4Y5CA

Endothiapepsin in complex with fragment 267
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5cA01
1BDLA 3QPJA 4Y3LA 5P37A 3PMUA 4D88A 4DJUA 1UH8A 2R9BA 3LHGA 3QRMA 4XKXA 2IQGA 4FM7A 4QJ9A 3HW1A 3OXCA 3HLOA 1ODYA 5P00A 3OUCA 5KR0A 3EM6A 4DQGA 3KFRA 2B42A 3RVIA 4I0GA 1Q9PA 5P0PA 5OZFA 3LITA 4DJYA 1Z8CA 1TQFA 5P30A 5P8QA 4LXMA 4ZPGA 3OU4B 5AHBA 1HIVA 5KQXA 2QNPA 3NU4A 1QDMA 3DK1A 4D83A 5KAOA 3O9LB 1RNEA 3DM6A 5P1NA 5P59A 4D85A 1AVFA 1UPJA 1WBKA 5P5WA 4RRSA 2FDEA 2PYMA 5P1LA 3IVIA 3KMXA 1GVTA 2JJJA 1N49A 3RSXA 2R38A 2V0ZC 3NWXA 1IZHA 4EJ8A 5OZEA 5P0AA 5P40A 3TLHA 3O99A 4J0PA 4PYVA 4FIVA 3K4VA 5P4MA 5P7KA 2R3TA 3S7LA 3QRSA 3VF7A 1IZEA 2VS2A 4YD5A 1E82E 5P6SA 5P7NA 3MXEA 5P3JA 1XN3A 4F73A 5P13A 1HVLA 4F74A 3T7XA 1FQ4A 2PC0A 3Q6YA 5P8CA 5HVPA 2QMFA 2IRZA 3I6OA 5P0WA 5P1YA 1GNMA 5P1SA 3LIYA 2VKMA 2QD7A 5P1KA 3PSUA 1YTIA 4I8ZA 2FGVA 2QAKA 3LPKA 1J71A 1KJ7A 5P33A 5P4LA 4A6CA 5OZJA 4Y9WA 5P1AA 1FFIC 1K2BA 4I8WA 2G94A 3R0WA 1CZIE 3VV7A 1RPIA 4HDBA 5P7MA 1EPME 1MUIA 5P6BA 3SKFA 5P0DA 3OY4A 3KDBA 3LIQA 5P8SA 5OZTA 3I8WA 3BRAA 1W5YA 1EEDP 2VJ6A 4OBZB 2WEDA 3OGPA 1FGCC 3K1WA 3WSJA 1T6EX 1YT9A 2VJ7A 2QMGA 1AJXA 5P84A 5P8KA 3UHLA 5P4DA 2QMDA 5P0YA 2O4SA 2ZJMA 1HVSA 4DJVA 5P2TA 3FNSA 1HTEA 2FDPA 3QBHA 4EHCA 3VF5A 5P1JA 4Y54A 4LAPA 3N4LA 2BPWA 2ZJKA 3QAAA 5AHAA 5DR0A 5P7BA 5P4BA 4Y5LA 4U7QA 1B6PA 3K5CA 4Y56A 2XFJA 5P55A 3EBZA 4B1DA 4GB2A 4NPTA 5P7JA 4J1IA 1IZIA 3R0YA 5P6ZA 3CICA 1SIPA 3VSWA 3ZPTA 3C9XA 5P5JA 5UPJA 3K5DA 1G35A 2OF0A 2I4UA 2OHUA 3L5FA 1YG9A 4R91A 1BDQA 2UY0A 4OC6A 5P2VA 4EWOA 5T4SA 1PFZA 2Z4OA 5IS4A 2I4XA 5P34A 3IXJA 4MC9A 4X2LA 1LZQA 4YDGA 5P2DA 1FG6C 4Y4WA 2AOJA 1MT8A 5ER1E 5P4VA 5ENKA 5JFPA 4YD7A 4X7IA 4BELA 5P8GA 3OAGA 3NLSA 3CMSA 2AODA 4J1HA 5OZPA 1FMUA 1NH0A 3TPRA 2VNNA 4OBFA 4EJLA 1F34A 5P2RA 3BVBA 4FE6A 5P44A 5SZ9A 2I4WA 4CP7A 1YX9A 4YOBA 2HIZA 4M8XA 5P87A 2BPYA 2PSVA 3R2FA 1W51A 5P0HA 5P56A 3I25A 4Z2ZA 3D1YA 3NU5A 1WBMA 3S8IA 3CYWA 5P4GA 5P4OA 1HPVA 5HU0A 5P0RA 5OZ3A 4GZFA 1AXAA 4TRYA 4MC6A 2PWCA 5P0NA 5P6MA 3FX5A 3VEUA 1IDBA 4A6BA 2ER7E 2OHSA 5P5NA 3OU3A 5P15A 1HVHA 3ER5E 3VYFA 5P6LA 1SMEA 1MRWA 1BXOA 1NPVA 2P3BB 3VUCA 4J55A 2WF1A 4DJQA 5C9BA 2I4DA 2Z54A 1D4KA 3T7PA 5P5YA 4B00A 5P0ZA 1EC3A 5P3IA 4EQ0A 1BBSA 4ZSPA 5P0SA 2PSUA 4UPJA 5OYVA 1ZP8A 2QP8A 4F76A 2ER9E 1MESA 4KB9A 2F80A 4Y4EA 5P41A 5P3ZA 8HVPA 3BVAA 5OZGA 2P8HA 4ZEAA 5OYYA 1ZJ7A 1W5WA 2QZKA 2Q54A 3CKRA 3VV8A 4TRWA 4BEKA 5P09A 4PPHA 5P1GA 3T7QA 3D91A 5P8JA 2ZHTA 4DQBA 1HWRA 1W50A 1OEXA 5F01A 1GVWA 5P8DA 2WECA 2F8GA 1YTJA 4CPXA 3TPJA 4B1CA 3IN4A 1MVPA 4Y48A 3NWQA 2VIEA 5P52A 5P7SA 5P5AA 2UXZA 4Y3JA 3OOZA 3ZKGA 2FXDA 2WF2A 1IIQA 5KQYA 1AAQA 3OWNA 2NXLA 3G72A 2PYNA 1IVQA 5I3WA 4N00A 3T6IA 4HEGA 5OZ8A 1DW6C 1MT7A 5P7QA 2AIDA 4Q1WA 5P7VA 5P5QA 4DQHA 3UTLA 2EWYA 2NTRA 3PHVA 3S43B 3O9FA 5P8EA 2PQZA 3GGXA 5P2YA 3PWRA 2P3DA 1APTE 1C6XA 2VNMA 5P73A 3IN3A 1SDVA 2VIJA 5P6DA 5OZWA 3S7MA 5P1UA 3TTPA 3S45A 5COPA 3EMYA 3L5DA 5KR8A 1HBVA 6FIVA 5DGWA 2O4LA 3URLA 2V16C 4HZTA 4XXSA 4Y5MA 4Y5GA 2CEJA 3PJ6A 3WZ7A 3GI5A 1YM2A 4DJRA 1MSMA 1B6LA 4Y3ZA 4YCKA 4K4RA 4EP2A 4EPJA 5P4RA 5P0CA 5P3QA 1TSUA 3QVCA 2I1AA 2B8VA 1FLHA 2P83A 5OYRA 4FAFA 5P57A 2A4FA 5OZOA 4APRE 3TOFA 2H6TA 3AIDA 1PSOE 4IVSA 5P7RA 4J1FA 5P04A 2SAMA 5P2KA 4GJCA 5P1QA 5HE5A 1EAGA 2WHHA 2PSGA 4FLGA 3GI6A 2BKSA 1K6TA 3S56A 2BQVA 5P5LA 3PCWA 1LYWB 4HE9A 3O9HA 3VLBA 4CPSA 2HB2A 1BAIA 1K6PA 1PSAA 5I3VA 4Y3HA 4QJ2A 3NXNA 2FLEA 5P3CA 4FSLA 5TOLA 5HDXA 3Q4BA 2QI7A 4YCTA 4RVJA 3UCBA 1T3RA 1HXBA 1EBKC 5OZ6A 1ZAPA 2P3CA 2G20A 3UF3A 2PH6A 4ACXA 5KOSA 5P1XA 3OXXA 1IZDA 4Y5BA 3FSMA 1SDTA 5P51A 2BBBA 3FNTA 4B77A 5P69A 1TSQA 4RGHA 5P4QA 2OHMA 1D4JA 3PVKA 3EKPA 1BIMA 3H5BA 3S53A 3SM2A 4QJ6A 2HM1A 5P2OA 4EQJA 5P2CA 2AOCA 5P02A 3FIVA 5IE1A 1DPJA 4YBIA 5OZBA 5OZ2A 4L6BA 3INEA 1K2CA 3FNUA 1MPPA 4KE0A 5HE7A 1VIKA 4RVXA 2O4PA 5P3SA 1OD1A 1GVUA 5DQ4A 3OU1B 5OYQA 2PWRA 5P3LA 5P8TA 1LYAB 4PEPA 3TNEA 2FXEA 2AOEA 2V13A 2PMAA 4F75A 5AH9A 3T3CA 4K4QA 3OQAA 3OU1A 5F00A 2BPXA 2JYSA 3UDMA 2WEZA 3LZVA 3VFBA 3PGIA 2O40A 4YD4A 4EXHA 5P46A 2XFIA 1XN2A 3S85A 1HTRB 5P08A 1B11A 4Y50A 4EP3A 1K1UA 4HVPA 2WF0A 2XYFA 3L3AA 4FRJA 1ZPAA 1DIFA 5P42A 2VJ9A 4Y4GA 4XX4A 5P1BA 1ME6A 3Q70A 5P05A 1B6JA 4GJ6A 1HVKA 5OYWA 1YTGA 3KT2A 5CONA 3PWWA 5P0JA 5P68A 5HDVA 1FEJC 3N3IA 5P1HA 4U8WA 4EJKA 5OZUA 4B70A 3LINA 2G1SA 3ECGA 3OU4A 5P2AA 3Q3TA 5KR1A 2ZJLA 3PM4A 1ZSFA 3L58A 3O9LA 4YD6A 3NU9A 2QU3A 1AIDA 4Y3YA 5P0VA 1GNOA 4GJ7A 3SPKA 3VG1A 2PK5A 3HAUA 1NPWA 4ZSMA 4H3IA 1FQ7A 2R5QA 4RLDA 4QJ7A 5BRYA 1MT9A 2NXDA 1FF0C 3EL1A 4Q1YA 4I10A 1NPAA 4Y3XA 2AVMA 3SA9A 5I3YA 4KUPA 5ISJA 3BUFA 3UQXA 3NDWA 3O9GA 1C6ZA 4ZPFA 1XE6A 4IVTA 4OBDA 5P82A 1HVIA 3SO9A 4AA9A 2QI4A 4ZSRA 1LV1A 3PEPA 1SH9A 1FQ5A 1W6IA 2G26A 3SABA 4XX3A 3OUDB 3UPJA 1SIVA 3SA6A 4RROA 2OHNA 2R3WA 1QBRA 2IDWA 1APVE 2O4KA 3EM3A 3G6ZA 2QZLA 5P7DA 2NMYA 5P8HA 1TZSA 4E43A 4DJOA 3VYDA 3O9CA 3EL9A 4OBGA 5JODA 4CPUA 4GJ9A 5P3BA 3PI0A 5OZZA 1Z1HA 4I0HA 1META 3UQRA 3HD8A 3PMYA 5P5VA 4GJ5A 3EKTA 4J0VA 5P5KA 5P3AA 1T6GA 4J17A 3QROA 4DQEA 5P2QA 5OZCA 2ZHVA 4OBZA 1HPSA 1UH9A 2CEMA 4D8CA 3SA3A 3FV3A 5IVTA 5OZKA 5HD0A 3MSLA 4Y3DA 5P78A 5OZIA 5ER2E 2ER6E 3U7SA 4OD9B 5P4XA 1IDAA 4K4PA 5P2EA 4BFDA 2QMPA 3ZLQA 1RL8A 3PB5A 4ER4E 3LIXA 3KM4A 4L7GA 4Y4UA 3OUAA 5P35A 4NKKA 1EPOE 2AVSA 1BVEA 3WB4A 1FMBA 4Y36A 1K6VA 4B0QA 4H1EA 1D4YA 4Y5PA 4WY6A 1D4IA 1IVPA 4YE3A 1T7KA 5HDUA 2RSPA 3EKWA 4DPIA 3PLLA 3ZKNA 2WJOA 2JXRA 4R92A 3HVGA 3DUYA 5OZVA 2OHPA 1W5VA 3OQ7A 1YTHA 5P2BA 3OK9A 4J1KA 1HHPA 3VCMA 2ZJIA 4TVHA 1MTRA 1HVRA 5OYUA 4YD3A 1AZ5A 5AHCA 4FRKA 4LXKA 1A9MA 1E81E 1LYBB 2WEAA 5P5OA 4Y4DA 1HPOA 2F3FA 4Y4XA 5P8MA 1E5OE 3VV6A 1B5FB 2B7FA 5P6OA 4OBHA 3EL4A 4Y4AA 1MSNA 2NXMA 4Y45A 5P4HA 2R8NA 1GVVA 3QRVA 1TCXA 3MWSA 5P7PA 5P1TA 3PCZA 5P2MA 5DR4A 1M4HA 3U71A 3SACA 3OADB 4DJPA 5EZZA 5P0IA 5OZ5A 5P85A 1DP5A 4FRIA 2AZ8A 5BWYA 3DV1A 1TCWA 3I7EA 4Y3PA 3TKWA 1ER8E 5P61A 5P76A 5P5XA 5P3DA 2G22A 5P81A 3NYGA 3T11A 5P20A 5P27A 2IS0A 4WY1A 5P5FA 3ZMGA 4Q5MA 1FFFC 5P0KA 4Y5EA 5P10A 3TPLA 2V12C 5P18A 1KJGA 4ZIPA 3SLZA 4B1EA 3CKTA 5APRE 3OUBA 3TL9A 4Z50A 1APWE 4YBFA 1LF3A 4R95A 3KFNA 1VIJA 4Y43A 4FAEA 2P3BA 4CPTA 3D3TA 4KE1A 3OQDA 1G0VA 4JOOA 5P4NA 1BXQA 5P5DA 5IVSA 3OTSA 3UDQA 3PI5A 2NNPA 5SY2A 4DV9A 1A8GA 1HOSA 5P83A 5P65A 3MXDA 1C70A 2BKTA 3QBFA 1DMPA 3BHEA 3FKTA 4YDFA 1M0BA 5OYZA 2AQUA 5P8AA 2QK5A 5P7WA 1TW7A 5P4IA 5P6KA 4L1AB 5P2ZA 2ZJNA 4DJWA 1A94A 3BGCA 5KOQA 2OHRA 3ST5A 1XL2A 1HTFA 4TVGA 3BUHA 2QZWA 4COEA 2Q64A 3EKQA 5P62A 5P7TA 5P4TA 5DQCA 4Y37A 4J0TA 5OZ9A 3KFSA 3UDRA 1MRXA 1ZBGA 3O9AA 5DPZA 3INFA 4Z22A 2NPHA 1M43A 2R5PA 4H3JA 5OZ4A 5OYTA 1SGZA 4Y51A 1PSNA 5P4CA 3HAWA 4FCOA 1AM5A 5P6QA 1BV7A 5CLMA 2JJIA 5OYSA 2MIPA 5P77A 1BWAA 4OBJA 3NU3A 4RZ1A 5KR2A 5P8FA 2RENA 3URJA 4Y3EA 1SDUA 4Y5KA 4HA5A 3D1XA 1DAZC 1MERA 3S43A 3TPPA 1MEUA 3KFPA 3GI4A 1RV7A 2G1OA 3SQFA 4LC7A 5P06A 5P3VA 5P80A 2Q11A 1ENTE 3O9BA 4GJDA 5P6JA 3IA9A 2FDDA 5P2FA 4L7JA 3M9FA 3ZPSA 3GGAA 3KA2A 5P5HA 5P11A 4Y39A 4Y38A 2QI6A 3AUPA 5P1ZA 5P4AA 4CPRA 1B6KA 2QHZA 2AOGA 4QLHA 5P0LA 5P5CA 1SMRA 4DH6A 4NJTA 5PEPA 5P4YA 2QHYA 3PSYA 5P50A 1FB7A 5E5KA 2V10C 4APEA 5P3RA 2APRA 2ZE1A 5P8RA 5P1EA 4GMIA 4DVFA 7UPJA 4FSEA 5HCTA 3MSKA 4Y5NA 3QP0A 3HVPA 3BC4A 5P32A 3K5FA 4GIDA 3ZKMA 2FIVA 3OQFA 4B78A 4LBTA 4FRSA 3UDJA 3OHHA 5P19A 5P03A 1HEGE 3KT5A 5KQFA 1EPLE 3UDPA 5OZAA 2QNQA 5P4JA 1LYWA 3ZKSA 2G24A 2ZHUA 4FS4A 3LZUA 1EPPE 5P6XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BDL A;  3QPJ A;  4Y3L A;  5P37 A;  3PMU A;  4D88 A;  4DJU A;  1UH8 A;  2R9B A;  3LHG A;  3QRM A;  4XKX A;  2IQG A;  4FM7 A;  4QJ9 A;  3HW1 A;  3OXC A;  3HLO A;  1ODY A;  5P00 A;  3OUC A;  5KR0 A;  3EM6 A;  4DQG A;  3KFR A;  2B42 A;  3RVI A;  4I0G A;  1Q9P A;  5P0P A;  5OZF A;  3LIT A;  4DJY A;  1Z8C A;  1TQF A;  5P30 A;  5P8Q A;  4LXM A;  4ZPG A;  3OU4 B;  5AHB A;  1HIV A;  5KQX A;  2QNP A;  3NU4 A;  1QDM A;  3DK1 A;  4D83 A;  5KAO A;  3O9L B;  1RNE A;  3DM6 A;  5P1N A;  5P59 A;  4D85 A;  1AVF A;  1UPJ A;  1WBK A;  5P5W A;  4RRS A;  2FDE A;  2PYM A;  5P1L A;  3IVI A;  3KMX A;  1GVT A;  2JJJ A;  1N49 A;  3RSX A;  2R38 A;  2V0Z C;  3NWX A;  1IZH A;  4EJ8 A;  5OZE A;  5P0A A;  5P40 A;  3TLH A;  3O99 A;  4J0P A;  4PYV A;  4FIV A;  3K4V A;  5P4M A;  5P7K A;  2R3T A;  3S7L A;  3QRS A;  3VF7 A;  1IZE A;  2VS2 A;  4YD5 A;  1E82 E;  5P6S A;  5P7N A;  3MXE A;  5P3J A;  1XN3 A;  4F73 A;  5P13 A;  1HVL A;  4F74 A;  3T7X A;  1FQ4 A;  2PC0 A;  3Q6Y A;  5P8C A;  5HVP A;  2QMF A;  2IRZ A;  3I6O A;  5P0W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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