3OGQA

Crystal structure of 6s-98s fiv protease with lopinavir bound
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITVLNRRDFQVKNSIENGRQMMIGIGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLSVNLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords FIV protease
publication title Structural basis for drug and substrate specificity exhibited by FIV encoding a chimeric FIV/HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 22
structure length 112
sequence length 112
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ogqA00
5P70A 3UQPA 5P2NA 5P7LA 4OBZB 1D4IA 3NUJA 4Y57A 1YM4A 5P4QA 1GVUA 2R5PA 1RV7A 2FDEA 4I10A 1GNOA 3TPRA 2RKFA 1MRWA 1WBKA 4Y38A 3INEA 5P1EA 2QZWA 5P0HA 5OZMA 1ME6A 3JW2A 4FAEA 4FCOA 5P3AA 3LHGA 4GIDA 4WY6A 4J5JA 1FQ7A 5DR4A 4J1FA 1C6ZA 3UFNA 5P8VA 5P7IA 1ENTE 1HVSA 5P7YA 3PBDA 3SAAA 5P4JA 1FMUA 1YTJA 5P7CA 1DP5A 2WF3A 3GI5A 1C6XA 3NWXA 4B77A 5P0OA 3UDRA 3EXOA 2QHCA 3S7MA 3T7PA 4ER2E 2Z4OA 5P3VA 5UPJA 4Y6MA 5OZPA 5P48A 5P10A 3ER5E 3OQKA 3OADA 3OXVA 5P73A 1FQ6A 3SKGA 5P4UA 5BRYA 8HVPA 3ER3E 1K1TA 3O9LA 4U7VA 2VNMA 2FDPA 2MIPA 4I8WA 4J0PA 3VYDA 4Q1WA 2FNSA 5P31A 4DPFA 3QAAA 3H5BA 5P7ZA 5OZXA 5P0MA 5P4VA 3VV7A 5P1OA 5DGUA 5P5PA 2P83A 3UDQA 3OU4A 3TPLA 4RLDA 1SP5A 1ZTZA 3F9QA 5P49A 1B6LA 2V12C 5DR8A 4CPUA 3FKTA 4Y41A 1APUE 1HPVA 1IZEA 3VLAA 2WEAA 3VYFA 5P5KA 3OUDA 1FB7A 4Y36A 5P7BA 5P71A 3O9EA 5P63A 5P6LA 1HXBA 1QBSA 2AOGA 5P4KA 3I6OA 3EKWA 1QS8A 5P57A 5DQCA 1ZPKA 2BJUA 1UH7A 3NUOA 4PZXA 5P07A 5P0LA 3VV6A 1AVFA 2WF4A 1AXAA 5P2SA 5P87A 5ENMA 2ER0E 4I1CA 5P1TA 4DJXA 5P4OA 3INHA 3B7VA 4DQBA 1CZIE 1BDLA 5KR2A 2QCIA 1KZKA 3EL9A 5P2BA 5P19A 5AHCA 3EL1A 2P3CA 2HAHA 4RGHA 2VIJA 3IN4A 2HB2A 2ZYEA 5P1PA 3EL0A 5P6WA 5IVTA 5P89A 5P8FA 3BXSA 3UDNA 5I3WA 4J0VA 5P7UA 3WZ6A 4Y5GA 2HB3A 3BUHA 2PQZA 2FXDA 3I25A 4OBFA 5F01A 5OZYA 5P4GA 3MXDA 5P5FA 5KQXA 3NDXA 4GJBA 2BPWA 5DR7A 2NMZA 1SDUA 3LZSA 5TOLA 4YD6A 3CYWA 5P0PA 5P6CA 2G69A 4YDGA 1G2KA 1GKTA 5P66A 1VIJA 2I4VA 5P8MA 2PH8A 4OBKA 3KT2A 5P0VA 4GJAA 3O9DA 5P0QA 1TQFA 3KFNA 4FL8A 4R91A 1EPME 4GJ5A 4CMSA 3GGXA 5P1XA 4UPJA 1LZQA 1T6EX 4RVXA 5P5QA 4DJQA 3OTSA 3KF0A 4B72A 1OEWA 1UH8A 4RROA 4TVGA 5P18A 3CIBA 4Y3DA 2WEBA 1SMEA 5P11A 3IGBA 1IVPA 4TRZA 5OZEA 4Y5AA 1NPVA 3PB5A 4ZSMA 3ZKGA 4HEGA 5P3RA 3HD8A 5P20A 4D8CA 1NSOA 3HVPA 2J9JB 5BS4A 1D4LA 3HBOA 5P0SA 3SABA 2R3WA 3LZVA 5KAOA 1HIHA 5C9FA 1HIVA 5P2DA 2PSVA 4Y3JA 2AZ8A 3UPJA 2QI1A 1AJXA 2QI0A 2I4WA 3DUYA 5P47A 3TOGA 4AZYA 5P12A 2AVVA 3O9IA 2ZHTA 4E43A 5P5JA 1TSUA 3FX5A 5OZOA 1QBRA 5P39A 1APVE 1META 3HDKA 5P1LA 3H0BA 3OADB 1CPIA 4OBDA 2Q15A 2QHYA 3O9HA 3O9LB 1MUIA 4AA8A 5P8TA 5P0GA 2HS2A 5P2JA 3LIZA 5OZ9A 1YTGA 3S7LA 2AVQA 2UPJA 1IDBA 5ISKA 5SZ9A 4GJCA 4Z2ZA 3OU4B 4PEPA 2ZGAA 1HIIA 2G21A 2QZLA 3ECGA 2G1NA 3OQAA 4I11A 5P36A 4J55A 2HIZA 4CPQA 5KR8A 1A8GA 1APWE 3BGBA 4Y3SA 1W6HA 3OUDB 5P1GA 5P8JA 4DPIA 2R5QA 1FQXA 5P4MA 2OHNA 5P84A 1C70A 5P7PA 3KYRA 2OHMA 5OZJA 4CKUA 5P30A 5OZBA 4EP3A 3SQFA 3ZL7A 1SBGA 3OOTA 3D1XA 2OHUA 5P7MA 5P00A 3S53A 2HM1A 3OUBA 5P4DA 5P6RA 1K6TA 5P6OA 3VFBA 4WY1A 3CIDA 2ANLA 5OYYA 5P2IA 5DQ5A 5P0RA 1D4HA 5P3IA 2AVSA 3L5FA 5P5IA 5JFUA 1QBUA 2VJ9A 2O4NA 2QZKA 4CPWA 5P8OA 2NNKA 4FRJA 5P8EA 5P1ZA 3PWMA 5P3SA 4EQ0A 3PGIA 3RTNA 4I0DA 2G1SA 3SO9A 4Y50A 5P61A 4F76A 5P5AA 1F34A 2FIVA 3O9GA 3PM4A 1FG8C 1BVGA 3UDKA 3UTLA 2O4PA 4Y3NA 3HAWA 3EKPA 1VIKA 4HLAA 4LXAA 3EKQA 4Y4BA 3A2OA 5ISJA 4TRYA 4EYRA 2JJIA 1D4KA 4H1EA 4I8ZA 3QS1A 5P50A 5P7KA 1AJVA 2Q3KA 5P0EA 3VF3A 3BUGA 2PSUA 3URJA 4DQGA 5P3FA 5P7JA 5P5GA 4LL3A 2WEZA 1YG9A 3BUFA 5P0TA 3FIVA 2JXRA 2IGYA 3IAWA 3O99A 4Y3FA 4JP9A 5P54A 3ZKNA 1ZBGA 5OZIA 5P68A 3PHVA 3RTMA 3RVIA 3SACA 5P7NA 4U7QA 4RCDA 1G0VA 3R1GB 3GI6A 2QU2A 1FQ4A 1MESA 5IVRA 5P52A 5P1QA 3FSMA 5P6VA 3PBZA 4J1KA 4FGXA 3WB5A 3VSXA 5HU0A 5IVQA 2CEJA 2G1OA 1BXQA 2G26A 1MT7A 5P4PA 3L59A 5P69A 5P8QA 3TNEA 4ER4E 4Y5NA 1PPKE 5P1YA 5P3JA 1BV9A 4HDPA 5P7EA 4ZPEA 1EPRE 3MWSA 3BVBA 3NU5A 3LIVA 1EPOE 3TPJA 4DJOA 1SDVA 5OZGA 3QVIA 4GJ7A 1HTEA 5P32A 2ASIA 5OZ2A 5P6KA 4B00A 5EZXA 3C9XA 5P0NA 5P4FA 4J1IA 1UPJA 5DGWA 5P45A 1A9MA 3RSXA 1ER8E 4B05A 4Y5LA 3TOFA 2VIEA 5P5OA 3GI4A 1BBSA 5P8NA 1HTRB 1HVRA 3ZKSA 4FSEA 4GB2A 1HTGA 3PSYA 4GZFA 4PZWA 1YTHA 3QROA 5P6UA 2PC0A 1IZDA 5ENKA 3VSWA 2QMFA 5P3WA 4ZPFA 4YD3A 2QI7A 4FRIA 5P0XA 1M43A 1B6PA 4NJTA 5P4YA 1AAQA 5AH8A 4BEKA 2J9JA 5P14A 4HDFA 3OXCA 5P2YA 4FRSA 4OBHA 3VG1A 5P59A 5KOSA 4J0YA 2BBBA 2IL2A 3LPJA 5OZ7A 2HPEA 5P2AA 4GYEA 1LS5A 1BIMA 3KMXA 5P2ZA 2QMDA 3OUAA 1EBYA 4JOOA 3VF5A 5P1KA 2NTRA 2IS0A 1RL8A 3CKPA 3VCMA 3DV1A 4DJUA 2Q5KA 4XXSA 3QI1A 4MC2A 1EPNE 2VJ7A 3PMUA 5P4WA 4YD5A 5T4SA 5DR0A 1PPME 2OAHA 4ACXA 4DJWA 5P2HA 4TRWA 3LIXA 3T7QA 2VNNA 2I0AA 5P6MA 3I8WA 2WF1A 3KFPA 2A4FA 5P72A 2VA6A 1HPXA 3ST5A 5COKA 4XX4A 2OF0A 1BAIA 5OZDA 3WZ8A 4K8SA 2V13A 2F80A 5SY2A 3R4BA 4EXHA 4HZTA 3EKXA 4R5NA 1N49A 2G1YA 3EMYA 4CP7A 3L38A 4Y4UA 1APTE 6APRE 5P1IA 5P24A 1FFIC 2QNPA 4DJYA 4A6CA 5P76A 3BC4A 2BPXA 5HDXA 1EBKC 1HVLA 5P5ZA 3T3CA 3L5CA 5P53A 4QJ2A 4YD7A 1HVCA 5P4AA 1A94A 3SA9A 4B0QA 2IQGA 4A6BA 5I3YA 3URIA 4FSLA 4FLGA 5P7SA 4CPXA 4ZPGA 3QIHA 5P06A 2HPFA 1EC0A 2RENA 2IKUA 5P4NA 2ZJLA 1IZIA 5KQFA 2VA5A 1ZLFA 5P23A 1ZSFA 1MT9A 2BPZA 4Q1YA 3K4VC 5HE5A 5P6IA 3QP0A 3D20A 3EKYA 5ER1E 4YD4A 2ZDZA 1TCWA 5P3BA 2WF2A 1KJ7A 5OZ6A 1HSGA 4I0HA 4Y5BA 1BWBA 3FV3A 5F00A 4K9HA 4Y3ZA 1GVTA 5P0BA 5P6SA 1B6JA 4NKKA 4L1AB 3ZLQA 5P2KA 4Y54A 1E82E 1EPQE 3TOHA 5P40A 4QJ7A 2G24A 4Y4ZA 3QRVA 1RNEA 3SLZA 5AH6A 2AVOA 4B1DA 4DQFA 2RSPA 3KFRA 4FM7A 4H3IA 4DQEA 1K2BA 4H3FA 5OYTA 4Y3WA 4YHQA 4FRKA 3IXOA 4RCEA 3UDHA 1U8GA 5P37A 5P7DA 3PLDA 1HHPA 5P5VA 4APRE 5OZ4A 4YCYA 5P0CA 2AOFA 3EL4A 5P0ZA 3PWRA 5P3MA 2APRA 1AM5A 5P8CA 3R2FA 5P5UA 5P1MA 2WJOA 3HW1A 1XN2A 5HE4A 5P3UA 4MC6A 3OHFA 4U8WA 3K5FA 5P2FA 2AOEA 5P27A 1C6YA 3G72A 1B6KA 2Z54A 4QJ6A 3SM2A 4Y3QA 1LF3A 1W5XA 4RVIA 4ZSPA 4GJ6A 5P3DA 1IZHA 4OBGA 2HS1A 3FNTA 4KE0A 5P6EA 3L3AA 1FMXA 2XYEA 1PSNA 3LZYA 2CENA 1KJHA 5OZAA 5P3OA 3PWWA 5P7OA 3ZPUA 4RZ1A 1T6GA 1MERA 1DW6C 5AHBA 3ZPTA 3HZCA 3NDUA 3VF7A 4NJUA 2WECA 3HLOA 5DQ4A 3LPIA 5P34A 1W5WA 1Z1HA 4DVFA 4I0GA 5P8PA 2QMGA 2AZ9A 1J71A 3KDBA 3IN3A 1ZJ7A 4NJSA 4R93A 1XE6A 5P4RA 4HE9A 3VYEA 1M4HA 5OZHA 3T7XA 1UH9A 4EP2A 1NPAA 4Y3XA 5P2RA 1IIQA 3GGAA 3ZKQA 3EKVA 1HVJA 2IGXA 3UQRA 4DQCA 2WF0A 2BPVA 3NXEA 4TVHA 5P6FA 4Y3AA 5P6QA 7UPJA 5HCOA 4HA5A 4LP9A 5P5TA 5P6AA 5I3VA 5P79A 2QZXA 2XFJA 5P22A 5P17A 1WBMA 2FMBA 4J0TA 3VFAA 5HTZA 3RTHA 4GJ8A 1EPLE 4DJRA 4Y5MA 4CPTA 5P1AA 5P5XA 3MSJA 1B6MA 2ER6E 2EWYA 5P0AA 4OD9A 1PPLE 3KN0A 4DV9A 1MEUA 3KDCA 2QNNA 4Y9WA 2QD8A 3SM1A 3K5CA 3LNKA 3O9AA 3OU3A 5HCTA 5HU1A 1MVPA 1LYWA 3RSVA 1SH9A 3NYGA 3SKFA 4RCFA 3SA5A 1FGCC 1MSMA 4R92A 1IVQA 4Z4XA 4NPTA 3S2OA 5P4BA 5P3PA 3D3TA 1W50A 3IXJA 5P4LA 3DCRA 4YDFA 1BDQA 5P08A 5P6JA 5KR0A 5P8IA 5OYXA 3IVHA 2QI6A 5HDZA 4Y51A 3CYXA 4ZLSA 5P6BA 5P6YA 3QBFA 5IVSA 5P2EA 2F8GA 2RMPA 3TL9A 5OZRA 3MSLA 5AHAA 4F73A 5HDVA 4Y5EA 4KE1A 4YCKA 1B5FA 5P65A 3SPKA 1FEJC 4PPHA 5OZ0A 3KM4A 1W6IA 1HWRA 2IKOA 5P02A 3BVAA 3UDJA 3VV8A 3JVYA 1ODYA 5HDUA 5CONA 5P77A 3U7SA 5KOQA 5C9DA 5P44A 5SY3A 1AZ5A 1FFFC 4I12A 4I0EA 3VLBA 4L7JA 5OZVA 1FQ5A 3KA2A 1RQ9A 3IA9A 5P0JA 4EJ8A 5HVPA 1HVHA 4Z50A 1EC1A 2Q64A 3OGPA 5OZFA 5P8RA 4Y5PA 5P1CA 5HD0A 1SGUA 3HAUA 5P6GA 4FM6A 3DV5A 1EC2A 4ZEAA 3TKGA 1GVVA 4BELA 4RYCA 4FAFA 5P7VA 4Y3GA 2PWCA 1ODXA 4Y4AA 2BKTA 2VA7A 3NXNA 3S56A 4J1EA 3WZ7A 3ZOVA 4B1CA 2H6SA 2V0ZC 3L5EA 5OZ3A 2IEOA 5P8BA 4Y5KA 3UQWA 2O40A 2AQUA 2H6TA 5P3TA 4OC6A 4EQJA 1FIVA 5OZSA 1TCXA 3I7EA 1HSIA 5P3YA 5P33A 4CPRA 2AOCA 4JECA 1SMRA 3B80A 5AH9A 4XKXA 1YT9A 4PHVA 2OHSA 2O4SA 5OZLA 3UDYA 4BFBA 5P13A 1SDTA 5P25A 5P2LA 2VS2A 3O9CA 5KQZA 5P3KA 4K4RA 4L1AA 6UPJA 2XYFA 3TKWA 4FE6A 3EM6A 2P3DA 5P2QA 5P7QA 5P26A 3DM6A 5P3NA 1T7KA 3PCWA 3U71A 5P04A 1K2CA 2AIDA 5OYQA 3OU1A 1EC3A 4DQHA 1KJ4A 2IENA 3EC0A 1BDRA 4N00A 1FLHA 2XFKA 4K4QA 3NU9A 4MC9A 4ZSRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P70 A;  3UQP A;  5P2N A;  5P7L A;  4OBZ B;  1D4I A;  3NUJ A;  4Y57 A;  1YM4 A;  5P4Q A;  1GVU A;  2R5P A;  1RV7 A;  2FDE A;  4I10 A;  1GNO A;  3TPR A;  2RKF A;  1MRW A;  1WBK A;  4Y38 A;  3INE A;  5P1E A;  2QZW A;  5P0H A;  5OZM A;  1ME6 A;  3JW2 A;  4FAE A;  4FCO A;  5P3A A;  3LHG A;  4GID A;  4WY6 A;  4J5J A;  1FQ7 A;  5DR4 A;  4J1F A;  1C6Z A;  3UFN A;  5P8V A;  5P7I A;  1ENT E;  1HVS A;  5P7Y A;  3PBD A;  3SAA A;  5P4J A;  1FMU A;  1YTJ A;  5P7C A;  1DP5 A;  2WF3 A;  3GI5 A;  1C6X A;  3NWX A;  4B77 A;  5P0O A;  3UDR A;  3EXO A;  2QHC A;  3S7M A;  3T7P A;  4ER2 E;  2Z4O A;  5P3V A;  5UPJ A;  4Y6M A;  5OZP A;  5P48 A;  5P10 A;  3ER5 E;  3OQK A;  3OAD A;  3OXV A;  5P73 A;  1FQ6 A;  3SKG A;  5P4U A;  5BRY A;  8HVP A;  3ER3 E;  1K1T A;  3O9L A;  4U7V A;  2VNM A;  2FDP A;  2MIP A;  4I8W A;  4J0P A;  3VYD A;  4Q1W A;  2FNS A;  5P31 A;  4DPF A;  3QAA A;  3H5B A;  5P7Z A;  5OZX A;  5P0M A;  5P4V A;  3VV7 A;  5P1O A;  5DGU A;  5P5P A;  2P83 A;  3UDQ A;  3OU4 A;  3TPL A;  4RLD A;  1SP5 A;  1ZTZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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