3SQFA

Crystal structure of monomeric m-pmv retroviral protease
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
95
structure length
95
Chain Sequence
KPSLTLWLDDKMFTGLINTGADVTIIKLEDWPPNWPITDTLTNLRGIGQSNNPKQSSKYLTWRDKENNSGLIKPFVIPNLPVNLWGRDLLSQMKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players.
pubmed doi rcsb
source organism Mason-pfizer monkey virus
total genus 23
structure length 95
sequence length 95
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.23: dUTP diphosphatase.
pdb deposition date 2011-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sqfA00
4N00A 5JFUA 1BBSA 2NMZA 2QMFA 4J1CA 4U7QA 3TL9A 4RYCA 4Y3RA 3N3IA 1XE5A 3ZKGA 3HVPA 2QI0A 1FFIC 1MEUA 2OHSA 4LL3A 2I0AA 4FRSA 1ZP8A 5COKA 3TOHA 5P83A 7UPJA 3OQFA 5OZ8A 2F3KA 2HS1A 5P5ZA 2G1SA 2R3TA 5P88A 4Y4AA 5P77A 4I0FA 2VIEA 2B7FA 1ODWA 3PM4A 2Z54A 2ZJIA 3UFLA 2PH8A 2HAHA 2WEBA 4L1AA 1OHRA 2Q54A 3AUPA 1HTFA 5P09A 3R0YA 2AZBA 4IVSA 1T3RA 1FQ8A 3D1XA 5KAOA 3FV3A 4OC6B 5P5HA 4EP2A 5P4KA 1PROA 3EL1A 5HE4A 2VIZA 4J0PA 2JE4A 5OZCA 4EWOA 3S54A 1PPLE 5DQ5A 3VF7A 2OF0A 5OZGA 4U8WA 5HCOA 5I3VA 4FL8A 5P2KA 5UPJA 1DPJA 3U71A 4Y5AA 5OZXA 5P4QA 2VJ9A 3QRMA 3NDUA 3EKXA 5IS4A 5P2MA 5FIVA 1NSOA 4KE0A 3FIVA 4CPSA 3OTYA 4RRSA 3UDPA 5P06A 5I3YA 5P13A 3UF3A 3GGUA 5OYQA 2Q11A 4BELA 1RNEA 2VA5A 5P36A 1BXQA 1HVRA 4QGIA 4FM7A 4GJ7A 4HLAA 5P63A 3TPLA 1DW6C 4Y56A 3T3CA 5P41A 1APUE 3UPJA 3SQFA 4DV9A 3LIZA 1LEEA 4CPXA 3BVAA 2UY0A 3TTPA 3NXEA 4LXKA 5P3PA 4HDBA 2ER6E 1ER8E 1SP5A 5P8FA 5P4UA 3GI5A 4DJPA 4TRYA 1BDQA 4M8XA 4Y3PA 2NPHA 5DGWA 3UDRA 5P6PA 3TPJA 2PSVA 1FG8C 3HZCA 5P7PA 2I1AA 3L5DA 3O9CA 1D4KA 1BILA 1ME6A 4YDFA 3DCRA 1HPVA 5P2GA 5P1QA 4B00A 3VSXA 4I8WA 1PPME 2WECA 5P05A 3SACA 5OYVA 5P2CA 4TRWA 1MT8A 4APRE 4J5JA 4Y5KA 4PHVA 5DQ4A 5P1OA 3INDA 5P15A 4OBZA 3O9DA 4D83A 5P2XA 5P22A 4A6CA 1B6KA 5OZAA 4FRKA 5P3LA 2QHYA 5JODA 5P4NA 2ZHUA 3O9FA 2HPEA 1LYAB 3DK1A 3NUOA 3PSGA 1FLHA 3NDWA 3BRAA 3NU4A 1ZTZA 3O9GA 5P5MA 5P0HA 4X2LA 1EPLE 2VIYA 1SH9A 5OZ7A 3PMUA 4ZSRA 4Q5MA 5P6UA 1ZLFA 1HIIA 2G20A 3OU3A 1BV9A 2QMPA 4Y3QA 3EM4A 5P2DA 4ACXA 2QD7A 3VYDA 3B7VA 2V13A 1AJVA 3NR6A 5P31A 4Y3YA 3L3AA 3T6IA 2ER7E 1BDLA 2PMAA 3ZLQA 4J55A 2QHZA 1C6YA 2NMYA 2AZ8A 2R9BA 3HAWA 3IN4A 1W6HA 5P7EA 4Y6MA 3SA4A 5P1YA 4YD6A 1KJFA 5OYWA 2G21A 4Y3LA 5OYSA 1ZPAA 1RL8A 1EPOE 5P23A 2JJIA 3EKWA 1CMSA 4Y4DA 3VLAA 3LZUA 2QU2A 3BXSA 3GGAA 5P74A 5P72A 5P3OA 3VCMA 3FNSA 5P3QA 2VJ6A 1HHPA 3SA5A 1DP5A 2HS2A 1OEWA 2AQUA 1MIQA 2PWRA 3IXKA 4Y3XA 3U6AA 1RV7A 3K1WA 4DQEA 3EKPA 3LZVA 4Y57A 2G1YA 5OYYA 4GJAA 4UPJA 3INEA 2P83A 1EPQE 1LYBB 4J17A 1CZIE 3CKTA 5P45A 3LPIA 3ZKSA 5P0KA 1MRWA 1SIVA 4AMTA 2HB3A 2R5QA 3PSUA 1HPOA 2QZXA 1MRXA 1HVHA 3S2OA 5P1RA 1HEFE 3OUAA 1LF3A 4I0ZA 5P07A 5P64A 1GNMA 5P5WA 5P2EA 2OHTA 5HE7A 1E80E 5P4AA 5HDZA 4H3IA 4QLHA 1HVCA 2EWYA 5HDUA 2B42A 1HIVA 3OGPA 5P4IA 5P60A 1IZIA 5OZ1A 4J0YA 5P4PA 2NXMA 2O4PA 3KYRA 2F3EA 1RQ9A 5KQFA 4RLDA 3KT5A 5IVSA 5P7VA 5P5TA 1AAQA 2VJ7A 3QROA 1YTGA 1B6MA 4NKKA 3S43A 3KFRA 5P3SA 5OZVA 4FE6A 2JYSA 3OQ7A 1HTRB 3L5CA 3GI4A 2QI6A 3D20A 4Y4GA 5P1IA 3DV1A 3LINA 3SKFA 3EM3A 4OC6A 3CKRA 5P78A 3VV7A 1HTGA 3HW1A 3DV5A 4F76A 3PLDA 5COOA 3INHA 5P2HA 3SO9A 2WF1A 4J0ZA 5P25A 2ZJLA 5P8JA 2UXZA 5DR7A 5P2BA 5P5PA 3HAUA 4RVIA 4Y5GA 2O4KA 5P0RA 1W5YA 3LZYA 1KJHA 3IGBA 3FSMA 2P3DA 4FSLA 4Q1XA 5P4XA 4F75A 4EXGA 5P4YA 5P5VA 3RU1A 1UPJA 2R5PA 1HXWA 3PWMA 3TLHA 5P8IA 5P8OA 2HC0A 3PBZA 5P6WA 1Z1RA 5KOQA 5KQZA 5OZEA 1T6EX 4OD9B 1QRPE 2ZHVA 2AODA 4ZEAA 1IDBA 4Y58A 3BVBA 3PWWA 1QBTA 3F9QA 4JP9A 1WKRA 5P8DA 1IZHA 3KT2A 5P7XA 2P3BB 4AUCA 5OZYA 4HZTA 5P8UA 3ZOVA 3UDHA 4ZE6A 1TCWA 2OHRA 2FNTA 4Y5CA 4DJOA 1FKNA 4F73A 4QJ6A 5OZNA 4H3GA 3CMSA 2BKTA 5P2TA 1ZSRA 2FDEA 2J9KA 5P6EA 3IVIA 3TKGA 3APRE 1IIQA 3LHGA 4CMSA 2IS0A 5P39A 5P10A 4NPTA 2QZLA 2FMBA 2QI5A 2PH6A 3U7SA 4Y3DA 5P69A 2CEMA 4Y36A 5JFPA 3PB5A 4GMIA 5P52A 5P49A 4EJKA 1D4HA 4Y47A 1FG6C 4DQHA 2I4UA 5OZTA 3WZ6A 6APRE 4GJCA 1GVWA 5IVRA 4Y3NA 3S45A 4PPHA 3ECGA 4Y44A 1IBQA 3T7PA 1FMXA 1VIJA 2I4WA 3LPJA 1Z8CA 5KR1A 4AZYA 5P6XA 5P2LA 5P5SA 2V12C 1QBUA 3MXDA 1FMUA 7HVPA 5HTZA 5P7IA 5P08A 4DJUA 5P6GA 4I0HA 3ZKQA 5EZZA 5DQ2A 3EL4A 3SA9A 5P4DA 4MC1A 5P7OA 5P32A 4DJQA 3VYEA 1VIKA 3NXNA 2ZYEA 3OXVA 1B5FB 4B0QA 1GNOA 3NDXA 1LYWB 3UQUA 4DI2A 2QZWA 3UTLA 2Q15A 4D88A 4YOAA 5P19A 5P3HA 2OHNA 5P3EA 5P8VA 3IXOA 1XL2A 4CKUA 3R4BA 5ER1E 1APTE 1T7IA 2R43A 4OBHA 4XX3A 2BBBA 4ZSMA 3AIDA 1TCXA 3LITA 1PFZA 3UDQA 4Y3GA 4ZPGA 4MC2A 3SM1A 4B70A 1MUIA 1EAGA 3S7LA 5P6LA 2IRZA 3CICA 4PEPA 1BWBA 5P4TA 5P3XA 4Y3AA 5E5KA 1F7AA 2FGUA 5P4ZA 4CPQA 3QN8A 4FS4A 3NU5A 5P5FA 1EEDP 5P6VA 5P3BA 5P1HA 5P5QA 1DMPA 3ZPUA 2BPYA 1MTRA 3UHLA 3PMYA 5P0IA 4DQCA 4R93A 4YCTA 2B8LA 4Y4EA 3T11A 4EQ0A 1LYBA 1WBKA 2H6TA 4Y3FA 4I1CA 5P1XA 1FFFC 3OUBA 2QD8A 5P1DA 1KJ7A 5C9FA 3SA3A 4R92A 1EPNE 1SDUA 5P54A 1MESA 2ZE1A 5P1JA 1ZBGA 5DR4A 3HLOA 3VSWA 5P7QA 4Z22A 5OZOA 5P2OA 5KR8A 3BUFA 2UPJA 5P2YA 3KDDA 4OBJA 5P3YA 5P87A 2O4NA 5IVTA 4YD5A 3CYWA 1ZSFA 2ASIA 2I4QA 5P7JA 5P3UA 5P0WA 3RTNA 5SZ9A 5P0YA 2R3WA 2G27A 4I0EA 2I4XA 3ZKIA 5P5IA 3INFA 4Y51A 4FSEA 3VF5A 3IAWA 1AVFA 4HDPA 3OAGA 5P44A 2V11C 4EPJA 5KR0A 5OZIA 4YHQA 5P56A 3PI0A 5AH8A 5P66A 5BWYA 4DPIA 3G70A 2IQGA 4DQFA 1ODYA 1SDTA 5P1CA 2CENA 4RROA 4TVGA 2QK5A 3T7XA 2AOGA 4AA8A 3DUYA 3O9EA 5I3XA 4CPWA 5P1VA 4TVHA 4Y37A 2XFKA 5P8PA 2AVMA 5P8MA 5P7BA 2Q5KA 1M4HA 4Y5EA 4YCYA 2ER9E 5P71A 1MT9A 3Q5HA 4RRNA 3UQWA 5P0VA 1FQ6A 3KFNA 3O9IA 1W5XA 3DOXA 2WJOA 2OHMA 4QJ9A 5P5UA 3ZPSA 1TSQA 3Q70A 5HD0A 2G24A 4PYVA 5C9DA 3K5DA 3UDJA 1HIHA 3OOTA 4ZLSA 2PSUA 5P11A 3TNEA 3KMYA 2F3FA 1C70A 4OD9A 5P0XA 4Y3MA 1EC3A 4D85A 2G1OA 4Y54A 2QNPA 3LNKA 2WKZA 2AVOA 2AVQA 5P6RA 1A9MA 3MSJA 2QP8A 2P3BA 1FQ5A 4A6BA 1A30A 1K6VA 4B78A 5P30A 3PRSA 4FM8A 3S85A 5P0DA 5P70A 3OQKA 5ISKA 1D4YA 5P76A 5OYZA 1YX9A 5P4RA 2WF3A 1FMBA 4EP3A 4HEGA 5CONA 5OZ6A 4I0GA 5HVPA 5BS4A 5OZZA 2G1RA 2XYFA 3NYGA 5IVQA 2O4SA 4LXMA 4J1FA 6UPJA 5P8SA 4ER4E 3GGVA 5P6SA 5OZ2A 5P04A 3TH9A 1G0VA 3JW2A 5P8GA 5P62A 1K2BA 3RVIA 3R0WA 4S1GA 5P57A 5P2RA 3OADA 2PYMA 5P0NA 4EYRA 1HEGE 1W50A 5P43A 3D3TA 4CP7A 1EBKC 4YBIA 5P14A 2QU3A 2RSPA 5AH9A 2BB9A 3KMXA 4EJ8A 4J1HA 1CPIA 1C6ZA 4K4PA 5P5CA 2IDWA 3UCBA 5HDVA 5P4HA 1Z1HA 5P6YA 4BEKA 4OBGA 4HVPA 1B6LA 1BAIA 5P4CA 1KZKA 4L6BA 3OQDA 1F34A 2WL0A 3KFPA 3MSKA 3H0BA 1YM4A 2JJJA 5SY3A 3RSVA 1EPRE 4BFBA 4I10A 1XN2A 3Q6YA 3D1ZA 5P8CA 2IKUA 4GIDA 5OZ3A 5P3AA 3OK9A 3WSJA 3GI6A 1B5FA 3HBOA 4Y41A 4Y3HA 1LYWA 5KR2A 4R8YA 3I8WA 4L1AB 1MPPA 5OZSA 4L7JA 4Y35A 1FB7A 2AOFA 2AOIA 1B11A 2Q64A 4E43A 2WF2A 1SGZA 3OHFA 3VLBA 2AZCA 4A4QA 3LIVA 5P3WA 4WY1A 3I2LA 4B77A 4K4RA 1IZEA 2OHQA 3VF3A 4M8YA 5T4SA 4DQBA 1A8GA 5P03A 5P7FA 2QHCA 5HDXA 4FLGA 1PPKE 4EHCA 2QI1A 3EMYA 3NSHA 5P3ZA 4NJUA 5OZ5A 2VNMA 3O9AA 2RENA 5P6AA 5OZ4A 2QI4A 1YT9A 4EQJA 5ISJA 5P0TA 2HB2A 4GJ8A 2PYNA 3PBDA 2BPXA 2WEZA 3FKTA 1T7KA 2ANLA 3UDKA 4YCKA 2OHPA 5P6NA 1TSUA 1OD1A 3FNUA 2XFJA 5P2FA 2BQVA 3O9HA 5P1WA 3L5EA 3OUCA 3S56A 4OBKA 4DQGA 1ZJ7A 5P5OA 1ENTE 1HVIA 4I12A 2F8GA 3OGQA 3O99A 3L59A 4MC6A 1G6LA 3NDTA 4R95A 1AZ5A 3PCZA 5P5LA 4HA5A 1IZDA 4AA9A 3K5CA 5B18A 5F00A 3O9LB 5P4FA 1N49A 5P0ZA 1HSGA 3QVCA 1EBWA 1HSHA 1AM5A 5P61A 5P7UA 2H6SA 1LS5A 3UDYA 2QMDA 1HOSA 1NPWA 5P2NA 3WB4A 5P2VA 4I8ZA 3B80A 1HBVA 3K5FA 4Y3TA 4QJAA 3L5FA 5APRE 4Y4XA 5AH7A 2QD6A 5P8NA 2VA6A 4Y4JA 1NPAA 5P1MA 5P8TA 2IENA 5OZDA 5P4OA 3VFBA 3OWNA 5P0UA 2FS4A 5IE1A 3OU4B 1FQXA 5P7AA 5OZUA 5P8KA 2AOEA 3D1YA 3KM4A 5I3WA 1PSAA 4Y5MA 2O4LA 3VYFA 5P5KA 2RMPA 5P7DA 4JOOA 3OUDB 2RKFA 3SLZA 3PGIA 1HPSA 3RTHA 5C9BA 1A94A 1W5VA 1TZSA 2BPWA 4DJWA 5BRYA 5E5JA 4RCFA 5P5GA 2G26A 2IL2A 2IGYA 1LZQA 4Y50A 5P7GA 3APPA 3LZSA 4GJ6A 1SMEA 1AIDA 2FXDA 2PQZA 2FDPA 5P18A 2J9JB 1EC0A 4R91A 4LBTA 1LF4A 5P0EA 2BPVA 1XL5A 1HRNA 3ZKXA 5P6JA 1QBSA 1RPIA 5KQXA 5SXNA 3ST5A 1K2CA 2IEOA 3RTMA 4ER1E 4EJLA 2QCIA 5P3JA 2JXRA 3BGCA 1LYAA 2VKMA 2PK6A 4Y53A 3PWRA 2B60A 3PVKA 3CIBA 5P58A 1WBMA 3KDBA 4Y3EA 2QZKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4N00 A;  5JFU A;  1BBS A;  2NMZ A;  2QMF A;  4J1C A;  4U7Q A;  3TL9 A;  4RYC A;  4Y3R A;  3N3I A;  1XE5 A;  3ZKG A;  3HVP A;  2QI0 A;  1FFI C;  1MEU A;  2OHS A;  4LL3 A;  2I0A A;  4FRS A;  1ZP8 A;  5COK A;  3TOH A;  5P83 A;  7UPJ A;  3OQF A;  5OZ8 A;  2F3K A;  2HS1 A;  5P5Z A;  2G1S A;  2R3T A;  5P88 A;  4Y4A A;  5P77 A;  4I0F A;  2VIE A;  2B7F A;  1ODW A;  3PM4 A;  2Z54 A;  2ZJI A;  3UFL A;  2PH8 A;  2HAH A;  2WEB A;  4L1A A;  1OHR A;  2Q54 A;  3AUP A;  1HTF A;  5P09 A;  3R0Y A;  2AZB A;  4IVS A;  1T3R A;  1FQ8 A;  3D1X A;  5KAO A;  3FV3 A;  4OC6 B;  5P5H A;  4EP2 A;  5P4K A;  1PRO A;  3EL1 A;  5HE4 A;  2VIZ A;  4J0P A;  2JE4 A;  5OZC A;  4EWO A;  3S54 A;  1PPL E;  5DQ5 A;  3VF7 A;  2OF0 A;  5OZG A;  4U8W A;  5HCO A;  5I3V A;  4FL8 A;  5P2K A;  5UPJ A;  1DPJ A;  3U71 A;  4Y5A A;  5OZX A;  5P4Q A;  2VJ9 A;  3QRM A;  3NDU A;  3EKX A;  5IS4 A;  5P2M A;  5FIV A;  1NSO A;  4KE0 A;  3FIV A;  4CPS A;  3OTY A;  4RRS A;  3UDP A;  5P06 A;  5I3Y A;  5P13 A;  3UF3 A;  3GGU A;  5OYQ A;  2Q11 A;  4BEL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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