4B1DA

New aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from rational design to ab- lowering in brain
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title New aminoimidazoles as beta-secretase (BACE-1) inhibitors showing amyloid-beta (A beta ) lowering in brain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 376
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b1dA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b1dA02
3LIXA 3PCWA 2F81A 2F80A 5P6XA 4LXMA 5P6QA 5P57A 3I25A 4EPJA 4EYRA 2QI5A 5ISJA 3N4LA 3WZ7A 4ZE6A 1M43A 3HDKA 2ER0E 4TVGA 1HEGE 4HDFA 2O4PA 5P2QA 5P5XA 5OZFA 4L1AA 5P8IA 5KQZA 1META 2VIYA 4WY1A 4B1DA 3OQFA 4OBGA 1A94A 3VCMA 2HIZA 4B77A 3I6OA 2V12C 4R92A 4Y4ZA 5P1TA 4CKUA 5AHBA 3TOGA 5PEPA 3QIHA 1EC0A 3S54A 3APPA 2G24A 1PSOE 5P7FA 2VJ6A 3QS1A 1XL5A 4DJUA 5P6EA 4RVIA 1QBTA 4Y56A 3TKGA 5P32A 4L7HA 1TSUA 5P17A 4J1CA 5P7GA 5P1OA 2BPYA 2APRA 4DPIA 3C9XA 2XYFA 4ER4E 1W5VA 2WF0A 1TW7A 3OXXA 1D4HA 2JJJA 5P6YA 5P3VA 2QP8A 5HDVA 4FLGA 3NU4A 5P4OA 1A8KA 2I0DA 1CMSA 4H3GA 4R8YA 3EC0A 5P5EA 2OHSA 3TPJA 1OEXA 3CICA 1W6IA 1BXOA 5P8OA 3PI0A 4NKKA 2QD6A 5P27A 1BVGA 2FXEA 5P8HA 5HU0A 2UY0A 1K6TA 1U8GA 4Y37A 3KT5A 1QBUA 1VIKA 5DQ5A 5OZZA 2BKSA 4S1GA 1HWRA 2R8NA 4CP7A 3OUDA 2ANLA 1XL2A 2VJ9A 5P2AA 3NU6A 4R93A 1AVFA 5F00A 5P8AA 2SAMA 2FDDA 1HRNA 4Y4BA 2QAKA 1G2KA 5KR2A 4RCDA 5P3UA 5P1DA 2IKUA 2Q63A 4Y3MA 1D4SA 5P7IA 1T7IA 3T11A 3BGBA 1YM2A 5OZ8A 5C9BA 3GGUA 3UFNA 5P3KA 1T3RA 3PSYA 1AM5A 3ZMGA 1GNMA 4Y3ZA 3LIYA 3OHHA 1XS7D 5P5MA 4XXSA 3S43A 1N49A 1SH9A 1LF3A 2ZDZA 5P20A 5IVQA 3LHGA 4J1FA 5P0TA 5P3MA 1BDLA 2ZJJA 3R2FA 5P6AA 1NPVA 3TL9A 3CKPA 5COOA 4ZPEA 3NUOA 2WJOA 4PZXA 1F34A 1EBZA 3LIVA 5P7UA 5P5YA 5DR3A 1YTIA 5P40A 2VA7A 1WBMA 2ER6E 4Q1NA 4D89A 1ZPKA 5P3SA 2VA5A 3L5EA 5P04A 5P2JA 3UDPA 1YTGA 1ZAPA 5P02A 2QNNA 5P6IA 1GNOA 1G0VA 5IVSA 5P15A 3BVBA 5P3LA 5APRE 5P55A 5P3WA 1LYAA 5P4QA 2QD8A 3IA9A 5P8NA 1WBKA 3AUPA 3Q70A 5P3QA 5P8LA 1D4JA 5ISKA 1K6CA 1SIPA 4Y39A 1HVRA 2I4QA 3TH9A 1APUE 1HPOA 2NXMA 4Y4UA 3L3AA 3NDUA 4GMIA 1LZQA 4JOOA 4JP9A 4CMSA 5KQFA 3OU4B 5P5DA 4YBFA 4Y36A 5FIVA 4Y3QA 3UDYA 5SY2A 5AH9A 3FIVA 5DGWA 5P4EA 8HVPA 2F3KA 3T7XA 5P8KA 4Q5MA 4J0ZA 1MIQA 5P1KA 5P3NA 3S56A 3EKPA 2WF2A 5KR8A 2PC0A 5P62A 5P8TA 2NXLA 4WY6A 3WB4A 1B6MA 5P6VA 1GNNA 2Q15A 7HVPA 5P16A 1HPSA 5P5IA 4A6CA 3IXOA 2ZJHA 1HSHA 3L38A 5P3GA 5P0FA 3UQPA 1FQ6A 1FQ5A 4Y3RA 4UPJA 3O9LB 2IGYA 4RVJA 3K4VC 4Y4XA 5BRYA 1WKRA 5P4WA 3KFNA 5AH7A 2QI4A 4Z22A 2B7ZA 2ZHSA 4AA9A 3RTMA 1PPME 3MSLA 1LEEA 5OZDA 4YA8A 5P8PA 1HVLA 5C9DA 3K5DA 2OHNA 5P60A 5P5VA 3M9FA 1FF0C 4YHQA 4Y51A 5P6PA 1IZIA 5P36A 5P78A 2R3TA 3UDKA 3ZKGA 1APWE 5KOQA 3BUFA 3MSKA 1B5FA 3G6ZA 4F74A 5UPJA 4KE0A 3APRE 3OGQA 5OZIA 3LZUA 4NJSA 3KDBA 5P4CA 1RL8A 2Q3KA 4Y4WA 2AOEA 2WF1A 1YT9A 5P5FA 3D3TA 4LAPA 1UH9A 4ER2E 5P19A 1EC2A 2OHPA 4J0PA 5P29A 3LPIA 4Y41A 3TOHA 3ZOVA 5EZZA 1B6JA 1XE5A 3NYGA 1EEDP 5P0YA 2ER7E 5P0GA 2PH8A 1JLDA 5P1PA 3GGVA 4GB2A 2PYNA 4B0QA 2AVVA 1BAIA 3ZKNA 2WKZA 4CPXA 3LITA 3O9CA 5P5QA 2AOGA 4AZYA 1W6HA 5P8RA 3I7EA 3HAWA 4FSLA 1YG9A 5P76A 4H3IA 4Y5LA 5P84A 2Q64A 4I0FA 1HVJA 5P5AA 3URLA 1ZSRA 1Q9PA 3UDRA 3R0YA 5P74A 1FKNA 4Z50A 3KMYA 1GVUA 3DV1A 4LXKA 4OBKA 1D4YA 2QMFA 4J5JA 3WZ6A 1SDTA 3SA7A 5P81A 4Y45A 3OTSA 3HAUA 5P5KA 2NMYA 3WB5A 3SA8A 3KFSA 5OZ2A 5KR0A 1D4IA 3NDXA 3PSGA 2FNTA 3BVAA 5P7OA 3EM3A 1GVVA 4EQJA 5P4DA 5P80A 5P64A 4DQGA 4GJ9A 3QRSA 3EKXA 5P31A 4U8WA 3RSVA 4ZEAA 4Y5KA 4I0DA 3FNTA 5P0QA 3OGPA 5P44A 5OZSA 4JECA 5P7MA 4D85A 3N3IA 5P1RA 4YCYA 4H1EA 3PMUA 1OHRA 4EJ8A 4PZWA 4FRKA 3TPRA 1SGUA 3PMYA 1LF4A 3URJA 3TPLA 5P58A 3T6IA 5OZXA 1EPPE 1NPWA 2QZLA 1A8GA 3VLBA 4DFGA 2HB3A 2WF3A 1MTBA 5DQ2A 3ZPUA 5P5HA 5P6BA 1PROA 2OHQA 4J1HA 3NXEA 3EL1A 5P33A 1SGZA 1KZKA 2IENA 1IZHA 3OXCA 3NU3A 3VYDA 4J1IA 1SDUA 5OZNA 5P7XA 4I8WA 5P0EA 4FM8A 5DR7A 5P35A 2Q5KA 4Y58A 5P4UA 5P14A 5OZ6A 2G94A 5P1XA 5P6GA 1UH8A 4DJQA 3DOXA 2NPHA 3OADB 2Q11A 2QHYA 1KJHA 3D1XA 3WSJA 5P6WA 1HSGA 1LYWA 3OHFA 1BDQA 2AODA 4JPCA 3UDNA 2CEMA 5P2EA 5P4LA 2HAHA 1HXBA 5P77A 5P3XA 2BPXA 3GGXA 4Y53A 5P5ZA 4OC6B 4CPUA 5F01A 4Y44A 2RENA 5P3ZA 5E5JA 1LV1A 1GVTA 1APTE 1HBVA 3D1ZA 1DAZC 5P09A 4K4RA 3FSMA 2I4VA 3KFPA 3ER5E 5P7RA 3S7MA 5P0VA 3EKQA 4ZPGA 3SM1A 4EJKA 5P6TA 1HVIA 5P3YA 1C6YA 5P1YA 5P5UA 5OYWA 5P2GA 3ZKXA 2ZHVA 4I0IA 3DUYA 4Y4GA 2MIPA 2O4SA 3TKWA 1MUIA 2G1YA 3PRSA 1IVPA 2WEAA 4DPFA 5P0IA 5OYUA 1IIQA 3ST5A 1PFZA 5P0XA 3S7LA 5IVTA 5KOSA 1MSMA 5P45A 3ZKIA 5SZ9A 2BPWA 1GVWA 5P0WA 3IXJA 3S2OA 2FGVA 1DP5A 4I0GA 3KMXA 4YCKA 4GJ6A 1IZEA 1XE6A 5P6LA 1RPIA 3GI4A 6APRE 3QBFA 5P4NA 3VEUA 2BPVA 5P7SA 1UH7A 1G6LA 1QBSA 4Y3PA 4LP9A 5DR4A 3UDQA 1FQ8A 1RV7A 1HTRB 4M8XA 1BILA 3Q4BA 1SMRA 2ZHRA 5P0KA 4L1AB 3AIDA 4HZTA 5P4VA 4XKXA 1XN3A 3GGAA 5P89A 1ZTZA 5P00A 3CMSA 3QN8A 3IN4A 5P3HA 3VV7A 2QK5A 5P41A 4EP3A 2FNSA 1DMPA 3NR6A 4ZSPA 4Y57A 1EPQE 5CONA 4QJ9A 4MC2A 3K1WA 5P79A 4DH6A 3EM4A 5SXNA 2P3CA 4APEA 2QI1A 2ZJIA 5HD0A 2O4LA 4J1KA 2AVOA 2AZ8A 3BHEA 1A30A 4Y3YA 3WZ8A 5EZXA 2NR6A 4U7QA 2QD7A 1B6KA 5P46A 1MTRA 4ZLSA 3EL0A 3OQDA 2WECA 2G21A 1QRPE 5OZ4A 1QS8A 1FQ4A 3SA3A 2V16C 4FRJA 4Q1WA 1SDVA 1K2BA 3GI0A 2WEBA 1K1TA 1MESA 4J54A 4K4PA 2NXDA 4Y5PA 5P1HA 2V00A 3MSJA 5P4PA 5P61A 5P1GA 2JXRA 3HZCA 4OD9A 4K9HA 3PBDA 4Y43A 4EJLA 4DJRA 1KJGA 2NNPA 5P48A 4L7GA 4Y5EA 3CYXA 5P1IA 1FMUA 1HVSA 1AIDA 1MEUA 3SABA 1ODXA 1NPAA 4LHHA 3NU9A 4FM6A 3LZYA 2G1RA 5P5BA 4B05A 2B7FA 2P83A 3OUCA 5P50A 1CZIE 2RSPA 3RTHA 2IS0A 2ZYEA 3OUDB 3Q3TA 5P2YA 4FSEA 2R5QA 5ENKA 4NJUA 1C6ZA 1SBGA 2I4XA 3DM6A 1MT8A 5P69A 1Z1RA 3PBZA 1HIIA 5P1LA 3FX5A 5HTZA 1TQFA 3KM4A 5P88A 5P4KA 3K4VA 5P8VA 6UPJA 5OYSA 2ZJNA 2HM1A 3OWNA 4RGHA 2P4JA 5OZEA 4QJAA 3NLSA 4GZFA 5P2XA 3B80A 1QDMA 4YBIA 4Y5CA 1HXWA 2RMPA 3S43B 4OBFA 5P6SA 3VF7A 4Y3XA 4J1EA 4DVFA 3OQAA 5OYYA 3SPKA 5BWYA 3ZL7A 5P01A 4D83A 4Y3FA 5OZ5A 5P3FA 5P2BA 2RKGA 4ACUA 3O9IA 1HVHA 4Y4EA 5P2SA 5P4FA 5P1CA 5OZHA 3KDCA 1YTJA 3O9DA 5P7VA 3TLHA 5AHAA 5OZQA 3UQUA 5P8EA 3IAWA 3DJKA 1W50A 5P3CA 1LYBA 5P6KA 2AZCA 5P47A 3S8IA 2JE4A 1G35A 1HTFA 5P4AA 5P5NA 5P5JA 5OYRA 5P8DA 2R43A 5P8MA 3LIZA 3SKFA 3D20A 5P06A 5P3JA 5P51A 1LYAB 3UDJA 5P25A 1AAQA 1ZBGA 2IDWA 1LYBB 3RTNA 2VS2A 5E5KA 4Y4TA 4OBZA 4PHVA 2FLEA 5P7QA 3ZPTA 1W5YA 2G69A 3MWSA 2O4NA 3G72A 5P05A 4OBJA 1C70A 5OZKA 1MVPA 5P10A 5I3YA 2P3DA 5P0DA 3VV6A 1BWBA 4J17A 4Y4JA 1YX9A 4QJ7A 1ZPAA 4OBZB 5P1FA 5P2NA 5P0SA 2OHKA 3KFRA 4JPEA 1KJ4A 5P6UA 5P34A 3OUBA 5IS4A 3DV5A 4LXAA 3IVIA 3KN0A 5P5CA 5P53A 2PQZA 2ZE1A 1HIHA 4FE6A 4MC1A 4OBHA 2XFJA 4MC6A 4GJDA 5OZGA 5P2FA 5P4XA 1MPPA 4Y3WA 2HB2A 3PWMA 2IEOA 5P8UA 5P3IA 1TCWA 3EKTA 2QZXA 3QROA 3U7SA 2QMGA 5P18A 5P37A 2V13A 5P1NA 3QAAA 1ODYA 2QHCA 5P2ZA 3UQWA 4YOBA 2WEZA 2F3FA 4FL8A 4YD5A 3T7QA 1BV9A 2IL2A 1B11A 1LF2A 5P1ZA 2R38A 4RCEA 4Y47A 5P0JA 5KAOA 5P5GA 1B5FB 4Y3HA 1F7AA 5P4JA 2AOFA 1EPNE 4DJWA 2AVQA 1MT9A 5P6MA 5P6CA 5P7CA 5P8BA 3SQFA 5OYTA 3TNEA 2VIJA 5DGUA 2WL0A 1HHPA 2QI3A 2VIZA 5B18A 1IBQA 1PPKE 4ZIPA 1DW6C 5P3DA 4Q1YA 3CKTA 2VA6A 1OD1A 4PYVA 1SIVA 1ER8E 1E81E 1ZP8A 2BQVA 3QI1A 4EWOA 2BPZA 2G1OA 3L5BA 1K6PA 1BIMA 3JW2A 4TRWA 4R5NA 2OHMA 2FS4A 4PEPA 3EL4A 3UCBA 2OHLA 1MSNA 2WF4A 2AIDA 4FAFA 5P2HA 5P30A 5TOLA 1FGCC 3Q5HA 1BVEA 2G1NA 5P39A 3OU1A 3O9FA 5HDXA 2B42A 3VFBA 5P4MA 5ER2E 5P12A 3UF3A 3LPJA 3L5FA 5P72A 3EMYA 5AHCA 1W5WA 5DQ4A 3O99A 3OU1B 1FQ7A 3OTYA 5P70A 2WHHA 3SO9A 4NJVA 4Y3LA 3NWQA 3SLZA 3QBHA 3BXSA 1B6LA 2B8VA 4Y54A 3O9EA 5P6JA 4EHCA 1HSIA 5P56A 4HDBA 5P5RA 2G1SA 4Y3GA 5KQYA 2AOHA 3L59A 2HPFA 3PCZA 1YTHA 3EKWA 5OZAA 5P86A 3VSWA 5P23A 5P7KA 4XX4A 4GJ5A 3PEPA 4YD3A 4I1CA 3TTPA 5P28A 1FB7A 5I3WA 1DIFA 5AGZA 5P7BA 5P0AA 3JVWA 3U6AA 1E80E 2XFKA 1UPJA 5P5OA 5P49A 1MRWA 2R9BA 3SA9A 5HE7A 2OHTA 5I3VA 4I0ZA 2ZGAA 3PVKA 4H3JA 5P42A 4RZ1A 2R5PA 5P1JA 5P71A 4B1EA 3NXNA 3U71A 1EPME 7UPJA 4L7JA 2QNQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LIX A;  3PCW A;  2F81 A;  2F80 A;  5P6X A;  4LXM A;  5P6Q A;  5P57 A;  3I25 A;  4EPJ A;  4EYR A;  2QI5 A;  5ISJ A;  3N4L A;  3WZ7 A;  4ZE6 A;  1M43 A;  3HDK A;  2ER0 E;  4TVG A;  1HEG E;  4HDF A;  2O4P A;  5P2Q A;  5P5X A;  5OZF A;  4L1A A;  5P8I A;  5KQZ A;  1MET A;  2VIY A;  4WY1 A;  4B1D A;  3OQF A;  4OBG A;  1A94 A;  3VCM A;  2HIZ A;  4B77 A;  3I6O A;  2V12 C;  4R92 A;  4Y4Z A;  5P1T A;  4CKU A;  5AHB A;  3TOG A;  5PEP A;  3QIH A;  1EC0 A;  3S54 A;  3APP A;  2G24 A;  1PSO E;  5P7F A;  2VJ6 A;  3QS1 A;  1XL5 A;  4DJU A;  5P6E A;  4RVI A;  1QBT A;  4Y56 A;  3TKG A;  5P32 A;  4L7H A;  1TSU A;  5P17 A;  4J1C A;  5P7G A;  5P1O A;  2BPY A;  2APR A;  4DPI A;  3C9X A;  2XYF A;  4ER4 E;  1W5V A;  2WF0 A;  1TW7 A;  3OXX A;  1D4H A;  2JJJ A;  5P6Y A;  5P3V A;  2QP8 A;  5HDV A;  4FLG A;  3NU4 A;  5P4O A;  1A8K A;  2I0D A;  1CMS A;  4H3G A;  4R8Y A;  3EC0 A;  5P5E A;  2OHS A;  3TPJ A;  1OEX A;  3CIC A;  1W6I A;  1BXO A;  5P8O A;  3PI0 A;  4NKK A;  2QD6 A;  5P27 A;  1BVG A;  2FXE A;  5P8H A;  5HU0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SFC A;  4PPH A;  3SKG A;  5P4Y A;  3ECG A;  4B00 A;  2VKM A;  5P7W A;  3PJ6 A;  3PLD A;  4FAE A;  4CPR A;  1E82 E;  5P4S A;  3VLA A;  4YD7 A;  3R1G B;  5COK A;  4FRS A;  3LPK A;  4KUP A;  1EBK C;  3K5G A;  5OZ0 A;  1FQX A;  2OF0 A;  5P0N A;  1FG6 C;  4H3F A;  3EKY A;  5P6O A;  5P38 A;  5KR1 A;  3PGI A;  3H5B A;  3VG1 A;  1MRX A;  5P2V A;  3EM6 A;  5HE4 A;  3O9A A;  5P2L A;  1TZS A;  2QI7 A;  4TRZ A;  5I3X A;  3FV3 A;  1BDR A;  5OZ1 A;  2FGU A;  5P1Q A;  5OZC A;  5P5T A;  5P7P A;  4YD6 A;  1M4H A;  2XFI A;  3VF5 A;  2AOJ A;  4B78 A;  3B7V A;  1KJ7 A;  5P13 A;  3SM2 A;  2FDP A;  3IVH A;  2PSU A;  5P7Z A;  4APR E;  3OK9 A;  5P7Y A;  4J55 A;  4EJD A;  4DUS A;  2ZHU A;  2R3W A;  4DJX A;  5P2W A;  1CPI A;  5JOD A;  3D1Y A;  3GW5 A;  5DQC A;  3DK1 A;  1IDB A;  4LBT A;  5P8F A;  4DQC A;  5P63 A;  1BXQ A;  3FNS A;  5P2O A;  1AJV A;  5P0H A;  1ODW A;  3OOZ A;  4B72 A;  2QU3 A;  5P4Z A;  5P1W A;  6FIV A;  4Y3N A;  5P8C A;  4LL3 A;  1K1U A;  2J9J A;  3KYR A;  1C6X A;  4COE A;  1T7K A;  3URI A;  1EBY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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