3FIVA

Crystal structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
111
structure length
110
Chain Sequence
TTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLNTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
publication title Crystal structures of the inactive D30N mutant of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate and an inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 27
structure length 110
sequence length 111
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fivA00
5KOQA 4X7IA 1K6TA 4K8SA 3ZKNA 5P5LA 1XN3A 5P1EA 1RV7A 2XFIA 2G1YA 3INHA 2RKFA 3PMYA 4UPJA 4ZLSA 3PRSA 4Q5MA 4KE1A 5P4ZA 4A6CA 1OEWA 1DMPA 2OHKA 5DQ4A 4GJ6A 1B6MA 3SA4A 5P35A 5P3YA 3SAAA 4D89A 3QVIA 2ZHVA 3TLHA 3VF3A 3DCKA 4AUCA 4A4QA 4PZWA 4ER1E 2QZLA 1PPKE 5EZZA 4YDGA 3HBOA 3PWMA 5P3RA 3ZMGA 1GVXA 1NSOA 5AH6A 5P3KA 5P1MA 3UDQA 4RZ1A 1XS7D 3Q6YA 2F3KA 1DPJA 3U7SA 1QBUA 5P88A 3EKVA 4BEKA 5P3WA 5P16A 5AH9A 2Q54A 1FQ6A 3NU9A 4NKKA 3RTNA 3G70A 5P5QA 2OHLA 2RENA 4XXSA 5OZNA 4Y3NA 5P3QA 5DR8A 1B6LA 1BV9A 3SKFA 1HTEA 4YD5A 4Y57A 4I0EA 2AZ9A 1GKTA 3EL4A 4CPSA 5OZ5A 2PSGA 5P78A 1XDHA 2VA6A 3H0BA 3KT5A 2SAMA 1BXQA 3BHEA 1D4LA 2G1RA 3D20A 2HM1A 5P8BA 2G1NA 4N00A 5P0VA 1ZTZA 5P05A 3GI4A 1PPME 4RLDA 5OZ0A 1MPPA 1D4IA 5P83A 1META 3O9EA 1B6JA 5P6JA 3EL9A 2QNQA 3T11A 2QMFA 3SA6A 4KE0A 1B5FB 5P5OA 5COOA 5P3TA 1Q9PA 2BPZA 4J5JA 1SBGA 1FFFC 3CKTA 5P6VA 3OQ7A 1YTHA 2HB3A 3T7PA 5OZGA 3TKGA 5OZLA 1SIPA 5P63A 3ZKSA 3OADA 3Q4BA 1MTRA 1ZSRA 5COKA 3QROA 6FIVA 3OOTA 4DJRA 3WZ8A 4Y3PA 5P8VA 1TQFA 5KQZA 3OU1A 5IE1A 2FDEA 3SKGA 2P4JA 1FF0C 3WZ6A 5P06A 5P5GA 3IAWA 2R9BA 4K4RA 3BGBA 1KZKA 2Q3KA 4I10A 5KQYA 5P4UA 5PEPA 3ZPSA 3NU4A 4YHQA 3UDHA 1MIQA 4EJKA 2VNMA 4D88A 4GZFA 3EBZA 4K9HA 4H3IA 5P0YA 3SPKA 4EHCA 2BKSA 5P6MA 2IGXA 5P0XA 5P34A 5P4NA 1E82E 1Z1HA 1HIVA 5P36A 5ISJA 2AOEA 3OUDA 4B05A 5P5RA 2ZJJA 5P2EA 5P30A 3PCZA 2P3DA 4FGXA 3LIZA 2B60A 5P2OA 3GW5A 3B80A 3GGVA 3QI1A 4I0ZA 1GVUA 4EJ8A 4ZE6A 5P25A 2FDDA 3S8IA 2IEOA 2NR6A 1A30A 1LF4A 4DQFA 5P2VA 3G6ZA 3NSHA 2J9JA 5J25A 3R0YA 4R93A 5OZIA 2QD8A 4YA8A 4EQJA 5OZZA 5P3IA 4QJ7A 5P0RA 5P64A 1BDQA 2V11C 5P7YA 1HSGA 2P3BA 1APUE 4GIDA 4D85A 2XFKA 3N3IA 4Y5BA 2PK6A 2CEJA 5P14A 2FLEA 5AH8A 3SQFA 5KR2A 5KR1A 2Q63A 4GB2A 4YCYA 4ACXA 4E43A 2I4WA 1PPLE 5OZEA 2QI5A 1QBSA 5P6AA 5P86A 5P2RA 3O9FA 3OXWA 5P8QA 3BC4A 2VKMA 2NPHA 5OYRA 4Y5PA 1FQXA 4Y4AA 4L1AA 2V13A 3URIA 3NDTA 5AHCA 3D1XA 5P1XA 2JE4A 4J1EA 4LAPA 3HDKA 5P4BA 1T7JA 1LS5A 1MRXA 3O9GA 1DP5A 4ZSRA 4RCDA 5P4QA 5P2WA 5AHAA 4Y4EA 4NPUA 3GGUA 1EBKC 1FQ7A 5BS4A 5OZDA 5P6BA 1Z1RA 5P7KA 3SA8A 2F81A 3GI0A 1LYAB 5P7MA 5P2BA 1Z8CA 1IDBA 1D4YA 3CKPA 4I12A 2IKUA 5OZ3A 4DFGA 2EWYA 3KN0A 5P3JA 5P5NA 3UFLA 2FS4A 4HLAA 5P03A 3L38A 4J1CA 1HRNA 1EPQE 4Y3LA 3O9BA 5P8OA 1BDLA 5P3GA 1BWAA 4GJ9A 4B0QA 4X2LA 4NJUA 3O9LA 3EL1A 3IN4A 3FNUA 2PWRA 3OU3A 5OZKA 2XYEA 1NPVA 4YOBA 3H5BA 2V12C 5AH7A 5HTZA 1D4KA 4F75A 4GMIA 5P7ZA 1A9MA 3PCWA 3GI5A 3OAGB 3S43B 1FEJC 3L59A 4FAEA 2B42A 4PPHA 5OYUA 2WF3A 3UDJA 5P1GA 3EL5A 3AUPA 3TPPA 5P17A 4FE6A 5P6GA 4H1EA 2O4SA 4J1FA 1EBZA 3NLSA 3MXEA 5P0GA 2FMBA 1BVGA 4J17A 5P1UA 3VV7A 3MSJA 2QP8A 2QK5A 5P2GA 3RSXA 4R92A 1K6PA 5P7EA 1APVE 5P7XA 1FB7A 2QI7A 4Q1YA 4Y3RA 4YBIA 5P1CA 5BRYA 2AQUA 5P4RA 5P4SA 5P4DA 2VS2A 3EKWA 1ZPKA 3ZLQA 4RVXA 5P61A 4Y45A 5P4EA 4I0HA 9HVPA 3U71A 3K4VC 3SA3A 4NPTA 1M4HA 4Y35A 5P41A 1HOSA 5P7AA 2P8HA 5SXNA 3L5BA 4YCKA 1HVIA 4DUSA 4GJAA 2FIVA 3B7VA 3OTSA 2OHSA 5P0EA 5P31A 2I4QA 4FSLA 4DV9A 1YM2A 2AZCA 5P22A 1J71A 2V10C 5UPJA 2QMPA 5P0IA 2BPXA 3PSGA 2FXEA 5OZBA 4Y5MA 2WF1A 4Y3SA 5P71A 2WEZA 4ER2E 3URLA 3OQAA 1HXBA 5P3HA 3FX5A 5P1JA 4OBZA 1IZEA 5P2JA 3PEPA 3DM6A 2Q15A 1UH8A 5JODA 5P09A 3OXVA 5OZAA 4NJVA 3ST5A 3VG1A 1RL8A 3LIVA 2XFJA 2QAKA 1M43A 5P3BA 3M9FA 5P40A 5P0WA 5P8FA 5P0FA 1AJVA 1PFZA 3O9AA 3NWXA 2ZDZA 5I3WA 2VIZA 3FIVA 5P6LA 1K6VA 1E5OE 5P12A 3VV6A 3TKWA 1UPJA 2XYFA 4WY6A 5P7QA 5P6QA 5BWYA 5P5WA 5HE7A 4Y3EA 1RNEA 4FRJA 4Y43A 5P68A 4F76A 4RRSA 1NH0A 3KDCA 4U8WA 1IVQA 1GVTA 2AOFA 3OQDA 1BVEA 5P1BA 4WY1A 1MT9A 1APWE 1YX9A 3OAGA 3VLAA 5P2LA 1KJ4A 3OU1B 5P4WA 5P1WA 4Y4JA 5P53A 2QI1A 1K6CA 3DCRA 3PSYA 1NPWA 3BUGA 5P4KA 1TSUA 5P7IA 2H6TA 5P0UA 5P7RA 2UXZA 2I1AA 5DQ5A 5P8PA 3PLLA 1HHPA 4CPUA 1C6YA 5P57A 5ER1E 2PK5A 2Z54A 3OTYA 1KJ7A 5P3XA 2Q64A 2VIEA 5COPA 5P2IA 5P04A 5P5AA 3KM4A 1ZJ7A 1HEGE 3QN8A 2FGUA 4CPTA 1BIMA 5P23A 3S53A 5P55A 2AVQA 3OUBA 1B6PA 3OUDB 3K5DA 5KQFA 4Y3ZA 4GJBA 1SH9A 1OEXA 2AVOA 5DQ1A 5DR7A 5P5HA 3BGCA 3LPJA 5P52A 5P2QA 4B1EA 3NXNA 5I3XA 1WBMA 4OBKA 4PHVA 1HTGA 1T7IA 4Y3HA 5P5BA 5P5MA 2QMGA 2F80A 3PBZA 4APEA 4Y3XA 4MC9A 2O4LA 4FRKA 2J9JB 4K4QA 5E5KA 2PSVA 1WBKA 4J0PA 3LIQA 5P7HA 5P3CA 5P7PA 3LIYA 5OYXA 3CIDA 1BWBA 2F3FA 2R8NA 4LXMA 3L5CA 5OZ9A 3LPIA 3UPJA 1UH7A 3OY4A 3QVCA 3KFNA 5P1LA 2P3BB 2WECA 3QRMA 2BB9A 2I4XA 3OQFA 1XN2A 2AOJA 1MEUA 2QNPA 3PJ6A 5E5JA 3EMYA 2ER0E 3F9QA 5HE4A 4DPFA 5P79A 1T3RA 5P56A 2F8GA 3DV1A 1YG9A 3T7QA 3DJKA 3JVYA 4Y4BA 5P50A 3ER5E 1HVSA 5P5JA 5P4YA 4NJTA 5P6EA 5P43A 1PROA 2PWCA 1TCWA 2AOCA 5ENKA 5P0AA 1LF2A 1VIKA 5AHBA 4L1AB 4Y3QA 4FRIA 4RYCA 1F7AA 1FGCC 4TRWA 4NJSA 4J1IA 4FS4A 2ASIA 5IVRA 5P1PA 1CZIE 3EM4A 5P62A 2BBBA 4QJ8A 5P5EA 3QPJA 3OGQA 2PC0A 5P5IA 3L5FA 5AGZA 5P19A 2WF0A 3BXRA 4OBFA 3O9DA 3VCMA 2OHPA 4CPQA 1AM5A 1HPXA 5P5SA 1HPSA 5OZPA 3JW2A 1IDAA 1ZLFA 3L3AA 4PZXA 5OZYA 4M8XA 1KJFA 3LZUA 3A2OA 3O9LB 2QI3A 1TCXA 1G2KA 3SLZA 3CYWA 1KJHA 4ACUA 2JJIA 5P8IA 5HDZA 1W5YA 3D91A 3LNKA 4DVFA 2G20A 2HPEA 5P5YA 4Y3DA 1ENTE 5P69A 2O4KA 1LYWA 5P2CA 5HE5A 4J54A 5P6YA 5P3UA 3MWSA 5P7JA 3PGIA 4AZYA 1A8GA 1LZQA 2G1OA 3Q5HA 4Y44A 4B1CA 5T4SA 1FFIC 5APRE 1HVJA 4EJDA 3AIDA 4K4PA 5OZMA 5CONA 1IZHA 3UQRA 5P18A 3UQWA 1HWRA 1BXOA 2O4NA 1U8GA 5P27A 3NYGA 5P54A 2NNKA 1K1UA 2BPWA 3SM1A 5P01A 3ZPUA 1AZ5A 5P6ZA 4J1HA 5P42A 4OC6A 4TVGA 3VYFA 1G6LA 1FQ5A 3QIHA 1YT9A 5P6PA 3I2LA 4LXAA 6UPJA 3HW1A 5P80A 4DJVA 5OZ4A 4R8YA 5P0NA 2AZ8A 3DOXA 4DJWA 2Q11A 2NXDA 5P11A 2QZXA 2G22A 2G1SA 3C9XA 4OD9A 3HLOA 2ER6E 4ZEAA 5FIVA 5P6CA 5P4TA 5P2UA 3TPLA 2AVMA 3D1ZA 3HAUA 4WTUA 2JXRA 2OHNA 2HS2A 5P3NA 5OZHA 5OZUA 3WB5A 2ZGAA 1AIDA 2R43A 4Y5AA 3IXJA 1HIIA 1DW6C 1EPOE 3K4VA 3D1YA 2QI6A 1TW7A 4OBZB 2P3CA 5P0LA 3NU5A 4DJOA 3BXSA 2AODA 5P5CA 4HDFA 5P37A 2HS1A 3WSJA 5P6OA 2BJUA 5P2FA 2ZJIA 4M8YA 4Y3YA 2QD6A 4KUPA 4Y3GA 3BVAA 2V16C 5OYVA 2BKTA 3O99A 3ZOVA 3HZCA 5P24A 4Y38A 4DJYA 4FCOA 3UDKA 4DQBA 3QP0A 2QU3A 5JFPA 1HSHA 1ZSFA 3BUHA 3ER3E 4B77A 1SMEA 3UCBA 4Y39A 3BRAA 4CKUA 2NXMA 4Y54A 4DPIA 5P0CA 3SM2A 4PEPA 2CENA 1W51A 4HVPA 3PHVA 1PSOE 2Z4OA 5P1ZA 5P2XA 2ZHSA 4I8ZA 3VV8A 1W6IA 2AZBA 3S7MA 5P73A 3UDPA 5P32A 5ER2E 5OZ6A 5P6TA 5P4IA 4F74A 2OAHA 1HIHA 1EBWA 1FQ8A 4I0IA 4APRE 4CP7A 3ZKQA 2AOHA 3L58A 1ZPAA 2RSPA 3I7EA 3TNEA 5P8JA 4MC2A 5P65A 1BAIA 1FLHA 4L7GA 5P8GA 4EJLA 3DV5A 4MC6A 1YTIA 5P0PA 4Y5KA 3K1WA 5B18A 4DJUA 2B7FA 1W5VA 3LHGA 1EC3A 1SDUA 2FDPA 2R3TA 4FLGA 5P3LA 3O9IA 2H6SA 5P0KA 5IVSA 3MSLA 4HEGA 1GVWA 4F73A 3UQPA 5P02A 3S45A 2HIZA 3QBHA 2A4FA 2VNNA 2ZJMA 5TOLA 2OHQA 4GYEA 3SFCA 5P1NA 2FNSA 3TPRA 1ER8E 4BFBA 2ER7E 4Y4WA 3INFA 3VYEA 1GNMA 3TL9A 5P6XA 5P7UA 2OHTA 2V00A 4QJ6A 1APTE 5P15A 3SA9A 4DQHA 2NMYA 1XE6A 3OHFA 1W5WA 2P3AA 4CPRA 4DQEA 1IZIA 1NPAA 5DPZA 4DJPA 3WZ7A 4DQGA 4Y4GA 2VJ6A 1HTFA 5P5XA 4Z2ZA 2NXLA 5P3PA 2R3WA 3KT2A 4I0FA 1HBVA 2HB2A 3DK1A 4Y5GA 1DAZC 2HAHA 4Q1NA 2G26A 3K5GA 1HPOA 3EKQA 5P6SA 3ZKGA 1SMRA 5OZSA 3I25A 3SO9A 5P4OA 2RMPA 1A94A 1MSMA 5P2HA 3O9CA 2PQZA 2V0ZC 5P6IA 3I8WA 4GJDA 2VJ9A 4A6BA 4JP9A 1XL5A 5P7BA 5P1QA 1ZP8A 4JPCA 5OYTA 4U7VA 5P49A 4TRYA 4Y41A 1ZAPA 3OHHA 3IVIA 4Y3WA 1MSNA 5P5ZA 4YD3A 5DGWA 1EPME 4FAFA 4I11A 1LYBA 1BBSA 2IGYA 4YOAA 5P26A 2G69A 5P20A 4Z4XA 1HTRB 3DUYA 3KYRA 5OYZA 2Q55A 5HCOA 3RSVA 4OBHA 2A1EA 1YM4A 1C6XA 1MRWA 1W50A 1EPLE 3EL0A 5P70A 3SA7A 5P75A 3UHLA 4H3JA 4LL3A 4J0TA 1M0BA 4HA5A 5P38A 3OUAA 3VF5A 5P29A 5P72A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KOQ A;  4X7I A;  1K6T A;  4K8S A;  3ZKN A;  5P5L A;  1XN3 A;  5P1E A;  1RV7 A;  2XFI A;  2G1Y A;  3INH A;  2RKF A;  3PMY A;  4UPJ A;  4ZLS A;  3PRS A;  4Q5M A;  4KE1 A;  5P4Z A;  4A6C A;  1OEW A;  1DMP A;  2OHK A;  5DQ4 A;  4GJ6 A;  1B6M A;  3SA4 A;  5P35 A;  5P3Y A;  3SAA A;  4D89 A;  3QVI A;  2ZHV A;  3TLH A;  3VF3 A;  3DCK A;  4AUC A;  4A4Q A;  4PZW A;  4ER1 E;  2QZL A;  1PPK E;  5EZZ A;  4YDG A;  3HBO A;  3PWM A;  5P3R A;  3ZMG A;  1GVX A;  1NSO A;  5AH6 A;  5P3K A;  5P1M A;  3UDQ A;  4RZ1 A;  1XS7 D;  3Q6Y A;  2F3K A;  1DPJ A;  3U7S A;  1QBU A;  5P88 A;  3EKV A;  4BEK A;  5P3W A;  5P16 A;  5AH9 A;  2Q54 A;  1FQ6 A;  3NU9 A;  4NKK A;  3RTN A;  3G70 A;  5P5Q A;  2OHL A;  2REN A;  4XXS A;  5OZN A;  4Y3N A;  5P3Q A;  5DR8 A;  1B6L A;  1BV9 A;  3SKF A;  1HTE A;  4YD5 A;  4Y57 A;  4I0E A;  2AZ9 A;  1GKT A;  3EL4 A;  4CPS A;  5OZ5 A;  2PSG A;  5P78 A;  1XDH A;  2VA6 A;  3H0B A;  3KT5 A;  2SAM A;  1BXQ A;  3BHE A;  1D4L A;  2G1R A;  3D20 A;  2HM1 A;  5P8B A;  2G1N A;  4N00 A;  5P0V A;  1ZTZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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