4EJ8A

Apo hiv protease (pr) dimer in closed form with fragment 1f1 in the outside/top of flap
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Small molecule regulation of protein conformation by binding in the Flap of HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ej8A00
1YX9A 4ER4E 1T7IA 3OGPA 5P41A 5P38A 3QAAA 5P64A 5P05A 4BELA 3TPLA 5DGWA 4Y5CA 4Z50A 3TH9A 5P2UA 1HTFA 1PSOE 5P7FA 1FQ5A 5P6LA 4Y35A 4EJDA 5OYVA 4B0QA 5P0HA 5P0NA 2UXZA 2NPHA 4OC6B 3SA3A 3HLOA 2V16C 1J71A 3U71A 5P0YA 3FIVA 4CPQA 2B7ZA 4J17A 2CENA 1IVQA 1ZPAA 1G0VA 2O4KA 3SLZA 4QLHA 2OHUA 2ZHRA 1NSOA 2IKOA 5P8CA 1BILA 3JVYA 1HXBA 3I6OA 4FAEA 1B6MA 5P0EA 3INFA 2SAMA 4JECA 4Y5EA 5OZGA 5DR0A 1EPNE 5P5BA 3TLHA 3AUPA 4JPCA 5P6VA 5P79A 4EP2A 2QAKA 1DP5A 5P0GA 5P5AA 2P8HA 4L1AA 2O4SA 2WF1A 5C9BA 2QK5A 4Y4UA 4A6CA 2VJ9A 1FF0C 3ZPTA 3BUGA 3HBOA 3EKPA 5IVQA 4DQEA 5P8DA 4I0JA 5P54A 4WY6A 1EPPE 5C9FA 1W5WA 2QI4A 3PJ6A 1N49A 4MC1A 1FMUA 3K1WA 4NKKA 3EL1A 4Y4EA 4ACUA 1DMPA 3PBDA 2CEJA 2IS0A 3NUOA 5P7UA 2FGVA 1BWAA 4PPHA 4NJUA 5P22A 4A4QA 4GZFA 4ZE6A 3GGVA 1EC2A 3IA9A 3KFSA 2BPVA 2Q11A 5JODA 3IVIA 5P4RA 5DR7A 3OU3A 4YCTA 3L38A 1SIPA 2OF0A 4NJVA 4I12A 1GVWA 5P20A 5I3XA 4J5JA 5P36A 4LXKA 3UDYA 5P4WA 4Y39A 2QI0A 1FKNA 5P8UA 5OZ9A 5P66A 3MSKA 2AVSA 4DQCA 3Q6YA 2HB3A 1META 4BFDA 5P8AA 3C9XA 5AHCA 5P6HA 4R93A 5P3XA 5P3AA 1B5FA 4EWOA 1K2BA 1SMEA 2WEBA 5P7MA 2QNQA 4IVTA 5P7QA 3ZKSA 5P7OA 1C70A 1HSGA 4CPTA 5P3SA 4GJBA 4FAFA 2Q63A 5OZSA 5P43A 1PROA 2QNPA 5P11A 5IVTA 2XYEA 5OZFA 2VJ6A 2H6TA 3UFNA 4I0ZA 2AVMA 5P2WA 5OZNA 3O9LB 3O9DA 4MC9A 5OZ8A 5P1AA 1ZPKA 5P0AA 2PWRA 1EBZA 4CPXA 3S2OA 3QROA 4GYEA 4ZSRA 5P5QA 3R1GB 3EM4A 3UF3A 3IGBA 3OY4A 5AHAA 3OXWA 2ZE1A 5P3FA 3IXKA 3GGAA 4CPRA 4YD3A 1QBRA 4Y4TA 2HPEA 1QDMA 5P2EA 1XS7D 2P3CA 4FCOA 3ZPSA 4RCDA 5P5IA 4Y3NA 3RTNA 3OUAA 3ZKIA 4CPSA 5P2AA 2XFIA 2AOIA 2BPWA 2XYFA 2ER9E 5P7NA 3URIA 3ZLQA 5OZWA 1RV7A 3LIQA 4K4PA 2I4DA 3BRAA 4XXSA 1LV1A 3SKGA 3KA2A 1T6GA 2PYNA 4YBFA 5P17A 4YDGA 5P0KA 5P3DA 3I25A 3MSLA 3NU4A 5P1VA 5P2KA 3VYDA 3DK1A 2PSGA 1HXWA 3FX5A 3BGBA 4HEGA 5E5JA 4Y3FA 2AOCA 5P4TA 5F00A 1G35A 3B7VA 4OBZA 3TOHA 9HVPA 3I8WA 3PMUA 5OZ5A 4Y58A 2XFJA 4RVIA 5P5KA 5P6SA 4R91A 3OTSA 5P0VA 2VNMA 5P6JA 3UDJA 5DQ1A 5P2LA 5P6FA 5P18A 1ME6A 5P26A 2BKTA 3Q5HA 3HAUA 3OU4B 4GMIA 4DQBA 2IRZA 2V12C 5P2VA 5DQ4A 5OZUA 2ZYEA 3OTYA 1EC0A 2V13A 3NDWA 1QBSA 2PQZA 4RGHA 1CPIA 1E81E 4ZSMA 1XN3A 3RSXA 5P4LA 1AJXA 2G1OA 4H3IA 5P5EA 5P3UA 5P8LA 5P76A 3N3IA 3O99A 5P34A 1FG8C 4QJ8A 1BDLA 4Y3XA 4Y3QA 4H3FA 2OHTA 1DPJA 4Y3JA 3LIZA 5P32A 4I0EA 5P6ZA 3MSJA 3BXRA 4TRWA 4QGIA 5OZ1A 3IN3A 3PBZA 4Y50A 2I4WA 5P31A 2WEDA 5P1XA 5P4GA 4Y36A 3NUJA 4OBJA 4HDBA 3L58A 5KQYA 4Q1WA 5P8OA 1KJ4A 2H6SA 5P0XA 1EAGA 3GI6A 3A2OA 2P4JA 4B1DA 3EKQA 1EC1A 5P89A 2QMGA 6FIVA 4XKXA 2PK5A 3O9CA 5OYZA 1D4SA 3VYEA 1U8GA 1HVJA 5TOLA 1SDVA 2G22A 5P6XA 3PM4A 5P6WA 2HB2A 3RTHA 4WY1A 3SM2A 3RSVA 4D89A 3RU1A 5BS4A 1AM5A 2VIJA 5P4EA 5DQCA 2Q5KA 1ER8E 3HVGA 3ZKMA 1KJGA 2QD8A 2HS1A 5P1JA 4Y53A 1K6PA 4LBTA 3URLA 4DPIA 2I4XA 2QCIA 5P4ZA 1UH8A 1W6HA 5P1PA 1HSIA 4LXMA 2WEAA 5OZIA 4RYCA 1HIVA 3SM1A 2PSVA 1T6EX 3F9QA 5P5LA 2HB4A 2R3WA 4I0GA 5ENKA 4YCKA 1F7AA 3FNSA 3TPJA 1RL8A 2BPZA 3K5FA 5P88A 5P58A 2P83A 5P3CA 3T7QA 4TVGA 3HAWA 4RROA 5AH6A 5P35A 5P28A 5ER1E 3D3TA 1MSNA 2IQGA 5KAOA 4EPJA 2OHKA 3ST5A 5OZVA 2IDWA 5AH7A 5P2SA 2QZXA 4L6BA 4Z4XA 1ZJ7A 3KN0A 2JJJA 4L7GA 1MPPA 1MVPA 2WKZA 4B1CA 5P1TA 3K5GA 5HDVA 5P06A 5JG1A 1A8KA 4YOBA 1DAZC 2AZCA 2OHQA 3EL5A 5P6MA 1FQ6A 2NNPA 4EYRA 5P04A 4FLGA 1FQXA 1A9MA 3APRE 3NSHA 3LIXA 2J9KA 4Y4WA 3TPPA 3EKVA 1BV9A 4QJ2A 3UQRA 4FE6A 5P1KA 2IEOA 1YTIA 4RZ1A 2B60A 1APUE 7UPJA 1UH9A 1G2KA 3L5DA 5P7RA 5P6UA 2ER7E 4CP7A 1APTE 2ZJKA 4XX3A 5P2ZA 5P23A 5P8HA 2HM1A 5P1MA 1D4HA 2AZ8A 2NXDA 4Y5PA 3PLDA 5P6DA 2F80A 1EPME 1AJVA 5SY2A 5P10A 5PEPA 4Y41A 1HTGA 1HOSA 4Y4BA 5HU0A 3DOXA 1LF3A 5P1BA 3I2LA 3LPIA 4DJPA 4Y57A 3VF5A 1GNOA 2G27A 2FLEA 4HZTA 2Q64A 2WL0A 2QI3A 3D20A 1EPRE 2QHZA 3PEPA 3KFRA 4EJKA 1W6IA 5P7EA 5OZ3A 3D1XA 3PI5A 1OEWA 3OHFA 2ER6E 2I1AA 3QN8A 1AZ5A 3S43B 5P6IA 1QBTA 2G24A 5OZJA 4B78A 1BDRA 5P5OA 3PSGA 2AODA 4DVFA 4Y3MA 4HDPA 5P1GA 1BDQA 4QJ9A 1MERA 4HE9A 5SZ9A 3OADA 5P0DA 1UH7A 5P55A 5P67A 1D4LA 3EKTA 5OZ0A 5P01A 4Q1XA 2BPXA 5P1RA 3NU3A 5OZHA 3TTPA 3O9BA 4M8XA 1HRNA 3OQ7A 3SO9A 4Y3DA 2FMBA 2WHHA 4FSEA 2FDDA 2V0ZC 4ZSQA 1AIDA 2G1RA 5P4KA 4B77A 4RLDA 3PHVA 1E5OE 3OK9A 1SP5A 3PRSA 5P8BA 2V11C 3I7EA 4OD9A 2P3DA 3NXEA 4J0YA 5P5HA 5OZOA 2NTRA 1HPSA 3VLBA 5P5DA 5AH9A 5P1OA 2P3BB 3FV3A 5KR0A 2WF2A 1XE5A 5P2XA 3RVIA 5IE1A 5P2OA 5P2GA 1FFIC 2AVVA 1YT9A 5P1SA 3L5CA 5P68A 2R8NA 5P7IA 4J0VA 3G70A 1EC3A 4FRSA 4GJAA 4OBHA 4QJAA 2I0AA 1EBKC 5P47A 5P3LA 5P7YA 3INHA 5OZTA 1MUIA 4H1EA 4I0IA 1KJ7A 3BHEA 4ZSPA 3AIDA 3TPRA 1LS5A 2ZHTA 4L7JA 3ZMGA 3SPKA 5I3WA 5P8EA 5DR3A 5P1FA 3KF0A 3Q70A 1BIMA 2UY0A 5P2DA 5P61A 1HIIA 4PEPA 5P1QA 5ISKA 3EM3A 5P13A 5P5XA 3O9FA 5P3WA 1YTJA 5IVRA 5KR2A 4EXGA 3QRSA 1M43A 1ZP8A 3OAGB 5OZ7A 3ZOVA 1LF2A 2VA5A 2PYMA 1EBWA 4PYVA 1WKRA 4NJTA 2WF4A 4DQHA 3CIDA 5P37A 2PC0A 5P1YA 1ZBGA 1FMXA 2ZGAA 3CKRA 5HE5A 2QNNA 3VV7A 4RCEA 4Y38A 5P4SA 3OXVA 1IZIA 3K5DA 4DJWA 4Y5GA 5DR4A 5P12A 3BVAA 4U7VA 5P00A 1EPLE 3L59A 3RTMA 4CPWA 1HWRA 2ZHVA 3KMYA 1PPLE 1SBGA 1BVGA 1MTRA 4R8YA 1OEXA 4Y3SA 2VNNA 5COKA 1C6XA 5J25A 2A1EA 3VYFA 4LAPA 5OZBA 3UDNA 3INEA 1FFFC 2OHRA 3Q4BA 1PFZA 5P0TA 4FSLA 5DQ5A 4Y4ZA 4HVPA 5P2JA 2QHYA 4J1HA 5DR1A 1C6YA 5OZCA 2OHMA 5P27A 1XL5A 4OBKA 5OYUA 4ER1E 2I4UA 2HS2A 5E5KA 3L5BA 2PK6A 1W51A 4PZWA 3EL4A 1QRPE 4J0ZA 5P75A 4I8WA 5P7VA 5P2TA 1W5VA 5P3OA 4J0PA 3OXXA 2NNKA 2AIDA 4GJ7A 3BGCA 4R5NA 4OC6A 3L3AA 4I0HA 1W5XA 5P8PA 4N00A 3SFCA 3GI4A 5P3VA 1YG9A 3LZVA 4Y9WA 2RSPA 3PGIA 5P2FA 2QI1A 1KJHA 3UDHA 4MC6A 1PSNA 3HD8A 5P0ZA 4X7IA 1BXQA 3WZ6A 6UPJA 2R3TA 4M8YA 5P8SA 2HPFA 4YD4A 4B00A 4FM6A 5P62A 3QBFA 1MTBA 4EJ8A 2AOFA 1APWE 3UDPA 5FIVA 1VIKA 1RPIA 3LIVA 1E82E 1FQ7A 1W5YA 2G1SA 1HEGE 2JXRA 2G69A 2WF0A 4Y3PA 3DUYA 5P85A 1MRXA 3OOZA 2R43A 1AXAA 5P40A 3JVWA 5I70A 5OZ4A 4X2LA 1GKTA 2MIPA 3LPKA 5IS4A 5P3QA 5P1LA 3U7SA 2BPYA 4ZPEA 4CPUA 5EZZA 4BEKA 4Y4JA 2RKGA 3EL9A 3Q3TA 2CEMA 3NLSA 1VIJA 3BUFA 6APRE 1B6JA 2R5QA 1M4HA 3BXSA 5P24A 1AVFA 3KDBA 4GJDA 1ENTE 5P6RA 1FQ8A 3SA6A 2J9JA 4RCFA 3SA4A 5P6YA 4F76A 3PMYA 4H3JA 3N4LA 3D91A 5P5PA 2FIVA 3KFNA 2QI7A 5P6CA 4GB2A 2IGXA 3G72A 3ZKNA 1K6VA 4Z22A 5P4FA 1XE6A 4F74A 5P3JA 3B80A 5P3HA 4I0FA 1LYBB 5P7BA 3SA7A 3MXDA 4EHCA 3GGUA 4IVSA 3VF7A 4HDFA 3NDUA 5P6KA 3IAWA 1A94A 2HC0A 3H5BA 4F75A 3T7PA 4J1KA 3T7XA 3FKTA 1TSQA 4DJXA 4Q1YA 2R38A 4Q5MA 4K8SA 2O4NA 1Q9PA 5OYTA 2VKMA 1FLHA 1T7JA 1C6ZA 4KB9A 2QZKA 3FNTA 1RQ9A 3O9LA 2QP8A 3LINA 2PH6A 2VA7A 2B8VA 2G21A 1K1UA 4E43A 5P0BA 3DCKA 3LZYA 4Y3ZA 2F3FA 3T6IA 3GGXA 2ASIA 2P3AA 2QZWA 5HU1A 5P3BA 1TSUA 4WTUA 3KDDA 3WZ7A 2Z4OA 2AZ9A 1FEJC 4XX4A 3OHHA 2VIYA 5P2NA 2ZHSA 5P57A 3URJA 3VLAA 5P4YA 5P2RA 5P45A 5P16A 4FGXA 2UPJA 2FDEA 5P2CA 1DIFA 3HW1A 3TNEA 3O9HA 5P8NA 4COEA 3OADB 4Y3GA 5KR8A 2NXLA 5P7CA 5P0PA 3TOFA 5P59A 3QIHA 3D1ZA 5P5CA 5P7TA 2AZBA 5P77A 4U8WA 1UPJA 3SACA 2WEZA 1SIVA 5APRE 3ZPUA 4ZPFA 5P5MA 4MC2A 1MSMA 5P6EA 4DUSA 5SY3A 5KOQA 1HVLA 1DW6C 3ZL7A 2AQUA 5OYWA 4PHVA 3FSMA 2QHCA 2WECA 4NPTA 5P1EA 2Q54A 3SA5A 4I10A 4K9HA 2AVOA 5AGZA 1OHRA 1GNNA 4DV9A 4PZXA 3OU4A 3VUCA 1HVRA 4KE1A 3O9EA 1IDAA 1LYAA 4GJ9A 3TL9A 4B05A 5P82A 2A4FA 3M9FA 3S7LA 3PWMA 3R2FA 5P2BA 5COOA 5P33A 5P5UA 2F3EA 3PWRA 3OQKA 5P09A 3BC4A 5P5JA 5P6TA 5OZKA 1HPOA 3K4VA 4L1AB 2EWYA 2Z54A 3QRVA 3QVIA 5IVSA 3CIBA 5P1ZA 3O9AA 5P56A 5P4QA 3KT2A 4Y3HA 3INDA 2VIEA 3EKYA 5OYYA 5P5ZA 1MT8A 4Y5NA 5P4XA 1D4KA 3JW2A 4DPFA 5P42A 5P4IA 4Y3AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YX9 A;  4ER4 E;  1T7I A;  3OGP A;  5P41 A;  5P38 A;  3QAA A;  5P64 A;  5P05 A;  4BEL A;  3TPL A;  5DGW A;  4Y5C A;  4Z50 A;  3TH9 A;  5P2U A;  1HTF A;  1PSO E;  5P7F A;  1FQ5 A;  5P6L A;  4Y35 A;  4EJD A;  5OYV A;  4B0Q A;  5P0H A;  5P0N A;  2UXZ A;  2NPH A;  4OC6 B;  3SA3 A;  3HLO A;  2V16 C;  1J71 A;  3U71 A;  5P0Y A;  3FIV A;  4CPQ A;  2B7Z A;  4J17 A;  2CEN A;  1IVQ A;  1ZPA A;  1G0V A;  2O4K A;  3SLZ A;  4QLH A;  2OHU A;  2ZHR A;  1NSO A;  2IKO A;  5P8C A;  1BIL A;  3JVY A;  1HXB A;  3I6O A;  4FAE A;  1B6M A;  5P0E A;  3INF A;  2SAM A;  4JEC A;  4Y5E A;  5OZG A;  5DR0 A;  1EPN E;  5P5B A;  3TLH A;  3AUP A;  4JPC A;  5P6V A;  5P79 A;  4EP2 A;  2QAK A;  1DP5 A;  5P0G A;  5P5A A;  2P8H A;  4L1A A;  2O4S A;  2WF1 A;  5C9B A;  2QK5 A;  4Y4U A;  4A6C A;  2VJ9 A;  1FF0 C;  3ZPT A;  3BUG A;  3HBO A;  3EKP A;  5IVQ A;  4DQE A;  5P8D A;  4I0J A;  5P54 A;  4WY6 A;  1EPP E;  5C9F A;  1W5W A;  2QI4 A;  3PJ6 A;  1N49 A;  4MC1 A;  1FMU A;  3K1W A;  4NKK A;  3EL1 A;  4Y4E A;  4ACU A;  1DMP A;  3PBD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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