3OXWA

Crystal structure of hiv-1 i50v, a71v protease in complex with the protease inhibitor darunavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPVEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Structural and thermodynamic basis of amprenavir/darunavir and atazanavir resistance in HIV-1 protease with mutations at residue 50.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oxwA00
5AH9A 1HVHA 4HE9A 4H1EA 4HEGA 4PEPA 3PRSA 5P23A 1BILA 5BWYA 4Y3WA 5DR1A 1BXOA 5P8IA 3UDJA 2B7FA 5P26A 1HVJA 5HE7A 3BGCA 4Y4DA 3I7EA 5OZ6A 4LAPA 5P73A 4DQFA 5OZOA 4L6BA 3WSJA 5P8VA 4IVSA 1K6CA 2Q55A 1IZHA 5OZIA 4Q5MA 4NJUA 3NU5A 4IVTA 5OYWA 4B70A 4S1GA 3BGBA 4HDPA 1IVPA 4R91A 4B78A 2XFKA 3APRE 1EBYA 4J17A 1NPWA 5CLMA 2JYSA 1KZKA 3T11A 5P4JA 5AH8A 5P54A 3EL9A 3VCMA 4ZPGA 3I8WA 5P2SA 1D4LA 3LIVA 1G0VA 3LZYA 3LZSA 5DPZA 4GJ9A 3DOXA 5OZBA 1B6MA 5P5ZA 3OU1B 1U8GA 5E5JA 1CPIA 4DV9A 5P6LA 3IA9A 5P1LA 5P5MA 3QS1A 3SA8A 2HB2A 2J9JB 1E80E 1FF0C 4QJ2A 1GNNA 3GI0A 3LPJA 5P87A 5P2QA 5P0VA 4B1EA 4GJDA 2VA7A 4FGXA 5DQCA 2RKGA 3CKPA 4J5JA 2G24A 5P1WA 5ENMA 4Y3PA 3CYXA 2QD6A 3SA7A 5P0AA 2PWCA 4UPJA 4Y3DA 5DQ5A 5P1TA 5OYUA 3OTYA 3PWRA 1EAGA 2ZJMA 4Y6MA 5P2JA 3ZPUA 1QRPE 2PYNA 1HTFA 6FIVA 5HU1A 4JECA 1Q9PA 5P3QA 3ZKIA 4GJBA 4Y3JA 4I0JA 3IVIA 3MXDA 4HLAA 1A30A 1XL5A 3TL9A 4R92A 1EPLE 5EZXA 4KE0A 1BWAA 3KM4A 4X7IA 3UFLA 5FIVA 3APPA 3MSKA 3PSUA 5KOSA 5P4RA 1J71A 2VKMA 3TKWA 3EL5A 3T3CA 1KJGA 5OZDA 5P31A 2OHUA 2Q3KA 1GVVA 2ER0E 2I0DA 4AMTA 4DUSA 5TOLA 4AA9A 5OZVA 5P7RA 2NMYA 4GJAA 5P1QA 4Y3LA 3CKTA 2BPYA 1Z1RA 3ER5E 1SGZA 1UH8A 5CONA 3UCBA 5P1RA 3L58A 5P59A 4Y39A 1YTGA 5P89A 1XS7D 3DCKA 5OZGA 3PBDA 1META 5P1FA 1LYWB 5P8FA 5P0CA 3SPKA 3Q5HA 5P60A 3TKGA 4RVIA 2QMFA 5P8NA 5P1XA 3NDTA 1PSAA 4RVXA 2IDWA 5IVQA 4Y3EA 3ZKQA 2B42A 5P8AA 3VLAA 2I0AA 5P3BA 3ECGA 4DJOA 5P0SA 3SAAA 5OYRA 2AZBA 2NR6A 2BQVA 4LBTA 5OZMA 5P4ZA 4Q1WA 5C9FA 4J0TA 4Q1NA 3QN8A 2PQZA 3M9FA 1EPME 3HVGA 2AVMA 5HVPA 5P2GA 3GGAA 1ZBGA 3D1YA 4I10A 3HZCA 2QCIA 5C9BA 1FB7A 2CEJA 1HPVA 2F80A 3K5FA 3NLSA 5KQFA 5P07A 2AIDA 4BFDA 2P4JA 1MT9A 1MIQA 3KMXA 3LPIA 4RCEA 2AVSA 4AUCA 2HS1A 3CIBA 3Q6YA 3VF5A 5P7WA 2AVQA 4Y3AA 3IGBA 3QP0A 4EP3A 2QNNA 3URIA 3INHA 1BDLA 4NPUA 5OZRA 5P4NA 2PSUA 5P8EA 5P83A 5P0QA 3SKGA 5DR3A 5P51A 4I0GA 5P09A 1AJXA 2NPHA 3EKXA 3MXEA 4U7QA 3OUDA 1HIVA 3QRSA 2RENA 5P1EA 1B11A 3QBFA 5HE4A 5P19A 2QNPA 5P49A 3ZMGA 1B6PA 4PHVA 3DM6A 4CPWA 3SA4A 2Z54A 1LEEA 4YD5A 2ER7E 5P25A 4FCOA 2JJIA 3OQKA 5P7NA 3NYGA 3VLBA 3OXCA 4FAFA 4PZWA 3OY4A 3NUJA 1FLHA 5P4BA 5P7PA 2UXZA 3R4BA 3OU1A 1BDRA 1AAQA 3UDHA 1E5OE 1Z1HA 2F3FA 1TW7A 1SDTA 5P7CA 2J9JA 5P7BA 6UPJA 5E5KA 5ER1E 4QLHA 5B18A 2XYFA 5P7LA 3OXWA 5P6TA 1JLDA 2QMPA 4B0QA 3HDKA 2QNQA 4FM6A 2F3KA 5BRYA 2WKZA 1FQ8A 4EJDA 4EPJA 5I3YA 1HWRA 1T6GA 5P2MA 3OQFA 5P7KA 5P7XA 5P0IA 4OC6B 3INDA 3IN3A 3SA5A 4YE3A 5OZ5A 5P5BA 1FMXA 4Y5KA 1IDBA 2QI3A 2G1SA 5HDZA 1HVCA 1EC3A 3T7XA 1LYBB 3PLDA 5P11A 2FMBA 5P7OA 3UTLA 3VV6A 5OZTA 4HVPA 4DQCA 2JXRA 4J54A 2O4KA 3ER3E 4Y5PA 5P6ZA 3U6AA 2MIPA 1W5YA 5P3AA 5P3KA 1RNEA 5P6WA 3PWWA 4CPQA 1LF3A 2AOFA 3WZ7A 4XXSA 1OHRA 4JPCA 5P64A 2ZJNA 3VSXA 2FIVA 4F76A 5P0GA 4RZ1A 5P8DA 1B6KA 5P2KA 4YCYA 3NU3A 5SY3A 1QBRA 5P69A 1LYAB 1BV7A 2F81A 2PSVA 4Y3GA 1TZSA 5EZZA 3CMSA 5P4KA 4DJPA 3RVIA 3WB5A 1MEUA 5P2WA 3EKTA 4DQHA 1APWE 4GJ7A 3QAAA 1ZAPA 2BBBA 1MSMA 5P2BA 4L1AB 5DGUA 4OBFA 5P2IA 3ZKSA 5P79A 5OZPA 1NPAA 1D4SA 1MT7A 2I4UA 5P6FA 5AHBA 2Z4OA 5P1DA 2B8LA 1T3RA 2G1RA 1ZSFA 4MC1A 1XDHA 1HPXA 1FMUA 5OZZA 2FGVA 4WY1A 4ZLSA 2PC0A 3IVHA 5OYXA 5P1KA 4Y44A 4YDFA 4I12A 1YTJA 2QHYA 3PBZA 5HDUA 5HDXA 3KDBA 2V13A 5P33A 5P52A 5P55A 2QU3A 4YBFA 1HVIA 4BEKA 3MWSA 3GI4A 5P4UA 3SO9A 4Z2ZA 3PCZA 3LITA 5P36A 3DK1A 1KJ4A 3IXOA 5P1UA 1IZIA 1HBVA 5P2NA 5P22A 4I0ZA 5OZ1A 2RMPA 5P5KA 2HS2A 3RU1A 4H3GA 3NXEA 3D91A 4NJVA 5P3IA 5P40A 4F73A 1QBSA 2A1EA 5KR0A 4DJWA 3PVKA 5I70A 2ZJJA 2CENA 4E43A 1HSGA 1BV9A 3O9IA 1OEWA 3UDNA 1XE5A 1T7IA 5P88A 5P2VA 3OXVA 4OBJA 1EPPE 1GVUA 5OZLA 4ZSQA 4ZPEA 5P04A 4DQEA 3CICA 4DQBA 5P3SA 2OHNA 4CP7A 3UFNA 2I1AA 5JG1A 3K1WA 4B1CA 5P3JA 5P0WA 1IVQA 4K4PA 3EKYA 5HCOA 3SA6A 5P8OA 3G6ZA 5KOQA 3VFAA 4Y36A 3SACA 1EBWA 2AOEA 5P4GA 1SIPA 3KFSA 2AVOA 2WF3A 1HEGE 4GJ8A 5P76A 1LV1A 2Q11A 2PSGA 5P8TA 5SZ9A 4J0ZA 2P83A 5OYZA 5P3EA 2AZ9A 1D4IA 2I4VA 5P3UA 4WTUA 5P5DA 3MSLA 4R93A 3RSXA 5P3XA 4Y5MA 2VIZA 3JVWA 3OTSA 1HIIA 5P72A 3GGUA 4NJSA 5P6RA 5OZFA 1EBZA 4I8WA 2AVVA 2NTRA 3PCWA 3G72A 3PMYA 4OC6A 2BPZA 1HEFE 2P3CA 2WEBA 3CKRA 5P18A 3S56A 3OUDB 2UPJA 4L7HA 2HAHA 3FIVA 3LNKA 5OYVA 2QI0A 3D3TA 4GYEA 2OHKA 1LYBA 5P5HA 3NWQA 5P5XA 5OYQA 3INFA 3O99A 1EPOE 3OQ7A 2ZYEA 5I3XA 4FRIA 2IKOA 1ZP8A 2ER9E 4XX3A 3LZUA 4MC2A 2OHRA 3H0BA 5P84A 3RTNA 1SMRA 4TRZA 4Y3NA 2ER6E 4Y3YA 3BUFA 5F00A 1YX9A 1HRNA 2VA5A 3EKPA 1GVTA 4CPXA 5P29A 1MTRA 5P1PA 1GKTA 5P37A 3R0WA 3U71A 4DFGA 3PWMA 5P0LA 2PWRA 2QU2A 3UDYA 3PGIA 4BFBA 5KR2A 3KFRA 3O9AA 3L5BA 5AH7A 1LYAA 4DJYA 5P30A 1PFZA 4Y47A 4FSLA 5P7YA 3SQFA 1RQ9A 3FNTA 1KJHA 1DPJA 4I0HA 7HVPA 5P5IA 3SKFA 2P3BA 4DPIA 2ZJIA 3VYFA 4XX4A 5P0FA 2BPWA 4FRKA 2G94A 4BELA 4Z4XA 1T7KA 5P56A 4L1AA 3IN4A 4YCTA 3O9CA 1FQ6A 4KUPA 4OBKA 1MUIA 2IENA 3URJA 4B00A 3OUCA 5P6NA 1FEJC 3BC4A 1B6JA 3Q70A 5OZ0A 4FM8A 2AQUA 4LP9A 2B8VA 5P0OA 3OAGB 3LIYA 5P4HA 1Z8CA 2G20A 4NKKA 2ZHVA 4Y41A 3ZL7A 1ODYA 2I4QA 1ZLFA 3SM2A 3TOHA 1D4JA 3OUAA 5OZ9A 3VYEA 5P6JA 2VIJA 5P5YA 5OZKA 5P16A 4GJCA 3OQDA 1LZQA 3EL0A 5P0HA 3JVYA 4DVFA 3ZPSA 2QHZA 3VSWA 5F01A 1KJ7A 4QJAA 5P01A 3BVAA 5P2YA 5P41A 3L5EA 5P4LA 2V10C 5P3MA 2V11C 2PYMA 3S7LA 5P2EA 5P4FA 4OBHA 5P1GA 2XFJA 5DQ2A 2AOGA 2PMAA 5P6MA 5P65A 4HDFA 3HVPA 2VA6A 2EWYA 5P2OA 3H5BA 5P5AA 5P6OA 3FNUA 1W5VA 3ZKGA 5P6EA 4F74A 2OHPA 5OZCA 2FDDA 1WBMA 3NXNA 4J1FA 5P7QA 5P7JA 3QIHA 4LXAA 4LHHA 5P5TA 3QRMA 5P8PA 3PJ6A 5OZSA 1GNOA 4K9HA 3R1GB 1SP5A 2VS2A 2WF2A 5P80A 5ER2E 2XFIA 2ZJLA 5P70A 4EP2A 5DGWA 2WF4A 2QD8A 3KT2A 2OHSA 3FNSA 1AXAA 2VNMA 5P1MA 1GNMA 5P46A 1DP5A 1A9MA 2ZE1A 1DMPA 3UQPA 5P44A 5P6DA 3OOZA 4Y56A 1TCWA 4I1CA 3B80A 2FXDA 4J1CA 5P4OA 4Y54A 3BXRA 5P3HA 3K5DA 2Q54A 1BXQA 2BKTA 3NWXA 4FAEA 3EC0A 5P6YA 4L7GA 3FV3A 5P1IA 3S54A 4Y43A 2I4DA 3N3IA 5P4AA 2HPEA 2QAKA 5P7UA 1B5FA 5P85A 2WEZA 4RLDA 5P32A 2P8HA 2SAMA 2QD7A 2PK6A 2QP8A 1AJVA 3VYDA 4KB9A 3VV7A 3OU4B 3EKVA 5P1YA 1K1UA 5P3RA 3VF3A 3ZPTA 5P7VA 4KE1A 4Y51A 1FQXA 3JW2A 4RCDA 2QI1A 5P0KA 3SFCA 4Y5GA 3BUGA 2APRA 5P8CA 3AIDA 4ZEAA 2IRZA 3I2LA 2ZJHA 2VIYA 3GI5A 5P12A 2IS0A 5P2RA 4TVHA 1ER8E 1TSQA 5P75A 3Q4BA 3PM4A 4COEA 4I0EA 3UDQA 3ZLQA 1APUE 5P1SA 2I4WA 2IEOA 5P1NA 1W6IA 2IGXA 5P47A 4Q1XA 1ZPAA 1E81E 4EJ8A 1D4YA 4D85A 2HB3A 3Q3TA 1XN2A 1FMBA 3HBOA 4Y5AA 1WBKA 2G22A 2WECA 5P6QA 2RSPA 1UH9A 4K4RA 1ODWA 2FXEA 3O9GA 5P6KA 5P7HA 4DI2A 4EQJA 5I3WA 1G35A 1HOSA 3GW5A 5HDVA 5UPJA 4Y3XA 5P2ZA 1E82E 1WKRA 1NPVA 1HTGA 3NR6A 2V0ZC 3O9HA 5P39A 3OAGA 4ZSMA 3SLZA 1FFFC 1FFIC 4FRJA 5P1ZA 4I8ZA 5P8KA 1GVXA 1EPQE 3KYRA 1MVPA 3IXJA 4M8XA 2ZHSA 4CPRA 4J1HA 3NU4A 2WHHA 3QROA 5P78A 5ISJA 5T4SA 3SM1A 4YD7A 4GJ6A 2IQGA 3SABA 5OZ7A 4Y38A 5IE1A 2Q64A 2R38A 2HM1A 3OADB 3INEA 4D88A 3WB4A 5P3YA 2QMDA 2P3BB 5P3GA 4D89A 4Y5LA 5P15A 3KDDA 4RGHA 3EM4A 3FX5A 2AODA 1FG6C 4APEA 2G27A 1C6XA 3LHGA 5OZ4A 2F8GA 4NPTA 1M43A 5IVRA 1ZJ7A 5P0EA 5P0PA 2R3WA 3PI0A 4Y3ZA 5AHAA 4Y4EA 3BUHA 2QI6A 2HPFA 5OZWA 5P0UA 3WZ8A 3LIQA 2XYEA 2UY0A 2CEMA 5P1BA 5P5LA 2FGUA 2FLEA 5P67A 2BKSA 2R5QA 1SDVA 3S85A 1QBTA 3EBZA 4FE6A 3K4VC 4FLGA 1MESA 5P08A 1EPNE 5P10A 4GIDA 4H3FA 3B7VA 4FRSA 4AZYA 3NDXA 1HTRB 2B60A 1HXBA 4YD4A 5P5CA 5OZQA 5KQYA 2NMZA 4Y9WA 2BPVA 5P2HA 4OBZB 4CPSA 1ODXA 5P50A 1C6ZA 4RRNA 1IZEA 5J25A 2H6TA 1AIDA 2Q63A 4L7JA 3TNEA 3O9BA 3D1XA 4I0DA 5P4XA 1C6YA 1BWBA 1F7AA 5OYYA 3L59A 2V16C 3NDWA 2FNSA 4JOOA 3DCRA 4HDBA 4YD6A 2QI5A 3OU4A 5BS4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5AH9 A;  1HVH A;  4HE9 A;  4H1E A;  4HEG A;  4PEP A;  3PRS A;  5P23 A;  1BIL A;  5BWY A;  4Y3W A;  5DR1 A;  1BXO A;  5P8I A;  3UDJ A;  2B7F A;  5P26 A;  1HVJ A;  5HE7 A;  3BGC A;  4Y4D A;  3I7E A;  5OZ6 A;  4LAP A;  5P73 A;  4DQF A;  5OZO A;  4L6B A;  3WSJ A;  5P8V A;  4IVS A;  1K6C A;  2Q55 A;  1IZH A;  5OZI A;  4Q5M A;  4NJU A;  3NU5 A;  4IVT A;  5OYW A;  4B70 A;  4S1G A;  3BGB A;  4HDP A;  1IVP A;  4R91 A;  4B78 A;  2XFK A;  3APR E;  1EBY A;  4J17 A;  1NPW A;  5CLM A;  2JYS A;  1KZK A;  3T11 A;  5P4J A;  5AH8 A;  5P54 A;  3EL9 A;  3VCM A;  4ZPG A;  3I8W A;  5P2S A;  1D4L A;  3LIV A;  1G0V A;  3LZY A;  3LZS A;  5DPZ A;  4GJ9 A;  3DOX A;  5OZB A;  1B6M A;  5P5Z A;  3OU1 B;  1U8G A;  5E5J A;  1CPI A;  4DV9 A;  5P6L A;  3IA9 A;  5P1L A;  5P5M A;  3QS1 A;  3SA8 A;  2HB2 A;  2J9J B;  1E80 E;  1FF0 C;  4QJ2 A;  1GNN A;  3GI0 A;  3LPJ A;  5P87 A;  5P2Q A;  5P0V A;  4B1E A;  4GJD A;  2VA7 A;  4FGX A;  5DQC A;  2RKG A;  3CKP A;  4J5J A;  2G24 A;  5P1W A;  5ENM A;  4Y3P A;  3CYX A;  2QD6 A;  3SA7 A;  5P0A A;  2PWC A;  4UPJ A;  4Y3D A;  5DQ5 A;  5P1T A;  5OYU A;  3OTY A;  3PWR A;  1EAG A;  2ZJM A;  4Y6M A;  5P2J A;  3ZPU A;  1QRP E;  2PYN A;  1HTF A;  6FIV A;  5HU1 A;  4JEC A;  1Q9P A;  5P3Q A;  3ZKI A;  4GJB A;  4Y3J A;  4I0J A;  3IVI A;  3MXD A;  4HLA A;  1A30 A;  1XL5 A;  3TL9 A;  4R92 A;  1EPL E;  5EZX A;  4KE0 A;  1BWA A;  3KM4 A;  4X7I A;  3UFL A;  5FIV A;  3APP A;  3MSK A;  3PSU A;  5KOS A;  5P4R A;  1J71 A;  2VKM A;  3TKW A;  3EL5 A;  3T3C A;  1KJG A;  5OZD A;  5P31 A;  2OHU A;  2Q3K A;  1GVV A;  2ER0 E;  2I0D A;  4AMT A;  4DUS A;  5TOL A;  4AA9 A;  5OZV A;  5P7R A;  2NMY A;  4GJA A;  5P1Q A;  4Y3L A;  3CKT A;  2BPY A;  1Z1R A;  3ER5 E;  1SGZ A;  1UH8 A;  5CON A;  3UCB A;  5P1R A;  3L58 A;  5P59 A;  4Y39 A;  1YTG A;  5P89 A;  1XS7 D;  3DCK A;  5OZG A;  3PBD A;  1MET A;  5P1F A;  1LYW B;  5P8F A;  5P0C A;  3SPK A;  3Q5H A;  5P60 A;  3TKG A;  4RVI A;  2QMF A;  5P8N A;  5P1X A;  3NDT A;  1PSA A;  4RVX A;  2IDW A;  5IVQ A;  4Y3E A;  3ZKQ A;  2B42 A;  5P8A A;  3VLA A;  2I0A A;  5P3B A;  3ECG A;  4DJO A;  5P0S A;  3SAA A;  5OYR A;  2AZB A;  2NR6 A;  2BQV A;  4LBT A;  5OZM A;  5P4Z A;  4Q1W A;  5C9F A;  4J0T A;  4Q1N A;  3QN8 A;  2PQZ A;  3M9F A;  1EPM E;  3HVG A;  2AVM A;  5HVP A;  5P2G A;  3GGA A;  1ZBG A;  3D1Y A;  4I10 A;  3HZC A;  2QCI A;  5C9B A;  1FB7 A;  2CEJ A;  1HPV A;  2F80 A;  3K5F A;  3NLS A;  5KQF A;  5P07 A;  2AID A;  4BFD A;  2P4J A;  1MT9 A;  1MIQ A;  3KMX A;  3LPI A;  4RCE A;  2AVS A;  4AUC A;  2HS1 A;  3CIB A;  3Q6Y A;  3VF5 A;  5P7W A;  2AVQ A;  4Y3A A;  3IGB A;  3QP0 A;  4EP3 A;  2QNN A;  3URI A;  3INH A;  1BDL A;  4NPU A;  5OZR A;  5P4N A;  2PSU A;  5P8E A;  5P83 A;  5P0Q A;  3SKG A;  5DR3 A;  5P51 A;  4I0G A;  5P09 A;  1AJX A;  2NPH A;  3EKX A;  3MXE A;  4U7Q A;  3OUD A;  1HIV A;  3QRS A;  2REN A;  5P1E A;  1B11 A;  3QBF A;  5HE4 A;  5P19 A;  2QNP A;  5P49 A;  3ZMG A;  1B6P A;  4PHV A;  3DM6 A;  4CPW A;  3SA4 A;  2Z54 A;  1LEE A;  4YD5 A;  2ER7 E;  5P25 A;  4FCO A;  2JJI A;  3OQK A;  5P7N A;  3NYG A;  3VLB A;  3OXC A;  4FAF A;  4PZW A;  3OY4 A;  3NUJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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