4ACUA

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors. x-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 14
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
388
structure length
372
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Aminoimidazoles as BACE-1 inhibitors: the challenge to achieve in vivo brain efficacy.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 372
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4acuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4acuA02
5P8MA 3TOHA 2R8NA 3OU4B 1B5FA 5P7WA 1DMPA 2R5QA 5P3EA 5HDVA 4F75A 5P0YA 2AOFA 5P1RA 4J5JA 4I8ZA 5P2DA 2FDEA 5JODA 3QAAA 2WKZA 5OZXA 3MWSA 5P65A 1BVEA 1LF2A 2J9JB 3TOGA 1VIJA 5P2MA 4I0FA 1FQ6A 5P1NA 9HVPA 3LPKA 4LXAA 1KJGA 3VSXA 2MIPA 3OADB 2R5PA 5P2RA 3MXDA 1MRXA 4Y3SA 4DQEA 4FLGA 5EZZA 4Y44A 5P24A 1HWRA 2OHSA 4U7VA 5P7LA 4CP7A 1MSMA 1LF4A 1AJXA 1DAZC 4FRSA 5P00A 4Y4GA 5P2QA 3VFBA 5P70A 4Y3DA 5HDUA 3LIVA 1LYBB 2RKFA 4ZPGA 2IEOA 1FB7A 1IZIA 1E82E 4OBKA 3SM1A 4NKKA 4F76A 3KYRA 5P4JA 3NLSA 5COPA 3U7SA 3TLHA 1B5FB 3PLLA 5P7VA 4HDFA 4FRIA 3G72A 1AJVA 1PSOE 4XX4A 1D4YA 2QK5A 5P38A 4H1EA 5P2HA 5P6RA 3WZ8A 3UDJA 2AZ9A 4BELA 4UPJA 5C9DA 1BDLA 4Y5AA 3VSWA 4D88A 4Y3MA 3LNKA 3TPPA 2ZJHA 2VS2A 5OZ3A 4Y50A 3UDRA 3SM2A 3BHEA 1LYAA 1CZIE 4RVJA 3UQPA 2OHKA 5P3GA 1D4LA 3OQAA 1ODWA 4RVXA 2IDWA 4X7IA 5P57A 3EKXA 4J0YA 4XKXA 5OYYA 1T6GA 1T7KA 5P6IA 3GGUA 8HVPA 3OQKA 5P0ZA 3IXOA 5P7SA 1HSIA 4DJQA 4LP9A 4FL8A 3U71A 3TL9A 3QRMA 4Y3RA 3ZMGA 5P34A 2AIDA 5P6HA 4YOBA 2UPJA 5HDXA 5P08A 5P7FA 4KE0A 1W5WA 3KDBA 2AOCA 2AVMA 1WKRA 3GI5A 3OOTA 1APVE 4DJUA 4Q5MA 1K1UA 4LL3A 5P1KA 4LBTA 4Y4TA 4H3FA 3AIDA 1XN3A 4Y4EA 4H3JA 1NSOA 3PI5A 3VEUA 2HIZA 3SA9A 3OOZA 2PH8A 3NU9A 5P48A 1YTIA 5P0XA 1PPKE 3EM6A 3O9FA 4WY1A 1K6TA 2RKGA 3LZUA 1LYAB 2QZXA 3SABA 4YDFA 5P1FA 2H6SA 5P5EA 3SA5A 3OUAA 1D4IA 3URLA 3QRVA 1IVQA 1SP5A 3RTNA 3NXNA 1YTHA 5HCOA 4Y3FA 4HA5A 4I10A 3BGBA 2F3FA 5UPJA 1CMSA 5P0AA 1KJFA 4Y5EA 2G24A 4R93A 5OYWA 3JVWA 4Z22A 5P2YA 3ZKSA 5P5GA 4CPTA 4Y36A 5P1BA 2EWYA 5P1SA 5OZFA 1UPJA 2QU3A 3UDKA 4PZWA 3KA2A 5AH7A 4EP3A 2PK5A 5P60A 2AZ8A 5P5AA 5ENKA 2ZHTA 4Y37A 4B0QA 4YE3A 2WHHA 3D1YA 3R1GB 5P1EA 4QJ9A 2NPHA 5P19A 5AH8A 5P51A 3B80A 3LZVA 3K5CA 3F9QA 4FM8A 4YBIA 1A30A 4E43A 3GW5A 4Y57A 2HM1A 3OQDA 1EC3A 5OZGA 1SMEA 5P14A 3QBFA 3SPKA 1AZ5A 2NNPA 1FFFC 4NJVA 2I0AA 5P20A 3ZKMA 2R43A 5P30A 3T6IA 1LF3A 5P3CA 1MTRA 5P3HA 1MERA 4FM7A 1BV9A 3FIVA 1TSUA 2HAHA 1D4SA 2QI1A 2OF0A 6FIVA 3NDWA 1LYWA 4FS4A 3EL0A 4RLDA 3T7PA 1OEWA 3OU3A 2ZDZA 4OD9B 5OZ7A 1HPXA 4H3IA 5P6SA 4LHHA 3NXEA 3M9FA 3QP0A 5I3YA 5P46A 3WZ6A 4OBGA 4CPRA 5P3JA 5P6AA 3T3CA 3IXKA 2QI0A 3S7LA 5P0RA 1ZPAA 2AODA 5DR0A 3G70A 1HTFA 2BPXA 1RQ9A 4GJCA 3QI1A 2FDPA 4F73A 5OZKA 5P4YA 5OZPA 5P0BA 3VUCA 5P0LA 5P2WA 1Q9PA 2HB2A 5P1DA 3TKWA 1W5VA 1MTBA 5AHCA 1GVTA 3DJKA 5AGZA 3IAWA 5ISKA 1FIVA 4CMSA 3PSUA 5P62A 2VIEA 3WB4A 5P3IA 3QVCA 3DCKA 1YM4A 2ZGAA 1HEGE 3MSKA 2CEJA 1KZKA 3ZL7A 5P6WA 3S43A 1TCXA 5P3DA 3LZSA 3EKQA 3FV3A 5P5LA 4JPCA 1QDMA 1LYWB 5P04A 5P72A 5P6UA 5P7MA 2P3AA 3KMXA 5P05A 2I1AA 5P1PA 5P5HA 1ZBGA 2OHNA 4YCYA 3K4VA 4DVFA 4FRKA 2XYEA 5P3YA 3APRE 1PPME 4BFDA 5SY3A 4B77A 5P3QA 4Q1NA 5P88A 5F01A 4GB2A 4NJTA 1YT9A 4Y4XA 2J9KA 4Y3JA 5P27A 3EM4A 5P2ZA 3PCZA 3KN0A 3MSLA 3SFCA 2WJOA 4Y3YA 1UH8A 3Q5HA 1EBKC 3C9XA 4HZTA 3D1XA 1FQ5A 1GVVA 1BAIA 3NDXA 2VA7A 2AQUA 3APPA 4K4RA 1K6VA 2FMBA 3UPJA 4CPUA 2G22A 4Y35A 4I0JA 3S43B 2VIJA 5OZ9A 1DP5A 2NXDA 5P13A 5P0GA 1OEXA 3L5BA 5SY2A 2WF2A 5P4ZA 3VF5A 4ZSRA 5KOSA 4Y4ZA 3EKPA 3OXCA 2QI6A 2IENA 4Y3GA 5P6OA 4AA9A 1FG6C 3JVYA 4Y5KA 1EPPE 2WF0A 5OZCA 5OZOA 1SMRA 1DW6C 3I8WA 5P03A 3OGPA 1G35A 4FIVA 2PQZA 1XL2A 3WSJA 5P4IA 3R0YA 5P4DA 5P29A 3KFNA 5P15A 4Y3AA 4BFBA 5OZMA 3SLZA 4B78A 4Y3PA 4ER4E 2OHTA 5P35A 2HS2A 1BILA 3WZ7A 5PEPA 2G1RA 1HIVA 4LC7A 4YD3A 2OHQA 5DQ5A 3OXVA 2ZHRA 5P0CA 5AH6A 5P1GA 5P71A 2G27A 2R9BA 5P8PA 5I70A 4JPEA 3BVBA 5AHBA 4Y54A 5P86A 5SXNA 1K6PA 3IGBA 5P56A 1FF0C 3EMYA 3OU4A 4Y5PA 4CPWA 2Q64A 5P4SA 5OZ2A 5P4VA 3HLOA 3EL9A 4J1CA 5P6NA 1NH0A 4OBJA 5OZDA 3ZKXA 3EL4A 3EKWA 2B7ZA 1Z8CA 4AZYA 4KUPA 4Y47A 5P2KA 1ZJ7A 5P63A 5OYZA 4J1FA 2PSUA 3INHA 1ME6A 4RCDA 1Z1RA 5P8SA 1U8GA 3LIXA 5P8IA 4I11A 4CPSA 3HAWA 5P6QA 5IVRA 4LAPA 4Q1YA 1HPSA 1CPIA 2XFKA 5P73A 3SACA 4D85A 5DQCA 2FGUA 4Y3QA 4ACXA 5P1UA 4X2LA 2BPWA 5KR0A 2FXEA 4CPXA 4S1GA 2I4XA 2OHMA 4CKUA 3CMSA 5HU1A 3L59A 3U6AA 2I4WA 2PMAA 3QROA 5P3VA 3SA6A 1FKNA 5JFPA 1YTJA 3QS1A 5P5RA 3ZPUA 4Q1XA 3D20A 3ZKQA 3DOXA 1HXWA 4EJKA 5P6LA 1TCWA 4GYEA 5P5NA 5P4CA 2B7FA 5TOLA 1HIIA 4L1AA 2VIZA 3OAGA 1HSGA 4FSEA 5OZJA 3BC4A 4RYCA 3UCBA 5P2LA 5P5OA 3WB5A 5P49A 5OZ5A 3NU4A 5P0FA 4DFGA 3HAUA 1QRPE 3KDCA 5P2BA 5COKA 5P5ZA 2R3WA 6UPJA 5P4LA 1QBUA 2NXMA 3H0BA 2AVSA 3QPJA 1W50A 1FGCC 5T4SA 2QZKA 3URIA 3NWQA 3IA9A 3SAAA 5P53A 1B6JA 1FMXA 5P8BA 1HVIA 1EBZA 5P69A 4HVPA 4U8WA 2HB3A 3O9CA 5P6CA 3HD8A 3A2OA 4D8CA 3PI0A 4ZEAA 3L3AA 5C9BA 4QJ2A 2NMYA 5KQYA 1LEEA 5P4AA 5P8HA 2AVVA 4MC2A 4L1AB 2HC0A 1IZEA 2JJIA 3OAGB 4Y4WA 4BEKA 1M4HA 4I8WA 4L6BA 1MIQA 3OUCA 5IS4A 5P79A 1EBWA 4ACUA 5KQXA 5DGUA 1EPLE 2QNNA 3CKRA 4A6CA 3KT5A 3PHVA 1VIKA 3BGCA 3LIQA 4GJ8A 4DJOA 4EQJA 3PWMA 5P3UA 1EBYA 2RENA 3PGIA 1IDAA 5P61A 5P7UA 2QP8A 3PBDA 3Q6YA 5P0HA 3T7QA 3K5GA 4Y53A 5KR1A 4JP9A 5OZ4A 5B18A 2R3TA 1C6XA 2RMPA 4M8XA 2WEBA 3PVKA 1F7AA 4B1EA 4COEA 2IGXA 5P18A 4DPFA 4Y45A 3TOFA 4GJ5A 5P4WA 2UY0A 5P6YA 3QRSA 1D4JA 3BUFA 5P8JA 5P7GA 3O9LA 1IZHA 3TTPA 5P5FA 1FQ7A 2Q11A 4AUCA 4IVTA 5P3ZA 2OHRA 5HDZA 1HVCA 5OZSA 3RSXA 4Z50A 4NPTA 5P4FA 5P87A 4DJVA 5P89A 3O9HA 1UH9A 5P5QA 1SIPA 1MPPA 3BXSA 1BV7A 4ZPEA 4PPHA 2OHLA 2A1EA 1PSAA 3ER3E 2HPFA 1C6YA 5P7AA 2O4PA 4DJPA 3HVGA 5OZ1A 2BPYA 5I3WA 1IIQA 5OYXA 1M43A 4YD5A 2P3BB 4Y4DA 3EBZA 5P8GA 1ODXA 5DR3A 4YA8A 2F81A 3L58A 2AOEA 4Z2ZA 2CEMA 2PC0A 4AMTA 5P4RA 4M8YA 4OD9A 1ZTZA 3I6OA 2FNTA 3O9LB 3CIBA 4RZ1A 5P1CA 4DQGA 3CYXA 4DV9A 4EQ0A 3QVIA 3O9DA 5SZ9A 4Y4BA 5OZ0A 2QI4A 4EXHA 2BKSA 5P5VA 4YOAA 3CICA 3NU3A 5P5CA 1MRWA 3O9BA 4FSLA 2FS4A 5P7DA 3URJA 5P0QA 5OZNA 4OBHA 5OZWA 5P06A 5P3RA 5P4GA 5P42A 4MC6A 5P7YA 4Y4JA 3INEA 4FM6A 4PYVA 1NPAA 1RPIA 4RROA 4Y3EA 5AHAA 1HBVA 1AXAA 3NR6A 5P3WA 4B72A 5DR7A 5P1IA 3PMYA 1K2CA 5KR8A 5P1JA 1HVJA 5ER2E 5P7KA 5P6EA 2PYMA 1BBSA 5P7PA 3UDQA 5P2AA 3IVIA 4ZE6A 1DIFA 1HSHA 1ER8E 3O99A 5P40A 5P54A 3RTMA 1HVKA 3L5CA 5P33A 1D4HA 1FEJC 4RCEA 4IVSA 5P6BA 3D1ZA 2P4JA 2VJ6A 1PSNA 1LS5A 5P3AA 2G94A 3GI0A 3KMYA 5P6ZA 2QI3A 3KFSA 4N00A 4PEPA 2V10C 5HVPA 3I7EA 4L7GA 2JYSA 5P8NA 2V16C 5P0NA 1BXQA 5P6GA 5P16A 3L5EA 1YM2A 5P6TA 3OQFA 1J71A 5F00A 5P07A 2O40A 3OQ7A 1B6KA 1ZSFA 1XDHA 5OYVA 5P2OA 1SIVA 1FLHA 3DV1A 4J54A 4LXMA 3O9AA 5P3NA 3GI6A 2XFJA 1HHPA 3PJ6A 5KQFA 4HE9A 5P8KA 2RSPA 5BRYA 3TPJA 4ZPFA 3SA3A 4DQHA 1KJ7A 4GJ9A 2HB4A 3EKTA 2B8LA 1MT9A 4EYRA 4J1HA 1D4KA 1WBKA 3O9IA 2IGYA 1GVUA 3VYFA 3OUBA 4J1KA 5IVQA 5P2TA 3GGVA 5P5SA 1BWBA 1HTEA 1SGUA 2ZJJA 3L38A 2WF3A 5P2SA 2QMFA 1A8KA 3VYDA 3Q4BA 2QNQA 1XN2A 2OAHA 3VLBA 4B1DA 2WL0A 3IN4A 5OYRA 1AVFA 2ZHUA 5P7NA 5P1AA 3IVHA 1NPWA 1XE6A 5P1OA 2ER7E 5BWYA 5P0TA 1PFZA 4NPUA 5P26A 4KB9A 1HTRB 3N3IA 2CENA 4AA8A 7HVPA 5P5IA 4Y5BA 5P3FA 2QHYA 4L7HA 5P23A 2ER0E 2AVOA 1A94A 4Y5GA 3VLAA 1TSQA 1EPNE 1SH9A 4K8SA 3UQRA 5P3TA 5P75A 5P76A 3S7MA 2F3EA 3OUDB 3VCMA 2V13A 2ER6E 3I2LA 5P1TA 4FAFA 4OBDA 1HOSA 4MC9A 4GZFA 5OYSA 1AIDA 2JXRA 2SAMA 4Y3ZA 5DQ4A 3K5DA 5E5JA 1EPME 5P6KA 3EXOA 1APTE 1XS7D 1FQ8A 5CONA 4R5NA 5P17A 4R92A 1G6LA 4K9HA 2JJJA 3LIZA 5OZAA 1A9MA 5P59A 5P1YA 5P83A 5P78A 5I3VA 5P3XA 5P1LA 5P28A 2I4UA 1MVPA 3ZPTA 3ER5E 1TW7A 3I25A 2O4KA 5P39A 2O4LA 2V0ZC 5P66A 3HDKA 2AOGA 1BIMA 4HDPA 4TVGA 5P0DA 1W6HA 1YX9A 5P0UA 3TPLA 3VV8A 3S2OA 1EAGA 3UFNA 5P1QA 3G6ZA 4DJRA 4A6BA 3IN3A 5P4PA 4DJXA 2BBBA 5P8AA 3KFPA 3PSGA 4DQBA 5OZLA 2VKMA 1BDQA 3UHLA 4MC1A 3VV6A 4Y43A 1BXOA 5P12A 3NDUA 4GJBA 5P8OA 3SKFA 3LINA 2V00A 5P77A 2O4SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8M A;  3TOH A;  2R8N A;  3OU4 B;  1B5F A;  5P7W A;  1DMP A;  2R5Q A;  5P3E A;  5HDV A;  4F75 A;  5P0Y A;  2AOF A;  5P1R A;  4J5J A;  4I8Z A;  5P2D A;  2FDE A;  5JOD A;  3QAA A;  2WKZ A;  5OZX A;  3MWS A;  5P65 A;  1BVE A;  1LF2 A;  2J9J B;  3TOG A;  1VIJ A;  5P2M A;  4I0F A;  1FQ6 A;  5P1N A;  9HVP A;  3LPK A;  4LXA A;  1KJG A;  3VSX A;  2MIP A;  3OAD B;  2R5P A;  5P2R A;  3MXD A;  1MRX A;  4Y3S A;  4DQE A;  4FLG A;  5EZZ A;  4Y44 A;  5P24 A;  1HWR A;  2OHS A;  4U7V A;  5P7L A;  4CP7 A;  1MSM A;  1LF4 A;  1AJX A;  1DAZ C;  4FRS A;  5P00 A;  4Y4G A;  5P2Q A;  3VFB A;  5P70 A;  4Y3D A;  5HDU A;  3LIV A;  1LYB B;  2RKF A;  4ZPG A;  2IEO A;  1FB7 A;  1IZI A;  1E82 E;  4OBK A;  3SM1 A;  4NKK A;  4F76 A;  3KYR A;  5P4J A;  3NLS A;  5COP A;  3U7S A;  3TLH A;  1B5F B;  3PLL A;  5P7V A;  4HDF A;  4FRI A;  3G72 A;  1AJV A;  1PSO E;  4XX4 A;  1D4Y A;  2QK5 A;  5P38 A;  4H1E A;  5P2H A;  5P6R A;  3WZ8 A;  3UDJ A;  2AZ9 A;  4BEL A;  4UPJ A;  5C9D A;  1BDL A;  4Y5A A;  3VSW A;  4D88 A;  4Y3M A;  3LNK A;  3TPP A;  2ZJH A;  2VS2 A;  5OZ3 A;  4Y50 A;  3UDR A;  3SM2 A;  3BHE A;  1LYA A;  1CZI E;  4RVJ A;  3UQP A;  2OHK A;  5P3G A;  1D4L A;  3OQA A;  1ODW A;  4RVX A;  2IDW A;  4X7I A;  5P57 A;  3EKX A;  4J0Y A;  4XKX A;  5OYY A;  1T6G A;  1T7K A;  5P6I A;  3GGU A;  8HVP A;  3OQK A;  5P0Z A;  3IXO A;  5P7S A;  1HSI A;  4DJQ A;  4LP9 A;  4FL8 A;  3U71 A;  3TL9 A;  3QRM A;  4Y3R A;  3ZMG A;  5P34 A;  2AID A;  5P6H A;  4YOB A;  2UPJ A;  5HDX A;  5P08 A;  5P7F A;  4KE0 A;  1W5W A;  3KDB A;  2AOC A;  2AVM A;  1WKR A;  3GI5 A;  3OOT A;  1APV E;  4DJU A;  4Q5M A;  1K1U A;  4LL3 A;  5P1K A;  4LBT A;  4Y4T A;  4H3F A;  3AID A;  1XN3 A;  4Y4E A;  4H3J A;  1NSO A;  3PI5 A;  3VEU A;  2HIZ A;  3SA9 A;  3OOZ A;  2PH8 A;  3NU9 A;  5P48 A;  1YTI A;  5P0X A;  1PPK E;  3EM6 A;  3O9F A;  4WY1 A;  1K6T A;  2RKG A;  3LZU A;  1LYA B;  2QZX A;  3SAB A;  4YDF A;  5P1F A;  2H6S A;  5P5E A;  3SA5 A;  3OUA A;  1D4I A;  3URL A;  3QRV A;  1IVQ A;  1SP5 A;  3RTN A;  3NXN A;  1YTH A;  5HCO A;  4Y3F A;  4HA5 A;  4I10 A;  3BGB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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