5OZZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 46
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozzA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozzA01
1FQ6A 5AHCA 2P3BA 1CMSA 1D4IA 3LITA 2VS2A 5P88A 3N4LA 4NJTA 5DR1A 1ZTZA 4Z50A 1HXWA 2B42A 5ISJA 3UQPA 4KB9A 5P07A 5DR0A 5OZUA 5P7PA 4ZEAA 3BGBA 1FEJC 3WB4A 1PSNA 5P2SA 5P6YA 2QD7A 4ZE6A 3PSYA 1UH7A 2R5PA 5OYTA 3NXEA 3N3IA 2G26A 5OZDA 2ZHSA 2JJIA 5P85A 3ST5A 3VF3A 1MVPA 4BELA 1DP5A 2AZCA 1HPSA 2AZ8A 5P51A 2QP8A 5P2NA 3T3CA 4I8ZA 3PSUA 4B1DA 3HAUA 1YG9A 1WBMA 1HVIA 3R0YA 1TZSA 1LYBB 3EM3A 4XKXA 5P63A 3SA5A 3ZKMA 1D4HA 2PSVA 3T7PA 1ODWA 4OC6A 1K2CA 1K6PA 1HEGE 3EKWA 1HVCA 3ZOVA 5P0IA 4FCOA 1BXOA 4LXAA 2QI7A 4Y4WA 3UHLA 4Y4JA 5P2DA 2AOFA 3DJKA 5OZGA 5P0HA 3KA2A 5P1MA 2WF3A 2H6SA 5P77A 5P4CA 5HTZA 2IENA 1Q9PA 5OZXA 3SABA 1XN3A 4Y39A 4CMSA 5P6PA 1HIVA 2QNNA 1Z8CA 3BGCA 2Q63A 4F73A 3TOHA 4L6BA 5EZXA 4Z2ZA 1APUE 5COOA 5P65A 3CMSA 4GJ6A 4J0TA 5P33A 4OBZA 2QMFA 3ZPUA 2HPEA 3SACA 5P50A 5P5QA 4X7IA 3BUFA 2NXMA 4AA9A 4YCKA 4EJKA 5P6GA 2B60A 1WKRA 4OD9B 5HDZA 1B6KA 4YCTA 1BILA 1Z1HA 5P17A 3G70A 5OZTA 5P2WA 3ER5E 3M9FA 3PBZA 5SZ9A 5KR1A 5P3AA 4XXSA 3SQFA 1N49A 4DJUA 1RPIA 4J0PA 5P44A 1ZLFA 3KFNA 3EL4A 1LZQA 5IVQA 1ZPKA 5P70A 5P0CA 5P8VA 1LF3A 3PVKA 5HU0A 3LZYA 4YA8A 5P1HA 3HBOA 4CPTA 4LXKA 2I4QA 4PZWA 2G69A 2WL0A 5P7ZA 4QGIA 5P6RA 1Z1RA 1BAIA 3OQ7A 3OTSA 3Q5HA 1BV7A 1FMBA 4DQGA 3S43B 5P4IA 4EP3A 4YBFA 1GNMA 7HVPA 3LINA 1HPXA 3L5CA 1HTGA 3U71A 5P7XA 5FIVA 2BQVA 3LIZA 3UDJA 1ZSFA 3QI1A 1PPKE 1BWBA 5DGUA 1XDHA 5P5IA 3NU4A 1FFFC 2I4VA 3SPKA 3EKTA 3QPJA 3VYDA 2R9BA 4Y43A 1MESA 2QHZA 3SKFA 2Z4OA 4J1IA 3SLZA 3K1WA 5P43A 4HA5A 4HE9A 5P5NA 4BFBA 2OHKA 2QI1A 4RZ1A 2FLEA 4DPFA 4J1FA 4YD4A 1APTE 1OD1A 5P2BA 3Q6YA 3APRE 5P30A 4EYRA 5C9FA 2O4NA 4I8WA 3URIA 3O9BA 2OHMA 2QMGA 5P29A 5OYXA 3KFPA 3GI4A 2BB9A 5DR7A 4FIVA 4Y53A 1JLDA 1GNNA 5P4EA 4Y5NA 3EBZA 3MSJA 4COEA 4HVPA 4TRWA 5P82A 3RU1A 3R2FA 4U7VA 3DV1A 3OADB 3BXSA 3VSXA 5P04A 4X2LA 1GVVA 5P5YA 3UQRA 3CIBA 4RVIA 3SKGA 2NNKA 4CPQA 4I1CA 3LZSA 3APPA 3HVPA 4D83A 4I0DA 1AAQA 3Q3TA 4Y4BA 3K4VC 3NSHA 2IDWA 2R38A 5P2UA 5OZ4A 4QJ9A 2BPVA 1VIKA 5P5AA 2UPJA 3PI0A 1HVRA 5IVSA 1HWRA 1IVQA 3ZKGA 2A1EA 2J9JB 4B77A 1MUIA 2VIZA 3IGBA 5PEPA 5OZ5A 5AGZA 2HM1A 4YD7A 4D8CA 3S54A 4GJAA 3VFBA 1AZ5A 2HIZA 5P6QA 1QBRA 2BPXA 3FV3A 3VLBA 4NKKA 2Q5KA 3S8IA 4QLHA 5JFPA 5KR8A 4ZIPA 1ODXA 5P8SA 5AH9A 3NU3A 5P3HA 1RQ9A 1BDRA 2Q55A 1ZP8A 3QAAA 3BUHA 3PSGA 4DVFA 3D1YA 3QRMA 5P1YA 5OZCA 5P3UA 5P38A 5P7JA 2I4WA 1B6PA 1EPLE 4K9HA 3R0WA 3NU5A 1NH0A 4B1EA 5P1LA 5P3IA 4PPHA 1LYAA 5P15A 1EPPE 1FG6C 3EM4A 4FRJA 4ZSMA 2G22A 7UPJA 5P8KA 4A6BA 5IVTA 4Y3DA 5OYWA 1SMEA 2F8GA 1IZEA 4LBTA 5P81A 1NSOA 1HIIA 4Y9WA 5P4RA 5P5SA 1LYWA 2G1OA 1ZBGA 4ZLSA 4QJ6A 2RMPA 2QNQA 2HC0A 2QU3A 5P0VA 5P89A 2JYSA 4YD6A 1IZDA 4Y3HA 5P4ZA 3QRSA 1J71A 4Y4GA 4AA8A 4YDGA 4J1EA 5P6LA 1QBTA 3O9HA 3CYWA 2UXZA 3NDUA 2G1NA 5IS4A 3TLHA 5P7NA 1M43A 3L59A 3RTMA 2V10C 3SO9A 3FNUA 5OYZA 2OHUA 5P39A 2FGVA 3RTNA 5P7DA 1PPLE 5P4NA 1PSOE 2WHHA 3KDBA 5P8QA 1MT7A 5P1VA 4DJPA 2AOHA 3NYGA 5IVRA 4R95A 4F74A 3CYXA 5OZIA 3SM2A 4YD3A 5P8MA 2AVQA 4OBJA 3OXVA 2F80A 4Y5CA 4GJCA 1GVXA 1HTEA 3IN3A 1UH9A 4Y5LA 3NUOA 5P5TA 3HAWA 5P5LA 5P5MA 1M4HA 4XX3A 5P6TA 1YM4A 3L5DA 1C6XA 1SGUA 4LXMA 5C9DA 1ENTE 1ME6A 4I0HA 3SA8A 3PWMA 4Y58A 1AM5A 3NWQA 1HTFA 1WBKA 5P2IA 3MWSA 5F00A 3K5CA 5P2EA 3ZKQA 2RKFA 5P7TA 3O9CA 4R5NA 5P6NA 3IAWA 1EC3A 2F3KA 1FMUA 2B7FA 2ZE1A 3LIVA 5P7CA 3PCWA 5P57A 4FSEA 1FIVA 2G21A 3GGUA 5P1QA 5P1SA 5P3XA 2WF1A 2VA7A 1T7JA 1OEWA 5P52A 5OZJA 4H3GA 1EPOE 3ER3E 4RVXA 5KR0A 3PLLA 5P0EA 1K2BA 1MPPA 1M0BA 5P60A 1BV9A 4GJDA 3EKPA 2JJJA 1ZSRA 3F9QA 2EWYA 5P0SA 5P7HA 1DMPA 2ZJKA 1FQ5A 3OU1A 2NMYA 3EL5A 5P3SA 4B70A 3RSXA 3OAGA 3PMYA 5P0QA 3WZ6A 5P6VA 3TH9A 1YM2A 3O9FA 4Y37A 5P1PA 4GB2A 1MTBA 5KOSA 5P68A 5P5KA 4APRE 4B78A 5EZZA 2P8HA 1A8KA 2RKGA 5P3ZA 4B1CA 4Y3EA 5P1TA 2QZXA 2AVOA 4KE0A 4GIDA 2I4XA 5P0GA 3PMUA 3R1GB 2ZYEA 4YHQA 2QI5A 1BIMA 4L1AA 4Y57A 4OBGA 4A6CA 5P8LA 3TTPA 3TOGA 4QJ8A 5P3GA 5TOLA 5P1ZA 1HIHA 3INDA 5P4WA 1YTHA 5P0MA 5OYRA 3BHEA 2R43A 1FKNA 2QI4A 5ENMA 1B5FA 5P0FA 3UQXA 5P2QA 2QMPA 5JODA 3ZKNA 5P5EA 5P00A 3K5GA 4ER1E 1EBYA 5P3OA 2HS1A 4YOBA 4J17A 5P7KA 1FB7A 2FXEA 5P7VA 2WECA 4FRKA 3T7QA 4Z4XA 4J54A 1HVSA 4OBDA 5P8BA 5P4QA 3VF7A 5OZLA 5ENKA 1META 1C6YA 4H3FA 2RENA 4Y4AA 5P6UA 5P8JA 1SP5A 4BFDA 3OY4A 1K6CA 4Q1YA 3KFRA 3O9LB 4DJXA 2WKZA 2XFIA 3QVCA 5P67A 5CLMA 5P37A 5P1BA 4HDPA 5BS4A 4Y45A 5P7MA 5P6JA 3EKQA 3OQKA 5AH8A 2QD8A 6APRE 1A94A 4OBZB 1BVEA 3AIDA 4Y3PA 4Y4TA 4Y5AA 2XYFA 3OU4A 3VSWA 2ANLA 4RROA 4AZYA 4NJUA 1EEDP 1TCWA 3B7VA 3OGPA 1T7IA 5P7YA 2Q11A 5P6HA 3PM4A 2R3TA 5P7QA 2IGXA 3KF0A 3EM6A 5P0YA 2OHTA 3PB5A 5E5KA 5P7SA 1XE6A 2ER7E 4EHCA 2NR6A 2G27A 2QAKA 5P16A 5P7RA 5SY3A 5P8CA 5DGWA 2OHNA 5P40A 5P6BA 5P5OA 2PK5A 1ER8E 3ZKXA 4GJBA 4D85A 2VIEA 5OZPA 5P01A 1ZJ7A 1QDMA 2AOGA 2XFKA 2ZJIA 1A9MA 2PMAA 1LS5A 4S1GA 2AOCA 3MSLA 2P4JA 2PSGA 2I4DA 4CPUA 4ZSQA 2MIPA 5P7OA 5P22A 5P48A 2I4UA 2VKMA 1XE5A 2VA6A 3VYFA 1LV1A 4ACUA 3OXXA 4Q1WA 4Q5MA 3RSVA 5P6EA 5P31A 3S45A 3NU9A 5OZQA 5OZRA 1EBZA 5P80A 3H0BA 5ER2E 1FFIC 4J5JA 5OZVA 3DV5A 5P0JA 4B0QA 1GKTA 5P2JA 4Y3XA 2VJ6A 1EPNE 4FM8A 1W5YA 2FDEA 4TRYA 4Y3MA 4QJAA 3OK9A 3GGVA 2PYNA 2V00A 1ODYA 4XX4A 2FNTA 3QBHA 2AOEA 1W6IA 5P6IA 3LZUA 4HDFA 5P1WA 5P0AA 5P08A 5P27A 5B18A 4EXGA 1LF4A 3D20A 4B05A 5P0KA 1QBUA 1W5VA 4DJYA 1HRNA 3EL9A 3TOFA 4R93A 4Y3YA 2V11C 5P0NA 3VG1A 3O99A 1DIFA 5P42A 5P5GA 2XYEA 4GJ8A 5P73A 1FF0C 5P0ZA 1DAZC 5P0XA 4DPIA 1F7AA 3CKRA 2ZJNA 5OZOA 2IGYA 5P2OA 1IDBA 3KT5A 4Y3JA 1D4JA 2BPWA 1AXAA 3OXCA 2OHPA 5P62A 5P0RA 4CPWA 3OUCA 2FDDA 5P3FA 5P5CA 2WEDA 1EC1A 2H6TA 4EJ8A 3I2LA 3ZL7A 3INHA 1QBSA 2VJ9A 5P7GA 3VFAA 3UF3A 5P2TA 1IDAA 3L38A 2ZJHA 3IXKA 5BWYA 4Y4XA 5KOQA 1B6MA 4U7QA 3QVIA 3KMYA 2QU2A 2IS0A 4I10A 5P7BA 5P8AA 5P41A 1E81E 4Y4EA 2WEBA 3URJA 3INEA 1HVHA 4L7GA 5P6DA 2PK6A 4FM7A 3D3TA 1IVPA 5P7UA 5P4HA 1FQ8A 1AIDA 3HZCA 5P0BA 1C70A 3S43A 3Q70A 3OQAA 5UPJA 1SH9A 3BUGA 2FGUA 2G1RA 3QN8A 2QI0A 4IVSA 5HE4A 5P71A 5P8TA 1KJGA 1FQ7A 3RTHA 3WZ8A 3MXEA 3OGQA 3K4VA 3KFSA 4NPUA 3TPPA 2ZGAA 3OHHA 1U8GA 4FE6A 4U8WA 2AOJA 2OHSA 3PBDA 2CENA 4YDFA 5P2RA 1IBQA 1K6TA 3SA4A 5P4PA 3LHGA 4Y3LA 3CKPA 4RYGA 5OYYA 5OZ0A 5P4GA 1QRPE 5P4UA 4H3IA 5P3WA 5P3PA 5P5JA 3DCRA 4M8XA 5OZEA 4RLDA 5P4BA 1APVE 4DI2A 3ZKSA 2IRZA 4Y3AA 1RL8A 3S56A 1LYAB 2HB2A 2QMDA 3UDKA 5P49A 4DQFA 1E5OE 2G94A 4FGXA 5P14A 3OQDA 1ZAPA 1EPQE 5KQYA 1D4LA 5P1XA 2WJOA 3VV8A 2AIDA 5J25A 1LYWB 1FQXA 1B6JA 2AVMA 5P8NA 1MIQA 5P8PA 1BXQA 3SAAA 3G72A 3FSMA 2A4FA 5P5WA 1MTRA 5P5UA 4OBKA 3KM4A 4Q1XA 5P7LA 4RRNA 4ZSRA 4F76A 3S85A 2WF4A 2P3DA 2Q3KA 2V12C 5P5ZA 2QZWA 2J9JA 3NWXA 2PSUA 4N00A 1HEFE 3LIXA 2IEOA 5P45A 3NUJA 5DR4A 3TKWA 2V16C 4Y5KA 2FS4A 4EJDA 1EPME 1W5WA 2G20A 5P2GA 3WSJA 5HVPA 5P6KA 3INFA 3NDXA 4WY1A 4DUSA 2Z54A 2I0AA 5OZFA 5P10A 4CPSA 4I0JA 3DCKA 3NR6A 2HAHA 6FIVA 5HD0A 5AHBA 4OBFA 2OAHA 5P3BA 2UY0A 4I0FA 3D1ZA 5P18A 4Y51A 1CPIA 1XS7D 3C9XA 5P4JA 1IZIA 1HVLA 1B11A 3QROA 5P1NA 2O40A 3IXJA 5P7IA 2RSPA 2PQZA 5JFUA 5P5BA 3VF5A 4RGHA 5P2KA 2NMZA 4WY6A 1EBWA 3QRVA 3LIQA 5OYSA 5OZ2A 4Y3ZA 5P83A 2NXLA 2Q64A 5T4SA 5P54A 5DQ2A 3FX5A 2SAMA 2NTRA 4RCEA 3EL1A 5P0LA 4YBIA 4J1CA 5P7FA 3FNSA 1PSAA 2ZJMA 3KYRA 5P6AA 1YX9A 3ZKIA 4Y56A 2V13A 3SFCA 4FS4A 4ER4E 5P4TA 2QZKA 1DW6C 1HSHA 3OTYA 4R92A 1SDVA 5HE7A 3L58A 3U7SA 4Y3GA 5I3VA 3KDDA 5P2YA 3NLSA 5P03A 2WF0A 5P5FA 5P46A 4M8YA 1EAGA 1BWAA 5DPZA 1NPVA 5P11A 5P28A 1AJXA 4FRIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FQ6 A;  5AHC A;  2P3B A;  1CMS A;  1D4I A;  3LIT A;  2VS2 A;  5P88 A;  3N4L A;  4NJT A;  5DR1 A;  1ZTZ A;  4Z50 A;  1HXW A;  2B42 A;  5ISJ A;  3UQP A;  4KB9 A;  5P07 A;  5DR0 A;  5OZU A;  5P7P A;  4ZEA A;  3BGB A;  1FEJ C;  3WB4 A;  1PSN A;  5P2S A;  5P6Y A;  2QD7 A;  4ZE6 A;  3PSY A;  1UH7 A;  2R5P A;  5OYT A;  3NXE A;  3N3I A;  2G26 A;  5OZD A;  2ZHS A;  2JJI A;  5P85 A;  3ST5 A;  3VF3 A;  1MVP A;  4BEL A;  1DP5 A;  2AZC A;  1HPS A;  2AZ8 A;  5P51 A;  2QP8 A;  5P2N A;  3T3C A;  4I8Z A;  3PSU A;  4B1D A;  3HAU A;  1YG9 A;  1WBM A;  1HVI A;  3R0Y A;  1TZS A;  1LYB B;  3EM3 A;  4XKX A;  5P63 A;  3SA5 A;  3ZKM A;  1D4H A;  2PSV A;  3T7P A;  1ODW A;  4OC6 A;  1K2C A;  1K6P A;  1HEG E;  3EKW A;  1HVC A;  3ZOV A;  5P0I A;  4FCO A;  1BXO A;  4LXA A;  2QI7 A;  4Y4W A;  3UHL A;  4Y4J A;  5P2D A;  2AOF A;  3DJK A;  5OZG A;  5P0H A;  3KA2 A;  5P1M A;  2WF3 A;  2H6S A;  5P77 A;  5P4C A;  5HTZ A;  2IEN A;  1Q9P A;  5OZX A;  3SAB A;  1XN3 A;  4Y39 A;  4CMS A;  5P6P A;  1HIV A;  2QNN A;  1Z8C A;  3BGC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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