4AZYA

Design and synthesis of bace1 inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides (compound 10)
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Design and synthesis of beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4azyA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4azyA02
4U8WA 2G1NA 4L1AA 5JFPA 1GVUA 3L5BA 1SMEA 1ZPKA 2J9JA 3O9GA 3LIYA 4Y3AA 1A9MA 3SA3A 5P6GA 5P72A 1LYAA 1G35A 5P8IA 3VSXA 1YTJA 3PHVA 2WEZA 1PPLE 1IZDA 1YM2A 5SXNA 4Y5EA 2QMPA 5P6HA 1HBVA 3BVAA 4QJ6A 3MXDA 5P07A 5P17A 1HVLA 2AODA 5P1ZA 1AIDA 1E80E 3S7LA 4RCFA 3KYRA 1YTIA 2QP8A 4YBIA 5P18A 1AJVA 1DW6C 5IE1A 1C70A 3OWNA 3TH9A 4CPRA 5HE5A 5P0UA 4PZWA 3MSKA 2PH6A 5DPZA 3BUHA 2AOGA 4HDBA 4PZXA 4ZPFA 1HOSA 3BXSA 5P0SA 4D89A 2QD8A 1FQ6A 5P45A 4J17A 3VFAA 2QHCA 2BPWA 5P37A 5OZ5A 3EM6A 5P1WA 5P1XA 3KMYA 3NWQA 3D1XA 2B7FA 2WF4A 2WHHA 3JW2A 4K8SA 1D4YA 4A4QA 1MSNA 2V11C 5DR7A 4DFGA 5P40A 5P01A 3I7EA 3L3AA 1YM4A 3KFNA 3ZKSA 5I3XA 3OTYA 5P6WA 1IVPA 3PSGA 3INFA 4DJXA 5OYRA 4B00A 1EC2A 5P3QA 5P8SA 1SP5A 3PI5A 3OUAA 3Q4BA 2A1EA 1META 3DCKA 5P2NA 4AMTA 2QMFA 5P6ZA 4M8XA 2NPHA 2BB9A 5P56A 1TSUA 2F3EA 5OYXA 1KJ4A 1BWBA 1MIQA 2G26A 5P7EA 5DQ2A 5P0LA 5OZQA 4HEGA 1GNMA 5P53A 2P4JA 3BXRA 2G22A 5JODA 4GMIA 4RGHA 2ER9E 3ZPUA 4FM7A 5JFUA 5P5QA 4Y5CA 4XX3A 1LF3A 5P6KA 5P5KA 3O9BA 1SBGA 1MTBA 1HPOA 4RCDA 5P8TA 4CPTA 1AZ5A 3GI0A 5P3EA 3UQPA 2J9KA 4IVSA 4Y5KA 5P1CA 2AVMA 1Z1RA 2R3TA 4GJ8A 5P2VA 2VJ7A 2JE4A 3PBZA 5P12A 3IXJA 4ZEAA 5P2FA 3VLAA 1ZSFA 3VF3A 5P5TA 2PH8A 5P5JA 2Q54A 4FSLA 4HZTA 3UDRA 4J1IA 4B72A 1TZSA 1ZSRA 3APPA 4J54A 1QBUA 1T7IA 4Y3EA 4K4RA 1DPJA 1ENTE 1G2KA 5P86A 3PLLA 2HAHA 4I0JA 3IN3A 5OZ6A 2EWYA 5P1LA 5P3ZA 3QBHA 4L6BA 5P2AA 5P5HA 4FRJA 1XL2A 4GJ9A 1GKTA 1T3RA 2PC0A 4Y50A 3VV7A 5HCTA 3DV5A 4B77A 2RKFA 4H3IA 3WZ8A 2QI4A 3DCRA 1EC0A 5P4CA 4H3FA 5OYWA 3QP0A 2JJIA 5C9BA 3APRE 4BEKA 5P31A 1BDLA 1EPQE 2FMBA 3UQUA 4LC7A 3ZL7A 5DQ5A 5P80A 2QZWA 1PROA 3EKTA 5P51A 2OF0A 2I1AA 4A6BA 4DJUA 4WY1A 1BILA 2FNTA 1BDQA 5P3CA 2ASIA 3AUPA 4Y4UA 3ZKQA 4ZSRA 2H6TA 4DVFA 1HVJA 3IN4A 4Y3RA 3HW1A 5P8PA 3T7QA 3BGCA 2OHLA 3VYFA 5EZXA 2ZJHA 4LXKA 5AHAA 3SABA 5P49A 5CLMA 5P26A 1IZIA 3OHFA 4ER4E 5P6EA 3K4VC 1B5FB 5I3VA 5P1YA 1K1UA 5P7PA 4DUSA 5HDUA 5P3SA 4EYRA 1HSHA 5P68A 3TOGA 2RENA 3TTPA 3G70A 3DK1A 2QZXA 2AVSA 4YDGA 5KQXA 1DP5A 2I4QA 6UPJA 2XYFA 4DV9A 4RZ1A 5P87A 3FV3A 2ANLA 3O9LB 3TKGA 1QBRA 5ENMA 2NTRA 2IRZA 3O99A 3NUJA 3S45A 5OZ9A 5OZZA 1EPME 1QS8A 3UTLA 3BUFA 4HDFA 1EBZA 2RKGA 1YT9A 5KQYA 2WECA 3PMUA 3PCWA 5OYSA 4CPUA 2G21A 1UH9A 1W50A 3ZOVA 5JG1A 5OYTA 5P2ZA 4H3JA 4RYCA 1K2CA 2UPJA 5P7DA 5P7IA 2OHPA 4EJ8A 5P7BA 4S1GA 5P6FA 5P29A 3NWXA 5P1BA 2QI6A 5P6IA 4Y38A 1T6EX 3CKRA 3BC4A 5P7FA 1EPPE 5P5CA 5P36A 3LPJA 5P7YA 5P4UA 3HVPA 4Y4EA 2RSPA 3PGIA 4PEPA 4Y51A 4B70A 2G1YA 2ZHUA 3ZMGA 4UPJA 4J1FA 1LS5A 2G94A 2BPYA 5P3AA 3KF0A 1AVFA 4FLGA 5J25A 5P7TA 1C6YA 3EL4A 2ZGAA 4LAPA 5P6DA 2PSVA 3AIDA 5KR2A 4Y3DA 5P62A 5P0BA 5P2HA 3GGAA 1EC3A 3ST5A 3GI6A 5IVSA 5P2JA 5P1VA 3C9XA 2QMGA 3K5GA 5HDVA 1HXBA 1XDHA 2FGVA 5P3OA 5P6VA 5P7ZA 4Y3SA 4ZPEA 5P8VA 3SA8A 1U8GA 2G27A 2NXLA 2HB4A 2IL2A 3TOHA 2BPVA 4Y54A 3D20A 1XE6A 3QROA 1IDBA 3HVGA 3QPJA 3EKYA 5P75A 2ZJNA 5C9FA 5I70A 3OADB 3URLA 3R2FA 4QLHA 1DAZC 5OZAA 2G69A 2PYMA 1ER8E 3I25A 4Y3NA 2QNNA 1C6ZA 5P67A 5OZBA 1A30A 3U7SA 4B1DA 3NXEA 5IVQA 2IGYA 5I3WA 5P3GA 4ACUA 5P3MA 4R95A 5OZWA 1W5WA 4ZE6A 5P60A 5DR4A 2Q64A 1BDRA 4Y9WA 4LL3A 1MRXA 2XFJA 4J0TA 5P66A 2R43A 2FS4A 5OZEA 3L5FA 2IKUA 2Q5KA 4LBTA 4RYGA 5P0YA 3EL1A 2G1RA 4XXSA 5OYUA 5P15A 3OXWA 3LZSA 3KDDA 3IXKA 3OTSA 3PCZA 4JPEA 3KDBA 3KFPA 4Y3MA 2O40A 5P1SA 5OZYA 4HA5A 4ER2E 4I8WA 2XYEA 5P33A 5P5PA 5DQ1A 4YD6A 1A8GA 5HE4A 1PSNA 3EL9A 3K5DA 2AZ8A 1GNNA 3NDWA 2F8GA 5I3YA 3NU6A 1MVPA 2O4SA 2BKSA 3S8IA 2QD7A 2AOEA 4PYVA 1ZJ7A 5P2SA 2FLEA 3L59A 2JJJA 2FGUA 5P2EA 2ZJMA 4PPHA 3ER3E 2P3CA 3NR6A 3LPKA 3WB4A 1F34A 3OQAA 3QVCA 2AZBA 2WEBA 1BV7A 2V16C 4YOBA 5P8CA 2V00A 2VIZA 3OK9A 1FKNA 1CMSA 1B5FA 2NXMA 1K6TA 3HAUA 3EKPA 5P5DA 4AUCA 1HEGE 4DQGA 4MC9A 1ZP8A 8HVPA 5AHBA 4WY6A 3S56A 4DPFA 4GJBA 3ECGA 2QI7A 5OYVA 3SLZA 5P48A 3VFBA 5P3WA 2AOIA 3INDA 5P4DA 2I0AA 1HTGA 3OU4B 2APRA 3O9FA 3O9LA 1ZTZA 4R91A 2B8LA 5P57A 5HTZA 3EL0A 5P0OA 5P25A 4EXGA 2IS0A 1RV7A 3OHHA 3PWMA 5P1RA 3EKWA 4J0VA 3N4LA 7UPJA 5KOSA 5OZGA 4YBFA 1HVKA 2OHSA 1W5XA 1PPKE 1AM5A 3TPRA 2WEDA 5IVRA 2WKZA 4DQCA 3SKFA 1MT8A 5P6JA 3FKTA 4Y5NA 2QMDA 5P00A 2B7ZA 1D4LA 3DOXA 4L7JA 1TQFA 3OUDB 5P2BA 4J0PA 5P4HA 5P58A 5COOA 4KE0A 4Y4TA 1BAIA 5P2RA 1HWRA 3EXOA 3K5CA 3NU4A 5P06A 4Y5BA 4LXAA 5P4XA 2WEAA 3LHGA 1YG9A 3OQKA 5P2IA 3KT5A 2FIVA 1EPNE 1FMXA 1UPJA 4Y39A 3T7XA 1OHRA 5OZ2A 3OQFA 1CPIA 3UFNA 3GGUA 4DQFA 5P5AA 3FNUA 4YDFA 2SAMA 4HE9A 4QJ7A 1XE5A 4HDPA 5P8BA 3INEA 5P7VA 3GGVA 3PVKA 3SACA 4CP7A 3UDMA 1GVVA 5OYZA 1EBYA 3KMXA 3S54A 5P8DA 5EZZA 3S2OA 1FQXA 4B05A 2O4LA 2HM1A 4ZLSA 2FXEA 2F81A 2PSUA 1EPOE 2ZHTA 3SM2A 3OXVA 1E5OE 5P6XA 5P5NA 3OADA 2P3AA 3EM3A 4Y3PA 2QCIA 5P3IA 3PWRA 4NKKA 1EC1A 4Y4WA 5P8FA 1M0BA 4Y4AA 3CYXA 3ZKXA 4BFDA 3QI1A 3OUBA 1B6LA 3LIQA 1XS7D 3VYDA 5P3NA 5HCOA 2AZ9A 1B6PA 4I0DA 1K6PA 4Y3XA 5P46A 5P4MA 1HVIA 1FLHA 1Q9PA 4FRIA 5P8EA 4OD9B 4D85A 5OZ8A 4FRSA 2AOFA 4Z50A 5OZMA 3RVIA 4ACXA 5AH6A 5P1QA 3UDKA 2B42A 1EEDP 5P0QA 4Y3JA 4CPSA 5BS4A 2AZCA 2QZLA 4DJQA 4E43A 1E82E 5ER1E 4OC6B 3PSYA 1BXOA 4Y5LA 5P0EA 4YE3A 2FXDA 2NMYA 2NNKA 5P03A 3PB5A 4DPIA 4DQHA 2V0ZC 3JVYA 5P81A 3OUCA 3VV6A 5P4WA 2QI0A 7HVPA 4EQJA 1LYWB 2OHQA 4AA9A 5KAOA 5C9DA 3OQ7A 3LIXA 1SDUA 4FGXA 1RNEA 3LPIA 5P16A 5HDZA 5P5SA 3OXXA 2PWCA 1M43A 5P2WA 5P1NA 5P8MA 5P65A 5OZSA 2QAKA 2VA6A 3UF3A 1PSOE 2FNSA 5P7SA 4ZPGA 4FE6A 5P8AA 3H5BA 1HHPA 3SAAA 5TOLA 4OBFA 5P76A 1APVE 3TNEA 1NSOA 5P1IA 2QNQA 1EBKC 4COEA 4Y58A 2NMZA 3D1YA 5P09A 3DM6A 1FQ7A 2BPZA 3GI4A 5P22A 5P0PA 3L5DA 1ZLFA 4NJSA 4KUPA 4J5JA 5P8HA 1B6MA 3O9DA 1JLDA 5P0XA 4ZSMA 5P27A 2WF0A 1GVTA 4MC1A 3CICA 3H0BA 1MPPA 2BJUA 4EWOA 1LEEA 4Y41A 4FCOA 3WSJA 5OYYA 3VLBA 1WBMA 4JOOA 2QI3A 5P38A 3HBOA 3OU4A 5P23A 3UQRA 2XFKA 1QDMA 4GIDA 5P85A 4HVPA 5P1EA 3JVWA 3EM4A 3L5CA 5OZHA 4Y45A 4YHQA 2PK6A 3LZYA 1SMRA 2R9BA 5P82A 5E5JA 3HAWA 3KFSA 2QI5A 1N49A 1D4SA 5OZVA 5ER2E 2QI1A 3OUDA 9HVPA 1FFFC 1TW7A 4LP9A 4Y37A 3MXEA 5P5MA 4Y3WA 1K1TA 1EBWA 1HSGA 4Y3TA 5KOQA 3PWWA 1G0VA 4Z2ZA 4I0FA 4YCKA 5P47A 5FIVA 2F3FA 5F01A 4Q1YA 4APRE 4FIVA 1LV1A 5P3UA 3INHA 5P0GA 2CEMA 3SA9A 4AA8A 2BQVA 1W5VA 2VJ6A 3MSLA 1NH0A 5P2DA 4XKXA 5P5VA 1OD1A 4B1EA 4Y3QA 1IBQA 2ZJJA 3CIBA 5P4OA 4CPXA 3GGXA 2AQUA 2B8VA 3L38A 2F80A 4GZFA 2AVQA 3RTNA 4LHHA 4RCEA 4X7IA 5P42A 3O9EA 4RROA 5P5OA 2WF1A 5P50A 1YX9A 5P4VA 4RVJA 3RSVA 4I0EA 3OAGB 4PHVA 1LYAB 1TCWA 2AOJA 1EPLE 4DJWA 3ZKIA 1GNOA 3HD8A 2UY0A 1PFZA 5P0TA 4I11A 3BUGA 2A4FA 2ZJIA 4YD4A 4J0ZA 4Y3LA 5P02A 2R3WA 1IDAA 1HSIA 1HIIA 4DI2A 3SA5A 4OD9A 5P7CA 3GW5A 5P6OA 5P3RA 5P5WA 3IAWA 5ISKA 2I4XA 5P8NA 3I6OA 5P0ZA 3ER5E 5DQCA 3U6AA 4NPUA 3LIVA 4J1EA 2QU3A 5F00A 5P7XA 5P1HA 2OAHA 5P7HA 1OEXA 3IGBA 2CENA 4OC6A 5P4YA 5P7QA 3WB5A 3NU3A 4R8YA 4B78A 1W6HA 1KJGA 6FIVA 4B0QA 1XL5A 3T6IA 5P5ZA 4GJDA 1RPIA 3SFCA 1IVQA 4GJ7A 2WF2A 5P4IA 5OZ4A 4ER1E 5P61A 4KE1A 1ZPAA 4Y5PA 3LIZA 4I0HA 5P3DA 3OU3A 1LYWA 4QJ2A 3S43B 3UDQA 3B80A 5P7UA 4R93A 3U71A 3NU9A 3Q70A 5P43A 5P79A 2R5QA 5BWYA 2R8NA 4EXHA 4X2LA 3CIDA 3PEPA 3TPPA 3UQWA 1NPAA 2NNPA 1KJ7A 4YOAA 3OU1B 3KN0A 1DMPA 1LYBB 1GVWA 5P52A 1LF2A 2Z4OA 2G24A 5P2YA 3RSXA 5P41A 5P0JA 5DR3A 2HPEA 3FNSA 4I0IA 2B60A 2IDWA 3VF7A 5P3KA 5KR0A 5DR8A 3IVHA 3R1GB 4D83A 4XX4A 4MC6A 4FAFA 2VKMA 3VUCA 1YTHA 1J71A 2HS2A 3K1WA 4RRNA 3IVIA 5P10A 3LINA 4RVIA 5P8GA 1FF0C 4YD7A 5P05A 5KQZA 1HVRA 3URJA 5P1KA 5P3LA 1MRWA 2OHMA 4Y3HA 3VYEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U8W A;  2G1N A;  4L1A A;  5JFP A;  1GVU A;  3L5B A;  1SME A;  1ZPK A;  2J9J A;  3O9G A;  3LIY A;  4Y3A A;  1A9M A;  3SA3 A;  5P6G A;  5P72 A;  1LYA A;  1G35 A;  5P8I A;  3VSX A;  1YTJ A;  3PHV A;  2WEZ A;  1PPL E;  1IZD A;  1YM2 A;  5SXN A;  4Y5E A;  2QMP A;  5P6H A;  1HBV A;  3BVA A;  4QJ6 A;  3MXD A;  5P07 A;  5P17 A;  1HVL A;  2AOD A;  5P1Z A;  1AID A;  1E80 E;  3S7L A;  4RCF A;  3KYR A;  1YTI A;  2QP8 A;  4YBI A;  5P18 A;  1AJV A;  1DW6 C;  5IE1 A;  1C70 A;  3OWN A;  3TH9 A;  4CPR A;  5HE5 A;  5P0U A;  4PZW A;  3MSK A;  2PH6 A;  5DPZ A;  3BUH A;  2AOG A;  4HDB A;  4PZX A;  4ZPF A;  1HOS A;  3BXS A;  5P0S A;  4D89 A;  2QD8 A;  1FQ6 A;  5P45 A;  4J17 A;  3VFA A;  2QHC A;  2BPW A;  5P37 A;  5OZ5 A;  3EM6 A;  5P1W A;  5P1X A;  3KMY A;  3NWQ A;  3D1X A;  2B7F A;  2WF4 A;  2WHH A;  3JW2 A;  4K8S A;  1D4Y A;  4A4Q A;  1MSN A;  2V11 C;  5DR7 A;  4DFG A;  5P40 A;  5P01 A;  3I7E A;  3L3A A;  1YM4 A;  3KFN A;  3ZKS A;  5I3X A;  3OTY A;  5P6W A;  1IVP A;  3PSG A;  3INF A;  4DJX A;  5OYR A;  4B00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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