3UQRA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
389
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Cyanobacterial Peptides as a Prototype for the Design of Potent beta-Secretase Inhibitors and the Development of Selective Chemical Probes for Other Aspartic Proteases
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 89
structure length 377
sequence length 389
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqrA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqrA02
1C6XA 1RPIA 4DJYA 3SO9A 3OHHA 1KJ7A 3EKTA 3LIZA 2G1NA 5P0DA 2OAHA 4Y3WA 5HDXA 5OYTA 3GGUA 1TSUA 4I12A 4WY6A 3OU1B 5P11A 5P8HA 3K5GA 4CP7A 3Q3TA 5P2DA 2P3CA 5OZ9A 3UQPA 4D8CA 5P2WA 2H6TA 5P5IA 2I4WA 2HPFA 1T6GA 3INEA 2V0ZC 1OHRA 2AZBA 4H3JA 3OADA 4OBHA 5OZEA 3SM2A 3OAGA 3OY4A 2VA7A 2G1RA 4K4RA 5HDVA 3KFNA 4Y3PA 2G24A 5P66A 4TVHA 4Y5PA 5P42A 2AZ8A 1EC2A 4DQCA 1ZSFA 5P8BA 4LL3A 1Z1RA 5OZ8A 3LZSA 1G35A 5P46A 2B7ZA 5P6CA 5P0PA 2XFIA 3QS1A 5P7TA 2F3EA 5P7FA 3UF3A 4RCDA 4PYVA 4FLGA 3INHA 2P3DA 1FGCC 4DJXA 4YOBA 5P7GA 4Y3SA 3VLAA 3EXOA 5P3EA 5T4SA 3L38A 4PPHA 5CONA 3RSVA 3IVIA 3ZL7A 5P7LA 9HVPA 2G94A 4J0VA 5P8VA 3IN3A 4Y4WA 1GVTA 1IVQA 5P2VA 5P6VA 2HAHA 2WJOA 2NNPA 3Q4BA 3ZOVA 3L5DA 4Y3EA 3R0YA 4Y3NA 1Z1HA 4Y45A 1W6HA 3BUFA 3QBHA 3OTSA 1MPPA 3UPJA 4GJ9A 2B42A 1VIKA 4L6BA 6APRE 3AIDA 4RZ1A 3T3CA 4MC9A 1OEWA 5IE1A 3OQFA 1AM5A 5P1HA 3ZLQA 5P3ZA 5KQXA 5P1QA 2AOIA 3VV8A 3UDPA 1HTEA 4FRKA 1EBYA 1BXOA 3PBDA 5DR4A 1EPNE 5P72A 8HVPA 4LAPA 5P1NA 2V11C 3T6IA 3OU4A 1YTJA 2QNPA 4RVJA 1TCXA 4Y3FA 1EC3A 5OZAA 4PZXA 1SDVA 2AOCA 3UDKA 5OZLA 1XE6A 3BUGA 3D1ZA 2P8HA 5P3CA 5BRYA 5P54A 4NPTA 3R1GB 1EPRE 3ZKMA 5P0LA 3S53A 5P58A 5JG1A 5P0HA 5P3NA 5P52A 2V00A 3Q6YA 1YG9A 4Q1YA 3ZKNA 4J0TA 5P3OA 5P35A 3SA7A 3B80A 5P3AA 2Q3KA 4TRZA 2O4NA 5P7OA 5P1TA 2FS4A 5P2NA 2Q54A 5P7RA 2V12C 2AQUA 3PSUA 1PSNA 3NUJA 5P4KA 3KDBA 1E82E 3LIXA 2J9JB 4J5JA 1ENTE 3VFBA 1FFIC 2QI0A 1ZPKA 2RKGA 5OYYA 4B1DA 3N4LA 3OTYA 2VA5A 3KMXA 4RLDA 4CPUA 4LXAA 1E81E 4BEKA 5P3DA 3FIVA 5HD0A 1AJVA 5P1MA 4Y4BA 1QBTA 3O9DA 1K6TA 2I1AA 4Y3RA 1IDBA 2BB9A 3VF7A 1EC0A 3QPJA 2WEBA 4MC2A 5P1UA 2UXZA 4NJVA 3S85A 5JFPA 3MXEA 3S45A 4Y4UA 5P8OA 2QMPA 4GIDA 4J1KA 4HDBA 5P5RA 4COEA 3EMYA 4Y54A 2AVVA 5P1OA 3UFNA 5IVSA 3QRMA 1ME6A 5P69A 1EPLE 3FSMA 5P7IA 5OZXA 2PK6A 5DR8A 5P13A 2A4FA 3D20A 1RL8A 1RQ9A 3EKYA 1NPAA 1HOSA 3GW5A 1BDRA 3S56A 1FG6C 3R2FA 5OZ3A 2QNQA 3OOZA 1ZJ7A 2O40A 2AIDA 2IKOA 3SLZA 2FXDA 1IZIA 3EKVA 3UQXA 1B5FB 3TPPA 5P3RA 4JPCA 2PSUA 4YCTA 3INFA 2BJUA 5P0RA 2R8NA 4BFBA 3NLSA 4EQ0A 1SIVA 3EM4A 1MUIA 1D4LA 4FAFA 2ANLA 2AZ9A 3VEUA 5AHAA 2ZHRA 2IENA 3ZPTA 4U7QA 4B1CA 3BXRA 5P4EA 2AOHA 1W5WA 5P2RA 1RV7A 2QI6A 5P10A 2G1SA 2WHHA 3I25A 1MRWA 1HXWA 3SKGA 1RNEA 3PSYA 1XDHA 5P0MA 1HIHA 2PQZA 5P3SA 3MSJA 5P0WA 2NNKA 2V13A 3O9AA 5P8RA 4HLAA 2FNTA 3QBFA 5P07A 5P1KA 2BPWA 2HM1A 2VIYA 3OGPA 4I0IA 5P81A 5P6FA 5P1JA 1CZIE 2QZWA 5UPJA 2O4KA 1HVRA 2IRZA 7UPJA 4Y35A 4DQHA 5KAOA 1BILA 4UPJA 5P1XA 5DQCA 3NXEA 5P3YA 1FQXA 4L1AA 3UDMA 3SM1A 1HEFE 4YD6A 5EZXA 2WF1A 5P59A 4RVIA 3S43B 4OC6A 5OZBA 2AODA 4HA5A 1LS5A 3UDJA 1OEXA 3IXJA 3ZPUA 3OOTA 3CYXA 5P2YA 1ODWA 4FSEA 1SH9A 1Z8CA 5DQ5A 3FKTA 2JYSA 1HXBA 5P48A 2Q5KA 1SDUA 5P8CA 3LPIA 1HSGA 2I4QA 2OHKA 5IS4A 5P85A 3IN4A 1CPIA 1QBSA 2UPJA 5P2GA 1T3RA 2XFJA 2SAMA 1HVSA 4NJSA 3GGVA 5P6JA 5P32A 5P80A 4PZWA 2HB2A 5P36A 2J9KA 2PSVA 1LYBA 3SFCA 3TNEA 4Q1WA 3DUYA 1PFZA 4GJ6A 1DW6C 4MC1A 4DPIA 2PYNA 1FQ4A 5P3QA 2ZJKA 3LHGA 5C9FA 3OUDA 3BVAA 4FCOA 2FXEA 5P12A 1IBQA 1NSOA 2HPEA 4HZTA 4NJTA 3PEPA 3FV3A 3C9XA 3SABA 3DM6A 1FMXA 4YOAA 1BWBA 5P4NA 2WF0A 1ZLFA 1MSMA 3MSKA 3UQRA 1FG8C 1HRNA 2AVMA 4Y36A 3HVPA 5P6XA 3U71A 5P4RA 4DPFA 5EZZA 2F3KA 1LYAB 4K4QA 4RCFA 3PI0A 3BHEA 4APRE 3L5EA 2Q64A 4Y4TA 2ZJLA 1HTRB 5SY3A 4XKXA 5I3WA 5P20A 5P8MA 4Q5MA 2XYFA 5P6HA 1GKTA 2H6SA 5P6BA 5PEPA 2BPYA 5OYXA 3OU3A 1F34A 1K1TA 2P3AA 5OYSA 4Z22A 4CPXA 1HVIA 3TTPA 3PWWA 5KOSA 5P50A 1DIFA 2G1OA 4R93A 5P87A 3SA9A 5P4XA 4OD9A 5P02A 5ISKA 7HVPA 2QU3A 4GMIA 1LZQA 1KJ4A 1B6KA 1MVPA 2HB3A 2QI5A 4WY1A 3MWSA 2AOFA 5P2IA 2ZJHA 4RRNA 3KMYA 5P7HA 3FNUA 4J1FA 5JODA 2ER0E 3APPA 4PHVA 5P1EA 4YD7A 5P0OA 1E80E 3NSHA 5DR1A 5P7QA 3O99A 4DQEA 1A9MA 1ZAPA 5OZVA 5P6DA 3QROA 5OZDA 5P8KA 2G20A 1CMSA 3CKPA 1NPWA 4PEPA 3ECGA 2WEAA 5P4GA 3ZKQA 2QHZA 1IZDA 5HE4A 5P22A 5P25A 4LC7A 5P4HA 1W5VA 2ASIA 2XYEA 4FL8A 5P5BA 1FMUA 1EAGA 5P6UA 5HTZA 5KR0A 3CMSA 3KFRA 1EBWA 4KB9A 5P77A 5P44A 3PWMA 5P30A 2BKSA 5P3UA 4DQGA 1HTGA 4YHQA 5P71A 4AMTA 5OYWA 3FNSA 1IZHA 5P29A 3URIA 5ER1E 1EPQE 4A6BA 5CLMA 2WECA 4XX3A 4CPRA 4ACUA 3PVKA 4DUSA 1TW7A 5P7DA 4AA8A 5P43A 5P4QA 3UDYA 4GJBA 2NMYA 5P33A 4CPTA 4Z4XA 3L5CA 4J1HA 3RU1A 5P4UA 4Y3ZA 4B1EA 2I0AA 1PSAA 2WEZA 1XL2A 1W51A 4D85A 3CIBA 5FIVA 3RTNA 2BQVA 3OUCA 3QIHA 4H3GA 5P2XA 5P6OA 5OZ6A 2NR6A 1IDAA 3K4VA 5P6YA 5P7EA 5P4WA 3KM4A 3O9LB 5P1WA 2OHNA 3U6AA 5P4PA 3EKPA 4J0PA 1BVEA 1MTRA 3SACA 2AVOA 1ZP8A 5P8JA 4DJUA 3GGXA 1FQ5A 1DAZC 5P5NA 4MC6A 1WBKA 1C6ZA 4Q1XA 5KQYA 2QD7A 4QGIA 2ZHSA 1Q9PA 3JVYA 2IS0A 5P0BA 3T7XA 4CPQA 5P3XA 1FQ8A 3URJA 2FDEA 4Y3MA 5P7BA 4Y4AA 3OUBA 1HPXA 5HU0A 5DQ4A 5SZ9A 2P3BB 2ER7E 5P2SA 2HS1A 5P3VA 1M4HA 5JFUA 1DMPA 5OYVA 2IDWA 5P88A 5P3MA 4ER4E 5P4ZA 5P0EA 5P00A 2JXRA 5P6TA 2PMAA 5SY2A 3UDQA 3NWQA 5P2ZA 5IVQA 5OZOA 3UCBA 4BFDA 1GVVA 5P64A 3RVIA 1LYWB 4LHHA 5P83A 3OQAA 1MRXA 1XL5A 1APWE 3LIQA 5P3GA 5C9DA 5P5AA 2PWCA 4JECA 1FKNA 2PC0A 1K6VA 3RTMA 1LF4A 5P8LA 1QDMA 5P7YA 2WF3A 4Y5GA 3UHLA 1SP5A 4GJDA 3EM3A 4I0DA 2MIPA 4L7JA 1J71A 1VIJA 3DCRA 2B8LA 5P0YA 2RSPA 5P2JA 5COPA 3A2OA 1BAIA 3JVWA 4HDFA 1UH7A 1B11A 3HDKA 2AZCA 1PROA 5P6WA 3TKGA 3CKRA 1NH0A 3VSWA 5DR3A 3ST5A 4Y9WA 2AOGA 4Y4ZA 5KR2A 2IGXA 1GVUA 3EL0A 4GB2A 3NU3A 3LPKA 3HAWA 4ZEAA 3OU1A 4QJ8A 5SXNA 5P31A 5P08A 5P2HA 5P49A 5OZQA 3OQKA 1BDQA 3QI1A 1HTFA 5HDZA 2F80A 1C70A 1N49A 2ZJMA 3PLLA 2QZXA 5P4LA 3TH9A 5P5HA 1B6PA 3INDA 3OQ7A 3L5BA 2APRA 3WB5A 1AAQA 5P8FA 3KT2A 4QJAA 3PGIA 3K5CA 5P74A 5P1GA 5P2LA 2JE4A 4ZPGA 5ENKA 2WL0A 3LITA 3CICA 5P7AA 3KFPA 4AA9A 1K6CA 3JW2A 3K5FA 2G22A 1K6PA 5P82A 2O4LA 1APTE 3U7SA 3OGQA 2WKZA 4F73A 5P63A 4B70A 4JPEA 3SPKA 3S2OA 1FB7A 3Q5HA 4Y4GA 4DJRA 1K2CA 1BXQA 1D4HA 2QZKA 4JOOA 5P7KA 3VYDA 1EC1A 1KJFA 1QS8A 5P7SA 2CEMA 4Y3HA 5P3WA 4B00A 3NXNA 5OZUA 4EP3A 5P3IA 5P3TA 3PCZA 5P38A 3G70A 1D4JA 4OBKA 1FQ7A 5OZ5A 4I11A 1TZSA 4I10A 3MSLA 1EPPE 1YTHA 2R38A 3UQWA 5P3PA 4I0FA 3APRE 3ZKSA 4HDPA 5HE7A 5AHBA 4B05A 4U7VA 5OZYA 5P0JA 4D89A 5P34A 2JJJA 5P4AA 1KZKA 4EHCA 4EJ8A 1B6LA 3ZMGA 3QRSA 5P5UA 4AUCA 5P3KA 2VNNA 1HVLA 1QRPE 2G27A 3IGBA 5P60A 5P7XA 5P4OA 4QJ2A 4IVTA 5OZ4A 2VJ6A 3KT5A 3GI4A 1IVPA 5P1VA 5P5JA 3N3IA 3K1WA 3VF3A 4DQBA 1GNNA 4OBDA 1MERA 4K9HA 4BELA 4LBTA 5P8DA 4EWOA 3DK1A 1AJXA 3PM4A 4ZPEA 4KUPA 4K8SA 4QLHA 5P2AA 2J9JA 3VV7A 4EYRA 5KQZA 5P15A 5P0CA 1FQ6A 4NKKA 3HZCA 5P28A 3OXVA 5P0XA 2QD8A 5P7CA 2OF0A 2AOJA 5B18A 5DPZA 3NDTA 2WEDA 4HE9A 4R95A 4X7IA 5P0IA 3PJ6A 4Y5KA 3I6OA 5P2CA 5OZNA 1UPJA 1PPLE 5HDUA 5P40A 3ZKIA 4J1EA 3VV6A 2QNNA 1SMRA 4X2LA 5P1RA 3D3TA 4DJOA 1MSNA 5HCOA 2ZYEA 2WF4A 4YCYA 5P1LA 3T11A 3UFLA 4R8YA 1QBUA 4QJ7A 3CYWA 1T7JA 2Q15A 4M8YA 3LZYA 4B77A 5P4YA 5P3BA 4A4QA 5P1AA 4B72A 5DQ2A 3MXDA 2VA6A 3QP0A 2VIZA 1A30A 1FF0C 4I0GA 5P6RA 2PSGA 4J17A 2Z54A 2G69A 5P4CA 4LXMA 5P0TA 4Z50A 3OADB 2B7FA 4YBFA 3OAGB 3QAAA 3ZPSA 2PH6A 3I8WA 4D83A 1UH8A 5P57A 4H3IA 4R92A 1W5XA 2IKUA 5P7PA 1B5FA 2BPZA 4Y53A 5OZ1A 1MIQA 3NDWA 4Y3GA 5HVPA 1HHPA 5P6IA 1BWAA 4Y5AA 5P5GA 3KN0A 3NWXA 4YD4A 4Y57A 3PWRA 1K1UA 4Y3LA 3EKWA 3O9GA 1K2BA 4Y4XA 2B8VA 4DV9A 4D88A 4ER2E 5P5XA 4Y3QA 4L7HA 1SGUA 2OHQA 4I8WA 4F74A 5I70A 3SAAA 5P3JA 1ER8E 4YCKA 4TRYA 3KF0A 4Y56A 1A8KA 1SGZA 4RCEA 1GVWA 5OZRA 1WBMA 2R9BA 2QZLA 2OHTA 5OZJA 4I8ZA 4F76A 4Y51A 1AXAA 5P5OA 2O4SA 5P2UA 5OZCA 1D4YA 3OXWA 1W50A 1HVJA 4FS4A 4TRWA 5P09A 5OZ7A 2NXMA 5OZSA 1EPOE 4Y5BA 5P23A 1W5YA 1B6MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C6X A;  1RPI A;  4DJY A;  3SO9 A;  3OHH A;  1KJ7 A;  3EKT A;  3LIZ A;  2G1N A;  5P0D A;  2OAH A;  4Y3W A;  5HDX A;  5OYT A;  3GGU A;  1TSU A;  4I12 A;  4WY6 A;  3OU1 B;  5P11 A;  5P8H A;  3K5G A;  4CP7 A;  3Q3T A;  5P2D A;  2P3C A;  5OZ9 A;  3UQP A;  4D8C A;  5P2W A;  2H6T A;  5P5I A;  2I4W A;  2HPF A;  1T6G A;  3INE A;  2V0Z C;  1OHR A;  2AZB A;  4H3J A;  3OAD A;  4OBH A;  5OZE A;  3SM2 A;  3OAG A;  3OY4 A;  2VA7 A;  2G1R A;  4K4R A;  5HDV A;  3KFN A;  4Y3P A;  2G24 A;  5P66 A;  4TVH A;  4Y5P A;  5P42 A;  2AZ8 A;  1EC2 A;  4DQC A;  1ZSF A;  5P8B A;  4LL3 A;  1Z1R A;  5OZ8 A;  3LZS A;  1G35 A;  5P46 A;  2B7Z A;  5P6C A;  5P0P A;  2XFI A;  3QS1 A;  5P7T A;  2F3E A;  5P7F A;  3UF3 A;  4RCD A;  4PYV A;  4FLG A;  3INH A;  2P3D A;  1FGC C;  4DJX A;  4YOB A;  5P7G A;  4Y3S A;  3VLA A;  3EXO A;  5P3E A;  5T4S A;  3L38 A;  4PPH A;  5CON A;  3RSV A;  3IVI A;  3ZL7 A;  5P7L A;  9HVP A;  2G94 A;  4J0V A;  5P8V A;  3IN3 A;  4Y4W A;  1GVT A;  1IVQ A;  5P2V A;  5P6V A;  2HAH A;  2WJO A;  2NNP A;  3Q4B A; 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 2BQV A;  3OUC A;  3QIH A;  4H3G A;  5P2X A;  5P6O A;  5OZ6 A;  2NR6 A;  1IDA A;  3K4V A;  5P6Y A;  5P7E A;  5P4W A;  3KM4 A;  3O9L B;  5P1W A;  2OHN A;  3U6A A;  5P4P A;  3EKP A;  4J0P A;  1BVE A;  1MTR A;  3SAC A;  2AVO A;  1ZP8 A;  5P8J A;  4DJU A;  3GGX A;  1FQ5 A;  1DAZ C;  5P5N A;  4MC6 A;  1WBK A;  1C6Z A;  4Q1X A;  5KQY A;  2QD7 A;  4QGI A;  2ZHS A;  1Q9P A;  3JVY A;  2IS0 A;  5P0B A;  3T7X A;  4CPQ A;  5P3X A;  1FQ8 A;  3URJ A;  2FDE A;  4Y3M A;  5P7B A;  4Y4A A;  3OUB A;  1HPX A;  5HU0 A;  5DQ4 A;  5SZ9 A;  2P3B B;  2ER7 E;  5P2S A;  2HS1 A;  5P3V A;  1M4H A;  5JFU A;  1DMP A;  5OYV A;  2IDW A;  5P88 A;  5P3M A;  4ER4 E;  5P4Z A;  5P0E A;  5P00 A;  2JXR A;  5P6T A;  2PMA A;  5SY2 A;  3UDQ A;  3NWQ A;  5P2Z A;  5IVQ A;  5OZO A;  3UCB A;  4BFD A;  1GVV A;  5P64 A;  3RVI A;  1LYW B;  4LHH A;  5P83 A;  3OQA A;  1MRX A;  1XL5 A;  1APW E;  3LIQ A;  5P3G A;  5C9D A;  5P5A A;  2PWC A;  4JEC A;  1FKN A;  2PC0 A;  1K6V A;  3RTM A;  1LF4 A;  5P8L A;  1QDM A;  5P7Y A;  2WF3 A;  4Y5G A;  3UHL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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