3UQUA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
390
structure length
374
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 374
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uquA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uquA02
2QI3A 5P6XA 4AUCA 5KAOA 4Y5BA 3BUGA 3TOGA 4I11A 5P79A 5TOLA 3KMXA 4Q1NA 1EPME 2NMZA 2MIPA 5OZCA 4RZ1A 5OYZA 3EL0A 5CONA 4GJBA 5P5NA 1G6LA 4FIVA 4GJ7A 5P3QA 3VSXA 2CEJA 1RNEA 4LXMA 5DQ2A 4Y3YA 3TTPA 3CKTA 3OUDA 2J9JB 5P3DA 5OZOA 5UPJA 1FG8C 5P5SA 2P8HA 1HXWA 5P33A 1Z1RA 2ZJLA 4B00A 5P5FA 3KDCA 5P5GA 3GI0A 1UH8A 1EBYA 5P0HA 4BELA 4Y3LA 5SY2A 2Q55A 3T3CA 4Z22A 4F75A 1NH0A 4GIDA 5DR8A 3TOHA 3MXEA 1C6XA 2ZJNA 3OHFA 3IN4A 4L1AA 4YCYA 2QAKA 2I4VA 5P0MA 1IVQA 1ZPKA 1GNMA 3LZYA 2F3EA 3S43A 2IDWA 2FLEA 2P3BB 2PC0A 5DQ4A 4R91A 3CMSA 1ZPAA 3EL5A 5HE5A 2SAMA 1ENTE 4Y3XA 2VIEA 5OZQA 3OTSA 1HIIA 3URLA 2ZJHA 3FKTA 3S56A 5P27A 1T7JA 3L5CA 4NKKA 5DR0A 3TL9A 5P3IA 1D4SA 1K6PA 3VYDA 1QBRA 1VIJA 4GJ9A 5P0DA 1DIFA 1D4IA 2QNQA 5P3XA 1AJVA 5B18A 2UY0A 5P7NA 3Q3TA 5OZ2A 5P2JA 3O9IA 3WZ7A 4B1DA 2QMFA 1LYAB 1CMSA 3OADB 5P29A 5P2IA 1HVKA 5T4SA 2Q15A 2VIYA 3Q6YA 4LBTA 4QJ8A 5P39A 5P57A 3I7EA 1N49A 3PEPA 4Y47A 4YD7A 2OF0A 3K5FA 3LIVA 4NJUA 2G1RA 1W5YA 3TNEA 3PVKA 3PM4A 4XX3A 4RRNA 5P4LA 5P72A 1PSOE 4RLDA 2QZXA 2QP8A 3QRMA 4WTUA 2I0AA 1IZEA 2Q64A 5HDUA 3SACA 5P7XA 4HDBA 5OZ5A 4QJ7A 5P8PA 5KQYA 1YTJA 3FSMA 4Y48A 1HIHA 4I1CA 3UQWA 3UDNA 5P00A 1NPAA 5P65A 5P0OA 2VJ9A 5P3CA 1MSMA 2AVQA 4TRYA 5P45A 3PSUA 4Y3EA 1ME6A 1APTE 5P1YA 1LZQA 5P0NA 5ER2E 3DUYA 5P2GA 5P60A 3LHGA 5OYXA 2AVMA 5P3WA 3M9FA 5P5BA 5OZ0A 1G2KA 2V12C 3R0WA 1LYAA 5COPA 4ZLSA 3PJ6A 5OZXA 4R5NA 5P4UA 3S45A 1IZIA 5C9DA 5IVRA 5P0VA 2O4KA 5P3VA 2A4FA 1F34A 3ZKQA 2QD8A 2BPXA 2BKSA 4Y41A 1KJ7A 3HLOA 5P14A 2V13A 5P25A 5HU0A 3BXRA 3O9LB 5HE7A 4DPIA 5OYVA 3NLSA 1PSNA 4CKUA 1BDRA 3OAGA 4J0ZA 4Y4AA 5KR1A 4YD5A 5P59A 3QPJA 3ZOVA 5C9FA 1K6CA 2IGYA 4FRSA 4DQEA 4Y3FA 5IE1A 5AGZA 1EBKC 5HDXA 2R8NA 5P5VA 3OQAA 3S7LA 3CKPA 4FRIA 5P62A 4Y44A 4J1FA 3JW2A 4Y3GA 4CPTA 5OZVA 1BVGA 5P5HA 4ZE6A 2BPYA 2V0ZC 1WBKA 3KFSA 5P1CA 2ASIA 1SDTA 4I0DA 1B5FB 4Y9WA 3TOFA 1APUE 1W5WA 4Z50A 3GI4A 1E82E 5OZ6A 5P5KA 2QMPA 5OZGA 5P7ZA 3QP0A 5P1DA 5P7AA 3CICA 2G27A 4A4QA 3U71A 1RV7A 5P75A 1D4YA 3I6OA 3Q4BA 2JYSA 5P1JA 3INHA 3VSWA 5P6BA 4EWOA 3SM2A 3NU6A 2I4WA 1MT8A 3L5BA 3PSYA 5P1PA 4Y4DA 1D4KA 5DR1A 4J1KA 2FDDA 3NDXA 3KM4A 4I12A 4YDFA 5P7HA 1E81E 5ENMA 2G22A 3BVBA 5P6KA 1K1TA 5P67A 5P2KA 1FQ7A 2ZJKA 3LZUA 4DJXA 3S7MA 5JFUA 3LIYA 4EYRA 2O4NA 3PLLA 5P4GA 2WEZA 5P50A 3GGVA 5P0QA 5P0GA 5P7BA 3UQUA 4FRJA 2AOJA 1HVCA 2ER7E 4I0ZA 4H3JA 1FB7A 4H3IA 1Z8CA 5P4FA 1SMRA 5P7GA 3BRAA 2OHSA 4UPJA 5P2NA 5P4CA 1XN2A 4OBGA 3OGPA 3I2LA 5P37A 5KR2A 4TRWA 2I1AA 3F9QA 5F01A 4Q1WA 5P4EA 3DK1A 2AIDA 3IVIA 5OZAA 2OHLA 3NDUA 2OHMA 3PCZA 5P7KA 1AZ5A 4J0TA 2JJIA 4WY6A 4AZYA 3UFLA 5P3NA 1IZDA 5P2ZA 4Y51A 3OK9A 4XX4A 1PPKE 5DGUA 3SQFA 1QS8A 5OYYA 1SP5A 3EKYA 1LF2A 5AH7A 1T6EX 2NR6A 5OYWA 3SFCA 5P31A 1HSGA 3HW1A 5SY3A 2QI0A 5OYUA 3INEA 3RU1A 1QRPE 3L3AA 5KR8A 5P16A 2Q5KA 3LIQA 5IS4A 5P48A 2P3AA 3QBFA 3G72A 4DPFA 2BPWA 5P5IA 5P6CA 3GI5A 2QZWA 4J1HA 5P5TA 2VS2A 1AJXA 5OZ1A 2OHQA 1GVUA 3BC4A 5OZ4A 4J1CA 2AZ8A 1B6LA 5P0FA 1FMUA 1PSAA 2ZHVA 3MXDA 2Q54A 3O9EA 4HLAA 1HPXA 1LF4A 3TPJA 3EL9A 3UTLA 4QGIA 2AZCA 3UQPA 1MPPA 5P24A 2PMAA 2ANLA 1BWAA 4I0FA 1XE5A 2WEDA 3RSXA 4I0JA 5P3LA 3ZPTA 3D91A 2IENA 4Q1YA 1XL2A 5P5AA 1IBQA 3PGIA 1TZSA 2IL2A 3R4BA 3SKFA 2AZBA 4Y37A 4DUSA 3R1GB 4Y5KA 3NWQA 1FQ5A 1MVPA 2QZKA 2VA5A 1MRWA 5P8UA 1PFZA 2F3KA 5FIVA 4TRZA 1BXQA 1FKNA 4QJAA 3ZKMA 5P40A 5E5JA 2ZGAA 4Y50A 4IVTA 4Y3MA 1SGUA 5P7IA 4J5JA 4MC9A 5AHCA 3SAAA 2I4QA 5P2LA 3FNUA 3HVGA 4DJPA 3VEUA 4CPRA 4YBFA 4Y54A 1SDUA 3ST5A 5P0ZA 4FSEA 3PBDA 4AA9A 2ER0E 5KR0A 5P07A 2QMDA 1MESA 5P5JA 3CIDA 3QS1A 4DJOA 2G20A 3NU5A 5DR4A 4DQGA 2VA7A 2WF0A 2AVOA 5P7DA 1BVEA 1BXOA 4NJVA 5P5RA 3UF3A 4Q1XA 3VLAA 4BFDA 4CPSA 3DV1A 1W6HA 1J71A 4GZFA 1APWE 1BV9A 2QI4A 5BWYA 4LXKA 3O9HA 5P6HA 5P2EA 1ZP8A 5DGWA 5P8KA 5P6VA 5OZPA 2Q3KA 4RVJA 1A8GA 2FIVA 5OZLA 3KDDA 5P3PA 5EZZA 4JPCA 3URIA 3WB4A 5P5XA 2IS0A 6APRE 2V16C 4YD4A 4DQHA 4Y5NA 4RCFA 5P7FA 5P3FA 4R93A 5P8IA 4J0YA 5P7PA 5P7JA 3PRSA 5KOSA 1YX9A 1HPOA 3KT2A 3OU3A 1HTGA 5P1SA 5P13A 2RSPA 2OAHA 2VKMA 3OWNA 5P1FA 1YT9A 3UDPA 5HU1A 5P4TA 2F3FA 4Y5EA 4Y4BA 3UDMA 2VNNA 4HDPA 2R3TA 5HDZA 3APRE 2FNSA 3S54A 4GJAA 2QZLA 3EBZA 5DQ1A 4DH6A 5P1KA 5P4VA 2HM1A 5OZDA 3D20A 3K5CA 2QMGA 5P7OA 4K8SA 1MEUA 2VIJA 5OZRA 2I4DA 3KF0A 5P2FA 2AOHA 4YA8A 5P35A 4OBFA 1XN3A 1MERA 1ZSRA 4EP2A 5JODA 5P8NA 3ZPUA 4PEPA 4ER2E 5HD0A 4Y5MA 1W5VA 2QI1A 2J9JA 4R92A 4YBIA 5P3HA 4LAPA 1HIVA 5P38A 3UPJA 4B72A 3EM4A 2Z54A 4YDGA 5P7LA 5P52A 3HAWA 3IVHA 5P2VA 4TVGA 6FIVA 4FM6A 1SDVA 3QN8A 4Y4GA 5P20A 3FNSA 3KFPA 1FF0C 2AOIA 3NDWA 5IVQA 2FDEA 2PQZA 4CP7A 1AXAA 2G21A 3BHEA 3LNKA 3O9GA 4Y5GA 5P49A 2OHPA 1HVSA 3UQRA 3GI6A 3EKWA 5P0BA 5P32A 5P7YA 2JXRA 2P3BA 5P5DA 2QNNA 3B7VA 1MRXA 4J1EA 3VF3A 3GGUA 5P1QA 5P46A 2I4XA 4DQFA 1BWBA 2VJ6A 3CYXA 3ZKGA 5P7TA 3ZL7A 5P8LA 3PWMA 5P4RA 5P1BA 3B80A 5OZEA 4Y45A 2AOGA 5P8SA 3SA7A 5P8AA 1YTHA 4I0GA 3EM3A 5P4XA 3ECGA 5P4KA 5P3SA 3OU4B 4Y3RA 4GJ6A 4COEA 3OADA 5P77A 3TKGA 5P8GA 5P3BA 3LIZA 2QHYA 1LYWB 1ZLFA 1SBGA 2WF1A 2NXLA 5P1GA 5OZSA 3SA4A 3SA6A 1NPWA 5P5EA 5P3AA 5P2RA 2QNPA 5P4ZA 2AOEA 2ZYEA 2WEAA 2I0DA 4PHVA 1ZBGA 3O9BA 2XFKA 2B8VA 2IRZA 2AVVA 5P2CA 2Q63A 3QIHA 1Z1HA 1LS5A 2HPFA 1A94A 4PYVA 4XXSA 1KJGA 5P54A 5P7EA 4OBJA 5F00A 4ACUA 3EC0A 2B8LA 1WBMA 3IXKA 5P22A 1T6GA 2P4JA 2HB4A 3VYFA 4Y3DA 3RTMA 5P6EA 5P4YA 5P8MA 1EC0A 5HTZA 4CMSA 5P1HA 1D4JA 4BFBA 4DJWA 4ZSMA 5P56A 1ZAPA 3L5DA 2HB3A 4GYEA 5DQCA 2R3WA 5P70A 2Q11A 3DM6A 4J1IA 4MC2A 1G0VA 1TCWA 3EM6A 4FS4A 3OQDA 2VIZA 2WL0A 1C6YA 4Y5PA 1BDLA 4QJ9A 1TSQA 4EPJA 2NNKA 3O9LA 4L7GA 4FL8A 5P04A 1HVJA 3GGXA 4F74A 5JG1A 3VUCA 5P0YA 1MT7A 5P6JA 4JPEA 4AA8A 3BGCA 5P1AA 5P78A 5P1ZA 4Y5CA 3VCMA 3UHLA 3EKPA 4B78A 5P8EA 5P8QA 2V00A 3C9XA 4NPTA 5P0JA 4Y3WA 5P1EA 3A2OA 3TPPA 3IA9A 1EEDP 5P3TA 2PH8A 3BUFA 3Q5HA 1ZJ7A 1F7AA 1BDQA 2APRA 5P1OA 3LITA 4MC1A 2PSUA 2B7ZA 4K4PA 4GMIA 1EPQE 1ZTZA 4YCKA 1FGCC 4YCTA 2BQVA 5DR7A 5P6GA 4WY1A 4LP9A 3T11A 5OZ3A 4GJ8A 5P2OA 1B5FA 3FNTA 5OZJA 4IVSA 4RVXA 5P5QA 3WB5A 5P5MA 4Y3NA 4I0EA 1FFFC 3L5FA 1RPIA 5OZNA 5P2BA 3WZ8A 3CKRA 4B77A 2B60A 4Z4XA 1OEXA 5P08A 3VV6A 3SA9A 5P76A 1KJ4A 3EMYA 5P43A 5P4AA 5P4DA 1K6VA 4AMTA 4RYGA 3HD8A 1ODYA 4APRE 2PYNA 5P2YA 2HC0A 2R5QA 2FMBA 3UDKA 1EPRE 3O99A 1HEGE 2ZE1A 1OHRA 4DV9A 5P15A 2RMPA 1HVHA 2ZJMA 3UCBA 1EPNE 3PSGA 2R5PA 3OUAA 5JFPA 3OU1B 1APVE 1TSUA 4OD9B 3AUPA 4HA5A 5P6IA 2G1OA 5P88A 4HVPA 3OHHA 4ZPFA 2BBBA 2BKTA 2IKOA 2HB2A 5P0CA 3S2OA 1GVWA 2G1YA 4JOOA 4HE9A 8HVPA 4LC7A 4KUPA 1DPJA 4LHHA 5P2HA 3SLZA 4XKXA 3INDA 3URJA 2OHNA 3SKGA 2UXZA 5C9BA 1LF3A 1HTRB 3QRSA 2HIZA 5P0EA 3PHVA 5I3YA 4OC6B 1YG9A 3QVCA 1FMXA 5P3EA 1MT9A 1WKRA 1HSIA 4RCDA 1EC1A 4OBKA 1AM5A 3OUCA 5P09A 3ZKNA 2PH6A 1FG6C 1FQXA 5AH6A 4RCEA 4Y35A 5P0XA 1A8KA 4HEGA 3RVIA 5ISKA 5SXNA 1CPIA 4A6BA 3NU9A 5HE4A 4D8CA 3TKWA 4K9HA 1K2CA 5P71A 4DFGA 2P83A 1IIQA 4B70A 5P7SA 5P7WA 2QD7A 4GB2A 3TH9A 2P3DA 2G94A 2FS4A 5P55A 2R43A 2ER6E 5P66A 5P0PA 4OD9A 1M4HA 2PWCA 5I3WA 3TPRA 2IGXA 4OBZB 5P5CA 5P6TA 5P8VA 1T7IA 3QI1A 1SIVA 3QVIA 2PWRA 2HPEA 3O9FA 5P6SA 1LYBB 1E80E 3PI5A 5AH9A 4LL3A 3ZKSA 2AQUA 4OBDA 2XYEA 3PI0A 3N3IA 4X2LA 3LZVA 1M0BA 3ER5E 4ZSQA 1C70A 3I25A 5OZ8A 5P5PA 3HVPA 5KQXA 4OC6A 4Y3PA 3MWSA 3EKXA 5P0AA 2AZ9A 4I0IA 4ZSPA 5P81A 4F73A 1TW7A 5AHBA 1DMPA 3N4LA 3OTYA 3ZMGA 1B6PA 4DVFA 2OHKA 4I8ZA 5P7QA 5OZUA 4RGHA 5OZMA 4FAFA 3U7SA 2P3CA 2F80A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QI3 A;  5P6X A;  4AUC A;  5KAO A;  4Y5B A;  3BUG A;  3TOG A;  4I11 A;  5P79 A;  5TOL A;  3KMX A;  4Q1N A;  1EPM E;  2NMZ A;  2MIP A;  5OZC A;  4RZ1 A;  5OYZ A;  3EL0 A;  5CON A;  4GJB A;  5P5N A;  1G6L A;  4FIV A;  4GJ7 A;  5P3Q A;  3VSX A;  2CEJ A;  1RNE A;  4LXM A;  5DQ2 A;  4Y3Y A;  3TTP A;  3CKT A;  3OUD A;  2J9J B;  5P3D A;  5OZO A;  5UPJ A;  1FG8 C;  5P5S A;  2P8H A;  1HXW A;  5P33 A;  1Z1R A;  2ZJL A;  4B00 A;  5P5F A;  3KDC A;  5P5G A;  3GI0 A;  1UH8 A;  1EBY A;  5P0H A;  4BEL A;  4Y3L A;  5SY2 A;  2Q55 A;  3T3C A;  4Z22 A;  4F75 A;  1NH0 A;  4GID A;  5DR8 A;  3TOH A;  3MXE A;  1C6X A;  2ZJN A;  3OHF A;  3IN4 A;  4L1A A;  4YCY A;  2QAK A;  2I4V A;  5P0M A;  1IVQ A;  1ZPK A;  1GNM A;  3LZY A;  2F3E A;  3S43 A;  2IDW A;  2FLE A;  2P3B B;  2PC0 A;  5DQ4 A;  4R91 A;  3CMS A;  1ZPA A;  3EL5 A;  5HE5 A;  2SAM A;  1ENT E;  4Y3X A;  2VIE A;  5OZQ A;  3OTS A;  1HII A;  3URL A;  2ZJH A;  3FKT A;  3S56 A;  5P27 A;  1T7J A;  3L5C A;  4NKK A;  5DR0 A;  3TL9 A;  5P3I A;  1D4S A;  1K6P A;  3VYD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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