZP8A 1YTIA 5P4AA 3PLLA 5P2LA 4Y39A 1LF4A 1QBSA 1XL5A 4YE3A 3QRMA 4RROA 3VV6A 1FB7A 1UH8A 3NU6A 4YD6A 5P3DA 2HS2A 2Q11A 3SA8A 4F74A 3EL4A 3NYGA 2QZXA 5P1ZA 4OBHA 2AOHA 2V10C 5P32A 5DR4A 1FIVA 4Y47A 2HB4A 2XFIA 2QI7A 4BEKA 5P5PA 3L59A 3RTMA 5P8MA 1YTGA 3UDHA 4FRIA 5P3ZA 5HD0A 3EKQA 3BUGA 4TRWA 4Y4ZA 5P74A 3OU1B 3K4VC 3T3CA 5OZIA 3PMYA 3G6ZA 4BFBA 2FIVA 1TW7A 2H6SA 2R3WA 9HVPA 3R1GB 5P4OA 5OZSA 1TSUA 3AUPA 4Y43A 5P5QA 1KJHA 3JVWA 4DQFA 5P0FA 2Z4OA 3UTLA 5P8DA 4Y50A 4HVPA 4MC6A 3KYRA 1APWE 1E82E 2R38A 2FNSA 4Y5MA 2ZE1A 1OHRA 5P8CA 4I0JA 3OUDA 4JPCA 3S43B 5OYYA 3IXJA 3DV1A 4I11A 2BPWA 3FNTA 4B72A 1YM4A 4Y3PA 4YCTA 5HU1A 2RMPA 1IIQA 2I4DA 1TSQA 5P0TA 5P3QA 2IQGA 1J71A 3BUFA 5P47A 3ZKXA 5JFUA 3Q5HA 5E5KA 1SMEA 1APVE 5P1FA 5OZGA 1DW6C 2QHYA 1MSMA 3BVBA 4FL8A 3OAGB 1SGUA 1LZQA 1HVIA 3DV5A 4K4QA 4XKXA 4ACXA 5P7GA 2G1YA 5P02A 3LIQA 1W6IA 3PVKA 1QBRA 2QNNA 1YX9A 2I4VA 5OZOA 5SY2A 3OGQA 4J1HA 5P61A 1PPME 2IL2A 3SKGA 2HS1A 3O9EA 1HXBA 5PEPA 2G1RA 3SAAA 5P3XA 4Y3LA 1EBKC 5OZZA 4HA5A 4YD3A 5OZKA 5P2GA 2SAMA 5P5FA 2ER0E 4RCDA 5ER1E 2HB3A 4MC2A 4Y56A 2ZDZA 1HVJA 5P2UA 4RLDA 3OQ7A 2R3TA 3D1ZA 3GI0A 3PLDA 4ER4E 5KQFA 4U7QA 2PSVA 5ISKA 2XYEA 4QJ2A 1YTHA 3KFPA 2AVVA 3VYDA 3PCZA 4YOAA 5P87A 4ACUA 5EZXA 1A9MA 5P7OA 4ER2E 2WL0A 2NR6A 1IZHA 2UPJA 1B6PA 1E5OE 5P7ZA 3KMYA 5P4PA 3WZ7A 3L5DA 5P5HA 3BUHA 4LBTA 5P11A 3KF0A 2FXEA 1FQ4A 1MRWA 4FCOA 5P63A 2BPZA 3L5BA 3CIDA 1WBMA 1FG6C 3TKWA 1M43A 5P5MA 3OADA 1IZEA 3KMXA 5BRYA 2OHQA 5P7IA 4Y3DA 2VJ7A 3SM1A 1ZAPA 3MSLA 3SA6A 1A30A 1A94A 2FMBA 3QVCA 2B8VA 3F9QA 1G0VA 3RSXA 3O9DA 1HIVA 5P0CA 1APUE 2P8HA 4DPFA 3OTYA 1SMRA 5AHCA 5P6RA 1GKTA 3TH9A 5P88A 4LP9A 2AODA 5KQXA 5DPZA 4Y54A 5P7UA 1OEWA 5P15A 4XX4A 3R2FA 2IKUA 5P4HA 3SLZA 3EKVA 3APPA 1BWBA 4PZXA 2P3CA 5HVPA 5P0WA 2AOEA 4Y5GA 4TRZA 5P3SA 2QZKA 5P82A 5P64A 5HDXA 3WZ6A 5P83A 1RL8A 4GJ7A 2WHHA 1B5FA 5P4EA 3BGCA 4I0HA 3QP0A 5AGZA 3PGIA 3PWRA 5P5ZA 3QROA 5T4SA 4R8YA 1G6LA 2G1NA 4DJYA 5HU0A 5P1IA 3NR6A 5J25A 4J1EA 2I4UA 1RV7A 5SZ9A 5P4GA 1FQ6A 3UDQA 2QZLA 5P0XA 5P4UA 1LYBA 1EC0A 4DH6A 1TZSA 1EC3A 3OU4B 3N3IA 4Y3FA 3TPLA 2ZJIA 3UDPA 3O9HA 1D4HA 3OUBA 5P65A 1BILA 5OZVA 4FRJA 3FSMA 5P22A 3D1YA 4ZIPA 2QD6A 2QK5A 1U8GA 4ZEAA 5P2BA 5P5NA 2ASIA 4XXSA 5P1TA 3LIVA 2F3EA 4EHCA 3FKTA 4AA9A 5P8UA 1KJGA 4HLAA 5AH9A 1FMBA 1HSHA 1GNMA 5P5TA 1MSNA 1SH9A 3UDYA 4Y5AA 2G27A 2O4KA 2F8GA 3CKPA 1YT9A 3MXEA 1QBTA 4Y5CA 3JVYA 5CONA 3CIBA 5P2OA 2ZJJA 2HM1A 1META 2IRZA 3DK1A 2VA5A 1HBVA 5P1MA 2FDEA 5DGWA 1IVPA 5P40A 3OHFA 2I0AA 2IGXA 2VS2A 4Y3QA 3TTPA 4A4QA 4FAFA 5P0ZA 4Y51A 5P1SA 4HEGA 5I3WA 1NH0A 2ZGAA 4EJ8A 3D91A 2VNNA 4R93A 4AZYA 3UDKA 1JLDA 4DQEA 1DMPA 2NXMA 4OBZA 3HD8A 4ZPFA 3K5CA 5P1YA 4PEPA 4EXGA 4AA8A 4CPTA 1AJXA 3QPJA 3LIYA 3MSKA 4CPWA 3ZPSA 4AMTA 3APRE 3BVAA 5P30A 3JW2A 2WF2A 1BIMA 1EBZA 1NPAA 4LXAA 2F3FA 3OQFA 4L1AB 2FGUA 1B6LA 4DJOA 2AZCA 5IE1A 2H6TA 1W51A 5IVTA 3OQAA 4HDBA 1KJ7A 2VNMA 2B7ZA 3BHEA 2AZBA 1Q9PA 5KQZA 2G94A 1EPRE 4I0GA 2O4LA 2VIYA 4DQCA 1PSAA 5P03A 2HAHA 5BWYA 1DAZC 1PSOE 4J17A 2QMPA 4B1DA 5DR3A 2NMZA 3GI4A 1SIVA 5P1EA 5P6YA 4R92A 3ZL7A 3TOFA 2ZJLA 5P8KA 5P78A 1EAGA 1SDTA 3I8WA 4OC6A 1NPWA 3HAWA 4OD9B 2R5QA 5P34A 1ZLFA 5ISJA 1ODYA 4Y37A 4Y53A 4J0PA 1GNNA 1AJVA 5P6XA 2BPYA 1T7IA 5IVSA 1FEJC 1HTGA 3SA7A 2QP8A 2OHNA 4FRSA 5OZTA 4YCYA 3B7VA 3K4VA 5P1DA 5P0OA 1EC2A 4CMSA 3ECGA 5P6MA 3T7QA 4EXHA 1W5WA 5P1QA 5COKA 1GVUA 1ZPKA 5OZQA 1APTE 5P6LA 1HOSA 3VYFA 5P4ZA 2Q5KA 2P3AA 5P00A 3PBZA 5P2YA 1FQ8A 4RCFA 3HVPA 5P54A 2QNPA 5P8SA 3H0BA 2P3BB 1TCXA 1XDHA 4J0VA 5P81A 1AAQA 5P8FA 1T7KA 3LINA 1EPPE 2PH8A 2OHLA 3DOXA 2J9JB 5UPJA 1LEEA 1ODWA 4YHQA 5COOA 5P0MA 5P3OA 2Z54A 3TL9A 1D4KA 5TOLA 4K4RA 5P1OA 2ZHSA 3SA3A 1GVVA 5APRE 4F75A 4I8WA 3EM4A 5P0KA 3L58A 3NDUA 2PH6A 1B6JA 4YDFA 4EPJA 4Y4EA 5P55A 3K5DA 3OK9A 5OZBA 4GJ8A 5P10A 3EM3A 2RKGA 3S7LA 3UDNA 2FGVA 5P58A 3N4LA 4EP2A 1NPVA 4I0FA 3ZPTA 1W5VA 5P5CA 4QLHA 1HPXA 1HIIA 3OXVA 3VYEA 2OHPA 3PHVA 3WB5A 5P7HA 5SXNA 3NU4A 1FG8C 3ZKIA 5P35A 1T6EX 2ZHRA 4J1IA 4FM8A 3NWXA 5P4XA 5P5LA 5P13A 2ZHUA 2RENA 1F7AA 4Y4XA 5P06A 5P7BA 5P72A 5P3MA 2P83A 5DR0A 1OEXA 5OYUA 2ZJHA 4ZSPA 2ZHVA 3EL9A 4FM7A 5OZ3A 1UH9A 1ZJ7A 2PK6A 3OHHA 3SA5A 4YBIA 2J9KA 5OZMA 2OHMA 4GJCA 2QCIA 1BBSA 4Y3AA 3LNKA 5P0DA 1GVXA 5B18A 3C9XA 4GYEA 2AOFA 4NJVA 5JODA 1FGCC 3L38A 4Y5BA 4R5NA 3FNUA 4Z50A 3LZSA 4CPUA 5P0NA 3KN0A 2O40A 3G72A 4YD5A 3LIXA 4TVHA 4U7VA 5P7RA 4Y5LA 4QJAA 5OYWA 5P1HA 5P84A 3IXOA 5OZCA 4WY6A 4NJSA 2WF1A 5P07A 1LV1A 3QN8A 3VLBA 5P4RA 3UFLA 4D8CA 5OZ9A 2Q55A 2NXDA 1AZ5A 5P2JA 4JOOA 3VEUA 2BKSA 4EQ0A 2CEJA 1HTEA 4TVGA 5P6IA 3SABA 3LPKA 2XFKA 1D4SA 7UPJA 5P1PA 3ZPUA 3A2OA 5P3FA 2O4NA 2P4JA 2FNTA 2G69A 3SA9A 2F80A 2G1OA 2V11C 4DVFA 1HVSA 5P8EA 2AZ8A 2QI6A 5P5BA 5P3PA 4J0ZA 1EPOE 2QMDA 5C9BA 4H3IA 4Y3NA 4Y4AA 1OD1A 1DIFA 1HIHA 4D83A 4Y48A 1AM5A 1BDRA 1HVLA 1EBWA 2FS4A 4LL3A 1MERA 4GJ5A 1K2CA 2ANLA 2PK5A 3ZKNA 5P1JA 5COPA 2I4XA 2B42A 2Q63A 5P8JA 5KR2A 2QI1A 5ER2E 4GJBA 5P73A 4F76A 2QI3A 3RU1A 3PJ6A 5P0EA 5DGUA 1ME6A 3PSYA 5HCOA 2QD8A 5P7TA 2QD7A 2PSGA 3RSVA 5KR1A 4Y45A 3VFBA 1ZTZA 5P08A 5P85A 4KUPA 4ZSQA 5P1AA 3MSJA 5P0QA 4DJVA 4R95A 3INHA 3O9BA 5P0GA 2AOGA 1TCWA 3O9LB 5FIVA 5P1WA 3VLAA 5F00A 2HC0A 1MIQA 2QI4A 3Q3TA 4RRSA 5P6NA 4DJUA 5OZFA 5P8NA 1MT7A 4CPRA 3KFRA 2G24A 5P41A 1FMXA 1SBGA 5P2MA 1LYAB 5P0IA 2NXLA 4WY1A 2VIZA 3PBDA 2VJ6A 5P46A 5SY3A 2RSPA 4DJWA 1HTRB 3PI5A 3INEA 5OZ8A 4YCKA 5OZWA 3UPJA 3GW5A 4OBJA 6FIVA 3S56A 3UQUA 1MVPA 4GJDA 5P3UA 1K1TA 4J54A 5P7XA 3CYXA 4HE9A 2QU2A 3HBOA 3DCKA 4ZSMA 1HRNA 5P3CA 1ZBGA 2Q15A 2ZYEA 5P8QA 5P2TA 5P33A 2JJIA 3LHGA 1HVHA 2QU3A 3T6IA 1DP5A 1GVWA 3URJA 3NDWA 3OU1A 5DR8A 5OZYA 2B8LA 3IN4A 1PROA 1XE5A 3PM4A 5P53A 3RTNA 4Q1YA 4Z2ZA 4Y4TA 5DQ5A 4DUSA 4Y5NA 4B78A 5P4MA 3TOGA 3TPRA 2WF3A 5P8OA 1D4YA 4X7IA 1MPPA 2PWRA 1BV7A 1K1UA 5P23A 4JPEA 3S43A 4OBDA 3QBFA 5P18A 3MXDA 1RQ9A 1AXAA 1FF0C 1BDLA 3GGXA 5P5XA 3QI1A 3PRSA 3INFA 5P4CA 3PI0A 5P7NA 3VV7A 5P4FA 1XS7D 4NPTA 5P8IA 2I1AA 4OBGA 2PQZA 3VSXA 3IA9A 5P76A 5P6ZA 2WF0A 1AVFA 3DUYA 3OQKA 3KDDA 3LZYA 2I4QA 2WEDA 3OAGA 2OHTA 2R5PA 3IAWA 4RVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FLH A;  5P04 A;  5P6D A;  2A1E A;  5P69 A;  4H3G A;  5P6K A;  4M8Y A;  5P71 A;  3UQW A;  4A6B A;  2AID A;  4YBF A;  2WJO A;  3IN3 A;  4CPS A;  1QRP E;  5P2V A;  2IKO A;  5OZL A;  4QJ9 A;  2VA7 A;  5P3I A;  5KR8 A;  2F3K A;  2XYF A;  5OZ1 A;  5P4S A;  1HSG A;  2AOJ A;  2IEO A;  4DQB A;  5OZ4 A;  2VIE A;  3SM2 A;  2B60 A;  3UHL A;  1QDM A;  1SDV A;  1FKN A;  5P4B A;  1T3R A;  3OUA A;  2V16 C;  4EJL A;  5P57 A;  2NTR A;  4Q1W A;  1C6X A;  1G35 A;  3D3T A;  4EWO A;  2O4P A;  4ER1 E;  1F34 A;  1IDA A;  4GMI A;  1A8K A;  3OTS A;  5P1C A;  4J1K A;  4X2L A;  3KFN A;  2WF4 A;  5IVR A;  3DCR A;  5P1R A;  2PYN A;  3VF5 A;  3UFN A;  3PB5 A;  3KT2 A;  4PZW A;  1YTJ A;  2ER7 E;  1SP5 A;  1K6C A;  1MTB A;  5P6W A;  5P3E A;  3URI A;  4Y3Z A;  2F81 A;  2VKM A;  3M9F A;  2CEN A;  5P2F A;  5P24 A;  1QBU A;  4E43 A;  1ENT E;  3TPP A;  1KJ4 A;  1QS8 A;  3S53 A;  5P4W A;  1MT8 A;  1Z1H A;  3CYW A;  3KT5 A;  2IDW A;  3EKT A;  5HDV A;  4KE1 A;  5P6F A;  5P77 A;  3WZ8 A;  5OZA A;  4EP3 A;  1BXQ A;  4J0Y A;  4KB9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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