4Y53A

Endothiapepsin in complex with fragment 54
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 88
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y53A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y53A01
4JP9A 5P84A 2PWRA 1ME6A 5OZEA 4B1CA 1APUE 1RV7A 2P8HA 4R95A 5P34A 3C9XA 3QAAA 5FIVA 3G70A 1EC2A 4FRIA 3NUOA 3R4BA 2AOGA 5P5LA 5P5JA 2QAKA 4OD9A 3O9LB 1FFIC 3VSWA 4GB2A 2PC0A 3IVHA 8HVPA 1YTIA 5P2BA 2ER7E 3QS1A 5DGUA 1EPPE 4DI2A 3ZKQA 5OZ0A 4B78A 1W6IA 1MERA 1ZJ7A 2PYNA 1ZSRA 5P6EA 5P2EA 1FEJC 4H3GA 3IVIA 3ER5E 5AHCA 1LYWB 1YG9A 4Y4UA 1C70A 2VIJA 4ZSMA 3PMYA 3BUHA 2BPVA 5E5KA 3EL5A 5P4PA 5OZ3A 4X7IA 2XFKA 1HPXA 3EKPA 3PWWA 5P1SA 3I2LA 4AZYA 2UY0A 1LF4A 5P0CA 5P27A 4FLGA 5P14A 2AZ9A 5P8HA 4AUCA 1UH8A 5P8NA 2QI6A 1HPOA 1UH7A 3NYGA 3TOGA 3G72A 2V12C 4YD7A 3ZKGA 4B1EA 5OZNA 5I3WA 5P0KA 3OGQA 5OZMA 5P3RA 3QVCA 1EC1A 5P4EA 5P09A 5P38A 5P40A 3LIVA 4U8WA 4WY6A 1EC3A 4B72A 1TW7A 5APRE 3I8WA 5P7FA 3NWXA 5P2FA 1AM5A 2ZHVA 3QRVA 1IVQA 2PH6A 3D1YA 2WF0A 4GMIA 4DJUA 4R93A 3PGIA 1AAQA 2R38A 2Z4OA 3TKWA 5P01A 1GVWA 4FL8A 5OYQA 4A4QA 5P5VA 4RLDA 1A30A 3CYWA 3TTPA 5P24A 2AOCA 5P8FA 2I0DA 6FIVA 4S1GA 4HLAA 1YTGA 5P8RA 3TPPA 1M0BA 3CKPA 3UQWA 2CEMA 5P6YA 5P0RA 5P7XA 3LPKA 5P5HA 3VV6A 4I0ZA 5P3DA 2HIZA 3BVAA 5ENKA 5OZRA 1IZEA 1OD1A 2OHPA 2FNTA 2NPHA 5ENMA 5OZ1A 3UFNA 4J54A 3ZL7A 4AA9A 3PSYA 2R3WA 3EL4A 4Z50A 5OZHA 2I4XA 3N4LA 4XX4A 2ASIA 5SZ9A 3T3CA 4FCOA 2VIZA 5C9DA 3EL1A 1XE5A 3SAAA 5I3XA 2QCIA 3QROA 1K6TA 5OZ5A 5P07A 2IKOA 2VNNA 2AOEA 4Y41A 4FRKA 3SLZA 2B60A 4Y3PA 5P1UA 3JVYA 1T7KA 4E43A 1IZIA 4PHVA 1NSOA 3VFBA 2RENA 2CENA 5P7BA 4EQ0A 1EC0A 3UHLA 1ODWA 5UPJA 3QN8A 2OHQA 5P5NA 1GVVA 1HTGA 2G94A 4Y3WA 1EAGA 1MUIA 5JFPA 5P8KA 3MSJA 5P7MA 3L58A 2QI3A 2ZJJA 5P5RA 1G6LA 2O4PA 5P6NA 3O9GA 4ER2E 2BPYA 3MSKA 2AOIA 5DR0A 3EMYA 1BDLA 5P5IA 2IDWA 3ZKNA 4D88A 5P3IA 1RQ9A 4YDGA 1UH9A 4CPWA 3I25A 1EPOE 4RROA 3ZLQA 1EBKC 5P4AA 4DJRA 5P6ZA 4FSLA 3CIBA 3UDYA 5P5TA 3SA5A 1DAZC 5P8OA 5KR2A 5P4LA 5P6MA 3VFAA 1TZSA 5P85A 1RNEA 4R92A 1N49A 3S43B 4CKUA 1W6HA 4J1IA 4PEPA 4Y36A 5P5AA 1EPME 4QGIA 1QBRA 1BV7A 4CP7A 5P6OA 5P2RA 3M9FA 5P2CA 2NXDA 4EQJA 7UPJA 5P6JA 5SY3A 3KA2A 3TL9A 5P6SA 4I0GA 1BWAA 4CPTA 5P8MA 4QJ8A 5DPZA 1BDRA 3BXSA 1E82E 3ZKIA 1FMXA 3N3IA 5P5WA 3INFA 5P16A 4ZPFA 3B80A 2VA6A 5DR7A 5P03A 1FQXA 2VJ6A 3VSXA 3CYXA 3L5BA 3CKRA 5P5KA 1QBUA 3DM6A 4J1FA 1FLHA 2J9KA 3OXVA 3U7SA 2I0AA 4Y45A 4D85A 4KB9A 3L5DA 2AOHA 5P8AA 1OHRA 3OK9A 5P39A 3QRSA 3EM6A 5HE5A 4DQGA 4Y3YA 1PSNA 2ZJMA 4FAEA 1T3RA 1UPJA 4Y3TA 5P3VA 5DR4A 2ZJLA 3TOFA 5P2HA 2R43A 2O4NA 3EKVA 1RPIA 5P65A 2V10C 2IGYA 3GI0A 4Y43A 5P2TA 4DJWA 3KM4A 1LYBB 5OZ4A 4LHHA 5IVSA 4PYVA 5OZ8A 2A1EA 4APEA 1MESA 5P6TA 1SH9A 5OZCA 5P0YA 2IL2A 1E5OE 4ZSRA 5P79A 3Q70A 1JLDA 4N00A 4PZWA 5P50A 4DJQA 3URLA 3GGAA 3VV7A 1APVE 5P3LA 3DK1A 2QNNA 3URIA 4YOAA 3ZMGA 2AVSA 3A2OA 4I12A 5P1EA 3ST5A 5P26A 1IBQA 1HBVA 3CICA 2BQVA 3Q6YA 2AOJA 5P5GA 2BPWA 5P1RA 1NH0A 2IKUA 3G6ZA 5P0NA 5P3TA 3HVPA 5EZZA 4OBDA 4K4QA 3UTLA 4GJCA 2QZWA 5P4FA 5AH7A 5P73A 2UPJA 1AJVA 1B6LA 1CZIE 3OXXA 3PM4A 4J1HA 5P4NA 5P0ZA 5ISKA 4NJVA 4YOBA 1QDMA 4LC7A 4M8YA 4Y3EA 4RZ1A 4EJDA 2H6SA 2QD8A 1KJHA 5P2NA 3NSHA 1FIVA 2XYEA 1HHPA 4H3JA 2QP8A 3OUAA 3UF3A 5P1CA 4KUPA 4L7JA 2G1OA 1ZLFA 3HW1A 4Y48A 1HVKA 3TPLA 1HIVA 3FX5A 5P8IA 2NXMA 5P3JA 2ZDZA 1Q9PA 5P4DA 1F34A 5KOQA 2I4WA 3SM2A 5P3QA 5P6HA 3ZPSA 4Y3MA 3LHGA 4TVGA 3DCRA 5COPA 1U8GA 1HWRA 1EEDP 3OTSA 5P36A 4FRJA 3UDMA 4FAFA 3O99A 5HDVA 2PYMA 3SQFA 5HU0A 4L7GA 1TQFA 3SACA 2G1YA 5OYYA 1MRWA 1MTBA 3NDXA 5P61A 1HVSA 4Y5BA 4F74A 2VA7A 5P60A 1TSQA 4Y47A 1K6CA 5CLMA 4Y3DA 4H3IA 2WECA 1K2BA 1EPNE 2HAHA 4XX3A 3KFRA 5HD0A 1SBGA 3KF0A 5JODA 1BDQA 1MT8A 4OBJA 4B05A 4RCDA 3URJA 5I3VA 5P10A 2IRZA 3HZCA 1YX9A 2JE4A 5P8EA 5OZ7A 5HU1A 4Y5AA 3LIYA 3Q3TA 5BRYA 2HC0A 3O9BA 5JG1A 4DH6A 4H3FA 3DCKA 1HEGE 5PEPA 3RSXA 2NTRA 4FM8A 1DP5A 3T6IA 3KT5A 3LZUA 2BJUA 3F9QA 5P7DA 5P22A 3O9DA 2QD7A 3BRAA 4B70A 3CKTA 5P4CA 4F76A 5P32A 3O9HA 3KFNA 3PI5A 4I8ZA 5P4KA 4D8CA 1A9MA 2WF2A 3LNKA 4LAPA 1SMEA 2G22A 2QHCA 3INHA 3UQUA 1AVFA 5SY2A 2WF1A 4UPJA 5P0EA 5P4IA 4GYEA 3OXCA 4FSEA 1BVEA 2B8LA 3EKXA 4OBFA 1META 2ER9E 4XKXA 5P12A 4LXKA 3GI4A 1YT9A 2JJJA 3PMUA 1Z1RA 1LYBA 2G27A 5P3UA 2G20A 2BB9A 1M4HA 1GKTA 5F00A 5P0TA 4HZTA 1AXAA 2I4VA 1IDAA 1XS7D 3IAWA 4I8WA 4RGHA 1XL5A 5P2YA 3S7LA 3VF5A 5P2IA 5P8JA 4HDBA 3FNTA 5TOLA 3BGCA 5P7SA 5P7QA 1ZSFA 3RVIA 3MXDA 3SFCA 3VEUA 1RL8A 2HPEA 3L3AA 5DR8A 4GJ7A 5CONA 5P8DA 1PPME 2FDPA 4FGXA 5P7KA 3IXKA 5P3NA 5P89A 5DQCA 4A6BA 4JOOA 4ZIPA 4Y4AA 2F8GA 4GJAA 5DQ1A 5OZTA 1ZTZA 5P76A 2MIPA 5P5EA 5P20A 3PBZA 3NDUA 1HVJA 4NJTA 3PLLA 3GGVA 3TH9A 1HSIA 4Y5GA 5DQ5A 2SAMA 3EL9A 1KJFA 4DPIA 1E80E 5P0FA 5P3ZA 4FM7A 3O9CA 5P02A 3EXOA 5P87A 1B6MA 4I10A 3O9EA 2FGUA 3AIDA 4OBGA 3EM4A 1PPKE 5P4SA 1QBTA 4X2LA 5P08A 4QJ9A 4RCEA 4HDPA 5P28A 5P25A 5JFUA 4CPQA 4Y51A 4IVSA 5P82A 5P7TA 1SMRA 2QNPA 1D4SA 5P0XA 3TPRA 5OZVA 3KDBA 4ZSPA 5P7PA 5E5JA 5P5OA 4Y3GA 4DJPA 1HTRB 2Q64A 5P2AA 4J0TA 1BXQA 1K2CA 3I6OA 1HXWA 3VYFA 1D4HA 5COOA 4Y35A 2QI1A 4HVPA 4R8YA 3WZ6A 3EBZA 1LV1A 4Q1XA 4FRSA 1FQ6A 5P0HA 2XFJA 4Y5EA 3EKWA 5DR1A 3OY4A 3SA6A 3WSJA 3BUGA 5P6BA 5P6XA 3T11A 1PFZA 5P1HA 4Y5PA 2Q55A 3PEPA 4YDFA 4KE1A 4Y3SA 4GZFA 1B6PA 5P2ZA 4Y3XA 2R8NA 4Y3FA 2ER6E 5P35A 5P5CA 4DJXA 1BXOA 4I11A 2PSVA 4MC1A 4JPCA 1AZ5A 4DQBA 5IS4A 5P0AA 3PHVA 4WTUA 3VF7A 1MSMA 5P3XA 4RRSA 4D83A 5P1PA 2AZBA 3HAWA 5P37A 2FS4A 4YD3A 1PROA 1TSUA 3CMSA 4YD6A 5P5SA 3K5DA 3EKYA 1T7IA 3PBDA 2IQGA 1IZDA 1SIPA 2G1SA 3I7EA 4Y6MA 4Y56A 1T7JA 3L5FA 4EJLA 1PSOE 2WF4A 4GJ5A 3OQKA 1WBKA 2QZLA 5P7AA 3S54A 3FIVA 2RMPA 3GI6A 3HD8A 3K5GA 3QIHA 4Q5MA 2I4UA 4MC9A 5OYVA 3L59A 5P19A 1D4LA 1XE6A 1Z8CA 5P8LA 5P4YA 2Q54A 4R91A 5P23A 3OHHA 4DJVA 5P7JA 2OHTA 5I3YA 2BBBA 5P7CA 2B8VA 4Y53A 2QD6A 5P3HA 5P2VA 4RYGA 3ER3E 5P11A 1LS5A 1IVPA 1ZAPA 4J55A 4AMTA 5OZAA 2OHKA 5KR8A 2NR6A 5HDZA 4EXHA 4EHCA 5P1MA 5OZFA 5P54A 5C9BA 3DOXA 3L38A 3H5BA 5P7EA 3BUFA 1K6PA 5KQFA 5P2UA 5P3GA 2JXRA 2VJ9A 5P33A 2HM1A 3RTHA 3NR6A 4I0FA 5P3KA 3PCZA 4JPEA 4EP3A 4Q1YA 4Y50A 3RSVA 3IN3A 4GJ9A 3VLAA 4GJDA 5P8CA 5P29A 1GVXA 5P1OA 5P2XA 5P0OA 5P6RA 1B5FB 3LZSA 5P3SA 3UDRA 3D3TA 6APRE 5P0SA 7HVPA 5P18A 3UPJA 3PCWA 5P74A 1MEUA 4BEKA 3OGPA 4EXGA 5OZOA 4ER1E 4H1EA 3QBHA 5P6KA 1A8GA 1MIQA 3DUYA 3OAGB 4GIDA 5P7YA 5P48A 5KR1A 2OHRA 1DPJA 4NPUA 5SXNA 2QZKA 3D91A 5P3BA 5P7IA 3OXWA 4Y9WA 4NJUA 5P3FA 3FNUA 1FB7A 3OWNA 4EJKA 4QLHA 1MRXA 3LIXA 3NDWA 3OU1B 1W5YA 5P1IA 3VYDA 5P3WA 2QI0A 1K6VA 5P2OA 4FS4A 4Y3RA 5P6GA 5P2SA 3UDPA 4Y54A 1BILA 3T7PA 4Y4ZA 4U7QA 2F80A 4Y4EA 3ZPTA 4Y4DA 5IVRA 3EKQA 1W5XA 4MC6A 4FM6A 5P6FA 3KMXA 2P3AA 3NUJA 5P56A 5AGZA 5P2GA 2ANLA 1G2KA 2WKZA 4BELA 1A94A 1B6JA 4HA5A 5OZYA 2WHHA 3IXOA 3UDNA 3NXEA 4OBZA 3PSUA 4XXSA 4ACUA 3BGBA 1HVLA 1D4YA 5P7LA 2AVOA 4Y5CA 4Y3AA 5P5QA 5P1TA 4QJAA 2QZXA 5OYWA 5P1FA 1MSNA 3L5EA 2RKFA 1YM4A 1ZBGA 4J0YA 1SDTA 5KR0A 4Z22A 2OHNA 3U71A 5P0VA 5P5XA 1T6EX 2BPZA 5P83A 2R9BA 5KQXA 4B00A 2CEJA 5OYTA 3OADB 3VLBA 1FG6C 5P8GA 1FMUA 3OTYA 4CPUA 2BKTA 4CMSA 5OZXA 3RTMA 4YCKA 3UDHA 1FF0C 5OZ6A 2NMZA 5OYUA 3ZKSA 4K9HA 1MPPA 2G69A 4U7VA 5KOSA 5P1WA 5P0DA 3BXRA 5P0WA 2R3TA 2FIVA 3NXNA 5DR3A 3OUDB 1TCXA 2QI4A 2VNMA 4YCTA 1CPIA 4J1CA 4HEGA 1ZPAA 3DJKA 2AVMA 3GGUA 4RVJA 2G24A 5P5YA 4YE3A 2AQUA 3APPA 5BWYA 5P4JA 3OOTA 1FG8C 2PQZA 3HVGA 3EM3A 4JECA 3UFLA 5OYZA 3S2OA 1YTHA 4TRWA 4B0QA 3HLOA 2G21A 2OHLA 1DIFA 3K1WA 2PMAA 2QHYA 4NJSA 4Y4GA 1HVCA 4Y3LA 1FQ4A 3WZ8A 5P53A 3JW2A 4F75A 4OC6A 1KJ4A 3NWQA 4EYRA 4Y4TA 5P3MA 3UQRA 3TKGA 3OQ7A 1GNOA 2OHSA 5C9FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JP9 A;  5P84 A;  2PWR A;  1ME6 A;  5OZE A;  4B1C A;  1APU E;  1RV7 A;  2P8H A;  4R95 A;  5P34 A;  3C9X A;  3QAA A;  5FIV A;  3G70 A;  1EC2 A;  4FRI A;  3NUO A;  3R4B A;  2AOG A;  5P5L A;  5P5J A;  2QAK A;  4OD9 A;  3O9L B;  1FFI C;  3VSW A;  4GB2 A;  2PC0 A;  3IVH A;  8HVP A;  1YTI A;  5P2B A;  2ER7 E;  3QS1 A;  5DGU A;  1EPP E;  4DI2 A;  3ZKQ A;  5OZ0 A;  4B78 A;  1W6I A;  1MER A;  1ZJ7 A;  2PYN A;  1ZSR A;  5P6E A;  5P2E A;  1FEJ C;  4H3G A;  3IVI A;  3ER5 E;  5AHC A;  1LYW B;  1YG9 A;  4Y4U A;  1C70 A;  2VIJ A;  4ZSM A;  3PMY A;  3BUH A;  2BPV A;  5E5K A;  3EL5 A;  5P4P A;  5OZ3 A;  4X7I A;  2XFK A;  1HPX A;  3EKP A;  3PWW A;  5P1S A;  3I2L A;  4AZY A;  2UY0 A;  1LF4 A;  5P0C A;  5P27 A;  4FLG A;  5P14 A;  2AZ9 A;  5P8H A;  4AUC A;  1UH8 A;  5P8N A;  2QI6 A;  1HPO A;  1UH7 A;  3NYG A;  3TOG A;  3G72 A;  2V12 C;  4YD7 A;  3ZKG A;  4B1E A;  5OZN A;  5I3W A;  5P0K A;  3OGQ A;  5OZM A;  5P3R A;  3QVC A;  1EC1 A;  5P4E A;  5P09 A;  5P38 A;  5P40 A;  3LIV A;  4U8W A;  4WY6 A;  1EC3 A;  4B72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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