4EJLA

Apo hiv protease (pr) dimer in closed form with fragment 1f1-n in the outside/top of flap
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Small molecule regulation of protein conformation by binding in the Flap of HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ejlA00
3NUJA 5P4ZA 5OZ5A 1A94A 3D91A 5HVPA 5P04A 2NPHA 5DQ1A 4IVTA 4LHHA 4YCTA 5OZCA 3PEPA 4QJ7A 1MERA 5OZNA 2AOCA 5P3TA 3DV1A 3SKFA 2WHHA 4CP7A 2QHCA 3K4VC 3KT5A 3CKTA 4B0QA 1AIDA 1FMBA 5P57A 3DJKA 3PLDA 4YD5A 5KR1A 2G1OA 5P69A 4LBTA 3S53A 4BFDA 5P4TA 4OBFA 5P0TA 1T7JA 4OC6B 4Y5EA 5P1XA 2G69A 4Y43A 3ER5E 5FIVA 3NDWA 5OZ4A 1RQ9A 1B6KA 5P66A 1M0BA 3DV5A 5P0IA 3PLLA 1EPLE 1ZJ7A 4QJ2A 4Y4AA 3OADA 5IVQA 3GI6A 1OEWA 2ZHTA 4Y5BA 1IZHA 1YM2A 5P4XA 4KE0A 3VLAA 3EMYA 3WZ6A 4Y3XA 2HS2A 5KR2A 4Y3FA 3QI1A 1NH0A 3WB4A 3I2LA 7UPJA 3GGUA 3VEUA 1HPOA 3PI0A 4PYVA 2Q15A 2P3AA 3EKPA 1IDAA 4Y48A 5P8MA 3PM4A 3EKTA 3H5BA 3LINA 4OBZB 5COOA 4EQJA 4R92A 2R8NA 3INFA 2AOEA 1HTRB 5P5FA 5P2RA 3FSMA 4DJOA 5P7SA 2ZHRA 5P2LA 3OXXA 5P42A 5P83A 4ACUA 3OK9A 2Z54A 2I0AA 2OHRA 2O40A 4U8WA 4AMTA 1HOSA 5P4KA 5P18A 2A1EA 4L7HA 2WF2A 4GMIA 1MSNA 2ASIA 4I0DA 4Y3QA 1YTGA 4Y3PA 4EYRA 4Y5AA 1BVGA 4Y3EA 1EBKC 5P1IA 5P6BA 4BEKA 3O9EA 1IZEA 2BJUA 2R3TA 3UDQA 1FQ6A 5P1EA 2QZWA 1MESA 5P4WA 1T3RA 2F8GA 5P85A 1FG6C 4PZWA 3K1WA 2F3FA 3K4VA 4DQBA 4OC6A 4OD9A 1UH8A 2VJ7A 2I4UA 2G1RA 4ACXA 5OYZA 2PSUA 1FFFC 5P30A 1T6GA 2HAHA 3TOFA 1M4HA 4J1EA 5P4LA 5P6TA 3QAAA 1FMUA 5P0BA 3OUAA 5OZ9A 2G24A 1B11A 3BUHA 5P75A 1EBYA 1EEDP 2R43A 4HE9A 5P39A 5OYRA 1SDVA 4EJDA 5P2NA 3ZKGA 1DP5A 2VA6A 4PPHA 5OZDA 2AZCA 1G2KA 3BVBA 5P1AA 5P5SA 5P2BA 3SA3A 3SA6A 4ZSQA 3T7PA 4MC1A 5P3ZA 1T6EX 3UQPA 5P72A 2FXDA 2F3KA 3UHLA 2WJOA 5P7XA 2NR6A 4I1CA 2V13A 2FXEA 4J54A 3N4LA 2ER0E 7HVPA 5OZ0A 1J71A 1FMXA 5P2XA 5P7VA 5P11A 5P1TA 4Y4BA 5P8HA 2BQVA 5P5GA 3O9IA 3KMYA 1HSIA 2IENA 2Q5KA 3QBFA 1FQ4A 2OAHA 1AJXA 4FRSA 4PHVA 3OU1A 5ISKA 4Y3YA 3O9LB 3UPJA 2AZ8A 3K5FA 3O9FA 2IGXA 2ZHSA 5P82A 2AOJA 2JJJA 3NYGA 3L5FA 3ZPUA 1Q9PA 3TH9A 2ZGAA 5P7KA 5P2UA 2HIZA 4E43A 3H0BA 5P29A 1HWRA 1B6JA 1FGCC 1FQ8A 3Q3TA 3SPKA 4RRSA 4I8WA 2O4LA 2QMGA 2RSPA 2QK5A 3MWSA 4FRIA 1FQ7A 2I4DA 5DGUA 3A2OA 2PQZA 2RKFA 4H1EA 4EXHA 3L58A 5P0SA 4Y5NA 4I0GA 5C9FA 1TW7A 1ENTE 2O4KA 4J0YA 2FS4A 4N00A 3L5BA 5HDXA 3INDA 1PROA 5P79A 5P3EA 3FNSA 5UPJA 1XE6A 3PSGA 1FQ5A 4QGIA 5P33A 5P1HA 1U8GA 2AOGA 3KA2A 2B7ZA 2CEJA 1BDQA 3I25A 5DQ5A 3URLA 2EWYA 3LHGA 5SXNA 5P1FA 2PH8A 3GI0A 5DR4A 1QBTA 4Z50A 4Y3LA 4FLGA 5P8TA 5P6SA 1RNEA 5P1UA 2JE4A 1B5FB 2OHTA 3PCZA 4Y53A 3SA8A 2P3BA 3OUDA 5I70A 2Q63A 1BWAA 1KJGA 2G94A 3O9LA 2QI0A 3JVYA 3OY4A 3TL9A 2QD7A 4L6BA 4HZTA 4R93A 3G70A 1YTIA 2HB3A 1GNMA 5P7MA 5OZHA 2ZJNA 3SO9A 5OZOA 3IVHA 3INHA 1BV7A 3PWRA 5EZZA 5P0XA 4D88A 1FLHA 4FS4A 4IVSA 5P4OA 3PB5A 5KQYA 5P47A 5P73A 2ER6E 5P37A 3OUBA 1ODYA 3HDKA 4GYEA 5OZGA 4L1AA 4NKKA 1UH7A 2QCIA 2OHNA 1KJ7A 3CICA 1BWBA 3BXSA 2QI1A 5P4EA 1LEEA 4EXGA 5P1CA 3LPIA 1FIVA 5P8KA 2BPVA 3OUCA 5P6AA 1EC3A 1GVWA 3SLZA 1AJVA 1SP5A 3L59A 2OHQA 3UQWA 5BWYA 1DW6C 1ZAPA 4FE6A 3O9GA 5AH7A 4EHCA 4Y51A 5HU0A 2RMPA 1SGUA 4DI2A 4Y4GA 3NU9A 3QIHA 5P8VA 5P26A 2XFJA 4J1IA 4EP3A 4J55A 4CPWA 4ER2E 1MRWA 5P88A 3JW2A 4F75A 1BXOA 4Y9WA 1Z1HA 2OHPA 4NJUA 5P8UA 2G26A 4Y4UA 3ZKXA 2MIPA 3OGPA 3KF0A 4YD4A 5P65A 2FNTA 4Y3HA 2WEAA 3UFNA 3UDJA 5OZVA 1G6LA 2ZJLA 5P4QA 5P6GA 5P5HA 1A30A 1QBUA 2G20A 4RLDA 3VUCA 5P8DA 5P3HA 3QPJA 5P06A 4AUCA 5OYTA 4NJTA 3PMUA 5P2HA 1SBGA 5P16A 4ZIPA 3TPLA 3S7MA 2WF3A 3TPPA 4DJWA 2BKTA 4B77A 4ZLSA 2OHSA 3R2FA 2PH6A 1HEFE 5P80A 4HDPA 3U71A 4J1CA 3IXJA 1TQFA 1XL5A 4ZSMA 3VF7A 5OZ8A 1YM4A 5P5DA 2VNNA 3KDBA 4D8CA 3G6ZA 4Y5CA 3HVPA 4Q1YA 5P8PA 1UH9A 3T7QA 3O9CA 5I3VA 5P3LA 3CYWA 3SACA 4EJKA 4Y54A 3IN4A 5P8BA 2B7FA 3PI5A 3OU4B 1GNNA 4YD7A 2AOHA 3SA7A 2QNQA 3EKYA 3QVCA 4Y58A 1HTGA 5P4SA 4OBDA 1TCXA 2F80A 4DH6A 3R0WA 5P70A 3DK1A 2ZJHA 1HVRA 3UDPA 3NU4A 2FDPA 4DQEA 4YCKA 3MSKA 2IQGA 1XE5A 3MXEA 5P7LA 3EL4A 5P3DA 2Q3KA 2IS0A 3KM4A 3KMXA 2ZYEA 1IVQA 5P7EA 5OYQA 2JYSA 2P3DA 1CZIE 3L5CA 3IXKA 2PSVA 2O4PA 5AH6A 1ZTZA 3FNUA 4ZSPA 3HW1A 1XN3A 1OD1A 3ZKNA 3OAGB 3D1XA 1MIQA 3RU1A 1SDTA 4Y41A 5P5BA 5P2QA 2Z4OA 3ECGA 3OTSA 1SMEA 5TOLA 1EPPE 8HVPA 3D1ZA 5P5LA 3OQKA 2AZBA 5P2VA 4OBHA 5P1LA 1K2BA 5P6CA 3APPA 1BVEA 2P4JA 1YG9A 4RCDA 4K4PA 2CEMA 1EPOE 4DQCA 5P38A 2VJ9A 4J1FA 4J1HA 3Q6YA 2FGUA 4Y3NA 3WZ7A 5HU1A 2QP8A 2WF4A 4HEGA 5P49A 3EM4A 5P1NA 3LZVA 1HEGE 3EL5A 4A6CA 1ODWA 1PSOE 1XS7D 1HHPA 4JECA 4H3JA 2QU2A 1HBVA 4Y57A 5P78A 3WZ8A 2ER7E 4LC7A 3PMYA 2AIDA 4CPRA 1T7KA 2HB4A 4HLAA 5OZRA 1IBQA 3GGVA 2VIYA 3Q4BA 4COEA 3OQAA 1AXAA 1W50A 2ZJKA 2QU3A 1NPWA 5P6LA 5ER2E 4I0ZA 2PC0A 5SY2A 4YE3A 5P4GA 3UDKA 1EPRE 1K6CA 2VA7A 2NMZA 2IEOA 5OZMA 3SM1A 5P07A 4X7IA 5P0FA 5P56A 1IVPA 2QHYA 4FRJA 5P32A 5E5JA 4XKXA 1QDMA 5P64A 1EBZA 5P8NA 5P31A 2FMBA 3UDHA 2AQUA 4DJQA 1CPIA 5P1QA 5P8SA 3B80A 1W6IA 1BIMA 1MEUA 5BS4A 5F01A 5P4YA 3K5CA 5P7WA 2WF1A 5P74A 4Y47A 5P0CA 1A8KA 4F74A 1SIPA 4QJ6A 5P05A 2VNMA 1ZPKA 3VLBA 5P7YA 3VSXA 1UPJA 2PMAA 5P8FA 3OGQA 3OQDA 5F00A 3KN0A 3IXOA 2F81A 4U7QA 4Y3SA 5P5NA 5AHAA 5P7AA 1LV1A 5P3SA 2VIZA 5P7UA 3RSXA 4A6BA 2UPJA 5P7DA 2I4WA 4Z2ZA 5P3PA 4FSEA 5P3YA 5P0WA 3URIA 4R91A 2QD6A 3BHEA 5P2JA 4RYCA 3JVWA 5P4VA 1E5OE 4I12A 4DJYA 1GKTA 3KT2A 5DR8A 2I1AA 2PWRA 2R5PA 4YDGA 2BPZA 5P8IA 5P6DA 6FIVA 5OYSA 2BB9A 2J9JB 2QD8A 4JPEA 4B70A 1AM5A 3SAAA 3ZPSA 4YHQA 3PGIA 5ISJA 4JP9A 2OF0A 5DR7A 1C6ZA 3OXWA 2VA5A 4LXMA 5P6YA 3L38A 1W6HA 4NJSA 5P5JA 4LXKA 5P4PA 4Y4XA 4CPUA 2IKUA 5P2OA 1APTE 5COPA 5JFUA 2B8LA 5I3YA 1TSQA 3G72A 1GVUA 3RTMA 4Y3WA 1W5XA 5P5UA 4OBZA 3UFLA 3KDCA 5EZXA 5KQZA 2BPYA 3CYXA 3DUYA 4Y45A 3UF3A 1META 5P6EA 1LYWB 4GJDA 5P2AA 5P8LA 2V12C 3NWXA 2ER9E 3OQ7A 2Q64A 5P7RA 4H3IA 4AA8A 4QLHA 4XX3A 3TLHA 4L7GA 5OZUA 1RPIA 1ER8E 5P0DA 3K5GA 3QP0A 3VV6A 4B05A 1EBWA 4DQHA 2OHKA 3TOGA 3EL9A 4QJ8A 5P5MA 1WBKA 1YTJA 4EQ0A 3OTYA 4GZFA 2Q11A 3LPJA 1QS8A 5P4NA 1BV9A 4BFBA 1FF0C 3O9DA 5OZIA 3CIDA 4RVJA 5DPZA 5P2IA 5P3UA 4J1KA 5OZLA 5P35A 5P6VA 5P2FA 3BC4A 5P1PA 3LIVA 4S1GA 5P55A 4YD6A 3AIDA 4Z4XA 2NMYA 3DOXA 4PZXA 3VV7A 5P6XA 2I0DA 5P1DA 2AVQA 5P5IA 1F34A 3U7SA 3FNTA 5P7NA 2O4SA 1NSOA 5P6FA 1AVFA 1QRPE 5OYXA 5JFPA 1OEXA 1ZSRA 1PFZA 5C9BA 3Q70A 2QI7A 5P6IA 4HVPA 3QROA 2PK5A 3VF3A 4RCEA 5OZ6A 4NPTA 2XFKA 5P2ZA 4WY6A 4DPIA 3D20A 4RCFA 4ZPFA 1MUIA 2NNKA 3HLOA 3QBHA 2JJIA 4BELA 1C6XA 5HCTA 3MXDA 1PPME 4GJ5A 4KB9A 3EL1A 5P1GA 5P4UA 2ZDZA 5P1ZA 3EKWA 5ENMA 5P3FA 4CPXA 4DQFA 3CMSA 5P87A 4Y50A 3SABA 1KJFA 1HRNA 1LYWA 5P3MA 1K6PA 3VCMA 3OWNA 2IGYA 3URJA 4NPUA 4FL8A 5HCOA 1Z1RA 4FAFA 3S43B 2QAKA 2HB2A 4CPSA 4OBJA 3ZKIA 2AVSA 3TOHA 4B78A 1ME6A 3Q5HA 4ZPEA 5P0RA 5P01A 5DQ4A 1D4SA 5JODA 4CPTA 3OQFA 3UTLA 5P0VA 4ZPGA 3QN8A 2R9BA 5KR0A 5P6HA 4J17A 3GGXA 2H6TA 4Y5LA 1BAIA 3T11A 5J25A 1HPXA 1IZIA 1GVVA 1HTFA 5OZ1A 2QNNA 5P46A 5OYVA 1MVPA 1VIJA 2PWCA 3KFSA 5AHBA 3VSWA 4B1DA 3HZCA 1MPPA 5KOSA 3QRMA 3BUGA 2QI3A 4GIDA 5KOQA 5P0YA 5P6KA 4RZ1A 1D4HA 3ZKQA 1GNOA 2AOFA 2WKZA 5P58A 3S85A 5ENKA 2HS1A 4YOBA 3TKGA 5IVTA 3ZPTA 4UPJA 5P45A 4Y3DA 1APVE 3UDYA 1KJ4A 3L5DA 3C9XA 3ZMGA 1BXQA 3BGCA 2OHMA 5P3GA 1A9MA 4Y4DA 5P09A 1LZQA 5P50A 5P6RA 4YD3A 3VFBA 2HC0A 2QMPA 5DQCA 2QI5A 5P4AA 2B8VA 4MC2A 1EC0A 2I4VA 4Y3JA 1VIKA 4K9HA 1B6MA 5P61A 3PHVA 5P13A 4I11A 3GI4A 5P3VA 4DQGA 5P2EA 2G1SA 1B5FA 4ZSRA 3S43A 4Q1WA 4DUSA 1PPLE 5OZKA 3KFPA 5P02A 5P40A 3PSUA 4K8SA 5P7OA 5P3IA 3TPJA 5OZWA 3UQUA 1EPQE 4TRZA 5P3NA 1W5YA 1HVIA 1HIVA 2AVVA 5P2CA 5AHCA 5P6MA 1KJHA 1KZKA 4CMSA 2VIJA 3HBOA 5P68A 5P6UA 1MT8A 3NDXA 4F76A 3IGBA 3S56A 4FAEA 5P28A 2APRA 5IVSA 5P8CA 1N49A 3OXCA 5P6QA 4TVGA 4Q5MA 1W51A 1E82E 1FEJC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NUJ A;  5P4Z A;  5OZ5 A;  1A94 A;  3D91 A;  5HVP A;  5P04 A;  2NPH A;  5DQ1 A;  4IVT A;  4LHH A;  4YCT A;  5OZC A;  3PEP A;  4QJ7 A;  1MER A;  5OZN A;  2AOC A;  5P3T A;  3DV1 A;  3SKF A;  2WHH A;  4CP7 A;  2QHC A;  3K4V C;  3KT5 A;  3CKT A;  4B0Q A;  1AID A;  1FMB A;  5P57 A;  3DJK A;  3PLD A;  4YD5 A;  5KR1 A;  2G1O A;  5P69 A;  4LBT A;  3S53 A;  4BFD A;  5P4T A;  4OBF A;  5P0T A;  1T7J A;  4OC6 B;  4Y5E A;  5P1X A;  2G69 A;  4Y43 A;  3ER5 E;  5FIV A;  3NDW A;  5OZ4 A;  1RQ9 A;  1B6K A;  5P66 A;  1M0B A;  3DV5 A;  5P0I A;  3PLL A;  1EPL E;  1ZJ7 A;  4QJ2 A;  4Y4A A;  3OAD A;  5IVQ A;  3GI6 A;  1OEW A;  2ZHT A;  4Y5B A;  1IZH A;  1YM2 A;  5P4X A;  4KE0 A;  3VLA A;  3EMY A;  3WZ6 A;  4Y3X A;  2HS2 A;  5KR2 A;  4Y3F A;  3QI1 A;  1NH0 A;  3WB4 A;  3I2L A;  7UPJ A;  3GGU A;  3VEU A;  1HPO A;  3PI0 A;  4PYV A;  2Q15 A;  2P3A A;  3EKP A;  1IDA A;  4Y48 A;  5P8M A;  3PM4 A;  3EKT A;  3H5B A;  3LIN A;  4OBZ B;  5COO A;  4EQJ A;  4R92 A;  2R8N A;  3INF A;  2AOE A;  1HTR B;  5P5F A;  5P2R A;  3FSM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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