4GJ5A

Crystal structure of renin in complex with nvp-amq838 (compound 5)
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
340
structure length
332
Chain Sequence
LTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Renin
publication title The Discovery of Novel Potent trans-3,4-Disubstituted Pyrrolidine Inhibitors of the Human Aspartic Protease Renin from in Silico Three-Dimensional (3D) Pharmacophore Searches.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 332
sequence length 340
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2012-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj5A01
1GVTA 3U7SA 2F81A 2NXMA 2ANLA 4Y43A 5P0HA 4B78A 4OBJA 3OQ7A 1HTFA 2Z54A 4NJVA 3FNSA 5OYVA 1YTGA 4YBIA 1PPKE 2HC0A 5P3NA 4TVGA 1C70A 5P6MA 5UPJA 3ZLQA 4B70A 3OU1A 2BKSA 3VFAA 3EKWA 4Y3WA 2G20A 2VA7A 5OYZA 3PMYA 3KDBA 4QJ9A 2OHRA 1W51A 4CPSA 5P14A 4FRIA 3S54A 4H3GA 4Y3MA 3CYWA 4RCEA 4OD9B 1Z1RA 4GJ5A 5P38A 4HE9A 5P40A 2QI6A 3BC4A 2ZHUA 5P2FA 1M0BA 5P4QA 5P0CA 5P17A 3K5CA 5P65A 5P4UA 5P7KA 5P6YA 3ZPSA 1K1TA 3IGBA 1ENTE 1D4LA 5P2MA 2QI0A 3HVPA 1BBSA 3LHGA 5P55A 2IEOA 4Y3NA 4Y9WA 5P53A 5IVTA 1SGZA 5P3IA 5P71A 4FAFA 5DGWA 4I0FA 3NDWA 5P3DA 1IZIA 5I3VA 4Y3EA 3TNEA 1GNOA 1HVLA 3VEUA 3SA3A 4EP2A 3L5EA 4YHQA 5P7MA 1HIVA 1W5XA 3LNKA 1G6LA 3KFPA 1N49A 5P2IA 3I8WA 4Y3HA 4L6BA 5P3OA 3BXSA 1IBQA 3OU3A 4QGIA 2G27A 5P64A 5OZ8A 4A6BA 3SA4A 3PCWA 1EPQE 2QHZA 5P1PA 5P8JA 1K6TA 2OHMA 3F9QA 5P27A 4FAEA 4NJUA 5P46A 5OYTA 5DQ5A 5P5XA 3GI5A 5P2XA 3RSXA 1ME6A 2JJJA 4EJ8A 3O9DA 3RTHA 1D4YA 5P8HA 5P7YA 3BUGA 5P3TA 2G94A 5P8AA 1EAGA 1BDLA 1CZIE 4OBFA 2AOJA 2AVMA 2QI5A 4Y5KA 1EPME 1MT7A 2G1OA 1OHRA 1CMSA 3BUFA 1T7KA 2P3CA 5P6HA 5OZIA 3CICA 4DVFA 3VSXA 2PWRA 5P8RA 1E82E 3OU4B 5P7OA 1EEDP 5DQ4A 4A4QA 3HZCA 3LINA 3EKQA 5P3FA 1BXOA 4Y4UA 3NWQA 4GMIA 4FSLA 3NSHA 4HA5A 1HVHA 3H0BA 3LIZA 5P1NA 5P54A 2UPJA 4I0IA 2IGYA 3I2LA 5P6ZA 1BXQA 4DPFA 4EWOA 5IS4A 4OD9A 1PROA 4Y5AA 3T3CA 1NH0A 4YD6A 5P89A 4K8SA 1K2BA 4B00A 3DM6A 5P18A 3DV5A 5OZDA 4Y47A 5OZBA 4AMTA 5P2JA 1HPSA 3S85A 2QK5A 5P1VA 2H6TA 1MT9A 2UY0A 3R4BA 1HSGA 4FGXA 4ZIPA 3ZKIA 4GYEA 5OZAA 5P1OA 2WF3A 4Y48A 6FIVA 2IENA 1B5FB 5P7LA 5P85A 5P4AA 3DOXA 4Q1YA 4EXGA 3PWWA 3EL5A 5P1QA 4J54A 3ZKXA 5P1LA 3O9CA 5OZ7A 4YD7A 1YTIA 4ER1E 4OBHA 2ZJIA 2V0ZC 2A4FA 4YD5A 1E81E 4WTUA 3APPA 5AHCA 5P79A 5P6TA 5P3JA 2VA6A 3UQXA 5P2LA 1HPOA 5P20A 5P19A 1FMUA 5P2HA 5P11A 3HAWA 4FCOA 5KR2A 5P6JA 1APTE 3URJA 3APRE 3KA2A 4GJ8A 3TL9A 2P3BB 2QHCA 1KJ4A 5P6NA 4QJAA 3Q3TA 2QU3A 1QS8A 1D4IA 3GW5A 5AH8A 2G1NA 1APWE 3S56A 1BILA 3OXWA 5AH6A 2PH8A 5P8VA 1FIVA 4QJ7A 5P59A 3WZ6A 5KAOA 5P16A 5DR3A 1HIIA 3OU4A 2QU2A 1ZTZA 3PVKA 3UHLA 4ZEAA 3MSKA 4Y37A 2VJ7A 3FKTA 5P44A 4LXAA 5P6CA 4I8ZA 5P3HA 5P34A 1QBSA 2R43A 2I4VA 5P0VA 4XXSA 3IVHA 4DJWA 3SFCA 4R95A 5OZLA 4Y44A 1EPLE 2PSVA 3K5DA 4AUCA 4M8YA 1HXWA 4Y3SA 4B1CA 5OZKA 4WY6A 1SMRA 5P4TA 5OZ5A 3HBOA 3UDPA 3EXOA 2QI7A 2ZGAA 2JE4A 5P2OA 3PLLA 4OBGA 5OZUA 5P05A 5P32A 5P5YA 4Y41A 1ZPAA 5OZGA 2MIPA 4CP7A 2JXRA 2HIZA 5P63A 2VIJA 5P41A 1B5FA 5HTZA 4RVIA 5P7QA 3EM4A 3NU9A 2XYEA 5EZZA 1SGUA 5P6FA 4J1FA 5HE4A 1ODXA 1HPXA 2F3FA 5P8GA 1HSHA 1LYBB 2WEBA 1HEFE 2AVSA 2OHLA 1HOSA 2AOEA 2XFJA 4ACXA 4Y4EA 2P4JA 1FMXA 5P13A 1OEXA 4Y3QA 3IXJA 4RCDA 4HLAA 4Y4AA 4Y5LA 2VIZA 2OHNA 4F75A 4NJSA 3ECGA 1EPRE 2HPEA 5IVSA 5P7SA 4WY1A 1DIFA 2BKTA 3LIXA 4Z50A 3UQWA 5P22A 4J1IA 4LBTA 4JECA 4I10A 5P0PA 2QMDA 2I4DA 4X7IA 4YD4A 5F00A 4DQFA 1APUE 5DR4A 2P3BA 1YT9A 5P35A 7UPJA 4Y4DA 4F73A 3I7EA 2I4XA 5P1EA 1LEEA 2WECA 3S2OA 3AUPA 4PEPA 2FDPA 1HVJA 4GJCA 5P6OA 4Z4XA 5OYRA 1M43A 4MC1A 4YCKA 5P5OA 1META 3EL9A 1AJVA 4GB2A 4X2LA 4Y3FA 5P5JA 3SA7A 4LAPA 5P3RA 2QZXA 2V12C 3BRAA 2I1AA 5P0GA 2FMBA 5P3UA 1FF0C 1GNMA 2NMZA 5P4PA 3VV6A 1U8GA 3OQKA 1SBGA 1W5WA 3K5GA 5P5TA 3DCKA 5P5FA 4R8YA 1LZQA 3I6OA 2PWCA 2OHPA 3OXVA 3IN4A 5P8DA 2B60A 2FIVA 4Y3LA 5KQXA 4JOOA 4Y4TA 5P5SA 1HBVA 2AZ8A 5P1JA 1C6YA 1E80E 4I12A 3SA8A 3UDHA 1SDVA 4DJVA 2CEJA 1TQFA 1FFFC 5P0DA 3QROA 4ACUA 1D4HA 2R9BA 3ZKMA 5P0RA 5SXNA 3UFLA 3GGVA 3TPPA 4J1CA 2PMAA 3FNTA 2V10C 2HPFA 2WF1A 4YBFA 1W5YA 3ER5E 2HS2A 1FEJC 3KMYA 5P2BA 3QVCA 5P4FA 5P5MA 3SKFA 3PJ6A 2PQZA 2PSGA 4ZSMA 1FGCC 4RYGA 1LYBA 4GJAA 5P6QA 2V13A 3QBFA 5P09A 1IZEA 4R5NA 1QDMA 4DJYA 1LF4A 4KE1A 4KE0A 3D1ZA 4YOBA 4GIDA 1HSIA 5P30A 4HVPA 4RRNA 5P2RA 2Q54A 2J9KA 1MRXA 3N3IA 5OZRA 2BPZA 1HVCA 1BVEA 5P6SA 3LPJA 5OZNA 5P2GA 3URLA 1BDRA 2FGUA 2G1SA 1RPIA 1BWBA 5ER2E 3WSJA 4EP3A 2RKGA 3CKPA 5P7BA 5P6RA 2WEDA 4Y4WA 5P1HA 3ST5A 5P4LA 3NXNA 3PEPA 4S1GA 5P0WA 5P4RA 4TRZA 5P0BA 3IVIA 5OYXA 5KQZA 5OZSA 2B8VA 1E5OE 5P3CA 5KQYA 4RYCA 5P8EA 5KOSA 5P80A 5P2QA 4EYRA 2R8NA 3OOZA 5I3YA 3VYDA 3PWRA 5P6AA 5P0OA 3OQAA 4EQ0A 1TZSA 5P4NA 4YCTA 1EPOE 4PPHA 5DR1A 3UQPA 5P66A 4XX4A 5P5UA 5CONA 5P8FA 3ZOVA 2G22A 5P4SA 5HE5A 5P52A 1EC0A 5SY2A 5HDVA 1MTBA 5P8TA 4K9HA 5P7HA 3OQFA 2AOCA 2ZJKA 5J25A 1HWRA 2PSUA 1VIKA 5P86A 5BWYA 4H3IA 1MEUA 5OZHA 3SAAA 1FFIC 2F8GA 3FX5A 5P8BA 3VF3A 3FV3A 3KT5A 4LC7A 3ZPTA 4Y4XA 5P3LA 2ZJJA 5P50A 3OXXA 5IVRA 1CPIA 5P28A 2IKOA 3VUCA 3D20A 2AVOA 4LHHA 2HM1A 3OUAA 2QNPA 4Q1NA 5P15A 1YG9A 2ZJNA 4Y5EA 1ZJ7A 2IQGA 1NSOA 3VYEA 5P2WA 5P4VA 5P0ZA 5P5DA 4CPXA 5P8SA 1HVRA 3GI6A 5P82A 2NXDA 2QZWA 1UH8A 5P3ZA 5SY3A 2I4WA 3HLOA 5HD0A 5I70A 1DMPA 3FIVA 3AIDA 2Q3KA 4RZ1A 3MXEA 1EBZA 3OOTA 2HB4A 3K1WA 5P4JA 5C9FA 5P1CA 2QMPA 2QHYA 1EPPE 3NUOA 4CKUA 4XX3A 1EBYA 4CPQA 1SP5A 4Y5PA 5P1KA 3EMYA 4ER4E 5P6IA 1ER8E 4CPWA 5P1XA 5P4EA 1XE5A 3R1GB 4J0VA 4NJTA 2I0DA 3GGXA 2F3EA 5OZOA 2XYFA 5P8OA 1HHPA 3D1YA 3S43B 2Q63A 5P7JA 3PMUA 3KFRA 4Y35A 4PHVA 2BQVA 1NPWA 5P5KA 3JVWA 3I25A 2UXZA 2AODA 1A94A 3T6IA 4L7GA 4U7QA 5EZXA 4Y45A 4GJBA 3UQUA 1LF3A 3ZL7A 4B72A 4HDBA 1PSOE 5F01A 3Q5HA 4DQGA 5FIVA 2OHKA 1TW7A 4GJDA 5P33A 4Y6MA 2R38A 3G72A 3INFA 4MC2A 2NNPA 5SZ9A 2IKUA 5P56A 5P69A 2ZJLA 3SQFA 4Y4ZA 2IRZA 4I0DA 5P6LA 2ZDZA 5P5CA 3HD8A 4Z2ZA 5P62A 3KM4A 5P1GA 5P7AA 2QP8A 1KJHA 4BFBA 5P5QA 3QP0A 4CPTA 5P0EA 1AJXA 3EKVA 3LIQA 4H3JA 5P73A 3TH9A 4Y3GA 3S8IA 2ZHTA 2FXEA 1IZDA 3CKTA 2AIDA 3VLBA 2RKFA 1SIVA 2JJIA 3CIBA 3O9AA 3VLAA 1DW6C 2BPVA 5ER1E 5P7XA 5P0FA 5DPZA 4ZPFA 2IS0A 5JG1A 1UPJA 1PSNA 2WF4A 3TTPA 4Y38A 5P2SA 3WZ7A 1B6LA 1QBUA 4EPJA 3PLDA 3NR6A 5P87A 5P6UA 5P1FA 5HCOA 3B80A 2IDWA 3R2FA 3OXCA 1XN2A 3O99A 2QD6A 5P6XA 3OHHA 3JW2A 3WZ8A 3UTLA 4QLHA 5P7WA 1K1UA 5HDUA 3SM1A 4TRYA 1GNNA 3NU4A 3NU6A 5P8NA 2QD8A 1HPVA 2CENA 3S43A 5P60A 1PPLE 3VYFA 2G1RA 5P4GA 4M8XA 5DR7A 4Y3YA 4D83A 2HAHA 2OF0A 2ZYEA 5P88A 4Y51A 3OGPA 5OZWA 4COEA 3EM3A 4LP9A 5OYYA 3EKYA 2WEZA 3PSUA 2B42A 2QI4A 3O9LB 1BIMA 1XS7D 2ZJMA 5P7RA 1B6KA 2G24A 4Y53A 3BXRA 4I0JA 3VG1A 2ASIA 4DH6A 5OZCA 5OZ6A 3CYXA 3RVIA 2OHQA 4Y5BA 1HVSA 4J1EA 3DUYA 5HU1A 5P68A 5P07A 2PYMA 6UPJA 1GVWA 2OHTA 5E5KA 3Q6YA 5P4IA 5OZZA 5P0KA 2QNQA 1D4SA 2G21A 3DK1A 2NNKA 4FM8A 3MSJA 4EXHA 1BV7A 5DR8A 3RTNA 5P6PA 3MXDA 1ODWA 5OZTA 3KDCA 5P8KA 1K6VA 4XKXA 5IVQA 5OZ3A 2A1EA 3U71A 3SA6A 3N4LA 3OTYA 3WB4A 1W6IA 3PRSA 3BGCA 4Y3AA 3INEA 5P84A 4Y3ZA 3PI0A 2QCIA 5P7PA 2PH6A 3D3TA 2PYNA 4I0HA 4TVHA 1ZAPA 4DQCA 3RTMA 3VSWA 1JLDA 1SDTA 2AOGA 1LV1A 1MT8A 3CKRA 3OGQA 1T7JA 3ZKGA 3OADB 2AZBA 4JPEA 1QBTA 3G70A 5P04A 7HVPA 1A9MA 5P1UA 4HEGA 2B7ZA 5P8IA 4KUPA 1W50A 4J5JA 2O4KA 1YX9A 2P3AA 5P5WA 5P2NA 3T7PA 3BHEA 3EBZA 4OC6B 3TPLA 1MPPA 3O9EA 4J0TA 1EPNE 1B6PA 3JVYA 3HVGA 2P8HA 1W5VA 5P0NA 4GZFA 5E5JA 1EC2A 4QJ2A 2P83A 1XE6A 3A2OA 4QJ6A 3R0YA 1YTHA 5APRE 2BBBA 3PSGA 4JPCA 2BJUA 5P2YA 3UFNA 1VIJA 3INHA 3K4VC 5P6KA 5BS4A 4Y3RA 5ENKA 5KR1A 3KDDA 1AXAA 3O9LA 3VV7A 4EQJA 1EBKC 3L3AA 2BPYA 5P5RA 3QRMA 5P0TA 4LXMA 2F3KA 2QZKA 3UDYA 2OHUA 1TCWA 3OUDB 2HB3A 4I0GA 1HTEA 4NKKA 5JFUA 5P23A 4YOAA 4EJKA 4ZLSA 1AM5A 1IDAA 4OBZB 3VF5A 4DFGA 5HCTA 5P3GA 4D85A 3PBDA 5P8MA 5P4BA 4F74A 5P7TA 5P81A 4JP9A 4FRKA 3NXEA 4DPIA 4YA8A 3KYRA 5OZ1A 5TOLA 4DUSA 3PB5A 3O9HA 3MSLA 5P7UA 5C9BA 1SH9A 2OHSA 3SKGA 3QN8A 4RRSA 5B18A 3DJKA 3IXOA 3L59A 5P1BA 5AH9A 4Y58A 5P0UA 1C6ZA 3S7LA 5P0JA 4Z22A 1K6CA 2NMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GVT A;  3U7S A;  2F81 A;  2NXM A;  2ANL A;  4Y43 A;  5P0H A;  4B78 A;  4OBJ A;  3OQ7 A;  1HTF A;  2Z54 A;  4NJV A;  3FNS A;  5OYV A;  1YTG A;  4YBI A;  1PPK E;  2HC0 A;  5P3N A;  4TVG A;  1C70 A;  5P6M A;  5UPJ A;  3ZLQ A;  4B70 A;  3OU1 A;  2BKS A;  3VFA A;  3EKW A;  4Y3W A;  2G20 A;  2VA7 A;  5OYZ A;  3PMY A;  3KDB A;  4QJ9 A;  2OHR A;  1W51 A;  4CPS A;  5P14 A;  4FRI A;  3S54 A;  4H3G A;  4Y3M A;  3CYW A;  4RCE A;  4OD9 B;  1Z1R A;  4GJ5 A;  5P38 A;  4HE9 A;  5P40 A;  2QI6 A;  3BC4 A;  2ZHU A;  5P2F A;  1M0B A;  5P4Q A;  5P0C A;  5P17 A;  3K5C A;  5P65 A;  5P4U A;  5P7K A;  5P6Y A;  3ZPS A;  1K1T A;  3IGB A;  1ENT E;  1D4L A;  5P2M A;  2QI0 A;  3HVP A;  1BBS A;  3LHG A;  5P55 A;  2IEO A;  4Y3N A;  4Y9W A;  5P53 A;  5IVT A;  1SGZ A;  5P3I A;  5P71 A;  4FAF A;  5DGW A;  4I0F A;  3NDW A;  5P3D A;  1IZI A;  5I3V A;  4Y3E A;  3TNE A;  1GNO A;  1HVL A;  3VEU A;  3SA3 A;  4EP2 A;  3L5E A;  4YHQ A;  5P7M A;  1HIV A;  1W5X A;  3LNK A;  1G6L A;  3KFP A;  1N49 A;  5P2I A;  3I8W A;  4Y3H A;  4L6B A;  5P3O A;  3BXS A;  1IBQ A;  3OU3 A;  4QGI A;  2G27 A;  5P64 A;  5OZ8 A;  4A6B A;  3SA4 A;  3PCW A;  1EPQ E;  2QHZ A;  5P1P A;  5P8J A;  1K6T A;  2OHM A;  3F9Q A;  5P27 A;  4FAE A;  4NJU A;  5P46 A;  5OYT A;  5DQ5 A;  5P5X A;  3GI5 A;  5P2X A;  3RSX A;  1ME6 A;  2JJJ A;  4EJ8 A;  3O9D A;  3RTH A;  1D4Y A;  5P8H A;  5P7Y A;  3BUG A;  5P3T A;  2G94 A;  5P8A A;  1EAG A;  1BDL A;  1CZI E;  4OBF A;  2AOJ A;  2AVM A;  2QI5 A;  4Y5K A;  1EPM E;  1MT7 A;  2G1O A;  1OHR A;  1CMS A;  3BUF A;  1T7K A;  2P3C A;  5P6H A;  5OZI A;  3CIC A;  4DVF A;  3VSX A;  2PWR A;  5P8R A;  1E82 E;  3OU4 B;  5P7O A;  1EED P;  5DQ4 A;  4A4Q A;  3HZC A;  3LIN A;  3EKQ A;  5P3F A;  1BXO A;  4Y4U A;  3NWQ A;  4GMI A;  4FSL A;  3NSH A;  4HA5 A;  1HVH A;  3H0B A;  3LIZ A;  5P1N A;  5P54 A;  2UPJ A;  4I0I A;  2IGY A;  3I2L A;  5P6Z A;  1BXQ A;  4DPF A;  4EWO A;  5IS4 A;  4OD9 A;  1PRO A;  4Y5A A;  3T3C A;  1NH0 A;  4YD6 A;  5P89 A;  4K8S A;  1K2B A;  4B00 A;  3DM6 A;  5P18 A;  3DV5 A;  5OZD A;  4Y47 A;  5OZB A;  4AMT A;  5P2J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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