3TPPA

Crystal structure of bace1 complexed with an inhibitor
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
390
structure length
375
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVETSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Flexibility of the flap in the active site of BACE1 as revealed by crystal structures and molecular dynamics simulations
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 375
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tppA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tppA02
2ZJLA 1HIVA 5OZAA 3EM6A 4ZPEA 5P8GA 2HS1A 4B70A 4NPTA 4R95A 3EKYA 3G6ZA 3OQAA 5P5SA 1FQXA 5P70A 1DW6C 5P1VA 5P2FA 3KA2A 1AAQA 5P8CA 5P0BA 4Y48A 3CMSA 3MWSA 1XE6A 3HAUA 5P6RA 1BIMA 3KFNA 4Y35A 5E5JA 5P5QA 3HDKA 3PSGA 1HBVA 5P7GA 1KJHA 2VS2A 1MRXA 2I1AA 3DM6A 5P79A 3I25A 4KE1A 5KQXA 3A2OA 2FGUA 3FNSA 5P4TA 5P78A 2QI0A 5IVQA 4LXAA 4Y3XA 3URLA 3TOFA 4B05A 1EC1A 1JLDA 5APRE 4LC7A 5AH7A 1D4LA 4WTUA 1BAIA 3WZ6A 3S85A 5P0WA 3S8IA 5P1XA 4R8YA 1HTEA 5P57A 5SXNA 5P63A 1HVRA 3INFA 4EJ8A 2P3AA 3OU3A 5P56A 2ZYEA 5CLMA 4D85A 1BXOA 5IE1A 5DQ1A 4Y57A 1FQ6A 5P03A 1LF4A 1YX9A 1WKRA 3SM1A 2FXEA 1QBSA 5DQ2A 3VLBA 3EKWA 5P87A 3SO9A 2QI6A 1EBKC 2ZJJA 3OTYA 4H3IA 5P3CA 1HVJA 1PSNA 5DR3A 2IRZA 1LYAA 5P72A 4FIVA 2AVOA 1AJXA 1PSAA 1B11A 4Y51A 3L58A 3IN4A 1LYBA 1LYAB 2VA6A 3BVAA 5P1KA 3IN3A 1HTRB 1TW7A 5OZXA 4B72A 4Y3NA 2WF3A 5P4LA 1LYBB 3SA7A 2G94A 2ZHUA 4Y4BA 2VA7A 5P3TA 3EL0A 5P7OA 5DR7A 2BBBA 3EKVA 4F74A 3OU4A 5P0EA 5P7IA 3CKPA 1QS8A 5P3IA 5DR8A 1J71A 3BHEA 1FQ4A 3NXEA 4Y3DA 4I0ZA 5P31A 4TVHA 3RTNA 5P62A 2JXRA 2ZGAA 3O99A 1MSMA 3SKGA 1ZP8A 1D4SA 3WZ8A 1FB7A 4QJ7A 5P85A 4FSLA 4B77A 1G2KA 5OZQA 1VIJA 5OZDA 1WBMA 5P73A 1FMBA 1EC3A 3L59A 2WF1A 2WEDA 3ER3E 2HC0A 1D4YA 2HB2A 5P5CA 5DR4A 5P3OA 5P6XA 5T4SA 2I4WA 3TPRA 7HVPA 3QRSA 1OD1A 5P1BA 3S43B 2BKTA 5HE5A 3S7LA 4IVSA 5P4AA 5P0GA 4OC6A 2CENA 3Q6YA 3D91A 1FKNA 4OC6B 3Q70A 4D83A 4LHHA 1E81E 5P3VA 5P80A 2Q55A 3L5EA 4OBFA 3DJKA 4PPHA 4A6BA 5P3UA 1LEEA 1HVIA 3BC4A 5P06A 4DJXA 2BPZA 3TLHA 2AOCA 3OXWA 3KYRA 5P49A 1UH8A 4L6BA 1U8GA 3PHVA 3UQRA 4DJYA 4Y4XA 5P6VA 3CKRA 4D88A 4X7IA 5J25A 1FFIC 5P81A 5P6WA 3UQWA 1HVCA 2G20A 4GYEA 4YD5A 3INHA 4TRZA 4DJPA 5P7DA 1APUE 3VCMA 2G1SA 3RSXA 4OD9A 5P64A 4S1GA 3K5CA 5HCTA 5P75A 2QZKA 5P6IA 4Y3EA 3OK9A 4FSEA 2H6TA 5P26A 4Y4JA 3PCWA 5SZ9A 4YCTA 4LXKA 5JFPA 4CPXA 1IZHA 1IIQA 5HD0A 2HPEA 5P5DA 4RCEA 2QD6A 1QBRA 5P0CA 5P5BA 3ZKSA 5E5KA 2AQUA 4EP2A 5P3QA 3OUBA 2FLEA 1NH0A 3UQUA 5P1CA 1HPOA 1ZJ7A 5P4UA 3EKXA 3AIDA 5P3EA 2ZE1A 1RPIA 5P3NA 3EKQA 2OHSA 1YTGA 2I0AA 4RROA 3RU1A 5P0NA 5P58A 1K6CA 5P5RA 5P8IA 4YOAA 5P5OA 1ODYA 2WEBA 4J5JA 2FMBA 2ER7E 4OBJA 1G0VA 2R5QA 2P8HA 1BV9A 4QGIA 1HWRA 6FIVA 4GZFA 5P1EA 3EXOA 3OXXA 4WY6A 3OUDB 5P6PA 4HDFA 2Q5KA 2QP8A 3PI0A 3EM4A 3UCBA 2QMPA 3UF3A 2A4FA 1ODWA 2AVQA 3PEPA 3O9GA 1ZSRA 2JJIA 2ZHVA 2ZJKA 4RCFA 4QJ6A 4I0EA 3O9BA 5P8AA 3APRE 5AGZA 1YG9A 3UDHA 4I10A 4D8CA 3UQXA 3EBZA 5P0TA 5P7HA 5DPZA 1XDHA 3NU6A 4HDPA 5P0UA 1FFFC 1HSHA 1EPLE 4AA8A 3OHHA 4DJUA 2JJJA 5P1YA 5P0JA 4JECA 1MESA 2AOIA 2Q63A 4Y5GA 5HCOA 1C6XA 2QI5A 2VJ9A 5P4MA 4Y4AA 2ZJIA 1BWAA 5AHBA 5P24A 2I4QA 3TNEA 4JPEA 4DQEA 3S45A 3PBDA 5OYYA 2BJUA 5P0KA 3Q4BA 2QZLA 2V12C 5P61A 4ZSQA 3BRAA 3SA5A 3MSKA 4K8SA 1T7JA 4Y3LA 3VV6A 2MIPA 5P18A 2XFJA 1K6TA 3UTLA 3N3IA 3PBZA 3PI5A 2ZJNA 5P65A 5P1QA 2IEOA 4HZTA 5P17A 1YM2A 2AOHA 4Y3FA 3OGQA 4J0TA 5P6HA 4COEA 5P0AA 1AJVA 1FIVA 1TSUA 1EPQE 2RSPA 5P46A 5OZ5A 2Q3KA 4I0JA 5OZ6A 1MUIA 3NU3A 3CYXA 5P2ZA 3D1XA 3LIQA 4YD6A 5OYSA 1SGZA 1PROA 1SGUA 5P2EA 4EWOA 5P2JA 3U71A 2FNSA 2IGXA 4H1EA 2OHKA 5OYVA 5P34A 2NNKA 2Q15A 5P1MA 1MTBA 5KQFA 2ZJHA 5P3WA 2BQVA 5P41A 5P3YA 1HPXA 5P55A 1IVPA 5P3RA 4K4RA 1M4HA 4OBZB 5P7NA 5P09A 5B18A 4FAFA 5P84A 2VJ6A 5P3KA 1NPVA 5P0LA 5P8OA 3KFRA 5OYZA 3VEUA 5EZXA 1RV7A 5I3WA 1T7IA 1HSGA 1Q9PA 3IXOA 4EJKA 3T3CA 3UDRA 4J1KA 5OZFA 5P7SA 4GJBA 4F75A 2BPWA 5DGWA 1NPWA 3KFSA 1BXQA 1META 4H3JA 2HAHA 2VIZA 4Q1WA 5P4HA 2OHQA 4DJWA 4Y43A 1HVHA 5P67A 3PCZA 5DR1A 4Y54A 1SMRA 2AZ8A 2B7FA 1GNNA 4DJRA 4B0QA 2QD7A 4PEPA 5P8MA 2QMDA 3HAWA 3TPLA 5P2WA 5P69A 2G1NA 1QBTA 1AVFA 1Z8CA 2R43A 4RCDA 4K4PA 3CYWA 1CMSA 2O4KA 2B7ZA 2NXMA 1HEFE 2G27A 4I0DA 3SLZA 3ZKMA 4Y3YA 5P8UA 4Y38A 1FQ7A 3GI5A 3AUPA 5P5EA 5P4VA 4HVPA 3QVIA 4YBFA 5I70A 2PC0A 3VFBA 4Y45A 2G1YA 2QZXA 5AH6A 3LNKA 1C6YA 2WL0A 4ZPGA 3B7VA 3OQDA 4J1CA 4Y53A 2WF0A 3K4VA 4JOOA 2QD8A 5FIVA 2RENA 1SBGA 4YCYA 1YTHA 5OZ4A 5P7ZA 5P89A 3HLOA 3LZUA 4GMIA 5OZIA 4XX3A 3OAGB 4Y5NA 1WBKA 5OYWA 4CPQA 1D4HA 4L7HA 3OQ7A 5P14A 5AH8A 3H0BA 1HVKA 1PSOE 3GGUA 2BB9A 5P0IA 5P42A 5OZRA 2H6SA 5P1UA 3T7QA 1W6HA 5OZTA 4EQJA 8HVPA 3ZPSA 5AHCA 1EBWA 3TPPA 5P7RA 2O40A 5P0ZA 3KMYA 5OYTA 3KT5A 5P8KA 1HXBA 1EC0A 3OU1B 4YD4A 1TSQA 1LYWB 4RRSA 2F81A 3BUHA 3TPJA 3PM4A 4ZE6A 5DQCA 5P19A 5OYRA 3ZMGA 5P4PA 3T11A 5P0RA 4MC2A 3DCRA 4L7JA 1MT8A 3BGCA 4EPJA 5P3DA 3K4VC 2ER0E 1DPJA 3NR6A 2QCIA 3KT2A 4YDFA 4LP9A 5P0HA 4D89A 4FL8A 1GNOA 3DCKA 1ZBGA 2FIVA 4K9HA 3VYEA 5I3XA 1ZSFA 3K5GA 5P5IA 1TZSA 5P7YA 5ISJA 4ZEAA 5P5GA 4RRNA 2OHPA 3MXDA 3QVCA 4ZSPA 2P3DA 5OZEA 1DMPA 4OBHA 3SFCA 3MSLA 1PPKE 5P8RA 3NSHA 1EBZA 3UDKA 3IA9A 4NPUA 3SA9A 4PZXA 5ENKA 1AXAA 1MT7A 5P2HA 1APTE 4Y50A 3NDWA 2ZHTA 4MC9A 3S54A 1BILA 5P8BA 1K1TA 4HEGA 5IVSA 4DPFA 5IVRA 7UPJA 1W5VA 5P60A 4FM7A 5C9FA 3VYFA 4RGHA 3C9XA 2I4DA 4Y5LA 2R8NA 5P8DA 1A8KA 1B5FB 1ZTZA 5P04A 5P4JA 2HIZA 4FRKA 2G24A 4Y37A 1XL5A 3IVHA 5P6NA 5OZPA 4TRYA 2AVVA 1APWE 5P3ZA 3GGVA 4AMTA 3IXKA 3S43A 5HDVA 1W51A 2EWYA 2HB3A 3Q5HA 3UHLA 2BPVA 2O4NA 3EL9A 5P0MA 5P1HA 1FG6C 4FRJA 3HVGA 3EKPA 2BPYA 4Y4EA 2FS4A 5P10A 5BWYA 5P00A 5EZZA 3KM4A 3TL9A 5P83A 4FE6A 3D1YA 5P0XA 3RVIA 1DP5A 2A1EA 5P71A 5P8HA 5P6ZA 5P7PA 1ODXA 3L5CA 5P1JA 5P5TA 2G1RA 4X2LA 1IZDA 3GW5A 3LZYA 2OHNA 5HE4A 4YD7A 5P3JA 3KDBA 2PQZA 1MT9A 1SDVA 3OADA 5P5WA 2B8VA 5P33A 5P1IA 5OZVA 5DQ5A 5P5VA 4Q1NA 1EPME 4YDGA 4APEA 4L1AB 1W6IA 1YT9A 2SAMA 3OADB 4FM8A 4ZLSA 3PB5A 3S7MA 5P3BA 4DQCA 5P8QA 4FCOA 5OZBA 5P52A 4QJ9A 5TOLA 4QJ2A 1RL8A 3PSYA 3OXCA 9HVPA 3BXSA 1B6JA 2VKMA 5HE7A 5P2GA 3OUAA 1K2BA 3VV7A 5KAOA 1FF0C 4J55A 4RYGA 3O9LB 3OOZA 2Q11A 3BUGA 4DI2A 3DOXA 3O9HA 4FLGA 3ZKNA 4DQFA 4PHVA 1XN2A 5P5NA 2QI4A 4R93A 5P1NA 5AH9A 5KOSA 4GJ6A 5OZ2A 1FG8C 4I11A 2WEAA 5P5FA 3SQFA 4GJ5A 1C70A 5P3FA 4DVFA 2HS2A 2IGYA 3UQPA 2ANLA 5P4QA 1FEJC 1LF2A 3S53A 2F3EA 3TKWA 4FAEA 1BDQA 4E43A 5P6FA 4GJ7A 4Y4GA 2PSGA 3PGIA 5P0QA 1NSOA 4XXSA 5P2LA 3VV8A 2VNMA 3EKTA 3LIVA 3S2OA 5OYUA 4ZIPA 3OUDA 1D4IA 3HBOA 3HW1A 5KR0A 2VIJA 3IXJA 4BEKA 4I0FA 1Z1HA 3IVIA 5P0SA 3ECGA 1F34A 2HB4A 3ZPTA 5P1DA 1HOSA 4Y4UA 5F00A 3VF5A 5P2RA 1MVPA 4R92A 4GJDA 5P1TA 5P1RA 5P4KA 4QJ8A 1ZPAA 3FIVA 3URJA 5P4CA 2Q54A 1TQFA 3PWRA 1TCWA 3PLDA 5P8EA 4J1IA 3HD8A 1GVUA 1HVSA 2ZDZA 4I0HA 2PH8A 2QNPA 4Y3RA 1GVWA 1OHRA 4YE3A 3LIXA 2V00A 5P3MA 2FGVA 3TH9A 3JVYA 3SKFA 2AODA 4U7QA 5P35A 5P6MA 4CPRA 2UXZA 4YOBA 1HIIA 5P77A 3EC0A 1HPVA 4Y5CA 4Y36A 3F9QA 4NJSA 2P83A 2PSUA 4YBIA 3OQFA 4N00A 5OZGA 4U7VA 4WY1A 4FRIA 1OEXA 5P7XA 5I3YA 4ACXA 4JP9A 4Y3ZA 2G69A 4CKUA 4DPIA 1B6LA 2CEJA 4Y5KA 5P59A 1W5YA 1MERA 1PPLE 4ZSMA 4I0GA 3G72A 4B1CA 3O9AA 2RMPA 4R5NA 4ZPFA 1YTJA 3JW2A 3N4LA 2VIEA 1GVTA 1OEWA 3CKTA 5P4WA 2VA5A 4I12A 5P6GA 2RKGA 5OZ3A 1T6GA 1FLHA 1GKTA 1BDLA 5P4YA 2PWRA 2J9JB 3KF0A 4IVTA 3TOHA 4JPCA 3SABA 3GI0A 1UPJA 1YM4A 5JG1A 4J1EA 3ZKQA 3R1GB 2IENA 5OZ9A 3UPJA 2O4SA 3JVWA 1N49A 2QHZA 3QS1A 2WKZA 1A30A 3G70A 4ZSRA 5P16A 3OY4A 4Y3HA 3O9EA 4Y3GA 2G22A 3LZVA 3H5BA 5P8JA 4Q1XA 3D3TA 5P6CA 5OZMA 2NPHA 5P28A 3IGBA 5ISKA 5SY3A 3LPIA 3TKGA 5P1FA 3ZOVA 4RVXA 2IL2A 5DGUA 5OZYA 3OHFA 1DIFA 1EEDP 5KOQA 2IQGA 3SPKA 3WSJA 4OBZA 5P7FA 3SM2A 4I1CA 4J17A 3TTPA 3NUJA 4HLAA 4LL3A 4LXMA 3GGAA 4RZ1A 4Y3SA 3L3AA 1B6PA 1BVEA 2VNNA 3OGPA 3KN0A 3PWMA 3VFAA 1W50A 4HE9A 5P7AA 5P1WA 1E80E 4ER4E 4Y47A 2PYNA 1GVVA 3VLAA 3QRVA 2OHRA 4CPWA 3U6AA 5P6UA 1G35A 5P5ZA 5P8SA 4RVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJL A;  1HIV A;  5OZA A;  3EM6 A;  4ZPE A;  5P8G A;  2HS1 A;  4B70 A;  4NPT A;  4R95 A;  3EKY A;  3G6Z A;  3OQA A;  5P5S A;  1FQX A;  5P70 A;  1DW6 C;  5P1V A;  5P2F A;  3KA2 A;  1AAQ A;  5P8C A;  5P0B A;  4Y48 A;  3CMS A;  3MWS A;  1XE6 A;  3HAU A;  5P6R A;  1BIM A;  3KFN A;  4Y35 A;  5E5J A;  5P5Q A;  3HDK A;  3PSG A;  1HBV A;  5P7G A;  1KJH A;  2VS2 A;  1MRX A;  2I1A A;  3DM6 A;  5P79 A;  3I25 A;  4KE1 A;  5KQX A;  3A2O A;  2FGU A;  3FNS A;  5P4T A;  5P78 A;  2QI0 A;  5IVQ A;  4LXA A;  4Y3X A;  3URL A;  3TOF A;  4B05 A;  1EC1 A;  1JLD A;  5APR E;  4LC7 A;  5AH7 A;  1D4L A;  4WTU A;  1BAI A;  3WZ6 A;  3S85 A;  5P0W A;  3S8I A;  5P1X A;  4R8Y A;  1HTE A;  5P57 A;  5SXN A;  5P63 A;  1HVR A;  3INF A;  4EJ8 A;  2P3A A;  3OU3 A;  5P56 A;  2ZYE A;  5CLM A;  4D85 A;  1BXO A;  5IE1 A;  5DQ1 A;  4Y57 A;  1FQ6 A;  5P03 A;  1LF4 A;  1YX9 A;  1WKR A;  3SM1 A;  2FXE A;  1QBS A;  5DQ2 A;  3VLB A;  3EKW A;  5P87 A;  3SO9 A;  2QI6 A;  1EBK C;  2ZJJ A;  3OTY A;  4H3I A;  5P3C A;  1HVJ A;  1PSN A;  5DR3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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