4B05A

Preclinical characterization of azd3839, a novel clinical candidate bace1 inhibitor for the treatment of alzheimer disease
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
389
structure length
371
Chain Sequence
KGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHDEFRTAAVEGPFVTLMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Discovery of AZD3839, a potent and selective BACE1 inhibitor clinical candidate for the treatment of Alzheimer disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 371
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b05A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b05A02
2IRZA 4Y4EA 3EC0A 2BKSA 3I8WA 5P6QA 5KOSA 2A1EA 1GVUA 5P4CA 5P5PA 5P2FA 1FLHA 3NDWA 5OZBA 3FKTA 4U8WA 6UPJA 2Q15A 2AVMA 3A2OA 5P1HA 4Y3SA 1XE6A 4GB2A 1BWAA 3VEUA 4Y54A 5JODA 3ZKNA 2RKGA 4J0PA 1XE5A 5P42A 5OZDA 5OZIA 5P2CA 4NPUA 3EL5A 4BEKA 2HS1A 4GJ7A 1XL5A 4XX4A 3TPRA 4Y3QA 3OTSA 3HAUA 3PSGA 5DR0A 4RVJA 3LZSA 2QK5A 2QMPA 5P5UA 1F7AA 3PMYA 4DQHA 5P3NA 2G1YA 5P6RA 3HVGA 3R0YA 4R93A 5EZXA 3S8IA 4OD9B 2NXLA 5P1TA 4LC7A 1CMSA 3SA9A 5P03A 5OYTA 3L38A 5OZ4A 2VJ6A 3PSUA 5OZCA 3CYXA 3HBOA 2OHTA 5HTZA 2QD8A 3L5DA 1AJXA 3D1ZA 5P6PA 2AOGA 5COOA 5P62A 4Y6MA 4RRNA 3LINA 4EJKA 1MT8A 5P6CA 1D4LA 5OZ9A 5OZQA 1IBQA 4LXMA 2RMPA 4AA9A 5P89A 3JW2A 3LIVA 3OXVA 4B1EA 4B05A 1YTIA 3L5BA 5P0NA 3O9AA 3L5FA 1HVIA 1QBTA 5OYSA 4J54A 3O9DA 1MRWA 3LZVA 3GW5A 5P0OA 5P6KA 1HVCA 4FGXA 3S53A 5P19A 5P4MA 1Z1HA 1FMUA 5P13A 4L1AA 4NPTA 3UDKA 4APRE 4DJQA 1HBVA 3OU3A 3S85A 5P16A 2F80A 3RSXA 3JVYA 3UDMA 5OZRA 4FRJA 4EJDA 1LS5A 5P53A 5P80A 2NXDA 4EP3A 4K4RA 4FSEA 5P6VA 3ST5A 3RTHA 1T6GA 4J1KA 3PI5A 5AH7A 4I0IA 4F73A 4B0QA 3T11A 1BVGA 3GGXA 5P7WA 4RRSA 5AHCA 3WB5A 3TLHA 2F3FA 1TQFA 4YBFA 2VNNA 3NU5A 1N49A 3D91A 3QRMA 4A4QA 1SDUA 4PEPA 3ZKQA 1LF2A 2B8LA 5P29A 2BPVA 4YCYA 5HE5A 3PI0A 3UQWA 4Y9WA 5P3UA 1MIQA 4HDPA 4OBJA 1HPSA 1G0VA 1UH8A 2R43A 3VV6A 5I3WA 1FQ5A 5P72A 2I0AA 2AODA 3L5CA 2PMAA 5P38A 2UXZA 4FLGA 3M9FA 3MXEA 2P83A 2PC0A 5OYXA 5P5CA 5BS4A 1SMRA 4NKKA 3BUHA 2ZGAA 3O9BA 4Z22A 5P52A 5OZHA 2QCIA 4RROA 3VFAA 4Z2ZA 3INHA 4QJ8A 4Q1WA 4LBTA 3CICA 4PPHA 4L6BA 5P48A 5P63A 5P40A 2JYSA 2FLEA 1ZSRA 5P1XA 1QBUA 5HE7A 3S7LA 4ZSMA 4E43A 4ZE6A 4NJSA 2O4PA 5OZSA 2G24A 3R2FA 4FE6A 1HOSA 4ZEAA 5P3TA 5P3PA 3ZL7A 4QJ7A 1RPIA 5P3HA 2QZWA 1K6PA 1C6ZA 3OQDA 3EKTA 5P8QA 4QJ6A 5OYZA 1EC2A 5OZ0A 5P84A 2QZLA 1MPPA 2FS4A 2V12C 4ER2E 5SZ9A 5SY3A 1APVE 1LYBB 1HTFA 1EPRE 5DQ4A 5P3WA 5P76A 1D4HA 1PROA 3CIBA 5P2TA 4Y4DA 4J1IA 1A8KA 5P6JA 4CMSA 5P6EA 2R9BA 3K4VA 1ZJ7A 4U7VA 4YD4A 1LZQA 1AJVA 2RENA 4Y5MA 3SABA 1TW7A 4OBKA 5P4UA 3K1WA 4R91A 4A6BA 3QRVA 3I7EA 5P81A 1QDMA 3ZKSA 1HIIA 4J5JA 2Q63A 2EWYA 4RZ1A 5APRE 3O99A 4OBGA 2PK6A 1T7JA 5P11A 4LXAA 4HEGA 5P46A 4HLAA 4FIVA 3KT5A 5P25A 5P1OA 2AOJA 5P1EA 1M0BA 1NPAA 4I0ZA 5P1BA 3U71A 2B60A 3INFA 5P07A 5P6BA 3Q5HA 1EAGA 3SKFA 4OBDA 5P8PA 4BELA 1ZSFA 1B6MA 2QI3A 5P0VA 3LPKA 3K5GA 4DJPA 3PRSA 5OZFA 5ISJA 1FMXA 1IDBA 5P2NA 1FF0C 4HVPA 2VIZA 5KR1A 4FAEA 3KN0A 3L3AA 3LITA 1PSOE 1HTRB 3OU4A 3UDNA 4R8YA 5P06A 5P5ZA 4X2LA 1A94A 2WJOA 5P3OA 5P6LA 3IA9A 3S54A 3QAAA 1HEFE 4WTUA 3GI0A 4Y3TA 3IGBA 2QU2A 3LZUA 4OC6A 1B6PA 5P1FA 5OZYA 4Y5NA 5P7QA 2R3WA 3OWNA 5OZXA 3RTMA 5P7CA 4M8XA 4Y3JA 1OEXA 2G22A 2AIDA 3K5CA 3WB4A 3APPA 2ZHSA 4Y51A 5JFPA 4X7IA 4Y4XA 5P8VA 4DJVA 1IZDA 5OZ8A 1HVKA 5P4EA 1AXAA 3L59A 5P7LA 5P6GA 1C6YA 5P12A 3HW1A 1ZTZA 4CP7A 1EC0A 4CPQA 2XYFA 4MC9A 3OAGA 4ZPEA 3UQRA 3IAWA 3UTLA 5P7MA 5P4VA 3GI5A 2F3EA 2BB9A 5OZKA 2QMGA 5P4ZA 5P5NA 1LF4A 5P7GA 4Y48A 4B77A 5IVQA 3UQUA 2QI7A 3NDXA 5KQFA 2FDPA 4J1CA 4QGIA 3PWRA 3KYRA 5P58A 1EPME 5P7UA 4B70A 1T7IA 4J55A 5P1LA 1B11A 2VIYA 4L1AB 8HVPA 1ODXA 5BRYA 1FQ8A 3LIZA 1APUE 3Q4BA 4R95A 3I6OA 3LIQA 3T7PA 1LYAA 5P3IA 7UPJA 2BBBA 4Y5BA 5P8UA 4CPXA 5P8BA 3R4BA 5P4AA 5P43A 1EPOE 3PGIA 3PCWA 1G35A 4B1CA 4EP2A 5OZOA 3TPJA 4NJUA 4Y3ZA 5P0IA 3LIXA 4I0DA 4GJBA 3OU1A 5P1GA 4I11A 2I4QA 2PSVA 1B5FA 4J1HA 3FIVA 1HWRA 2WEZA 4DJOA 2RSPA 1Z8CA 5OYVA 2QI4A 3RU1A 5HU1A 1B6KA 2ZHTA 5OYRA 1HHPA 1W6HA 1FFIC 3EKYA 5P8LA 5P3EA 5P1QA 1JLDA 5P4KA 3O9HA 5P34A 4JECA 4YCTA 5E5JA 4EWOA 3FSMA 2QI6A 5I70A 4YHQA 3TKWA 5P3MA 2NMYA 4Y5PA 2P4JA 2NTRA 4BFDA 4QLHA 4LL3A 3NU9A 1M43A 4S1GA 4CPRA 1HSGA 3URIA 7HVPA 3O9FA 4L7GA 5P0LA 5OZ5A 1K6TA 3S43B 4K8SA 3ER5E 1UPJA 3BC4A 1FB7A 1D4JA 5ENKA 5P7EA 2ZJJA 2G94A 3VF3A 5P08A 3OHFA 5P4FA 1DAZC 3OUDA 4YBIA 2OHQA 5COPA 5P26A 1K1TA 3OXWA 2PK5A 3NSHA 5AHBA 5OZMA 4I8WA 1YG9A 4NJVA 5ER2E 5HDUA 1FEJC 5HDXA 3NUJA 4CPSA 4ZSQA 3TL9A 2XFIA 1SBGA 3EM4A 5P35A 3UDYA 2V0ZC 5P27A 3OADB 4IVSA 3FNUA 4Y56A 3H0BA 5AGZA 1SDTA 3LNKA 3BXSA 5P77A 3PBZA 5KQZA 5P1UA 5C9BA 2JJIA 2F3KA 1BWBA 2IL2A 4YOBA 2HB4A 3OOTA 1FQ6A 5P7HA 3QBFA 4QJ2A 1PSNA 3PJ6A 1Q9PA 1WBKA 3VF5A 1TCWA 4ACXA 3IXOA 3NDTA 4Y3LA 5P5WA 1KJFA 2IEOA 5P87A 3QIHA 2ANLA 4Y3YA 2QNQA 4Y3EA 3I25A 4Q1YA 1E82E 2V16C 3QPJA 5P1IA 4GJ9A 5P61A 2B7FA 5P2YA 1SIPA 4LP9A 1UH7A 4I12A 2WF3A 3L58A 5DGWA 3G70A 5DR7A 1HTEA 1E81E 5P64A 5P7PA 5FIVA 2PSGA 1NPVA 4Y4WA 2BKTA 5P2WA 5P1YA 3BRAA 2ZJNA 3O9IA 2A4FA 3WSJA 5OZTA 2JJJA 3VYFA 2VA7A 3KFNA 2XFJA 4Y5AA 3NWXA 3CIDA 4I0EA 5P2JA 5P4IA 3SA6A 3HVPA 3T7XA 5DQCA 5P0FA 5OZ1A 4CPUA 2IKUA 3AIDA 5ENMA 3PLLA 5P4BA 1RV7A 2G1NA 3K4VC 1MTBA 1TZSA 4MC2A 4Y5EA 5DR3A 5P2UA 5P17A 1FIVA 4EPJA 4AA8A 2VA5A 1T7KA 1W5VA 4Y4GA 3EKWA 1HVSA 1AIDA 5OZ7A 1OD1A 4Y35A 4N00A 1GVTA 2HPEA 3LPIA 4DUSA 5P82A 3EL9A 3R1GB 1ZLFA 5P7FA 1META 3EKPA 6APRE 3QI1A 3WZ6A 4B78A 4DFGA 3INDA 3UHLA 2FDDA 4YD5A 2XYEA 2IKOA 1C70A 3B7VA 4HZTA 3VSWA 4COEA 1K6CA 5P74A 1EPNE 3CYWA 2I4UA 5P0YA 2G1OA 1DP5A 3OAGB 3S56A 5P47A 5P2SA 4AZYA 3ZKMA 3NU4A 1XN3A 4AUCA 5P8TA 4APEA 5OZVA 1FQXA 1J71A 4D89A 3AUPA 2OHMA 4DQBA 3NU3A 5P5HA 1QS8A 3NLSA 1YTGA 2CENA 3O9LB 2QHCA 2QZXA 4ZSRA 2QI1A 5P6FA 5B18A 4FM7A 1FQ7A 3UDRA 5P04A 5P7RA 2O4SA 1ZPAA 1LYAB 5P7TA 5KOQA 5P1MA 1APWE 4Y3NA 4F75A 1FG6C 4RYCA 5P7JA 4FM8A 4QJ9A 3R0WA 5AH6A 5P3ZA 4ACUA 5HCTA 3QROA 1IZEA 3OUCA 2H6SA 2P3DA 5OZLA 3CKPA 1CPIA 1EC1A 5P0KA 3ECGA 1BDQA 5P10A 4Y3MA 3D3TA 4A6CA 2WF0A 3LPJA 5P8SA 4H1EA 4B1DA 5P2XA 3OUBA 3KFPA 3NDUA 4Y4BA 1FKNA 2WEDA 4L7HA 2WEAA 1XN2A 1HTGA 2QMFA 3U7SA 5DQ5A 4KE1A 2PH8A 1YT9A 5P6AA 5DGUA 2V00A 5P7AA 1APTE 1SIVA 4YE3A 5OZWA 5P5AA 3OGPA 3SA5A 2QNPA 5P49A 2HIZA 5P8OA 5OZAA 3KFSA 4FRKA 3Q70A 3KF0A 5P8EA 4ER4E 1HPXA 1TSUA 2ASIA 4ZPFA 3G72A 3IN4A 4L7JA 5P2HA 5KQYA 4EHCA 4HDFA 5HCOA 4R92A 5P69A 3UF3A 4YDFA 1NSOA 4Y4UA 1QBSA 1ENTE 4XX3A 5E5KA 3HLOA 5P3SA 2Q3KA 4H3IA 3VLAA 2QAKA 5OZPA 2PYNA 5F01A 5P8GA 5P6NA 2ER7E 3LZYA 3BVAA 1YM4A 5P5SA 3S2OA 3HZCA 1HVRA 5P7YA 2HB3A 2HS2A 1DMPA 3BGBA 3OOZA 5OYWA 2IGXA 5DR8A 5OYYA 5P2GA 2G21A 3T6IA 3EL4A 1SH9A 4EQ0A 1LF3A 5ER1E 4DJRA 4RCDA 4U7QA 3URJA 5P4SA 1PFZA 1EBZA 2J9JA 4K4PA 3SA4A 2CEJA 4TRWA 2FXDA 1ZPKA 3T7QA 2BPXA 1AZ5A 4H3JA 2VA6A 5P7NA 4Y4TA 5AH8A 5P75A 1PPLE 5P8NA 4FM6A 3IXKA 3TOFA 1A9MA 2ZHUA 4UPJA 2UPJA 1HIVA 2WECA 2QU3A 3DK1A 3SA3A 4DI2A 1AM5A 3INEA 4J0YA 5C9DA 3DM6A 5P8AA 4RGHA 4DH6A 2R5QA 1W5WA 1KJHA 1BIMA 3UDHA 1K6VA 4PHVA 1D4KA 1MUIA 4DJUA 4HE9A 5P01A 4Z4XA 5P5IA 3HAWA 2Q64A 3RTNA 5P1AA 1D4IA 2PWRA 1EPPE 4ZPGA 5P3BA 2WHHA 2FGUA 4D8CA 1PPKE 4LHHA 2O4NA 1RL8A 3ZPUA 1W5XA 1RQ9A 1FMBA 2PQZA 3HD8A 3UFLA 1IVPA 2OAHA 4Y3XA 3LIYA 3QVCA 3MXDA 2NNKA 4GZFA 5P4TA 5CLMA 5P5VA 1LEEA 5P57A 4EYRA 2XFKA 1TCXA 5P5DA 3D20A 5P15A 5P4JA 4JP9A 4Y3RA 5P4PA 5P4DA 3SA8A 2FGVA 3D1YA 4Y3DA 1QBRA 3OQKA 5P8HA 3BXRA 3VG1A 5P09A 5P7XA 5KR8A 1WBMA 4YD6A 3APRE 5P5XA 2I0DA 6FIVA 3VSXA 5P79A 5P2KA 1HVHA 4Q1NA 5P3RA 3DCRA 5P7SA 2I1AA 1PSAA 4R5NA 4Y3GA 5P0TA 3WZ7A 5AHAA 5COKA 3BHEA 1W5YA 4F74A 3EL0A 1DIFA 3FV3A 3K5FA 4LXKA 3OY4A 5OZJA 5P6IA 5P4XA 5DR1A 5P0RA 4XXSA 1IVQA 5P4GA 3NXNA 1EPLE 5P0JA 4GJ8A 5P3VA 1FFFC 1YX9A 5I3XA 2H6TA 5P0MA 1VIKA 5KR0A 3OQAA 4I8ZA 3QBHA 3DCKA 3CKRA 4K4QA 3SA7A 5P31A 1BV9A 1ZAPA 4K9HA 5P0XA 5P7KA 1SP5A 4YOAA 1MSNA 3QRSA 4Y45A 3VFBA 2J9KA 5P78A 2OHSA 1W50A 3H5BA 3PM4A 4ZLSA 5P2BA 1U8GA 3DJKA 4Y37A 3KDCA 3NWQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IRZ A;  4Y4E A;  3EC0 A;  2BKS A;  3I8W A;  5P6Q A;  5KOS A;  2A1E A;  1GVU A;  5P4C A;  5P5P A;  5P2F A;  1FLH A;  3NDW A;  5OZB A;  3FKT A;  4U8W A;  6UPJ A;  2Q15 A;  2AVM A;  3A2O A;  5P1H A;  4Y3S A;  1XE6 A;  4GB2 A;  1BWA A;  3VEU A;  4Y54 A;  5JOD A;  3ZKN A;  2RKG A;  4J0P A;  1XE5 A;  5P42 A;  5OZD A;  5OZI A;  5P2C A;  4NPU A;  3EL5 A;  4BEK A;  2HS1 A;  4GJ7 A;  1XL5 A;  4XX4 A;  3TPR A;  4Y3Q A;  3OTS A;  3HAU A;  3PSG A;  5DR0 A;  4RVJ A;  3LZS A;  2QK5 A;  2QMP A;  5P5U A;  1F7A A;  3PMY A;  4DQH A;  5P3N A;  2G1Y A;  5P6R A;  3HVG A;  3R0Y A;  4R93 A;  5EZX A;  3S8I A;  4OD9 B;  2NXL A;  5P1T A;  4LC7 A;  1CMS A;  3SA9 A;  5P03 A;  5OYT A;  3L38 A;  5OZ4 A;  2VJ6 A;  3PSU A;  5OZC A;  3CYX A;  3HBO A;  2OHT A;  5HTZ A;  2QD8 A;  3L5D A;  1AJX A;  3D1Z A;  5P6P A;  2AOG A;  5COO A;  5P62 A;  4Y6M A;  4RRN A;  3LIN A;  4EJK A;  1MT8 A;  5P6C A;  1D4L A;  5OZ9 A;  5OZQ A;  1IBQ A;  4LXM A;  2RMP A;  4AA9 A;  5P89 A;  3JW2 A;  3LIV A;  3OXV A;  4B1E A;  4B05 A;  1YTI A;  3L5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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