4F76A

Crystal structure of the active hiv-1 protease in complex with the products of p1-p6 substrate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase product
molecule keywords Protease
publication title Crystal Structure of the active HIV-1 Protease in Complex with the products of p1-p6 substrate
rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4f76A00
4HA5A 4YCKA 4RLDA 2AVQA 2O4LA 1CZIE 9HVPA 3VG1A 4GMIA 5P0FA 2B7ZA 5P50A 3PRSA 3ZMGA 5P1SA 5P3LA 3OTSA 3SFCA 2I4XA 5DQ2A 2AOCA 2PSGA 4Y3DA 1YTHA 4L7JA 1MSNA 3QI1A 3TOHA 4Y4BA 2HIZA 5P7AA 2WKZA 2V12C 3RVIA 2R8NA 1APUE 5P7SA 5P1UA 5P89A 2V16C 4YOBA 5P29A 4X7IA 4KE0A 5P1FA 3T6IA 5P2IA 4D83A 2G26A 1SIVA 4DPFA 2Z4OA 1MTRA 3KT2A 2HPFA 3KA2A 4B0QA 1RL8A 2I4UA 4OBFA 3L5EA 1MEUA 4Y57A 5I70A 3M9FA 4B1DA 1YM2A 4OBDA 4CPRA 2FGVA 2JYSA 4I0GA 3EL0A 5P51A 3RTHA 5OZ7A 3L3AA 3IXOA 2R9BA 2OHQA 2AQUA 4Y3HA 5DR8A 4U8WA 1ME6A 1PROA 2G24A 3TOFA 3ZOVA 1XE5A 3TLHA 5P3TA 1M4HA 3PLLA 1SP5A 1IVPA 1Z1RA 4YE3A 1KJHA 5P1JA 2ANLA 4I8WA 4B1CA 3APPA 5P2WA 4J1EA 1HIIA 5P7MA 4FM8A 4QJ2A 2R38A 3QBHA 4Y44A 5OYQA 6UPJA 4CPQA 4Y5BA 5P1XA 3LPJA 4CKUA 5HCTA 3LPIA 3UDKA 6APRE 1TSQA 3FSMA 4Y35A 4DJXA 5P08A 2RSPA 3I8WA 5P0BA 3IVIA 4Y5EA 2G94A 2O4NA 4Y4UA 3NDXA 4LC7A 5KOQA 1W5WA 3S53A 3EKPA 4J1IA 5DQ5A 1G0VA 3O9GA 5P42A 2HB2A 5ER2E 4EJ8A 5P0MA 1LYWA 5P4IA 3OY4A 3VSWA 4I0ZA 2WECA 5OYSA 5P7WA 3UCBA 2B42A 4RRNA 1B6KA 1EBYA 4YD6A 1K1TA 1SDUA 4LBTA 5OZBA 5OZWA 2G27A 5P7YA 4Y56A 2FDPA 3O9HA 1G35A 1GVTA 1KJGA 1FQ7A 3HZCA 4Y5NA 1E81E 1XN3A 3ZKGA 5KR8A 4OBKA 2PK5A 2QZXA 4RYCA 5OYRA 5P05A 3RSVA 5P4PA 5OZ6A 5P84A 1XE6A 5P47A 2F80A 5HTZA 1D4JA 1EBWA 5P8JA 1LYBB 2OHNA 4DI2A 5P1QA 3T7QA 1W50A 3T3CA 4DJQA 5P56A 5P3JA 1K2CA 1META 2WF0A 5P2AA 1HBVA 5P7TA 1ZAPA 1BV7A 3NWQA 5P68A 5DR3A 5P5XA 4A4QA 5OZ4A 1HVRA 3OUBA 2RKFA 3ZKNA 1D4YA 4RVXA 5P7HA 5P6AA 2AODA 1A9MA 5P8IA 1D4HA 5JFUA 1FKNA 5P6XA 4B78A 1CMSA 3OGQA 1GVVA 4HDPA 4Y38A 3FNTA 4N00A 4Y4EA 3OGPA 3S56A 3CYXA 4COEA 4KUPA 1IZHA 2O4KA 5P00A 1KJ7A 5P1TA 2ZHVA 5P71A 5P09A 4I0EA 5AH9A 4EYRA 4MC2A 1OHRA 2B8VA 5P24A 3OQ7A 2I4VA 3LZYA 2VS2A 5P83A 5P7ZA 4HEGA 5P1AA 1BWBA 4CPSA 1C6YA 2AZ8A 5P4QA 3KFRA 5OYXA 2O40A 2VJ9A 5KQXA 1RV7A 1OEWA 3ECGA 5P57A 4Z22A 4Y4ZA 5P40A 4Y53A 2JXRA 2BKSA 2Q15A 4J0YA 5P79A 2P83A 2R5QA 4HVPA 3RTMA 4KB9A 3Q70A 5DR4A 1ZTZA 3OQKA 2B8LA 4FIVA 4OBJA 5P5PA 3PB5A 3R2FA 2MIPA 5IVSA 1EPOE 4DJWA 1PFZA 3BXRA 5P0CA 5P67A 3TPRA 2V11C 1ER8E 3TH9A 3BGCA 3LZVA 3HAUA 3SPKA 3BUGA 2UPJA 2NPHA 1MPPA 5P39A 3UTLA 1LF4A 4Y37A 2P3AA 2Q63A 1HIHA 5OYTA 2QMGA 3B80A 3PWMA 2AOHA 2ZHTA 4YD7A 5P80A 5P4HA 3LIVA 5OYYA 1KJ4A 4ZE6A 2IENA 5P5ZA 5P2OA 1HSHA 4PYVA 4J1CA 3HDKA 3UDJA 3BHEA 4J5JA 4K4QA 5P6UA 3VLAA 5P7IA 4EJDA 5P41A 1K2BA 2OHRA 5F01A 3OAGB 1T6EX 5P5VA 2ZDZA 3IVHA 5P2LA 3D91A 1BDRA 4Y50A 1AXAA 5P2MA 4YD5A 1K6PA 5P69A 3LNKA 4YBIA 4Y4JA 1BXOA 1QRPE 1ZPKA 1FFIC 2FXDA 3AIDA 2FLEA 4Y3WA 2ZHUA 3L5DA 5P4BA 4FS4A 1KJFA 1FG8C 3HBOA 5OZZA 2NTRA 5P3HA 4OD9B 2FDEA 4GZFA 2QNPA 4EJLA 1YM4A 2QP8A 4RYGA 5P14A 2WEDA 3SA9A 3KFNA 5P6MA 4LAPA 4Y3QA 2Q55A 3UQPA 2V10C 2HB4A 3BRAA 3SM1A 5P5BA 5P2FA 4DJUA 1G2KA 3VYDA 1HRNA 2AZ9A 3EKQA 4RCEA 1MVPA 5P0PA 5P7FA 5P54A 1EC1A 5P5NA 5P6EA 5P35A 2BKTA 2P3CA 5P4MA 2H6TA 2QNNA 3TTPA 3SACA 3LIZA 3OHHA 4Y5PA 4APRE 1SMRA 5P0KA 2AVVA 3CYWA 2APRA 2VJ6A 5P5TA 5OZEA 5P8LA 4J0ZA 3PMYA 3QN8A 5P4KA 5P6LA 5P78A 5P87A 1APTE 2PK6A 3VSXA 3KM4A 2VIJA 2JE4A 5OZHA 4GJCA 5P82A 5P19A 1DPJA 3QRVA 2R5PA 3KFSA 4GIDA 8HVPA 4OD9A 2IL2A 5C9DA 2ER9E 2QCIA 3S85A 2NR6A 3WZ8A 4YD3A 5P1CA 3EM3A 5I3XA 4AZYA 4NKKA 3BUFA 1HVCA 4Y4TA 2RENA 4GJBA 4I11A 2IRZA 2PSUA 2P3DA 5P7CA 2AZBA 5KQYA 4BEKA 1ODYA 5P3KA 4I8ZA 4Z50A 2VA5A 4Q1YA 1GNNA 2ER6E 5P8VA 4ZPGA 1PSNA 2I4QA 3NDTA 5P5KA 2QU2A 6FIVA 5P8HA 5E5KA 3FV3A 2NXLA 1ZSFA 3H5BA 3L38A 5P5JA 1YX9A 5KR0A 2SAMA 4BFDA 4JPEA 5ENKA 3ST5A 2PWRA 3QVIA 5P3DA 2QD7A 3T7XA 4EQJA 4YOAA 5P8CA 4B70A 3QBFA 1YTJA 3VFBA 5BRYA 2ZJMA 4HE9A 4JOOA 2RKGA 4Q1XA 3FNSA 5P1EA 3N4LA 1NPVA 1FF0C 3O9DA 4J1HA 4J54A 2FNTA 1IZEA 1VIKA 2Q11A 2AOFA 2PC0A 5OZQA 5P26A 1D4IA 2G1OA 5P77A 1LV1A 2F3EA 1B6MA 2WF3A 1MTBA 4YDFA 4Y51A 4GJDA 3EL9A 2VA6A 1ODWA 5P5UA 1ODXA 1SIPA 5P1RA 3ZKXA 5P1IA 5P8OA 5P7QA 2BQVA 4EQ0A 5ENMA 2AVOA 1FQ6A 4CPUA 5SY3A 5P02A 4CP7A 1U8GA 3Q4BA 5OZYA 1EBZA 1K6VA 3PJ6A 2G21A 3DV5A 4Y5CA 4TRZA 4H3IA 2ZE1A 4LXKA 1WBKA 1BXQA 5IVTA 3INDA 3SA6A 5P4YA 5P6VA 5P48A 5P8SA 2IKOA 3UDNA 2UXZA 2ZHSA 3APRE 3MXDA 3L5BA 1Z8CA 3ZKIA 1IDBA 1G6LA 4Y4XA 4ZIPA 2HS1A 3BGBA 2I1AA 5AHAA 1QBTA 2ZYEA 5P1WA 5P55A 2QI7A 3IAWA 3ZKSA 3GI5A 1LYWB 5P31A 4CPTA 3PI5A 3K4VA 1HHPA 3QIHA 7UPJA 5KR2A 2G1SA 3INFA 2XFJA 1T3RA 2WEZA 3EM4A 3VCMA 5COKA 5KR1A 4Y3JA 5B18A 1NPWA 4GYEA 1MRXA 4MC1A 5P8FA 5P7JA 3OU4A 4HZTA 2WL0A 3QRMA 1BILA 3Q6YA 2WHHA 3HW1A 5P5SA 1FFFC 2ASIA 3I7EA 4Y43A 2Q54A 4Y3ZA 5P6TA 3KN0A 4H1EA 5P34A 4L1AB 5AHBA 3EC0A 1FQ8A 5P1GA 4I0FA 2QHCA 4Y5MA 4RGHA 5HD0A 1BBSA 5OZNA 5P3XA 3KMXA 5ISKA 1M43A 4YDGA 3SM2A 2Z54A 3OUDA 5P17A 4DH6A 4Y48A 1BWAA 1SDVA 5IE1A 3SAAA 5P44A 5P5CA 1IDAA 5P7XA 3GI0A 5P63A 4NJSA 2HB3A 3G72A 4Y5GA 2H6SA 4NJUA 1APVE 5OZOA 1B6PA 4AUCA 5P15A 5P3CA 1LF3A 2ZJNA 2JJIA 4B77A 4LXMA 3LITA 4OC6A 5HU0A 5OYZA 5P3GA 5P64A 3WSJA 3PWWA 5KOSA 1PSOE 3C9XA 5P3RA 2BPYA 3PCZA 4Y3NA 1DIFA 3OU1A 5P8BA 3EKYA 1HVHA 5BWYA 4A6CA 3UDHA 2WF4A 2QD8A 1HPSA 4GB2A 1MT9A 4IVTA 1XL2A 4H3GA 4L1AA 1EPNE 4BFBA 1NPAA 4ZLSA 4FSLA 5P1LA 2BBBA 3JW2A 5P2DA 2VIEA 2AVMA 3O9LA 2V00A 5P8PA 5OZGA 2QD6A 1AZ5A 1DAZC 3S7MA 1EC3A 5OZJA 4XX4A 4B05A 3NU9A 5OYUA 1MRWA 2FXEA 4FSEA 2OHSA 3NDWA 4L7HA 3SA7A 4GJ6A 1HIVA 2FMBA 1BV9A 3NLSA 1NSOA 2NNKA 4DQEA 1XDHA 1LS5A 4J1KA 3UQXA 3EL5A 5P66A 2IDWA 4S1GA 5P2GA 2NNPA 5P4UA 1A94A 3KDBA 1BDQA 5P4EA 5UPJA 1MSMA 5P3OA 5P86A 4FGXA 2WJOA 4U7QA 1MUIA 4FCOA 2F3FA 1KZKA 5SZ9A 3VF5A 3KF0A 2QZWA 3D3TA 1MIQA 2FS4A 1HVKA 2AOEA 3PGIA 2EWYA 3KT5A 5OZXA 5P58A 5P04A 2QHZA 3DUYA 4YA8A 2B7FA 4Z2ZA 3K5CA 5P1PA 1HPVA 2QK5A 1T6GA 5DQCA 3QP0A 5P49A 4ER1E 5APRE 1FEJC 4JP9A 5P0NA 5P1BA 5P70A 1B5FA 1E5OE 2A4FA 4J55A 4J1FA 1FIVA 1B6LA 4B00A 2PYNA 1PPME 5IVQA 5P7EA 4AA9A 5J25A 4LP9A 5P2BA 3EM6A 2AZCA 5P0LA 3NU3A 4Y5LA 5P22A 4Y4WA 5P5EA 4FRSA 1MT7A 3ZKMA 5C9BA 3R4BA 2F8GA 4CPXA 4NJTA 3O9EA 3HVPA 5AH8A 5HDUA 4I1CA 5JODA 3PLDA 5JFPA 3ER5E 5P6IA 5P72A 4ER4E 2IEOA 3I25A 4LXAA 3QROA 1PPLE 5DR0A 2AOJA 2VIYA 1EEDP 1FGCC 3WZ6A 4X2LA 1OD1A 5P11A 5P27A 5P0ZA 3S43A 3ER3E 5P8EA 2B60A 4Z4XA 5P23A 1CPIA 4YBFA 5P13A 1WBMA 5IVRA 4R8YA 5P6KA 5P2RA 3SA5A 1HSGA 2OF0A 1F7AA 2OHTA 5P45A 5P75A 3SQFA 3OXWA 1D4LA 4DJOA 4RCFA 4AA8A 5OZVA 3LIYA 3SKGA 4ACXA 1FLHA 5P7VA 2XFKA 3PCWA 4EHCA 5OZSA 3LIQA 3FIVA 2J9JA 5OZLA 5AHCA 2NXMA 5P10A 1HTFA 2PYMA 2V0ZC 5P7UA 4QLHA 5E5JA 5P03A 1SGZA 5P7RA 3HVGA 3ZLQA 5P6PA 1FQXA 1EPLE 1D4SA 4TRWA 3JVYA 4GJAA 3WZ7A 1EPME 4FE6A 3UDQA 2WF1A 5P8DA 1GVUA 4R95A 5DR7A 1RQ9A 1SBGA 1QS8A 2A1EA 5C9FA 3OADA 1K1UA 5P3MA 4YCYA 5P16A 4Y3GA 1HPOA 4RRSA 1QBRA 3HAWA 1TQFA 4CPWA 5P4CA 1QBSA 5P4VA 5P30A 2FGUA 3LZUA 2QI5A 3I6OA 2IKUA 5HE7A 2O4SA 3UDYA 2AVSA 4EP2A 5P6BA 1PPKE 3ZPUA 5CONA 5P4JA 5OZAA 1TCWA 1BDLA 4Y3LA 4I10A 3NU5A 4RCDA 3TKGA 4XKXA 1E82E 5EZZA 3TKWA 5P2EA 5OZTA 5P2VA 1EPQE 3LZSA 3SO9A 5P0RA 2G1NA 3TPJA 3SABA 5P81A 3O9IA 5CLMA 1A8KA 3DCRA 5P7KA 5P6FA 3DCKA 4FM6A 4F73A 5P53A 1ZJ7A 5HDXA 2OHPA 3L5FA 1MESA 3IA9A 4NPUA 4Y4DA 5P6SA 3OQFA 1W51A 3D1XA 2IS0A 3MSLA 3LINA 1GNMA 5BS4A 3SA4A 4DUSA 4PEPA 2PSVA 3PSUA 5DGWA 3UDMA 3U6AA 5P5LA 5P3BA 1AVFA 4OBZA 5P37A 4JPCA 4K4PA 3OTYA 2Q64A 1LYAB 1B11A 3OHFA 3VYFA 3NXEA 5P32A 5HE5A 1HOSA 5P4LA 2P4JA 3NDUA 1HTEA 3LIXA 2QHYA 4Y9WA 3IXKA 2CEJA 5P3SA 3BXSA 4ZSRA 2HS2A 4R5NA 2VIZA 1FB7A 3PMUA 2FIVA 1HVIA 3K5FA 4I0IA 3UPJA 4YD4A 1UH8A 2QAKA 5P8RA 2XYEA 5P8NA 3VF3A 5OZCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HA5 A;  4YCK A;  4RLD A;  2AVQ A;  2O4L A;  1CZI E;  9HVP A;  3VG1 A;  4GMI A;  5P0F A;  2B7Z A;  5P50 A;  3PRS A;  3ZMG A;  5P1S A;  5P3L A;  3OTS A;  3SFC A;  2I4X A;  5DQ2 A;  2AOC A;  2PSG A;  4Y3D A;  1YTH A;  4L7J A;  1MSN A;  3QI1 A;  3TOH A;  4Y4B A;  2HIZ A;  5P7A A;  2WKZ A;  2V12 C;  3RVI A;  2R8N A;  1APU E;  5P7S A;  5P1U A;  5P89 A;  2V16 C;  4YOB A;  5P29 A;  4X7I A;  4KE0 A;  5P1F A;  3T6I A;  5P2I A;  4D83 A;  2G26 A;  1SIV A;  4DPF A;  2Z4O A;  1MTR A;  3KT2 A;  2HPF A;  3KA2 A;  4B0Q A;  1RL8 A;  2I4U A;  4OBF A;  3L5E A;  1MEU A;  4Y57 A;  5I70 A;  3M9F A;  4B1D A;  1YM2 A;  4OBD A;  4CPR A;  2FGV A;  2JYS A;  4I0G A;  3EL0 A;  5P51 A;  3RTH A;  5OZ7 A;  3L3A A;  3IXO A;  2R9B A;  2OHQ A;  2AQU A;  4Y3H A;  5DR8 A;  4U8W A;  1ME6 A;  1PRO A;  2G24 A;  3TOF A;  3ZOV A;  1XE5 A;  3TLH A;  5P3T A;  1M4H A;  3PLL A;  1SP5 A;  1IVP A;  1Z1R A;  4YE3 A;  1KJH A;  5P1J A;  2ANL A;  4I8W A;  4B1C A;  3APP A;  5P2W A;  4J1E A;  1HII A;  5P7M A;  4FM8 A;  4QJ2 A;  2R38 A;  3QBH A; 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 3INF A;  2XFJ A;  1T3R A;  2WEZ A;  3EM4 A;  3VCM A;  5COK A;  5KR1 A;  4Y3J A;  5B18 A;  1NPW A;  4GYE A;  1MRX A;  4MC1 A;  5P8F A;  5P7J A;  3OU4 A;  4HZT A;  2WL0 A;  3QRM A;  1BIL A;  3Q6Y A;  2WHH A;  3HW1 A;  5P5S A;  1FFF C;  2ASI A;  3I7E A;  4Y43 A;  2Q54 A;  4Y3Z A;  5P6T A;  3KN0 A;  4H1E A;  5P34 A;  4L1A B;  5AHB A;  3EC0 A;  1FQ8 A;  5P1G A;  4I0F A;  2QHC A;  4Y5M A;  4RGH A;  5HD0 A;  1BBS A;  5OZN A;  5P3X A;  3KMX A;  5ISK A;  1M43 A;  4YDG A;  3SM2 A;  2Z54 A;  3OUD A;  5P17 A;  4DH6 A;  4Y48 A;  1BWA A;  1SDV A;  5IE1 A;  3SAA A;  5P44 A;  5P5C A;  1IDA A;  5P7X A;  3GI0 A;  5P63 A;  4NJS A;  2HB3 A;  3G72 A;  4Y5G A;  2H6S A;  4NJU A;  1APV E;  5OZO A;  1B6P A;  4AUC A;  5P15 A;  5P3C A;  1LF3 A;  2ZJN A;  2JJI A;  4B77 A;  4LXM A;  3LIT A;  4OC6 A;  5HU0 A;  5OYZ A;  5P3G A;  5P64 A;  3WSJ A;  3PWW A;  5KOS A;  1PSO E;  3C9X A;  5P3R A;  2BPY A;  3PCZ A;  4Y3N A;  1DIF A;  3OU1 A;  5P8B A;  3EKY A;  1HVH A;  5BWY A;  4A6C A;  3UDH A;  2WF4 A;  2QD8 A;  1HPS A;  4GB2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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