4B00A

Design and synthesis of bace1 inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides (compound (r)-41)
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Design and synthesis of beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b00A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b00A02
1BILA 2ASIA 5P0ZA 3LPJA 3U7SA 5P0OA 5P2YA 1EPLE 1GNNA 3SKFA 4F75A 3UQRA 3PCZA 3JW2A 2HB2A 4RCFA 4MC1A 4QJ2A 2ZJLA 3SM2A 1YT9A 4XX4A 4Y36A 4DJOA 2VIZA 5P6OA 4TRYA 4DQEA 5P3OA 1B5FB 1LF2A 3OHFA 5P6UA 2QMPA 1HTGA 1GNOA 1K6TA 3U6AA 1E80E 5P3LA 3M9FA 5P7UA 2WHHA 2Q5KA 3D91A 4B70A 5P0MA 5OZLA 5P01A 5P4BA 5DR0A 3NR6A 5P8LA 1RNEA 2J9JA 3MXEA 3OXCA 5P5OA 1KJHA 2Q15A 2NNPA 2QP8A 3S8IA 5P4CA 4QJ9A 5P7ZA 1UH9A 5P7JA 2QI6A 4LXMA 4LXKA 2QU2A 4TVHA 5KQZA 4Y53A 3EC0A 3DCRA 5P8MA 2WF2A 3BC4A 1SDVA 4DPFA 3KT5A 4Z50A 2JE4A 3INFA 5P5EA 3QBHA 3VSWA 5OZQA 4PHVA 4DJXA 3SA8A 5P33A 5P2GA 3EL0A 2AVOA 5OYVA 3K4VA 5P2WA 3VFAA 4EXGA 1HPSA 4YCKA 1K6PA 5P1FA 5P7QA 4EXHA 2IKUA 5P2FA 5P4KA 5ER2E 1SBGA 4S1GA 5AH7A 5P53A 3LIZA 1BWAA 1AAQA 2J9KA 3O9AA 5P5UA 4HEGA 2R38A 5P3IA 1NSOA 1LV1A 3OQFA 3EM3A 4RVIA 5P7LA 3IGBA 2P3CA 5P50A 3NDTA 4Y5CA 2ER0E 1LEEA 5OZ6A 5P4VA 3IVIA 3URJA 1IIQA 2O40A 2OHNA 4R93A 1OEWA 1ZBGA 5ENMA 5P43A 1GKTA 3SAAA 3UQXA 1PROA 4OBFA 4RLDA 4FM8A 2BPZA 5P69A 4K4RA 3B7VA 1APVE 1MRXA 2PSGA 1XE6A 5P5GA 1IZIA 3LZYA 2AOJA 5P6MA 5P7TA 5P1IA 2PWRA 1ODXA 5HU1A 3NU6A 4PYVA 5P54A 4Z2ZA 3KM4A 1B11A 2PH6A 3NSHA 5P35A 4Y57A 2QZXA 4J0VA 2WEZA 4TVGA 1NH0A 3R1GB 3RSVA 4YD7A 4DJVA 3NUOA 3OAGB 4J1EA 1B6KA 1IZHA 3QIHA 1HXWA 5P8IA 3ZKGA 1VIKA 5P0JA 1GNMA 5P5NA 1LYWA 4ZPGA 5P4IA 3PSUA 3UPJA 1EPQE 5F00A 5P1TA 3MXDA 5P03A 1ODYA 2OHTA 5I70A 3ZKSA 4FSLA 5P1EA 5BRYA 5P1BA 2QZWA 5OZGA 3CKTA 3UDRA 1PPME 2VJ6A 3SA5A 3QBFA 1FG6C 3VF5A 4OC6B 5P87A 1HHPA 3FNTA 3BUHA 3QVCA 4DV9A 4Y3TA 5HCOA 1FQ6A 3LIXA 5P8FA 1LYBA 3GI0A 2G20A 3Q70A 3TOFA 1MSNA 3EKWA 2R3TA 5P37A 2QNQA 5P7NA 5OZDA 5OZCA 2A1EA 5OZ4A 3OUAA 5P18A 5P8HA 3ZL7A 1K1TA 1OD1A 5P0HA 4QJ6A 5P25A 4CPUA 3UDYA 1HWRA 1M43A 4QLHA 3L3AA 5J25A 3OUDB 3KN0A 4FAFA 4QGIA 2I4DA 3PWWA 3L38A 4QJ8A 1BVGA 2Q11A 2HPFA 1DP5A 3NLSA 4XKXA 4Y4XA 3PSYA 5IVTA 5OZXA 1APTE 2QMGA 3FIVA 4I0HA 4J1IA 3KFNA 2I4WA 2PYMA 4LL3A 5OZEA 4YBIA 4YD4A 4Y3QA 5P6GA 2QI3A 5P7AA 2VA7A 5P7YA 4M8YA 1QRPE 2FLEA 2HB4A 3O9IA 4IVTA 3UF3A 3NDUA 3SKGA 1OEXA 8HVPA 3ER5E 1FQ4A 4EWOA 3SO9A 3SFCA 1FF0C 4ZIPA 3QS1A 4I1CA 3OU4B 4K9HA 3INDA 1EBKC 5P0IA 3GGAA 5P04A 4B1CA 5OZ9A 5P7OA 5P20A 4AUCA 5P2TA 5P67A 5HE5A 4YD3A 4D8CA 2NNKA 5HD0A 1IDBA 5OZFA 1EC0A 1ZP8A 5P81A 5P2IA 5COPA 4DJRA 1PSAA 1T3RA 5KAOA 2JXRA 3S7MA 5F01A 3BVBA 1EBZA 4Y47A 5P05A 3MSKA 5P8EA 5P40A 4I0IA 4YDGA 2PK6A 4APEA 5ER1E 3L5CA 4YHQA 3OWNA 2QI0A 5KR8A 4Y5NA 1D4JA 3PJ6A 3GI4A 3VF7A 3S7LA 1LF3A 3OXVA 3PMYA 1EBYA 4Y4UA 5I3WA 4I0ZA 5P08A 2BPVA 2AZCA 1IBQA 1QBTA 1XL5A 4J0TA 2AOGA 5I3VA 3OXWA 1HPOA 3HVGA 1A9MA 4YDFA 4CPQA 4DJUA 2AOIA 2B8LA 5P77A 2Z4OA 4I0FA 1RV7A 5OYYA 5P1WA 5P6WA 5P1CA 4CPRA 3HDKA 3S54A 2V13A 4RVJA 1AJVA 5P60A 2VIYA 3LZSA 1HOSA 3SA7A 2OHKA 4GJ9A 1PSOE 5IVQA 2VKMA 5IE1A 4L6BA 5P36A 5P3KA 3TKWA 5P4NA 4RVXA 5P5WA 5P57A 5P3GA 3OOZA 3CMSA 3RSXA 1SDTA 3KDBA 3LIVA 1AM5A 3PMUA 4DQCA 1HPXA 1ZPAA 5P4HA 4Y56A 1HSIA 4B1DA 4COEA 2I4XA 1BVEA 4JP9A 5P1JA 4ZPFA 5P30A 3IXKA 5OZOA 4HE9A 3JVYA 5P5PA 3O9LA 3TOHA 1EPRE 2R9BA 5KR2A 1W5XA 5P02A 1IZEA 3T3CA 4H1EA 1DAZC 4OBZB 1BXQA 2SAMA 3KDDA 5P4LA 5T4SA 4H3GA 1QS8A 4OBKA 1T6GA 2P3BB 5P64A 1EPNE 2QI4A 5P12A 1SMEA 5HDXA 5P8PA 2PK5A 1DIFA 5P6JA 2BPXA 2ER6E 4Y3PA 2AZ8A 5P2ZA 1F7AA 2WEBA 1SP5A 1FQ7A 5DQ1A 4NJVA 2NXDA 2QHCA 1HVIA 2OHQA 3IVHA 4AA9A 4K4QA 1ZTZA 4YOBA 5P7SA 3OUBA 4KB9A 2VJ7A 2G1OA 5P3AA 5P6ZA 3UHLA 1ZLFA 1E82E 2UY0A 4Y3FA 4CKUA 2OAHA 1IVPA 5I3YA 4NPUA 1FMXA 4D85A 5P0AA 2B42A 3F9QA 5HDUA 2PQZA 3PI0A 4Y44A 3O9CA 3FV3A 1RL8A 3VSXA 1YTJA 5P5YA 5P2EA 4Y4DA 5P8VA 3TPJA 4I12A 2PSUA 1D4HA 4ZSMA 5P3HA 5P15A 3DV5A 4GIDA 5P6EA 1K6VA 3D1ZA 5ENKA 4B72A 3T7QA 4L7HA 4GJ8A 5P6QA 3D3TA 5OZNA 4RCEA 5P6LA 2QD6A 5P46A 2ZJMA 4EP3A 1YM2A 5OZRA 5CLMA 3WZ6A 4DVFA 4NJTA 5P5VA 3TPRA 5AHAA 5P2UA 2IGXA 2HB3A 3UDHA 3CYWA 2WF3A 1GVWA 3PBZA 5P2BA 3G72A 3DCKA 2WEAA 5AHCA 1RPIA 3GGUA 4FM7A 3WSJA 5DR4A 5P2HA 1MPPA 5OZKA 2UXZA 5DR3A 2ZGAA 3NU4A 4RROA 4NKKA 3ZKXA 3BGCA 5OZZA 4J1KA 3R2FA 3AIDA 4FRKA 5P76A 2G27A 3TTPA 4KUPA 1MESA 2O4SA 4Y4BA 3VF3A 1W51A 1K1UA 2R5QA 3PWRA 1KJGA 4OD9B 4Y48A 5P29A 2WKZA 5P2MA 3ZMGA 3OTYA 4NJUA 2Q64A 1NPAA 3KA2A 4D89A 5P8RA 2G1RA 3PB5A 4LBTA 3UDNA 4BFBA 2OHUA 2WL0A 4MC9A 1Z8CA 2F81A 4H3IA 2ZDZA 5P3FA 1BIMA 1FB7A 2VJ9A 4BFDA 4R92A 3Q4BA 3KFPA 2QMDA 4OBHA 3DOXA 5P5JA 3PRSA 5P6YA 1HSGA 4Y54A 5HCTA 5DR8A 3RU1A 3RTNA 1MT7A 1EPPE 3LIQA 5OYTA 1G6LA 4Y4JA 5P6BA 5P6FA 5P1AA 4GB2A 1RQ9A 2WECA 4FCOA 1G2KA 3IXOA 1HTFA 1D4KA 2WF4A 3TLHA 2VS2A 1APWE 3VG1A 3R0WA 4GJDA 2G21A 2F3EA 4EJ8A 3K5GA 7HVPA 2BQVA 3K1WA 3OHHA 5P8CA 1YTIA 3NU5A 4Y50A 5OZJA 1E81E 1SDUA 4RZ1A 3ZOVA 1MTBA 5P6VA 4APRE 1FKNA 2V11C 3LNKA 3OU3A 2IQGA 1KJ7A 5PEPA 3ZLQA 2RKFA 4JOOA 3OK9A 1MIQA 3UDQA 2RENA 5P3XA 1DW6C 4YCTA 1BDLA 1NPVA 2V0ZC 4GZFA 4FL8A 3PI5A 5P7FA 3S2OA 4DI2A 1HVCA 4OBDA 2I4UA 4Y3SA 4A6CA 5P79A 1B5FA 4TRZA 4F73A 2ZHVA 3OXXA 1DPJA 3URIA 3URLA 1FFIC 4L1AB 2QD7A 4DJPA 2F80A 1YTHA 4FGXA 3SA4A 2ZYEA 3I6OA 3KFSA 5OZVA 5P4DA 4D83A 4KE1A 5P00A 4EYRA 2FIVA 1LF4A 2Q3KA 3KT2A 5P24A 3ZPSA 5P80A 5DQ5A 1FQ8A 4X2LA 3S53A 1HIVA 2FGUA 3JVWA 5P86A 3PLDA 5P56A 5OZPA 4WY1A 5P0QA 2CENA 4LAPA 1MTRA 4FM6A 1A30A 2FDPA 1GVVA 4Y3EA 1D4YA 4DPIA 5UPJA 1M4HA 4L7GA 1UH7A 5P5CA 1E5OE 4B77A 5P1KA 4HDPA 3FSMA 1ODWA 1XS7D 3G70A 1HTEA 1T7JA 2ZJKA 1VIJA 1NPWA 1YM4A 2B8VA 1A94A 1ME6A 4Y5BA 3U71A 3TPLA 2WF1A 2O4KA 2VNMA 3OADB 4RCDA 3L5DA 4RGHA 1EPME 5B18A 2OHPA 1TCXA 3T6IA 1C6ZA 5EZXA 4YE3A 3S85A 2G24A 5HVPA 1N49A 2O4NA 2FDEA 4Y51A 2XFKA 2AVQA 4Q1NA 4F74A 4EP2A 1K2CA 5P3BA 3ZPUA 3HZCA 5SXNA 3VLBA 7UPJA 1EPOE 1KJFA 5P07A 2QK5A 1C6YA 5P47A 3UCBA 4XXSA 5P7HA 2P4JA 5P27A 1HVSA 1SGZA 2PSVA 4Y5GA 3WB4A 5P5QA 3S43B 2AIDA 2IGYA 5OZ2A 2XFIA 5P39A 3VYDA 5P34A 2QNPA 4FSEA 4A4QA 3PLLA 4ZEAA 3NXNA 3GI6A 5P7RA 5P3YA 5P73A 4ACXA 5P7CA 3UDKA 5KOSA 3EKPA 4LC7A 5P10A 4FIVA 3EKYA 5HDZA 4Y6MA 1LYAB 3NDWA 1BDQA 3OAGA 2IRZA 1B6PA 5P6SA 3OU1B 4D88A 1HBVA 5OZIA 4I0GA 3TPPA 3CIBA 4X7IA 5TOLA 4AZYA 3NWQA 5P8NA 3NDXA 3LINA 4I11A 5P0TA 3ST5A 2G26A 4Q1XA 2OF0A 1T6EX 2AODA 5P3CA 3VV7A 5HE7A 3FNSA 3EXOA 3O9HA 4OC6A 2B7FA 4B05A 1M0BA 4A6BA 3D1YA 3HBOA 5P6AA 5IVRA 3OY4A 3N4LA 3VLAA 5P51A 3TKGA 3BUGA 3PSGA 5P0DA 5P38A 3PM4A 1ER8E 3NU9A 4Q1YA 4LXAA 4Y5MA 4N00A 5DGWA 3OQAA 1OHRA 5P74A 4MC6A 5P19A 1FQ5A 3O99A 4EHCA 4Y3LA 4Y43A 5P09A 3IN3A 4GJ5A 5P59A 3OUDA 4QJ7A 4QJAA 5P8QA 3HLOA 3KFRA 1SIPA 2AOHA 2F3KA 4HDBA 1HVJA 1AIDA 1FLHA 1XL2A 5AH8A 3LHGA 3OUCA 2WEDA 5P5DA 2FDDA 3INHA 5P6HA 3NWXA 2FMBA 5P1SA 5OZ3A 5P0YA 3L58A 1W5VA 3L59A 4Y3AA 5P7XA 3HW1A 5OZSA 4B00A 2ZHRA 5P8TA 5P7DA 3WZ7A 4GMIA 5P3DA 2FNSA 2VNNA 3OU4A 5P14A 4YA8A 4CP7A 5KOQA 5P7PA 4Y5PA 4Y5KA 1A8KA 3L5EA 3FKTA 4BELA 5JFUA 5SZ9A 1ZSRA 5P7VA 2UPJA 4Y5AA 4YBFA 5HU0A 2I1AA 4JPCA 4ZSQA 1KZKA 2FS4A 5HDVA 1U8GA 2IS0A 3O9EA 1LS5A 3UFNA 1SMRA 1SH9A 5P1OA 2QI7A 5P4YA 4AMTA 4I0EA 4ER1E 2HS1A 2APRA 2XFJA 5P7BA 2IL2A 5P5HA 1PPLE 3LITA 4LHHA 5OYZA 3K5DA 4Z4XA 3BVAA 2IENA 5DQ4A 2RKGA 5P0XA 5P89A 1GVUA 2RMPA 4J1CA 2OHRA 3VYFA 2QI5A 4B0QA 1XE5A 3L5BA 4PZXA 2HC0A 4J5JA 4EJDA 3MSJA 3SPKA 2I4VA 1Q9PA 3BXRA 5P1XA 5P4SA 5P5RA 5OYXA 2F8GA 4Y5LA 3K5FA 1GVXA 2BB9A 3SLZA 4ER2E 5KQYA 2QZLA 1HVKA 2F3FA 5OZ8A 4PEPA 1EAGA 5P8GA 1YG9A 4EPJA 1TSUA 3H0BA 4ZSRA 5I3XA 2QZKA 3VV6A 1PSNA 1MT8A 3SABA 3QRMA 3PEPA 1AZ5A 3TOGA 3L5FA 1XN2A 3UQPA 5P68A 4NJSA 2XYEA 5P3NA 4FAEA 5OZTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BIL A;  2ASI A;  5P0Z A;  3LPJ A;  3U7S A;  5P0O A;  5P2Y A;  1EPL E;  1GNN A;  3SKF A;  4F75 A;  3UQR A;  3PCZ A;  3JW2 A;  2HB2 A;  4RCF A;  4MC1 A;  4QJ2 A;  2ZJL A;  3SM2 A;  1YT9 A;  4XX4 A;  4Y36 A;  4DJO A;  2VIZ A;  5P6O A;  4TRY A;  4DQE A;  5P3O A;  1B5F B;  1LF2 A;  3OHF A;  5P6U A;  2QMP A;  1HTG A;  1GNO A;  1K6T A;  3U6A A;  1E80 E;  5P3L A;  3M9F A;  5P7U A;  2WHH A;  2Q5K A;  3D91 A;  4B70 A;  5P0M A;  5OZL A;  5P01 A;  5P4B A;  5DR0 A;  3NR6 A;  5P8L A;  1RNE A;  2J9J A;  3MXE A;  3OXC A;  5P5O A;  1KJH A;  2Q15 A;  2NNP A;  2QP8 A;  3S8I A;  5P4C A;  4QJ9 A;  5P7Z A;  1UH9 A;  5P7J A;  2QI6 A;  4LXM A;  4LXK A;  2QU2 A;  4TVH A;  5KQZ A;  4Y53 A;  3EC0 A;  3DCR A;  5P8M A;  2WF2 A;  3BC4 A;  1SDV A;  4DPF A;  3KT5 A;  4Z50 A;  2JE4 A;  3INF A;  5P5E A;  3QBH A;  3VSW A;  5OZQ A;  4PHV A;  4DJX A;  3SA8 A;  5P33 A;  5P2G A;  3EL0 A;  2AVO A;  5OYV A;  3K4V A;  5P2W A;  3VFA A;  4EXG A;  1HPS A;  4YCK A;  1K6P A;  5P1F A;  5P7Q A;  4EXH A;  2IKU A;  5P2F A;  5P4K A;  5ER2 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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