3SA7A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af55
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa7A00
1BV7A 3VSWA 4MC2A 2O40A 4OBHA 2VA7A 2SAMA 5P6AA 1LYBB 7HVPA 3VF5A 1YM4A 4YA8A 1PSAA 1Z8CA 2F3EA 2Q54A 2NXMA 3MSLA 2IENA 5P5QA 1GVXA 4LBTA 5OZOA 5SZ9A 3KM4A 3L5BA 1MTBA 4UPJA 4IVSA 5P4OA 2QAKA 3GW5A 5P67A 4EXHA 4FSLA 1B5FA 1SGZA 1B6JA 3ZKIA 4Y4JA 3TOHA 1VIKA 2WF0A 4XKXA 5OZ8A 3NR6A 4XX4A 4Y51A 5P1WA 4RROA 4I0EA 2HB2A 1TZSA 4I0HA 4JOOA 3H0BA 5P13A 2BBBA 4QJ9A 3SO9A 2R9BA 2ZGAA 3LNKA 4Y5MA 2FDEA 1BWAA 5P1HA 5P8BA 1BV9A 2B8LA 3EKTA 3LINA 1QBSA 3S43B 3ZKGA 3INFA 2BPVA 4Y5AA 5P4PA 3ZPTA 4LL3A 4GJ6A 4Y3QA 4EJLA 4CMSA 4Y36A 5P3PA 5P2GA 5P19A 1EBZA 3UCBA 3OQAA 4F75A 1SP5A 1HTEA 5IS4A 1FKNA 2BB9A 4A4QA 1Z1RA 3L5CA 4B1EA 4DJYA 5P5VA 5P27A 4GMIA 1B11A 5P76A 3ZPUA 2Q63A 4Y54A 3WZ8A 5P1ZA 3DK1A 2G1NA 1D4LA 2OAHA 3OTYA 4CKUA 2Q15A 4GJ9A 2OHQA 4Z22A 4Y3NA 4HE9A 5P0QA 3BUHA 4YD7A 5OYWA 4Y38A 5P2IA 5P3NA 3S45A 3OUDA 1DIFA 3GI5A 4JP9A 5IVTA 3I25A 5P5DA 3DV5A 2WKZA 3S54A 1HVSA 7UPJA 5HDZA 2R3WA 2RKGA 2ZJHA 1OD1A 5JG1A 3IXOA 5P1JA 1NH0A 4DQHA 5P2QA 5P2WA 3ZPSA 1SDVA 2O4PA 3PB5A 5P4XA 1AXAA 5OYRA 1HVHA 2VA6A 3BRAA 1RL8A 1AM5A 3U6AA 3CYXA 3WB5A 2AZ9A 3UQPA 2ZJNA 3KFRA 2VS2A 1ZP8A 4EJ8A 4NPTA 3PI5A 1HEFE 3OUAA 1SGUA 4RYCA 1T3RA 3TOGA 1BILA 5HU1A 4U7QA 5P8JA 3M9FA 1DW6C 3OOZA 2VA5A 4QGIA 4FGXA 3U71A 1MSNA 3PCZA 5P59A 1FFIC 5P4FA 4R91A 5P0MA 3EKVA 3CIBA 4WY1A 1HTGA 5P7NA 1DAZC 4NJUA 4CPRA 2PK6A 5P75A 1BWBA 4Y3YA 3OGPA 4Y5BA 4ZPGA 4ER2E 4LAPA 4Y47A 2FNSA 1FEJC 4GJCA 5P10A 5P42A 5P6IA 4GJBA 3TNEA 5P34A 2BJUA 4L7JA 2AOHA 5P85A 4EQ0A 2P3DA 3OXXA 3K5DA 2P4JA 4QJAA 4J0VA 2QZLA 2UPJA 3UQRA 2V12C 2ZJLA 2ER0E 1HRNA 2P3BA 5P7HA 2AQUA 2O4LA 4TVHA 2UXZA 3EL4A 5P0GA 5P01A 3O9HA 5P1VA 5KQYA 3ER5E 5HCOA 5P7CA 4HZTA 5HVPA 1D4IA 2ZHVA 2VJ6A 2OF0A 2F3KA 3O9FA 1ER8E 5P69A 5OYSA 3GI0A 5P65A 1QBTA 4RCDA 5P8FA 4U8WA 2ZHSA 5P6DA 5P3WA 5OZZA 1MERA 3TH9A 5P5UA 2OHKA 2Q3KA 3BVAA 5P1RA 5IE1A 5P00A 5P6MA 5P1UA 3Q6YA 1ODYA 3QRMA 3C9XA 3BHEA 5P0AA 2I4VA 5P7JA 2QI1A 3O9DA 5P06A 5P5AA 1A8KA 5P05A 4ER4E 4I0IA 1ZAPA 1MVPA 2ZDZA 4RRNA 3K1WA 5P1BA 1CMSA 2OHTA 3TTPA 4CPQA 5JODA 5TOLA 2I4QA 4MC6A 4COEA 3D3TA 4YDFA 3K4VA 5P5FA 4KB9A 1GVTA 5P1YA 2APRA 3ZLQA 3NXNA 5P08A 4Y56A 5P2XA 5P14A 1HIIA 5P7MA 4DUSA 2AVSA 5P81A 1GVWA 1VIJA 3SABA 5DR7A 5P3LA 4CPTA 4YD4A 1FQXA 5P83A 2VIEA 1HEGE 4FM6A 5P0EA 3I7EA 5KOQA 2QNPA 2PSGA 3ST5A 3LHGA 1FGCC 1M43A 5P4EA 2VIJA 5P6LA 5P6FA 2B7ZA 1TW7A 2BPZA 3RTHA 2R5PA 4AZYA 1IDAA 5P3XA 3EL1A 1GNMA 1RV7A 3ZKMA 1LS5A 2WECA 2V13A 3MXDA 5P7DA 5P7BA 4RYGA 2P8HA 1ENTE 4NPUA 4HA5A 4Y4WA 1HSGA 3OQ7A 3OAGA 1B6PA 5P6ZA 1MT7A 4BFDA 4ZSPA 3SFCA 1HXWA 5P8TA 2RKFA 1XS7D 5P4LA 4HDFA 5P28A 1HVKA 5P63A 5P03A 5P8VA 1HHPA 3VYDA 2WJOA 3FIVA 3PLLA 3SLZA 5OZ2A 1HPSA 1T6EX 3EKXA 2P3CA 4Y44A 3ZL7A 5JFUA 4Y4ZA 4ZEAA 2QZWA 1J71A 3PWRA 3TPLA 3T3CA 3TL9A 5P8EA 1NPVA 5P1CA 2G1YA 4Y3TA 2QMFA 3SACA 2PYNA 3D91A 5ER1E 1SDUA 1SDTA 4ZPEA 5P43A 3UDMA 3KA2A 5HDUA 1C70A 4EJDA 1LYAB 1RPIA 5P32A 3SAAA 4Y6MA 1YM2A 2IGXA 3L58A 5DR1A 3OU3A 4K4QA 5P4DA 3UDKA 4FRIA 1ZBGA 2Q5KA 3RSXA 3HLOA 4Y3DA 1FQ7A 3JW2A 4PPHA 5P2YA 4XX3A 5P2OA 1HTRB 4OD9B 4YCTA 2H6TA 4OC6A 3VV8A 3BC4A 4H3JA 2PK5A 1YTGA 3NLSA 5P2MA 3PBZA 5P22A 2NTRA 2RMPA 3RSVA 5P7EA 1LYBA 2B8VA 4LXKA 1WBMA 1HBVA 2I0AA 3KFNA 4DQGA 5P26A 3KYRA 1KJGA 4DJVA 2WF4A 5P18A 1T7JA 3OQKA 1LEEA 3TLHA 1K6VA 4FAFA 5P46A 5EZXA 3OUCA 3FNTA 6APRE 5P44A 2BQVA 2G1RA 3URLA 1MT9A 5P0RA 5P6XA 3CICA 2ASIA 1CZIE 2IS0A 1KZKA 4Y3HA 3JVWA 1LF2A 3HAUA 1OEXA 3QVIA 3UPJA 3HAWA 1YTIA 5P0SA 3IGBA 5P3OA 3NDWA 3LZUA 1XN3A 1D4SA 5P88A 1G6LA 5P15A 1YTJA 3LIZA 5P5RA 2H6SA 3UF3A 5OZ9A 4ER1E 1E5OE 1XE5A 5P49A 4FL8A 3ZKQA 4Z50A 3S43A 4DJRA 3T6IA 5C9BA 3K5FA 4J5JA 1IVPA 4ACUA 3KFSA 2OHMA 3TPRA 5AHCA 2ER9E 1FG6C 2HB3A 4Y5LA 4TRWA 5P04A 4HEGA 1W5WA 4FIVA 3IXJA 4Y3FA 3INHA 4NKKA 5SY2A 3QAAA 3NSHA 5P51A 1KJ7A 3N4LA 4L6BA 3PMUA 3O9EA 3TKWA 1MPPA 5P3TA 2QNQA 2VIYA 3URJA 5P8UA 2BPWA 5KQFA 4ZIPA 5DQ2A 2QU2A 1W6IA 4PZXA 3FNUA 3R0WA 2JXRA 5P50A 5P4UA 2HPEA 5P0LA 4YBIA 3DUYA 2QNNA 2G94A 2XFIA 5P8OA 4ACXA 3QBFA 5P5OA 4Y5KA 5P3SA 5P0VA 2I4DA 3O99A 2WEDA 1FMXA 4R93A 4Y4EA 5KR1A 2FDPA 4B70A 1HIHA 1ME6A 2ER7E 3T7XA 4APEA 1HVJA 5P23A 5P6TA 1IZIA 4LHHA 5COPA 5DQ1A 2FS4A 3KT2A 5COOA 3PI0A 2AVVA 2PWCA 5P8HA 3VCMA 4DH6A 2ZYEA 2O4KA 5P60A 1MRXA 1Z1HA 4RZ1A 5P35A 5P0PA 4OBDA 4GJ5A 3NXEA 1B6KA 4PZWA 2HIZA 4YOBA 4LC7A 4S1GA 1HOSA 3G70A 5DR3A 5P5MA 3BUFA 5P1EA 1G2KA 2V11C 5P1GA 5P64A 3VF7A 5SY3A 4Y3LA 3BXSA 5OZFA 5P3VA 4YD6A 5P8PA 2AOFA 4CPXA 2QI4A 2QP8A 3F9QA 1W5XA 1IZEA 5AH9A 1HPVA 1T7IA 4KE1A 4DJWA 3GGVA 3VFAA 4B05A 3KN0A 3FV3A 4YE3A 2ZJKA 3VYFA 5P17A 5P6YA 2ZJJA 1OHRA 1SMEA 3OUBA 3PRSA 3OU1B 3AIDA 2FDDA 3UTLA 4YBFA 5CLMA 2WF1A 1WKRA 3PVKA 4J1KA 2AOIA 5P4HA 1LZQA 3OQFA 2PWRA 1QBUA 1KJHA 4X2LA 5P4NA 1BBSA 3CYWA 4FLGA 1EPPE 2G26A 5P20A 1APVE 5P6EA 1D4KA 3PHVA 5P5WA 5P2RA 1TSQA 2VNMA 3SA8A 4I0JA 5P57A 4LXAA 2AVOA 4KE0A 4Q1XA 5P33A 5OZ5A 5CONA 5I70A 4FAEA 4Y4DA 1YT9A 3SPKA 4AA9A 5P3EA 4ZSMA 1IZDA 2J9JB 1C6YA 1KJ4A 4OBKA 3KDBA 1FQ4A 2FLEA 5P39A 1BIMA 5P6JA 3FKTA 1FQ5A 4ZE6A 1B6MA 5KR0A 1PSOE 4GJDA 5P45A 1UH8A 2G1OA 3B80A 4M8YA 2G69A 4PHVA 3UFLA 4TVGA 4J0PA 5P86A 4Y3ZA 4N00A 1AJXA 4BELA 3VF3A 4PEPA 5P1LA 1LF3A 3CKTA 3DM6A 3EM4A 3L3AA 5P7XA 2NNKA 3OU4B 4YCKA 4K4RA 4AMTA 2NR6A 2QZKA 3GGUA 5P71A 5P0CA 5DPZA 5P5KA 4BEKA 3QRSA 1C6ZA 5P4YA 5P3KA 5P74A 2I1AA 5OZEA 4D8CA 3OXWA 5P0XA 3EL5A 2OHLA 2IL2A 4E43A 5P5ZA 1EPOE 4EP3A 5P07A 1F7AA 4BFBA 5P4GA 1FLHA 5P72A 5P7PA 1BAIA 5P8CA 1EPQE 5P79A 3DCKA 4D89A 2R8NA 2HC0A 2Q11A 1GVUA 5F00A 1ODWA 2VJ9A 5OZJA 5JFPA 3MWSA 5P0UA 2B7FA 3S7LA 5P1NA 3DV1A 3QRVA 2V00A 2P3AA 4D83A 5P48A 5I3XA 3ECGA 2OHRA 3PJ6A 2HS1A 2PYMA 4DQBA 3WSJA 2ZE1A 3OGQA 4DPIA 5P3QA 2OHPA 3OQDA 4EJKA 5P6RA 5P5HA 3OADA 4F74A 2AZ8A 3K5GA 1PSNA 2PSVA 3NU3A 5OZUA 5P8MA 1FF0C 4DJXA 3NDTA 3KMXA 3BGBA 3SA3A 5P6GA 2NXLA 4Y53A 2BKSA 5P7QA 2WHHA 4Y5NA 3QROA 4J0YA 3VLBA 4WTUA 4X7IA 3NU9A 1LYAA 3OHHA 1EBKC 4GB2A 2FNTA 4Y4BA 3UDNA 3PBDA 2XYEA 2OHUA 3LZSA 3TPJA 1META 1EPNE 5P3DA 3EMYA 4FE6A 2VKMA 4H1EA 5P2AA 5OZVA 1G35A 3R4BA 4OD9A 4F73A 5DQCA 1NPAA 4Y41A 5P1FA 4OBZB 2WL0A 4CPUA 3TPPA 3L59A 4DJOA 2HB4A 5OZLA 4RVJA 1K6CA 4Q5MA 5P5BA 2EWYA 3LZYA 1A30A 2QHZA 2NNPA 1W6HA 5OZGA 5P77A 4Q1NA 2FXDA 4CP7A 5HTZA 5P4MA 4Y3GA 2QD6A 3IVIA 4GJAA 2G21A 4J1EA 5P37A 5P2TA 5P4ZA 5P1MA 1BXQA 1ODXA 3ER3E 4QJ2A 5P1SA 5HE5A 1TCWA 2I4XA 5OZ4A 4I1CA 1B6LA 3B7VA 3OK9A 5ISJA 3WB4A 3QVCA 2V0ZC 5P2HA 4I12A 5P3AA 1HVRA 3HVPA 5P47A 5P8SA 5P7WA 1SMRA 2VIZA 2PH6A 5P56A 2QD8A 3SKFA 5KR2A 5HU0A 4ZSRA 3INDA 4J0ZA 2A1EA 3QI1A 3SA7A 4Y4UA 1KJFA 3SM1A 2WEZA 5P2BA 4L7HA 3OADB 4MC9A 5OZCA 4YD5A 4JPEA 3S53A 5OZDA 1EPME 1HSHA 5P8AA 5OZTA 3A2OA 5P5TA 3EBZA 3DJKA 8HVPA 5P2SA 3LIVA 1BXOA 3OY4A 3VG1A 2BPXA 5OZ1A 2V16C 2A4FA 3LPJA 5HDVA 4RLDA 3EXOA 3TOFA 5P41A 1HWRA 1K2CA 5I3VA 3U7SA 3INEA 2ZHUA 4Y5PA 5P38A 4Y3JA 3I8WA 5P8GA 5P8NA 2I0DA 5P7GA 3NWQA 1ZSRA 3OWNA 4A6CA 4Y35A 5P2UA 4FRJA 5BWYA 1OEWA 2QMDA 4R95A 1AAQA 2P83A 3HBOA 4I0DA 5P4BA 5P66A 3IVHA 4PYVA 5P2NA 5P5CA 1TSUA 4Y45A 5P0WA 2I4UA 2AVMA 1IVQA 3BXRA 5BS4A 5P6UA 1XN2A 3UDYA 5P55A 5T4SA 3NU5A 5P7RA 4M8XA 4B78A 3EKQA 5P8IA 4DJQA 4DJUA 4R5NA 1FG8C 3HD8A 3PGIA 4HLAA 3HDKA 4FM8A 4TRYA 1APTE 1T7KA 4FM7A 4EXGA 3APRE 3KMYA 3KT5A 3QPJA 2IQGA 3EL0A 5P2EA 4A6BA 1PPKE 1U8GA 3I2LA 4DQCA 5P8KA 1ZJ7A 4Y5CA 5P84A 3H5BA 5KOSA 4EQJA 3LITA 1HXBA 5DGWA 2QMPA 4GJ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BV7 A;  3VSW A;  4MC2 A;  2O40 A;  4OBH A;  2VA7 A;  2SAM A;  5P6A A;  1LYB B;  7HVP A;  3VF5 A;  1YM4 A;  4YA8 A;  1PSA A;  1Z8C A;  2F3E A;  2Q54 A;  2NXM A;  3MSL A;  2IEN A;  5P5Q A;  1GVX A;  4LBT A;  5OZO A;  5SZ9 A;  3KM4 A;  3L5B A;  1MTB A;  4UPJ A;  4IVS A;  5P4O A;  2QAK A;  3GW5 A;  5P67 A;  4EXH A;  4FSL A;  1B5F A;  1SGZ A;  1B6J A;  3ZKI A;  4Y4J A;  3TOH A;  1VIK A;  2WF0 A;  4XKX A;  5OZ8 A;  3NR6 A;  4XX4 A;  4Y51 A;  5P1W A;  4RRO A;  4I0E A;  2HB2 A;  1TZS A;  4I0H A;  4JOO A;  3H0B A;  5P13 A;  2BBB A;  4QJ9 A;  3SO9 A;  2R9B A;  2ZGA A;  3LNK A;  4Y5M A;  2FDE A;  1BWA A;  5P1H A;  5P8B A;  1BV9 A;  2B8L A;  3EKT A;  3LIN A;  1QBS A;  3S43 B;  3ZKG A;  3INF A;  2BPV A;  4Y5A A;  5P4P A;  3ZPT A;  4LL3 A;  4GJ6 A;  4Y3Q A;  4EJL A;  4CMS A;  4Y36 A;  5P3P A;  5P2G A;  5P19 A;  1EBZ A;  3UCB A;  3OQA A;  4F75 A;  1SP5 A;  1HTE A;  5IS4 A;  1FKN A;  2BB9 A;  4A4Q A;  1Z1R A;  3L5C A;  4B1E A;  4DJY A;  5P5V A;  5P27 A;  4GMI A;  1B11 A;  5P76 A;  3ZPU A;  2Q63 A;  4Y54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1FFF C;  2QHY A;  1YTH A;  3Q70 A;  4Y3A A;  4HVP A;  5E5K A;  3RTN A;  5P09 A;  4YOA A;  5HD0 A;  5P16 A;  3SA9 A;  5KR8 A;  5P3B A;  1FB7 A;  1T6G A;  5P7T A;  2I4W A;  2AOJ A;  4U7V A;  5P6S A;  3PSG A;  3HW1 A;  5P0N A;  4EPJ A;  5P0J A;  3BVB A;  3WZ6 A;  1BVE A;  4FSE A;  5P6P A;  2Q55 A;  5P2L A;  5P1P A;  1HVC A;  5P3F A;  4Y48 A;  5P3Y A;  2RSP A;  2VJ7 A;  5P5Y A;  2PQZ A;  5P87 A;  3APP A;  5P0Z A;  5KAO A;  5PEP A;  2G24 A;  2V10 C;  2CEM A;  5P6C A;  4APR E;  2XFJ A;  2ZJM A;  5P02 A;  4J17 A;  3PSU A;  3O9G A;  2G1S A;  3AUP A;  3O9B A;  4Y3P A;  4R8Y A;  1ZPK A;  4RGH A;  2G20 A;  5P3U A;  3ZMG A;  1MSM A;  3EKW A;  5J25 A;  1HPO A;  3OAG B;  3VYE A;  2QI5 A;  1HTF A;  4B1D A;  4Y3W A;  4FRK A;  2G22 A;  5P24 A;  1CPI A;  4Y4T A;  5P7A A;  5P7K A;  5OZS A;  3O9L A;  5P0O A;  3SKG A;  1UPJ A;  4OBF A;  1TQF A;  1HPX A;  4Y50 A;  4EHC A;  4I8Z A;  1IIQ A;  5P1X A;  5SXN A;  6UPJ A;  1EAG A;  1BDQ A;  1EPL E;  4J54 A;  3NU6 A;  5HDX A;  1AZ5 A;  1NSO A;  3G72 A;  4J1I A;  4QJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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