5P8CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 345
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8cA01
4I0DA 3HDKA 4Y38A 5P1ZA 5P5AA 3KDBA 2PQZA 1E82E 4ACXA 1SIVA 4Y3AA 4DQEA 1HTGA 1F7AA 3EKQA 5P2TA 3OXVA 1DP5A 5P2OA 1GNNA 4M8XA 4Y5NA 4YOAA 3VLAA 5P09A 4Y41A 5P7MA 4RROA 1K6VA 3VF3A 3EKXA 4J1CA 4B05A 4ZPFA 3HD8A 4Y3MA 5P75A 5P2IA 4FE6A 3QPJA 2FDDA 3EKTA 5OZQA 4K8SA 2V12C 4I0HA 3OUCA 3S53A 4J1EA 4YD4A 1MT8A 4FM6A 3EM3A 5P1LA 5P8HA 3G70A 3EKWA 5DR8A 3DJKA 3HAWA 4EXGA 1FMBA 3UHLA 3NU6A 5P16A 4BELA 4HE9A 3BVBA 4GJ8A 3HAUA 3Q70A 2AQUA 3NUJA 1DPJA 2VA6A 5P2QA 4KUPA 5P55A 3TL9A 4B00A 5OZIA 5DR3A 1HEGE 4J1FA 3T11A 1XL5A 2G22A 4DPFA 1IBQA 3U7SA 4E43A 4NJSA 3UQRA 1RNEA 5UPJA 5P0LA 2IDWA 4Y51A 5P52A 4LL3A 3OQKA 4FAFA 5IVQA 4RCDA 1YTHA 3VFAA 2AZ8A 4Y57A 3INHA 4RLDA 4FAEA 5OZLA 4J55A 4RYCA 4Y5BA 3PSGA 4QLHA 5OZVA 2F80A 3VUCA 5KOQA 1TCXA 3HW1A 3S45A 4D89A 1T6EX 4I8WA 3M9FA 1AM5A 2VKMA 3PLDA 4ZE6A 1HBVA 3TPRA 4TRWA 2BJUA 2WF3A 3KF0A 6APRE 2NMZA 4JP9A 5P18A 5P45A 4D8CA 2XFKA 1K2CA 4I12A 3ST5A 1HOSA 5P0HA 3IAWA 5P81A 7UPJA 2V00A 2PWCA 5P5EA 3ZKGA 5I70A 5I3XA 5P68A 2NPHA 2IKOA 1AZ5A 3TKGA 5P6EA 4RRSA 1ZAPA 5P3DA 3SACA 5P89A 1MT7A 1YT9A 4Q1XA 2FIVA 1TZSA 1K6CA 5P1KA 1SMRA 2ZHTA 5P5YA 5C9DA 3KFPA 5P5QA 1B5FA 4EJKA 1ME6A 5P8RA 5P3YA 1HVCA 3LZSA 4FM8A 3OU4A 1D4IA 3OXWA 4K4RA 1W5WA 5P6RA 3L38A 2VA5A 2UXZA 3NDWA 4XX3A 4MC2A 2R5QA 3DV1A 1QRPE 1NPAA 5KAOA 1HVHA 5OZ9A 5P5LA 1ZP8A 3RVIA 1JLDA 1A9MA 3K5FA 2VJ9A 1APVE 4QJAA 4Y5LA 4X7IA 2PH8A 3VV8A 5P49A 2Q54A 5P3HA 1ODYA 1META 3NDXA 5P2DA 3VCMA 1A30A 3OHFA 3R2FA 5JODA 3PJ6A 3OAGA 4Y4XA 2OHSA 2PSVA 2I4WA 2QZWA 5KQFA 4EQJA 2QAKA 1RPIA 3HVPA 1BILA 3EM4A 1DMPA 5P58A 5P7EA 5AHCA 5P6CA 5SY3A 5P2NA 5AHBA 4R5NA 1EBKC 5BWYA 2ZJIA 4I1CA 1APWE 5P2CA 3MSLA 3L59A 5OZOA 1QDMA 3VYDA 3OUAA 5P6IA 3CKRA 3FX5A 4Y5CA 3S85A 3PRSA 4FSLA 1SGUA 3UDJA 1EC0A 5P3FA 4LHHA 4ZLSA 3SABA 1VIKA 5P3VA 2OHKA 1GNMA 3BXSA 1HTFA 3D1YA 5P29A 1TQFA 3EC0A 2PK6A 5DQ2A 1OHRA 5P7TA 3ZPSA 4DQHA 2P3CA 3LIVA 3ZPUA 1A8KA 3QBFA 1BIMA 1T7JA 5E5KA 3O9FA 3INFA 2FGVA 5P3CA 5P8FA 1B6LA 1IVPA 4GJCA 1WBKA 3K5GA 5OZ3A 3UQPA 3CIBA 2JE4A 5OZFA 5P1QA 5P3XA 5OZCA 2OHMA 2NTRA 1SGZA 5P78A 4EXHA 3TKWA 5SXNA 2B8VA 5P7AA 5P5CA 2AVMA 3EBZA 3NWQA 1LV1A 3HLOA 2VIJA 1HWRA 2O4LA 1XN3A 6UPJA 3R1GB 1IZIA 1T7KA 2AOFA 5P0YA 2G24A 1HPXA 3QRSA 4K4QA 4YE3A 3OQ7A 2JYSA 1B6MA 2G1SA 5BRYA 5P84A 2QD6A 3CMSA 3MWSA 2NNPA 3APRE 5HE7A 1EC3A 4ZSRA 3TOHA 4L7JA 3NSHA 2OHUA 1J71A 4TVGA 2HC0A 2B8LA 1VIJA 2R5PA 5P5IA 3I25A 2Q5KA 1DAZC 2QMGA 5I3WA 4FLGA 1EPME 2WEAA 4TRZA 1YTIA 2I0AA 1IVQA 2WKZA 4LAPA 3PCWA 1YM4A 5P3ZA 3VYFA 3WB4A 4PZXA 4UPJA 5P7FA 5P8DA 1HPSA 5P1DA 5HDZA 3VLBA 5COKA 4N00A 4RYGA 5P0BA 2HPEA 1HPOA 4NPUA 3D91A 1D4KA 1DIFA 1ZSFA 5APRE 5AH9A 5P2LA 1LF2A 2I4VA 1FLHA 1A94A 1MTBA 2QD8A 5P1YA 4IVTA 4YBFA 4Y48A 5P1RA 5P14A 4DJPA 1HVSA 3RSXA 2ASIA 3BRAA 3L5EA 4YA8A 5P7QA 2O40A 5P8UA 5P83A 4Q1NA 3PEPA 3VF7A 3I2LA 1UH7A 5P6GA 5P2ZA 5HU1A 5EZXA 4AZYA 5J25A 1TCWA 3SLZA 1BDLA 1EPNE 3F9QA 4FS4A 5P59A 1GVWA 2R43A 1HIVA 4FRSA 3KFRA 1ER8E 3URJA 4QJ6A 4B78A 1HEFE 4U7VA 3ER5E 3B7VA 1KJFA 5P4AA 1EC1A 1W5XA 2PYNA 5P6ZA 1XDHA 3IXKA 3VV6A 2O4NA 4BFDA 2ZHRA 4Y3JA 5P42A 1UH9A 4HA5A 4PZWA 4L7HA 3NUOA 5T4SA 1HVKA 5DQ1A 3DCKA 3ZKQA 5P7BA 3TH9A 2BPYA 4JOOA 2OAHA 2ZJMA 5OYUA 2PH6A 3BHEA 5P88A 5P6TA 5P3QA 1FQ8A 5P7VA 1N49A 3EL9A 2J9JA 3DV5A 1BDRA 5OZZA 3U71A 3WSJA 4ER2E 2AOEA 3R0YA 3I7EA 5P28A 2A1EA 4PYVA 2G1RA 2NXLA 1IZDA 3MSKA 5P1CA 5P1MA 5P02A 2I4UA 5P3OA 5P08A 2RSPA 5OYZA 1MERA 5P7KA 1NPVA 3KN0A 3NU9A 5P64A 3SM2A 2QK5A 4I11A 5P48A 4DQGA 3TPJA 3PI5A 2FLEA 3OXXA 4HEGA 3SKFA 5P8TA 2WHHA 4Y37A 4DI2A 2VA7A 2WEBA 1K1UA 4RCEA 2QI1A 3PBDA 4RVIA 4FCOA 1W5YA 5OZWA 2ZYEA 1CZIE 4TVHA 3GI6A 1FFIC 1BVGA 5P5SA 5P8OA 3NLSA 2ZJKA 1SBGA 1MVPA 1FQ7A 5P7ZA 4DUSA 3S8IA 4H3JA 3K4VA 4RCFA 2QMFA 2I4XA 3PHVA 3PB5A 1EBWA 5P3UA 3VFBA 3CIDA 5P6JA 5P51A 2J9JB 3OQFA 1LYWB 3VF5A 2I4DA 3S7MA 5OZ6A 2AIDA 5OZRA 3O9AA 4B72A 5P2EA 3LINA 3EMYA 2Q15A 5P6PA 3ZKIA 3G6ZA 5P2HA 5P1SA 4Y3PA 5P25A 2PK5A 2WF0A 4EHCA 1DW6C 2HIZA 3HVGA 5P3MA 1ZTZA 3MXEA 2AZ9A 5P1GA 4Y4UA 3OU1B 5OZBA 3SA9A 3WB5A 1LF3A 2QU3A 2V16C 5P3JA 1G35A 4OC6B 5P5OA 2AVQA 2ER9E 5P10A 5P7UA 3ER3E 5OZMA 2B60A 3QS1A 4IVSA 4B0QA 5P4UA 2ER6E 2RENA 1NSOA 2SAMA 4YCKA 4YD3A 5P6QA 5KR8A 1XL2A 4Y3LA 3O9CA 5P17A 3SA6A 1KZKA 4I10A 3NDTA 3D3TA 3QI1A 4XXSA 4YD6A 1HSHA 5P6VA 1FGCC 2QNPA 2OHTA 5P6UA 5P5VA 4AMTA 1FG8C 4I0EA 4ZPEA 5DR1A 2OHNA 5IVTA 2P4JA 3NU3A 4L1AB 1MTRA 3KA2A 4Y58A 1OD1A 3L5FA 4DJVA 5P7CA 1FQXA 5P1VA 5P4NA 3K1WA 2BPVA 4D88A 2QD7A 5BS4A 1K6PA 1W6HA 4EJLA 1K6TA 5DR4A 4ZIPA 2RKGA 3LNKA 1FMUA 4J1KA 3QVCA 1MRWA 5P41A 5OZSA 1D4JA 1PPKE 5P24A 3APPA 1ENTE 3O9HA 3NXEA 3DUYA 3EM6A 4Y3TA 4Y3DA 2H6SA 3SA7A 1KJHA 4B77A 3JVYA 3WZ8A 2UY0A 5P5XA 4OD9A 4Y5MA 5P6KA 2BKSA 1Z1HA 2ER7E 1AVFA 3KM4A 3L3AA 4PHVA 3N4LA 3PVKA 4EWOA 5P5JA 1E81E 2QZKA 2ZJJA 5P5HA 4YD7A 4CPRA 2V11C 2HB4A 5P3BA 5OYSA 3UFLA 2AOGA 4GJBA 3D20A 5P8IA 5P8EA 1HVRA 3RTMA 5DGUA 4Y56A 3BC4A 2NMYA 1FEJC 5AH7A 3Q4BA 2ZJLA 1EAGA 2QI5A 5P1JA 3K4VC 5P22A 3BUHA 5P4CA 5P31A 4OBHA 1KJ4A 3FSMA 1HSGA 2AOHA 1TSUA 5P6HA 3SFCA 4J54A 3PWWA 4XKXA 3BUGA 3UDMA 4APRE 1HVJA 5ER1E 3OQAA 4FIVA 2O4PA 4I0GA 2G1YA 5CLMA 1BV7A 1RQ9A 3L5CA 5P1UA 5OZPA 1APUE 3UDKA 4OBJA 4GJ9A 2V13A 5P3GA 4DV9A 3DCRA 2G1NA 5P4RA 5P03A 4Y5AA 2QZXA 5OZ7A 4Y4EA 4AA8A 3RTNA 4WY6A 5I3YA 1E80E 2G21A 5P3KA 3KMYA 4AA9A 4Y5GA 4WTUA 5ENMA 4YD5A 4Y4DA 5P27A 2IGYA 4J5JA 4I0ZA 3CYWA 4OD9B 3PWMA 1IZHA 1QBRA 1CPIA 3FNSA 3PI0A 4I8ZA 2AZBA 1EBZA 5P5BA 4CPTA 5P0QA 2G26A 4YBIA 4K9HA 1EPRE 5OYXA 2FXDA 1LZQA 4Y3RA 3O9LB 1BXOA 1W51A 5P0SA 5P6MA 5KQXA 3SPKA 1UPJA 1ZPKA 5P7WA 3URIA 4Y4WA 3VSXA 2P3BA 3OADB 4GJ5A 1W50A 3OY4A 5P61A 5P0DA 2WF4A 5AH6A 5P57A 5P4JA 4DFGA 2G69A 1SP5A 4ZEAA 5P0TA 3EKVA 3FNUA 2QI6A 2G94A 5DQ4A 3GW5A 4RVXA 4Y3XA 5P4IA 5P4HA 1AJVA 2WJOA 5P0JA 4QJ2A 5OZDA 4DJXA 4Y43A 3LZUA 2G1OA 2FDPA 2I0DA 3ECGA 1IZEA 5P5UA 3UDNA 1G0VA 4X2LA 4EPJA 3UQWA 3NU5A 3A2OA 4DJOA 4L6BA 2I4QA 5P07A 1WBMA 5HVPA 3S43B 2XYFA 4DQCA 5OYVA 5P6FA 4OBZB 4Z4XA 5KR1A 2P8HA 1LEEA 1HTEA 1MEUA 2HB3A 3Q3TA 5OYYA 5ENKA 2ZJNA 3PSUA 4KE1A 5DQCA 5KQZA 5P3TA 2NXMA 3EKYA 3NXNA 2BKTA 3QN8A 2QNQA 3CKTA 1W5VA 3RU1A 3T7QA 3PWRA 3QAAA 2WECA 5OZ0A 1MRXA 1SH9A 2P3BB 1MSNA 4J0VA 4MC1A 4I0IA 3SA8A 3KFSA 1C6YA 1HSIA 5P1FA 5P2RA 1GKTA 3UF3A 5P43A 1LYBB 5P5MA 3QBHA 1T6GA 1Z8CA 3FIVA 2Q63A 1SIPA 3PM4A 5P7NA 3OU3A 3S56A 4CPQA 3OQDA 2IS0A 2BBBA 5P0RA 5P4XA 1C6ZA 5SY2A 2QHZA 4K4PA 5DGWA 5P0PA 5P35A 2R9BA 4B1CA 2AOJA 1BWBA 4EQ0A 2F3EA 5P2SA 2VIYA 4Y3NA 5HDVA 4EP2A 1EBYA 5P66A 5P5FA 5P0UA 4FSEA 2Q55A 5F01A 2HPFA 9HVPA 4I0FA 3O9GA 5P8VA 1EEDP 2VNMA 5P4WA 4A6BA 3ZL7A 1MPPA 3UTLA 3WZ6A 3KDDA 5P5TA 1MESA 5COOA 3TPLA 7HVPA 5P53A 5OYTA 1BBSA 3PBZA 5P6NA 3IXOA 1QBSA 4NJTA 3GGVA 4Y53A 4ER1E 4Y3ZA 5P0FA 5P3WA 5P85A 5P1WA 4Y4TA 1ZBGA 4PEPA 2CEJA 5P7JA 5OYRA 3VYEA 2F3KA 1BDQA 1LF4A 2QNNA 4HVPA 5P1AA 5P2FA 5OZ8A 1PPLE 5OZUA 2Q11A 3IGBA 3I6OA 3UQXA 1FG6C 5HCOA 1FFFC 4F73A 3SQFA 1HVIA 2R8NA 5ISJA 4Y6MA 2HB2A 2B7FA 3GI5A 3ZKSA 5IE1A 5P71A 4Y3HA 4NJUA 5P2UA 5ISKA 3H5BA 3LIZA 1Q9PA 1AXAA 1HVLA 1PSOE 4L7GA 4U8WA 4ZSPA 1RL8A 3QIHA 4Y3WA 4R91A 2V0ZC 3OUDA 1WKRA 5HCTA 2BPXA 3O9BA 2R3TA 2JJJA 2UPJA 1A8GA 5TOLA 1EC2A 5P4PA 2OF0A 3NDUA 4DQBA 4Z22A 5P1BA 2BPZA 1FQ5A 1HTRB 4FRJA 1GVVA 1LYWA 5P0CA 5P7XA 3UDHA 4Y4JA 3ZKMA 1B6JA 1AIDA 1MUIA 4J0ZA 4JPCA 4HDFA 5P8SA 3DM6A 5OZXA 4F76A 2Q64A 3OOZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I0D A;  3HDK A;  4Y38 A;  5P1Z A;  5P5A A;  3KDB A;  2PQZ A;  1E82 E;  4ACX A;  1SIV A;  4Y3A A;  4DQE A;  1HTG A;  1F7A A;  3EKQ A;  5P2T A;  3OXV A;  1DP5 A;  5P2O A;  1GNN A;  4M8X A;  4Y5N A;  4YOA A;  3VLA A;  5P09 A;  4Y41 A;  5P7M A;  4RRO A;  1K6V A;  3VF3 A;  3EKX A;  4J1C A;  4B05 A;  4ZPF A;  3HD8 A;  4Y3M A;  5P75 A;  5P2I A;  4FE6 A;  3QPJ A;  2FDD A;  3EKT A;  5OZQ A;  4K8S A;  2V12 C;  4I0H A;  3OUC A;  3S53 A;  4J1E A;  4YD4 A;  1MT8 A;  4FM6 A;  3EM3 A;  5P1L A;  5P8H A;  3G70 A;  3EKW A;  5DR8 A;  3DJK A;  3HAW A;  4EXG A;  1FMB A;  3UHL A;  3NU6 A;  5P16 A;  4BEL A;  4HE9 A;  3BVB A;  4GJ8 A;  3HAU A;  3Q70 A;  2AQU A;  3NUJ A;  1DPJ A;  2VA6 A;  5P2Q A;  4KUP A;  5P55 A;  3TL9 A;  4B00 A;  5OZI A;  5DR3 A;  1HEG E;  4J1F A;  3T11 A;  1XL5 A;  2G22 A;  4DPF A;  1IBQ A;  3U7S A;  4E43 A;  4NJS A;  3UQR A;  1RNE A;  5UPJ A;  5P0L A;  2IDW A;  4Y51 A;  5P52 A;  4LL3 A;  3OQK A;  4FAF A;  5IVQ A;  4RCD A;  1YTH A;  3VFA A;  2AZ8 A;  4Y57 A;  3INH A;  4RLD A;  4FAE A;  5OZL A;  4J55 A;  4RYC A;  4Y5B A;  3PSG A;  4QLH A;  5OZV A;  2F80 A;  3VUC A;  5KOQ A;  1TCX A;  3HW1 A;  3S45 A;  4D89 A;  1T6E X;  4I8W A;  3M9F A;  1AM5 A;  2VKM A;  3PLD A;  4ZE6 A;  1HBV A;  3TPR A;  4TRW A;  2BJU A;  2WF3 A;  3KF0 A;  6APR E;  2NMZ A;  4JP9 A;  5P18 A;  5P45 A;  4D8C A;  2XFK A;  1K2C A;  4I12 A;  3ST5 A;  1HOS A;  5P0H A;  3IAW A;  5P81 A;  7UPJ A;  2V00 A;  2PWC A;  5P5E A;  3ZKG A;  5I70 A;  5I3X A;  5P68 A;  2NPH A;  2IKO A;  1AZ5 A;  3TKG A;  5P6E A;  4RRS A;  1ZAP A;  5P3D A;  3SAC A;  5P89 A;  1MT7 A;  1YT9 A;  4Q1X A;  2FIV A;  1TZS A;  1K6C A;  5P1K A;  1SMR A;  2ZHT A;  5P5Y A;  5C9D A;  3KFP A;  5P5Q A;  1B5F A;  4EJK A;  1ME6 A;  5P8R A;  5P3Y A;  1HVC A;  3LZS A;  4FM8 A;  3OU4 A;  1D4I A;  3OXW A;  4K4R A;  1W5W A;  5P6R A;  3L38 A;  2VA5 A;  2UXZ A;  3NDW A;  4XX3 A;  4MC2 A;  2R5Q A;  3DV1 A;  1QRP E;  1NPA A;  5KAO A;  1HVH A;  5OZ9 A;  5P5L A;  1ZP8 A;  3RVI A;  1JLD A;  1A9M A;  3K5F A;  2VJ9 A;  1APV E;  4QJA A;  4Y5L A;  4X7I A;  2PH8 A;  3VV8 A;  5P49 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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