3UDQA

Crystal structure of bace with compound 13
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udqA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udqA02
3RTNA 4FE6A 2ER6E 4Y5GA 5P5YA 5P5AA 2AVMA 3Q3TA 5OZQA 5P5QA 3L5DA 4OBDA 4B1EA 3O99A 5P11A 2QP8A 1ZP8A 1FFFC 5P8AA 5P16A 5P14A 4GB2A 4JPEA 3NDXA 5P56A 5P80A 5OZUA 2QI3A 1OEXA 2OHTA 2ZHRA 2VJ6A 5P5MA 5P8OA 1IDBA 2NNPA 5C9BA 1HVIA 5P5HA 5P79A 2G22A 1EBZA 2OHQA 2BBBA 5OZ4A 2AOIA 4R91A 5DQ2A 1MSMA 4PEPA 1BWAA 5P1HA 5P8SA 4COEA 4Y5CA 1LZQA 3JVWA 2PK6A 1C6ZA 4J55A 5P33A 5P0VA 1GVUA 4DJOA 5P2QA 5P2RA 2Z54A 4Y3FA 4Q1YA 3IVIA 5I3YA 4DH6A 5P7CA 4I0DA 3CMSA 3PM4A 2OAHA 5P5TA 1HVLA 1ODWA 5P0GA 5SZ9A 3URLA 4EXGA 6FIVA 2A4FA 3RVIA 3LZUA 4EQ0A 5P1JA 1HXWA 3S54A 2RKFA 1EBWA 3OAGB 2G94A 4KB9A 4Y47A 3URIA 2ER7E 2QD8A 2AVVA 5OYQA 1EPQE 4GJ8A 4HDBA 5KR8A 3QPJA 2QI7A 3FKTA 4HEGA 2B7FA 5P7XA 5P8EA 5OZ7A 5P7WA 4H3FA 5P3TA 3LPIA 3MSJA 2G1OA 4R95A 1Z1HA 1CMSA 1PROA 2ZJHA 2FDEA 5P04A 3VYDA 5P5IA 5COOA 3OXXA 1LYBB 2IKUA 4J17A 5P7FA 3AIDA 5P6CA 4Y5AA 4DJYA 4FIVA 1F34A 4FRIA 3PMUA 5P4UA 4Y3WA 3ZKNA 5P2IA 2ASIA 2QAKA 5P86A 1JLDA 3HAUA 3BUFA 3T6IA 5P7KA 3KA2A 1LYAA 1BBSA 1XS7D 5DR8A 4R5NA 5P1DA 1SDVA 2CEMA 2WECA 3VF5A 4ZE6A 3LZVA 3SO9A 2AOHA 5OZEA 5P2FA 5P5DA 3QRMA 3NR6A 2PWRA 4IVTA 5P0HA 3O9IA 4FSLA 1FFIC 2FXEA 5HDZA 2R43A 2R8NA 2WEZA 6UPJA 1BV9A 4L1AB 2HC0A 2FMBA 1K1TA 4CKUA 3MXDA 7HVPA 5P1LA 5P4IA 2ZJNA 4B1DA 3O9FA 3LZYA 5P57A 1UH8A 1EAGA 5P8HA 5HE7A 1ZPAA 5P8UA 4Y4DA 5P2AA 1KZKA 5P48A 4HVPA 2P83A 5P1QA 2R5QA 3OU1B 1N49A 3OTYA 2PH6A 1A94A 4I10A 5P0AA 5OZMA 5HE4A 3DCKA 5P0DA 4Y37A 1HTRB 2ZGAA 5P0PA 5P1AA 2I4WA 5DR1A 3OHFA 2AOCA 5P07A 5COKA 2IL2A 1HTEA 3UQWA 1YTHA 5P4VA 4AZYA 3FX5A 3IVHA 3LPJA 2V0ZC 3UDKA 1MVPA 2B42A 5ER2E 1AAQA 4RVJA 2RSPA 4ER2E 2QI6A 2O4SA 1SGZA 3EKTA 5P3JA 5P5UA 2UXZA 3IAWA 3TPPA 1ZTZA 4YHQA 4PHVA 2AODA 4RZ1A 3PSGA 1YT9A 4Z4XA 5P68A 3DCRA 4Y3EA 5OYSA 5P7GA 2HM1A 1FG6C 4XX3A 2R9BA 2B8VA 2IS0A 4U8WA 3QAAA 4FRSA 5KQZA 5P8JA 2HAHA 3OU1A 3LIZA 1FB7A 2QHCA 1FMXA 1DMPA 3AUPA 1QBRA 3NUJA 1IVPA 1E81E 4I0GA 4Y5NA 4Y4XA 5P70A 4DI2A 2AQUA 3IN3A 3SA3A 5OZBA 2F80A 3O9BA 3BUHA 3URJA 4BELA 4YOBA 3VLBA 1EPRE 3S43A 1FLHA 4OBGA 5P2CA 1PSNA 2F3FA 5OYRA 5P4XA 5EZXA 3F9QA 3INHA 5P2BA 4Y3YA 4JPCA 3GGVA 5P8IA 1A30A 1FGCC 1APUE 5IVQA 4Y5LA 5P5RA 4GJDA 5P05A 1NSOA 4J0PA 5P2TA 3QVCA 1KJHA 5P5NA 3SA8A 1LF2A 1HVRA 1M43A 5P89A 5P3VA 5F01A 3HLOA 2HPFA 2P8HA 3ZKMA 4J1IA 2IGYA 1EC0A 4ZSQA 4A6BA 4B0QA 4Y3ZA 5P62A 5P6YA 5P7SA 2VA6A 4ACXA 5P3ZA 3JW2A 4RRNA 3BRAA 2PYNA 3SKGA 1GNNA 5P4YA 5OZ6A 1ZPKA 4FM7A 1B6KA 2ER0E 3PWRA 1GVXA 5KR2A 1T7IA 1YM2A 1B11A 3G6ZA 3QVIA 3VSXA 1MSNA 5P6IA 1LV1A 3KN0A 2XFJA 3L3AA 5P09A 5P6RA 4MC1A 4R92A 4BEKA 5HU1A 1PPME 2NTRA 3VCMA 5F00A 3SQFA 3Q6YA 3PRSA 3T11A 5P6SA 3ZL7A 5P1CA 5P67A 5OZNA 5OZDA 3DJKA 1HVCA 1IVQA 5AHAA 2FDDA 5P6HA 3DUYA 5P0OA 3B7VA 4ER1E 5P6MA 1D4YA 4A6CA 5P22A 1HPSA 5P2XA 2WL0A 5P35A 4RCDA 5P1GA 1QS8A 5P2DA 5BS4A 3SLZA 4ZSMA 1KJGA 5P7NA 5P53A 5P0KA 5P2YA 2VNNA 1M4HA 4KUPA 5P3BA 4EJLA 1GVTA 3UDNA 2SAMA 5P3CA 1DW6C 3EL4A 3TOGA 2ZE1A 3ER5E 4EWOA 3O9AA 5OYUA 3FSMA 1A8KA 5DGUA 3HDKA 5EZZA 4RRSA 4OD9B 3OADA 4Y3GA 5E5KA 2I0AA 1E82E 4J1EA 4DQGA 1SP5A 4WY6A 4R8YA 3VYFA 1DPJA 4NJVA 2AZ8A 4Y4GA 5P6WA 4J0VA 5P84A 4AMTA 4U7VA 1B6LA 3KM4A 2ZHUA 1A8GA 1HSIA 4N00A 4K8SA 5P4FA 2G1RA 1NPVA 4Y51A 5P5BA 4EHCA 5P2KA 1BXOA 3KT2A 1HHPA 1EC3A 4DJQA 3EKXA 2AVOA 5P5OA 3ZMGA 5P7TA 5P38A 3R2FA 3VSWA 2PQZA 1G0VA 4B05A 4RVXA 5P8QA 4Y3TA 2BJUA 3CKRA 5P4DA 3O9LA 4LC7A 4H3GA 3HBOA 1FQ7A 1SMEA 1YX9A 3U6AA 5P0QA 2FGVA 5P1SA 5P3AA 2I1AA 5P3DA 4Y5MA 1AVFA 5P65A 3OQKA 3ZKXA 4Y6MA 5KQXA 1SIPA 3UFNA 2PSVA 3LHGA 1PPLE 5P51A 4OD9A 2I4DA 3WB5A 2FS4A 3OQ7A 5P25A 2OF0A 4PYVA 3NU6A 3PLLA 5P7MA 4OBKA 5P3GA 2FGUA 2FNTA 3UQUA 4Y4TA 5JG1A 2ZDZA 5P27A 3LIYA 5JFPA 2QZLA 3NU4A 1QBTA 1RNEA 2UY0A 1LEEA 4QJ9A 3QRSA 1B5FA 4FM8A 2OHPA 3NU5A 4RYCA 3DK1A 5P1OA 3WSJA 4I0IA 1ER8E 1UPJA 5IS4A 4Y39A 5OZ8A 2IGXA 2HB4A 3EKYA 4Y3RA 3O9HA 4TRZA 5ENMA 3IN4A 5DGWA 5P5XA 4Y56A 4GJAA 5P8LA 3OY4A 5P3IA 5P82A 2IRZA 1U8GA 2G1SA 1FG8C 2OHNA 3HD8A 4RVIA 1B6JA 4Y3HA 3Q70A 2Q3KA 3SA5A 3KFNA 3INDA 3OU4A 3S7MA 5OYXA 3WZ6A 5P1YA 5P61A 4CPXA 3EXOA 4DQEA 5HDVA 5P6DA 1C70A 2JE4A 3NUOA 3NXEA 4DQFA 2AZ9A 1HSHA 2QU3A 3UPJA 1WKRA 1GNOA 5DQ1A 4DJPA 4YCKA 4PZWA 3Q5HA 4OBFA 2ANLA 4DVFA 2V16C 5OZ5A 1W6HA 2HB3A 4Y41A 3PBDA 5P6JA 3BVBA 3TTPA 3PGIA 3FNSA 3D1YA 1IIQA 3S8IA 3OGPA 1Q9PA 1ZBGA 4OC6A 5P4LA 1BVEA 5OZKA 1VIJA 4Q1XA 5P47A 3TOFA 1K6TA 3KMYA 3PHVA 2OHUA 4F73A 2VA5A 2WF3A 4FM6A 5DR0A 1MPPA 1LYAB 5P8CA 3EKQA 5P75A 4F74A 4H1EA 5P4RA 3LNKA 2Q15A 4ZSRA 4B72A 4BFBA 1HPXA 1TSQA 5P00A 5P1IA 5P24A 2R3TA 4NJTA 3QI1A 5AH6A 2WEBA 4DJWA 2QHYA 4DQBA 2WEDA 3KF0A 4NKKA 5KQYA 4A4QA 3PWWA 4J1FA 1T3RA 5P4CA 1G2KA 4FAEA 4Z50A 5P6VA 1EEDP 1EPNE 2VIJA 4Y3SA 2OHLA 1EPLE 4I8ZA 2QMFA 3OWNA 1HSGA 2AOGA 3I2LA 4I0HA 5P6KA 4YCYA 2NMYA 2QMPA 1HIIA 1GVWA 4YBIA 1FQ5A 9HVPA 3ZKSA 5HD0A 4Y3PA 3PJ6A 2QCIA 2G69A 1LS5A 4Y3NA 4Y5PA 3EL1A 1T6GA 3VV7A 2APRA 4XX4A 3PSUA 2PYMA 3S53A 1YG9A 4Y4AA 5P69A 5P30A 3OU3A 3UFLA 1HPOA 3EMYA 4Y5BA 3LINA 1NH0A 4ZPGA 2JJIA 3G72A 3GGXA 4MC6A 4K4QA 4NJUA 1BDRA 1MIQA 3D20A 3EKVA 3SA4A 5P1PA 4EJ8A 1T6EX 4ZPFA 5P3KA 5UPJA 4ZEAA 2I4XA 3BVAA 4NPTA 1J71A 4FAFA 5P52A 4TVGA 5P3SA 2VNMA 4HA5A 5P0RA 3K5FA 5P6LA 5OZHA 5P8DA 4YD5A 1HVKA 3L58A 3LITA 3K4VC 3SFCA 5P5CA 2B8LA 3QP0A 1SH9A 3EKPA 3PVKA 1W6IA 4CPTA 2IKOA 5P7VA 3VUCA 2PMAA 4J0ZA 2IQGA 4GJ5A 3K4VA 5P64A 2BPYA 1C6YA 2QZKA 1APWE 4YDFA 2WHHA 1LF4A 5P6OA 2Z4OA 1K2BA 1KJ4A 3EL0A 4GJBA 1TSUA 5SXNA 4DFGA 1HIHA 5P6UA 3OQDA 5P7EA 5P7OA 2VIZA 2ER9E 1HRNA 5P5FA 4EYRA 5P2JA 2XYFA 3UHLA 3OHHA 1AXAA 5P7HA 5HDUA 2QK5A 1BIMA 4DJRA 3HZCA 4JECA 3NDWA 1BV7A 2J9JA 2Q5KA 1HPVA 4Q5MA 1IZEA 4HLAA 3NLSA 4H3IA 1UH9A 3ZKIA 2Q64A 3S43B 4Y9WA 5P6GA 6APRE 2CENA 4Y45A 2QMGA 5P60A 1PPKE 4IVSA 2QI5A 5CLMA 4M8XA 5P1WA 5P50A 3EL5A 5P1EA 3N4LA 3LPKA 3TOHA 1OEWA 4L7HA 5APRE 3QIHA 1ODYA 2O4PA 5OZTA 5P0SA 3EM4A 5P1FA 3L5EA 1SBGA 1K6CA 3O9DA 1FQ4A 3PEPA 2BQVA 5P0CA 2ZJKA 4Y44A 3CICA 2G1YA 4I0ZA 4YD4A 4Y3LA 4D8CA 1K6VA 5P2EA 5P15A 3GW5A 3ZOVA 3T7QA 5P46A 5P0EA 3QN8A 2Q11A 1HBVA 3DV5A 5DR4A 5HVPA 4NJSA 4J0TA 1HEGE 4MC2A 5P0NA 1XE6A 5KR1A 1ZAPA 5PEPA 2AVQA 5SY3A 2UPJA 5OZZA 3OK9A 5P4SA 5OZIA 4J1KA 4Q1NA 4GIDA 3SABA 2I4UA 2VA7A 4HE9A 1BXQA 1ZLFA 4I0JA 4EQJA 5IVTA 5P4JA 4QJ7A 4PZXA 4B00A 4DPFA 5P6EA 5P6PA 1META 3APRE 5P1ZA 3PSYA 3NDUA 5JODA 3I6OA 5C9FA 3BHEA 4Y53A 3GI0A 4ACUA 4DJVA 1EPOE 1NPWA 2PC0A 4UPJA 1FQXA 3UDMA 5OZ0A 3LIQA 1RQ9A 4GMIA 1OHRA 5P1VA 5P7BA 4MC9A 5P4NA 1Z1RA 3VF3A 4J5JA 4Z22A 5P2UA 1AIDA 2MIPA 4X2LA 1YTIA 1MESA 4Y4BA 5P81A 5FIVA 3OADB 1CPIA 2QD7A 3RSXA 1ZSFA 1TQFA 3K1WA 4XKXA 2WF0A 5P88A 3SA7A 3SAAA 4ZIPA 5P6BA 4JP9A 4I12A 2PSUA 4F75A 1E80E 5I3VA 3OXCA 3VV6A 5P1KA 3TPJA 3TKWA 3GGAA 4J54A 2IEOA 3OOTA 5OZ9A 1MERA 2JJJA 4ZLSA 2F8GA 4FCOA 2XFKA 3HW1A 4KE1A 4I8WA 7UPJA 5OZRA 3S7LA 3BUGA 2ZHSA 4HZTA 1IZIA 4HDPA 2QD6A 4B77A 5P7DA 2P3DA 4QGIA 5P2MA 3MWSA 5P40A 1APTE 5JFUA 4LL3A 1SIVA 1MRWA 3O9LB 4YCTA 5P02A 4Y48A 4LAPA 1FQ8A 4Y50A 5P3FA 3ECGA 3OUDA 2AZCA 4LXAA 1MRXA 5P3NA 1LYWA 3O9GA 3H5BA 5P0MA 5P7RA 1EC1A 4Y4ZA 5P43A 3TNEA 5BRYA 1HTFA 3HAWA 1TZSA 3SACA 2QNPA 3WZ8A 3ZLQA 5P2VA 2PH8A 1MT9A 4LBTA 1RPIA 3BXRA 4L7GA 3EL9A 5P0ZA 1IZDA 2WJOA 3SPKA 3GI4A 3ZPUA 1B5FB 1D4LA 1BILA 2AOFA 4CPRA 3KDCA 5P4AA 1YM4A 2G26A 5P6QA 2QZXA 1E5OE 2WF1A 5OZVA 3ZPSA 1EBKC 3RU1A 4CP7A 3LZSA 4TRWA 1ZJ7A 4Z2ZA 5P7AA 2OHMA 1D4KA 2Q55A 3FV3A 5P26A 3UDYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTN A;  4FE6 A;  2ER6 E;  4Y5G A;  5P5Y A;  5P5A A;  2AVM A;  3Q3T A;  5OZQ A;  5P5Q A;  3L5D A;  4OBD A;  4B1E A;  3O99 A;  5P11 A;  2QP8 A;  1ZP8 A;  1FFF C;  5P8A A;  5P16 A;  5P14 A;  4GB2 A;  4JPE A;  3NDX A;  5P56 A;  5P80 A;  5OZU A;  2QI3 A;  1OEX A;  2OHT A;  2ZHR A;  2VJ6 A;  5P5M A;  5P8O A;  1IDB A;  2NNP A;  5C9B A;  1HVI A;  5P5H A;  5P79 A;  2G22 A;  1EBZ A;  2OHQ A;  2BBB A;  5OZ4 A;  2AOI A;  4R91 A;  5DQ2 A;  1MSM A;  4PEP A;  1BWA A;  5P1H A;  5P8S A;  4COE A;  4Y5C A;  1LZQ A;  3JVW A;  2PK6 A;  1C6Z A;  4J55 A;  5P33 A;  5P0V A;  1GVU A;  4DJO A;  5P2Q A;  5P2R A;  2Z54 A;  4Y3F A;  4Q1Y A;  3IVI A;  5I3Y A;  4DH6 A;  5P7C A;  4I0D A;  3CMS A;  3PM4 A;  2OAH A;  5P5T A;  1HVL A;  1ODW A;  5P0G A;  5SZ9 A;  3URL A;  4EXG A;  6FIV A;  2A4F A;  3RVI A;  3LZU A;  4EQ0 A;  5P1J A;  1HXW A;  3S54 A;  2RKF A;  1EBW A;  3OAG B;  2G94 A;  4KB9 A;  4Y47 A;  3URI A;  2ER7 E;  2QD8 A;  2AVV A;  5OYQ A;  1EPQ E;  4GJ8 A;  4HDB A;  5KR8 A;  3QPJ A;  2QI7 A;  3FKT A;  4HEG A;  2B7F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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