3S85A

Discovery of new hiv protease inhibitors with potential for convenient dosing and reduced side effects: a-790742 and a-792611.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease/reverse transcriptase
publication title 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s85A00
5P13A 3TKWA 2PSVA 4QJ7A 3OUBA 3BUHA 3QVCA 4Y3LA 5P2LA 4OBDA 3EL9A 3WSJA 4Y39A 5P67A 3UDRA 2QD7A 3SKGA 5P45A 3BHEA 3IGBA 5HDZA 2G69A 2QMFA 5P0JA 5OZXA 4ACUA 5KR0A 5P8AA 4FLGA 5JFPA 3HD8A 4U7VA 3GGVA 5I3XA 4Q1NA 2O4SA 1TZSA 2F8GA 3EKPA 2ZJLA 5OZSA 4D89A 2WECA 3KDDA 5P88A 4CPRA 2G26A 4FM6A 4M8YA 3UDNA 5DR3A 3KT2A 5P19A 5P3BA 3GI0A 4GJ7A 3TTPA 1ZSFA 4Y51A 1BXOA 4Y48A 1A30A 1B6JA 5P3LA 1KJ4A 3OHHA 5P3CA 3OY4A 5P7PA 2B8VA 4JPCA 1HEGE 3N3IA 4I10A 4AA8A 4JPEA 4Y3YA 3O9AA 4J0PA 4GJ8A 4LXMA 4Y3JA 3FNSA 4LAPA 5P2ZA 1GVTA 5P6VA 5OYXA 5P0EA 1K2BA 1YG9A 4RZ1A 5P51A 1IIQA 4U8WA 4Y44A 4RCEA 2A4FA 4D85A 2MIPA 2VJ7A 2WF2A 3PI0A 4RYCA 1EPME 3JVYA 5P24A 5P5GA 2Q3KA 5P1KA 4B77A 1NH0A 3VSWA 5P0GA 1QBUA 1QBRA 4A4QA 1SBGA 4QJ6A 1GNMA 1HVCA 3CYXA 2ASIA 3INHA 5P4LA 5P4QA 4TRZA 3UTLA 4GJ6A 4DPFA 5P33A 5P34A 3MSLA 4H3JA 1YX9A 3DV5A 3GGAA 3OQ7A 2ZE1A 3BXRA 2AVVA 3G70A 4DI2A 3PSUA 4Y50A 2QHCA 3OHFA 1EPPE 5P82A 3VLAA 6UPJA 5OZ1A 5P8DA 2OHKA 3URLA 3D1XA 5P2QA 1IZDA 4UPJA 3IXOA 3LPIA 5P20A 3KT5A 4J54A 3DV1A 3L58A 3LIYA 3IVIA 5P4SA 1HEFE 5P39A 3RVIA 5P4NA 3BUGA 2G94A 5C9FA 3O9EA 1TCWA 5OZRA 5I3VA 4J17A 2H6SA 1YTIA 4Y3XA 5IE1A 2AZCA 1PPKE 4EP3A 5P5ZA 5P28A 1LYAA 3SA4A 2B42A 5OZOA 3PLLA 2CENA 2P3BB 1KJGA 5P0RA 5P2TA 1FMUA 4N00A 5HDVA 5P8PA 3SA8A 5P49A 1FFIC 4DQHA 4HDFA 1QRPE 2I0DA 2VIJA 5P5CA 3NU5A 5P80A 2FNTA 4DJYA 1IZIA 4YD3A 4Y56A 5P1FA 1W6HA 3UQWA 4L7HA 5P5VA 5P3UA 1D4YA 5P3MA 5P3QA 2AVOA 5ENMA 4HA5A 3ZMGA 1BVGA 3MXEA 5P7TA 3O9FA 5P73A 1T3RA 4OD9B 4J1HA 3BVBA 2I4VA 4Y35A 1K2CA 3OUDB 4GJAA 5P83A 5P2OA 1B6PA 4Y4GA 1W5YA 4YD7A 8HVPA 1EC3A 2QI4A 4JOOA 3UDHA 2I1AA 4Y5PA 4FIVA 5P0QA 4WY1A 4Y3ZA 4H3FA 4I8WA 1GNNA 1IZEA 2AOFA 4QJ9A 5F00A 5P68A 4Y3HA 2R9BA 4Y6MA 3BC4A 5P7XA 5E5KA 5P0FA 3B80A 5AHBA 4XKXA 4FAFA 4B00A 4OBZB 4ER2E 1EPNE 3ZPSA 2ZJIA 3OU1A 3S8IA 5P0HA 5P71A 1EBYA 2IQGA 3D1ZA 4RRSA 4J1KA 1BDRA 4WY6A 1LF4A 5E5JA 4EXGA 4R5NA 1ZPKA 2WEDA 4R8YA 3PBZA 1FQ4A 1BV7A 4RRNA 5P04A 5P7VA 3KM4A 2VA7A 5P43A 5P79A 4AA9A 2FGUA 4ZSQA 3TPRA 5DPZA 4Y5NA 2R5QA 1ZBGA 3T7XA 5P0YA 5KQFA 1META 3OADA 2R38A 3NU3A 1SP5A 1ME6A 3N4LA 5P58A 5P7ZA 3FNTA 5P3IA 5P6HA 1LYWB 5HE5A 4CPSA 4RVIA 2AZ8A 2ZJJA 2FXDA 5P06A 3Q5HA 1SDVA 4EWOA 2I0AA 3NUOA 3PCWA 3TPLA 4GMIA 5CONA 5P5OA 3SA7A 5P08A 5P2SA 1MPPA 3VYFA 2FIVA 5OZPA 4Y4EA 3PGIA 4Y5GA 4Y4BA 1MESA 3DCRA 3NLSA 5P4UA 1MVPA 3ST5A 5P7JA 3EL5A 1C6XA 1YTGA 1XS7D 4Y38A 1T7JA 5P5XA 2P3CA 4ZSMA 2NMZA 4L1AB 4I0HA 2AZ9A 1NSOA 5P7SA 2V13A 1C6YA 5COKA 1TSUA 2BPVA 5P4KA 5P4GA 1BDQA 5P0MA 3GI6A 3EKVA 5P66A 1M4HA 1UPJA 4FL8A 4FSLA 3EL0A 3I6OA 2OHRA 4ACXA 2I4QA 3L5DA 4Y5CA 4DQFA 2PWCA 5P0AA 3O99A 4Y3DA 1GVVA 2QD6A 4YBFA 4FM8A 5P59A 3PWMA 5P4XA 5P2KA 2AVSA 2NNKA 3DK1A 3EL4A 2QP8A 5OZGA 5OYZA 5P6UA 2QZLA 2WF0A 4L6BA 3S43A 4ZE6A 5P26A 2BKTA 4GJCA 3QN8A 2O40A 3VSXA 2APRA 1FLHA 1QS8A 3KF0A 2HB3A 3KFPA 5P1TA 3NU4A 1EBWA 5HU1A 3S53A 2QHYA 1RPIA 4NJSA 3OQKA 4Y5BA 1Z8CA 2QMPA 5IVQA 1HTRB 5P7RA 5HTZA 2CEMA 2P83A 2H6TA 4CKUA 5P2VA 5P4RA 4I1CA 3PHVA 2I4XA 2ZHSA 4DJUA 3HVGA 5P2XA 3KFNA 5P46A 3PCZA 1AXAA 3UFLA 1AJXA 2B7FA 5P0BA 3OQDA 1GVXA 1C70A 3ZKIA 4XX4A 4Q1XA 2F3KA 2J9KA 2O4LA 3NDWA 5P0KA 5P5QA 1MT7A 3VLBA 4EQJA 1YTJA 4Z50A 5T4SA 5OZ2A 4YBIA 1FB7A 3EKXA 3UF3A 4J55A 1W5WA 5P1XA 3LZVA 5DR8A 1LYBA 2G1OA 4R95A 5P2GA 4QJAA 2OHTA 2ZJKA 3BGCA 4Y3QA 3L38A 3HVPA 3JW2A 5P7MA 4KE0A 5P1GA 4LC7A 5P7BA 2OF0A 5P7CA 3RU1A 5P7IA 1E81E 3WB5A 1D4LA 3OAGB 5P1VA 4PYVA 3EMYA 2FXEA 3OTYA 2Z54A 4NJVA 5OYRA 3SAAA 4YOAA 5DQ1A 2NTRA 5P10A 1AZ5A 4I0GA 3L59A 2VNNA 3MSKA 4YA8A 4J0YA 3EKWA 4HDPA 4B70A 1A94A 4I0FA 1E82E 4A6CA 2VIZA 1KJHA 3O9IA 5OZ3A 3GW5A 4RROA 4ZEAA 5KOSA 2QI5A 2QAKA 5JODA 4CPWA 3QBHA 5P5LA 1LF3A 2Q11A 3R2FA 5OYVA 1APUE 3DOXA 3HZCA 3SM1A 4BEKA 1KJ7A 3ER3E 1LYBB 4ZSPA 1GKTA 1T6GA 4HE9A 4NKKA 1EPOE 1M43A 1NPWA 5P0LA 9HVPA 5TOLA 5OZZA 4I8ZA 1MTBA 5P2MA 3LITA 5ER1E 4Y5KA 2BPXA 1TCXA 5P48A 5P3FA 2ZJNA 1FGCC 2HS2A 2RKGA 3ZL7A 5P4JA 5SZ9A 5OYSA 1HPOA 3HAUA 1ODXA 3KMYA 3Q6YA 5P78A 1AIDA 1YM2A 3O9LB 5CLMA 5SY3A 1ODWA 1OHRA 4MC1A 4H3GA 5P65A 5P5SA 2VA5A 3KMXA 4Y41A 4J1EA 5P09A 1IDAA 3NDUA 4PHVA 5HD0A 1HWRA 4Y4TA 5OYUA 4LHHA 5DGUA 3OUCA 1SGZA 1T7KA 3KFRA 4Y37A 3K5GA 5IVSA 3NXEA 2BKSA 5COOA 1BIMA 4U7QA 4YD6A 4RVJA 5P53A 2OHUA 4E43A 2BJUA 1GVUA 3QPJA 1F7AA 1EC1A 4K8SA 3VV8A 1DMPA 4D83A 4DQGA 1PSNA 2NMYA 2BQVA 2VIYA 3SPKA 1T7IA 2ZGAA 4GJDA 3R4BA 4J1FA 4Y53A 1CPIA 2WHHA 4YD5A 5P3GA 5P54A 1Z1RA 3M9FA 4CPTA 5P5UA 3EL1A 2HC0A 4H1EA 1D4SA 3VEUA 3Q70A 5JG1A 4KUPA 4AUCA 5I70A 3TH9A 1K1UA 1HTEA 5P4HA 3TOFA 4XXSA 5OZMA 5P22A 2HPEA 3OGPA 4Y3MA 5P2HA 3T6IA 1B11A 5P8JA 3R0YA 3ZOVA 2P3BA 4EPJA 4RLDA 1RQ9A 3WZ8A 2IGYA 2HB2A 2IS0A 3CYWA 5P76A 5P3AA 2R3WA 4J5JA 1K6VA 1DIFA 1TQFA 2VKMA 5SXNA 3VF3A 4EHCA 3SQFA 5P7HA 3I7EA 1HRNA 2QNPA 3KFSA 3SLZA 1D4IA 1PPME 1W50A 3TLHA 4BFDA 3OQFA 3OOTA 3ZKNA 4OC6B 5P0PA 5P29A 5P4OA 4OD9A 2IKUA 5DQ5A 5P5YA 3OUDA 2G22A 5P3VA 5P4TA 5P6OA 3MWSA 3NWXA 2AOCA 4GYEA 1FQ5A 3O9HA 2OHNA 5OZ5A 2BPWA 3ECGA 5P2EA 5P7FA 2FMBA 5P6RA 5OZHA 6FIVA 5OZFA 3SA3A 2R43A 5P6NA 2IEOA 4FRIA 4NPTA 3EM3A 4GJ9A 4RVXA 3UDMA 1FMBA 3FNUA 1B5FA 3ZKSA 3NWQA 5P7NA 4I11A 3PSGA 4Y43A 3NXNA 4OBZA 4QGIA 5P72A 5P3EA 2JE4A 1Z1HA 5P6WA 2QNNA 3FKTA 4DFGA 1SIVA 2P3AA 5DR7A 5P5RA 1QBTA 4DJVA 2WJOA 4YDFA 2FLEA 5DR4A 5P1UA 2R5PA 3A2OA 5P18A 5P32A 4LBTA 5P6SA 3NU9A 4J0VA 2XYFA 5OYTA 4F75A 2J9JB 3SA6A 2AVQA 3BUFA 3C9XA 3UFNA 1T6EX 4Q1WA 4YDGA 3L5FA 1ZJ7A 3DUYA 1BAIA 1A8KA 1FEJC 2G1NA 5P5FA 4ZSRA 3VUCA 4Y9WA 5P47A 2G20A 4GJBA 5P52A 2WF3A 3HDKA 5P81A 1HSHA 4FE6A 2I4WA 1SDUA 1ZTZA 5P75A 5P1OA 3PLDA 3UDYA 4OBHA 1WBKA 4Z22A 1LYWA 1B5FB 1SMRA 4RYGA 1XL5A 5P7LA 5OZUA 3VG1A 2RMPA 2QD8A 4EYRA 3T3CA 5P7DA 1DAZC 4B1DA 5HDXA 3PI5A 4XX3A 3WZ6A 2NNPA 3Q4BA 5P35A 3OUAA 2JXRA 4RCFA 3IAWA 7HVPA 4F74A 5P50A 3FX5A 5P56A 4K4PA 4L1AA 2VJ9A 1ER8E 5P16A 5FIVA 4MC6A 5P0ZA 5PEPA 3BRAA 2ER7E 3QIHA 2PWRA 1B6LA 4D8CA 5P7OA 3CKTA 2V11C 5P44A 2HM1A 4DJQA 2FS4A 4OBJA 3LIVA 3ZKGA 5P1ZA 1C6ZA 2QU2A 4Z4XA 2F80A 1PSAA 3BVAA 4TRWA 5P2NA 5KR1A 2IL2A 2AOHA 4DQBA 3VF7A 5I3WA 5P00A 1EC2A 2ZYEA 5P4EA 2FDPA 2Q54A 5OZLA 3PSYA 2SAMA 1NPAA 2QK5A 2WF1A 5P05A 2VNMA 5P1CA 1HVKA 2ER9E 1GVWA 1J71A 1D4JA 3IXJA 2WKZA 5P69A 2HAHA 5P63A 4EXHA 5P1HA 4ZPFA 5P4IA 1BXQA 2AOIA 4Y3WA 1LF2A 5P4WA 5P4PA 5BS4A 2G27A 5P1PA 5P7YA 2HS1A 4IVTA 1MSNA 2AOJA 3K5FA 1FMXA 2AVMA 4X7IA 3UDPA 4FRJA 4Y5LA 2I4UA 3LHGA 4Y3NA 4Y47A 4LP9A 4B72A 1HVRA 3OQAA 2PSUA 3NDTA 4LL3A 5P6EA 4Y5MA 1PPLE 2CEJA 3EXOA 4YCTA 3O9CA 5P12A 3VV7A 4CPQA 1HVSA 4Y57A 3QRSA 1W5VA 1HPVA 2BPZA 5P6XA 2RENA 5OZIA 2G1YA 5OZ0A 4Y3PA 3TOGA 3UQPA 5P55A 3EM6A 4DJPA 3L5CA 4DJOA 5HCTA 1Q9PA 5P5KA 2ZHTA 5P6BA 4B05A 1BWAA 4NJUA 1F34A 5P70A 3ZKQA 5P8NA 1G2KA 4PZXA 1XL2A 3HBOA 5P3NA 5DQ2A 5APRE 4A6BA 2HIZA 2XFKA 1APVE 2V12C 3INEA 1HVJA 2QI0A 3CKPA 5P36A 5OZJA 7UPJA 3KDCA 1SMEA 3TNEA 3QRVA 2HPFA 4EP2A 5OZ4A 3OAGA 1YTHA 3S54A 5AHAA 1UH7A 4S1GA 5P7QA 1RL8A 2QZKA 4YOBA 3IXKA 1B6KA 5B18A 5P6CA 1FIVA 2PSGA 3HW1A 5P5MA 3EC0A 2OAHA 1UH8A 4B1EA 5P0DA 4JP9A 2UY0A 5P8OA 5P1LA 5AGZA 4I12A 3CMSA 3PEPA 2B7ZA 5EZXA 5P3SA 3IVHA 2OHSA 4I0IA 3PBDA 3INFA 5P0CA 2WF4A 3EKYA 3RSXA 4Y5AA 3UDKA 1HTFA 5P6DA 4APRE 5P8CA 1PFZA 2V16C 5P6IA 3S56A 1UH9A 5P1RA 3I25A 4GIDA 3QBFA 1HXWA 3LPKA 4J1CA 5P5NA 3PVKA 5P2YA 3T11A 4QJ2A 4MC2A 4FAEA 4I0EA 5P4VA 5P4YA 4QJ8A 3I8WA 4FSEA 4Y3GA 5P5WA 5HDUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P13 A;  3TKW A;  2PSV A;  4QJ7 A;  3OUB A;  3BUH A;  3QVC A;  4Y3L A;  5P2L A;  4OBD A;  3EL9 A;  3WSJ A;  4Y39 A;  5P67 A;  3UDR A;  2QD7 A;  3SKG A;  5P45 A;  3BHE A;  3IGB A;  5HDZ A;  2G69 A;  2QMF A;  5P0J A;  5OZX A;  4ACU A;  5KR0 A;  5P8A A;  4FLG A;  5JFP A;  3HD8 A;  4U7V A;  3GGV A;  5I3X A;  4Q1N A;  2O4S A;  1TZS A;  2F8G A;  3EKP A;  2ZJL A;  5OZS A;  4D89 A;  2WEC A;  3KDD A;  5P88 A;  4CPR A;  2G26 A;  4FM6 A;  4M8Y A;  3UDN A;  5DR3 A;  3KT2 A;  5P19 A;  5P3B A;  3GI0 A;  4GJ7 A;  3TTP A;  1ZSF A;  4Y51 A;  1BXO A;  4Y48 A;  1A30 A;  1B6J A;  5P3L A;  1KJ4 A;  3OHH A;  5P3C A;  3OY4 A;  5P7P A;  2B8V A;  4JPC A;  1HEG E;  3N3I A;  4I10 A;  4AA8 A;  4JPE A;  4Y3Y A;  3O9A A;  4J0P A;  4GJ8 A;  4LXM A;  4Y3J A;  3FNS A;  4LAP A;  5P2Z A;  1GVT A;  5P6V A;  5OYX A;  5P0E A;  1K2B A;  1YG9 A;  4RZ1 A;  5P51 A;  1IIQ A;  4U8W A;  4Y44 A;  4RCE A;  2A4F A;  4D85 A;  2MIP A;  2VJ7 A;  2WF2 A;  3PI0 A;  4RYC A;  1EPM E;  3JVY A;  5P24 A;  5P5G A;  2Q3K A;  5P1K A;  4B77 A;  1NH0 A;  3VSW A;  5P0G A;  1QBU A;  1QBR A;  4A4Q A;  1SBG A;  4QJ6 A;  1GNM A;  1HVC A;  3CYX A;  2ASI A;  3INH A;  5P4L A;  5P4Q A;  4TRZ A;  3UTL A;  4GJ6 A;  4DPF A;  5P33 A;  5P34 A;  3MSL A;  4H3J A;  1YX9 A;  3DV5 A;  3GGA A;  3OQ7 A;  2ZE1 A;  3BXR A;  2AVV A;  3G70 A;  4DI2 A;  3PSU A;  4Y50 A;  2QHC A;  3OHF A;  1EPP E;  5P82 A;  3VLA A;  6UPJ A;  5OZ1 A;  5P8D A;  2OHK A;  3URL A;  3D1X A;  5P2Q A;  1IZD A;  4UPJ A;  3IXO A;  3LPI A;  5P20 A;  3KT5 A;  4J54 A;  3DV1 A;  3L58 A;  3LIY A;  3IVI A;  5P4S A;  1HEF E;  5P39 A;  3RVI A;  5P4N A;  3BUG A;  2G94 A;  5C9F A;  3O9E A;  1TCW A;  5OZR A;  5I3V A;  4J17 A;  2H6S A;  1YTI A;  4Y3X A;  5IE1 A;  2AZC A;  1PPK E;  4EP3 A;  5P5Z A;  5P28 A;  1LYA A;  3SA4 A;  2B42 A;  5OZO A;  3PLL A;  2CEN A;  2P3B B;  1KJG A;  5P0R A;  5P2T A;  1FMU A;  4N00 A;  5HDV A;  5P8P A;  3SA8 A;  5P49 A;  1FFI C;  4DQH A;  4HDF A;  1QRP E;  2I0D A;  2VIJ A;  5P5C A;  3NU5 A;  5P80 A;  2FNT A;  4DJY A;  1IZI A;  4YD3 A;  4Y56 A;  5P1F A;  1W6H A;  3UQW A;  4L7H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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