1ZBGA

Crystal structure of a complex of mutant hiv-1 protease (a71v, v82t, i84v) with a hydroxyethylamine peptidomimetic inhibitor boc-phe-psi[r-ch(oh)ch2nh]-phe-glu-phe-nh2
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEIGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Mutational Study of Pseudopeptide Inhibitor Binding to HIV-1 Protease; Analysis of Four X-ray Structures
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zbgA00
3SKFA 1HIVA 2Z54A 3NU9A 2OHKA 5P8QA 3TKWA 4J0ZA 5P48A 3L58A 3MXEA 1FLHA 4YCKA 1TCXA 3SLZA 2AQUA 4LP9A 1BXOA 5OYUA 3IXOA 3QI1A 4FL8A 4Y57A 2QI4A 4D89A 2G24A 4YDFA 3LIVA 5P4EA 1M43A 3Q4BA 1APVE 5ER2E 5P77A 1HBVA 3CKPA 3TL9A 2FDEA 3QBHA 4EJLA 3VUCA 5P3MA 3NDUA 3NU6A 5P1SA 5P17A 4BEKA 4APRE 5P3NA 2I0DA 4HDFA 1HSGA 5P89A 3OK9A 4YOAA 4Y3ZA 5P38A 3KFPA 4X7IA 4HDPA 2AIDA 2HS2A 1YTHA 5OZGA 4Y5GA 2PK5A 3VG1A 2V0ZC 4RCDA 4GJCA 4R91A 2J9JB 5P58A 5I3YA 5P61A 3LNKA 4RRSA 3NUJA 3BVAA 2VJ9A 4Y5EA 1K6TA 2AOEA 4QLHA 1YG9A 1EPRE 1FQ8A 5P0MA 4B78A 3UTLA 1BV9A 2ZGAA 4BFBA 3UDNA 5P7BA 5BS4A 1TW7A 3O9GA 1B11A 4GJ6A 3VCMA 5P01A 5OYRA 4GJ9A 4NPUA 3QIHA 1K6PA 1RQ9A 1K6VA 5P70A 3ZKGA 1DW6C 2QI0A 1IBQA 5CONA 1B5FB 1SBGA 2OHQA 2QZLA 3UDPA 4Y37A 4CKUA 2V00A 5P2HA 1ZAPA 1XE5A 2ZJIA 2QMPA 5P2XA 4RCEA 5P7AA 5P0PA 5SY3A 2QZWA 2AOJA 4Y5BA 3UFNA 2G20A 2FLEA 2QI6A 3S85A 5OZ8A 2V11C 5P6EA 5COPA 5HCTA 5P26A 3TNEA 3PBZA 4M8YA 1FKNA 5P59A 4J1KA 1DIFA 2V16C 1XL2A 2JJIA 1HOSA 4YD4A 1SGUA 1HVIA 5P86A 5P3CA 2F80A 4JPEA 2IRZA 4XX3A 4Y51A 3LZYA 3VYDA 3BXSA 3BC4A 5P88A 3S56A 4OBHA 3DJKA 3PSYA 1ZSRA 5P6NA 2JXRA 2R9BA 5P0QA 3TTPA 3RU1A 2QI7A 2AZBA 5P03A 2ANLA 5AH7A 2AOGA 2G1SA 1EPPE 1HPSA 5P33A 5P46A 2ZHSA 3WB5A 4GJAA 5APRE 4CPSA 2NPHA 1E80E 3ZPUA 4Y4AA 1ZPAA 4N00A 1FFFC 5P68A 4YCTA 6UPJA 3SM2A 4U8WA 3G70A 4DJPA 1EPME 5OZ2A 4I1CA 5P25A 1AJXA 2HB2A 5AHAA 4Q5MA 5P3SA 5KR8A 4FGXA 3U6AA 5P53A 2QI1A 2ZJKA 5OZVA 1U8GA 5P4RA 4I0ZA 4B00A 1G0VA 3UDKA 4LXKA 5P2MA 3OOZA 4GMIA 5P8AA 2RKGA 5HE7A 3ZKMA 1A30A 5ISKA 4OD9B 5P04A 3QPJA 1PROA 2NR6A 3BUHA 1T6EX 5P09A 2IQGA 4I10A 2FDPA 5OZMA 1KJGA 3DV1A 5JFUA 2IDWA 3MSLA 4GYEA 3OU3A 5P63A 5P39A 4Y3AA 5P2RA 5DQ1A 5P6ZA 5DR0A 1AXAA 1WKRA 5P78A 5P82A 4YD3A 3OY4A 3CIDA 4ZPFA 5P19A 3C9XA 5P4IA 5P1CA 1T7JA 1BV7A 2P8HA 5OZOA 4EXHA 5IE1A 3HBOA 3SO9A 1ODWA 4Z2ZA 3OAGA 1PSOE 1HXBA 4RVJA 5OZEA 5P12A 4FM7A 5BWYA 5P11A 3ER3E 5P5ZA 1UH8A 2AOCA 4KE0A 1SIVA 3GGAA 1HIHA 3JW2A 4I11A 5P4WA 1E5OE 1Z1HA 4K9HA 1YTIA 3OQAA 3KDCA 3FNSA 4B1DA 3LHGA 5P22A 3SQFA 3GGXA 1EC1A 3TOGA 4XX4A 2WF3A 4GJ8A 3PRSA 5KR2A 2BQVA 5P3BA 2OHPA 4Y3QA 2B7ZA 5IVRA 5P65A 5P37A 3LIZA 5P43A 1IZIA 5OYVA 3FNTA 4LC7A 1FQ4A 1KJFA 3U71A 5C9BA 1BBSA 1MVPA 4U7VA 1J71A 3LZVA 4PZXA 3VSXA 1MPPA 5P6XA 5P0HA 1FF0C 3SA9A 5IVQA 3D1ZA 4QJ2A 4DFGA 4J1IA 5P0DA 4PEPA 4ACUA 3HD8A 2RKFA 1GVWA 5T4SA 4HVPA 2G1OA 3S45A 5J25A 4K4PA 4L1AB 3GI0A 5P0SA 5P6DA 4PHVA 4YBFA 3O9BA 4OBDA 2OHSA 1LF3A 2OHRA 1APWE 4YOBA 4ZIPA 5P3AA 1MTBA 5OZWA 3IGBA 4RZ1A 5OZ1A 2QHYA 1MTRA 4DJYA 2HB4A 2R8NA 5P3FA 3OWNA 2HC0A 3UQRA 5P1IA 2ZJJA 5P5XA 5HDUA 4Y3XA 5P2YA 1AAQA 4OBKA 5P5QA 1LYBB 2OHNA 2F8GA 2Z4OA 3EKQA 3GI5A 3O99A 3Q70A 3NXNA 4Y5LA 4Y5MA 5P4JA 4LL3A 4Z50A 5OZ0A 3SA4A 5P5VA 2ZJNA 4RRNA 5P7WA 5P0JA 1QDMA 5P3YA 4Q1YA 4MC9A 1DPJA 2VIZA 5KAOA 5P2VA 5P1NA 5P54A 2QD8A 1D4LA 5P44A 1BIMA 2G94A 5P3UA 5OZBA 5P5HA 5HDVA 3ZLQA 5P0KA 2NXLA 1ODYA 3NUOA 1XL5A 4CPRA 3OAGB 2QI3A 5P8VA 1AIDA 4KUPA 1YTGA 3QBFA 5P4MA 1Z8CA 5OZ3A 2SAMA 3K5CA 2J9JA 4J17A 3LIXA 2HS1A 3S7MA 5P24A 4Z22A 3URIA 5P5YA 3URLA 5P6HA 2Q54A 5HU1A 1TQFA 3NSHA 3R1GB 1BWBA 4CMSA 5P5WA 3OXVA 5P1HA 5P71A 1QS8A 5P87A 3JVYA 4J0VA 3IXKA 5KOSA 1K2CA 1HPXA 1YM2A 4Z4XA 5UPJA 5I3XA 2PSGA 5P7OA 2HPFA 5P42A 5OZ7A 5P7IA 3BRAA 5ER1E 3GI4A 4Y4WA 5OZAA 5P8HA 3I8WA 3NDWA 2XFJA 1NSOA 1FMUA 4H1EA 5P2BA 5P3ZA 5P1QA 1B5FA 3PWRA 5P6UA 1HPOA 5P66A 5P5PA 3TPPA 4D8CA 2A1EA 5P5TA 2G27A 3OGPA 3CICA 2FMBA 1HTFA 5KQYA 5P2OA 1M0BA 4R92A 2OHMA 1A94A 4RVXA 5DR7A 1MRXA 5JFPA 3Q3TA 5HE5A 1GNMA 1K6CA 3NU4A 1TSQA 3KT5A 5HD0A 5P2NA 1GVXA 2VA6A 5JG1A 1D4IA 2V13A 1N49A 3EL0A 5P3XA 1AZ5A 5OYYA 5AHBA 4ZSRA 1A8GA 5P4FA 2UY0A 3WZ8A 2WF0A 4OBJA 4TRYA 6APRE 4Y35A 5COOA 2R5QA 3ZL7A 3OHFA 4GJ5A 3PI0A 1MRWA 1BDRA 5P3TA 1NPWA 4ZPEA 5P3IA 1PPME 3RTMA 2FGUA 3KA2A 1KZKA 2P3CA 3OGQA 2ASIA 4Y3SA 3VF3A 1BDQA 4J5JA 2NNPA 2JYSA 4TRZA 2G21A 3D3TA 5DPZA 4FRKA 5P1VA 5P3JA 3PVKA 3UQUA 5P0NA 5P18A 3L38A 3DUYA 2G1NA 5P4PA 1DAZC 1IZDA 3PWMA 3SABA 5P2GA 3UQPA 1M4HA 1D4JA 2ZJMA 5P34A 3CYXA 3LINA 4K8SA 5P6KA 5DR3A 4R95A 4HZTA 3NU5A 4TRWA 5IVSA 5P40A 1HVJA 1SMEA 1B6MA 1A9MA 2B8VA 2AVQA 5P72A 4WTUA 3S54A 5P5JA 5P83A 3DCRA 5P06A 1W5YA 3KYRA 5P8EA 4OBGA 3APRE 2ZJHA 4GIDA 4NJUA 4FAFA 2IKUA 3N3IA 4I0IA 4OD9A 4Y41A 2RENA 3OXXA 3OUDA 4JP9A 1OEWA 3ZKNA 5KQXA 4DV9A 5KQFA 5P8GA 5KR1A 2QHCA 1MT9A 3UF3A 2FXEA 1W6IA 2ZE1A 3NWQA 3QRVA 5P4OA 1C6ZA 2QK5A 1HEGE 4YD5A 2P3AA 3OU4A 3G6ZA 4DI2A 5P8PA 5OZUA 2JE4A 4R8YA 2A4FA 3FNUA 5P7MA 3VYEA 5P6VA 5P7GA 3KFSA 2QU3A 1HTEA 5P56A 4Q1WA 4Y56A 2Q5KA 4YD7A 3HDKA 4L7JA 1W5VA 2QNPA 5P85A 3L5DA 5P7TA 5P8FA 3O9AA 5OZ6A 2QZKA 1EBWA 1HVSA 3ER5E 3SPKA 3NXEA 4L7HA 5P0ZA 3G72A 2BKSA 4YA8A 1B6KA 3UQXA 5KOQA 2ZHTA 2VNMA 5DR4A 1RL8A 5P0BA 3EXOA 4Y4UA 5OZPA 3PLDA 3UCBA 1MT7A 5P67A 4MC2A 5P28A 4I8ZA 4OBFA 3OQKA 3UDRA 5P7SA 1K2BA 3APPA 1TCWA 4Y9WA 2VIYA 2WEZA 4M8XA 2IKOA 5P7CA 2BPYA 4ACXA 4ER4E 3BGBA 2ZHRA 5P05A 1WBKA 4Y3WA 3L5CA 3NLSA 1META 4FRIA 1EPLE 5P7PA 2WECA 5P6JA 4YDGA 3LPIA 4ZPGA 1D4SA 3LITA 5P0LA 2FDDA 2FNSA 3LZSA 1HVHA 4I0HA 4FM8A 2OAHA 4GJDA 1LZQA 2QP8A 1MEUA 4J1CA 4Y5CA 1HXWA 1EBYA 4L1AA 1ZPKA 5SY2A 4PYVA 1HVLA 3NU3A 3VFAA 4AUCA 5P0FA 3TPJA 3O9FA 4J0YA 5P2SA 4RLDA 5P3GA 3N4LA 3EL5A 5HTZA 4DJRA 4DQEA 3SA3A 1HWRA 1T7KA 4RGHA 5P7VA 3FV3A 2Q63A 4DH6A 3I6OA 2BPZA 5P13A 4AA8A 3GI6A 5P57A 1FIVA 4R5NA 4QJAA 4DJOA 1LEEA 3K4VC 3DM6A 1MUIA 3OU1B 2HB3A 1NH0A 3M9FA 5P75A 1LYBA 5OYSA 2Q15A 3MSJA 4I12A 3KDBA 1UPJA 1FQ5A 4GB2A 4Y5NA 5P7XA 1PSNA 2B42A 3GGUA 3OUDB 4HA5A 4PPHA 2APRA 2ER6E 3WB4A 5P5NA 5P5BA 5OZ9A 3WZ6A 3PHVA 5AH9A 4Y45A 5P2AA 5P4TA 4EP3A 2R5PA 1PFZA 1KJ7A 3WZ7A 3OU4B 1T7IA 5P4KA 2B7FA 5P8DA 2IEOA 1IDBA 3NDTA 5DGUA 5OZIA 5P3LA 3T6IA 3QS1A 4FRJA 5AH8A 3EM6A 1RPIA 5P3RA 1QBSA 4Q1XA 5P76A 1G6LA 3HAWA 4D85A 5P7QA 3KDDA 4FSLA 4NJTA 5P8UA 4QJ8A 3UQWA 3DOXA 2CEJA 2I4UA 5OZJA 5P5KA 1GNOA 1SIPA 2PH6A 3PM4A 1EPQE 3OTSA 4L6BA 1EPOE 1W6HA 1MIQA 3K4VA 4Y3FA 1C6XA 5P4GA 2PQZA 5P6GA 5OZ4A 4CPTA 5IVTA 3T7QA 4PZWA 4Y43A 3LPKA 2PC0A 5P07A 4IVSA 4U7QA 5P7JA 5P0WA 2PH8A 1XN2A 5P8TA 3VEUA 1IVQA 4EP2A 1HPVA 3I25A 1SMRA 4Y48A 3K5GA 1HRNA 5P2TA 1K1UA 1XS7D 3O9LB 3PB5A 3TPLA 4NJSA 1B6LA 4Y4JA 5P0OA 3VV6A 3INFA 5P31A 5P3PA 3VV7A 2QD7A 2AVMA 2G26A 2ZYEA 3ZPTA 2UPJA 2WEBA 1C70A 5OZQA 1EPNE 2WKZA 4AA9A 1F34A 5P1YA 2VIEA 5P0EA 1LF2A 3VF5A 3FSMA 3HLOA 3NR6A 4Y3NA 1ZLFA 5P5LA 4JPCA 5P8BA 3O9IA 2QCIA 1MERA 5P14A 1G35A 2G1YA 4CPWA 4MC1A 4DQBA 2CEMA 2NTRA 1AJVA 2HAHA 2O4NA 2I4VA 1MSNA 5P60A 3EL9A 2PSVA 5P8NA 4AZYA 1ZTZA 2Q55A 2AOIA 5P5CA 5P27A 5P2KA 4H3FA 3H5BA 3EKVA 4H3GA 3WSJA 3DV5A 2BPVA 4RYGA 5DQ2A 3S2OA 1BAIA 3GGVA 3QVCA 4TVGA 5P29A 5P8IA 3HVGA 3JVWA 3SA5A 4MC6A 2AVOA 2RSPA 5OYWA 1W5XA 2ZHUA 2WHHA 2XYFA 1ZJ7A 3NDXA 5P4VA 4FIVA 5P1XA 3PJ6A 2I0AA 3OXWA 1SDUA 3I7EA 2IS0A 5ISJA 4QGIA 5P6YA 3R0YA 3TKGA 1RV7A 4Y36A 2VA5A 1T6GA 2BBBA 3BGCA 1MESA 4HDBA 4FAEA 4COEA 5P6MA 4Y58A 2P83A 5P64A 2OHLA 2XFKA 3OQFA 5OZ5A 4Y4ZA 5P0GA 3PMYA 1FMBA 5P15A 3T3CA 2I1AA 5P3DA 4QJ6A 2BPWA 2HPEA 1BWAA 4F76A 5P3QA 3CKRA 1AM5A 3R4BA 3IAWA 1IZHA 2AOHA 3T7XA 5P0IA 1YTJA 3R2FA 3QN8A 5P6OA 1BXQA 2FIVA 3ZKXA 5P5OA 5P73A 5P4YA 2VS2A 3ZMGA 2AZCA 4DQGA 4Y5KA 3RTNA 5P4QA 2BKTA 3QRSA 5P1LA 2O4SA 4FCOA 3UFLA 4YD6A 3UDQA 4FLGA 1IVPA 1ZP8A 2RMPA 2JJJA 2G1RA 5C9FA 4BFDA 4EQ0A 3ST5A 3OADA 4H3IA 4RVIA 5P5IA 4DJUA 2V12C 1BVEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SKF A;  1HIV A;  2Z54 A;  3NU9 A;  2OHK A;  5P8Q A;  3TKW A;  4J0Z A;  5P48 A;  3L58 A;  3MXE A;  1FLH A;  4YCK A;  1TCX A;  3SLZ A;  2AQU A;  4LP9 A;  1BXO A;  5OYU A;  3IXO A;  3QI1 A;  4FL8 A;  4Y57 A;  2QI4 A;  4D89 A;  2G24 A;  4YDF A;  3LIV A;  5P4E A;  1M43 A;  3Q4B A;  1APV E;  5ER2 E;  5P77 A;  1HBV A;  3CKP A;  3TL9 A;  2FDE A;  3QBH A;  4EJL A;  3VUC A;  5P3M A;  3NDU A;  3NU6 A;  5P1S A;  5P17 A;  4BEK A;  4APR E;  5P3N A;  2I0D A;  4HDF A;  1HSG A;  5P89 A;  3OK9 A;  4YOA A;  4Y3Z A;  5P38 A;  3KFP A;  4X7I A;  4HDP A;  2AID A;  2HS2 A;  1YTH A;  5OZG A;  4Y5G A;  2PK5 A;  3VG1 A;  2V0Z C;  4RCD A;  4GJC A;  4R91 A;  2J9J B;  5P58 A;  5I3Y A;  5P61 A;  3LNK A;  4RRS A;  3NUJ A;  3BVA A;  2VJ9 A;  4Y5E A;  1K6T A;  2AOE A;  4QLH A;  1YG9 A;  1EPR E;  1FQ8 A;  5P0M A;  4B78 A;  3UTL A;  1BV9 A;  2ZGA A;  4BFB A;  3UDN A;  5P7B A;  5BS4 A;  1TW7 A;  3O9G A;  1B11 A;  4GJ6 A;  3VCM A;  5P01 A;  5OYR A;  4GJ9 A;  4NPU A;  3QIH A;  1K6P A;  1RQ9 A;  1K6V A;  5P70 A;  3ZKG A;  1DW6 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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