3EKPA

Crystal structure of the inhibitor amprenavir (apv) in complex with a multi-drug resistant hiv-1 protease variant (l10i/g48v/i54v/v64i/v82a)refer: flap+ in citation
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIVGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekpA00
2O4NA 1K6PA 1EC0A 4OBZA 3SO9A 3FX5A 2FGVA 3LIVA 2Q63A 2WF1A 4UPJA 1MSNA 5FIVA 5P7FA 5P6HA 3R1GB 3TPPA 1N49A 4RROA 2G1NA 1G35A 3VLBA 4FE6A 1YTJA 5P5RA 3L5DA 3ZKNA 1TCXA 1BDQA 3EL1A 5P83A 2FXEA 4J1EA 3PI0A 1EBKC 5OYVA 5P60A 1EC3A 2I4VA 3JVYA 5OZMA 2QNPA 4JECA 3UDNA 3L5EA 1DW6C 2Q5KA 3ZMGA 2PWCA 3PM4A 1ZJ7A 2IKUA 5BWYA 5P3CA 5P08A 1UPJA 3D1YA 5P4UA 3PWMA 3EXOA 5P80A 5OZ8A 2B42A 3MSJA 5OZ6A 5JFPA 3URIA 2ZJIA 3PSGA 3IAWA 2QI7A 5OZHA 4OC6B 4WY6A 5COKA 3UFNA 4KE0A 4FL8A 5BS4A 2G1RA 2O4KA 2BQVA 3OQDA 5P0MA 5P7OA 1ZAPA 5P3AA 4AMTA 4H1EA 2A4FA 4R91A 1M43A 3QAAA 5P2OA 4J1KA 4DPFA 3CMSA 3R2FA 4Y5GA 4CPWA 1B5FB 4Y4TA 3VCMA 5P28A 3S2OA 1HVRA 2AOFA 3OXVA 5P23A 3VV7A 5F01A 3TPRA 5P3QA 4DJOA 1RPIA 5KR2A 2Q15A 4K4QA 3EKXA 4CPUA 5P1MA 4Y3DA 4Y4UA 3ZOVA 3SA8A 4LHHA 5P1OA 3OTYA 5P6EA 2R3TA 5P6PA 3WB5A 1APVE 3ZL7A 3FSMA 1DP5A 3G72A 5OZ3A 5OZCA 2VNMA 1BAIA 5P6SA 3HAUA 1GNOA 5P3EA 4Y47A 2VA6A 3SKFA 3LITA 2VIJA 2P3BA 3R4BA 4JPCA 4Y5LA 3OHFA 5HTZA 2WEAA 3FV3A 4YDGA 1HVLA 2WL0A 3QBFA 4I0GA 5P2IA 4CKUA 5P3ZA 1MESA 4Y3PA 1NSOA 5P3XA 3LIYA 5P1GA 1RV7A 3RSVA 2ZJLA 1PSAA 4Y4AA 4Y3JA 2AOHA 4Y5KA 2NMYA 5P5KA 3LINA 1MTBA 5APRE 3QRVA 3GI5A 5P6GA 2ZJHA 2J9JA 3O9AA 3BGCA 4RYGA 3QP0A 3UFLA 1AAQA 4J0VA 5P2GA 4Y3LA 4I0EA 4EQJA 3L38A 2QU2A 4A6CA 1QS8A 5P18A 3NYGA 1B11A 4A6BA 3T7XA 3INHA 3GI6A 2RSPA 4MC1A 5P4EA 5P3NA 4LBTA 3IVHA 2UXZA 5P45A 4B78A 1XDHA 3L5BA 5P7CA 4ZPFA 1CPIA 4CPQA 5P1CA 5C9BA 5P4ZA 3SABA 5UPJA 2VA5A 1GNMA 4I0JA 1EPQE 3TPLA 3D20A 3AIDA 3BHEA 4B77A 1HIIA 3I25A 1IDAA 3KDBA 5P1RA 4GJAA 4R8YA 2P8HA 5P24A 5HDXA 5P8AA 4J0YA 4Y48A 4EP3A 4EWOA 3VUCA 2V13A 6FIVA 1GVVA 5P02A 2R5PA 2O4LA 3KFSA 3OHHA 4Z50A 4BEKA 3QRSA 1APWE 3ZKMA 5P5NA 4J0ZA 4QJ9A 4DQBA 2HAHA 3LZVA 4Y3NA 4ZSMA 4Y4JA 2ZHVA 1K2CA 3PVKA 4ACXA 3RTHA 5P0YA 3UQRA 4R5NA 3CKTA 5OZKA 1G2KA 2QHYA 3L5CA 5P82A 2JJJA 4Y53A 4J0TA 3BVBA 3Q70A 4MC6A 3NWQA 5P1ZA 5P7ZA 3T7PA 2XYFA 3OAGB 4DJYA 5OZRA 4NJUA 4F74A 5P7YA 5P65A 1MVPA 5P2KA 2G22A 3IVIA 3Q5HA 4EXGA 2BKTA 4PYVA 1IZDA 5DQ2A 5P42A 3LZUA 1XE5A 5P2XA 5OZ1A 1BXQA 4HDFA 5P51A 3D3TA 5P69A 3L58A 4Y39A 1GVWA 4GMIA 4F75A 2IDWA 5OZZA 1LYAB 5P7IA 2SAMA 4ZEAA 3NXNA 3GI4A 3OTSA 5P6IA 1XS7D 1MTRA 5P70A 5P7AA 5KQFA 3KDCA 3NU4A 2BBBA 1G0VA 2F8GA 3APRE 3L3AA 1HSGA 4OD9A 4B70A 1T7JA 2P3CA 2Q54A 2FDDA 3I8WA 4DVFA 2IGYA 1META 5P68A 1XN3A 3PBDA 5P4OA 2CEJA 2UPJA 1NPVA 1OD1A 3MXDA 5P7DA 4HDPA 5P0QA 5P8NA 5P3MA 3T3CA 5OZLA 5P2UA 1W51A 4XX3A 5P86A 1EPLE 5AHAA 2QI4A 3SA6A 4Y5EA 1XN2A 2F3FA 4N00A 2ANLA 2OHNA 5IVSA 2HB2A 5P2HA 1MSMA 3LIZA 1EPPE 1B6MA 1D4LA 1EPOE 1BV9A 3UPJA 5HE7A 4A4QA 5P73A 5P88A 1HVJA 3K4VA 5P0KA 3GGAA 5P11A 4XXSA 3IXJA 4L7GA 4RRNA 3U7SA 4R95A 3GW5A 5OZ5A 5OZ4A 1KJ4A 2G1YA 2IGXA 4EJKA 3SKGA 1K6VA 4U7VA 2I1AA 5DPZA 4Y41A 1F34A 4FRJA 1RNEA 4X2LA 5PEPA 3UDHA 5P1TA 4GJ6A 2PSUA 3LIXA 3O9EA 5P0XA 1PSOE 3VV8A 4RLDA 1T6GA 5P3KA 3PWRA 2R43A 4KB9A 5P46A 2O4PA 1SMEA 5P77A 2AZ8A 2P3AA 5P20A 4CPXA 1HVKA 4Y3MA 5P1XA 1PFZA 1ZLFA 4Y4BA 5P58A 1IBQA 2B7FA 5P8CA 3K5FA 5P8LA 2I4QA 5P50A 3FNUA 5KOQA 1ZBGA 1KJ7A 3OK9A 5P8TA 1C6XA 3LZSA 1NPAA 5P4PA 4BELA 4J0PA 4YD5A 1PROA 6APRE 2PQZA 1Z1HA 5P74A 3S8IA 5P12A 5P5TA 5P0WA 1APUE 5T4SA 1RQ9A 5E5JA 4I1CA 1HXWA 4J5JA 2WEBA 3N4LA 4ZSRA 3S43A 4GJDA 3DV5A 5P5UA 1B6JA 2Z54A 5P5WA 5P6YA 4RCFA 5P8PA 4CMSA 5P4QA 2QNNA 1LF3A 1SIVA 1DPJA 5P0FA 2HPFA 1VIJA 3OUCA 4XX4A 4OBJA 4FGXA 4DFGA 1WKRA 2QK5A 1IZIA 3URLA 5F00A 1PPKE 3QBHA 5P64A 1HXBA 5AH8A 3I2LA 5P40A 1BILA 5OYZA 3NWXA 4I0DA 5P76A 1CZIE 1DIFA 4K4RA 3QRMA 1DMPA 5C9DA 5P3LA 1HEFE 3TOHA 4DQHA 4ER4E 3D1ZA 3NU3A 2JXRA 5I70A 2ER6E 2J9KA 5P55A 5SY3A 4L1AA 5P27A 5P1YA 3D91A 4S1GA 4L7HA 2PYMA 1YX9A 3TTPA 5HU1A 3INEA 4LAPA 1HTRB 5OZGA 3EKQA 2OHPA 3MWSA 2WF2A 2ZJKA 3QIHA 5P8EA 4GJ9A 3WZ7A 2QCIA 5P1KA 1FG8C 2IL2A 5P4RA 3UDPA 3T11A 3DJKA 4F76A 2QZLA 1WBMA 1AVFA 2PMAA 5P87A 5P75A 5P35A 5P0PA 3HVGA 1FG6C 1EAGA 1D4JA 5P8SA 3NU6A 2AOIA 1IVPA 5P4VA 5P7PA 1SBGA 2ZHTA 4LC7A 1W50A 5P3DA 1PPLE 3NDWA 2FLEA 2I4WA 2R3WA 4Y5BA 4J17A 3EM4A 5P6JA 2G20A 5E5KA 1SH9A 5P5GA 1Q9PA 3UHLA 3IGBA 5P6LA 2ER7E 4DQEA 4OBKA 4APEA 4YA8A 5DQ5A 5P3HA 2I0AA 4Y9WA 3ZKIA 5P8VA 5P3YA 3BXSA 3PJ6A 3PWWA 3NU5A 4Y43A 5P2WA 1AJVA 5DR4A 5P0VA 5P5BA 5P56A 4Y38A 2AODA 3GGUA 2QZXA 4AZYA 3GI0A 5P0JA 4Y3QA 2G94A 3RTNA 4M8YA 2F3EA 1T3RA 3LPJA 1Z8CA 2R8NA 5P0UA 2QAKA 5P4MA 3CYWA 3UDRA 3PSYA 3N3IA 5P3SA 2CEMA 5HDUA 1SP5A 3K5CA 1FQ6A 4Y5AA 1HRNA 3O9FA 2FNSA 2BJUA 5P6DA 2QI6A 3NXEA 4LL3A 3OU4A 4Y51A 1E5OE 1XL5A 4EJ8A 4YBIA 5P4TA 2ZE1A 5OYQA 4HDBA 3SM2A 4FRSA 5P36A 5OYUA 4E43A 4Y44A 5P4BA 4K8SA 2RKFA 1BBSA 3QVIA 5P5FA 1MRWA 4HLAA 3TOGA 5P2LA 4Q5MA 4Y6MA 3OUDB 5P7NA 4FAEA 2Z4OA 1W6IA 2BB9A 1MT8A 8HVPA 5OZUA 2ASIA 4LP9A 5P07A 1QRPE 5P2YA 1EPME 2OHQA 3FIVA 5P5EA 4EJDA 4Y35A 3UQUA 5SY2A 3OQAA 3CYXA 3VV6A 3K5GA 2Q3KA 4Y4EA 2VJ7A 5IS4A 3QI1A 3DK1A 3OWNA 5P7HA 4CP7A 4ZLSA 1IZEA 4NPTA 5P66A 4ZPEA 2Q11A 1EC1A 3OXCA 4FRKA 3CKPA 3UTLA 2G1OA 5P0OA 1QDMA 1LYBB 2HB3A 4J1HA 5I3WA 1MERA 1MT7A 5P0SA 3PSUA 1K1UA 3DCKA 5P81A 4Q1YA 1MT9A 5P0NA 5P44A 1HHPA 3U6AA 1B6LA 3UQWA 4YCKA 4HVPA 5HCOA 5P04A 4FIVA 3KM4A 3RSXA 1HOSA 1YTGA 2G26A 3NUJA 4I0HA 5SZ9A 2BPWA 5OZ0A 3O9LB 3PCWA 4EHCA 4GJCA 3UQPA 5I3YA 5P34A 5P6VA 5P2VA 3QPJA 5P8DA 5P1EA 3ER5E 1KJHA 4OBHA 3A2OA 1SDVA 4GJ5A 3CKRA 3O9CA 2AOGA 5OZEA 2QU3A 3S7MA 3ZPUA 3CIDA 4FRIA 4Y4GA 1EBWA 2EWYA 5P16A 5P7SA 3HLOA 1ME6A 4K9HA 5COOA 4OD9B 2PH6A 3H0BA 3IA9A 2R38A 2OHSA 5CONA 1KZKA 5P2EA 3L59A 2ZYEA 5P3BA 1HTFA 5P1DA 5AHCA 4Y5PA 4DV9A 2FGUA 3F9QA 5KQYA 5OZTA 3ZKXA 1ZPAA 2VA7A 4WTUA 3VG1A 4Y3TA 4PPHA 2B8VA 3O9HA 3I7EA 1J71A 2A1EA 2QD8A 4CPTA 1TSUA 3SLZA 1SDUA 3OU3A 5P0HA 1IZHA 3UDYA 5OZPA 1BDLA 3BGBA 1AXAA 1HIHA 4OBGA 4AA8A 4YCTA 1GVTA 2APRA 5P4FA 5KR8A 2VNNA 2QZWA 3NUOA 2G24A 1T7KA 3OU1B 3OADB 4Y57A 4Y4ZA 2PK5A 1FFFC 2FDPA 4Q1XA 2IENA 3UDKA 1OEWA 1D4IA 4ZE6A 1M0BA 1LYWA 5P29A 4YD7A 3SA4A 2NXLA 2WF0A 1AZ5A 5ER1E 2HIZA 3PHVA 1HIVA 1ZTZA 5P13A 2HPEA 5P0IA 5DR1A 5P22A 2AVSA 3I6OA 2AOCA 3EC0A 1LF4A 4Y37A 5P3RA 4ACUA 5HCTA 5P7GA 4Z4XA 5OZIA 2AQUA 5P6CA 3LNKA 2ZHRA 5AGZA 4CPRA 5P57A 2ZJMA 1YM2A 2FIVA 5P7RA 4Y3HA 1B6PA 4RVXA 5P2AA 5P4DA 2NNPA 4I8WA 4D88A 3O9GA 4YD4A 5P1JA 2BPYA 5P5LA 3SFCA 4DUSA 4FAFA 5P5HA 4APRE 3HVPA 4J1IA 3K1WA 1FQ7A 3BVAA 5P1LA 3S85A 4Y3AA 1GVXA 5AH7A 4BFBA 3ZPSA 2QHZA 1K6TA 3ECGA 5P5DA 3VEUA 1EC2A 5P85A 5P8OA 4H3IA 5P53A 2P3DA 3TOFA 2NXMA 3RVIA 3TLHA 2WEZA 4YHQA 2P83A 2QI0A 3DOXA 2QD6A 4NPUA 3GGVA 4IVTA 4Y36A 1APTE 4EYRA 3G6ZA 4YOBA 3VF5A 3SA7A 1B6KA 2FDEA 5P7QA 5HDZA 4B00A 3QROA 3S54A 3OGQA 1OEXA 5P1QA 5P1IA 4DPIA 5P4LA 3VF3A 1BIMA 4RVJA 1FFIC 2QHCA 4FSLA 1EBYA 1NH0A 3LIQA 3OUAA 1SDTA 2V16C 4NJVA 4Y5NA 4YCYA 2B60A 5I3XA 2G1SA 5BRYA 4BFDA 2HS2A 5P5OA 2NPHA 4M8XA 3OAGA 1UH7A 4FCOA 5P6AA 3QN8A 4YBFA 3AUPA 1PPME 4QLHA 3SACA 5JG1A 4Y3YA 4OBZB 4DJWA 2ER9E 2O4SA 5P6UA 3VLAA 4DH6A 4B1EA 4TVHA 3S7LA 1IVQA 3KMYA 2XFJA 4GIDA 4OBDA 5P3WA 3UCBA 1FLHA 4PZXA 5OYRA 1LYAA 4U7QA 2VJ9A 5KR0A 1K1TA 2AIDA 4YD3A 1WBKA 1UH8A 5ER2E 4J1CA 5P4HA 1CMSA 5P1WA 4YD6A 5OZ7A 3TKWA 4FM7A 3ZPTA 3EL5A 1FQXA 1FMUA 4EQ0A 2NNKA 4EJLA 5P5XA 5IVRA 4Y3ZA 3HAWA 1JLDA 3OXXA 3H5BA 4D85A 1HSIA 5KOSA 5P7LA 3VFBA 4Y5CA 5P52A 5P6MA 5JFUA 5OZQA 5OZDA 5KQZA 3ST5A 5P6BA 2VIYA 5OZJA 3OQFA 5DQ1A 3RTMA 3EMYA 2ZJNA 1M4HA 1HTGA 3D1XA 3UQXA 5P1BA 2O40A 3KFPA 4DJRA 4Y3SA 4B72A 4J1FA 3OQ7A 4FM8A 4EXHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O4N A;  1K6P A;  1EC0 A;  4OBZ A;  3SO9 A;  3FX5 A;  2FGV A;  3LIV A;  2Q63 A;  2WF1 A;  4UPJ A;  1MSN A;  5FIV A;  5P7F A;  5P6H A;  3R1G B;  3TPP A;  1N49 A;  4RRO A;  2G1N A;  1G35 A;  3VLB A;  4FE6 A;  1YTJ A;  5P5R A;  3L5D A;  3ZKN A;  1TCX A;  1BDQ A;  3EL1 A;  5P83 A;  2FXE A;  4J1E A;  3PI0 A;  1EBK C;  5OYV A;  5P60 A;  1EC3 A;  2I4V A;  3JVY A;  5OZM A;  2QNP A;  4JEC A;  3UDN A;  3L5E A;  1DW6 C;  2Q5K A;  3ZMG A;  2PWC A;  3PM4 A;  1ZJ7 A;  2IKU A;  5BWY A;  5P3C A;  5P08 A;  1UPJ A;  3D1Y A;  5P4U A;  3PWM A;  3EXO A;  5P80 A;  5OZ8 A;  2B42 A;  3MSJ A;  5OZ6 A;  5JFP A;  3URI A;  2ZJI A;  3PSG A;  3IAW A;  2QI7 A;  5OZH A;  4OC6 B;  4WY6 A;  5COK A;  3UFN A;  4KE0 A;  4FL8 A;  5BS4 A;  2G1R A;  2O4K A;  2BQV A;  3OQD A;  5P0M A;  5P7O A;  1ZAP A;  5P3A A;  4AMT A;  4H1E A;  2A4F A;  4R91 A;  1M43 A;  3QAA A;  5P2O A;  4J1K A;  4DPF A;  3CMS A;  3R2F A;  4Y5G A;  4CPW A;  1B5F B;  4Y4T A;  3VCM A;  5P28 A;  3S2O A;  1HVR A;  2AOF A;  3OXV A;  5P23 A;  3VV7 A;  5F01 A;  3TPR A;  5P3Q A;  4DJO A;  1RPI A;  5KR2 A;  2Q15 A;  4K4Q A;  3EKX A;  4CPU A;  5P1M A;  4Y3D A;  4Y4U A;  3ZOV A;  3SA8 A;  4LHH A;  5P1O A;  3OTY A;  5P6E A;  2R3T A;  5P6P A;  3WB5 A;  1APV E;  3ZL7 A;  3FSM A;  1DP5 A;  3G72 A;  5OZ3 A;  5OZC A;  2VNM A;  1BAI A;  5P6S A;  3HAU A;  1GNO A;  5P3E A;  4Y47 A;  2VA6 A;  3SKF A;  3LIT A;  2VIJ A;  2P3B A;  3R4B A;  4JPC A;  4Y5L A;  3OHF A;  5HTZ A;  2WEA A;  3FV3 A;  4YDG A;  1HVL A;  2WL0 A;  3QBF A;  4I0G A;  5P2I A;  4CKU A;  5P3Z A;  1MES A;  4Y3P A;  1NSO A;  5P3X A;  3LIY A;  5P1G A;  1RV7 A;  3RSV A;  2ZJL A;  1PSA A;  4Y4A A;  4Y3J A;  2AOH A;  4Y5K A;  2NMY A;  5P5K A;  3LIN A;  1MTB A;  5APR E;  3QRV A;  3GI5 A;  5P6G A;  2ZJH A;  2J9J A;  3O9A A;  3BGC A;  4RYG A;  3QP0 A;  3UFL A;  1AAQ A;  4J0V A;  5P2G A;  4Y3L A;  4I0E A;  4EQJ A;  3L38 A;  2QU2 A;  4A6C A;  1QS8 A;  5P18 A;  3NYG A;  1B11 A;  4A6B A;  3T7X A;  3INH A;  3GI6 A;  2RSP A;  4MC1 A;  5P4E A;  5P3N A;  4LBT A;  3IVH A;  2UXZ A;  5P45 A;  4B78 A;  1XDH A;  3L5B A;  5P7C A; 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 3O9E A;  5P0X A;  1PSO E;  3VV8 A;  4RLD A;  1T6G A;  5P3K A;  3PWR A;  2R43 A;  4KB9 A;  5P46 A;  2O4P A;  1SME A;  5P77 A;  2AZ8 A;  2P3A A;  5P20 A;  4CPX A;  1HVK A;  4Y3M A;  5P1X A;  1PFZ A;  1ZLF A;  4Y4B A;  5P58 A;  1IBQ A;  2B7F A;  5P8C A;  3K5F A;  5P8L A;  2I4Q A;  5P50 A;  3FNU A;  5KOQ A;  1ZBG A;  1KJ7 A;  3OK9 A;  5P8T A;  1C6X A;  3LZS A;  1NPA A;  5P4P A;  4BEL A;  4J0P A;  4YD5 A;  1PRO A;  6APR E;  2PQZ A;  1Z1H A;  5P74 A;  3S8I A;  5P12 A;  5P5T A;  5P0W A;  1APU E;  5T4S A;  1RQ9 A;  5E5J A;  4I1C A;  1HXW A;  4J5J A;  2WEB A;  3N4L A;  4ZSR A;  3S43 A;  4GJD A;  3DV5 A;  5P5U A;  1B6J A;  2Z54 A;  5P5W A;  5P6Y A;  4RCF A;  5P8P A;  4CMS A;  5P4Q A;  2QNN A;  1LF3 A;  1SIV A;  1DPJ A;  5P0F A;  2HPF A;  1VIJ A;  3OUC A;  4XX4 A;  4OBJ A;  4FGX A;  4DFG A;  1WKR A;  2QK5 A;  1IZI A;  3URL A;  5F00 A;  1PPK E;  3QBH A;  5P64 A;  1HXB A;  5AH8 A;  3I2L A;  5P40 A;  1BIL A;  5OYZ A;  3NWX A;  4I0D A;  5P76 A;  1CZI E;  1DIF A;  4K4R A;  3QRM A;  1DMP A;  5C9D A;  5P3L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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