2PH8A

Crystal structure of human beta secretase complexed with inhibitor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
389
structure length
365
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Strategies toward improving the brain penetration of macrocyclic tertiary carbinamine BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 365
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ph8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ph8A02
2IRZA 3U7SA 4F76A 1TSQA 5P3RA 5P5KA 3ZKNA 4NJVA 3L59A 3L5DA 2AOCA 2R3WA 3UFNA 4DI2A 1HSGA 3APRE 1CZIE 4FSLA 4Y5CA 5P1MA 1K2BA 3IGBA 4J17A 5P02A 2UXZA 2IENA 5P7XA 3EL0A 5P01A 1HVCA 2QI5A 3OHFA 3QI1A 2OHUA 8HVPA 1SIVA 2I4DA 3K5FA 2ZHTA 5OZJA 2VJ6A 5P1BA 1T6EX 3VLAA 5P8QA 3NWXA 4Y3AA 1HVKA 3PGIA 1MERA 2QCIA 5I3YA 1YTHA 2PSGA 1MTRA 2BPZA 4X7IA 3IVHA 1HTFA 3NU9A 5P61A 5P6QA 5P6OA 1BXOA 5UPJA 5P4SA 1DP5A 1W5VA 2I4WA 5P6ZA 4RRNA 6APRE 2QU3A 4HLAA 3TH9A 1G0VA 4B00A 5P5BA 3PSGA 3KMXA 5OYSA 3ZL7A 2NMYA 4Y45A 4PYVA 2NNPA 2HPFA 3H5BA 5P2CA 5P2OA 1BBSA 2QMPA 5P2JA 3HVGA 4OBGA 1SH9A 3L5CA 3LZSA 5P33A 5P6FA 2AODA 3PCZA 2CEMA 3U6AA 3B7VA 2BPYA 2NXMA 5P8NA 3QP0A 3GI4A 3O9AA 5P5HA 5P4RA 1XL2A 5P87A 3K5DA 2F3EA 3PI5A 4HEGA 4RGHA 1WKRA 3CYWA 3FSMA 5HDVA 2AZ8A 2V11C 2BKSA 2AQUA 2QI6A 4BELA 3I6OA 5OZBA 4GJDA 3EKWA 5P5WA 5P2WA 5P1SA 3OUBA 3NYGA 3PBZA 5P8BA 4HE9A 4ZEAA 3B80A 5P8FA 2VA5A 3HW1A 1LV1A 2NTRA 4HZTA 1KJ4A 5P0QA 1EPRE 4I0GA 2Q11A 4X2LA 5P72A 2H6SA 5SXNA 3PHVA 4LHHA 5P0WA 3SA5A 1AZ5A 4EP3A 4WY1A 4Y43A 2R38A 3OWNA 3VFAA 5IVTA 3FKTA 2QI4A 5F01A 3CMSA 4U7QA 2J9KA 4L1AB 1AJXA 3O9IA 3EL9A 3INHA 4I0JA 1K1TA 4FCOA 5P19A 5OYUA 4EHCA 5P3WA 4TRWA 3VYDA 5P58A 1UPJA 1W5WA 3EKYA 2QI1A 2I4VA 3PWMA 1A9MA 1B6MA 1ODXA 1SDVA 4Z2ZA 3NDUA 3UQRA 3UDNA 5P27A 4DJYA 5OZ7A 2JJJA 1MTBA 5DR4A 5P79A 4D8CA 3IAWA 1BWBA 1SMEA 5P5AA 4R91A 2R8NA 3VV7A 1VIKA 5P4XA 5OZUA 2F3FA 4NJSA 1TCWA 1MIQA 5P1HA 5P7EA 3EL5A 4K9HA 1LYAB 4CPUA 4DQGA 2AOEA 3PBDA 1MT8A 4BFDA 1SGZA 2QZXA 5P08A 2AOGA 3QPJA 5IVSA 2HS1A 5AH7A 5P4MA 1FLHA 3BVBA 5OZPA 4Y3TA 5P88A 5P0HA 3CICA 3PMYA 1G6LA 1EPNE 4Q1NA 1Q9PA 4LC7A 1D4SA 3LPKA 5P2FA 5P69A 3EM4A 5P71A 5I3XA 2QZWA 5P1PA 1W51A 1CMSA 1YG9A 3FIVA 3OQAA 1BDLA 4Y3HA 5P0FA 3SFCA 2QMGA 1ZSRA 3GI5A 5P09A 3OADA 5P65A 3SA6A 4F73A 5P0XA 1XE6A 5OZIA 5P6HA 5E5KA 3UQXA 4Y3GA 5P6XA 5P1QA 3OUDA 2VS2A 3OU1A 1MSNA 3IVIA 4Y3NA 1HVSA 4AZYA 3UDRA 4I0IA 2QI7A 2O4PA 2ZE1A 2V16C 2A1EA 3S56A 5P5LA 3BHEA 3BGBA 2R5PA 4Y37A 5P2AA 5P6UA 5P83A 5P6LA 5BWYA 1EBZA 3QS1A 4CPXA 4Y4UA 5P76A 3BUGA 5P0VA 5P6CA 3TPRA 5OYVA 1M0BA 1YTIA 1T3RA 6UPJA 2G1RA 3FX5A 4YD3A 5OZLA 4J1EA 2VIJA 2B8VA 5AHCA 4M8XA 1ZLFA 3QRSA 5P7UA 3IN4A 3OU1B 1PROA 3SABA 3DUYA 5OZ4A 4Y3YA 4EPJA 5P3UA 4FRJA 5JFPA 1M4HA 3ZPTA 2B7ZA 1HSHA 3Q70A 3LIXA 5P1TA 3Q5HA 3ECGA 3BUFA 3O9EA 4Y4WA 3SPKA 2CENA 3MSLA 4YOBA 5OZQA 3BXSA 4YDGA 1HVRA 2Z4OA 2JXRA 3N4LA 5P1EA 1TCXA 4F74A 1C6YA 3QROA 4CPTA 5DQCA 5P03A 2XFJA 3HDKA 1SGUA 3RSXA 3S7LA 5COPA 2H6TA 5P1IA 2OAHA 1HIHA 3DOXA 2FNSA 5P4QA 5DR7A 4CP7A 1HWRA 2WEZA 1PPKE 3GI6A 3L5EA 2ZHSA 3GGXA 5OYYA 1K1UA 5P30A 1E82E 5P68A 2PK6A 5OZ0A 4MC2A 4PZWA 5P8JA 3EKVA 5DPZA 4TVGA 1K6PA 4DJRA 5P35A 3BXRA 2QHYA 3EKQA 5OZDA 3KDBA 1ODWA 1C6ZA 3IXJA 1AIDA 2BBBA 3WB4A 2AOJA 5B18A 3VFBA 3ZOVA 4ZSMA 2JE4A 3NU3A 3VF5A 3TOFA 4J55A 2PC0A 5ER1E 4RCEA 3QRMA 3BUHA 1W50A 5P5OA 4Y4GA 1EPME 1META 5OYTA 2EWYA 4FSEA 5P3QA 5P7YA 4LXKA 1FG8C 5P1NA 2AVQA 1LZQA 2Q55A 5P8PA 3INFA 1GNMA 2R43A 3TLHA 3ZLQA 3SA4A 3OOZA 5P0SA 2B60A 3TKGA 2NMZA 5OZOA 2OHLA 5P28A 7UPJA 1SMRA 4JOOA 4GIDA 3QRVA 5P3TA 1FMBA 2WL0A 2ZGAA 3LIQA 1B5FB 3OQ7A 4RYCA 5P7VA 4R95A 5P2LA 4H3IA 5KQYA 5P8GA 4Y4AA 4HVPA 3VYFA 4YD5A 4B05A 2BQVA 3PMUA 4GJAA 5P6RA 5P00A 3OU3A 5P4DA 5P5EA 5KOSA 3CIDA 1SP5A 3CKRA 5P81A 5P3HA 4ER2E 1BDRA 3KYRA 3K1WA 5OYRA 5JFUA 3T11A 2QNQA 1HIIA 5DGUA 1GVTA 2Q5KA 1TW7A 3OXCA 5P2IA 3C9XA 2QD6A 1NPWA 3OTSA 5P7FA 3ZMGA 2UY0A 1ZJ7A 3S43A 5OZCA 5P48A 5DR0A 2HB4A 2ER9E 2P3BB 1D4KA 2MIPA 5OZ5A 3ZKMA 4FRKA 5HE7A 5P4CA 4QJ9A 4I12A 4GZFA 1K2CA 4LXMA 5P0IA 3VCMA 2HPEA 3DM6A 4NJUA 4DJWA 3EM6A 1G2KA 4DJOA 1FMXA 3S8IA 5P7MA 1OD1A 5OZXA 5P6PA 2NPHA 5P7KA 3DK1A 5P8EA 4EJKA 3ZPUA 5JODA 4Z50A 5HU0A 3PEPA 5P23A 5AH6A 5HDXA 5BRYA 4Y4EA 2UPJA 2B7FA 2I1AA 1HVLA 3LZVA 5P25A 2FS4A 1IVPA 4DJUA 5P4PA 3O9FA 5HDZA 3PLDA 4OBZA 3SAAA 4HDPA 1E80E 3NDTA 5P3XA 1HVIA 5P8SA 3LZYA 3KN0A 3LIZA 1MRXA 4ACUA 1HSIA 2ZHUA 5P3YA 5KQXA 5P5IA 3S85A 4DJQA 4B70A 5P78A 2IKOA 3PJ6A 2QNPA 1EAGA 4CPSA 3BRAA 3S2OA 4Y41A 5I3VA 4D88A 5P8DA 5P62A 1SIPA 5KR8A 5P7WA 5P34A 4J0YA 5P4ZA 4D89A 1EC0A 1B11A 5P5DA 3CKTA 5P4LA 3LPJA 4OBZB 2Q63A 2SAMA 3NU5A 4Q1WA 5P67A 5KAOA 1HVHA 1KJFA 5P1AA 1PFZA 3BGCA 2IKUA 1B6JA 3IN3A 4RROA 2HB3A 5P3DA 3R0WA 4XX3A 5P0GA 5P3EA 3CKPA 3O9GA 5P0YA 1UH7A 5P8MA 4FM7A 1HIVA 4Y3DA 5P1FA 3UPJA 4EXGA 5OZWA 5P1JA 1XDHA 3INEA 1F7AA 1IDBA 2JYSA 5OZ8A 2IDWA 2ER7E 2J9JA 3WZ7A 2FDEA 4Y50A 3APPA 5OZNA 3UTLA 3K5CA 2AVOA 2VIYA 1U8GA 2O4KA 3D1ZA 7HVPA 5P20A 4ZPEA 5OZZA 3JVYA 4Y3LA 4J1FA 5P6MA 2QI3A 5P64A 1KJHA 4Y38A 3HVPA 4Q5MA 3TNEA 5P3NA 1RQ9A 3OY4A 1SDTA 3HAUA 5DR1A 5P2RA 2WKZA 2QP8A 4OBJA 3TOGA 5OZRA 2ER6E 4Y4ZA 2F80A 5P45A 1HRNA 1YTJA 2A4FA 2G24A 1HOSA 5P13A 1BVEA 1FB7A 5P0JA 4DJVA 2Z54A 2OHMA 2P8HA 2NXDA 5P3FA 4EJDA 5P5GA 2V12C 3URJA 1DPJA 2HAHA 5OZ1A 5P1ZA 5P05A 1GVUA 3NXNA 2IGYA 4GJ8A 2BKTA 3VEUA 4Y5KA 1FFFC 2QD8A 5ISKA 2VNMA 2I0AA 4Y4XA 4R93A 1FQ7A 3ER3E 1IZEA 5OZ3A 4RLDA 2WF2A 3PB5A 2Q64A 1IZIA 4RVXA 5ENMA 1QRPE 2AVVA 2VA7A 4FAFA 5P7SA 3S45A 1HEGE 5P6EA 3EBZA 2QAKA 1Z1RA 4BEKA 2O4LA 5P5QA 3SM1A 2G1YA 5P2TA 1LS5A 4I0DA 1FQ4A 3PWRA 3PSUA 5P5XA 3SA9A 5P40A 3T3CA 5OZYA 1LYWA 2FNTA 5P3LA 4YD7A 3LIVA 5C9BA 5P6KA 2OHSA 3PSYA 2RKGA 5P3MA 4YHQA 4D85A 3VUCA 5P4UA 4A6CA 4I1CA 1MVPA 5P8LA 3KF0A 4YCKA 1BXQA 4FM8A 2AZ9A 3O9CA 5P5CA 3UDJA 3QAAA 3NUJA 3QVIA 5P06A 3OGPA 5P0DA 3EMYA 4J1CA 5P2NA 1NPVA 5P44A 4YCTA 4Y36A 3DCRA 5HCTA 1XS7D 2P3AA 1MEUA 4J5JA 3OU4A 2QI0A 5SY3A 3IXKA 4B78A 5OZSA 4GMIA 1DMPA 4FS4A 1NSOA 2G20A 2IL2A 1EPLE 2AZCA 2IQGA 1IZDA 3MXEA 4H1EA 3H0BA 3UDKA 1SDUA 3OOTA 1AVFA 4U7VA 1Z8CA 5P7GA 2VIZA 5P0BA 5P2HA 5P42A 5P8KA 5P75A 4ACXA 1FFIC 4EQ0A 4APRE 4B77A 2O40A 2JJIA 4Y5MA 5P66A 3L5BA 3RTNA 1OEWA 4Y5LA 3LPIA 5P74A 1EBYA 5P2MA 5HDUA 5P3KA 3RVIA 3NLSA 3NSHA 2OHQA 3RU1A 3N3IA 2ZJKA 5P8HA 4R92A 1G35A 3UFLA 4TRZA 4ZE6A 5P1XA 3QIHA 4TRYA 1EPOE 3UDPA 2FDPA 5P4IA 1AAQA 5P5ZA 4DQBA 5AGZA 3S54A 3JVWA 4Y4DA 5OZ6A 3PWWA 1PSOE 3OADB 3QVCA 1DW6C 1B6LA 1FQ8A 5T4SA 5APRE 4GJCA 5P7ZA 3DV5A 4I8ZA 5P5MA 2XYFA 3OUDB 5P04A 3OUAA 2XYEA 5P07A 2PK5A 2ZHRA 5P3CA 2I4XA 5P36A 4LL3A 5CLMA 1HVJA 1ZAPA 5AHAA 5P6TA 1PPLE 4WTUA 4Y3WA 5P84A 4RRSA 1IIQA 3LINA 4OC6A 4Y6MA 2WF0A 3UHLA 2WJOA 1FGCC 2I4QA 5P1GA 3ZKIA 3FNTA 4Y5AA 2XFIA 2QNNA 5P6NA 1IDAA 2B42A 3K4VA 3GW5A 2ZJIA 3INDA 3G70A 5KQFA 4DH6A 2WF4A 3TKWA 1FQ5A 5P80A 4AA9A 1Z1HA 5P3BA 3OHHA 4EYRA 5JG1A 2FXDA 4DPFA 4KB9A 1D4LA 2F3KA 4RYGA 5HD0A 2ZYEA 4Y56A 5P1OA 5P3AA 5DR3A 5P59A 4R8YA 2FGVA 5P31A 3VLBA 1TSUA 3DV1A 3AIDA 1RPIA 5P4BA 1ZPKA 1ODYA 2ZJNA 5P60A 3PI0A 4OD9A 4ER4E 3MSJA 4J0VA 2VKMA 4DVFA 4Y5PA 4PPHA 1ZP8A 2FLEA 5P0CA 4JP9A 3NWQA 1HPSA 1VIJA 4J0TA 1IBQA 2WEAA 2ZJHA 5OYXA 1MT7A 5P2EA 9HVPA 5SZ9A 4BFBA 3D1XA 1MRWA 5P2SA 2OHKA 2PSUA 1APTE 2RKFA 2QMDA 5P3VA 5P3ZA 3KFNA 1D4JA 3TPPA 3EKXA 5P8TA 5P32A 3UQPA 3RSVA 4OBFA 4OD9B 3SACA 5SY2A 3KM4A 4Y3SA 4GJ9A 2VJ7A 1OEXA 5P12A 1GVWA 3SA8A 1D4YA 5P8UA 1FQ6A 5P1WA 2OHPA 4DQEA 4GJ7A 2AOFA 2O4SA 1BVGA 2FGUA 1RV7A 3TOHA 3KDCA 2AOHA 3U71A 2XFKA 3VG1A 4Y47A 4Y57A 4Z4XA 3TTPA 5P4OA 5AH9A 1GVVA 2G26A 4DFGA 5P2YA 1J71A 4RVJA 3O9BA 3WZ6A 4FGXA 4EJLA 5EZXA 1EBWA 1ZTZA 1MSMA 5P86A 2CEJA 1QS8A 2P83A 2QD7A 4YD4A 5P1CA 4ZPGA 1PSAA 5BS4A 5OZAA 4I0FA 4K4RA 3D3TA 5P5SA 1GNNA 1ZPAA 1FF0C 1W5XA 4IVTA 4J54A 3F9QA 5OYZA 4YOAA 4MC9A 3SKGA 1EC3A 3K4VC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IRZ A;  3U7S A;  4F76 A;  1TSQ A;  5P3R A;  5P5K A;  3ZKN A;  4NJV A;  3L59 A;  3L5D A;  2AOC A;  2R3W A;  3UFN A;  4DI2 A;  1HSG A;  3APR E;  1CZI E;  4FSL A;  4Y5C A;  5P1M A;  1K2B A;  3IGB A;  4J17 A;  5P02 A;  2UXZ A;  2IEN A;  5P7X A;  3EL0 A;  5P01 A;  1HVC A;  2QI5 A;  3OHF A;  3QI1 A;  2OHU A;  8HVP A;  1SIV A;  2I4D A;  3K5F A;  2ZHT A;  5OZJ A;  2VJ6 A;  5P1B A;  1T6E X;  3VLA A;  5P8Q A;  3NWX A;  4Y3A A;  1HVK A;  3PGI A;  1MER A;  2QCI A;  5I3Y A;  1YTH A;  2PSG A;  1MTR A;  2BPZ A;  4X7I A;  3IVH A;  1HTF A;  3NU9 A;  5P61 A;  5P6Q A;  5P6O A;  1BXO A;  5UPJ A;  5P4S A;  1DP5 A;  1W5V A;  2I4W A;  5P6Z A;  4RRN A;  6APR E;  2QU3 A;  4HLA A;  3TH9 A;  1G0V A;  4B00 A;  5P5B A;  3PSG A;  3KMX A;  5OYS A;  3ZL7 A;  2NMY A;  4Y45 A;  4PYV A;  2NNP A;  2HPF A;  3H5B A;  5P2C A;  5P2O A;  1BBS A;  2QMP A;  5P2J A;  3HVG A;  4OBG A;  1SH9 A;  3L5C A;  3LZS A;  5P33 A;  5P6F A;  2AOD A;  3PCZ A;  2CEM A;  3U6A A;  3B7V A;  2BPY A;  2NXM A;  5P8N A;  3QP0 A;  3GI4 A;  3O9A A;  5P5H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 6FIV A;  4PEP A;  5OZT A;  4L7J A;  4IVS A;  5P41 A;  2OF0 A;  1B5F A;  1BV7 A;  3OGQ A;  3KFS A;  4B72 A;  1KJ7 A;  1A8G A;  3URL A;  4GB2 A;  5COK A;  3PRS A;  2OHR A;  3OQK A;  2PH8 A;  2APR A;  3ZKX A;  3OXV A;  1AJV A;  1A8K A;  5P14 A;  3OQF A;  4J1I A;  5P8R A;  5HU1 A;  5P0Z A;  4Y3F A;  4A6B A;  2WHH A;  2R9B A;  4OBD A;  5P89 A;  5P49 A;  5P85 A;  4Y9W A;  3JW2 A;  1ER8 E;  5P26 A;  5P5N A;  4CPQ A;  3EKT A;  5DQ4 A;  5P1V A;  2G21 A;  5P6V A;  4YBI A;  4Y5E A;  5F00 A;  2WF1 A;  5P70 A;  5P43 A;  3BVA A;  4QJ7 A;  3EXO A;  1QBS A;  3PM4 A;  4Q1Y A;  4XX4 A;  4Y51 A;  5P7C A;  2P3B A;  3UDH A;  5P4Y A;  1XN2 A;  5P82 A;  2QU2 A;  4I8W A;  1HTE A;  3Q4B A;  5P29 A;  2NXL A;  1SBG A;  1FQX A;  5P0M A;  5P17 A;  5P5Y A;  5P4W A;  4Y3J A;  5P1R A;  2P4J A;  5P4T A;  4KE1 A;  2AZB A;  3OAG A;  1NH0 A;  3I7E A;  1DAZ C;  3VF3 A;  5P8V A;  5P7H A;  5ISJ A;  1GVX A;  5P4J A;  4ZPF A;  3SM2 A;  4RCD A;  2QZK A;  3UF3 A;  2PWC A;  5P5J A;  4U8W A;  3DJK A;  2HB2 A;  1BWA A;  3WSJ A;  2WED A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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